223LA

Generating ligand binding sites in t4 lysozyme using deficiency-creating substitutions
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNGAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Generation of ligand binding sites in T4 lysozyme by deficiency-creating substitutions.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 55
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 223lA00
123LA 1P64A 213LA 3SB5A 2B74A 4ARMA 1SSYA 4EPFA 115LA 1L12A 1L86A 4W53A 1QSQA 1L77A 1L38A 4ARPA 128LA 2RAZX 1OVJA 1P36A 188LA 1CV1A 1XJUA 212LA 191LA 1G1VA 4I7RA 5LZMA 149LA 1L99A 225LA 1G0GA 1L64A 1L80A 4GRVA 2L78A 1L68A 125LA 2RBQA 1L01A 4PJZA 3C7ZA 211LA 1L36A 4ARJA 218LA 138LA 1L17A 3GUJA 1TLAA 3SBBC 1T8GA 7LZMA 3SN6R 1L39A 2O7AA 1C65A 189LA 4K5YA 205LA 131LA 1CU6A 3DMZA 4ZPUA 3ODUA 3HWLA 3HTDA 1KW7A 261LA 2OU9A 4I7JA 1XJTA 1L50A 1LWKA 3DN2A 255LA 2RBSA 235LA 1QTCA 1L46A 187LA 1L15A 2Q9DA 2CUUA 151LA 3GUIA 1DYEA 1L61A 1C6KA 3CDQA 168LA 2F2QA 2OE9X 3HH4A 1CV4A 1G0PA 1L18A 3C8SA 1XEPA 172LA 1LGXA 145LA 164LA 1QT8A 2LCBA 2ANVA 1P5CA 1C63A 126LA 2RB2X 3DN3A 1L23A 1PQJA 1LYJA 3HTFA 3V2WA 3HH5A 161LA 3HTGA 1L56A 137LA 1K28A 2B73A 1KS3A 1C6GA 1L34A 1C6QA 190LA 199LA 1LYHA 3OE9A 2O4WA 1DYAA 4LDOA 1LYIA 1NHBA 3K2RA 192LA 3DNAA 1L04A 4YXCA 139LA 1LLHA 3C81A 3RZEA 4EPIA 244LA 1OVHA 1ZWNA 1C6DA 250LA 140LA 1C6BA 4ARQB 1D3NA 251LA 1C6MA 2QB0B 230LA 1KY1A 1PQMA 1L08A 157LA 4EKPA 1L60A 1LYFA 227LA 4EKSA 260LA 233LA 4I7KA 1L70A 1L88A 254LA 177LA 209LA 4W58A 1SWYA 257LA 3UONA 1L85A 165LA 156LA 1KY0A 200LA 1L71A 2B6WA 3C7YA 3VW7A 1L31A 1CUPA 159LA 1LI2A 169LA 3GUNA 3DN6A 2B6TA 3CDRA 1QT5A 173LA 3RUNA 1C66A 1CU2A 1D3FA 1G0KA 3GUKA 1DYCA 1L06A 1CUQA 2QARC 1L43A 2RBRA 3SB9A 1L07A 107LA 2LZMA 3HDEA 3GULA 184LA 1P2RA 2OEAX 3EMLA 1ZYTA 4AQNA 1L63A 1L35A 3NY8A 2O79A 2B7XA 2NTGA 1C6IA 4W56A 4LDLA 2HULA 3L64A 1L66A 217LA 1LYEA 146LA 3G3WA 2OE4X 1G0MA 112LA 1L26A 236LA 3D4SA 1C6JA 214LA 3HH3A 4I7MA 1JQUA 1OWZA 4W59A 1OWYA 2NTHA 1C6LA 1LYDA 3CDTA 3FI5A 2LC9A 141LA 1EPYA 1L84A 4I7TA 2Z6BA 229LA 1C64A 1G1WA 1PQKA 4I7OA 120LA 223LA 1C68A 2RBOA 240LA 3G3XA 1L54A 4W52A 1LGUA 4EXMA 155LA 181LA 1QUGA 2HUKA 4YX7C 1L14A 2OTZX 2A4TA 118LA 1CV5A 1L79A 4DJHA 1QT3A 3CDOA 2HUMA 1L95A 253LA 1G0LA 1WTHA 1JTMA 1L90A 113LA 178LA 167LA 1L27A 1LGWA 1T8FA 249LA 4ARMB 102LA 1QTBA 1L97A 1C6PA 224LA 262LA 2RH1A 6LZMA 201LA 2OU0X 237LA 163LA 1P46A 3JR6A 2F47A 130LA 1L42A 3OE0A 1L32A 3HUQA 3NY9A 1D2YA 1QT6A 1L33A 1L0KA 3HTBA 1L53A 2OU8A 3G3VA 3HT7A 1L48A 1DYGA 1L52A 158LA 1QTZA 1CV3A 162LA 3C8QA 1C6FA 4IAPA 1QTVA 3DN1A 3DN4A 1L92A 3C80A 1L94A 1C6CA 3PBLA 1L00A 2B6XA 175LA 1QT7A 1QUDA 198LA 147LA 1L45A 1L20A 1LWGA 1CU0A 1DYFA 1D3JA 1KNIA 2ANXA 1L72A 4OO9A 104LA 3SBAA 1L40A 1C69A 1L49A 1L74A 4W57A 1G07A 1QS5A 245LA 1CU5A 1LI3A 2RB1X 2OE7X 1C6EA 129LA 195LA 248LA 2B72A 1CU3A 1C67A 3QAKA 2RBPA 1L98A 4LDEA 1LW9A 3F8VA 3SB8A 1L57A 1L81A 3C7WA 3OE8A 3V2YA 174LA 252LA 3GUOA 1PQIA 1L75A 222LA 2B6YA 3GUMA 232LA 4I7LA 1C61A 1OVKA 4S0WA 3HU8A 3HUKA 160LA 3DMXA 1OV7A 5I14A 1C6NA 1P7SA 210LA 1DYDA 238LA 1P2LA 1SX2A 2F32A 182LA 110LA 3FADA 1I6SA 1L05A 242LA 219LA 4W51A 1QSBA 234LA 1L87A 221LA 258LA 127LA 4ARQA 1B6IA 1SSWA 108LA 2RBNA 1KW5A 1L47A 3DKEX 3SB6A 3OE6A 1L58A 3HU9A 215LA 1C6HA 144LA 183LA 142LA 1L11A 4W55A 3C83A 1L59A 1L91A 1QUOA 1D2WA 226LA 1L16A 1LI6A 4EKQA 166LA 4I7NA 1PQDA 1LYGA 1SWZA 1L19A 3HT9A 196LA 1LPYA 220LA 109LA 1CTWA 4YXAC 216LA 239LA 3HDFA 3HT6A 3HUAA 114LA 1L89A 3L2XA 1QUHA 1L93A 1L29A 1CV0A 150LA 3DN8A 1CVKA 4ARLA 1L28A 256LA 246LA 1CX6A 1P56A 1C6AA 1L37A 3F9LA 1G0JA 3DMVA 4PK0A 111LA 1L10A 3C82A 148LE 1L62A 1QS9A 231LA 4I7SA 1L22A 4EKRA 1P37A 3SB7A 247LA 1L51A 1P6YA 2RB0X 4GBRB 143LA 3C8RA 2OTYX 2RAYX 259LA 3DN0A 1C6TA 170LA 1L96A 1L67A 3GUPA 1L13A 180LA 1QTHA 3PDSA 1CV6A 186LA 103LA 4E97A 1L03A 1DYBA 122LA 1L21A 3FA0A 3NYAA 1T6HA 1L02A 1L25A 1QTDA 1D3MA 1L41A 228LA 206LA 1L09A 1L44A 1SX7A 4DKLA 1L69A 1L76A 1C62A 4DAJA 1OV5A 119LA 2IGCA 197LA 2B70A 2B6ZA 4W54A 4I7PA 241LA 3HT8A 1OYUA 1C60A 1L73A 3HH6A 4EJ4A 185LA 176LA 1D9WA 1L82A 1ZURA 1PQOA 1L24A 2B75A 1G0QA 1L0JA 1T97A 1L30A 1L83A 1QT4A 1T8AA 4I7QA 1CX7A 171LA 1P3NA 1L65A 2Q9EA 3CDVA 152LA 4LZMA 243LA 3LZMA 1L55A 1G06A 1JTNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
213LA 3EXDA 115LA 1L12A 2YBNA 1TDYA 1L86A 4W53A 1L77A 1LJKA 3GXRA 128LA 4NGLA 4H9HA 1UIBA 4E3UA 1OUFA 1UUZC 2BQLA 4GN4A 4NGZA 5F14A 1LZDA 2RBQA 1L68A 125LA 4ETAA 3WUMA 4DD1A 3GUJA 1TLAA 3SBBC 1T8GA 1YL1X 4NHTA 1LYZA 1UACY 4ZPUA 3ODUA 3HWLA 5F81A 1DKKA 261LA 4I7JA 1XJTA 5FDJA 4NEBA 255LA 1BWIA 5ILCA 3WUNA 2Q9DA 1JSFA 2CUUA 151LA 3P68A 1L61A 1C6KA 1YAQA 2F2QA 2OE9X 2VB1A 4WM6A 1QT8A 1P5CA 1IY4A 1OQMA 4N5RA 4HTQA 3DN3A 2ZNWY 3LHMA 1LYJA 3V2WA 161LA 1L56A 137LA 1C6GA 1YQVY 5KXZA 1W08A 1KXWA 1C6QA 190LA 199LA 4TWSA 2HEEA 1NHBA 3K2RA 1QTKA 1GB6A 1LLHA 3C81A 4QGZA 4EPIA 1C6DA 5HNCA 4HTNA 1C6BA 1C6MA 4HJVA 1PQMA 1CJ8A 1LAAA 1LYSA 157LA 4R0FA 4NGOA 1C45A 4OWEA 227LA 4LYBA 134LA 1DPWA 233LA 1B5ZA 4P2EA 1D6PA 1GFRA 2IHLA 4W58A 5L3IA 1XEJA 1WQNA 165LA 4XJFA 1FKVA 2B6WA 4H8XA 159LA 1RE2A 5B06A 169LA 1LKSA 2YVBA 3TXFA 2XQOA 3RT5X 2B6TA 3A93A 4DC4A 1WQRA 2BQMA 2YBIA 3TXEA 1LSZA 2MEEA 1C66A 1CUQA 1ZVHL 2A7DA 2QARC 1L43A 2RBRA 4GCCA 1L07A 1IP2A 3HDEA 3GULA 1ZYTA 4AQNA 1LHIA 3NY8A 2O79A 2NTGA 4LYMA 1C6IA 5I4XA 3L64A 217LA 1B0DA 1G0MA 112LA 236LA 3D4SA 1GB0A 5APDA 1JQUA 1LSAA 1UICA 3TXHA 4AXTA 2LC9A 1EPYA 4NHIA 4I7TA 2Z6BA 4UWUA 4WLYA 1G7MC 1CKFA 2C8OA 4I7OA 1ZV5L 4LT1A 1LZ6A 240LA 3G3XA 3ZEKA 4ZEEA 1LGUA 4EXMA 1HFYA 4MCKA 2W1LA 2AUBA 3AZ6A 1BHZA 4NGWA 3WU8A 1O23A 1G0LA 4YF2A 249LA 1LGWA 1JJ0A 2BQIA 4WM5A 5LVHA 2W1MA 1L97A 1GF7A 4GLVA 4DD0A 4DQJA 3WMKA 1UIDA 3WVYA 1GE3A 1GE2A 2BQNA 4GLAA 1IWXA 3OK0A 3QNGA 1WQQA 2OU8A 4DD7A 1GXV2 1L52A 2YDGA 1GF3A 1QTZA 162LA 1C6FA 5C6IA 1GFAA 1L92A 5F9XA 1L94A 9LYZA 1IP6A 1LJFA 1XFPL 175LA 198LA 1L45A 1IP7A 4ETDA 1LWGA 1FN5A 1DYFA 4N1EI 5LVIA 2ANXA 2X0AA 3LZTA 1L74A 1I1ZA 245LA 1CU5A 5LVKA 4A7DA 2RB1X 5D5CA 3WUAA 1CKDA 2BQHA 1C6EA 3EMSA 1DI4A 7LYZA 2XBSA 3SB8A 1TBYA 4WLDA 3V2YA 3GUOA 1AT5A 1PQIA 2MECA 1L75A 222LA 3CQLA 2ZWBA 1RJCB 1C61A 1OVKA 5F16A 4ETEA 3CT0A 1DYDA 3M3UA 4BAPA 1H87A 110LA 1GFVA 1B7NA 3P4ZA 258LA 5KKIA 1YAOA 215LA 3A8ZA 1NQIA 1L59A 1QUOA 4H94A 1D2WA 1AT6A 4GCDA 4OOOA 1F6RA 1LMOA 1FBIX 4NSJA 1L16A 4EKQA 1C46A 1UBZA 4W94A 1LSNA 4YXAC 1VDQA 2DQCY 4ML7A 1OUBA 1B7MA 1IX0A 5KXOA 2BPUA 154LA 1A4VA 1J1XY 1UIHA 2W1XA 3W3EA 1HEPA 256LA 4B49A 3WXUA 3DMVA 132LA 3B0IA 1IO5A 1L10A 1B7RA 1UIGA 231LA 4I7SA 1QUTA 2G4QA 3QY4A 1P37A 3A3QA 1IP1A 3AZ4A 1H6MA 1IR7A 143LA 5HQ1A 3C8RA 1B5YA 1B5WA 2RAYX 2XJWA 2LYOA 4XJGA 2ZQ4A 1L96A 1L13A 4PGJB 1YILA 186LA 3G3BB 1DYBA 1T6HA 2HTXA 1DXJA 1L02A 1YROA 1QTDA 2EPEA 1L09A 1OV5A 119LA 2IGCA 4KL7A 1FLWA 4EMNA 1JKAA 1L73A 1LPIA 1J1PY 4RW2A 1L82A 1F6SA 4DD3A 1HFZA 1ZURA 5KXYA 5FHWA 1DKJA 2EKSC 4DT3A 4FDYA 1DI3A 1A2YC 5LA8A 1IR9A 243LA 1GB5A 3LZMA 1G06A 1JTNA 1WTNA 1LCNA 4WLTA 1WQOA 1YL0X 4NGKA 1QDTA 2ZYPA 1OVJA 1OUJA 188LA 191LA 1V7SA 1OP9B 5KY1A 1GFKA 1KIPC 1L99A 225LA 4GRVA 5FELA 1C43A 1L01A 4GCBA 4PJZA 3LN2A 3C7ZA 2BLYA 2F4AA 4Z41A 2Y8PA 5I54A 1IC7Y 1LSEA 1GF9A 8LYZA 4EOFA 1C65A 189LA 2DQGY 1JWRA 131LA 1CU6A 3DMZA 1PZYA 3AB6A 3AZ5A 3HTDA 3G3AB 1L50A 2CJLA 1WQMA 2HU1A 1L15A 1CJ7A 3GUIA 5KXKA 3CDQA 1CV4A 3C8SA 1XEPA 164LA 2LZ2A 3WW5A 3N9AA 3HTFA 1LSYA 2B73A 3RNXA 1SLYA 1LJEA 1JEFA 1L34A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 213L A;  3EXD A;  115L A;  1L12 A;  2YBN A;  1TDY A;  1L86 A;  4W53 A;  1L77 A;  1LJK A;  3GXR A;  128L A;  4NGL A;  4H9H A;  1UIB A;  4E3U A;  1OUF A;  1UUZ C;  2BQL A;  4GN4 A;  4NGZ A;  5F14 A;  1LZD A;  2RBQ A;  1L68 A;  125L A;  4ETA A;  3WUM A;  4DD1 A;  3GUJ A;  1TLA A;  3SBB C;  1T8G A;  1YL1 X;  4NHT A;  1LYZ A;  1UAC Y;  4ZPU A;  3ODU A;  3HWL A;  5F81 A;  1DKK A;  261L A;  4I7J A;  1XJT A;  5FDJ A;  4NEB A;  255L A;  1BWI A;  5ILC A;  3WUN A;  2Q9D A;  1JSF A;  2CUU A;  151L A;  3P68 A;  1L61 A;  1C6K A;  1YAQ A;  2F2Q A;  2OE9 X;  2VB1 A;  4WM6 A;  1QT8 A;  1P5C A;  1IY4 A;  1OQM A;  4N5R A;  4HTQ A;  3DN3 A;  2ZNW Y;  3LHM A;  1LYJ A;  3V2W A;  161L A;  1L56 A;  137L A;  1C6G A;  1YQV Y;  5KXZ A;  1W08 A;  1KXW A;  1C6Q A;  190L A;  199L A;  4TWS A;  2HEE A;  1NHB A;  3K2R A;  1QTK A;  1GB6 A;  1LLH A;  3C81 A;  4QGZ A;  4EPI A;  1C6D A;  5HNC A;  4HTN A;  1C6B A;  1C6M A;  4HJV A;  1PQM A;  1CJ8 A;  1LAA A;  1LYS A;  157L A;  4R0F A;  4NGO A;  1C45 A;  4OWE A;  227L A;  4LYB A; 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