1L21A

Contributions of left-handed helical residues to the structure and stability of bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCGGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Contributions of left-handed helical residues to the structure and stability of bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l21A00
1L01A 2B6XA 1L59A 1LGXA 1P46A 2O79A 3HT8A 1QSBA 131LA 1WTHA 1L44A 2LZMA 4YXCA 2RB1X 1L96A 152LA 165LA 1CTWA 3HH3A 1LWGA 3DMZA 212LA 3JR6A 2QB0B 2Q9DA 1C6GA 1KW5A 213LA 4W56A 3SB5A 230LA 4ARQB 1KNIA 1L93A 1KY0A 3LZMA 1D3NA 221LA 156LA 3DMVA 3HDFA 1DYAA 1TLAA 1L0JA 2NTGA 3L2XA 1L33A 1L55A 1L87A 2OEAX 1C61A 4EKQA 1P2LA 1L40A 1LI2A 1C6HA 243LA 1SX7A 242LA 167LA 1QT8A 201LA 2B75A 1CV1A 223LA 247LA 3HH4A 1PQMA 244LA 2Q9EA 1L13A 1LYIA 119LA 2F2QA 1G07A 1L27A 1QTHA 114LA 1LYDA 3OE8A 1JQUA 1LYJA 1P5CA 2LC9A 1L52A 1L15A 170LA 1L76A 158LA 1K28A 1CX6A 1L09A 1P64A 1DYEA 253LA 260LA 2OU9A 1L94A 2LCBA 137LA 142LA 3NY9A 2B74A 198LA 4I7TA 1L38A 234LA 4PJZA 231LA 226LA 4K5YA 186LA 1CV0A 1XJTA 1CV4A 129LA 245LA 1L51A 3CDQA 241LA 144LA 128LA 3G3XA 1L0KA 4LDLA 3VW7A 1D3MA 2IGCA 7LZMA 2B73A 1L56A 1LI6A 3EMLA 3HTFA 4LDEA 2RBSA 1L21A 2OE7X 4W58A 4DKLA 184LA 1SWZA 3HTDA 4I7OA 250LA 155LA 1L81A 2OE4X 4EJ4A 1G0LA 1L98A 2OE9X 1D3FA 4EKSA 140LA 2O4WA 151LA 143LA 1C6AA 3NYAA 258LA 113LA 1LYEA 1L83A 3C81A 3OE0A 3CDTA 3UONA 1PQKA 3GUOA 6LZMA 1L14A 1L84A 3FADA 1D9WA 2RH1A 164LA 1L88A 163LA 1L35A 1LPYA 3C80A 3SN6R 197LA 2B7XA 191LA 150LA 2F47A 125LA 1I6SA 177LA 1C6CA 1L95A 1DYCA 2B72A 3DN1A 1L06A 1C67A 130LA 2L78A 1D2YA 4EPIA 3DMXA 1L91A 1SWYA 1JTMA 1L42A 1L80A 103LA 3DN2A 4GBRB 1L37A 3PBLA 1L49A 1PQOA 1QS5A 2B6YA 1NHBA 256LA 1L75A 3HTGA 1L90A 3G3VA 2RBRA 181LA 4I7JA 4W52A 1QUGA 4YXAC 1T8FA 211LA 166LA 1G0QA 1L57A 1CUPA 1P7SA 3GUJA 4W55A 1QS9A 262LA 1T8GA 185LA 3OE9A 3L64A 112LA 168LA 232LA 4IAPA 2ANVA 1ZURA 4OO9A 3GUPA 118LA 1EPYA 1XJUA 4I7NA 110LA 1L05A 4EPFA 189LA 1P36A 1L12A 1L28A 1L32A 248LA 1L46A 1C60A 3C8SA 1L89A 4I7PA 148LE 1L61A 1CV5A 236LA 1QT4A 218LA 1SSYA 187LA 3HU9A 4I7RA 220LA 1ZWNA 1C6KA 1QSQA 1KY1A 2OTYX 3HT7A 4LDOA 1OV7A 1OYUA 4I7KA 3OE6A 4I7MA 259LA 1QTCA 4ARJA 205LA 1LI3A 1L73A 102LA 2Z6BA 196LA 1PQIA 1SX2A 3F8VA 209LA 1G0MA 2B6TA 1L82A 2RB2X 1QT3A 1QUHA 1P56A 1L16A 1C6QA 210LA 1L79A 249LA 4DJHA 4W54A 1C6PA 1L07A 109LA 1L24A 1L22A 1L31A 1OWZA 2RBQA 1PQDA 123LA 1C65A 1OV5A 1L65A 200LA 3ODUA 3FI5A 1QUOA 214LA 1G1VA 4W59A 4EXMA 175LA 1C6IA 1L99A 162LA 1C6FA 3NY8A 4ARPA 2RAYX 1G0PA 3RUNA 1QTVA 1L26A 1L74A 120LA 1SSWA 160LA 222LA 1L23A 1C6DA 199LA 126LA 1LW9A 1L58A 1C6JA 2O7AA 3C7ZA 3HH6A 1C6EA 3DNAA 176LA 178LA 1L34A 182LA 1L85A 1T6HA 3C7WA 3GULA 1L29A 3DN8A 4YX7C 1G0GA 1CV3A 2RBPA 1G06A 1L00A 216LA 4E97A 3GUIA 171LA 3DN0A 159LA 252LA 1L03A 1L63A 1L20A 5LZMA 139LA 1L11A 255LA 246LA 1QTZA 3F9LA 1L92A 4W53A 3HT9A 1KW7A 1G0JA 3SB7A 1C6TA 1L45A 261LA 174LA 1QTDA 4ZPUA 141LA 1L39A 1L64A 1L60A 1CU5A 233LA 1G1WA 3C8QA 2B6ZA 3DKEX 1L18A 1C62A 2RBNA 3C83A 1QT6A 1CU0A 3SB6A 2RBOA 225LA 180LA 3HUKA 3V2YA 1OVJA 1DYDA 108LA 1C66A 1DYFA 1JTNA 235LA 172LA 1L47A 1QUDA 1L17A 4EKRA 1P37A 4I7LA 1LLHA 1LGWA 228LA 3HH5A 4DAJA 161LA 5I14A 257LA 1D2WA 1L54A 4GRVA 4AQNA 183LA 192LA 4EKPA 1C6NA 3GUNA 2HUKA 3SBBC 1L10A 3SBAA 1L53A 3CDOA 1CU6A 1LYHA 1L25A 111LA 1P3NA 2HULA 3HTBA 188LA 1L43A 238LA 1L69A 3DN4A 1B6IA 3K2RA 3SB8A 3HDEA 169LA 1QTBA 1P2RA 1L36A 1C6LA 3CDVA 1L77A 122LA 115LA 1XEPA 251LA 3HWLA 2HUMA 4W57A 1L30A 4ARLA 2RAZX 2B6WA 254LA 127LA 173LA 195LA 1L67A 1OWYA 1L50A 1C69A 2A4TA 2OU0X 215LA 1L86A 3FA0A 1T8AA 1P6YA 1L41A 4ARMA 1L04A 4LZMA 3PDSA 104LA 3G3WA 4I7SA 1LWKA 3DN3A 149LA 1L70A 1T97A 1G0KA 217LA 190LA 3C82A 1CU3A 1C6BA 1L97A 219LA 2OTZX 1D3JA 239LA 4W51A 229LA 1DYBA 146LA 1L72A 1L68A 157LA 3C8RA 2OU8A 1QT7A 1L66A 1L19A 107LA 147LA 145LA 1LYGA 1CUQA 3C7YA 3DN6A 1ZYTA 1DYGA 2NTHA 1C63A 3V2WA 4S0WA 1L48A 4PK0A 1OVHA 237LA 1QT5A 4ARMB 1PQJA 1LYFA 1C68A 1KS3A 1OVKA 206LA 3HUAA 3CDRA 3D4SA 1CV6A 3HU8A 138LA 1C6MA 2F32A 4I7QA 1L02A 4ARQA 1LGUA 1L62A 2B70A 224LA 1CVKA 2CUUA 2RB0X 240LA 3RZEA 1CX7A 1CU2A 3HT6A 1L08A 2QARC 3GUKA 3QAKA 1C64A 227LA 3HUQA 3GUMA 3SB9A 1L71A 2ANXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H92A 5LA5A 1L59A 1LZ9A 2BQFA 1LAAA 4L41A 4QEQA 4OWAA 5LAGA 2F2NA 5F9UA 1LYSA 1VDSA 2RB1X 152LA 3HH3A 230LA 2BQGA 4ARQB 1L93A 1IP5A 4CJ2A 1B5YA 3RT5X 4ETCA 5C6LA 1DXJA 1JKAA 1FN5A 1GF8A 3DMVA 1IWWA 1L0JA 2NTGA 5APCA 1T6VL 1DZBX 1L87A 3TXIA 1P2LA 1JSEA 1ZV5L 1L40A 1UACY 243LA 5DL9A 4W94A 1CKCA 223LA 5FELA 5B1GA 1IY4A 2F2QA 1L27A 114LA 1DPWA 1GF9A 4TX7A 1IR8A 1JQUA 1P5CA 170LA 1L09A 2MEEA 1C10A 2XBRA 142LA 2B74A 3GXRA 2X0AA 132LA 1IO5A 3AYQA 3P66A 1LZEA 6LYZA 1LSAA 1CV4A 129LA 3CDQA 2XQOA 1J1OY 1OUBA 1DKKA 1GEZA 4LDLA 2B73A 1FLYA 1LI6A 3EMLA 3BKVA 3HTFA 4LDEA 4NGIA 1VATA 5II3A 184LA 1LMTA 3A94A 4NSJA 1JJ3A 5KXSA 2ANXA 1L81A 4H9AA 4NY5A 1GE2A 2O4WA 4NHQA 4DWXA 143LA 4WLDA 1A4VA 5IHGA 113LA 1LYEA 3TXKA 1YAPA 1L83A 1YAOA 1HFYA 4HTNA 1D9WA 1LPYA 3C80A 3SN6R 2G4NA 2B7XA 3WL2A 1KXWA 4QY9A 1XGTC 1GF4A 1LZ1A 1C67A 130LA 2L78A 1WQNA 4AXTA 1D2YA 2Z39A 1VFBC 3B6LA 1HC0A 3W6EA 1L42A 3B72A 5LVJA 1NBZC 3QE8A 5LVGA 2MEBA 1L49A 4NHIA 1NHBA 4PGJB 3HTGA 5JENB 1IP3A 3A91A 1UIDA 4WLXA 4RW1A 4I7JA 1OUDA 211LA 3AJNA 135LA 1L57A 4UWVA 4DDAA 1QS9A 3A3RX 3CQLA 4OW1A 1IOCA 1HMKA 1F10A 112LA 133LA 3GUPA 1OP9B 1P36A 1L28A 148LE 4WLTA 1PZYA 1OUIA 220LA 1C6KA 1KY1A 2I25L 4DQ7A 3TMXA 3HT7A 4LDOA 4XADA 1C46A 4I7KA 5D5CA 2EQLA 4H8YA 4ARJA 205LA 4WO9A 1LI3A 1L73A 4H9IA 4Z3MA 1OQMA 196LA 1SX2A 3CSZA 1QDRA 209LA 1UIEA 1L82A 2RB2X 3WVXA 1O23A 249LA 4DJHA 1IORA 4W54A 1QTKA 4N9RA 109LA 2MEAA 2RBQA 4WG1A 5FDJA 1OV5A 5KXYA 3A92A 4WM3A 2YBJA 1BB4A 4W59A 4PRQA 1IOTA 4NGKA 1B5XA 1L99A 1NF5A 1DI3A 1IWYA 3KAMA 5LVHA 5FEKA 4GCCA 1JUGA 1FLUA 1LW9A 1L58A 1C6JA 1GFRA 4N5RA 4WM6A 4DD1A 1AT6A 2ZYPA 3DNAA 1B7PA 176LA 4HJZA 134LA 1JKDA 1L34A 3GULA 3N9AA 3WPJA 1IWVA 4YX7C 1G0GA 2D91A 3VWOA 4YEMA 4OWCA 171LA 1C7PA 159LA 2CDSA 1CJ7A 139LA 5KKIA 1QTZA 3TXBA 1GB5A 1G0JA 3SB7A 1YAQA 1L39A 4QGZA 3DKEX 4OOOA 1XGPC 3C83A 5HMJA 2RBOA 225LA 1OVJA 108LA 1C66A 1JTNA 3QY4A 5LVKA 4GCDA 1QUDA 3EMSA 1P37A 3AW6A 4DAJA 3A8ZA 1IX0A 3LYOA 1E8LA 4EKPA 3GUNA 4AGAA 1L53A 1TCYA 5E4PA 3HTBA 111LA 4ML7A 188LA 4H90A 2Z37A 1C6LA 1IC4Y 3CDVA 1LMAA 1L77A 4PRUA 7LYZA 122LA 251LA 1L30A 1GF0A 3P65A 2RAZX 2C8OA 1QUSA 2F30A 1L67A 1L50A 1YKZX 4XJIA 1CJ6A 4YF2A 4DT3A 4ARMA 4UWUA 3PDSA 3G3WA 3DN3A 1L70A 1BWJA 2BQDA 3C82A 1IOQA 5KXRA 1LJIA 4J7VA 4GLAA 4DDBA 1GBOA 1GBSA 2HEDA 3CT0A 5DM9A 1GFKA 1L19A 147LA 4XJHA 1CKDA 3C7YA 4D9ZA 1XEIA 1IP2A 4ETAA 3RNXA 4I0CA 3V2WA 4TSCA 5B07A 1LHMA 1RE2A 4DYGA 1GFHA 1LSDA 2DQCY 1CV6A 3HU8A 1B0DA 138LA 1GFJA 1L62A 1DQJC 1QSWA 2I26L 2CUUA 2RB0X 5KKJA 4J1AA 1L08A 2QARC 1D9UA 4HV2A 3GUMA 1ZVYB 1ALCA 5LXWA 1P46A 1QSBA 1L44A 1WQMA 1LZ5A 4YXCA 2GV0A 1NKHA 1GE0A 3JR6A 2QB0B 1C6GA 1KW5A 5C6IA 3LZMA 1JKCA 156LA 3HDFA 2LZTA 2F4AA 2OEAX 5KXWA 1C61A 2BQLA 4EKQA 4W96A 5I4YA 167LA 1QT8A 3CT5A 4B0DA 5KXLA 1WQOA 2B75A 1CV1A 1GPQC 2Z2EA 247LA 5L3IA 1PQMA 5DN5A 244LA 4OOTA 1G07A 1QTHA 1D6PA 1LZ4A 1LZCA 1XEKA 3ULRA 3OE8A 2BQAA 1YL0X 2WARA 2Z38A 1K28A 1P64A 3AZ6A 154LA 1DYEA 3WU8A 2W1MA 2LCBA 137LA 1KXXA 198LA 1HNLA 1LSEA 4H9CA 1L38A 3GXKA 5HNCA 4PJZA 4WL6A 4XYYA 1JPOA 2XJWA 1B7SA 4K5YA 1CV0A 1GB8A 2FYDA 1L51A 2ZILA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4H92 A;  5LA5 A;  1L59 A;  1LZ9 A;  2BQF A;  1LAA A;  4L41 A;  4QEQ A;  4OWA A;  5LAG A;  2F2N A;  5F9U A;  1LYS A;  1VDS A;  2RB1 X;  152L A;  3HH3 A;  230L A;  2BQG A;  4ARQ B;  1L93 A;  1IP5 A;  4CJ2 A;  1B5Y A;  3RT5 X;  4ETC A;  5C6L A;  1DXJ A;  1JKA A;  1FN5 A;  1GF8 A;  3DMV A;  1IWW A;  1L0J A;  2NTG A;  5APC A;  1T6V L;  1DZB X;  1L87 A;  3TXI A;  1P2L A;  1JSE A;  1ZV5 L;  1L40 A;  1UAC Y;  243L A;  5DL9 A;  4W94 A;  1CKC A;  223L A;  5FEL A;  5B1G A;  1IY4 A;  2F2Q A;  1L27 A;  114L A;  1DPW A;  1GF9 A;  4TX7 A;  1IR8 A;  1JQU A;  1P5C A;  170L A;  1L09 A;  2MEE A;  1C10 A;  2XBR A;  142L A;  2B74 A;  3GXR A;  2X0A A;  132L A;  1IO5 A;  3AYQ A;  3P66 A;  1LZE A;  6LYZ A;  1LSA A;  1CV4 A;  129L A;  3CDQ A;  2XQO A;  1J1O Y;  1OUB A;  1DKK A;  1GEZ A;  4LDL A;  2B73 A;  1FLY A;  1LI6 A;  3EML A;  3BKV A;  3HTF A;  4LDE A;  4NGI A;  1VAT A;  5II3 A;  184L A;  1LMT A;  3A94 A;  4NSJ A;  1JJ3 A;  5KXS A;  2ANX A;  1L81 A;  4H9A A;  4NY5 A;  1GE2 A;  2O4W A;  4NHQ A;  4DWX A;  143L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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