2RB2X

3-methylbenzylazide in complex with t4 lysozyme l99a
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Rescoring docking hit lists for model cavity sites: predictions and experimental testing.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2rb2X00
4ARJA 3HT7A 4EKSA 215LA 3SBAA 1LWKA 177LA 1L66A 2B74A 1C6AA 3V2YA 1L93A 1L64A 1P3NA 3GUOA 1L73A 2F47A 1PQOA 1L79A 1G0MA 3ODUA 1L25A 119LA 2OU9A 3UONA 1SSWA 4I7LA 2O4WA 225LA 1LYHA 3C8SA 3HH3A 1OVHA 244LA 1L54A 176LA 1QSBA 189LA 3DMZA 1QT7A 4EPFA 1C61A 167LA 150LA 1L24A 252LA 2NTHA 2OE9X 3GUPA 3F9LA 1K28A 1L60A 1C6HA 4IAPA 147LA 3CDOA 1L28A 251LA 1L75A 1B6IA 1CUQA 1XJTA 108LA 1L58A 1L06A 4LDOA 1LYIA 4PK0A 4W55A 1QS9A 1DYAA 3C8RA 1JTNA 4I7PA 1CV3A 128LA 3SB9A 4ARLA 1P46A 230LA 1D3NA 3CDRA 4W58A 2RB2X 1KW5A 3HT9A 1QT8A 3C82A 7LZMA 2OE7X 1C6JA 1T8FA 261LA 3DN3A 231LA 2RBRA 3HUAA 1QSQA 1CV4A 1L12A 1LWGA 1L08A 2O7AA 205LA 3DNAA 1C69A 4W54A 236LA 3L64A 1L61A 125LA 1L63A 3DN2A 3CDQA 130LA 219LA 2Q9EA 181LA 2B6XA 1QUOA 4ZPUA 4GRVA 173LA 157LA 4ARPA 4S0WA 220LA 245LA 4I7NA 1PQMA 1L87A 1DYGA 4OO9A 1LI3A 1L38A 111LA 1XJUA 172LA 1L17A 165LA 1KY1A 175LA 2B73A 3NY9A 1L81A 1SWZA 1QTDA 1T8GA 151LA 1KW7A 162LA 2B6TA 1L15A 3C83A 3GULA 1L40A 1L88A 3GUKA 131LA 2ANXA 2B7XA 1SSYA 109LA 1L14A 180LA 4EJ4A 1L52A 3GUNA 168LA 1QTCA 199LA 1L10A 256LA 4EXMA 3SB6A 3OE6A 102LA 1DYCA 4W57A 2LZMA 3PBLA 123LA 1L11A 1CUPA 241LA 2CUUA 3RUNA 3G3XA 6LZMA 4I7RA 2RAZX 4W59A 1KNIA 1L45A 1L31A 200LA 1C6BA 1LW9A 3SB8A 196LA 1C6MA 1DYDA 3PDSA 1C63A 149LA 1L98A 3HT8A 1D3MA 1C65A 1L49A 178LA 4AQNA 255LA 1CV6A 2Z6BA 2B6ZA 2Q9DA 4I7MA 4I7QA 224LA 2RBOA 3DKEX 174LA 1L86A 1QT4A 210LA 1L97A 1D3FA 1L20A 3LZMA 1QTHA 4I7SA 1L22A 164LA 3DN6A 3HU8A 5I14A 3CDVA 1T8AA 1LYGA 1ZYTA 143LA 1CTWA 103LA 1CV5A 1L07A 1G06A 2F32A 218LA 2RBNA 120LA 1P56A 1CV0A 3C7ZA 1CV1A 110LA 187LA 211LA 262LA 1L41A 1C6CA 2IGCA 3L2XA 1L01A 4W53A 3GUIA 1G1VA 170LA 1SWYA 3RZEA 3OE8A 1PQKA 1C6GA 3OE9A 254LA 155LA 1KS3A 1L55A 1L82A 2HUKA 1PQJA 4YXCA 2A4TA 1L00A 1L16A 160LA 1L35A 201LA 1C68A 1L96A 3DN0A 158LA 1L71A 1L39A 4E97A 1C6IA 1LPYA 1C6DA 191LA 1L09A 226LA 1QUGA 1L70A 1L76A 1L62A 5LZMA 1LYFA 2B70A 1P5CA 3DMXA 1L80A 235LA 227LA 3C80A 169LA 137LA 257LA 1T97A 1C62A 1L94A 3G3VA 1CU2A 1C6PA 2OU8A 2B6YA 1L30A 1QTVA 163LA 3GUJA 1P6YA 234LA 3SBBC 3JR6A 1LGUA 1G0KA 3F8VA 4W56A 1L56A 1QT3A 1C6FA 4I7TA 4EKPA 3DN8A 1LYDA 4K5YA 1QTZA 1C6KA 3C7YA 126LA 1LYJA 260LA 1L34A 238LA 1L36A 184LA 1D2WA 1LI6A 1L74A 253LA 2HUMA 1C66A 1L44A 2NTGA 1P7SA 1L77A 1L72A 213LA 1L26A 1L32A 4LDLA 1XEPA 1L29A 3GUMA 1L95A 198LA 1T6HA 214LA 233LA 3DN4A 1G0JA 258LA 1ZURA 1L46A 2OTZX 1L47A 1QTBA 1SX7A 1L02A 1DYFA 228LA 4ARMB 4ARQB 145LA 1LLHA 1CX6A 195LA 104LA 1JQUA 2B75A 129LA 1L23A 2QARC 1LYEA 2RH1A 1G0GA 190LA 186LA 2RBSA 156LA 1L90A 217LA 3K2RA 1L57A 3HDEA 3HTFA 229LA 3HH4A 1L0KA 1L33A 1L37A 3SB5A 4EKRA 4ARMA 4ARQA 1P2RA 4YXAC 1CVKA 4YX7C 1P64A 144LA 1C6LA 2LC9A 1CU3A 197LA 3V2WA 250LA 221LA 188LA 1L13A 2O79A 2OE4X 171LA 3DMVA 1WTHA 138LA 3C8QA 4DJHA 4I7OA 1G07A 1OVKA 1NHBA 1P36A 4LZMA 4DKLA 141LA 4DAJA 1LGXA 2B72A 185LA 127LA 1OWZA 159LA 3HTBA 248LA 232LA 1CU0A 1ZWNA 216LA 3C81A 1CU6A 3G3WA 2F2QA 4W52A 1L92A 1L19A 1QUHA 3DN1A 3D4SA 4PJZA 4EPIA 1KY0A 1DYBA 1EPYA 2RBQA 1QT5A 1L91A 1G0QA 1L69A 3HTGA 212LA 142LA 1D3JA 182LA 3HWLA 2RAYX 1L48A 115LA 3VW7A 1L89A 3SB7A 2L78A 166LA 1L0JA 3HU9A 1L67A 1C6TA 4I7KA 113LA 3NY8A 122LA 1C6QA 209LA 3HUKA 114LA 1OVJA 4I7JA 1L51A 1P2LA 1I6SA 140LA 1QS5A 240LA 2OEAX 1L43A 4W51A 3HDFA 2OTYX 223LA 2RBPA 2ANVA 2OU0X 148LE 1L03A 4GBRB 1DYEA 1PQDA 1L99A 3HUQA 1OWYA 1L05A 1LI2A 1JTMA 192LA 3C7WA 222LA 146LA 206LA 2RB0X 4LDEA 1D2YA 2B6WA 1SX2A 1L68A 1LGWA 1L42A 1G0PA 1OYUA 1TLAA 1C67A 1D9WA 1QT6A 112LA 1L21A 247LA 1L53A 1G1WA 1C6NA 1OV5A 1G0LA 161LA 1L50A 3NYAA 3QAKA 3HTDA 183LA 3CDTA 1P37A 246LA 3SN6R 1L18A 242LA 237LA 243LA 1C64A 3HH5A 3FI5A 152LA 2QB0B 1CX7A 107LA 1L59A 1QUDA 3FADA 118LA 1L83A 1L27A 4EKQA 1L84A 3EMLA 1C6EA 2RB1X 3HT6A 3OE0A 1L85A 3FA0A 249LA 1OV7A 1CU5A 1PQIA 3HH6A 139LA 259LA 1C60A 1L04A 1L65A 2HULA 239LA 2LCBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UIEA 3HT7A 3N9CA 3SBAA 3G3AB 1H6MA 4NG8A 3J4GA 2B74A 1C6AA 1GB0A 1UIBA 1L64A 1L73A 2F47A 5KXOA 4TSBA 1G0MA 3P64A 1JTOL 2YBNA 3ODUA 5KXTA 2OU9A 1FDLY 3OK0A 4XYYA 1SSWA 1LSZA 1LYHA 4I8SA 4X3BA 1CJ9A 189LA 3LYZA 1B7SA 2NTHA 3GUPA 4OOOA 5C6JA 4HPEA 1C46A 1L28A 251LA 1GBOA 4NSGA 1VATA 5APEA 4LZTA 1JKAA 1XJTA 1B5UA 1L58A 1L06A 4PK0A 4NIJA 4ETCA 3C8RA 5EBHA 1CV3A 128LA 5FEKA 3K3TA 3SB9A 4ARLA 230LA 4ZFPA 1D3NA 1GAZA 1IY4A 3HT9A 3J6KA 1V7SA 1DPWA 1T8FA 4E3UA 3DN3A 2RBRA 4HTNA 1C69A 1HENA 1YILA 219LA 2Q9EA 5DM9A 2YDGA 4N1CC 1GF4A 1DYGA 1L38A 111LA 3W6FA 5LYTA 1HMKA 175LA 1B7OA 3GXKA 1SWZA 4LYMA 153LA 1YL1X 1KIRC 2BQOA 4ET9A 131LA 1L14A 2GV0A 5KXPA 5LXWA 1G7JC 1L52A 1QTCA 4CGEA 1HEOA 3HBHA 1DZBX 256LA 1OUBA 4C3WA 102LA 2PC2A 3B72A 2BQEA 3HBDA 3LHMA 4W59A 3WMKA 3A34A 1L45A 5B05A 1LHKA 1LW9A 1PZYA 2MEDA 3SB8A 2C8OA 4RLNA 1J1OY 4H91A 1B5WA 2YBJA 4GCBA 1D0LA 2BQNA 5FSTA 3AZ4A 5F16A 5LVKA 178LA 2BQIA 5HMVA 4PPOA 1EQ4A 1OUJA 135LA 3BKVA 3DKEX 3AB6A 174LA 1DXJA 1QT4A 210LA 1QSAA 4I7SA 134LA 1LKRA 3LZTA 3HU8A 5I14A 4KT3A 3ZVQA 1HEMA 103LA 1CV5A 2I26L 2BQHA 2F32A 1P56A 3C7ZA 2DQGY 5KXWA 4W53A 1LJ3A 2X0AA 2B5ZA 3CT1A 3OE9A 155LA 1KS3A 2HUKA 1JJ3A 4CJ2A 2BQJA 4H1PA 1GBXA 3DN0A 3W6EA 2ZILA 1OUGA 1C6IA 1XGTC 2W1LA 1L09A 1L76A 1WQOA 2H5ZA 3CB7A 1HFXA 2A7DA 4WL6A 4BAFA 2LZTA 1JIYA 2HU3A 2RSCA 4PGJB 1LAAA 3WU7A 1C6PA 2B6YA 2EKSC 2MEHA 4R0FA 1XSFA 1ZVHL 3BKHA 1T3PA 1VDTA 5F14A 2XJWA 3TMXA 1LSEA 4KPMA 5LAGA 1C6KA 1NF5A 1RCMA 260LA 1L36A 1D2WA 4NGYA 1IWZA 2D6BA 3W6CA 2NTGA 4U3XB 4NGKA 5KXXA 2ZYCA 1XEPA 4DD2A 4YM8A 2F4AA 1L95A 4NHTA 1A4VA 1IP6A 214LA 4WM1A 1HFZA 258LA 4C5FA 1GDXA 3WXTA 1L47A 4HJVA 1QTBA 1L02A 228LA 1UACY 3TXHA 3TXKA 104LA 1L23A 1ZVYB 1JPOA 3D3DA 3EO5A 3M18B 1GEVA 4HJZA 1GB2A 1L90A 217LA 3K2RA 3HTFA 1VDPA 229LA 5LVHA 1L37A 5DLAA 5KXSA 1LCNA 4NGVA 3P68A 1B7LA 2LYMA 2BQGA 4ARQA 4YXAC 1G7LC 2FBDA 4XENA 4WLTA 1IR7A 2LC9A 4NWEA 3V2WA 188LA 2OE4X 3C8QA 4NWHA 4DKLA 4DAJA 3W3EA 1LHIA 3A96A 1REYA 1QTKA 1LMTA 4LYCA 5B59A 207LA 4QEQA 3D4SA 4G9SA 1GFEA 2DQDY 9LYZA 1L91A 1YKZX 2ZQ4A 142LA 1CNSA 1NKHA 1BGIA 194LA 1L48A 1IO5A 4B1AA 3LZ2A 1QTEA 1GXXA 1L67A 1LKSA 1L51A 1LYSA 240LA 5I54A 2OTYX 4CHXA 2RBPA 1QQYA 2D91A 5I53A 2DKVA 1PQDA 1L99A 192LA 222LA 4H94A 2LZ2A 1D2YA 1CKCA 1SX2A 1L68A 1LGWA 1L42A 1LSPA 1G7IC 5K7OA 1GAYA 112LA 1L21A 1L53A 2MEFA 3HTDA 2BQCA 6LYZA 246LA 3FI5A 4GCDA 1LZSA 1GE1A 118LA 1L83A 1FLQA 5B1GA 2BQKA 3P4ZA 2HUBA 3HT6A 2RB1X 4NHPA 1PQIA 1L04A 3CT5A 2RB0X 1LTMA 1IOTA 4CFOA 4ARJA 1IWYA 1LWKA 177LA 1L66A 1HEPA 1GBSA 2Z39A 4WLDA 1LMCA 3UONA 4ZIXA 4I7LA 1LZBA 1B5YA 2O4WA 5DL9A 3WYHA 2ZWBA 5LIOA 3HH3A 1LZ1A 1QT7A 1IWUA 1L24A 2BPUA 4WM6A 3WW5A 1LJHA 1K28A 1L60A 5C6LA 147LA 1LSAA 4A7DA 1WQMA 1O23A 1CUQA 2DBTA 1LJIA 1GF8A 1UIGA 2Y8PA 1DYAA 1INUA 4D9ZA 1BHZA 4I7PA 1LHJA 1B5VA 1DI3A 1P46A 2Z2FA 5APFA 4XJBA 4HV1A 2BLXA 1QT8A 3C82A 7LZMA 3A8ZA 1C6JA 231LA 1CV4A 1L08A 236LA 4NGZA 125LA 1L63A 1DI5A 2YBLA 2B6XA 1GF0A 4ARPA 4S0WA 245LA 4I7NA 3WL2A 2FBBA 1RJCB 1PQMA 1XGQC 1LJ4A 1IC7Y 1GB9A 172LA 1L17A 3TMUA 2B73A 3NY9A 2HEAA 4I0CA 2XBSA 2B6TA 1D0MA 5E9RA 1L15A 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1SX7A 1DYFA 1LPIA 4KL7A 4NHSA 1CX6A 1JQUA 3TXFA 129LA 2QARC 2RH1A 1G0GA 2Z18A 3A91A 2RBSA 4G4HA 2DQEY 3HH4A 2DQAA 1L0KA 3RZ4A 3HFMY 4EKRA 4ARMA 4WM4A 1CVKA 4YX7C 1C6LA 197LA 1NWGA 221LA 4QDNA 1L13A 5KXKA 3F6ZA 1RFPA 5C6IA 1WTHA 4I7OA 4B0DA 141LA 4OWHA 127LA 2G4NA 3HTBA 248LA 1I20A 1B7QA 1QIOA 4WG7A 1L92A 1BB5A 4ANRA 1QUHA 3DN1A 5APDA 4DC4A 2RBQA 1XFPL 3HTGA 3EXDA 1D3JA 2NWDX 1HC0A 1W08A 3SB7A 166LA 1L0JA 3HU9A 113LA 5D5FA 5LA5A 3NY8A 1A2YC 122LA 1C6QA 209LA 114LA 1L43A 3HDFA 1CKGA 5LVIA 4NGWA 2ANVA 2OU0X 4GBRB 1W6ZA 1MELL 3HUQA 4OOTA 1L05A 4H8YA 2DQFC 3FE0A 4H92A 1JTMA 206LA 1IVMA 1IP5A 2B6WA 1DKKA 4RLMA 1OP9B 1OYUA 1TLAA 1HSXA 1D9WA 1REXA 1C43A 1G1WA 1C6NA 1G0LA 161LA 1GFAA 183LA 1OUHA 1P37A 4NG1A 4ZEEA 4N5RA 4M6DA 5M1YA 1L18A 4NFVA 1JJ1A 4NGLA 2YBHA 152LA 2ZYPA 1LZGA 3IWRA 4H8XA 107LA 1QUDA 1WQNA 1L27A 1IORA 4RW1A 4EKQA 3OE0A 1L85A 2DQHY 2LHMA 3FA0A 1OV7A 4NHQA 3W6BA 1CU5A 3HH6A 1GE4A 1YKXX 259LA 2HULA 3NYAA 2LYZA 5B1FA 4WLXA 5ILFA 3AJNA 1MLCE 1L93A 1EL1A 4ET8A 1P3NA 3GUOA 1PQOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1UIE A;  3HT7 A;  3N9C A;  3SBA A;  3G3A B;  1H6M A;  4NG8 A;  3J4G A;  2B74 A;  1C6A A;  1GB0 A;  1UIB A;  1L64 A;  1L73 A;  2F47 A;  5KXO A;  4TSB A;  1G0M A;  3P64 A;  1JTO L;  2YBN A;  3ODU A;  5KXT A;  2OU9 A;  1FDL Y;  3OK0 A;  4XYY A;  1SSW A;  1LSZ A;  1LYH A;  4I8S A;  4X3B A;  1CJ9 A;  189L A;  3LYZ A;  1B7S A;  2NTH A;  3GUP A;  4OOO A;  5C6J A;  4HPE A;  1C46 A;  1L28 A;  251L A;  1GBO A;  4NSG A;  1VAT A;  5APE A;  4LZT A;  1JKA A;  1XJT A;  1B5U A;  1L58 A;  1L06 A;  4PK0 A;  4NIJ A;  4ETC A;  3C8R A;  5EBH A;  1CV3 A;  128L A;  5FEK A;  3K3T A;  3SB9 A;  4ARL A;  230L A;  4ZFP A;  1D3N A;  1GAZ A;  1IY4 A;  3HT9 A;  3J6K A;  1V7S A;  1DPW A;  1T8F A;  4E3U A;  3DN3 A;  2RBR A;  4HTN A;  1C69 A;  1HEN A;  1YIL A;  219L A;  2Q9E A;  5DM9 A;  2YDG A;  4N1C C;  1GF4 A;  1DYG A;  1L38 A;  111L A;  3W6F A;  5LYT A;  1HMK A;  175L A;  1B7O A;  3GXK A;  1SWZ A;  4LYM A;  153L A;  1YL1 X;  1KIR C;  2BQO A;  4ET9 A;  131L A;  1L14 A;  2GV0 A;  5KXP A;  5LXW A;  1G7J C;  1L52 A;  1QTC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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