4LYMA

Crystal structure of low humidity tetragonal lysozyme at 2.1-angstroms resolution. variability in hydration shell and its structural consequences
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
publication title Crystal structure of low humidity tetragonal lysozyme at 2.1-A resolution. Variability in hydration shell and its structural consequences.
pubmed rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1990-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4lymA00
1W6ZA 1GFJA 4OW1A 5L3IA 1B2KA 1QTKA 3WPLA 1GB8A 1JJ0A 5HNCA 3EO5A 1VFBC 1G7IC 1IC5Y 1HSWA 4TWSA 2ZWBA 1ZVYB 1LSDA 1LSGA 1LJ3A 1INUA 4NGKA 1SLYA 2HEFA 2EKSC 2I25L 2MEBA 2RSCA 1LYZA 5LA5A 5KXPA 3ZEKA 1LMNA 1JPOA 2FYCA 4YEOA 5FEKA 1FDLY 1CJ6A 4AGAA 5APDA 1WVUA 1B9OA 1DPXA 1LSCA 3ZVQB 4OWCA 5LINA 4RLNA 4YENA 1LZBA 2W1XA 5B1FA 2LZ2A 2BQIA 1B7NA 1OUHA 5KKIA 1BGIA 3B72A 5AMYA 1GFKA 1H6MA 1IWUA 2XBRA 2FYDA 2ZNWY 4B4JA 4NHSA 5I4XA 2DBTA 1B5XA 3N9EA 1GXV2 4G4HA 5C6LA 4OWHA 4R0FA 5D5FA 2ZIJA 3TMXA 4WM4A 4GCDA 6LYTA 3W6BA 4ETEA 1UUZC 1GB2A 1DQJC 1I20A 2IHLA 4L41A 2DQDY 1LAAA 4XJBA 4ETDA 5I53A 1LHHA 1LHLA 2EPEA 4GCBA 2IFFY 2N5ZA 1T6VL 2YVBA 1AZFA 1LHKA 1TDYA 5II3A 3FE0A 3A90A 1GFVA 3GXRA 5HLLA 7LYZA 2PC2A 1LMCA 2W1LA 4DDCA 1GB0A 2YBNA 1OUBA 4H1PA 3QY4A 4ANRA 1GAYA 2BQFA 1IOCA 4XJDA 1KIRC 1BB7A 3CT5A 1LSZA 4NSGA 4WM6A 3CT1A 4C3WA 4UWUA 1AT6A 1NKHA 1JKAA 1UICA 3HBDA 4YEMA 5KY1A 4KPMA 4KXIA 1CKFA 3A95A 1LSFA 4TX7A 4H9IA 2DKVA 1LSNA 5M1YA 1FKVA 1NMMA 2I26L 3OK0A 3LHMA 1CKDA 4DDAA 1QDRA 1XGQC 2BPUA 2W1YA 3OJPA 2CWIA 1UIEA 5JENB 1IO5A 1RCMA 2DQFC 5B07A 1OQMA 4G9SA 5LVGA 1YKZX 1GF5A 1HMLA 1PZYA 3W3EA 1JSEA 1KIQC 1IP5A 2Z18A 3TXEA 1FN5A 1QIOA 4H9EA 4DWXA 3FI7A 5LVKA 2HU3A 5B59A 4LFXA 1B7LA 3D3DA 4GLAA 5F81A 4M6DA 4H9BA 2X0AA 4XJIA 1D0KA 1WQRA 3A94A 1LZSA 2EIZC 3AZ5A 2MEHA 2I6ZA 2NWDX 4DT3A 1HEOA 1LMOA 5ILCA 1BVKC 2Z12A 4H9HA 4LT3A 4NEBA 3J6KA 2BQCA 3CSRA 1BQLY 1OUCA 4OWEA 1A4VA 3WW5A 4CGEA 2G4QA 4DD0A 1IWTA 1GB7A 4XADA 4WL6A 4HSFA 193LA 4RW1A 1FLQA 2D4KA 1LJIA 1LZ6A 4LT1A 4RDSA 3CB7A 1LHIA 4LFPA 1GE4A 1IY4A 1IP3A 4LT2A 1QUTA 1VEDA 4IASA 4CFPA 3BKHA 1OUDA 4GCCA 1IP4A 4LT0A 2B5ZA 3WPKA 1LJKA 1LKSA 5DLAA 1BWJA 4CJ2A 3F6ZA 5HMVA 1HEQA 5E9RA 153LA 3RZ4A 1LYOA 1Z55A 2G4PA 1CJ8A 3P4ZA 1P2CC 1YAMA 2HUBA 3LYMA 1G7MC 5KXZA 1OUAA 1TAYA 4WLXA 4ET9A 5LYMA 1BB6A 2MEGA 2LYZA 3EBAB 2LYMA 1GHLA 5KXOA 1D6QA 2DQEY 4R6CA 4BADA 1FLWA 1JTOL 1IOQA 5HQ1A 1YAOA 4QEQA 2BQLA 4QGZA 2YDGA 4NGIA 4H8ZA 4ZIXA 3AGGG 1C46A 1RFPA 1LZ9A 194LA 1IX0A 4GCFA 3K3TA 2Z37A 2Q0MX 1NHEA 3CSQA 1GFHA 1REYA 1XGTC 5LIOA 1GFEA 1KXYA 3N9AA 3LYZA 4HTKA 1YAPA 4TSCA 1GB3A 2A7FA 2BQGA 1UACY 1GF4A 4LYBA 5F9UA 4C5FA 4ZEEA 1IP7A 4WLYA 2ZYPA 1IWWA 2HEEA 1NQIA 4TUNA 3TMUA 3ZVQA 3IWRA 1OUJA 1OUFA 3A96A 4PGJB 1GB5A 4U3XB 2CGIA 3M3UA 5LVHA 4XN6A 1GBYA 1IR9A 1GF9A 1FKQA 2BQMA 2ZNXY 1B5UA 1QUSA 5KKJA 3B0OA 4FDYA 5KJ9A 4DD1A 1IP1A 1TBYA 2H9JA 1LSYA 4WO6A 5I4WA 5IHGA 1IWXA 1JUGA 1YROA 2BQKA 2Y8PA 1B7MA 4GN5C 4PRUA 5C6JA 5D5CA 4DDBA 3KAMA 3LZ2A 2F30A 1GXXA 2CDSA 2Z2FA 2HEAA 4H9CA 4UWNA 2MEEA 1GEZA 3A67Y 1YL0X 3TXBA 2GV0A 2DQJY 4PRQA 2F4GA 4EOFA 4J0LA 1UA6Y 1XGPC 4KT3A 4NFVA 5F14A 5ILFA 4H94A 4HV1A 1I1ZA 3SP3A 1YAQA 4NGZA 3TXIA 9LYZA 1C7PA 5IELA 1IVMA 4B49A 1OP9B 4Z98A 1HEMA 4WO9A 4OWAA 2Z39A 4TTDA 1LSMA 1GBOA 1CJ7A 1IEEA 3WUNA 1GPQC 4H91A 1GE1A 4UWVA 3P66A 4XJFA 4W94A 1LJNA 1GE2A 1A2YC 5FSTA 4ML7A 1AT5A 1J1PY 5LYTA 1B7OA 3HFMY 1O23A 2AUBA 2XBSA 1DKJA 1GB6A 4HTNA 5DL9A 3TXDA 2DQAA 1MLCE 5LVJA 1WTMA 2BQNA 3WU8A 4NGLA 5B05A 4NIJA 133LA 4OOTA 3WUAA 1UC0A 1YANA 1GFUA 1HF4A 3P68A 4H8XA 4DD2A 2D4JA 3A6CY 2LHMA 3RNXA 1JEFA 1JKBA 1OUIA 4NSHA 3BKVA 3TXKA 5LA8A 4DYGA 1JJ3A 4G4BA 4DC4A 1H87A 1C08C 1W08A 5IDDA 5APFA 4B4EA 1WQMA 8LYZA 1GF6A 1OUGA 1D0MA 4Z46A 4N8ZA 1WVVA 4WMGA 3AGIA 4NWEA 3RU5A 3TMVA 3WU7A 2BLXA 5KXWA 1JIYA 1LZ8A 1G7JC 4LYMA 2HU1A 4WLDA 2YBJA 5HMJA 1JTPL 4NSJA 1F6SA 1GBZA 1JSFA 1OUEA 3AZ6A 1HEWA 4H9FA 2YBMA 1QQYA 1GFRA 1RJCB 4N1EI 1EQEA 2BQAA 4W96A 2W1MA 3AZ7A 1DI5A 4HTQA 3WW6A 2ZYCA 1BB4A 4X3BA 4B4IA 5L3HA 2DQGY 1XEIA 1XFPL 4J7VA 1HELA 3W6EA 3WYHA 2C8PA 5LAGA 3EMSA 1UIFA 1HMKA 4YM8A 1BWHA 5KXKA 4RW2A 4WM3A 3IJUA 1LHJA 1LHMA 2Z2EA 3LN2A 1LZYA 3WXUA 1WQOA 1AKIA 1GE3A 2D91A 3A93A 4N9RA 4XJHA 1LMAA 4NGJA 1D9UA 5DM9A 5KXNA 1DI4A 1GB9A 3A34A 1HFXA 3LZTA 1CKHA 3TXFA 4PJ2C 132LA 4J1BA 1GAZA 1V7TA 1YIKA 2MECA 2Z38A 3W6CA 5DN4A 4CHXA 2WARA 1LZ5A 1N4FA 4IATA 5F16A 2G4NA 4FJRA 1IIZA 2DQCY 1RE2A 5E4PA 1TEWA 3P65A 1YL1X 4NG8A 4B1AA 1IP2A 4E3UA 4NHIA 5L9JA 3EXDA 4LGKA 3WL2A 1C43A 1J1XY 4GCEA 4N0JA 4NY5A 5F9XA 5LYZA 4PPOA 1BB5A 1GBSA 3ULRA 1ZMYL 4NHTA 4HPEA 5I5QA 4ETCA 3B0KA 1GBXA 3RT5X 4HJZA 3G3BB 4G49A 3TXHA 1F10A 2BQHA 1UIHA 1UIAA 1YQVY 1GBWA 2ZQ3A 1XGUC 4B0DA 3AGHA 2EQLA 4OOOA 3WUMA 1FLYA 1DZBX 2MEIA 4Z3MA 1E8LA 1JTTL 3QNGA 1D0LA 2BAAA 1LZ4A 5LXWA 1UBZA 1VAUA 5T3FA 1WQPA 1SQ2L 3P64A 1IWVA 154LA 1BWIA 5FCPA 1ZV5L 2F2NA 4H92A 4BAPA 4GN4A 1JITA 4NGYA 1LJHA 1VDQA 3A6BY 5B06A 4WM2A 3D9AC 5J7CA 5KXTA 2YSSC 2F4AA 1G7LC 1VDSA 5HNLA 1GWDA 1LYSA 1EQ4A 1LZRA 3A3RX 1NDGC 4LYZA 5KXRA 4A7DA 3B0IA 1LMQA 2YBHA 1JHLA 4M4OA 3MGWA 3VWOA 1LSBA 3WH1A 1IORA 1GF7A 3GXKA 4I8SA 3AYQA 5LVIA 2HECA 5FELA 5KXYA 4YF2A 1HEPA 1LMPA 3W6AA 1V7SA 2MEFA 1KXXA 2D6BA 4HP0A 1NDMC 2ZQ4A 4H9AA 4TSBA 134LA 1REZA 1HFZA 4P2EA 1B7PA 1KIPC 2DQIY 1QDTA 4WM1A 1UCOA 4OWBA 4H90A 1B5ZA 4NHPA 2MEDA 1LSAA 1XEJA 1YILA 1WQQA 4HV2A 1BB3A 2XJWA 3W6FA 1B7QA 1J1OY 2HEBA 2YBLA 3RW8A 4DD9A 1REXA 3T6UA 1RI8B 3CT0A 1D6PA 4DD7A 1C45A 3A3QA 1PS5A 4ET8A 4AXTA 1GEVA 4MR1A 4PHIA 4NGWA 1QSAA 3WPJA 1NBYC 1YKYX 3B6LA 2BQBA 2BQOA 3G3AB 1LPIA 1DXJA 4II8A 3IJVA 4NSIA 1AM7A 1B5YA 1FBIX 1F6RA 1QTEA 3ATOA 4MCKA 3WMKA 1I56A 4O34A 4WG1A 1TCYA 1GD6A 1LJEA 1GDXA 2BLYA 3T36A 5LAFA 1IWZA 4BS7A 4WG7A 1DI3A 3A8ZA 3AB6A 135LA 1ALCA 5EBHA 1HSXA 1B7SA 4HJYA 3A91A 1HHLA 1C10A 1LZGA 2H5ZA 2H9KA 4RLMA 3N9CA 1CNSA 2LYOA 2VB1A 4HPIA 1KXWA 1CJ9A 1LMTA 208LA 2LZTA 4YOPA 5B1GA 3WULA 1B5WA 1LJ4A 4N1CC 4CFOA 1IC7Y 2A7DA 207LA 3HBHA 5I54A 5KXXA 5KXMA 3CSZA 6LYZA 1IY3A 1NBZC 1UIBA 3ATNA 2FBBA 1LSPA 1CKCA 5C6IA 1LZDA 1VDPA 1BHZA 2CJLA 2D4IA 1GFGA 4HJVA 4LYOA 4NWHA 3TXJA 1LJFA 4NG1A 1JKDA 1LZEA 4IJ4A 3TXGA 3WVXA 3TMWA 2HEDA 1VDTA 1HENA 2HTXA 5A3ZA 2FBDA 1B0DA 3M18B 1HC0A 1LYYA 2XTHA 2BQDA 1IWYA 4WOAA 1CKGA 3AW6A 5I4YA 1LZ1A 1GFAA 1GE0A 1F0WA 1GF3A 5APEA 1XGRC 2MEAA 4WL7A 1LZAA 4WM5A 3A92A 3W6DA 3AW7A 4NGOA 4NGVA 4KL7A 1MELL 2C8OA 4QDNA 1IOSA 4XYYA 3WU9A 1IOTA 2YBIA 1GF8A 5FDJA 4ZFPA 4ETAA 5KXSA 5KXLA 1NWGA 1UIDA 1WTNA 5K7OA 1LCNA 1JISA 1JJ1A 1LZCA 2ZILA 4MSTA 1LZNA 3CQLA 4NHQA 1LTMA 1GFTA 1EQ5A 1JKCA 1QSWA 2BQEA 4XENA 3LYTA 4H8YA 1DKKA 1VATA 4GLVA 4H93A 4I0CA 4WLTA 4XJGA 5APCA 4BAFA 1HFYA 3HBEX 1IC4Y 4DD3A 1HNLA 1LSEA 2DQHY 4Z41A 4N5RA 3WXTA 1GF0A 3LYOA 1IR7A 3AJNA 1IP6A 3J4GA 1GDWA 1LJJA 2ZIKA 1HERA 5DN5A 5A3EA 1ZVHL 5FHWA 3WVYA 1IR8A 4EMNA 4LZTA 3E3DA 4LYTA 1EL1A 1T3PA 1LJGA 1REMA 3QE8A 1LZTA 1DPWA 1XEKA 2Z19A 1LOZA 4ETBA 1JWRA 2BQJA 4GN3A 1XSFA 1BVXA 1NF5A 1UIGA 3AZ4A 1B5VA 1FLUA 4G4CA 4D9ZA 1YKXX 4QY9A 4J1AA 1B7RA 4LYCA 1LKRA 1G7HC 1WQNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5L3IA 1B2KA 1G7IC 1CU0A 2RB0X 248LA 1L95A 1LSGA 1L65A 1G1WA 1L15A 1P37A 1LYZA 249LA 1QT5A 3C8RA 4YEOA 1CJ6A 4AGAA 1WVUA 1B9OA 3ZVQB 4OWCA 1QTCA 4RLNA 1L92A 5B1FA 243LA 1OUHA 5KKIA 1P56A 1T8GA 1P2RA 2XBRA 1NHBA 4NHSA 1B5XA 3N9EA 2B6WA 4R0FA 4DKLA 4I7NA 3SB5A 6LYTA 1L93A 1UUZC 4ARQA 1GB2A 1LHHA 2B74A 1OWYA 3GXRA 7LYZA 3DKEX 1KNIA 4DDCA 3OE8A 2LZMA 2BQFA 1IOCA 3RUNA 4WM6A 1JKAA 1CVKA 4KPMA 4KXIA 1NMMA 4PK0A 2CWIA 5JENB 1OQMA 3W3EA 246LA 1JSEA 1KIQC 4DWXA 1B7LA 3L2XA 3DMXA 3DN4A 5F81A 4H9BA 1DYAA 2EIZC 2NWDX 4DT3A 1LMOA 2Z12A 1QT6A 1L49A 2G4QA 3GUPA 4HSFA 1KW5A 3CB7A 1LHIA 1GE4A 1VEDA 1IP4A 156LA 150LA 1LJKA 3EMLA 1HEQA 1Z55A 1OVKA 1CJ8A 1P2CC 1YAMA 2HUBA 3LZMA 1OUAA 1QUGA 4ET9A 1LYJA 1BB6A 4LZMA 3EBAB 2LYMA 1GHLA 113LA 4R6CA 2NTHA 1L36A 3HWLA 1YAOA 2CUUA 1LZ9A 1G0JA 2Q0MX 1XGTC 1C6HA 125LA 1GB3A 5LVHA 1UACY 4C5FA 4ZEEA 152LA 2HEEA 1OUFA 147LA 3M3UA 1GBYA 1GF9A 129LA 1QUSA 1PQKA 1P6YA 1L30A 5KJ9A 1TBYA 2H9JA 3C81A 4GN5C 1C6CA 5D5CA 169LA 2Z2FA 2HEAA 4H9CA 2MEEA 2DQJY 1L53A 1L17A 2F4GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1W6Z A;  1GFJ A;  4OW1 A;  5L3I A;  1B2K A;  1QTK A;  3WPL A;  1GB8 A;  1JJ0 A;  5HNC A;  3EO5 A;  1VFB C;  1G7I C;  1IC5 Y;  1HSW A;  4TWS A;  2ZWB A;  1ZVY B;  1LSD A;  1LSG A;  1LJ3 A;  1INU A;  4NGK A;  1SLY A;  2HEF A;  2EKS C;  2I25 L;  2MEB A;  2RSC A;  1LYZ A;  5LA5 A;  5KXP A;  3ZEK A;  1LMN A;  1JPO A;  2FYC A;  4YEO A;  5FEK A;  1FDL Y;  1CJ6 A;  4AGA A;  5APD A;  1WVU A;  1B9O A;  1DPX A;  1LSC A;  3ZVQ B;  4OWC A;  5LIN A;  4RLN A;  4YEN A;  1LZB A;  2W1X A;  5B1F A;  2LZ2 A;  2BQI A;  1B7N A;  1OUH A;  5KKI A;  1BGI A;  3B72 A;  5AMY A;  1GFK A;  1H6M A;  1IWU A;  2XBR A;  2FYD A;  2ZNW Y;  4B4J A;  4NHS A;  5I4X A;  2DBT A;  1B5X A;  3N9E A;  1GXV 2;  4G4H A;  5C6L A;  4OWH A;  4R0F A;  5D5F A;  2ZIJ A;  3TMX A;  4WM4 A;  4GCD A;  6LYT A;  3W6B A;  4ETE A;  1UUZ C;  1GB2 A;  1DQJ C;  1I20 A;  2IHL A;  4L41 A;  2DQD Y;  1LAA A;  4XJB A;  4ETD A;  5I53 A;  1LHH A;  1LHL A;  2EPE A;  4GCB A;  2IFF Y;  2N5Z A;  1T6V L;  2YVB A;  1AZF A;  1LHK A;  1TDY A;  5II3 A;  3FE0 A;  3A90 A; 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 1LJF A;  4NG1 A;  1JKD A;  1LZE A;  4IJ4 A;  3TXG A;  3WVX A;  3TMW A;  2HED A;  1VDT A;  1HEN A;  2HTX A;  5A3Z A;  2FBD A;  1B0D A;  3M18 B;  1HC0 A;  1LYY A;  2XTH A;  2BQD A;  1IWY A;  4WOA A;  1CKG A;  3AW6 A;  5I4Y A;  1LZ1 A;  1GFA A;  1GE0 A;  1F0W A;  1GF3 A;  5APE A;  1XGR C;  2MEA A;  4WL7 A;  1LZA A;  4WM5 A;  3A92 A;  3W6D A;  3AW7 A;  4NGO A;  4NGV A;  4KL7 A;  1MEL L;  2C8O A;  4QDN A;  1IOS A;  4XYY A;  3WU9 A;  1IOT A;  2YBI A;  1GF8 A;  5FDJ A;  4ZFP A;  4ETA A;  5KXS A;  5KXL A;  1NWG A;  1UID A;  1WTN A;  5K7O A;  1LCN A;  1JIS A;  1JJ1 A;  1LZC A;  2ZIL A;  4MST A;  1LZN A;  3CQL A;  4NHQ A;  1LTM A;  1GFT A;  1EQ5 A;  1JKC A;  1QSW A;  2BQE A;  4XEN A;  3LYT A;  4H8Y A;  1DKK A;  1VAT A;  4GLV A;  4H93 A;  4I0C A;  4WLT A;  4XJG A;  5APC A;  4BAF A;  1HFY A;  3HBE X;  1IC4 Y;  4DD3 A;  1HNL A;  1LSE A;  2DQH Y;  4Z41 A;  4N5R A;  3WXT A;  1GF0 A;  3LYO A;  1IR7 A;  3AJN A;  1IP6 A;  3J4G A;  1GDW A;  1LJJ A;  2ZIK A;  1HER A;  5DN5 A;  5A3E A;  1ZVH L;  5FHW A;  3WVY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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