1SWZA

Use of an ion-binding site to bypass the 1000-atom limit to ab initio structure determination by direct methods
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVAAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRECALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Use of an ion-binding site to bypass the 1000-atom limit to structure determination by direct methods.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1swzA00
102LA 1PQMA 1OVKA 192LA 1L05A 112LA 185LA 178LA 1L72A 3QAKA 1OV5A 1DYGA 1L66A 253LA 3GUOA 4YXAC 1D3NA 3OE8A 2RH1A 1L10A 157LA 4K5YA 122LA 3DN6A 164LA 3HUAA 195LA 3SB5A 4E97A 1C61A 220LA 4YX7C 1KNIA 225LA 2CUUA 1L18A 1L15A 173LA 2IGCA 1L57A 148LE 3HTBA 1C6JA 4PK0A 206LA 3PDSA 1L40A 3D4SA 1G0QA 2Z6BA 176LA 1QT3A 2F47A 1L27A 1P64A 1QT7A 109LA 156LA 2ANVA 3C8QA 3HT9A 190LA 1L86A 234LA 4W58A 243LA 231LA 171LA 1L19A 1PQKA 4I7PA 2B6YA 3GUPA 1L22A 1L49A 2RB1X 4S0WA 2OTZX 1JTNA 2ANXA 3DN1A 1C6NA 3SB8A 141LA 107LA 1G0JA 1L16A 233LA 4ARQB 244LA 1G0MA 1L37A 104LA 1L35A 256LA 1QUGA 1LGWA 1QUDA 1L70A 1P36A 1C62A 4W56A 189LA 4LDOA 1C6EA 2B74A 1LLHA 1QTCA 1T8AA 2F32A 1L17A 1P2RA 1C6LA 1L75A 1L88A 1OYUA 3FA0A 3SB6A 4ARPA 1C6FA 1L67A 1K28A 3HT8A 165LA 115LA 4GRVA 131LA 1P3NA 1L03A 197LA 228LA 161LA 260LA 3DMZA 4EJ4A 4ARMA 1L39A 175LA 2LZMA 1L50A 2OU9A 236LA 1L62A 1G07A 1CV6A 229LA 1L91A 3CDOA 3HTGA 1QTZA 3FI5A 1ZURA 219LA 1CU3A 1G0PA 3GUKA 2RB2X 199LA 137LA 1C6KA 1L96A 1LYDA 4DAJA 1D3FA 3NY9A 1L81A 246LA 1C6TA 1QT5A 111LA 1C6CA 4OO9A 1P37A 3DMXA 2OE7X 1L53A 1C68A 3CDVA 3C80A 2B6TA 1LWKA 2Q9DA 1L59A 1SX2A 3GUMA 3HH5A 1L07A 170LA 139LA 222LA 3OE0A 4ARLA 1C6PA 1L46A 2OTYX 1L65A 4W52A 1L58A 245LA 128LA 248LA 1L0KA 218LA 3OE6A 1KY0A 4EKRA 1QUHA 1P7SA 3DN3A 2O7AA 167LA 212LA 1LYGA 1L54A 1L43A 187LA 3F9LA 4EKPA 1L68A 1L73A 1L08A 1CTWA 152LA 1LPYA 3C7YA 3RZEA 4I7KA 3HH4A 1L48A 1L41A 3HT6A 1L24A 4DKLA 3FADA 1L84A 4IAPA 168LA 200LA 1L52A 2RBNA 145LA 2OU0X 1L95A 188LA 1KW5A 3DN0A 3SB9A 1G0GA 120LA 1T8GA 242LA 3G3WA 3L2XA 4EPFA 180LA 1C63A 3SN6R 138LA 174LA 4W59A 1QSBA 1JQUA 1XEPA 1SWYA 1LYJA 3C7WA 2LC9A 2OE9X 4EXMA 3ODUA 113LA 2L78A 1C66A 1G0KA 1L28A 223LA 4DJHA 198LA 1L71A 2HUMA 1LYFA 235LA 1D3MA 2RBRA 3HUQA 4I7SA 1KS3A 6LZMA 146LA 5LZMA 3DMVA 1L97A 140LA 1QTBA 2B70A 3GUNA 4GBRB 1I6SA 216LA 1L0JA 1QS5A 249LA 2RBOA 4LZMA 1L92A 1L80A 1DYDA 1L56A 1TLAA 2HUKA 1L06A 2O79A 1CX6A 4I7OA 1L30A 1C6DA 2OE4X 4I7RA 1L31A 1L83A 1L99A 227LA 1L51A 151LA 110LA 3GULA 217LA 1L45A 247LA 3DNAA 1SX7A 3C8SA 1OWYA 125LA 186LA 3L64A 1C69A 1LI2A 1L98A 159LA 1L69A 4LDEA 3C8RA 238LA 1CV0A 1C6HA 1L42A 2O4WA 1L09A 4ARQA 1CVKA 237LA 258LA 1C6GA 1CX7A 149LA 2RBQA 3RUNA 239LA 1XJUA 224LA 150LA 130LA 7LZMA 1L74A 1L21A 2QB0B 1L33A 1PQJA 3PBLA 1L13A 2OEAX 2QARC 3NYAA 2NTGA 4W57A 1L85A 213LA 1PQDA 205LA 144LA 1L60A 3HDEA 3CDRA 4ZPUA 1QTDA 127LA 2A4TA 1LGXA 142LA 255LA 3OE9A 119LA 210LA 1C6AA 3HU8A 1QS9A 1LGUA 1CUQA 1KY1A 2Q9EA 3JR6A 1P56A 1D2YA 1OV7A 2B6ZA 147LA 254LA 2LCBA 1L89A 3HH3A 211LA 221LA 2B75A 1L61A 1QT8A 4I7LA 3HTFA 1P2LA 1LWGA 1C6QA 3DN2A 232LA 3SBAA 1ZYTA 261LA 182LA 1T8FA 172LA 1C60A 2OU8A 1L55A 1L04A 1OWZA 169LA 1EPYA 1T6HA 209LA 3G3XA 4W51A 259LA 3HU9A 1C6BA 103LA 1L76A 2B7XA 1G06A 1L44A 3EMLA 108LA 3K2RA 241LA 3HWLA 3DN8A 252LA 1CV3A 1L34A 4LDLA 3DN4A 1LYEA 3HT7A 126LA 3CDTA 158LA 1L01A 1LYIA 3SBBC 4EPIA 1D3JA 3LZMA 1C64A 3C83A 3C82A 2B6WA 1P46A 4I7QA 1PQIA 1NHBA 4W55A 1L23A 1CV4A 1L14A 240LA 1G1VA 251LA 2F2QA 184LA 2RBSA 1LI3A 1P6YA 2NTHA 201LA 4YXCA 1CV5A 2RBPA 230LA 1L36A 5I14A 1JTMA 1L87A 1QT6A 3GUJA 1L77A 4AQNA 166LA 1L79A 4ARMB 1SSWA 4I7NA 114LA 4W53A 155LA 1L82A 2B6XA 3NY8A 1WTHA 3GUIA 1L29A 1QUOA 2RB0X 129LA 1QSQA 1QTVA 1CU0A 1L94A 163LA 1CU2A 1L93A 1SWZA 118LA 1LYHA 1DYBA 1CV1A 1ZWNA 1QT4A 1L64A 1P5CA 1LW9A 257LA 3HTDA 1CUPA 1G1WA 1T97A 262LA 183LA 2HULA 1L11A 2RAZX 1CU6A 3V2WA 214LA 1C67A 4I7MA 4EKQA 1OVJA 1L38A 3SB7A 1DYCA 1C6IA 226LA 1DYAA 1L25A 1PQOA 177LA 4EKSA 3UONA 3G3VA 1OVHA 162LA 1L02A 3C81A 2B73A 181LA 3VW7A 3HH6A 1CU5A 1L12A 3V2YA 3HDFA 1D2WA 1SSYA 4I7TA 1G0LA 191LA 3C7ZA 196LA 250LA 1C6MA 1L00A 3F8VA 1DYFA 143LA 123LA 4PJZA 3HUKA 2RAYX 2B72A 4I7JA 160LA 1DYEA 1L32A 1LI6A 1L20A 1L26A 1B6IA 1D9WA 1KW7A 215LA 1L47A 1XJTA 1L63A 3DKEX 4ARJA 3CDQA 1L90A 1QTHA 1C65A 4W54A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CKHA 1HELA 192LA 1CNSA 1L05A 3B6LA 1LZ4A 5KKIA 1OV5A 1DYGA 1B7SA 3D9AC 1FBIX 1IP3A 122LA 2CDSA 3QE8A 2LYOA 3M3UA 4DD0A 1KXXA 4E97A 1C61A 1XGUC 220LA 1KNIA 1LMTA 1L18A 1JIYA 3WPLA 3LZTA 1HFXA 3HTBA 1OUDA 4QGZA 1IOQA 5E4PA 3A90A 1B5UA 176LA 1QT3A 1AM7A 1LMAA 1P64A 4TSCA 1QT7A 4I8SA 5KXZA 109LA 1YIKA 1L86A 1QIOA 1L19A 1WQOA 2XBRA 4S0WA 3RU5A 1IOTA 1C6NA 107LA 1CJ8A 1L16A 1REXA 2BQEA 244LA 4ARQB 1BB6A 4KXIA 1GE2A 2BQBA 1B5YA 4W56A 3WVXA 2F32A 1OYUA 3TXIA 1AT5A 3FA0A 1LZNA 2YBNA 193LA 4HPIA 1K28A 4NGZA 5B59A 4NGIA 2LZTA 4HTQA 131LA 4HJVA 161LA 4EJ4A 3P65A 5KXXA 134LA 133LA 1LHHA 2LZMA 2MEFA 2Z39A 2OU9A 4KT3A 4WM2A 229LA 2VB1A 1GB8A 3HTGA 1HENA 3FI5A 5APFA 4KPMA 1CU3A 1N4FA 1YL0X 1EL1A 1L96A 2BLXA 1XGTC 1D3FA 1L81A 3AB6A 1C6TA 2B6TA 3ATNA 1L59A 3GUMA 222LA 3OE0A 1B7PA 1C6PA 1E8LA 2OTYX 4W52A 3A3RX 3A96A 1IP4A 2D4JA 218LA 1L0KA 5FCPA 4EKRA 4YM8A 4E3UA 167LA 4RW1A 4XJFA 194LA 3HT6A 4J1BA 2AUBA 1B5VA 1L84A 168LA 1PZYA 2RBNA 4C3WA 1QDTA 1NKHA 1LSMA 3DN0A 1DQJC 3L2XA 3G3AB 3HBEX 4HJYA 4CFPA 1FLUA 4W59A 5KXLA 2LC9A 1LJJA 1VDQA 4EXMA 3ODUA 1IP6A 1GEZA 1IY4A 2FBDA 2LZ2A 4ETBA 1L28A 2BQDA 1HSWA 2NWDX 3B0IA 5ILFA 198LA 1LZ8A 3LYMA 2HUMA 5KY1A 235LA 3EMSA 3IJUA 140LA 2B70A 4GBRB 4H91A 216LA 249LA 2RBOA 3LYTA 1CKFA 1L80A 1DYDA 2HU3A 2D6BA 1L06A 1IO5A 1C45A 2O79A 3RW8A 1OUHA 3RT5X 4Z41A 2OE4X 4G4BA 4TWSA 110LA 4ETEA 217LA 247LA 4NHPA 4WL7A 1LI2A 5A3ZA 159LA 2MEEA 1CV0A 1JEFA 1L09A 1NBYC 1GF3A 4NWEA 1CX7A 3AGIA 1LHLA 1XJUA 2BQCA 1WVUA 132LA 2A7DA 5C6JA 1INUA 1GB5A 1GWDA 3SP3A 1L21A 3GXRA 2QB0B 1L13A 1A4VA 1LMCA 4CGEA 5KXWA 4WO9A 3ULRA 1L85A 1L60A 1F10A 1LSNA 1QTDA 3CT5A 2EIZC 127LA 3TXEA 4BS7A 3OE9A 1JTPL 1YAQA 1LGUA 1CUQA 2DQDY 3JR6A 2G4QA 1LYZA 1OV7A 4LYCA 3AGGG 1L89A 3T36A 1YAMA 1D9UA 2D4IA 3QNGA 1P2LA 4QDNA 3SBAA 1ZYTA 1EQEA 1FKVA 261LA 1GHLA 1G7LC 1C60A 5F9XA 2HEFA 2W1MA 4HTNA 1NWGA 1LCNA 2Z37A 3IJVA 4N1CC 209LA 4W51A 259LA 4H8ZA 3HU9A 1C6BA 103LA 5FEKA 2B7XA 1G06A 1CJ6A 1HEMA 4HP0A 3WU7A 4LDLA 5HNLA 4N5RA 1GF4A 1CKGA 1H87A 2LYZA 4EPIA 3SBBC 1LZ9A 3W6BA 1UC0A 5DLAA 2DQIY 2HU1A 4W55A 1QSWA 4GCCA 2HEDA 6LYZA 1HFYA 4ET8A 1LI3A 201LA 4YXCA 1HC0A 1L36A 6LYTA 1L87A 1QT6A 1L77A 2DQGY 1SSWA 4I7NA 4DD1A 3WVYA 114LA 1BB3A 1LHMA 4WO6A 2B6XA 1GDXA 4OWHA 1WTHA 3GUIA 1BHZA 5APCA 1QUOA 2BQJA 4WLYA 1QSQA 2DQAA 4HPEA 5F81A 1CU0A 1L94A 163LA 1CU2A 1L93A 1D6PA 4IASA 1GB7A 1ZWNA 1QT4A 1P5CA 1LW9A 2F30A 257LA 1JUGA 1IP1A 1GBSA 1B7MA 1CUPA 1G1WA 3WH1A 262LA 2HULA 1AZFA 2DBTA 1SLYA 3SB7A 1C6IA 1T6VL 4NSIA 1UIFA 2Z2FA 2BQOA 1L02A 1VDTA 3V2YA 5LYMA 1SSYA 2MEGA 5B1GA 1GF5A 1XSFA 191LA 4B4EA 3TXHA 1TCYA 1L00A 5I53A 143LA 4EMNA 3HUKA 2RAYX 2B72A 1LJKA 1ALCA 1LI6A 4H1PA 3P66A 5LVKA 1V7TA 1L63A 4XJIA 3DKEX 5HQ1A 2Z38A 4O34A 1LTMA 1L90A 1GF8A 1PQMA 4HTKA 4NEBA 2DQEY 5LVJA 112LA 178LA 1GE4A 1TEWA 1OUBA 4BAPA 3CB7A 1B5ZA 2BAAA 2PC2A 4DD2A 253LA 3GUOA 4YXAC 2XBSA 4GCDA 3OE8A 4ZFPA 4HV2A 1L10A 3DN6A 4ET9A 164LA 3HUAA 3TMUA 5LXWA 2FYCA 1JHLA 2YBMA 3PDSA 4NGVA 1C43A 2EKSC 2X0AA 2Z6BA 1WQPA 2BQLA 1ZVYB 4H9IA 1LJNA 1XFPL 1LJ4A 2RB1X 1J1OY 2OTZX 233LA 4DT3A 1G0MA 1YKYX 3W6EA 4CFOA 1QUGA 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1L69A 4LDEA 3C8RA 2EQLA 5LVHA 4WOAA 2O4WA 4WM4A 5IDDA 207LA 1UIHA 3LN2A 258LA 1C6GA 1IOCA 5FSTA 4Z3MA 239LA 224LA 4TSBA 7LZMA 4PRQA 2CGIA 4GLVA 1L33A 1PQJA 1YKXX 213LA 1PQDA 4YF2A 4ZPUA 3CDRA 1JISA 4WM6A 2A4TA 1OQMA 3A3QA 1QS9A 4DD3A 1RCMA 1LZRA 1D2YA 2B6ZA 254LA 1CKCA 2LCBA 2DKVA 3HH3A 4R6CA 3WU8A 2B75A 1JSEA 1QT8A 4I7LA 1C6QA 1LJGA 1G7IC 1GBXA 3LYOA 172LA 3WUNA 1OWZA 1NHEA 1QUSA 1EPYA 1LSZA 1T6HA 1LJ3A 1LSYA 1DXJA 4LZTA 1VFBC 1C08C 2HUBA 3EMLA 5KXRA 108LA 1IWYA 252LA 1CV3A 3DN4A 3AGHA 3IWRA 3HT7A 2BQNA 158LA 1LYIA 3LZMA 4OWCA 1GD6A 3C82A 1JITA 4OWEA 3A91A 1C46A 1L23A 1CV4A 240LA 1LSFA 4G49A 2HEEA 2F2QA 184LA 4XYYA 1P6YA 1F0WA 1B2KA 4LGKA 1JKCA 1L79A 3CSZA 3LHMA 4XJGA 3WW5A 4W53A 3NY8A 1FN5A 129LA 1QTVA 2W1YA 4EOFA 1WQNA 5DM9A 1UBZA 1SWZA 118LA 3WL2A 3OJPA 4UWNA 1TAYA 4LYMA 3VWOA 1GXXA 1IWWA 1WQQA 5KXPA 2ZNWY 3K3TA 1BWHA 1RJCB 183LA 1NQIA 1UIAA 2RAZX 1CU6A 3V2WA 1OUFA 1IIZA 2MEBA 1UUZC 4EKQA 2HECA 1DYCA 226LA 3B0KA 1DYAA 1PQOA 4IJ4A 1OVHA 3C81A 4CHXA 2H9KA 1CU5A 1UICA 3HDFA 4C5FA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1CKH A;  1HEL A;  192L A;  1CNS A;  1L05 A;  3B6L A;  1LZ4 A;  5KKI A;  1OV5 A;  1DYG A;  1B7S A;  3D9A C;  1FBI X;  1IP3 A;  122L A;  2CDS A;  3QE8 A;  2LYO A;  3M3U A;  4DD0 A;  1KXX A;  4E97 A;  1C61 A;  1XGU C;  220L A;  1KNI A;  1LMT A;  1L18 A;  1JIY A;  3WPL A;  3LZT A;  1HFX A;  3HTB A;  1OUD A;  4QGZ A;  1IOQ A;  5E4P A;  3A90 A;  1B5U A;  176L A;  1QT3 A;  1AM7 A;  1LMA A;  1P64 A;  4TSC A;  1QT7 A;  4I8S A;  5KXZ A;  109L A;  1YIK A;  1L86 A;  1QIO A;  1L19 A;  1WQO A;  2XBR A;  4S0W A;  3RU5 A;  1IOT A;  1C6N A;  107L A;  1CJ8 A;  1L16 A;  1REX A;  2BQE A;  244L A;  4ARQ B;  1BB6 A;  4KXI A;  1GE2 A;  2BQB A;  1B5Y A;  4W56 A;  3WVX A;  2F32 A;  1OYU A;  3TXI A;  1AT5 A;  3FA0 A;  1LZN A;  2YBN A;  193L A;  4HPI A;  1K28 A;  4NGZ A;  5B59 A;  4NGI A;  2LZT A;  4HTQ A;  131L A;  4HJV A;  161L A;  4EJ4 A;  3P65 A;  5KXX A;  134L A;  133L A;  1LHH A;  2LZM A;  2MEF A;  2Z39 A;  2OU9 A;  4KT3 A;  4WM2 A;  229L A;  2VB1 A;  1GB8 A;  3HTG A;  1HEN A;  3FI5 A;  5APF A;  4KPM A;  1CU3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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