2RBRA

2-phenoxyethanol in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Rescoring docking hit lists for model cavity sites: predictions and experimental testing.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2rbrA00
3NY8A 4S0WA 1L0JA 1L52A 3SBAA 1XEPA 141LA 4I7JA 4I7RA 1CU6A 2RAYX 1L86A 2LCBA 1XJTA 3NY9A 2OU8A 3SBBC 1L30A 1DYEA 2OE7X 1QT3A 1L46A 1L69A 4LDOA 1ZYTA 1L31A 1LGUA 1LYJA 2RBPA 1LYEA 1L87A 110LA 200LA 168LA 1QTVA 1L37A 222LA 161LA 4EKRA 1L14A 3DN6A 1QTZA 1I6SA 1NHBA 2B6XA 3F8VA 242LA 4W53A 220LA 3DN4A 3GUIA 1EPYA 1L75A 4W52A 3C83A 3C8SA 4ARPA 3GUKA 109LA 1L83A 1LPYA 237LA 3G3XA 3HT6A 1CV0A 1LLHA 1OVJA 1QT5A 2RH1A 3FADA 1L54A 108LA 1C6CA 1LYDA 3UONA 2RB0X 4I7TA 3L64A 112LA 4W58A 1QTHA 1L42A 1OVKA 1C60A 1L21A 231LA 2F2QA 160LA 1L47A 3HT8A 1L95A 158LA 2B72A 1D9WA 3C7YA 145LA 1C6BA 3HTFA 3CDVA 1L26A 215LA 172LA 3SN6R 150LA 127LA 182LA 1CTWA 3HH3A 1G0JA 259LA 149LA 1QSBA 3HT9A 1P7SA 3NYAA 198LA 3G3VA 3HDFA 3PBLA 4LZMA 3DNAA 219LA 1L57A 2OU9A 4LDEA 4DJHA 1OVHA 1L33A 113LA 1DYGA 1ZURA 1JTMA 157LA 1L11A 1P36A 1ZWNA 184LA 1C6LA 123LA 4I7KA 3DMVA 236LA 1L74A 253LA 243LA 122LA 2OE9X 4DKLA 3RUNA 3SB9A 1QTDA 1C6DA 4W59A 1L56A 4PJZA 139LA 1L90A 1CU2A 1L77A 102LA 1C61A 225LA 1T6HA 1L79A 1WTHA 2B75A 155LA 3C82A 217LA 1CV6A 3GUNA 252LA 1OYUA 4W51A 174LA 4AQNA 1G0PA 4IAPA 1C66A 1L68A 1KY1A 7LZMA 163LA 1CX7A 212LA 2OEAX 3PDSA 103LA 1L44A 249LA 3CDOA 1QSQA 3GULA 3HTGA 3L2XA 3JR6A 2HUMA 185LA 3DN0A 3HDEA 1P64A 218LA 187LA 1L06A 3CDQA 3DMXA 1L17A 1L40A 1L97A 4EPFA 1L20A 1C68A 148LE 3CDTA 1C6JA 1QT7A 2NTGA 130LA 1PQMA 1QUDA 3OE8A 1LWKA 2B7XA 257LA 213LA 3SB5A 1L88A 1D3FA 1L55A 4YXCA 247LA 164LA 1C67A 1L62A 2A4TA 1CVKA 1OV5A 1L10A 1P56A 4ZPUA 3SB7A 235LA 3HUKA 1L50A 3F9LA 1L01A 211LA 1CUQA 1K28A 177LA 1JTNA 1D2WA 2F47A 238LA 1L84A 1L70A 2B6ZA 3DKEX 241LA 223LA 147LA 1L34A 3DN8A 3OE6A 1D3NA 1P2RA 191LA 1LI2A 1L41A 3GUPA 4ARQA 1L24A 1CU5A 1DYBA 1L0KA 1KNIA 2B6YA 4W57A 1P46A 2F32A 4OO9A 4EKPA 126LA 214LA 1L32A 251LA 2QARC 4I7NA 3GUMA 1L15A 1OWZA 1SSWA 3C80A 4YX7C 2ANXA 169LA 2CUUA 4PK0A 1QT4A 1C6PA 4ARMB 4I7OA 234LA 4EKQA 1L64A 1L63A 1OV7A 1L28A 119LA 3V2YA 1SWZA 2Q9DA 4EKSA 1L05A 199LA 2NTHA 1P5CA 1CV1A 144LA 3HT7A 1C6KA 1L16A 1L71A 2LC9A 1P2LA 1T8AA 5I14A 4LDLA 216LA 227LA 1C69A 1L43A 1LYFA 3FI5A 1L94A 1C65A 1QTCA 2RBQA 2HUKA 1KW5A 1C6EA 1L65A 205LA 1G07A 1QUHA 1LW9A 2OE4X 1P6YA 1KW7A 2LZMA 1L27A 3QAKA 1QT8A 210LA 3SB6A 186LA 1C6NA 3DN1A 146LA 3OE0A 107LA 1L39A 3OE9A 114LA 131LA 1DYFA 3C7WA 2L78A 3HH4A 2B6TA 2Z6BA 2RB1X 1L00A 1PQJA 1LWGA 2HULA 254LA 3DN3A 2RAZX 1DYDA 175LA 151LA 1L92A 261LA 1L13A 2O7AA 2RBOA 1PQIA 4DAJA 181LA 1OWYA 3DN2A 1D3JA 3D4SA 3K2RA 1L18A 226LA 1C6GA 1L96A 233LA 244LA 3FA0A 1QUOA 1T8GA 1L67A 246LA 4I7MA 1D3MA 3HTDA 1KY0A 4W55A 2OTZX 230LA 1L99A 3HUQA 1QUGA 1LYGA 142LA 1CV5A 3EMLA 2RB2X 228LA 1G1VA 2RBRA 111LA 4GRVA 3VW7A 1XJUA 1L23A 1C6IA 1L03A 1P3NA 3RZEA 1CX6A 170LA 2RBSA 1L72A 1SX7A 1CU0A 1CUPA 3C81A 1L04A 1G0KA 1L49A 1L08A 1L66A 1L76A 1L58A 1C64A 245LA 224LA 3C8RA 4ARLA 209LA 221LA 3GUJA 1L38A 195LA 206LA 1G1WA 1L02A 1LI3A 258LA 1L12A 1G0GA 197LA 188LA 3LZMA 3HU9A 4GBRB 1T8FA 2B6WA 1C6TA 3C7ZA 229LA 1C6QA 1L61A 1L81A 2QB0B 240LA 3V2WA 4EPIA 3ODUA 2O4WA 138LA 4ARJA 2Q9EA 129LA 3HTBA 140LA 143LA 1CU3A 1TLAA 1SX2A 5LZMA 3HH5A 2OU0X 152LA 165LA 192LA 3HH6A 1L82A 1G0QA 196LA 3SB8A 1CV3A 1L35A 1C6AA 176LA 1CV4A 3CDRA 1LI6A 1LGXA 1LGWA 1L25A 1L36A 137LA 1L93A 115LA 189LA 1L89A 4I7QA 1L85A 1QS9A 4I7PA 167LA 4K5YA 1PQOA 232LA 1KS3A 190LA 1C6MA 2OTYX 1T97A 1D2YA 1C62A 178LA 1L48A 239LA 1L51A 1L91A 4I7SA 4W54A 171LA 1L73A 4YXAC 262LA 1G06A 2ANVA 250LA 1G0MA 4W56A 128LA 2B70A 1L19A 2B73A 162LA 1DYAA 1SSYA 1L98A 166LA 1QS5A 1PQKA 1DYCA 2B74A 1LYIA 1L59A 248LA 1B6IA 4ARMA 3GUOA 4EXMA 1QT6A 1L53A 2RBNA 4EJ4A 104LA 4I7LA 3C8QA 1P37A 1L60A 120LA 1G0LA 3G3WA 1C63A 118LA 1L07A 1PQDA 1L45A 260LA 3HU8A 3HWLA 1L29A 1SWYA 1C6FA 2O79A 1JQUA 1L22A 156LA 159LA 3DMZA 255LA 1LYHA 4E97A 2IGCA 1C6HA 1L09A 6LZMA 183LA 4ARQB 173LA 201LA 125LA 180LA 256LA 3HUAA 1QTBA 1L80A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NY8A 1QQYA 1QDTA 1L52A 1L86A 5HMJA 2LCBA 1HFXA 1G7JC 4NIJA 3NY9A 1LKSA 1DYEA 4I0CA 1QT3A 1UIAA 1GHLA 3HBHA 1LGUA 1WQRA 1NDGC 1OUHA 2RBPA 4ETDA 2LZTA 1QTKA 2DQDY 1QTVA 2B5ZA 1F6RA 1LSCA 3OJPA 4XJGA 4W53A 220LA 1XGPC 4W52A 3ZVQA 3GUKA 3TXGA 3M3UA 3LZ2A 1IR9A 4DC4A 2RH1A 8LYZA 1C6CA 2MEDA 1GB5A 1REZA 2BQBA 4I7TA 2YVBA 4Z98A 1C60A 231LA 1L47A 2B72A 4FJRA 2BQJA 2W1XA 145LA 4OWBA 3CSRA 4HV1A 4XN6A 5I4XA 150LA 4W94A 1G0JA 5EBHA 3HT9A 2Z38A 198LA 3G3VA 2EKSC 4LZMA 1UIFA 5ILFA 5B1FA 1L57A 1IP5A 4DD1A 4QGZA 1H87A 4N1CC 5E9RA 1GBYA 1LJHA 1DYGA 1DKKA 1ZURA 3W6CA 123LA 3DMVA 2HEAA 243LA 2OE9X 3RUNA 3SB9A 1C6DA 3AB6A 4W59A 1L56A 4U3XB 1LZBA 2YBHA 139LA 1L90A 102LA 1C61A 5KXNA 2Q0MX 1V7TA 2D91A 3AZ4A 155LA 4QDNA 217LA 2F4AA 4H8YA 4NGJA 1LJJA 1OYUA 1EQ4A 4TX7A 1BHZA 4OWHA 2OEAX 249LA 1HEPA 2XBSA 4ETBA 3B72A 3HTGA 1DKJA 3JR6A 1GBOA 4LFXA 185LA 3DN0A 1KXWA 1L06A 2YBNA 1L40A 5L9JA 4B1AA 4EPFA 3QE8A 4C3WA 1FLQA 1QT7A 1PQMA 1JKBA 4DD3A 1L88A 1D3FA 1L55A 4NSIA 2A4TA 5KY1A 1P56A 1L50A 4HJYA 4HP0A 2CGIA 2EPEA 1JTNA 4NHQA 4YM8A 238LA 1GDWA 2H9KA 1GF6A 5C6JA 1D3NA 1P2RA 3WYHA 4WM4A 2BAAA 3IJVA 1L24A 1CU5A 4CFOA 3W6EA 2B6YA 4OO9A 1ALCA 2QARC 3GUMA 1GE2A 1NKHA 3AGIA 3C80A 4YX7C 3HBDA 4YENA 4ARMB 4I7OA 4GN5C 3RT5X 1LYOA 1L28A 119LA 4OWCA 1SWZA 1LMOA 1B7MA 2NTHA 2Z19A 3G3AB 1GD6A 144LA 3HT7A 3VWOA 3WW5A 1L71A 2LC9A 4BAPA 1IORA 1T8AA 2BLYA 5I14A 5KKJA 4LT2A 3AJNA 1HEMA 1F10A 1LYFA 1L94A 1C65A 1QTCA 1XEJA 5DN4A 1HC0A 2HTXA 3CSZA 2YBMA 1UIBA 1KW5A 1L65A 3WVXA 3QNGA 205LA 4NGKA 4H91A 1VFBC 2LHMA 2OE4X 1KW7A 1LSFA 1QT8A 3SP3A 3WU9A 2DQHY 114LA 131LA 1QTEA 1UA6Y 5IHGA 2Z6BA 2RB1X 4N9RA 1GBXA 4TTDA 1A2YC 4TWSA 151LA 4H9BA 1GE0A 1VEDA 2RBOA 4PJ2C 3W6FA 3B6LA 2BQKA 1JSFA 1IP4A 3LYTA 2YSSC 5I4WA 4UWVA 2CWIA 1C6GA 1L96A 244LA 1QUOA 1LSPA 5A3ZA 3WXTA 1L67A 246LA 1J1XY 1A4VA 1IP2A 4HPIA 1WQPA 4M4OA 3EMLA 1G1VA 2BQMA 5APEA 1RFPA 3VW7A 2EQLA 2HU1A 1LHIA 4BADA 1ZVHL 4FDYA 2RBSA 1L72A 1SX7A 1CU0A 4LFPA 1B7QA 1GF7A 2MECA 4DYGA 2AUBA 5ILCA 3EO5A 1CNSA 1L58A 224LA 1LMTA 1LJNA 1INUA 1XGRC 1OUFA 3GUJA 4MR1A 1WQMA 4J0LA 4O34A 1YKXX 1IP6A 258LA 1YKYX 1IWUA 3WULA 1T8FA 4H9FA 1XEIA 1D9UA 1IR8A 3V2WA 4EPIA 1VDPA 3A94A 5FELA 4ARJA 1O23A 5AMYA 4WM3A 1SX2A 1GE4A 5KXYA 192LA 1CV3A 1C6AA 176LA 4B4JA 1L25A 1GFHA 4ETEA 1L93A 1GF9A 2A7FA 4I7PA 1JTTL 1HMLA 1IVMA 1KS3A 2C8PA 1IY4A 1T3PA 1D0MA 2BQNA 4PHIA 1L48A 1GFTA 3N9AA 4PPOA 4I7SA 1CKGA 171LA 4YXAC 3P68A 1YANA 2ANVA 5HNCA 4W56A 2MEHA 2YBJA 1L98A 1QS5A 1XGUC 4EXMA 1GEZA 1L53A 4EJ4A 1UIGA 104LA 3C8QA 2A7DA 5I4YA 3G3WA 4LYCA 3HU8A 1L45A 4ML7A 1PZYA 2O79A 2MEAA 1UBZA 3BKHA 255LA 1LYHA 1C6HA 1JIYA 3AZ7A 1JKDA 1CKHA 125LA 3B0KA 1D6QA 3RZ4A 2F30A 1OQMA 4NHSA 141LA 3LYMA 1LMCA 3A34A 4CHXA 2RAYX 1LJ3A 1DI4A 4UWUA 1L30A 2OE7X 1GPQC 3TXIA 1L46A 1L69A 4XJBA 5J7CA 1LSDA 3LN2A 1LYJA 1L87A 168LA 3B0OA 3TXFA 161LA 2IHLA 4EKRA 1L14A 3DN6A 1I6SA 1JHLA 242LA 132LA 1JJ3A 1F6SA 5I53A 1LMQA 1IOTA 4RLNA 5B06A 3C8SA 2YDGA 109LA 1KIPC 237LA 1IC4Y 3QY4A 1GFKA 194LA 5F9XA 5KXZA 4G9SA 3CT1A 4W58A 1UCOA 4RLMA 1F0WA 4EOFA 2H9JA 1G7MC 5KXRA 1L95A 1VDTA 4WL6A 2BPUA 3CDVA 2IFFY 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3NY8 A;  1QQY A;  1QDT A;  1L52 A;  1L86 A;  5HMJ A;  2LCB A;  1HFX A;  1G7J C;  4NIJ A;  3NY9 A;  1LKS A;  1DYE A;  4I0C A;  1QT3 A;  1UIA A;  1GHL A;  3HBH A;  1LGU A;  1WQR A;  1NDG C;  1OUH A;  2RBP A;  4ETD A;  2LZT A;  1QTK A;  2DQD Y;  1QTV A;  2B5Z A;  1F6R A;  1LSC A;  3OJP A;  4XJG A;  4W53 A;  220L A;  1XGP C;  4W52 A;  3ZVQ A;  3GUK A;  3TXG A;  3M3U A;  3LZ2 A;  1IR9 A;  4DC4 A;  2RH1 A;  8LYZ A;  1C6C A;  2MED A;  1GB5 A;  1REZ A;  2BQB A;  4I7T A;  2YVB A;  4Z98 A;  1C60 A;  231L A;  1L47 A;  2B72 A;  4FJR A;  2BQJ A;  2W1X A;  145L A;  4OWB A;  3CSR A;  4HV1 A;  4XN6 A;  5I4X A;  150L A;  4W94 A;  1G0J A;  5EBH A;  3HT9 A;  2Z38 A;  198L A;  3G3V A;  2EKS C;  4LZM A;  1UIF A;  5ILF A;  5B1F A;  1L57 A;  1IP5 A;  4DD1 A;  4QGZ A;  1H87 A;  4N1C C;  5E9R A;  1GBY A;  1LJH A;  1DYG A;  1DKK A;  1ZUR A;  3W6C A;  123L A;  3DMV A;  2HEA A;  243L A;  2OE9 X;  3RUN A;  3SB9 A;  1C6D A;  3AB6 A;  4W59 A;  1L56 A;  4U3X B;  1LZB A;  2YBH A;  139L A;  1L90 A;  102L A;  1C61 A;  5KXN A; 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