1DI4A

Role of amino acid residues at turns in the conformational stability and folding of human lysozyme
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
128
structure length
128
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
publication title Role of amino acid residues at turns in the conformational stability and folding of human lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 46
structure length 128
sequence length 128
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1di4A00
1INUA 1YANA 208LA 3RT5X 1GAYA 1TDYA 1XGQC 4ETBA 2AUBA 1NBYC 4NG8A 2ZNXY 5KKIA 5DN5A 3WVYA 4J7VA 1KIQC 4NGVA 2HEBA 3CB7A 1LJFA 1QTKA 1MELL 3ZVQA 5KXYA 3RU5A 4HTNA 1B5XA 1GFRA 4DYGA 5C6LA 1GF7A 1LKRA 3GXKA 5II3A 5IELA 2XTHA 2ZQ4A 3QNGA 3W6AA 1QIOA 1B5VA 3AZ7A 1WQQA 2YBNA 1G7IC 1LKSA 3AGIA 1GF9A 4KL7A 5F14A 4ET8A 1VEDA 4R0FA 3HBEX 1Z55A 1I56A 1RCMA 4WMGA 5B1FA 4H8XA 1B0DA 4B0DA 4HV1A 1IP5A 1GFUA 1PZYA 4AGAA 1YL0X 3TXHA 1RE2A 1KXXA 1TAYA 4LT1A 5KXNA 1F6RA 4NGJA 5HMJA 3HBHA 1LZRA 1OP9B 5ILFA 4LYMA 1B5ZA 4GN3A 3SP3A 5KXRA 2H5ZA 3ULRA 194LA 1IORA 3W6EA 1SQ2L 1REXA 1HEPA 3WULA 3T6UA 5I4WA 4UWUA 4DT3A 4MSTA 1LMQA 1DPWA 4YF2A 5KXTA 4DD9A 2YBLA 1IR7A 4X3BA 1LZGA 1IWXA 1LZBA 1NDMC 1YQVY 3LN2A 5C6IA 1B5UA 1IWTA 1XEKA 5LYMA 4NGKA 5LINA 4H9CA 2EIZC 1G7JC 2LYOA 4H9AA 1LSNA 1T3PA 5J7CA 1JKBA 1JISA 1DKJA 4G4HA 4M4OA 1CKDA 5F9UA 4H9HA 3VWOA 1IP6A 5KKJA 2BQHA 1XGPC 5D5CA 4HP0A 4TUNA 3WVXA 2HECA 4B4JA 1BVKC 1GF4A 1LSZA 3AZ5A 1LHJA 1CJ6A 1WQMA 5KXOA 2G4PA 4YOPA 1B7NA 3ZEKA 4RDSA 1FLYA 1B5WA 1BGIA 4WLYA 1LJIA 3BKHA 1LMAA 1LZ6A 1GE1A 2HEDA 4KT3A 3TXDA 5B59A 1HC0A 1C08C 1G7LC 1HEQA 2A7DA 2BQKA 4FDYA 5I5QA 2BLXA 1IP2A 1OUDA 3AW7A 4GN5C 5APDA 5KXZA 1JSEA 3RNXA 1QQYA 4J1AA 2CDSA 1BWHA 4DD7A 4TSBA 4N0JA 1WQNA 5IHGA 1QDTA 5KXKA 5LA5A 2XBSA 1HENA 5KXXA 1XEJA 3BKVA 7LYZA 1TEWA 1GBXA 4J0LA 3CT1A 1F6SA 1CKFA 4XJHA 2BQEA 3HBDA 4DDCA 1H87A 2Y8PA 1GPQC 1JJ0A 3KAMA 1C45A 1AT6A 1HEWA 1LMTA 5M1YA 1FDLY 4LT0A 1GF8A 2FYDA 1YKZX 3B0IA 2B5ZA 134LA 1LZYA 3A93A 4LFXA 4NGYA 4G49A 4WG1A 1JTOL 132LA 1XGRC 4CGEA 2I25L 1LMNA 1BB7A 2YSSC 2VB1A 3GXRA 5DLAA 5DL9A 1LSPA 1GFJA 1AM7A 2ZYPA 1QDRA 4TTDA 4WLDA 4RLNA 2BQCA 1LSDA 1LCNA 2FBBA 2XBRA 5B06A 1LZSA 4B49A 4YM8A 1LSGA 4RW2A 3TXKA 1BWJA 4PRQA 3CSZA 4XENA 1GB6A 4DD0A 1MLCE 2EKSC 4H93A 4WO9A 3WUMA 1C7PA 4BS7A 4HJZA 4WM5A 1GEZA 3M3UA 1XGUC 5F81A 1GFHA 2YVBA 1LJKA 1REZA 3N9CA 5LA8A 4NHIA 4DD3A 3QY4A 4H94A 3A95A 2GV0A 3QE8A 1JUGA 1YAMA 4EOFA 2MEEA 4H9IA 1BB4A 9LYZA 3TXGA 1KIPC 1OUBA 2FBDA 3B6LA 4WG7A 1I20A 4ML7A 1AZFA 1GE3A 1OUFA 1QUSA 1F10A 1YROA 3G3AB 4NY5A 1IY3A 1GBZA 1JPOA 4H8YA 4AXTA 5HQ1A 1D0MA 1LJ4A 1VDSA 2CWIA 1JJ1A 2NWDX 1IP3A 1XEIA 1YILA 2BQOA 1UBZA 1C10A 3A67Y 1CKHA 1GB9A 1QTEA 4IASA 4OWEA 135LA 1HERA 4QDNA 5F9XA 1DXJA 1DI4A 2D6BA 2MEDA 5FELA 3RW8A 3WU7A 2MEGA 1LZ5A 1J1XY 1GD6A 2F4GA 1GB2A 1YAQA 4LZTA 4NHQA 1LZTA 4E3UA 4OWAA 3WPJA 1IEEA 4GCFA 3W6DA 2ZILA 2ZNWY 2ZWBA 4DD2A 2DQJY 5KXMA 3A94A 1LSAA 1LTMA 3A6CY 3WUAA 1GDWA 4IATA 4WL7A 5FDJA 4NWHA 4PHIA 1WVVA 4GCEA 4II8A 2YBHA 2DQEY 5APEA 2F30A 2IHLA 2DBTA 1LMPA 1BVXA 2ZYCA 3W3EA 4NIJA 4U3XB 4TX7A 1IWYA 1C43A 4N1CC 4WL6A 4WM2A 4WLTA 1NF5A 3EO5A 2IFFY 1AT5A 1D0LA 4D9ZA 5A3EA 3ATNA 2BQJA 1PS5A 3AGGG 4Z3MA 1GB0A 1GAZA 6LYTA 4H9FA 1OUAA 1LHKA 133LA 2I6ZA 3TXBA 1JKAA 5KXLA 1KIRC 2H9JA 2Z2FA 2XJWA 2Z38A 1BWIA 2W1LA 2W1MA 2YBJA 3A34A 3AB6A 1JTTL 1GWDA 4P2EA 1JEFA 1FN5A 4YENA 4NWEA 5LVIA 4XJIA 2Z18A 1GDXA 3WL2A 1IWVA 1OUHA 3AW6A 1VATA 1YKXX 207LA 4OWHA 5L9JA 3LHMA 1UIBA 3A3QA 4MR1A 4DDBA 1IWZA 1IC4Y 1B7MA 2MEIA 3A90A 5D5FA 1IIZA 1WQOA 4LGKA 1H6MA 4LYBA 1GFAA 1LJJA 3OJPA 1UICA 3EMSA 193LA 1EL1A 5B07A 4HPEA 1V7TA 4WO6A 1IOQA 5L3HA 8LYZA 1B7RA 3CQLA 2Z19A 1GHLA 2ZIKA 3HFMY 4UWVA 4H92A 4YEOA 3WXTA 4MCKA 5KXSA 2ZQ3A 3OK0A 1SLYA 1FLWA 4QY9A 1NBZC 6LYZA 1ALCA 4TSCA 2I26L 154LA 4N5RA 1GB7A 1QUTA 4NGLA 2EPEA 4NSJA 2YDGA 1IX0A 2EQLA 4WM6A 1NDGC 4WM4A 3W6FA 1LYSA 1RJCB 1YL1X 3N9EA 4XADA 4XJBA 1LJGA 4CHXA 2Z37A 2HTXA 1GBWA 2CJLA 3T36A 4NGWA 4ANRA 1CJ7A 1IWUA 1LZNA 4LYOA 4QEQA 2Z2EA 1FKQA 1OUCA 1LHLA 4HJVA 1GBYA 5C6JA 3ATOA 3M18B 4Z98A 3WW6A 1LJHA 1B7PA 5I53A 1CNSA 3LYMA 1B2KA 1BQLY 1JWRA 2BQFA 2LHMA 1DPXA 4G4BA 4NEBA 4WM1A 3TMVA 5E4PA 4DD1A 2DQAA 1VDPA 4UWNA 3MGWA 2PC2A 1LPIA 2RSCA 3P68A 5FSTA 1GFTA 1GEVA 3W6BA 1WQRA 1F0WA 3LZTA 3B0KA 4Z41A 4H8ZA 3EBAB 1UA6Y 1IOTA 1LHMA 1UIEA 4C5FA 1REYA 2D4IA 1YKYX 2BQMA 1LYYA 2LZ2A 2DKVA 4O34A 2DQFC 5HLLA 1YAPA 2C8PA 3TMXA 3J6KA 3FI7A 5HMVA 1CJ9A 3FE0A 1UACY 4CJ2A 1JHLA 4NGIA 1DI3A 1O23A 3D9AC 1DQJC 4ZEEA 4NSIA 4LYTA 4NGOA 1GFEA 4BAFA 1HNLA 1LZ4A 1XGTC 3A91A 4LYCA 4DC4A 1KXYA 4NFVA 1JTPL 1VDQA 2CGIA 3AJNA 4HPIA 4NHSA 4OWCA 1LOZA 1VFBC 4PPOA 3WU8A 1ZV5L 1DI5A 3AGHA 1JKCA 3CT0A 1NWGA 1FLQA 4GCBA 4W96A 2D91A 3G3BB 3WUNA 5I4YA 1HMKA 1HFXA 4B1AA 1G7MC 1LMCA 1GF6A 2YBMA 4N9RA 1BB6A 2D4JA 5LAFA 1LZCA 4ZFPA 1JIYA 1GFKA 4NSGA 1IY4A 1FLUA 1UIDA 1W6ZA 1RI8B 1LHIA 4DDAA 1LZDA 2HEFA 1GB5A 1GE4A 4LYZA 1IC5Y 1LZEA 1IR9A 4GLAA 4EMNA 1UIFA 3B72A 1RFPA 1VAUA 2Z39A 4PGJB 5KXWA 3WW5A 1REMA 4FJRA 3WH1A 1IC7Y 1IO5A 1TBYA 5LVHA 5B1GA 4ETCA 4QGZA 3IWRA 4W94A 1D6PA 1LJNA 2BLYA 1UIAA 2BQNA 1P2CC 3AZ4A 5B05A 2BQAA 1HEOA 2N5ZA 3D3DA 4XJFA 3LYZA 3IJUA 1GFGA 1JSFA 3P65A 4HTKA 1QSAA 5A3ZA 1GXV2 1D0KA 4NHPA 2Z12A 3K3TA 1HSXA 2MEHA 1TCYA 2X0AA 1GXXA 1XFPL 4R6CA 3TXEA 4Z46A 2BPUA 3WU9A 1IP7A 5FCPA 1LMOA 3W6CA 2DQDY 5APCA 4GCDA 3WXUA 4B4EA 5T3FA 4NHTA 1HHLA 3N9AA 1DKKA 1LJEA 4GCCA 5JENB 1EQ5A 2DQIY 3LYTA 4KPMA 5ILCA 2LYMA 2LZTA 4HJYA 4I8SA 4OW1A 3TXIA 4CFPA 1B7SA 2H9KA 1D9UA 3P66A 1B7QA 2HU1A 3A92A 1J1PY 1OUEA 4KXIA 2HU3A 1OUJA 1G7HC 2FYCA 4H9EA 4XJDA 1IP4A 1LSMA 3A8ZA 1IWWA 1LSBA 2BAAA 3AZ6A 4GN4A 2YBIA 4BADA 4CFOA 3RZ4A 5AMYA 1CKGA 1JJ3A 3E3DA 2DQCY 2LYZA 1I1ZA 1HFYA 3B0OA 1LHHA 1N4FA 4RLMA 1W08A 2HEEA 3TMUA 4ETAA 4HSFA 1HFZA 4WM3A 1JKDA 1T6VL 3ZVQB 4A7DA 1NKHA 3AYQA 153LA 4ET9A 4PRUA 5F16A 1WVUA 3A3RX 1LZ9A 1UCOA 2G4NA 1LSYA 1UC0A 2G4QA 3TMWA 1LYOA 4LT3A 1NHEA 5LAGA 1ZVHL 5I54A 2BQBA 5KY1A 3J4GA 3LYOA 3CSRA 1IOSA 1GBOA 2BQLA 4NG1A 2W1XA 1B5YA 1UIGA 1UUZC 4J1BA 4N8ZA 1HF4A 4OOTA 4TWSA 5LVJA 4HTQA 1KXWA 1CKCA 5I4XA 1YAOA 2MEBA 1IOCA 1DZBX 4OOOA 1QSWA 4PJ2C 1ZVYB 3P4ZA 5LVGA 1WQPA 2MEAA 1GE2A 4RW1A 3EXDA 5FHWA 4NSHA 5EBHA 1OQMA 1B7LA 1CJ8A 1XSFA 4H91A 5IDDA 2W1YA 2F2NA 5K7OA 1IVMA 1GF0A 4BAPA 2Q0MX 3WMKA 1HEMA 3WPKA 1LSFA 4IJ4A 1IR8A 4WLXA 1BB3A 4XJGA 2BQDA 5KJ9A 2HUBA 4I0CA 1E8LA 5L3IA 4LT2A 4WOAA 4XN6A 2MECA 1VDTA 3CSQA 1LZ1A 1GF5A 1BHZA 1HELA 1LJ3A 1LAAA 1A2YC 1LZ8A 1C46A 2BQIA 2F4AA 1AKIA 4ZIXA 5KXPA 3F6ZA 1GF3A 4XYYA 1FBIX 1NMMA 5FEKA 3WYHA 5DM9A 2D4KA 1OUIA 1EQEA 1WTMA 2WARA 1V7SA 1WTNA 1EQ4A 1B9OA 4H1PA 5LYTA 1A4VA 4B4IA 4N1EI 1BB5A 2C8OA 4ETDA 3A6BY 4H90A 1OUGA 1GB8A 1IP1A 1NQIA 3A96A 3IJVA 2A7FA 1GB3A 4L41A 1ZMYL 1J1OY 1UIHA 5LVKA 2DQHY 3TXFA 4C3WA 4G9SA 3CT5A 1GBSA 1LZAA 4OWBA 1HMLA 5LYZA 1B7OA 2DQGY 4NGZA 1FKVA 4G4CA 5E9RA 5HNCA 4HV2A 2MEFA 5HNLA 1JITA 1GE0A 3LZ2A 2HEAA 4ETEA 1LSEA 4YEMA 5DN4A 3TXJA 4DWXA 5LIOA 5APFA 1LSCA 1LYZA 4M6DA 3WPLA 1GFVA 1YIKA 4LFPA 3P64A 2BQGA 4GLVA 1D6QA 4H9BA 1HSWA 2ZIJA 5LXWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RT5X 176LA 1XGQC 2AUBA 5KKIA 2QB0B 107LA 1KIQC 1QTKA 1MELL 3ZVQA 5KXYA 1B5XA 2CUUA 1LYHA 2ZQ4A 3AGIA 5F14A 4R0FA 1XEPA 1L18A 5B1FA 1B0DA 4HV1A 4AGAA 3TXHA 1TAYA 1L56A 3HH4A 4GN3A 3SP3A 1IORA 159LA 1REXA 1HEPA 3HU8A 4UWUA 1L58A 4YF2A 1LW9A 2YBLA 2Q9DA 1IWXA 1PQJA 4EKRA 4NGKA 1LSNA 1CKDA 1XGPC 2RBSA 2G4PA 3ZEKA 1B7NA 1FLYA 1B5WA 3BKHA 248LA 1LZ6A 3GUNA 1HC0A 1L08A 2BQKA 4GN5C 231LA 1BWHA 232LA 2OU8A 4DD7A 127LA 1C69A 5KXKA 1P6YA 5KXXA 2F2QA 3BKVA 228LA 7LYZA 212LA 4PJZA 185LA 1F6SA 2BQEA 3C7WA 4DDCA 4ARQB 1HEWA 5M1YA 125LA 1YKZX 3DMVA 134LA 221LA 1LMNA 3OE9A 1BB7A 3GUKA 1G06A 1QUHA 1AM7A 1QDRA 4RLNA 2BQCA 1LSDA 1LCNA 2FBBA 5B06A 1LZSA 4B49A 1BWJA 2Q9EA 4WO9A 1L39A 4HJZA 3M3UA 2YVBA 3QY4A 145LA 1P7SA 1C6EA 2MEEA 1OUBA 2FBDA 187LA 1DYGA 122LA 3RZ4A 1YROA 1IY3A 1JPOA 1B6IA 2CWIA 3SB6A 1IP3A 3RW8A 2MEDA 4EKPA 3NYAA 2LC9A 1L83A 1QT4A 1L38A 1LI3A 1L17A 1SSYA 2ZILA 4W55A 4WL7A 3CDVA 4GCEA 2IHLA 3C8RA 2ZYCA 4S0WA 1IWYA 4N1CC 4WL6A 2IFFY 1AT5A 1D0LA 5A3EA 4H9FA 1LHKA 133LA 1C6TA 1L59A 1P37A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1INU A;  1YAN A;  208L A;  3RT5 X;  1GAY A;  1TDY A;  1XGQ C;  4ETB A;  2AUB A;  1NBY C;  4NG8 A;  2ZNX Y;  5KKI A;  5DN5 A;  3WVY A;  4J7V A;  1KIQ C;  4NGV A;  2HEB A;  3CB7 A;  1LJF A;  1QTK A;  1MEL L;  3ZVQ A;  5KXY A;  3RU5 A;  4HTN A;  1B5X A;  1GFR A;  4DYG A;  5C6L A;  1GF7 A;  1LKR A;  3GXK A;  5II3 A;  5IEL A;  2XTH A;  2ZQ4 A;  3QNG A;  3W6A A;  1QIO A;  1B5V A;  3AZ7 A;  1WQQ A;  2YBN A;  1G7I C;  1LKS A;  3AGI A;  1GF9 A;  4KL7 A;  5F14 A;  4ET8 A;  1VED A;  4R0F A;  3HBE X;  1Z55 A;  1I56 A;  1RCM A;  4WMG A;  5B1F A;  4H8X A;  1B0D A;  4B0D A;  4HV1 A;  1IP5 A;  1GFU A;  1PZY A;  4AGA A;  1YL0 X;  3TXH A;  1RE2 A;  1KXX A;  1TAY A;  4LT1 A;  5KXN A;  1F6R A;  4NGJ A;  5HMJ A;  3HBH A;  1LZR A;  1OP9 B;  5ILF A;  4LYM A;  1B5Z A;  4GN3 A;  3SP3 A;  5KXR A;  2H5Z A;  3ULR A;  194L A;  1IOR A;  3W6E A;  1SQ2 L;  1REX A;  1HEP A;  3WUL A;  3T6U A;  5I4W A;  4UWU A;  4DT3 A;  4MST A;  1LMQ A;  1DPW A;  4YF2 A;  5KXT A;  4DD9 A;  2YBL A;  1IR7 A;  4X3B A;  1LZG A;  1IWX A;  1LZB A; 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 1QSW A;  4PJ2 C;  1ZVY B;  3P4Z A;  5LVG A;  1WQP A;  2MEA A;  1GE2 A;  4RW1 A;  3EXD A;  5FHW A;  4NSH A;  5EBH A;  1OQM A;  1B7L A;  1CJ8 A;  1XSF A;  4H91 A;  5IDD A;  2W1Y A;  2F2N A;  5K7O A;  1IVM A;  1GF0 A;  4BAP A;  2Q0M X;  3WMK A;  1HEM A;  3WPK A;  1LSF A;  4IJ4 A;  1IR8 A;  4WLX A;  1BB3 A;  4XJG A;  2BQD A;  5KJ9 A;  2HUB A;  4I0C A;  1E8L A;  5L3I A;  4LT2 A;  4WOA A;  4XN6 A;  2MEC A;  1VDT A;  3CSQ A;  1LZ1 A;  1GF5 A;  1BHZ A;  1HEL A;  1LJ3 A;  1LAA A;  1A2Y C;  1LZ8 A;  1C46 A;  2BQI A;  2F4A A;  1AKI A;  4ZIX A;  5KXP A;  3F6Z A;  1GF3 A;  4XYY A;  1FBI X;  1NMM A;  5FEK A;  3WYH A;  5DM9 A;  2D4K A;  1OUI A;  1EQE A;  1WTM A;  2WAR A;  1V7S A;  1WTN A;  1EQ4 A;  1B9O A;  4H1P A;  5LYT A;  1A4V A;  4B4I A;  4N1E I;  1BB5 A;  2C8O A;  4ETD A;  3A6B Y;  4H90 A;  1OUG A;  1GB8 A;  1IP1 A;  1NQI A;  3A96 A;  3IJV A;  2A7F A;  1GB3 A;  4L41 A;  1ZMY L;  1J1O Y;  1UIH A;  5LVK A;  2DQH Y;  3TXF A;  4C3W A;  4G9S A;  3CT5 A;  1GBS A;  1LZA A;  4OWB A;  1HML A;  5LYZ A;  1B7O A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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