253LA

Lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKATEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title A relationship between protein stability and protein function.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-11-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 253lA00
3DN3A 6LZMA 1L00A 2CUUA 4DAJA 1C6LA 174LA 234LA 191LA 2B6TA 1L14A 1PQDA 2OU0X 3HDEA 3DMVA 1L32A 3HTFA 3OE6A 4W54A 3JR6A 4YXAC 1C6CA 1OVJA 3C7ZA 181LA 3PBLA 1L81A 212LA 2OE4X 4ARLA 2OU9A 1L24A 152LA 4EKRA 120LA 2O79A 2QB0B 248LA 4I7NA 1L29A 143LA 1L68A 3G3XA 2B7XA 1LGWA 242LA 1L99A 155LA 1CTWA 1P2LA 3PDSA 1SX2A 1G1WA 3OE9A 3HH6A 258LA 4EKSA 1L51A 1CX7A 1CV4A 3DNAA 3DN2A 1L76A 2B6YA 1QTBA 4I7SA 1CX6A 140LA 1L98A 1OYUA 3DN1A 1LLHA 1LYJA 259LA 1L70A 4YXCA 4W56A 3GULA 4EPFA 192LA 1L11A 2HULA 228LA 3ODUA 1L28A 3SBBC 3SB9A 1LYGA 147LA 164LA 260LA 213LA 1L65A 257LA 1LYIA 1OV5A 1L50A 184LA 255LA 1L55A 158LA 1KW5A 3SB6A 178LA 1CV1A 1L53A 3HTDA 127LA 1L54A 1CV3A 4I7MA 2OE9X 1L75A 2HUKA 1OWYA 1CV0A 3K2RA 230LA 1LI2A 3QAKA 112LA 1L39A 239LA 224LA 1QSQA 4DJHA 4EXMA 4K5YA 3HU9A 1WTHA 1C6EA 1L16A 1ZYTA 227LA 4W59A 1L42A 1LW9A 1CV6A 1L88A 166LA 3FADA 119LA 2Q9EA 183LA 186LA 2IGCA 3HT9A 4LDEA 1L30A 1C6AA 1L47A 2RBQA 3HT6A 3HUQA 4LDOA 104LA 2F2QA 3CDTA 162LA 3LZMA 1PQKA 2HUMA 3C81A 4W52A 1L08A 231LA 4I7LA 1NHBA 1L62A 180LA 1QT5A 1LI6A 1L61A 1C6JA 4GRVA 3OE8A 3GUIA 1L49A 1L31A 2OTYX 206LA 210LA 1L82A 182LA 1L22A 1C6MA 1LPYA 1LGXA 2RBSA 1CU6A 1OVKA 1L83A 1LYFA 3C8SA 1L20A 1L35A 3F9LA 1C65A 1L13A 3CDOA 1L18A 1TLAA 2O4WA 2B72A 1QUGA 205LA 4EKQA 4AQNA 4ARMA 1OWZA 1T8FA 249LA 3GUPA 3VW7A 1XEPA 1I6SA 1DYGA 3V2YA 1C62A 4ARQB 1C6IA 137LA 141LA 1KS3A 2ANVA 107LA 2LC9A 4W55A 1CVKA 4E97A 160LA 3D4SA 1G06A 3HH3A 1LYEA 3SB7A 229LA 4W57A 1DYAA 3C8QA 261LA 5I14A 3FI5A 1P64A 1L93A 2RB1X 4I7QA 150LA 1L86A 146LA 1L80A 1QTDA 1C6BA 1L02A 251LA 3SB8A 1CU3A 1ZURA 2RB2X 4YX7C 1L71A 4ZPUA 223LA 3L2XA 1L40A 219LA 3CDQA 3UONA 2OTZX 199LA 1D2WA 157LA 1L48A 1SWZA 3C8RA 3RZEA 4ARPA 128LA 1L0JA 113LA 238LA 1PQMA 1QT7A 3GUJA 1L73A 1LYDA 3HTGA 103LA 4PJZA 1QSBA 1CU5A 1L0KA 232LA 1L01A 3EMLA 226LA 221LA 4I7OA 126LA 167LA 1QUOA 2L78A 3L64A 1QUDA 236LA 3SBAA 1CV5A 3CDVA 195LA 4W58A 3DN8A 1L58A 190LA 2LZMA 145LA 3F8VA 2RBRA 1L85A 1G0JA 2B6XA 196LA 1CUQA 1EPYA 1LGUA 4I7TA 189LA 237LA 1KY0A 1OV7A 1L33A 215LA 1C61A 3SN6R 163LA 3DKEX 123LA 1L26A 1D9WA 1QT8A 4EJ4A 3DN6A 3C83A 1G1VA 110LA 187LA 1L79A 159LA 4IAPA 139LA 1G0MA 1L27A 201LA 1DYBA 1C6NA 1L10A 1C6QA 3GUKA 1L37A 1QTHA 3C7YA 3DMZA 1D3JA 1D3MA 4LDLA 1KY1A 4EPIA 200LA 108LA 254LA 1C60A 2NTHA 1C69A 3HTBA 1KNIA 256LA 4I7KA 156LA 1T8AA 1L12A 3V2WA 1LWKA 109LA 3FA0A 243LA 1QTVA 3C82A 1PQOA 1L67A 2RBNA 122LA 3HU8A 1C66A 161LA 1L59A 3HUKA 240LA 1JTMA 198LA 169LA 1L91A 253LA 1QS9A 4W53A 1D2YA 3HH4A 1PQIA 1ZWNA 1C67A 250LA 4I7JA 2OE7X 4EKPA 3C80A 1OVHA 168LA 3GUMA 1DYFA 1K28A 131LA 1L15A 2ANXA 1G0QA 2B73A 3NY9A 1CU0A 220LA 2QARC 1P56A 2A4TA 3HWLA 1L56A 214LA 3HH5A 3NYAA 1L97A 3OE0A 142LA 1DYEA 1G07A 129LA 1P46A 4DKLA 1P3NA 2RAZX 2B74A 3GUOA 151LA 1L17A 4W51A 1QT4A 3CDRA 1L46A 247LA 1SSYA 2RBOA 3RUNA 1LI3A 1L94A 1QT3A 1C6GA 246LA 1C6FA 1L38A 1L63A 1QUHA 1T97A 149LA 1L90A 1L74A 1JTNA 1SX7A 1CUPA 5LZMA 170LA 1G0GA 3NY8A 218LA 2RH1A 1L41A 4GBRB 4I7PA 1L89A 2NTGA 1L72A 241LA 2RAYX 1L04A 1L95A 115LA 233LA 2OU8A 125LA 1CU2A 1P6YA 1L45A 1L66A 262LA 1L03A 2B6WA 2LCBA 1L25A 3G3WA 3HUAA 1L34A 3HT7A 3G3VA 2B6ZA 7LZMA 211LA 185LA 1D3FA 1C6KA 1P5CA 1L43A 1L92A 2B70A 188LA 114LA 173LA 2Q9DA 2RB0X 1XJTA 4ARQA 1T8GA 1DYDA 252LA 1PQJA 1C6PA 2B75A 1LYHA 175LA 1L52A 4OO9A 1L05A 1L64A 3C7WA 2F47A 3DN4A 3HT8A 172LA 1P37A 176LA 1L69A 1SWYA 245LA 4ARMB 1L07A 209LA 235LA 1G0LA 222LA 1D3NA 1G0PA 4ARJA 148LE 171LA 3DN0A 1L21A 1T6HA 111LA 1JQUA 217LA 130LA 1P2RA 1B6IA 4PK0A 1C68A 1P7SA 244LA 177LA 1LWGA 216LA 3SB5A 1L09A 1G0KA 4I7RA 1L19A 1C63A 1L96A 1QTCA 2O7AA 3HDFA 1L06A 1P36A 1QT6A 1L44A 138LA 1L57A 1DYCA 1L60A 1L23A 1L84A 4S0WA 3DMXA 1C6DA 1QTZA 2Z6BA 3GUNA 4LZMA 1C64A 2RBPA 225LA 1KW7A 1C6TA 2F32A 102LA 1L87A 1XJUA 1SSWA 2OEAX 1L36A 144LA 197LA 1QS5A 165LA 118LA 1L77A 1C6HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BVKC 1L00A 2CUUA 2BQDA 4TX7A 1I56A 1LSYA 2ZNXY 1L14A 2OU0X 4NGJA 3JR6A 4RDSA 1C6CA 2LYMA 3PBLA 5L3IA 5APDA 3B72A 3CQLA 3TMVA 5IDDA 5FSTA 152LA 4B49A 2O79A 3QE8A 2HEAA 5KXXA 1YAMA 1C43A 1L99A 1P2LA 3WU7A 1LTMA 1UC0A 4ML7A 1GHLA 4EKSA 1L51A 1TAYA 3DN2A 1FDLY 1IOQA 3A95A 2B6YA 1QTBA 4RLMA 4W94A 1OYUA 4FJRA 5C6JA 2ZQ3A 2H9JA 1JHLA 1GB6A 259LA 4NIJA 133LA 1GB0A 2HULA 228LA 3RU5A 1XEKA 1LYGA 5D5FA 260LA 1LYIA 1OV5A 1KW5A 2NWDX 1FLQA 1L53A 3AB6A 1LSEA 4HTNA 1OWYA 4G4CA 112LA 4GN5C 4EXMA 1LSZA 5F9XA 3IJVA 1GFUA 1L88A 2FBBA 1BWHA 2DQEY 1NQIA 1LCNA 3A91A 1XGQC 119LA 2Q9EA 1GB7A 5I4YA 1VEDA 1LHJA 1LZ9A 4CHXA 4LDOA 2DQJY 2HEEA 4EOFA 1LSFA 1PQKA 2HUMA 3C81A 4W52A 3AZ6A 180LA 1QT5A 5C6IA 1GF0A 153LA 3OE8A 4H92A 1GE4A 3GUIA 1L49A 1VDQA 206LA 2FYCA 3GXRA 4RW2A 4XJFA 2F2NA 1H87A 5FEKA 1NMMA 5A3EA 1CU6A 1OVKA 3TXFA 1L83A 1LYFA 3J6KA 1KIPC 4DD7A 3F9LA 5KJ9A 1IR9A 1TLAA 2BLYA 4EKQA 4M6DA 4ARMA 1I6SA 1J1OY 1ZMYL 3V2YA 1YL1X 4NWHA 1GF6A 1C6IA 1IO5A 141LA 1LZAA 107LA 1XSFA 1JTPL 4YENA 4UWVA 1JKCA 1DYAA 1LZ6A 1EQ4A 4HTKA 5LVJA 1IWTA 146LA 1B5UA 2I6ZA 3SB8A 1CU3A 2IFFY 1IWUA 2RB2X 1L71A 3CDQA 199LA 1HHLA 4H9IA 3AZ4A 4HV1A 128LA 4ETBA 1OQMA 3FI7A 1BB5A 4DQJA 238LA 5B07A 1QT7A 3GUJA 4WLXA 103LA 2DKVA 232LA 4P2EA 1C08C 1L01A 3EMLA 1QUOA 2GV0A 4KL7A 2LYOA 154LA 1QUDA 1G7JC 4DWXA 1B5VA 4W58A 3DN8A 1OUIA 4DDCA 1L58A 1F0WA 190LA 4CFPA 1GF9A 2DQGY 2RBRA 3N9CA 1EPYA 2Z2FA 237LA 1GF4A 1LMNA 1LJ3A 4H9FA 1L26A 4KT3A 3TXHA 2D4KA 3AJNA 110LA 1B5ZA 2IHLA 4LZTA 3W6DA 1L27A 3A92A 1GDXA 1DYBA 1L37A 2PC2A 200LA 1GB5A 2NTHA 1C69A 1L12A 1C45A 1GBWA 1PQOA 4NY5A 3AZ7A 1C66A 1L59A 1NBZC 1NKHA 1QS9A 1G7LC 4HPIA 3HBDA 9LYZA 2G4QA 3W6CA 1KIQC 168LA 1GFGA 1W08A 131LA 3RNXA 1B7NA 2LYZA 1CJ8A 4OWEA 4QGZA 6LYZA 1B7LA 1CU0A 2QARC 1LZDA 2YBJA 3NYAA 1BWIA 2DQHY 2B5ZA 129LA 4GLAA 1B5YA 3HFMY 2W1MA 5HLLA 1MLCE 1L46A 3P68A 3RUNA 1LI3A 4WM1A 5F81A 1NHEA 5HNLA 4XJBA 1L38A 1JTNA 1SX7A 1YROA 3NY8A 2RH1A 1LZGA 1QQYA 3M18B 2NTGA 1JSEA 1VFBC 4AGAA 3TXIA 2B6WA 1L25A 3HUAA 1IWWA 1JITA 3HT7A 2B6ZA 4NWEA 5KKIA 1DI4A 1P5CA 1REZA 2MEBA 1HC0A 1L92A 2B70A 1YKYX 114LA 2W1YA 5J7CA 1LYHA 1C10A 1B7RA 1L05A 3C7WA 5LVKA 4W96A 4WO9A 1JJ0A 3LYTA 3P65A 4LYZA 1RI8B 1XGTC 1P37A 5KXLA 5A3ZA 1L07A 2CDSA 4J0LA 3W6EA 1D3NA 1LZ4A 1L21A 1LSGA 2BQBA 1B6IA 1LZ8A 244LA 2F4AA 4NGZA 1L09A 1G0KA 1UICA 1L96A 2MEDA 1L06A 2ZIKA 5L3HA 3K3TA 4Z98A 1L23A 1L84A 1JEFA 1WQOA 2RBPA 3WVYA 197LA 1QS5A 118LA 3B0IA 3WPLA 4DT3A 4GLVA 3DN3A 6LZMA 4DAJA 1G7HC 1C6LA 2XQOA 132LA 191LA 4NHQA 4HJVA 1LMOA 1C7PA 3OE6A 4I0CA 1B0DA 1A2YC 1OVJA 5DN4A 2ZIJA 5B1FA 3A96A 181LA 1UIBA 2OU9A 4EKRA 1O23A 2C8OA 5APEA 248LA 4DD2A 242LA 155LA 4WOAA 3PDSA 1DKJA 4A7DA 1D9UA 1DXJA 1TEWA 1CX7A 5E4PA 3AW7A 5D5CA 5DLAA 1JJ1A 8LYZA 1CX6A 1LLHA 1LYJA 3LN2A 1GE2A 1JPOA 2ZWBA 1HSWA 4EPFA 3SBBC 3ZVQB 5B06A 1GFHA 1GB8A 1DKKA 1NDMC 5HQ1A 4HP0A 5I53A 1W6ZA 3FE0A 1HENA 178LA 1CV1A 4TTDA 3W6AA 1IR8A 4OOTA 5I54A 3P66A 3QAKA 5C6LA 2BQOA 3W6BA 4K5YA 2BQNA 3HU9A 4NGKA 1C6EA 227LA 1GB2A 1JSFA 4DD0A 1QTKA 1CV6A 5DN5A 1BB7A 3AW6A 2BQGA 3FADA 4BS7A 1A4VA 5FCPA 4B4EA 5LVHA 4NHIA 2BQKA 1EQ5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1BVK C;  1L00 A;  2CUU A;  2BQD A;  4TX7 A;  1I56 A;  1LSY A;  2ZNX Y;  1L14 A;  2OU0 X;  4NGJ A;  3JR6 A;  4RDS A;  1C6C A;  2LYM A;  3PBL A;  5L3I A;  5APD A;  3B72 A;  3CQL A;  3TMV A;  5IDD A;  5FST A;  152L A;  4B49 A;  2O79 A;  3QE8 A;  2HEA A;  5KXX A;  1YAM A;  1C43 A;  1L99 A;  1P2L A;  3WU7 A;  1LTM A;  1UC0 A;  4ML7 A;  1GHL A;  4EKS A;  1L51 A;  1TAY A;  3DN2 A;  1FDL Y;  1IOQ A;  3A95 A;  2B6Y A;  1QTB A;  4RLM A;  4W94 A;  1OYU A;  4FJR A;  5C6J A;  2ZQ3 A;  2H9J A;  1JHL A;  1GB6 A;  259L A;  4NIJ A;  133L A;  1GB0 A;  2HUL A;  228L A;  3RU5 A;  1XEK A;  1LYG A;  5D5F A;  260L A;  1LYI A;  1OV5 A;  1KW5 A;  2NWD X;  1FLQ A;  1L53 A;  3AB6 A;  1LSE A;  4HTN A;  1OWY A;  4G4C A;  112L A;  4GN5 C;  4EXM A;  1LSZ A;  5F9X A;  3IJV A;  1GFU A;  1L88 A;  2FBB A;  1BWH A;  2DQE Y;  1NQI A;  1LCN A;  3A91 A;  1XGQ C;  119L A;  2Q9E A;  1GB7 A;  5I4Y A;  1VED A;  1LHJ A;  1LZ9 A;  4CHX A;  4LDO A;  2DQJ Y;  2HEE A;  4EOF A;  1LSF A;  1PQK A;  2HUM A;  3C81 A;  4W52 A;  3AZ6 A;  180L A; 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