153LA

The refined structures of goose lysozyme and its complex with a bound trisaccharide show that the "goose-type lysozymes lack a catalytic aspartate
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
185
structure length
185
Chain Sequence
RTDCYGNVNRIDTTGASCKTAKPEGLSYCGVSASKKIAERDLQAMDRYKTIIKKVGEKLCVEPAVIAGIISRESHAGKVLKNGWGDRGNGFGLMQVDKRSHKPQGTWNGEVHITQGTTILINFIKTIQKKFPSWTKDQQLKGGISAYNAGAGNVRSYARMDIGTTHDDYANDVVARAQYYKQHGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords GOOSE LYSOZYME
publication title The refined structures of goose lysozyme and its complex with a bound trisaccharide show that the "goose-type" lysozymes lack a catalytic aspartate residue.
pubmed doi rcsb
source organism Anser anser anser
total genus 75
structure length 185
sequence length 185
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01464 SLT Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 153lA00
4N0JA 4OWEA 1YAMA 1GBSA 1JSEA 1FLWA 4WO9A 1LJHA 1V7SA 1B5WA 1DPWA 1QIOA 1UIBA 194LA 1NHEA 4G49A 1GXXA 4FJRA 4IASA 1LSNA 207LA 1B0DA 1GBOA 3LYOA 4RLNA 3TMWA 1VFBC 2YBNA 4A7DA 4Z41A 1OUEA 5B07A 5LXWA 1LHHA 5E4PA 4ETDA 5KXTA 2HEBA 1C46A 1JJ0A 4ET9A 2DBTA 3N9AA 4Z3MA 3B0KA 2F4AA 1LAAA 1LMAA 1LSDA 4PRUA 2IHLA 2DQDY 5KXWA 3ULRA 2ZIJA 1B2KA 1LYSA 3TXFA 1GBWA 3KAMA 4J0LA 4HPIA 4CGEA 2MEAA 3WU9A 4ZEEA 1QTKA 2ZQ3A 1LZ9A 2F30A 1WVUA 2YBJA 3AZ7A 1B7MA 1AKIA 1DKJA 2D4JA 1B5ZA 4H91A 4YEOA 4QY9A 5HMVA 4CFOA 5FHWA 1H87A 5II3A 2YBHA 1KIPC 3EXDA 4LT3A 1IWZA 1B7NA 4WLXA 3A91A 5B05A 1KXWA 4H8XA 5LA8A 4NGZA 3A95A 1IOCA 1G7LC 1JWRA 1FDLY 2DQHY 5E9RA 1LHJA 3TXKA 5IELA 4E3UA 3A8ZA 135LA 1BWJA 3TXEA 2BQHA 4W94A 1IY3A 1GB9A 3T6UA 1LZ8A 4ETCA 1GE1A 1GB5A 5I5QA 1HEQA 1CKDA 1LMQA 3BKHA 3WPLA 5A3EA 5LA5A 4LYZA 1HEPA 3EMSA 5LYTA 2MEHA 1LZ4A 3AGIA 1XEJA 2BQAA 2LYOA 4HTQA 1GB8A 3BKVA 3CT1A 4LYMA 2LZ2A 1P2CC 2DQGY 1IWYA 4DDBA 4NG1A 1UIHA 3CT0A 3LN2A 1HFZA 3A3QA 3WPJA 4YF2A 1AZFA 4GN5C 4LZTA 3ZEKA 1UACY 1ZV5L 3A90A 5IHGA 4G9SA 4NFVA 1C10A 1LZRA 1LMPA 1UCOA 1IOTA 1J1XY 3LYTA 4J7VA 4PPOA 3TXIA 1VDPA 3GXKA 4WM1A 4H8YA 2W1LA 3P4ZA 3VWOA 4H9FA 3OJPA 4KL7A 2H5ZA 3J6KA 1CNSA 1F6RA 5APCA 3D3DA 1BWHA 3FE0A 1EL1A 2MEDA 5KY1A 5KXMA 1HMLA 1NWGA 1F10A 2LZTA 1AT5A 3A93A 3TXHA 1IY4A 2CDSA 3ATNA 1LJEA 4KPMA 1INUA 4B4IA 2MEBA 1LOZA 1GF0A 1SLYA 1XEIA 2YBIA 2EPEA 3LZ2A 133LA 4WLTA 4WOAA 2Z12A 5FEKA 4II8A 1LMTA 2NWDX 1LZGA 1GDWA 4W96A 4AXTA 4N5RA 1HENA 3N9CA 4GLVA 3WL2A 4GCCA 5KXNA 1FN5A 1LJNA 4WM6A 4UWVA 1GFRA 1DQJC 1F6SA 3IJVA 1LHIA 1LZCA 2IFFY 1B7OA 1HERA 1OUJA 2EIZC 2HECA 3HFMY 4NHQA 1SQ2L 4WG7A 5LVGA 3AZ4A 3TXDA 1WQRA 2BQCA 1D6PA 1AT6A 1OUAA 1I56A 4LYOA 4LYTA 1LMNA 2D91A 1J1OY 1UICA 3M18B 4XJGA 2ZYPA 4HV2A 1EQ4A 1C08C 4C5FA 1LKSA 1TBYA 2ZILA 4NG8A 2Z2EA 1XGTC 4DWXA 1HEWA 4DYGA 2FYCA 6LYTA 5J7CA 5KJ9A 1JJ3A 1BQLY 1V7TA 1CJ7A 1BB6A 1BVKC 1GBXA 5B06A 2BQDA 1VDTA 1LHMA 1Z55A 3WXTA 3B0OA 1LSFA 1GBZA 1DPXA 3A6CY 4GN4A 1A2YC 4IJ4A 3G3BB 3WUNA 5C6LA 4BAFA 2BLXA 3A6BY 5LYMA 4KXIA 4HV1A 3WU8A 1GFTA 4UWUA 5L3IA 2XJWA 5KKIA 1IWXA 1RE2A 3W6DA 5LVJA 4P2EA 4C3WA 1GFVA 4IATA 2BAAA 4PGJB 1J1PY 4GCDA 1NDGC 1VDQA 1CJ8A 1ZMYL 2B5ZA 4H93A 4OW1A 4PHIA 3WPKA 1OUCA 1PZYA 5FELA 4H9BA 1WQQA 3IJUA 7LYZA 1NBZC 1LSYA 4N1EI 4RDSA 5ILFA 1LSBA 5HLLA 1UBZA 1VDSA 4H90A 3RU5A 1YROA 1IR7A 4ET8A 1HEOA 1LYOA 4RW2A 1HFXA 1IP2A 1LZEA 1GFAA 4QEQA 4LFXA 3P65A 2BQJA 5DL9A 4CJ2A 4H9HA 3TMUA 1OUIA 2BLYA 3P68A 1DZBX 1GF8A 3W6AA 2EQLA 1B5XA 153LA 1IP4A 4NGOA 1UIDA 2DQCY 2DQAA 1G7JC 1RFPA 3AJNA 1YIKA 4TX7A 1FKQA 4N8ZA 2ZYCA 1XGRC 4YENA 4I0CA 5APFA 1LSEA 3T36A 3WXUA 1LZSA 3AGGG 4OWAA 4YOPA 2HEAA 3A3RX 1LJ4A 2Q0MX 1FLQA 2I6ZA 4HP0A 1IP5A 1QSAA 5B59A 1GE3A 1IX0A 2HTXA 2HEDA 1LSCA 4WM4A 1JUGA 5DN5A 5IDDA 4M6DA 3WYHA 4B4EA 4ZIXA 4WL6A 1IWUA 4H9EA 1F0WA 4EMNA 2BQNA 1GF7A 3CT5A 4NGLA 3RW8A 3TXJA 4TWSA 1LJKA 1QUSA 4I8SA 4QGZA 4WLYA 2BPUA 1C45A 2F2NA 1GBYA 1IEEA 1YILA 1LYZA 1ZVYB 1B5YA 1IWVA 2ZIKA 4OWCA 1JITA 4NGYA 2BQBA 4O34A 8LYZA 1IC7Y 4B0DA 1WQNA 1GAYA 1RCMA 4XJFA 4ETBA 2W1MA 2BQLA 4H8ZA 1UIGA 1GHLA 1GB0A 1WQPA 3WU7A 1W6ZA 4XJIA 3MGWA 3W3EA 4HTKA 3WH1A 1D6QA 2BQGA 1KIQC 1B9OA 1DI4A 4XYYA 4LT0A 132LA 1IP3A 1YANA 3GXRA 1CKFA 3SP3A 2XBSA 5HNLA 1IR8A 4BS7A 1LSPA 3B72A 4ETAA 1YQVY 2FBDA 5I4XA 4G4BA 2YVBA 1I1ZA 1LJJA 1GF3A 1CKCA 4NGIA 1BB7A 1TAYA 4NSJA 5D5FA 1HSWA 5HNCA 1D0KA 3EBAB 2LHMA 1FLYA 1REMA 3QY4A 4NWHA 3WMKA 2DQJY 3N9EA 3WUMA 1GB7A 5LVHA 2YDGA 4HJYA 1LZBA 4H9CA 4RW1A 1LZNA 4WO6A 1GPQC 5C6JA 1WTNA 2BQEA 3M3UA 5LIOA 4BADA 1FLUA 3IWRA 4MSTA 1IC5Y 1GB6A 1REZA 1JISA 5L9JA 1IP6A 1HFYA 5KXRA 4PRQA 1IO5A 1UA6Y 3W6EA 4CHXA 2HEFA 2BQMA 3CB7A 5M1YA 1CKGA 1GEZA 4OOOA 1YAOA 2Z39A 4NSGA 1XGUC 1YAQA 1E8LA 1G7IC 1LYYA 4DD2A 2CJLA 3W6FA 2BQOA 1CJ6A 5KXXA 1UIAA 3WW5A 4HPEA 3W6CA 1LZ5A 3B6LA 4B49A 4YM8A 4LT1A 4CFPA 1A4VA 1GD6A 1AM7A 3TXGA 2YSSC 1D9UA 1GDXA 1GF6A 1OUHA 1WTMA 4GLAA 1BB5A 3W6BA 4G4HA 1HMKA 1JKCA 1HSXA 1KXYA 1BHZA 1YL0X 2WARA 1LPIA 4TUNA 1NBYC 4KT3A 1BVXA 3HBDA 1GE4A 5F9UA 3ATOA 1GF5A 4LT2A 1GFHA 4NEBA 2HU3A 3B0IA 1FKVA 1N4FA 3WUAA 2Z2FA 1LSMA 1IOQA 2H9JA 4DD7A 1LJ3A 1IOSA 1YKYX 2ZNWY 4DDAA 5I53A 1IVMA 1KIRC 1B5VA 1NMMA 3QNGA 1B7RA 4ZFPA 2CWIA 1GXV2 1LMCA 3P64A 4LYBA 1JTPL 2ZQ4A 1B7SA 2ZWBA 4LGKA 4RLMA 4XADA 5FDJA 5B1GA 1YKZX 1T3PA 4YEMA 1CKHA 4H94A 1NQIA 4HJVA 3AW6A 1XEKA 1NF5A 4NGVA 4WL7A 2FBBA 4NGJA 4AGAA 4DD1A 5F14A 3ZVQB 3QE8A 193LA 2PC2A 1JKAA 1QUTA 5AMYA 3AGHA 4J1BA 3E3DA 4BAPA 1REYA 5L3HA 1I20A 2DQFC 1NDMC 1W08A 1DKKA 1GFGA 3AW7A 2DQIY 4U3XB 4D9ZA 2DKVA 4ETEA 1GF9A 3LYZA 5I54A 4GCFA 1GWDA 1C7PA 2MEFA 4NHTA 4OWHA 4R0FA 1B7QA 2XTHA 2D6BA 3RT5X 1B5UA 2G4PA 4H1PA 3K3TA 1HF4A 2F4GA 2YBLA 4N9RA 1JKDA 3RNXA 3TMVA 2FYDA 1LMOA 1VAUA 5LINA 1WVVA 2XBRA 5HMJA 4WM3A 4DC4A 1OUDA 4R6CA 1UIFA 3AYQA 1H6MA 1LSGA 1GFUA 5KKJA 1PS5A 1DXJA 1NKHA 1QSWA 2I25L 3D9AC 5DN4A 4LYCA 5C6IA 5LAGA 1D0MA 1JPOA 1JTTL 4LFPA 1TEWA 1FBIX 1GE0A 1YKXX 4HTNA 4NHSA 2D4IA 1LZAA 5T3FA 3P66A 2A7FA 4B4JA 2BQIA 4NSIA 1LKRA 1WQMA 2CGIA 4TTDA 3A34A 2MECA 1EQEA 4NGWA 1LSAA 4TSCA 2YBMA 1LHKA 3CSQA 2HU1A 4N1CC 4H9AA 4L41A 2X0AA 2W1XA 4WLDA 5I4YA 1ZVHL 4NWEA 1GEVA 4WG1A 134LA 1GB3A 1LJFA 3TMXA 5ILCA 3A94A 1JJ1A 1BB3A 1REXA 2Y8PA 3WW6A 5KXYA 4NHPA 1GFEA 3AZ6A 1O23A 3EO5A 4NY5A 1EQ5A 3CSRA 4H92A 4NHIA 3FI7A 5LVKA 2I26L 5FSTA 1JTOL 2LYZA 1XFPL 1BB4A 1JKBA 3HBEX 2LYMA 3A96A 1LSZA 5F9XA 2Z18A 4WMGA 1JHLA 1QQYA 1CJ9A 1UUZC 1OQMA 5JENB 1LZYA 5D5CA 5LVIA 1MLCE 4XJBA 1XGPC 1OUBA 4WM5A 2G4NA 4DD3A 4DD0A 4XJDA 208LA 2W1YA 2EKSC 1YL1X 5LYZA 5APEA 5EBHA 2Z37A 1IR9A 3OK0A 3AB6A 1IWWA 2RSCA 5KXLA 1TDYA 2DQEY 5APDA 1LZ1A 3J4GA 1LZ6A 3LYMA 4GCEA 5FCPA 1RJCB 1T6VL 5KXZA 1MELL 3TXBA 1OP9B 1TCYA 3A67Y 1IIZA 5DLAA 1JEFA 1VATA 1QTEA 5F81A 1XGQC 4XN6A 4DD9A 1HELA 1LTMA 1WQOA 1G7MC 1OUGA 3WVXA 5DM9A 5I4WA 1VEDA 4B1AA 1RI8B 1DI3A 2A7DA 5K7OA 2AUBA 5A3ZA 6LYZA 1UC0A 5HQ1A 1IP1A 4ML7A 1BGIA 1KXXA 2C8OA 2C8PA 4Z98A 2N5ZA 3WVYA 1C43A 3CQLA 4MR1A 1IORA 1HNLA 4TSBA 1GFKA 5F16A 2BQKA 1ALCA 1JSFA 2Z19A 5KXSA 2GV0A 4G4CA 1B7PA 1LCNA 3CSZA 2G4QA 1LZDA 4H9IA 1DI5A 4M4OA 2MEEA 1UIEA 4PJ2C 4EOFA 1OUFA 1GE2A 9LYZA 1HEMA 2ZNXY 4WM2A 1IP7A 4UWNA 1XSFA 4XENA 1JIYA 4FDYA 1B7LA 2Z38A 4QDNA 2D4KA 3LZTA 3RZ4A 3G3AB 4HJZA 2HEEA 4OWBA 3WULA 5KXOA 1G7HC 1D0LA 4X3BA 1IWTA 4ANRA 1BWIA 5KXKA 2VB1A 4HSFA 4MCKA 1HC0A 1GFJA 5KXPA 4DT3A 3LHMA 5LAFA 1GB2A 1GAZA 3A92A 1GF4A 1YAPA 3F6ZA 1LHLA 4J1AA 1HHLA 4NGKA 4DDCA 3ZVQA 1IC4Y 2HUBA 3HBHA 1LZTA 4GN3A 4OOTA 1QDTA 2H9KA 1QDRA 4NSHA 5B1FA 4XJHA 3AZ5A 154LA 4NIJA 2MEGA 4GCBA 2MEIA 1LJIA 1LJGA 4Z46A 2BQFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FLWA 1B5WA 1DPWA 4IASA 1B0DA 3LYOA 2YBNA 1L22A 4ETDA 1C46A 1JJ0A 2DBTA 3B0KA 2F4AA 1LSDA 1QTCA 2Q9EA 2IHLA 1B2KA 4HPIA 1JQUA 4CGEA 1L02A 1C67A 1LGUA 1LZ9A 3AZ7A 1B5ZA 4H91A 1H87A 146LA 1KXWA 4NGZA 3A95A 1CU6A 1FDLY 5IELA 2CUUA 3TXEA 2BQHA 1IY3A 1GE1A 216LA 4LYZA 1LZ4A 1CV3A 3CT1A 4LYMA 1IWYA 4DDBA 1L77A 1L66A 4J7VA 2W1LA 1C6LA 3OJPA 2H5ZA 3J6KA 5APCA 1BWHA 1NWGA 2LZTA 1AT5A 4W56A 1G0LA 1LGWA 2CDSA 3ATNA 227LA 1DYGA 1GF0A 250LA 177LA 2EPEA 1L50A 4WLTA 4WOAA 4EPIA 3V2YA 1HENA 3WL2A 5KXNA 1GFRA 1LW9A 1DQJC 1F6SA 3HH6A 1OV7A 1LHIA 4WG7A 188LA 2HECA 1AT6A 1I56A 1L46A 2D91A 1L55A 4HV2A 1CU5A 1C08C 4C5FA 1TBYA 201LA 5KJ9A 6LYTA 2FYCA 1BB6A 1LHMA 3WXTA 1DPXA 3A6CY 3CDQA 1A2YC 4GN4A 3G3BB 3WUNA 3A6BY 5LYMA 3DKEX 5KKIA 1IWXA 4P2EA 4IATA 3SN6R 1ZMYL 1SSYA 4OW1A 4PHIA 3RUNA 3CDTA 1D2WA 4H9BA 3DN0A 1L98A 189LA 1GFAA 2BQJA 4DQ5A 4H9HA 159LA 1OUIA 3W6AA 1DZBX 1GF8A 1B5XA 1ZURA 2DQAA 1L23A 1CTWA 2ZYCA 1XGRC 5APFA 3WXUA 3AGGG 2Q0MX 3CDVA 2OTZX 1GE3A 1PQJA 1CU3A 1L45A 1GF7A 3CT5A 4NGLA 3RW8A 1L84A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4N0J A;  4OWE A;  1YAM A;  1GBS A;  1JSE A;  1FLW A;  4WO9 A;  1LJH A;  1V7S A;  1B5W A;  1DPW A;  1QIO A;  1UIB A;  194L A;  1NHE A;  4G49 A;  1GXX A;  4FJR A;  4IAS A;  1LSN A;  207L A;  1B0D A;  1GBO A;  3LYO A;  4RLN A;  3TMW A;  1VFB C;  2YBN A;  4A7D A;  4Z41 A;  1OUE A;  5B07 A;  5LXW A;  1LHH A;  5E4P A;  4ETD A;  5KXT A;  2HEB A;  1C46 A;  1JJ0 A;  4ET9 A;  2DBT A;  3N9A A;  4Z3M A;  3B0K A;  2F4A A;  1LAA A;  1LMA A;  1LSD A;  4PRU A;  2IHL A;  2DQD Y;  5KXW A;  3ULR A;  2ZIJ A;  1B2K A;  1LYS A;  3TXF A;  1GBW A;  3KAM A;  4J0L A;  4HPI A;  4CGE A;  2MEA A;  3WU9 A;  4ZEE A;  1QTK A;  2ZQ3 A;  1LZ9 A;  2F30 A;  1WVU A;  2YBJ A;  3AZ7 A;  1B7M A;  1AKI A;  1DKJ A;  2D4J A;  1B5Z A;  4H91 A;  4YEO A;  4QY9 A;  5HMV A;  4CFO A;  5FHW A;  1H87 A;  5II3 A;  2YBH A;  1KIP C;  3EXD A;  4LT3 A;  1IWZ A;  1B7N A;  4WLX A;  3A91 A;  5B05 A;  1KXW A;  4H8X A;  5LA8 A;  4NGZ A;  3A95 A;  1IOC A;  1G7L C;  1JWR A;  1FDL Y;  2DQH Y;  5E9R A;  1LHJ A;  3TXK A;  5IEL A;  4E3U A;  3A8Z A;  135L A; 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 4GCE A;  5FCP A;  1RJC B;  1T6V L;  5KXZ A;  1MEL L;  3TXB A;  1OP9 B;  1TCY A;  3A67 Y;  1IIZ A;  5DLA A;  1JEF A;  1VAT A;  1QTE A;  5F81 A;  1XGQ C;  4XN6 A;  4DD9 A;  1HEL A;  1LTM A;  1WQO A;  1G7M C;  1OUG A;  3WVX A;  5DM9 A;  5I4W A;  1VED A;  4B1A A;  1RI8 B;  1DI3 A;  2A7D A;  5K7O A;  2AUB A;  5A3Z A;  6LYZ A;  1UC0 A;  5HQ1 A;  1IP1 A;  4ML7 A;  1BGI A;  1KXX A;  2C8O A;  2C8P A;  4Z98 A;  2N5Z A;  3WVY A;  1C43 A;  3CQL A;  4MR1 A;  1IOR A;  1HNL A;  4TSB A;  1GFK A;  5F16 A;  2BQK A;  1ALC A;  1JSF A;  2Z19 A;  5KXS A;  2GV0 A;  4G4C A;  1B7P A;  1LCN A;  3CSZ A;  2G4Q A;  1LZD A;  4H9I A;  1DI5 A;  4M4O A;  2MEE A;  1UIE A;  4PJ2 C;  4EOF A;  1OUF A;  1GE2 A;  9LYZ A;  1HEM A;  2ZNX Y;  4WM2 A;  1IP7 A;  4UWN A;  1XSF A;  4XEN A;  1JIY A;  4FDY A;  1B7L A;  2Z38 A;  4QDN A;  2D4K A;  3LZT A;  3RZ4 A;  3G3A B;  4HJZ A;  2HEE A;  4OWB A;  3WUL A;  5KXO A;  1G7H C;  1D0L A;  4X3B A;  1IWT A;  4ANR A;  1BWI A;  5KXK A;  2VB1 A;  4HSF A;  4MCK A;  1HC0 A;  1GFJ A;  5KXP A;  4DT3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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