1F6SA

Crystal structure of bovine alpha-lactalbumin
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
122
structure length
122
Chain Sequence
EQLTKCEVFRELKDLKGYGGVSLPEWVCTTFHTSGYDTQAIVQNNDSTEYGLFQINNKIWCKDDQNPHSSNICNISCDKFLDDDLTDDIMCVKKILDKVGINYWLAHKALCSEKLDQWLCEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords ALPHA-LACTALBUMIN
publication title Crystal structures of apo- and holo-bovine alpha-lactalbumin at 2. 2-A resolution reveal an effect of calcium on inter-lobe interactions.
pubmed doi rcsb
total genus 40
structure length 122
sequence length 122
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2000-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1f6sA00
5B07A 1IWXA 1GAZA 3N9EA 3AZ4A 1LHHA 2HU3A 3WH1A 5KXTA 1IC5Y 2FYCA 2LYMA 4H92A 4N1CC 2VB1A 5HMJA 5KXRA 1FLQA 4TSCA 1JKAA 1GF0A 4GCDA 1OUHA 1LHMA 5DM9A 1YKXX 4H8ZA 3TXGA 1GD6A 4BS7A 3A94A 1VDQA 2YBJA 3TXBA 3M18B 5AMYA 2CDSA 5HMVA 5APEA 1XSFA 4ETDA 4IJ4A 4CFPA 1DZBX 4LFXA 4U3XB 5DLAA 1LJFA 1IEEA 5FDJA 4NHTA 2PC2A 5D5CA 4YEMA 1JTOL 2LHMA 3WUMA 1B7QA 1GBSA 4J1AA 1W08A 2D6BA 2Z12A 3WVXA 1I20A 1LMNA 2XTHA 3CQLA 1QDTA 1JJ1A 2MEDA 1IX0A 1O23A 2DQDY 5I53A 4BAPA 4RLMA 1GFHA 1LHJA 1AT6A 4OOOA 5I4YA 1B7LA 1GF4A 1UUZC 1IC7Y 2DQIY 2BQKA 1IP5A 1GPQC 4C5FA 4DT3A 2F4AA 1YAMA 3A95A 2ZIKA 1LZEA 1BQLY 1LJ4A 4PPOA 1YKZX 4UWNA 4ZIXA 1C10A 1BB3A 1GF6A 2BQOA 2BQCA 3CT1A 1KIQC 4NGJA 2BQFA 2W1YA 3P64A 3WW5A 5LINA 1BB5A 1PS5A 5I5QA 1UBZA 5IDDA 1LZNA 3WU8A 1XEIA 4D9ZA 1GFKA 3TXKA 1HEMA 4NGOA 4TWSA 3A90A 4KXIA 1A2YC 4WO6A 1GE1A 4WM5A 1HEWA 1XGQC 2HTXA 4XJBA 4RLNA 4Z98A 1DPWA 2G4QA 5DL9A 3QNGA 4NGIA 2EKSC 2I26L 1JKBA 1IP3A 2HECA 4WM2A 1LSGA 1ZVYB 4H9FA 4OWHA 5K7OA 4LT2A 4NGKA 4XYYA 5HQ1A 1J1XY 1B2KA 5F16A 4DWXA 1CKFA 3FI7A 4PHIA 1WVVA 2GV0A 4HTNA 4NSHA 1C45A 2YVBA 1GFAA 4GCCA 1FKQA 4LYBA 5APFA 3WU9A 4HPIA 4N8ZA 1LSDA 1W6ZA 3RW8A 4DDBA 2DQJY 2N5ZA 2FBDA 5KXKA 1BVXA 1LMQA 4CHXA 1NF5A 1HHLA 3A3RX 1KIPC 1VAUA 1OUGA 1LSYA 1TAYA 1HEOA 5A3EA 4L41A 4H9AA 1LSEA 1VDSA 4WL6A 1D6QA 4LT1A 4AGAA 5ILCA 2CWIA 1C08C 1DPXA 1GF9A 2AUBA 2D91A 1ZVHL 2BPUA 3QE8A 2MEFA 4LGKA 4W96A 3A96A 1NWGA 1YAPA 2BQLA 4OOTA 5HNLA 1C7PA 1IY3A 3AB6A 1QSWA 1LZ4A 1VDTA 4KT3A 4LT0A 3AGIA 4HJZA 1GE2A 4NSIA 2ZWBA 4H9CA 2MEHA 5F81A 4DYGA 1B5VA 1DXJA 1WQMA 2Z18A 3TMXA 5KXMA 2BQAA 1KXWA 1QIOA 3TXEA 1LSBA 1GFEA 1WQPA 2BAAA 4B0DA 3J4GA 1NBYC 5LYMA 1DKKA 1B7RA 1IVMA 1IIZA 1HELA 4B4EA 4XADA 1REYA 3LYMA 1XFPL 3GXRA 3HBDA 1UIHA 1CJ7A 1OQMA 1B7MA 4XENA 1GBYA 154LA 4ET9A 1JTTL 4GCEA 3TXFA 1GEVA 1WQRA 3B0KA 4I0CA 5M1YA 2DQFC 4B4JA 1GE3A 1XGUC 4GCFA 4YEOA 3WL2A 2X0AA 1FLUA 4B49A 5HNCA 4WMGA 1T3PA 1LYYA 208LA 2BQHA 1LZTA 1P2CC 5ILFA 5KXOA 5LVGA 3SP3A 5E4PA 1HERA 1WTMA 4NHSA 1LMAA 3N9CA 2BLYA 3WPLA 1B7PA 4H94A 3J6KA 4NHIA 4I8SA 1B7SA 1OUCA 1B5XA 2LZTA 1VATA 4HTKA 4OWCA 1LJHA 2DKVA 3AYQA 4YENA 3WUNA 4N0JA 2BQEA 3WYHA 2YBNA 5FELA 1LZRA 3P68A 4E3UA 4EMNA 5HLLA 194LA 1CJ8A 4GCBA 1JSEA 4DD1A 1IOSA 1F10A 207LA 4FDYA 3BKHA 1LJEA 4HP0A 2I6ZA 3B0IA 2BQBA 4N5RA 1LZ8A 1KXXA 1LZ6A 2W1MA 5LVJA 4WLDA 4G4BA 5KXZA 4PRUA 4NHPA 4XJHA 4Z41A 4C3WA 5I4XA 1OUAA 1HF4A 1VDPA 1JKDA 2F30A 2G4PA 5FEKA 4WO9A 2C8PA 1JISA 3W6EA 1D0KA 1MLCE 1REMA 2Z2FA 2LYOA 5LA8A 2YBLA 1G7JC 1LSMA 5IELA 4WM1A 5F9UA 1LHLA 2BQDA 4HPEA 4BAFA 5KXXA 1G7MC 1PZYA 4DC4A 1GFRA 4WLYA 1GE0A 1DI4A 1BWJA 4NWHA 4WM3A 4KL7A 3CSZA 5LAFA 1LZSA 1G7IC 3WULA 1EQ5A 1YAQA 2HUBA 2DQHY 1UC0A 1F0WA 4LYOA 132LA 3M3UA 4DD9A 1IWZA 1LTMA 1HEPA 1NDMC 2C8OA 3AJNA 1LHKA 2BQIA 1V7TA 1YKYX 1BWIA 4X3BA 1JTPL 1LZGA 1GFVA 1IOTA 1HMKA 1LYSA 1DI5A 1LCNA 2ZQ4A 1LMOA 3LN2A 4GN5C 4NGWA 4A7DA 4NGLA 3CSQA 1MELL 4J0LA 3LZ2A 1H6MA 1RE2A 1SLYA 4ZEEA 1NKHA 4HSFA 4NWEA 4NHQA 3ZVQA 1LSPA 1HSWA 3B72A 5KXNA 3P65A 2F2NA 1F6SA 2ZIJA 1G7LC 1NQIA 1IOCA 5E9RA 5I54A 1FBIX 2Z37A 3F6ZA 4B4IA 1GEZA 5LVHA 2G4NA 1GBXA 1TDYA 1KIRC 3TXIA 1UACY 1AKIA 2EQLA 3AZ6A 3ULRA 4B1AA 1JEFA 153LA 4G4HA 1UIBA 135LA 1C43A 5LXWA 4GLVA 1T6VL 4TUNA 4HJVA 5LYZA 193LA 1UIAA 5LIOA 5B1GA 5L3IA 1GB2A 4YF2A 3EO5A 3B0OA 2I25L 3LHMA 3MGWA 1XGRC 1YIKA 2NWDX 3WPJA 2BLXA 4ET8A 1QQYA 3W3EA 2EIZC 2HEAA 4NIJA 5IHGA 3WXTA 4LYTA 3A93A 4OWBA 5B59A 3W6CA 1FDLY 1NDGC 1JIYA 1BWHA 3CSRA 4G49A 1HFZA 1HFXA 1JKCA 1CJ6A 1WQQA 1RI8B 1JUGA 3VWOA 1BB6A 4LZTA 4NG1A 1JJ3A 1GB6A 2ZNXY 4IASA 4R0FA 1GF3A 1LAAA 1LPIA 5FCPA 2ZNWY 1LJ3A 1UIFA 1JJ0A 1INUA 2WARA 4LT3A 4IATA 4RW2A 3EMSA 3W6FA 4QDNA 1FLWA 3ZEKA 3WVYA 3E3DA 1LJJA 3K3TA 1YILA 1DKJA 1FLYA 6LYZA 1NHEA 3AW6A 3G3BB 1JSFA 1F6RA 1JHLA 1LYZA 2Z39A 3HFMY 4ANRA 1LSZA 1QUTA 1IWYA 2BQGA 2ZQ3A 4G4CA 1UIGA 4H9EA 3RT5X 1UICA 2MEIA 1CJ9A 3FE0A 1EQEA 1LZ9A 2DQCY 4NFVA 4BADA 5KXSA 1DI3A 2A7FA 1B7OA 1IP1A 1IO5A 3D9AC 1OUIA 3TMUA 5B05A 1YANA 4RW1A 4DDAA 4XJIA 5L9JA 1IP4A 2B5ZA 3P66A 2IHLA 3WPKA 3WU7A 2Z2EA 2HEFA 1IP7A 4NG8A 5JENB 5APDA 1GFGA 1D6PA 1HNLA 1CKDA 4N1EI 1CKCA 1GB3A 5KY1A 3KAMA 4NGVA 1GDXA 1VEDA 1WTNA 7LYZA 1RCMA 1HC0A 2LYZA 2XBRA 4J7VA 4UWVA 134LA 4WM4A 1CNSA 2H9JA 3EXDA 8LYZA 3ATOA 4WG7A 1IR8A 5KXLA 4XN6A 3IWRA 1B5UA 2ZYPA 1B9OA 1NBZC 2DQGY 3GXKA 3HBEX 4HV2A 1JITA 4W94A 1JWRA 1LJKA 3WMKA 5KKJA 4OWAA 4NY5A 1LSFA 1HMLA 4ETCA 5KXPA 5J7CA 1Z55A 1OUDA 1REZA 5L3HA 4PGJB 1CKHA 1IOQA 1UCOA 4KPMA 4ML7A 2BQMA 1LJNA 4WLXA 4GLAA 1JPOA 2DQAA 3A8ZA 4PRQA 4HV1A 1GF5A 4H91A 1GBOA 5FHWA 5LYTA 5B1FA 1XGTC 1YQVY 1B0DA 1HFYA 3A34A 3BKVA 1UIEA 2YBIA 1GF7A 4R6CA 5KJ9A 1LSNA 5LVIA 3RU5A 3WW6A 3CT5A 1LJGA 2A7DA 4II8A 4NEBA 4P2EA 4TSBA 5A3ZA 5C6LA 4ZFPA 5KXYA 5F14A 1REXA 1BHZA 1GAYA 1YROA 1OUEA 4H9BA 4HTQA 1RJCB 1AT5A 1ALCA 4YM8A 2DQEY 1GB9A 1UIDA 3ZVQB 1D9UA 3TMWA 1LMCA 2Z38A 3TXJA 5KKIA 2Q0MX 2YBMA 4MSTA 4DD0A 1VFBC 5APCA 4PJ2C 1TCYA 3AZ7A 4DD2A 2CGIA 1AM7A 3P4ZA 4NGYA 1LYOA 1OP9B 5D5FA 5C6IA 1WVUA 1D0MA 4NSGA 3RZ4A 5LVKA 1C46A 1TEWA 2F4GA 2ZILA 3A6BY 2D4IA 1IP6A 4XJDA 1LZBA 2HEEA 3OJPA 4ETBA 4MR1A 6LYTA 4CGEA 1LKRA 1LSAA 1J1PY 3OK0A 1XGPC 2FYDA 1IWUA 2XJWA 3T6UA 3WXUA 1XEKA 2Y8PA 4QY9A 1BB4A 1IP2A 2YDGA 1IC4Y 1YAOA 4NSJA 5KXWA 4J1BA 3AGHA 1IY4A 1WQOA 2H9KA 1LKSA 2MEEA 2YBHA 5F9XA 3IJVA 3T36A 4WM6A 2RSCA 3A3QA 1YL1X 2FBBA 4Z3MA 2EPEA 3TXDA 4ETAA 9LYZA 1D0LA 2HEDA 1IWVA 1GDWA 1OUFA 3N9AA 4WL7A 1GB0A 4O34A 1LZCA 5C6JA 1J1OY 3B6LA 5FSTA 1B5WA 1YL0X 3LZTA 4DDCA 4N9RA 1OUJA 1ZV5L 3EBAB 2MEAA 4H9IA 1LZ1A 4G9SA 1GBWA 1NMMA 1B5YA 4WLTA 2DBTA 4H90A 3TMVA 1GB7A 5DN5A 1E8LA 1LZ5A 5DN4A 4UWUA 2H5ZA 4M4OA 4CFOA 3WUAA 1LMPA 1BB7A 3W6BA 3CB7A 4CJ2A 3AGGG 3D3DA 1H87A 1DQJC 4NGZA 2XBSA 4MCKA 3AZ5A 1I56A 2IFFY 1LSCA 2D4JA 1WQNA 3TXHA 1QUSA 2BQNA 4QGZA 4XJFA 1BGIA 4H9HA 4FJRA 3A92A 1OUBA 1HENA 1BVKC 1EL1A 1I1ZA 1EQ4A 1GBZA 5EBHA 3RNXA 4DD3A 1IR9A 1LOZA 1UA6Y 4RDSA 4TX7A 5LAGA 2BQJA 3W6AA 4LYMA 1GHLA 1LZYA 1TBYA 1B5ZA 1GF8A 133LA 1GFTA 1LJIA 1GXV2 1GB5A 1GXXA 2Z19A 5B06A 1GWDA 1IORA 2MECA 1QDRA 1FKVA 4H1PA 1B7NA 2LZ2A 1LMTA 1QTEA 2HEBA 4H8XA 5T3FA 5LA5A 4GN3A 3A91A 4DD7A 1FN5A 1HEQA 4HJYA 4Z46A 1IR7A 4M6DA 1XEJA 2YSSC 2W1XA 2CJLA 2MEGA 3QY4A 2W1LA 3IJUA 1V7SA 1AZFA 1QSAA 3HBHA 3LYOA 5II3A 1G7HC 5I4WA 4AXTA 3G3AB 2HU1A 4H93A 1LZAA 1ZMYL 1QTKA 3W6DA 1N4FA 1LZDA 4QEQA 4LYCA 4WOAA 2ZYCA 4EOFA 3ATNA 4WG1A 1SQ2L 4ETEA 1A4VA 2D4KA 2MEBA 1GFJA 3AW7A 3A67Y 4LYZA 1HSXA 3LYTA 1GB8A 4OW1A 4H8YA 1LHIA 3LYZA 4XJGA 1KXYA 1RFPA 1GFUA 3A6CY 1CKGA 3CT0A 1IWTA 4LFPA 1IWWA 4GN4A 4OWEA 4TTDA 1GE4A 4YOPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IWXA 178LA 1GAZA 3N9EA 3WH1A 1LHHA 4YXAC 2FYCA 225LA 4N1CC 1L53A 1FLQA 4I7OA 1L90A 3A94A 1C6TA 4IJ4A 3RZEA 5DLAA 1L48A 1IEEA 2PC2A 4YEMA 1LYJA 1B7QA 1GBSA 4J1AA 235LA 174LA 147LA 4BAPA 2DQDY 5I53A 1GF4A 1D9WA 1L88A 4C5FA 2F4AA 1YAMA 2RBPA 1LWKA 250LA 3WW5A 2BQFA 2OU9A 5IDDA 1C63A 3WU8A 1XEIA 4KXIA 1L19A 1OVJA 2I26L 1JKBA 4LDLA 5K7OA 1C6CA 4LT2A 2OU8A 4NGKA 4DWXA 1CKFA 1LGWA 1WVVA 1SX2A 2GV0A 4HTNA 1C45A 1L66A 1L77A 4HPIA 1W6ZA 1L18A 2N5ZA 1L39A 1HHLA 1OUGA 1TAYA 232LA 4WL6A 4AGAA 1GF9A 3QE8A 2BPUA 3HH4A 2BQLA 4OOTA 1LZ4A 1ZYTA 4LT0A 1L69A 3AGIA 4HJZA 5F81A 1DXJA 1QTDA 1KXWA 1QIOA 3TXEA 1CU0A 1LSBA 1B7RA 1IIZA 4B4EA 3GXRA 3HBDA 1L76A 1CJ7A 156LA 1B7MA 1QS9A 3HDEA 171LA 4I0CA 1C61A 3WL2A 4B49A 2B6XA 1HERA 1WTMA 4NHSA 1B7PA 3J6KA 4NHIA 1B7SA 2LZTA 4YENA 1L98A 1LZRA 1G0GA 3P68A 5HLLA 4GCBA 1JSEA 207LA 4FDYA 1LJEA 3B0IA 1LZ6A 4WLDA 1WTHA 1HF4A 115LA 2G4PA 184LA 4PK0A 1JISA 1D0KA 1MLCE 2LYOA 2YBLA 4BAFA 2B6ZA 2OU0X 1L74A 1GE0A 1BWJA 4WM3A 4KL7A 3CSZA 1EQ5A 1CU5A 1CTWA 1F0WA 189LA 3HUKA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5B07 A;  1IWX A;  1GAZ A;  3N9E A;  3AZ4 A;  1LHH A;  2HU3 A;  3WH1 A;  5KXT A;  1IC5 Y;  2FYC A;  2LYM A;  4H92 A;  4N1C C;  2VB1 A;  5HMJ A;  5KXR A;  1FLQ A;  4TSC A;  1JKA A;  1GF0 A;  4GCD A;  1OUH A;  1LHM A;  5DM9 A;  1YKX X;  4H8Z A;  3TXG A;  1GD6 A;  4BS7 A;  3A94 A;  1VDQ A;  2YBJ A;  3TXB A;  3M18 B;  5AMY A;  2CDS A;  5HMV A;  5APE A;  1XSF A;  4ETD A;  4IJ4 A;  4CFP A;  1DZB X;  4LFX A;  4U3X B;  5DLA A;  1LJF A;  1IEE A;  5FDJ A;  4NHT A;  2PC2 A;  5D5C A;  4YEM A;  1JTO L;  2LHM A;  3WUM A;  1B7Q A;  1GBS A;  4J1A A;  1W08 A;  2D6B A;  2Z12 A;  3WVX A;  1I20 A;  1LMN A;  2XTH A;  3CQL A;  1QDT A;  1JJ1 A;  2MED A;  1IX0 A;  1O23 A;  2DQD Y;  5I53 A;  4BAP A;  4RLM A;  1GFH A;  1LHJ A;  1AT6 A;  4OOO A;  5I4Y A;  1B7L A;  1GF4 A;  1UUZ C;  1IC7 Y;  2DQI Y;  2BQK A;  1IP5 A;  1GPQ C;  4C5F A;  4DT3 A;  2F4A A;  1YAM A;  3A95 A;  2ZIK A;  1LZE A;  1BQL Y;  1LJ4 A;  4PPO A;  1YKZ X;  4UWN A;  4ZIX A;  1C10 A;  1BB3 A;  1GF6 A;  2BQO A;  2BQC A;  3CT1 A;  1KIQ C;  4NGJ A;  2BQF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2CGI A;  3P4Z A;  1OP9 B;  6LYT A;  4ETB A;  1J1P Y;  2FYD A;  1L49 A;  2XJW A;  3WXU A;  1IP2 A;  4J1B A;  3AGH A;  1WQO A;  2MEE A;  1L61 A;  4WM6 A;  1P36 A;  4Z3M A;  4ETA A;  1OUF A;  1GDW A;  262L A;  4WL7 A;  1L27 A;  1LZC A;  1J1O Y;  1B5W A;  3CDT A;  4WLT A;  2DBT A;  4H90 A;  3TMV A;  3HT7 A;  5DN5 A;  3SN6 R;  4YXC A;  3DN3 A;  4M4O A;  1BB7 A;  1LPY A;  3CB7 A;  3W6B A;  4CJ2 A;  3D3D A;  231L A;  3LZM A;  1I56 A;  2IFF Y;  1LSC A;  2D4J A;  3TXH A;  3JR6 A;  1EQ4 A;  1D3J A;  5EBH A;  3VW7 A;  1UA6 Y;  4RDS A;  1T97 A;  2BQJ A;  258L A;  1GF8 A;  133L A;  5B06 A;  201L A;  1FKV A;  2LZ2 A;  3OE8 A;  195L A;  3A91 A;  1FN5 A;  1HEQ A;  4Z46 A;  2W1X A;  2CJL A;  1PQM A;  259L A;  2W1L A;  3IJU A;  1AZF A;  1L00 A;  2HU1 A;  4H93 A;  1LZA A;  1PQJ A;  3GUL A;  1N4F A;  4WOA A;  2ZYC A;  1L0J A;  4EPI A;  1LHI A;  4XJG A;  4LFP A;  1IWT A;  150L A;  1LYF A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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