1NDGC

Crystal structure of fab fragment of antibody hyhel-8 complexed with its antigen lysozyme
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSAWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Immune system/hydrolase
molecule keywords antibody kappa light chain
publication title X-ray snapshots of the maturation of an antibody response to a protein antigen
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ndgC00
1LZ1A 1IP5A 1NBZC 3B0KA 2EQLA 4YEMA 1A2YC 4W96A 2HEFA 2BQFA 4IASA 1LKSA 1LSFA 1VATA 2GV0A 5I4WA 4WO6A 2LYZA 3ATOA 4CFPA 1B5WA 2Z18A 5I4XA 1GF5A 5KXNA 1LYOA 4B0DA 4WLDA 2YBJA 4ETCA 4ETEA 5EBHA 1LHJA 4NSJA 4TX7A 1GB7A 1NBYC 1GDWA 1D6PA 1UC0A 4WMGA 1GFTA 1FKVA 3WH1A 5F14A 1GFAA 3HBEX 5HNLA 1GFGA 1XFPL 1DI5A 1BWHA 1SQ2L 5B1GA 1DKKA 1NF5A 1TBYA 4PGJB 1DI4A 1GF0A 4HTQA 2BQIA 2F4AA 1AT5A 4HV1A 3IWRA 1GDXA 1GPQC 1IOCA 1WQOA 4GN3A 4H9BA 1INUA 2ZWBA 5B07A 1FDLY 1J1XY 1XGTC 3A67Y 2MEHA 1HEOA 4HTKA 4NGKA 1LZAA 1LJIA 1LAAA 2XJWA 2YDGA 1IR9A 2W1XA 1LZDA 1LSGA 1OUCA 2HEDA 4LZTA 2VB1A 1VEDA 2PC2A 4NWHA 5I54A 5LA5A 4NGZA 4TSCA 4WM1A 4GN5C 5C6JA 1GF8A 2ZQ3A 4B49A 4L41A 1LZNA 1IP2A 3D3DA 4BADA 9LYZA 1HERA 4OW1A 3K3TA 4H9CA 3A6BY 4DDAA 5KXMA 3HBDA 1Z55A 1CKCA 2H9JA 3W6AA 1WQPA 4LYBA 4ETAA 4G9SA 1CKFA 2HEAA 1BQLY 2IFFY 3WVYA 1IOTA 4XJGA 1LCNA 3LYTA 4NG8A 4DD0A 3OJPA 1EQEA 3WW6A 1GFRA 3A94A 5M1YA 1B7SA 5C6IA 1T3PA 3GXRA 5KXTA 5LVJA 4H8YA 4HSFA 5F16A 2YBHA 1CNSA 1HFZA 4H1PA 2DQCY 5KKJA 1G7LC 1LZRA 4J1BA 1QDTA 1WQQA 5II3A 1FLUA 4PRQA 1YILA 2XBSA 1HELA 2HEBA 1IC7Y 3ATNA 2DQDY 4NGYA 5ILCA 4TSBA 1GXV2 4J1AA 4OWBA 4U3XB 5HMVA 1YANA 4ZFPA 2ZIJA 4NG1A 4XJIA 5FSTA 2YBIA 1B7RA 1HFYA 1JJ0A 2H9KA 4WG7A 3TXEA 4N9RA 3W6DA 5B05A 4XJFA 5LINA 207LA 4HP0A 1AKIA 2Z37A 6LYTA 2YVBA 5APCA 1MLCE 2I26L 4Z98A 5LVIA 3LYMA 1JKDA 2IHLA 4NHTA 4OWHA 1GHLA 1H6MA 5LAFA 1BB4A 1ZMYL 4H8ZA 4ML7A 4H94A 5KXYA 1B7OA 1CJ6A 1BGIA 3G3BB 4NHIA 1QSWA 2W1MA 1UA6Y 4WM6A 5I53A 1QUSA 2CGIA 1B9OA 1YROA 2LZTA 4NWEA 1GB6A 4HV2A 3RU5A 4G4HA 2BQHA 1DPXA 5LVGA 1WVUA 4RW1A 2DBTA 1LJGA 5KXPA 1FN5A 1HSWA 3T36A 1JSEA 4LT1A 5FHWA 4NSIA 1C43A 1GF9A 2MEGA 2MEFA 1GB0A 2ZILA 1LSPA 1I20A 1FBIX 1GFHA 1LJKA 2BQKA 4OOTA 1GE1A 2W1LA 4J7VA 1T6VL 1KIPC 5HNCA 1DI3A 5A3EA 5LIOA 4NIJA 4ET8A 3W6BA 4NGWA 4FDYA 1NHEA 2BQOA 1CJ7A 4HPIA 5HLLA 2FBDA 5KXZA 4NGJA 2MECA 5F9XA 4MCKA 1GB5A 1IC4Y 3A8ZA 2DQIY 1LHIA 4LYCA 1P2CC 1UACY 1B5XA 2WARA 1E8LA 5KJ9A 4AGAA 1PZYA 2G4PA 2MEBA 4LT3A 4RDSA 1JKCA 2EIZC 2DQFC 2CWIA 2N5ZA 1GFEA 5DN5A 3ULRA 4NHPA 4CGEA 3AW6A 1VAUA 1VFBC 4NY5A 2BLYA 2B5ZA 3WUMA 5I5QA 4XYYA 4ETDA 2YBNA 2D4IA 1G7HC 1BB7A 3J6KA 1BB5A 1JITA 1UIAA 4XJHA 4ZIXA 5KXKA 5LXWA 1BB6A 1OUGA 4XJDA 1LTMA 1UBZA 4GN4A 1OUAA 2LYOA 193LA 4DDCA 1GEVA 3AYQA 4WLXA 4WOAA 1EL1A 1A4VA 1AT6A 1IR8A 1OUBA 1WQMA 132LA 3P64A 4J0LA 4QEQA 1BHZA 1IP6A 5LYTA 1LSAA 3AB6A 133LA 3TXHA 1HMLA 4OWEA 4Z3MA 1HC0A 1ZV5L 1XGPC 1LSNA 4GCBA 2HEEA 1GD6A 1LZ6A 2BQNA 3W6CA 4KXIA 4C3WA 1HENA 4DD7A 1HEQA 2D6BA 2HTXA 4A7DA 1UIGA 1C7PA 3RNXA 1LMQA 3WYHA 4ETBA 1OQMA 3LYZA 4GCCA 2H5ZA 4WM3A 208LA 5F81A 5K7OA 1YAQA 1GB8A 3TXDA 3T6UA 1GBZA 2DQGY 1MELL 1OUFA 1REZA 3A90A 3TMVA 4CJ2A 3TMUA 3LYOA 1FKQA 3AW7A 1NKHA 2F4GA 3QNGA 2C8PA 5L3IA 1IWYA 1YKXX 1J1PY 1N4FA 1UIEA 1C10A 1GE3A 1NDMC 1XGUC 1HFXA 3A93A 4BS7A 1G7JC 2BQBA 3GXKA 1BB3A 1QQYA 3AZ5A 1GFJA 5DN4A 4KT3A 5LYZA 1H87A 4H93A 4II8A 3ZEKA 1NWGA 4PPOA 2MEIA 2HU1A 2F2NA 4CFOA 1LZ4A 1WTMA 4TUNA 3CT0A 4X3BA 1IP4A 1GB2A 1LPIA 3A95A 3CSZA 1LJHA 3WPJA 3WUAA 4ANRA 2DQEY 3WPLA 135LA 5FDJA 4XJBA 2FYCA 1B7MA 1LJEA 4BAFA 1GEZA 1RFPA 3B0OA 3WU8A 1GFVA 1LSDA 1IOQA 2Z39A 3EXDA 1I56A 5LVKA 1JIYA 1LJJA 1LSCA 1ZVYB 1EQ5A 2YBMA 1XSFA 1HMKA 1QIOA 4NEBA 4B4IA 4AXTA 5FEKA 1IO5A 3B0IA 2ZYCA 4LFXA 1GB9A 1O23A 1DQJC 3D9AC 4IATA 3W3EA 4NGVA 1HEPA 4MR1A 4G49A 1AZFA 1B7NA 1VDSA 5IDDA 1HNLA 4EMNA 1CKGA 1HEMA 1JWRA 4MSTA 5DL9A 134LA 1D9UA 3W6EA 4BAPA 3IJVA 3AZ7A 1LJ4A 4C5FA 4CHXA 3RW8A 153LA 3MGWA 3AZ6A 4UWUA 4XADA 4OWAA 1TEWA 3KAMA 1JISA 1CJ8A 1GF7A 3QE8A 1LMNA 4H9AA 1F10A 1D6QA 1CKHA 1JEFA 5E4PA 1LZYA 1LSEA 3A3QA 5D5FA 2CDSA 4LT0A 4PHIA 3W6FA 2MEDA 1BWJA 1LMAA 2CJLA 2D4JA 1LMCA 4WL7A 1OUHA 1IY4A 1QTKA 1HHLA 1REYA 1VDTA 1BVKC 3P65A 3TXGA 1IWXA 4IJ4A 1IEEA 1GFUA 3CT1A 5IELA 1GF6A 1B5VA 1B2KA 1FLWA 1LOZA 1GF4A 1W6ZA 5KXWA 4LFPA 2XTHA 2ZYPA 1OUJA 1JPOA 1LJ3A 2ZNWY 4W94A 3WMKA 5DM9A 4DD2A 5LYMA 1OUDA 3A6CY 3TMXA 3IJUA 1DPWA 1LJNA 1VDQA 2BQEA 3E3DA 1NDGC 3J4GA 1GBOA 4R0FA 4NGIA 1GB3A 2Y8PA 2Z19A 4WM2A 1XGRC 4M6DA 4KL7A 1G7MC 1JUGA 4R6CA 1XEJA 4OWCA 1IORA 1KIQC 4N1CC 4TWSA 1UIFA 1IWZA 1LSZA 3TXJA 1LHLA 1OUIA 1ZVHL 1YAMA 3CB7A 4TTDA 3A34A 1IC5Y 4XENA 1IP7A 1F0WA 1TDYA 2FYDA 4H92A 2G4QA 5LAGA 2HU3A 3WXUA 5I4YA 2BQCA 4PRUA 3FE0A 4DC4A 1GAZA 1LSBA 1GXXA 1C46A 1G7IC 4GCDA 5KXSA 4YENA 1HEWA 1RE2A 1WVVA 3RT5X 3TXIA 4QY9A 2NWDX 1D0KA 4M4OA 4LGKA 1JJ1A 1QDRA 3TXKA 4DD3A 194LA 4DD1A 4B4EA 1KXXA 4NHQA 1GE2A 3WL2A 5KXOA 3G3AB 4UWVA 5D5CA 1BWIA 1OP9B 2HUBA 1IP1A 2YBLA 3BKHA 3A96A 4HTNA 3AZ4A 4N0JA 4Z41A 4H9EA 3CSRA 3N9CA 4QGZA 3WPKA 1W08A 5T3FA 1IWVA 1LHMA 4WL6A 5B1FA 3A91A 3AJNA 1TAYA 4B1AA 3F6ZA 2Z2FA 4FJRA 4H91A 4H9FA 5C6LA 4HPEA 2D4KA 1IIZA 1B5UA 1REMA 4I8SA 1LMOA 2ZIKA 4QDNA 1IWTA 2BQLA 3B72A 5KXXA 3HFMY 3TXBA 1LHHA 2MEEA 3LZTA 5LA8A 3ZVQA 2MEAA 4O34A 4HJYA 1C08C 2Z2EA 3OK0A 3AGGG 1LZCA 4N8ZA 4E3UA 1JJ3A 2Q0MX 3CSQA 4UWNA 5A3ZA 4KPMA 2DQHY 4GCEA 3M18B 2A7DA 4YEOA 4NHSA 4LYMA 1DKJA 1LZBA 1IWUA 4YOPA 1JSFA 6LYZA 1WTNA 1IX0A 3TXFA 1PS5A 1QTEA 1B5YA 2A7FA 2LZ2A 2EPEA 2Z12A 4RLMA 4WM5A 3N9EA 4LYZA 1DXJA 1JKBA 2D91A 1SLYA 4H90A 5F9UA 2I6ZA 4NGOA 1YAPA 4WM4A 4NSGA 1F6SA 1B7LA 1IY3A 2LHMA 5JENB 3LHMA 1FLQA 4EOFA 1HSXA 2RSCA 1YL1X 4G4CA 2I25L 4HJVA 2LYMA 3A92A 1LMPA 1YL0X 5KY1A 1EQ4A 2ZQ4A 4N1EI 1QSAA 3LN2A 1V7SA 2G4NA 1GBWA 2F30A 5IHGA 3HBHA 2BAAA 1UUZC 5AMYA 3WUNA 3P68A 1WQRA 1JTPL 1LYZA 1JTOL 1FLYA 1LMTA 3WU9A 1UICA 4XN6A 3EO5A 1GWDA 2AUBA 4WG1A 1NMMA 5J7CA 2BQGA 3P4ZA 3P66A 1LHKA 5APFA 1GBXA 4D9ZA 1I1ZA 2X0AA 1CKDA 1LZ8A 1GBYA 2EKSC 1JKAA 1B7QA 2BQJA 3A3RX 3M3UA 3WU7A 1JHLA 4G4BA 1YIKA 5HMJA 2HECA 3VWOA 4Z46A 1B0DA 2DQAA 1TCYA 3WXTA 1GF3A 4GLAA 2Z38A 1LZ5A 2BQDA 1J1OY 4WLYA 1ALCA 1AM7A 2BPUA 3WULA 1LZTA 5KXLA 1KIRC 1LZ9A 4DYGA 4ZEEA 5B59A 3SP3A 4B4JA 4OOOA 4DWXA 1LZSA 4RW2A 1LKRA 4N5RA 1LSYA 3WVXA 1GE0A 5APDA 1IVMA 1UIBA 1BVXA 1NQIA 4LT2A 1RJCB 1LYYA 3N9AA 5FCPA 4RLNA 3CT5A 5B06A 8LYZA 1C45A 2XBRA 1XEIA 2FBBA 4NFVA 1YKZX 4YF2A 3BKVA 1IOSA 2ZNXY 1WQNA 3B6LA 3WW5A 4WO9A 3EBAB 5L9JA 7LYZA 4YM8A 5LVHA 1UIDA 1GE4A 1D0MA 1UCOA 4GLVA 4PJ2C 3RZ4A 5KKIA 3AGHA 1B7PA 1GBSA 1LZEA 4H9HA 3FI7A 1LYSA 1V7TA 4H8XA 1GFKA 4HJZA 4DT3A 1XEKA 1GAYA 1RI8B 3ZVQB 4ET9A 3AGIA 1LSMA 4P2EA 1YAOA 1DZBX 2BLXA 3LZ2A 1UIHA 2DKVA 2BQMA 4LYOA 5APEA 2W1YA 1RCMA 154LA 1OUEA 1KXYA 1REXA 1VDPA 1LZGA 1F6RA 5HQ1A 4H9IA 1JTTL 1KXWA 1IP3A 1LJFA 1YKYX 1CJ9A 4GCFA 4I0CA 2YSSC 5ILFA 1QUTA 4DD9A 1IWWA 1IR7A 3CQLA 3TMWA 5KXRA 5FELA 3EMSA 1XGQC 1YQVY 5DLAA 4DDBA 3QY4A 1B5ZA 2BQAA 2DQJY 2C8OA 1D0LA 4NSHA 4NGLA 4LYTA 5E9RA 4WLTA 5L3HA 1HF4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IP5A 182LA 2EQLA 4YEMA 1VATA 5I4WA 1C60A 1QS9A 2Z18A 245LA 1GF5A 2RBRA 1OVHA 4ETCA 1L10A 1LHJA 1GB7A 2ANVA 1GDWA 1UC0A 5F14A 1GFAA 5HNLA 1GFGA 1BWHA 1SQ2L 149LA 1GF0A 3F9LA 127LA 4EKSA 2BQIA 131LA 3HTBA 1INUA 2ZWBA 1J1XY 1KNIA 2YDGA 1IR9A 1L01A 2PC2A 4WM1A 2OTYX 4B49A 2ZQ3A 1LZNA 4BADA 3DN8A 1HERA 1LYFA 4W56A 3HDFA 5KXMA 3FADA 1G1WA 1BQLY 1XJTA 168LA 1L20A 2B70A 3OJPA 1L76A 2B74A 5KXTA 1CNSA 3PDSA 191LA 1QDTA 1YILA 2DQDY 5HMVA 1YANA 4NG1A 5FSTA 1JJ0A 4WG7A 1LW9A 4N9RA 4XJFA 1LYIA 3HTFA 1P2LA 4H8ZA 4ML7A 4H94A 1B7OA 3JR6A 2RBNA 4ZPUA 1QSWA 2W1MA 1UA6Y 118LA 3RU5A 2LZTA 3HH6A 4HV2A 2BQHA 1DPXA 1WVUA 4PK0A 1FN5A 4LT1A 5FHWA 1C43A 1FBIX 4OOTA 2W1LA 144LA 4J7VA 1T6VL 5LIOA 4OO9A 3W6BA 4AQNA 2BQOA 1PQMA 2FBDA 4NGJA 1GB5A 3A8ZA 3C8RA 1UACY 4I7RA 129LA 2G4PA 2MEBA 2DQFC 1L72A 1VAUA 1VFBC 1LI6A 2BLYA 260LA 3WUMA 3G3XA 2YBNA 2D4IA 1C66A 199LA 3LZMA 4W59A 1L07A 1L34A 3DMVA 1OUBA 4QEQA 4J0LA 3GULA 1D9WA 133LA 4OWEA 1ZV5L 1HENA 4DD7A 2D6BA 1SX7A 3WYHA 3LYZA 3C82A 1MELL 1OUFA 1L14A 1L93A 3TMVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LZ1 A;  1IP5 A;  1NBZ C;  3B0K A;  2EQL A;  4YEM A;  1A2Y C;  4W96 A;  2HEF A;  2BQF A;  4IAS A;  1LKS A;  1LSF A;  1VAT A;  2GV0 A;  5I4W A;  4WO6 A;  2LYZ A;  3ATO A;  4CFP A;  1B5W A;  2Z18 A;  5I4X A;  1GF5 A;  5KXN A;  1LYO A;  4B0D A;  4WLD A;  2YBJ A;  4ETC A;  4ETE A;  5EBH A;  1LHJ A;  4NSJ A;  4TX7 A;  1GB7 A;  1NBY C;  1GDW A;  1D6P A;  1UC0 A;  4WMG A;  1GFT A;  1FKV A;  3WH1 A;  5F14 A;  1GFA A;  3HBE X;  5HNL A;  1GFG A;  1XFP L;  1DI5 A;  1BWH A;  1SQ2 L;  5B1G A;  1DKK A;  1NF5 A;  1TBY A;  4PGJ B;  1DI4 A;  1GF0 A;  4HTQ A;  2BQI A;  2F4A A;  1AT5 A;  4HV1 A;  3IWR A;  1GDX A;  1GPQ C;  1IOC A;  1WQO A;  4GN3 A;  4H9B A;  1INU A;  2ZWB A;  5B07 A;  1FDL Y;  1J1X Y;  1XGT C;  3A67 Y;  2MEH A;  1HEO A;  4HTK A;  4NGK A;  1LZA A;  1LJI A;  1LAA A;  2XJW A;  2YDG A;  1IR9 A;  2W1X A;  1LZD A;  1LSG A;  1OUC A;  2HED A;  4LZT A;  2VB1 A;  1VED A;  2PC2 A;  4NWH A;  5I54 A;  5LA5 A;  4NGZ A;  4TSC A;  4WM1 A;  4GN5 C;  5C6J A;  1GF8 A;  2ZQ3 A;  4B49 A;  4L41 A;  1LZN A;  1IP2 A; 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 1TCY A;  3WXT A;  1GF3 A;  4GLA A;  2Z38 A;  1LZ5 A;  2BQD A;  1J1O Y;  4WLY A;  1ALC A;  1AM7 A;  2BPU A;  3WUL A;  1LZT A;  5KXL A;  1KIR C;  1LZ9 A;  4DYG A;  4ZEE A;  5B59 A;  3SP3 A;  4B4J A;  4OOO A;  4DWX A;  1LZS A;  4RW2 A;  1LKR A;  4N5R A;  1LSY A;  3WVX A;  1GE0 A;  5APD A;  1IVM A;  1UIB A;  1BVX A;  1NQI A;  4LT2 A;  1RJC B;  1LYY A;  3N9A A;  5FCP A;  4RLN A;  3CT5 A;  5B06 A;  8LYZ A;  1C45 A;  2XBR A;  1XEI A;  2FBB A;  4NFV A;  1YKZ X;  4YF2 A;  3BKV A;  1IOS A;  2ZNX Y;  1WQN A;  3B6L A;  3WW5 A;  4WO9 A;  3EBA B;  5L9J A;  7LYZ A;  4YM8 A;  5LVH A;  1UID A;  1GE4 A;  1D0M A;  1UCO A;  4GLV A;  4PJ2 C;  3RZ4 A;  5KKI A;  3AGH A;  1B7P A;  1GBS A;  1LZE A;  4H9H A;  3FI7 A;  1LYS A;  1V7T A;  4H8X A;  1GFK A;  4HJZ A;  4DT3 A;  1XEK A;  1GAY A;  1RI8 B;  3ZVQ B;  4ET9 A;  3AGI A;  1LSM A;  4P2E A;  1YAO A;  1DZB X;  2BLX A;  3LZ2 A;  1UIH A;  2DKV A;  2BQM A;  4LYO A;  5APE A;  2W1Y A;  1RCM A;  154L A;  1OUE A;  1KXY A;  1REX A;  1VDP A;  1LZG A;  1F6R A;  5HQ1 A;  4H9I A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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