1KY1A

Methionine core mutant of t4 lysozyme
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKMKPVYDSMDAVRRAAMINMVFQMGETGVAGFTNSMRMMQQKRWDEAAVNMAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Multiple methionine substitutions are tolerated in T4 lysozyme and have coupled effects on folding and stability
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ky1A00
2B75A 1L58A 241LA 1CU2A 250LA 3HTGA 4W56A 2NTHA 1CV6A 169LA 1QUOA 2F47A 3HH6A 201LA 252LA 3C8SA 1CU0A 1QSBA 1SWZA 1CU5A 1KS3A 226LA 161LA 125LA 1PQDA 1L74A 245LA 3SN6R 3SB6A 196LA 1L38A 3ODUA 1G06A 3C8QA 1KY1A 1QTHA 244LA 2RBNA 129LA 1L33A 1JQUA 1C6DA 1CV0A 2O4WA 2QB0B 128LA 3DN2A 4I7JA 2LC9A 157LA 1L36A 1ZWNA 1L93A 1JTMA 1PQOA 1C65A 1OWZA 247LA 243LA 1L92A 139LA 1DYAA 4I7KA 177LA 176LA 5LZMA 166LA 249LA 178LA 2HUMA 4YXCA 1L01A 1CV1A 3C83A 1P37A 3CDVA 4I7SA 1D2WA 224LA 2OEAX 206LA 3HWLA 1L22A 1T8GA 103LA 4EPFA 1L25A 1C6PA 3NYAA 3GUNA 3D4SA 144LA 174LA 2RAYX 2RBQA 1L31A 3DN6A 2B70A 1KNIA 1KY0A 198LA 1L47A 1L70A 1L15A 2OU8A 3GUOA 4GBRB 4I7RA 160LA 1QTBA 114LA 1L02A 1ZURA 221LA 1LYGA 1G0LA 1G0JA 3C81A 3HU9A 1CV4A 1C6CA 2Z6BA 4IAPA 1D2YA 1L27A 1L32A 1D9WA 1L53A 214LA 3HTFA 1L83A 1L06A 1SSWA 215LA 110LA 1C66A 4LZMA 256LA 2B74A 1G0PA 1LW9A 4W59A 1L67A 185LA 1L75A 1PQIA 228LA 1C6GA 2F32A 5I14A 1LI6A 1D3MA 1L05A 3QAKA 1C6HA 259LA 1OVKA 1L90A 3GUMA 1LI3A 4LDEA 195LA 1C6FA 1LYDA 1KW7A 1L28A 1CVKA 3RZEA 4EJ4A 239LA 197LA 155LA 182LA 1CTWA 1PQJA 1L73A 4ARQB 1L00A 1L17A 152LA 3CDQA 1TLAA 3FA0A 4AQNA 1C6MA 1P2LA 3FI5A 1DYBA 167LA 1L91A 3HT6A 236LA 4ARQA 1L61A 1B6IA 156LA 1C64A 1L41A 1LI2A 1L03A 3HT8A 158LA 186LA 3CDRA 2Q9DA 2OE4X 147LA 1L87A 4PK0A 4ARJA 1QUGA 1CU6A 211LA 3DKEX 2OTYX 1EPYA 261LA 1QT8A 3G3WA 1C6KA 1P64A 262LA 1L54A 4I7LA 3SB5A 3OE9A 1L82A 4EXMA 1L98A 1L80A 1OVHA 188LA 171LA 233LA 4DKLA 3GUKA 1L40A 1PQKA 231LA 4DAJA 2HUKA 2RAZX 4LDOA 184LA 2B73A 1P6YA 1L76A 1L0KA 1C60A 2B7XA 240LA 1L14A 1P36A 217LA 3GULA 1PQMA 1L43A 1QTVA 140LA 1L65A 1P2RA 1C68A 3DN1A 1L63A 3HUKA 2RBRA 2RH1A 4W54A 3NY9A 227LA 1P7SA 1QTCA 1LYIA 1QT4A 1P5CA 109LA 1I6SA 4GRVA 1C6LA 122LA 168LA 1SSYA 3DN8A 255LA 237LA 254LA 149LA 1L97A 2LZMA 253LA 1L09A 1L18A 260LA 3C7YA 127LA 1DYEA 189LA 170LA 4I7NA 3CDOA 3HDEA 1CUQA 3C8RA 191LA 4EKSA 3HT7A 1L37A 2ANXA 1CV3A 1P3NA 172LA 4LDLA 2RBOA 242LA 3C80A 2OTZX 3F8VA 219LA 1L13A 1C67A 3HTBA 1C63A 1L48A 2B6ZA 4W51A 1L26A 2ANVA 1L45A 1L51A 3FADA 4I7QA 1QT5A 1LPYA 218LA 3V2YA 7LZMA 199LA 1L08A 2Q9EA 1L79A 4EKRA 1L23A 2RB1X 3HH5A 1C6AA 209LA 120LA 130LA 1L60A 2O7AA 212LA 1K28A 143LA 1OWYA 258LA 248LA 246LA 4I7MA 3SBBC 3OE8A 4S0WA 232LA 235LA 1C62A 1QS9A 2RBPA 2HULA 3DMZA 1QUHA 1L21A 1G0QA 3SB9A 3HUAA 138LA 3L2XA 3V2WA 1L50A 165LA 3HDFA 181LA 112LA 1DYDA 3L64A 137LA 1L46A 200LA 2NTGA 2B6WA 2OE7X 1NHBA 4ARPA 1L42A 1LYEA 1QSQA 2IGCA 163LA 234LA 3DNAA 2QARC 1OV5A 1L81A 1LYHA 1KW5A 2L78A 3GUIA 1LGWA 1L94A 1L04A 1L52A 1C6NA 1D3FA 1C6BA 3F9LA 1L30A 175LA 162LA 1LGXA 3DN4A 3DN0A 3PDSA 1DYCA 192LA 1G0MA 2O79A 4E97A 3SB7A 1XJTA 2B6XA 1L49A 1OV7A 4EPIA 1L29A 151LA 3RUNA 111LA 2OE9X 118LA 4YX7C 257LA 1L96A 123LA 1CX6A 1SX7A 4OO9A 223LA 1L71A 164LA 3GUJA 1LGUA 1LLHA 4W57A 3HUQA 1QS5A 4EKQA 3UONA 2A4TA 1L56A 4ARLA 2RB2X 1QT3A 1C6JA 3OE0A 1L35A 1P56A 141LA 251LA 108LA 190LA 1G0GA 4W53A 1T97A 3SBAA 2B72A 6LZMA 210LA 2B6YA 1C6QA 1QT6A 3HH4A 1QTZA 3CDTA 1G1VA 145LA 3HTDA 142LA 1L20A 1L69A 1L59A 2RBSA 3DMVA 3DN3A 1L77A 225LA 1SX2A 1L11A 1L24A 187LA 102LA 1D3NA 180LA 1L68A 1L34A 1L72A 4ZPUA 3C7WA 4ARMA 146LA 159LA 3HU8A 3JR6A 238LA 1WTHA 1C61A 1L62A 1G07A 1OYUA 1QUDA 107LA 220LA 1D3JA 1LYJA 4PJZA 1LWKA 1L95A 1P46A 1T6HA 3G3XA 1CUPA 3HT9A 4EKPA 150LA 173LA 1ZYTA 115LA 1DYGA 4YXAC 3SB8A 1CU3A 119LA 1L16A 3EMLA 4DJHA 1OVJA 1L0JA 3VW7A 1C6TA 2OU9A 3NY8A 3GUPA 2RB0X 1L07A 3K2RA 3OE6A 1L44A 1C69A 104LA 1L12A 3PBLA 1L10A 1G1WA 1L39A 1L84A 1T8FA 4I7TA 1QT7A 1QTDA 3HH3A 148LE 1L64A 205LA 1L85A 4K5YA 4I7OA 183LA 1L88A 2B6TA 229LA 2OU0X 1L19A 1JTNA 3LZMA 3G3VA 1SWYA 3DMXA 1CV5A 1T8AA 113LA 222LA 1L99A 131LA 4W55A 213LA 2LCBA 4ARMB 3C7ZA 1LYFA 4W52A 1XEPA 126LA 4W58A 2CUUA 1DYFA 4I7PA 1C6IA 1L66A 216LA 1G0KA 1L86A 1C6EA 3C82A 1L89A 1L57A 2F2QA 1CX7A 1LWGA 1L55A 230LA 1XJUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WQMA 2BLYA 241LA 1CU2A 1D0LA 4NGZA 4OWAA 169LA 3HH6A 1LYSA 3IWRA 3C8SA 1BQLY 1CU5A 4NGLA 5A3EA 4LYCA 3WU9A 125LA 4NGIA 3SB6A 1IC4Y 3ODUA 3RNXA 3AZ7A 4N0JA 1JQUA 1C6DA 2O4WA 2LC9A 1ZWNA 1HNLA 1L93A 4QY9A 4NSHA 5M1YA 3AB6A 1PQOA 4Z3MA 1C65A 1I20A 1LMNA 1L92A 1REZA 4I7KA 2DQDY 176LA 5A3ZA 3TXGA 4CJ2A 4UWNA 2HUMA 2H9KA 1L01A 1B2KA 4N9RA 1D2WA 2OEAX 1OUHA 2W1LA 3CSRA 3GUNA 1GE1A 1GFGA 3D4SA 174LA 2BQCA 3W3EA 1KNIA 2HEFA 4J1AA 5KXMA 1VDQA 3W6FA 1L47A 1L70A 2OU8A 1V7SA 5IELA 1QTBA 221LA 1LJ4A 2MEBA 1RI8B 2Z6BA 1TAYA 4ETCA 1D2YA 4LT0A 1GF9A 1DI3A 1HELA 1YIKA 2HU1A 1L83A 1LZYA 4OOTA 5DM9A 1RFPA 3AGGG 4DD1A 1SSWA 1C66A 4EMNA 1KXWA 4PRUA 1HEPA 1HEOA 5LIOA 1PQIA 1D3MA 1LI6A 4LT3A 4DQJA 4WM1A 1C6HA 259LA 1HENA 3G3AB 4B0DA 2D6BA 1HMLA 1C6FA 4GLVA 3WU7A 1L28A 4WM2A 3ZEKA 3RZ4A 4ARQB 1L00A 152LA 3CDQA 1TLAA 2DQEY 4LYBA 4AQNA 5DLAA 1B5VA 1YAOA 1LJHA 167LA 1G7IC 3A95A 3HT6A 4NHTA 236LA 1GF4A 1B6IA 1LHHA 4H9HA 4WG1A 1T3PA 4XJDA 4ANRA 3CDRA 1AM7A 3J6KA 3WXUA 1IP4A 4PK0A 4B1AA 4LYTA 1QUGA 1EQ4A 211LA 4YEMA 1B0DA 4M4OA 1C6KA 4DT3A 1BVXA 4GCCA 1L82A 1L80A 1OVHA 1IY3A 1Z55A 233LA 4HV2A 4DAJA 5KXKA 5F9XA 1HF4A 4HTNA 1IP3A 1C60A 1BB7A 1L14A 1OQMA 3GULA 217LA 4O34A 1JKDA 1B7OA 3W6DA 1P2RA 1L63A 1LKSA 227LA 2YBNA 3WPKA 2G4QA 1I6SA 4GRVA 3WH1A 1C6LA 122LA 2HEBA 1LZDA 1ZV5L 1L18A 1C45A 1CKFA 127LA 1LZ9A 3CDOA 1CUQA 1P3NA 1NDGC 4LDLA 1VAUA 1B7QA 1L13A 1C67A 4XJGA 5D5FA 1L48A 1O23A 4W51A 4ZEEA 8LYZA 1L45A 1L51A 1GDXA 1QT5A 4OOOA 1UIAA 1L08A 1UA6Y 1DXJA 2Q9EA 1L79A 5LA5A 1BWIA 5F14A 1QTEA 3ZVQA 1LSEA 120LA 130LA 1L60A 2O7AA 4I0CA 1JJ3A 1HSXA 258LA 4Z98A 1REMA 4J7VA 4H91A 3OE8A 2Z38A 235LA 1QS9A 3J4GA 3DMZA 194LA 3CQLA 1CJ8A 3B72A 4NHSA 1LYYA 3HUAA 3L2XA 1LZGA 3QE8A 4DD3A 4H9EA 112LA 1DYDA 1RCMA 4IJ4A 4Z41A 2B6WA 4ARPA 4U3XB 5ILFA 3TXJA 3DNAA 5LAFA 4NGWA 1KW5A 2L78A 1LSPA 1C6NA 1L30A 2EPEA 4FDYA 3DN0A 3PDSA 1I56A 3MGWA 1IWWA 4GCBA 111LA 1A4VA 5EBHA 4ETDA 1L96A 1OUDA 1IOSA 1UIBA 1LHJA 3QY4A 4ETAA 1C43A 3HUQA 1GDWA 4NSIA 1QS5A 4AGAA 3LZTA 5KXSA 1GXV2 2LZTA 3UONA 5LXWA 1QIOA 4H9IA 2G4PA 4HTKA 1C6JA 3OE0A 141LA 108LA 1G0GA 4W53A 3SBAA 2B72A 5F81A 3A94A 3A8ZA 1JJ1A 2XTHA 1QT6A 3HH4A 2Z12A 2MEGA 4OW1A 5AMYA 2BQNA 1L69A 2RBSA 3DMVA 2BQFA 1YANA 225LA 1SX2A 4RDSA 5L3IA 4WM5A 1B5XA 1GXXA 4WL7A 1B7PA 1D3NA 1L68A 2YBJA 2MEIA 1B7MA 7LYZA 1YL1X 5LVJA 4PJ2C 3HU8A 1QDRA 238LA 1WTHA 1C61A 1L62A 1ZVHL 4XN6A 1B5YA 3A34A 3G3XA 4EOFA 173LA 3TXDA 4YXAC 1UIDA 4DJHA 3WVYA 3LN2A 1OVJA 1NF5A 1L0JA 4II8A 4FJRA 1C6TA 3GUPA 3T36A 4E3UA 3OE6A 3A91A 1ZVYB 1L44A 1J1XY 1G1WA 1J1OY 1T8FA 1DZBX 1QTDA 3HH3A 2G4NA 1L85A 4K5YA 1UIFA 5II3A 2B6TA 1L19A 3G3VA 3N9CA 131LA 4W55A 1XGTC 1JKAA 4ARMB 1LSMA 1XEPA 126LA 3A3RX 1BWJA 1CKCA 1L86A 4KXIA 1L89A 3A96A 1LWGA 230LA 2XBRA 1JSEA 1RJCB 3ULRA 4RLMA 4Z46A 1FLQA 5APFA 2NTHA 3TXIA 1QUOA 2YVBA 1GEVA 1GBSA 2CDSA 1DI4A 4QEQA 6LYTA 1KS3A 226LA 1T6VL 161LA 1DKKA 4NG1A 1UC0A 1ZMYL 3W6EA 2Z39A 2RBNA 1L33A 1CV0A 3EO5A 2QB0B 128LA 4I7JA 1LYZA 157LA 1JTMA 2NWDX 1VDPA 1GB5A 1YKYX 4GLAA 1DYAA 177LA 1REXA 4RW1A 249LA 4H8XA 1D0KA 2EQLA 2MEAA 3C83A 1P37A 3CDVA 5JENB 1T8GA 3OK0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1WQM A;  2BLY A;  241L A;  1CU2 A;  1D0L A;  4NGZ A;  4OWA A;  169L A;  3HH6 A;  1LYS A;  3IWR A;  3C8S A;  1BQL Y;  1CU5 A;  4NGL A;  5A3E A;  4LYC A;  3WU9 A;  125L A;  4NGI A;  3SB6 A;  1IC4 Y;  3ODU A;  3RNX A;  3AZ7 A;  4N0J A;  1JQU A;  1C6D A;  2O4W A;  2LC9 A;  1ZWN A;  1HNL A;  1L93 A;  4QY9 A;  4NSH A;  5M1Y A;  3AB6 A;  1PQO A;  4Z3M A;  1C65 A;  1I20 A;  1LMN A;  1L92 A;  1REZ A;  4I7K A;  2DQD Y;  176L A;  5A3Z A;  3TXG A;  4CJ2 A;  4UWN A;  2HUM A;  2H9K A;  1L01 A;  1B2K A;  4N9R A;  1D2W A;  2OEA X;  1OUH A;  2W1L A;  3CSR A;  3GUN A;  1GE1 A;  1GFG A;  3D4S A;  174L A;  2BQC A;  3W3E A;  1KNI A;  2HEF A;  4J1A A;  5KXM A;  1VDQ A;  3W6F A;  1L47 A;  1L70 A;  2OU8 A;  1V7S A;  5IEL A;  1QTB A;  221L A;  1LJ4 A;  2MEB A;  1RI8 B;  2Z6B A;  1TAY A;  4ETC A;  1D2Y A;  4LT0 A;  1GF9 A;  1DI3 A;  1HEL A;  1YIK A;  2HU1 A;  1L83 A;  1LZY A;  4OOT A;  5DM9 A;  1RFP A;  3AGG G;  4DD1 A;  1SSW A;  1C66 A;  4EMN A;  1KXW A;  4PRU A;  1HEP A;  1HEO A;  5LIO A;  1PQI A;  1D3M A;  1LI6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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