1C67A

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l121a/l133a in the presence of 8 atm krypton
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMAQQKRWDEAAVNAAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c67A00
158LA 1CU3A 1L33A 4DJHA 114LA 212LA 1LI6A 1C6GA 4K5YA 4ARLA 2B73A 3GUKA 7LZMA 1L06A 1L25A 1QTZA 2F32A 3D4SA 4EKQA 2B7XA 174LA 236LA 219LA 188LA 3HTDA 1ZURA 4EXMA 1CX7A 3DMXA 1L46A 3QAKA 1L81A 3SB8A 3G3XA 1L00A 1L73A 1OVJA 1C60A 3SN6R 4I7TA 253LA 2ANVA 2OTYX 1L35A 3VW7A 1L05A 2B75A 1L98A 1QTDA 3C7ZA 190LA 3C7WA 224LA 2RB0X 4YX7C 108LA 175LA 1L0JA 1QS9A 1CV3A 1L63A 172LA 1L88A 1QT4A 126LA 180LA 1L92A 146LA 152LA 150LA 1L02A 1L97A 118LA 1G06A 1L16A 2LZMA 1L93A 1L27A 201LA 1L40A 1SWZA 1G1VA 191LA 1P3NA 2HUMA 1KY1A 1LWGA 255LA 1T8FA 4ARMA 198LA 4ARMB 2Q9DA 1C6PA 1C61A 3EMLA 5LZMA 3SB7A 1L74A 1JQUA 1QUDA 243LA 120LA 3F9LA 1L36A 222LA 1QT7A 260LA 2B6TA 129LA 1DYDA 2B6ZA 3DN0A 3G3WA 3RUNA 3V2YA 3DN2A 1CV5A 2RBOA 1KS3A 119LA 1PQJA 3HT6A 4ZPUA 3G3VA 3L64A 1CX6A 3F8VA 1CVKA 4W58A 257LA 1QUOA 1L61A 4AQNA 3CDOA 1L01A 1D3NA 3DN8A 176LA 256LA 1QSQA 3CDRA 1L84A 215LA 1P2RA 1L18A 107LA 3C81A 1L53A 177LA 1OVHA 1T6HA 2OEAX 2LC9A 1C6QA 205LA 3CDTA 4EKSA 1L21A 1L45A 1T97A 1G07A 4W57A 1L22A 228LA 1L14A 137LA 3LZMA 1K28A 195LA 173LA 1L94A 1XJTA 4I7JA 1SX2A 4IAPA 1XEPA 235LA 4ARJA 2ANXA 4W56A 3C8SA 2CUUA 1L72A 3NY8A 1CU6A 4PK0A 4EKRA 1C64A 1L31A 1L70A 1LPYA 171LA 102LA 3DN4A 3ODUA 4EPFA 1L03A 1L39A 1QTVA 1C62A 1L26A 1L09A 1L71A 1PQDA 4DKLA 1L52A 1D9WA 4W53A 1L04A 1L87A 3FADA 2NTHA 234LA 1LGUA 2F2QA 1L30A 1C6MA 2OE9X 218LA 4W51A 1L58A 1SSWA 4W54A 149LA 3GUMA 217LA 199LA 182LA 1L44A 1C6HA 5I14A 1CV4A 2RAYX 3C8RA 1P5CA 209LA 1TLAA 1L29A 3C8QA 163LA 2RBRA 1P64A 185LA 1C6TA 4I7QA 1G0GA 1L91A 2RBPA 2OE7X 3HUKA 213LA 1L60A 1KY0A 1LYJA 1CUQA 3NYAA 161LA 1D2WA 3DN1A 3HH5A 4I7LA 1LYFA 164LA 1C6CA 1LYGA 1QUHA 4PJZA 3RZEA 111LA 130LA 1SX7A 2A4TA 1QTBA 1OWYA 3DN6A 1LYEA 1QS5A 157LA 1L62A 159LA 2RBSA 1DYBA 2HUKA 1C6FA 4I7KA 112LA 1L86A 2OU0X 1L07A 168LA 1C6BA 1DYFA 214LA 1NHBA 1PQKA 1L95A 249LA 3HU9A 2O4WA 2OU9A 3C82A 248LA 1L12A 3C83A 239LA 1L08A 1P36A 3CDQA 1LI3A 1PQIA 1SSYA 1L37A 169LA 4GRVA 240LA 1L55A 2RB2X 1C6AA 1L47A 261LA 1LI2A 162LA 230LA 1LWKA 3SB5A 2OTZX 1P56A 211LA 3HT9A 1DYEA 1L64A 184LA 1L99A 1L79A 3HTGA 1C66A 1JTMA 1L67A 238LA 246LA 241LA 3HDEA 3GUOA 1C6DA 1CTWA 2B70A 1CU5A 227LA 2OU8A 1CUPA 1L76A 4YXAC 4EKPA 4YXCA 2RH1A 3HH3A 1L59A 3HWLA 1KW7A 147LA 1OV5A 1CU0A 2O7AA 1P46A 3K2RA 1T8GA 3OE8A 167LA 3HT7A 262LA 1C69A 2QARC 148LE 115LA 1G0QA 1L43A 4LDEA 1T8AA 196LA 109LA 2RAZX 141LA 220LA 1L89A 110LA 1C6JA 3HDFA 2B74A 3HTFA 1QSBA 4I7OA 1QT6A 3OE0A 1CV1A 1L77A 1L80A 259LA 3SBAA 1L41A 3HH4A 1KW5A 1L48A 192LA 1P37A 1DYCA 206LA 1D3JA 3DN3A 254LA 1OVKA 3V2WA 1L34A 1OWZA 1L50A 3CDVA 3FA0A 1OV7A 4W59A 4ARQB 1L75A 1L85A 151LA 216LA 1B6IA 251LA 166LA 210LA 1P7SA 1L38A 3DNAA 131LA 140LA 2QB0B 229LA 4LDLA 170LA 1P6YA 3SBBC 221LA 1C68A 1L0KA 2NTGA 3DMZA 1QUGA 3NY9A 4W52A 2HULA 232LA 3PDSA 1LYDA 1I6SA 1D3MA 2B6YA 4I7NA 4I7SA 1G1WA 160LA 1C67A 225LA 145LA 1D3FA 1L13A 128LA 1L11A 2LCBA 4W55A 1SWYA 1LW9A 4S0WA 250LA 1L90A 1LLHA 186LA 242LA 1EPYA 1LYHA 3JR6A 3HUAA 244LA 178LA 1C6EA 1PQOA 123LA 1L66A 1LYIA 2B6WA 1L28A 6LZMA 4LZMA 3HU8A 1C65A 3GUNA 3FI5A 103LA 1L15A 1L54A 1L68A 143LA 3HT8A 4I7MA 1DYAA 3GUJA 231LA 1L83A 1L24A 1CU2A 1D2YA 1QT3A 4LDOA 1L69A 144LA 1QTCA 4OO9A 127LA 4E97A 165LA 3OE9A 1L42A 1CV6A 4GBRB 1L23A 183LA 3DKEX 2IGCA 1L20A 156LA 1ZWNA 2B72A 3GUIA 1KNIA 2RBQA 189LA 223LA 247LA 3SB9A 1C63A 1C6LA 3C7YA 1JTNA 252LA 3HTBA 1G0MA 1G0JA 3GULA 1QTHA 1L32A 1L10A 1L82A 1XJUA 1LGXA 2F47A 142LA 104LA 2O79A 1OYUA 1G0LA 2Z6BA 1WTHA 3DMVA 1L51A 4I7RA 1QT8A 1L56A 1DYGA 233LA 1QT5A 3C80A 3OE6A 1G0PA 3UONA 138LA 2OE4X 4ARPA 2RB1X 3PBLA 181LA 226LA 2L78A 1LGWA 1L57A 3GUPA 3L2XA 4ARQA 2RBNA 3HH6A 245LA 1L19A 3HUQA 3SB6A 2Q9EA 1L65A 197LA 4DAJA 1ZYTA 1P2LA 258LA 4EPIA 187LA 125LA 155LA 4I7PA 200LA 122LA 1C6NA 1C6IA 113LA 1G0KA 1C6KA 1L17A 2B6XA 1L96A 1L49A 139LA 237LA 1CV0A 4EJ4A 1PQMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CU3A 1L33A 114LA 4ARLA 4BS7A 1GD6A 1LMTA 1QTZA 4QGZA 188LA 1HEQA 3LN2A 1CX7A 1QSWA 1L46A 3QAKA 3SB8A 1C60A 2NWDX 4I7TA 253LA 5FCPA 1L35A 3VW7A 2B75A 1QTDA 4Z3MA 2FYDA 2MEEA 5II3A 224LA 1JHLA 175LA 1TDYA 1GAYA 2BQBA 1MLCE 1LAAA 126LA 1QT4A 4QY9A 1BHZA 1L16A 201LA 1L27A 4WMGA 2ZNWY 1SWZA 1B5ZA 1GB8A 1P3NA 1LWGA 1DPXA 1GBXA 4ET9A 1XEKA 4OWBA 4GCCA 198LA 4ARMB 1C6PA 2DQAA 1JQUA 120LA 3M18B 4IJ4A 1BWHA 1QT7A 2Q0MX 1GB5A 1WVVA 3N9AA 1GFJA 3RUNA 3V2YA 1HF4A 5KXMA 1IOTA 1PQJA 1HERA 3HT6A 3D3DA 4ZPUA 1CX6A 5HMVA 4W58A 4ZEEA 1KXYA 1JJ3A 3CDOA 3QY4A 1D3NA 1LZ9A 3DN8A 4UWUA 176LA 1QSQA 5L3IA 1IC4Y 1P2RA 107LA 1DI4A 3C81A 1BWJA 5E9RA 4NHIA 2EKSC 3A90A 3W6FA 4HTQA 3CDTA 4XJBA 1L45A 1EQ4A 2Z2FA 228LA 135LA 1UIFA 3WL2A 5HQ1A 1XEPA 1GB3A 1VDQA 1GE3A 235LA 3K3TA 4OW1A 9LYZA 1WVUA 1TCYA 1GFAA 4H9BA 2PC2A 2BLXA 1GBYA 1LPYA 1LSCA 1VDSA 3EMSA 1HMKA 3DN4A 4EPFA 2ZIJA 1L39A 1QTVA 1C62A 1L87A 3TXDA 2F2QA 2OE9X 1NMMA 4W51A 3WUNA 1SSWA 1N4FA 199LA 182LA 1IOQA 3J4GA 1TBYA 5KXTA 4LYBA 1F0WA 1CV4A 1UC0A 3W6EA 209LA 1DPWA 1L29A 3C8QA 163LA 3OK0A 1P64A 1C6TA 133LA 1G0GA 2DKVA 4FDYA 3WXUA 2RBPA 1GBOA 134LA 1GEVA 1NHEA 3HUKA 213LA 1L60A 1KY0A 3NYAA 161LA 1KIRC 1DKJA 1C08C 4I7LA 4WLTA 3EXDA 1LZNA 3W6BA 1HEPA 2YBMA 3DN6A 1LYEA 1L62A 2RBSA 1GE2A 4DD3A 1L86A 1LJKA 2BQCA 1NDMC 1C6BA 1DYFA 2WARA 5KJ9A 1PQKA 1L95A 3HU9A 2F30A 2O4WA 1LMNA 1LI3A 1VATA 1HFYA 5LIOA 1GF7A 3AB6A 2RB2X 1LHHA 3AZ4A 1LI2A 162LA 2BQMA 4WL6A 1LJJA 1CKHA 1L64A 1AT6A 1L99A 1JTMA 4RW2A 4DD9A 3GXRA 241LA 3HDEA 1C6DA 3HBHA 3ZEKA 1CU5A 1CUPA 6LYTA 2G4NA 1FLYA 147LA 1OV5A 2O7AA 2FBBA 1REYA 4ET8A 3B0OA 4GN4A 1C69A 2QARC 148LE 2BQEA 4XJDA 4BAFA 5APFA 2RAZX 4KXIA 220LA 1IR7A 4HP0A 1C6JA 4I7OA 1A4VA 1EL1A 3HBDA 1G7LC 1JISA 2ZIKA 3AGGG 1D3JA 3DN3A 2Z12A 4NGLA 1HC0A 1OVKA 2Z18A 3TXGA 1OWZA 3CDVA 1IWWA 1GFRA 4WM5A 2ZILA 4KPMA 3A91A 5KKIA 2BQNA 216LA 1B6IA 251LA 210LA 4W94A 1L38A 140LA 2QB0B 3TXKA 2IHLA 4ETAA 2MEIA 1P6YA 5B1GA 2ZWBA 4PRQA 4W52A 1B0DA 4WO9A 1UIDA 4NWEA 1B7LA 4ETCA 1IWZA 1D3MA 5C6JA 1LZEA 3AGHA 5IELA 3LHMA 1LOZA 2BQAA 1WQRA 1SWYA 4OWAA 1H6MA 2H5ZA 4H90A 1LZ5A 4H92A 1EPYA 5FDJA 1JPOA 5A3ZA 4D9ZA 5KY1A 2N5ZA 1XGRC 3HUAA 3JR6A 244LA 178LA 1C6EA 123LA 1LYIA 1F6RA 1L28A 1G7MC 4LZMA 4DQ5A 2BQKA 3IWRA 2LZTA 2W1LA 4U3XB 1WTNA 3W3EA 1L68A 2HEFA 1DYAA 4EOFA 2XQOA 4GCDA 1EQ5A 231LA 7LYZA 4RDSA 1QT3A 4LDOA 1QTCA 4YM8A 1GF8A 1GFUA 2LYZA 5LVHA 3WU8A 1BWIA 1L23A 3P66A 183LA 1JTOL 1ZWNA 4M6DA 1GF5A 2YVBA 3SB9A 1I56A 8LYZA 5LYZA 1G0MA 4N1CC 1QTHA 2F47A 4NSHA 1LZRA 1GFVA 1G0LA 2Z6BA 4NGIA 1WTHA 1GHLA 4H94A 3C80A 4OOTA 4PHIA 1LJNA 3UONA 4DDAA 1GB9A 4CGEA 1IIZA 3PBLA 4MSTA 1BB7A 2I25L 4LYZA 2RBNA 245LA 1L19A 3HUQA 3SB6A 1L65A 4DAJA 1AM7A 1ZYTA 187LA 155LA 5APEA 4I7PA 200LA 122LA 3CQLA 1D0KA 113LA 5KXSA 1C6KA 1JKCA 4ETDA 1FLQA 3A67Y 1IO5A 1YKYX 1L96A 3WMKA 139LA 1LKSA 158LA 1OUBA 4K5YA 3GUKA 7LZMA 4GLAA 2F32A 4G4CA 3QNGA 236LA 3A8ZA 2D4IA 1IP4A 4H8XA 3DMXA 1GFHA 1L73A 1OVJA 3SN6R 1OUEA 2OTYX 1L98A 1UCOA 190LA 1HMLA 108LA 1QUTA 1HFXA 4R0FA 1CV3A 1I1ZA 1PZYA 5F9XA 4DT3A 1L92A 1LZTA 150LA 1L02A 1L97A 3FI7A 4W96A 4N5RA 2LZMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1CU3 A;  1L33 A;  114L A;  4ARL A;  4BS7 A;  1GD6 A;  1LMT A;  1QTZ A;  4QGZ A;  188L A;  1HEQ A;  3LN2 A;  1CX7 A;  1QSW A;  1L46 A;  3QAK A;  3SB8 A;  1C60 A;  2NWD X;  4I7T A;  253L A;  5FCP A;  1L35 A;  3VW7 A;  2B75 A;  1QTD A;  4Z3M A;  2FYD A;  2MEE A;  5II3 A;  224L A;  1JHL A;  175L A;  1TDY A;  1GAY A;  2BQB A;  1MLC E;  1LAA A;  126L A;  1QT4 A;  4QY9 A;  1BHZ A;  1L16 A;  201L A;  1L27 A;  4WMG A;  2ZNW Y;  1SWZ A;  1B5Z A;  1GB8 A;  1P3N A;  1LWG A;  1DPX A;  1GBX A;  4ET9 A;  1XEK A;  4OWB A;  4GCC A;  198L A;  4ARM B;  1C6P A;  2DQA A;  1JQU A;  120L A;  3M18 B;  4IJ4 A;  1BWH A;  1QT7 A;  2Q0M X;  1GB5 A;  1WVV A;  3N9A A;  1GFJ A;  3RUN A;  3V2Y A;  1HF4 A;  5KXM A;  1IOT A;  1PQJ A;  1HER A;  3HT6 A;  3D3D A;  4ZPU A;  1CX6 A;  5HMV A;  4W58 A;  4ZEE A;  1KXY A;  1JJ3 A;  3CDO A;  3QY4 A;  1D3N A;  1LZ9 A;  3DN8 A;  4UWU A;  176L A;  1QSQ A;  5L3I A;  1IC4 Y;  1P2R A;  107L A;  1DI4 A;  3C81 A;  1BWJ A;  5E9R A;  4NHI A;  2EKS C;  3A90 A;  3W6F A;  4HTQ A;  3CDT A;  4XJB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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