131LA

Structures of randomly generated mutants of t4 lysozyme show that protein stability can be enhanced by relaxation of strain and by improved hydrogen bonding via bound solvent
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYSIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Structures of randomly generated mutants of T4 lysozyme show that protein stability can be enhanced by relaxation of strain and by improved hydrogen bonding via bound solvent.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 131lA00
171LA 1L38A 3HT7A 129LA 1L33A 3PDSA 2B6XA 126LA 1L10A 1L30A 1LYEA 3GUJA 198LA 1L34A 2B7XA 149LA 1EPYA 1L0JA 142LA 181LA 3HUKA 3FI5A 1P3NA 3NY8A 147LA 162LA 2OU9A 1C67A 1P2RA 1C6CA 3G3WA 1XEPA 2OEAX 4ARMA 165LA 1DYAA 145LA 1OWZA 104LA 3LZMA 4LDLA 2HULA 2F2QA 3L2XA 1L17A 2B6ZA 4PK0A 3HH3A 1L04A 4EKQA 1L49A 2QB0B 1L60A 2LZMA 167LA 1QT3A 3V2YA 1L91A 2L78A 1SSYA 236LA 1L37A 2B70A 2RAYX 4I7MA 160LA 3DMZA 178LA 1L71A 1L45A 1L85A 1L67A 1LYHA 1SWZA 151LA 1C6TA 1CTWA 218LA 3CDOA 3C80A 1XJTA 1C61A 1L83A 1B6IA 1C66A 4W52A 224LA 1QTVA 197LA 1CV5A 1QS9A 3HH5A 1CV0A 1C6PA 3DMVA 1CVKA 1L87A 1WTHA 4W51A 3GULA 217LA 1L88A 235LA 3HDFA 3V2WA 253LA 4GBRB 1L74A 2RB1X 241LA 1DYDA 190LA 1C60A 1L13A 1L44A 1L35A 1LW9A 2RB2X 4LDEA 3C8QA 1OYUA 1LWGA 1L90A 249LA 231LA 2RBNA 4I7PA 4ARLA 5LZMA 1T6HA 4DJHA 4GRVA 3C83A 1L00A 1LYJA 108LA 1L65A 141LA 3CDQA 4YX7C 4W54A 1G06A 161LA 247LA 1SX7A 245LA 2QARC 4W55A 1OVKA 1D3MA 1L54A 176LA 4I7QA 1KNIA 1XJUA 1C6BA 1TLAA 4I7LA 3SB7A 4ZPUA 1L19A 1DYGA 188LA 184LA 1C6QA 4DAJA 1L79A 2O79A 1OVHA 3F9LA 1SSWA 2Q9EA 1L52A 1C6FA 3OE0A 4LZMA 1OWYA 1L29A 2OE4X 2HUKA 1LPYA 1KY0A 4EXMA 1L89A 3C8SA 152LA 2NTHA 1SWYA 1L48A 3SBAA 4LDOA 212LA 3DKEX 1L75A 1L16A 1L66A 3HH4A 3SBBC 102LA 1D9WA 250LA 4ARMB 1G0JA 189LA 155LA 172LA 1ZWNA 1DYEA 206LA 111LA 2RAZX 1C6LA 1G07A 1LYFA 3DNAA 1P64A 1L28A 1QSBA 2RBPA 1L15A 216LA 1L70A 1L57A 1L46A 1L95A 146LA 3DN0A 103LA 1L86A 2LC9A 1L24A 4S0WA 1C63A 257LA 1QTDA 1C6MA 3GUPA 1L98A 148LE 244LA 1C68A 1QUDA 3RZEA 1L01A 140LA 1QT6A 3D4SA 1PQKA 122LA 3HDEA 1L42A 3HU8A 1T8GA 261LA 1CU6A 4EPFA 150LA 3G3VA 164LA 1QTHA 1ZURA 4I7KA 1QTBA 3C7ZA 4EKPA 1CX6A 1D3FA 1C65A 3GUIA 169LA 223LA 5I14A 1L61A 4EJ4A 234LA 3OE6A 226LA 2F47A 1L09A 1OV5A 3GUNA 107LA 1L63A 109LA 1L27A 4I7JA 1L56A 1L68A 1KY1A 240LA 243LA 1PQDA 1L64A 1CV6A 3SB9A 110LA 1G0MA 1QUHA 4PJZA 1KS3A 1C69A 1G1WA 1C6GA 1P2LA 3G3XA 1JQUA 1L31A 258LA 3DN3A 2RBOA 221LA 125LA 4E97A 1L99A 205LA 242LA 6LZMA 3DN4A 1D2YA 1KW7A 1L53A 1L55A 237LA 1P6YA 1QUOA 1KW5A 127LA 1L96A 2NTGA 3DN8A 3HT6A 3C81A 1L51A 3HT9A 3CDTA 1LGUA 4I7SA 2OE9X 131LA 222LA 1C6AA 1CU3A 3NY9A 246LA 260LA 1L39A 3NYAA 138LA 1C6NA 252LA 2Q9DA 4W53A 1L22A 1PQOA 1JTMA 4W59A 1PQMA 2B6WA 1L23A 1T8FA 1DYCA 166LA 3GUOA 1QUGA 2B72A 120LA 1L97A 229LA 225LA 1C6JA 2LCBA 1CX7A 4I7OA 3C7YA 1PQJA 4W58A 2B73A 4W56A 2RBRA 3HTDA 3JR6A 1L40A 2B6TA 4DKLA 213LA 254LA 1PQIA 2O7AA 1K28A 4IAPA 186LA 1LLHA 3FADA 1L32A 2B75A 3C7WA 1C6EA 1G0PA 1L72A 114LA 163LA 3HU9A 180LA 175LA 259LA 183LA 4I7RA 2OE7X 2OTYX 1L50A 1T97A 3HWLA 3HUAA 159LA 1QT5A 3VW7A 1L12A 1P56A 196LA 1L82A 2OU8A 1L84A 1L11A 1LI3A 4EKRA 200LA 1L18A 177LA 119LA 2ANXA 1DYBA 3HTBA 7LZMA 1L94A 1LYIA 1LYGA 255LA 1LI6A 157LA 195LA 1L07A 1D3NA 112LA 1L06A 1C6HA 1CU0A 1LGXA 1L03A 3DN1A 1QTCA 130LA 2RBSA 113LA 4OO9A 4ARQA 2OTZX 1LYDA 230LA 1G1VA 210LA 1CUQA 185LA 1P37A 2B6YA 187LA 139LA 128LA 1C6IA 1P36A 1L81A 251LA 173LA 1C64A 3C8RA 1L47A 214LA 1CUPA 3L64A 2O4WA 211LA 3SB5A 1L92A 2OU0X 1G0QA 3HH6A 1L05A 1G0LA 1C6DA 1L14A 3K2RA 3F8VA 233LA 3HT8A 2IGCA 4AQNA 1NHBA 4ARPA 1CV3A 1L58A 239LA 3GUKA 158LA 3QAKA 1LWKA 219LA 137LA 1L77A 2CUUA 3OE8A 1L69A 1L62A 1L93A 3SB8A 4ARJA 248LA 1T8AA 2Z6BA 1CV1A 1CU5A 2B74A 1L73A 115LA 4I7TA 1L59A 1L20A 232LA 3DMXA 1L26A 3UONA 3GUMA 3DN2A 1QT7A 168LA 1L21A 4K5YA 201LA 1L80A 191LA 4W57A 1L36A 1L76A 3FA0A 3OE9A 1QSQA 1ZYTA 1L0KA 4EPIA 182LA 228LA 1OV7A 227LA 3HUQA 1LGWA 4YXCA 3HTFA 156LA 199LA 2RB0X 1G0GA 3DN6A 1L08A 3RUNA 1OVJA 2F32A 1D3JA 256LA 2RBQA 1C62A 192LA 3SB6A 3PBLA 1LI2A 2HUMA 1DYFA 1C6KA 118LA 4EKSA 3SN6R 209LA 3EMLA 1L25A 170LA 1L41A 1QS5A 3ODUA 2RH1A 3C82A 3CDRA 2A4TA 174LA 1CU2A 262LA 4I7NA 123LA 1L43A 1P46A 1D2WA 1QTZA 1G0KA 2ANVA 1SX2A 1JTNA 3CDVA 4YXAC 144LA 1CV4A 215LA 1I6SA 1QT8A 143LA 220LA 238LA 3HTGA 1P5CA 1QT4A 1P7SA 1L02A 4ARQB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
171LA 1LSZA 1L38A 2DQFC 3OK0A 5I4XA 1VDSA 4GCFA 1LYEA 1L34A 4H9IA 1Z55A 4H9HA 3FI5A 1P3NA 3P4ZA 3AZ5A 1C67A 1P2RA 5B1GA 3IJVA 4ARMA 1LZ4A 1BGIA 2MEBA 5HQ1A 1LJHA 3K3TA 4MCKA 3TXEA 2B6ZA 4ETCA 5AMYA 3M3UA 4NHQA 3BKVA 2BQFA 5HNCA 167LA 1QT3A 3V2YA 2HECA 2B70A 1LZCA 4I7MA 4OWHA 1REMA 160LA 1L71A 1L85A 3AZ4A 1RFPA 1BQLY 3CDOA 1GFAA 1QSAA 1XJTA 1C61A 4WM4A 224LA 1QTVA 1CV5A 3ATNA 1E8LA 2H9JA 3WULA 5LVKA 1CVKA 1L87A 4Z98A 1VDTA 3GULA 4IATA 1GF6A 1GE1A 2F4GA 5KXNA 241LA 190LA 1L44A 2RB2X 1GBXA 1LW9A 3C8QA 1C10A 1JSEA 231LA 2RBNA 4TWSA 4OWCA 5C6JA 4DJHA 4NFVA 2ZQ3A 2DQJY 108LA 1D6QA 1EQ4A 3B6LA 247LA 1SX7A 245LA 4I7QA 208LA 1IP5A 2MECA 4KT3A 3EO5A 184LA 5LXWA 4XJDA 4H1PA 1BWHA 4N5RA 4TUNA 1UCOA 4DDBA 1DKJA 1OWYA 3A96A 2OE4X 1GB9A 1WQQA 1D0KA 4KPMA 3W6EA 102LA 4DD7A 250LA 155LA 5II3A 1LHIA 206LA 111LA 2RAZX 1G07A 1GD6A 2ZILA 3WU8A 1L28A 1QSBA 4WLXA 1LSDA 3WUAA 1IY4A 2EPEA 1L95A 1L46A 3DN0A 4J7VA 1IWWA 1NDMC 1C6MA 3GUPA 1L98A 148LE 1L01A 3HDEA 1QT6A 1LJNA 3D4SA 1L42A 261LA 4EPFA 1UUZC 1QTHA 4LYBA 5K7OA 1NHEA 1IP1A 2EKSC 4HJZA 1QTBA 1D3FA 1IP6A 2I6ZA 234LA 4I0CA 1L27A 1L68A 1KY1A 4WM3A 2LHMA 5LVIA 2MEFA 4CGEA 1L64A 3A6BY 3SB9A 2MEEA 110LA 1QUHA 1GXXA 1KS3A 1HSXA 1G1WA 4G4BA 4OWBA 5I53A 5F14A 1CJ6A 258LA 221LA 1LJGA 1WVVA 1L99A 1KW7A 3ATOA 237LA 3G3BB 1KW5A 127LA 4PGJB 3WW6A 3CDTA 4WLYA 4BADA 4NHPA 1CU3A 4XJBA 246LA 1OUBA 4NGZA 1B5XA 252LA 1REYA 1IOTA 4W53A 1L22A 2B6WA 1JKAA 2YBMA 1DYCA 1TAYA 4XJHA 4KXIA 2D4JA 1LYSA 1GBZA 1HNLA 1C6JA 1VFBC 4UWVA 2DBTA 5APCA 2GV0A 4W56A 1NBZC 2RBRA 2MEIA 4R6CA 213LA 135LA 1NQIA 5FSTA 1LSYA 1K28A 4ZIXA 4H8YA 3E3DA 1QDRA 4GN4A 5L3HA 114LA 1CKGA 180LA 1L50A 1T97A 3HUAA 159LA 1QT5A 1HSWA 3VW7A 1L12A 1DXJA 1P56A 2YSSC 4ET9A 1GE3A 4PPOA 1L18A 3TXDA 2ANXA 1J1OY 7LZMA 1D6PA 1KIPC 2BQBA 3TXFA 1OUJA 5APEA 5KXPA 4C5FA 1TDYA 1B7RA 4PJ2C 112LA 1GB7A 1C6HA 1L03A 3DN1A 5DN4A 2F4AA 2I26L 5LYZA 4NHTA 3B72A 4ARQA 1JISA 1G1VA 1REXA 4M4OA 1P37A 3J4GA 1DPXA 2B6YA 1C6IA 2BQCA 3P68A 4LT1A 2BQMA 1FDLY 1GEVA 2IHLA 1LZYA 9LYZA 3HH6A 1FLQA 1OQMA 1NF5A 2CDSA 3LYTA 5LAGA 2WARA 3LYOA 3N9EA 1CV3A 1LSFA 158LA 3QAKA 1L62A 4RLMA 1CJ8A 4I8SA 1CV1A 2C8PA 2B74A 1GF4A 1L73A 1F10A 1L20A 4Z41A 232LA 3DMXA 2BPUA 2DKVA 3QNGA 1GFUA 3GUMA 4WLTA 1L21A 201LA 4NGKA 1L80A 191LA 3CSRA 3FA0A 4MR1A 3IWRA 1ZYTA 5HMVA 1OV7A 3HUQA 1LGWA 4NG8A 4DYGA 1XGTC 3AYQA 2D6BA 2Z2EA 4QEQA 256LA 3SB6A 4ZEEA 3LHMA 1G7MC 2HUMA 4EKSA 5FCPA 1L25A 5HNLA 1L41A 2X0AA 3CDRA 2HEAA 3EMSA 1P46A 2FYDA 3CQLA 2ANVA 2YDGA 1H6MA 2YBHA 144LA 220LA 1P5CA 4DT3A 4NGYA 4DQJA 4E3UA 126LA 1YIKA 1D9UA 1YILA 2B7XA 3LYZA 4B0DA 1EPYA 1L0JA 181LA 1MELL 1YAMA 4HJVA 2BQGA 1WQOA 1C6CA 2OEAX 1OWZA 104LA 4LDLA 2BQJA 1JKDA 1F6SA 3L2XA 4PK0A 3HH3A 4YM8A 3LZTA 1L49A 1L60A 1SQ2L 2LZMA 5DM9A 1QQYA 1L37A 1YANA 3TXIA 178LA 1GDXA 1AM7A 151LA 1C6TA 218LA 4N0JA 4G49A 3C80A 1IR7A 1LJ4A 5KJ9A 1L83A 5KY1A 1QS9A 1CV0A 1FBIX 1N4FA 1GFKA 1DI3A 1QSWA 4W51A 1WQRA 217LA 5FHWA 1UICA 235LA 4ML7A 3HDFA 253LA 2RB1X 1LMOA 4WLDA 1L35A 3LYMA 134LA 1LCNA 1HENA 1DZBX 4ETAA 4I7PA 1T6HA 3A95A 1L00A 1L65A 141LA 1RE2A 4WO9A 1GFVA 1OUDA 4HPEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 171L A;  1LSZ A;  1L38 A;  2DQF C;  3OK0 A;  5I4X A;  1VDS A;  4GCF A;  1LYE A;  1L34 A;  4H9I A;  1Z55 A;  4H9H A;  3FI5 A;  1P3N A;  3P4Z A;  3AZ5 A;  1C67 A;  1P2R A;  5B1G A;  3IJV A;  4ARM A;  1LZ4 A;  1BGI A;  2MEB A;  5HQ1 A;  1LJH A;  3K3T A;  4MCK A;  3TXE A;  2B6Z A;  4ETC A;  5AMY A;  3M3U A;  4NHQ A;  3BKV A;  2BQF A;  5HNC A;  167L A;  1QT3 A;  3V2Y A;  2HEC A;  2B70 A;  1LZC A;  4I7M A;  4OWH A;  1REM A;  160L A;  1L71 A;  1L85 A;  3AZ4 A;  1RFP A;  1BQL Y;  3CDO A;  1GFA A;  1QSA A;  1XJT A;  1C61 A;  4WM4 A;  224L A;  1QTV A;  1CV5 A;  3ATN A;  1E8L A;  2H9J A;  3WUL A;  5LVK A;  1CVK A;  1L87 A;  4Z98 A;  1VDT A;  3GUL A;  4IAT A;  1GF6 A;  1GE1 A;  2F4G A;  5KXN A;  241L A;  190L A;  1L44 A;  2RB2 X;  1GBX A;  1LW9 A;  3C8Q A;  1C10 A;  1JSE A;  231L A;  2RBN A;  4TWS A;  4OWC A;  5C6J A;  4DJH A;  4NFV A;  2ZQ3 A;  2DQJ Y;  108L A;  1D6Q A;  1EQ4 A;  3B6L A;  247L A;  1SX7 A;  245L A;  4I7Q A;  208L A;  1IP5 A;  2MEC A;  4KT3 A;  3EO5 A;  184L A;  5LXW A;  4XJD A;  4H1P A; 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