1P46A

T4 lysozyme core repacking mutant m106i/ta
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQIGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Repacking the Core of T4 lysozyme by automated design
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1p46A00
144LA 1L47A 1L43A 3HTBA 239LA 103LA 1LI6A 3C7WA 4AQNA 3DN8A 1L88A 1CV5A 233LA 1C65A 1JTMA 1C69A 3HH5A 145LA 1ZURA 3K2RA 3GUOA 1TLAA 1L91A 2NTGA 170LA 192LA 1L51A 1LW9A 3CDQA 1QTCA 230LA 1LGWA 1L12A 1L19A 3GULA 1L27A 1L89A 2RAZX 2ANXA 3HH3A 1L03A 173LA 1KY1A 113LA 1L45A 1C6NA 1L54A 1L55A 109LA 4DKLA 1OV7A 4I7TA 2B6WA 1P46A 161LA 1L63A 1D2WA 1C6QA 1L20A 182LA 4W55A 3OE9A 252LA 115LA 1C66A 1T8FA 2NTHA 3DN2A 164LA 1CTWA 198LA 1L26A 1QUHA 2RBSA 3HT6A 237LA 165LA 1L81A 1DYFA 1P5CA 1L97A 1L29A 2A4TA 1L76A 1L30A 243LA 150LA 1L56A 1OVKA 4OO9A 2B72A 1DYAA 3F9LA 1L14A 196LA 3SN6R 139LA 1SSYA 3G3VA 197LA 4ARQA 3GUIA 241LA 1L44A 1L68A 1DYBA 1L13A 256LA 4I7SA 168LA 188LA 190LA 1L06A 1L02A 221LA 1C6KA 3FI5A 2QARC 3HDEA 166LA 3HUAA 2B6ZA 3VW7A 1L93A 240LA 1C6JA 1KW7A 2B74A 157LA 250LA 2HUMA 4I7JA 3HWLA 2O4WA 1P56A 1P64A 3HTDA 119LA 1L72A 1SWZA 3C7YA 3DN3A 1L79A 4ZPUA 1L36A 4I7QA 1L52A 3SB5A 195LA 1L69A 1PQIA 229LA 1XEPA 107LA 1NHBA 158LA 123LA 114LA 152LA 1L99A 3DN0A 1L28A 1KY0A 4LDEA 120LA 3HT7A 1OWZA 126LA 1JQUA 4I7MA 1LYGA 3GUPA 4LZMA 130LA 1L82A 249LA 3OE0A 1PQKA 1QUOA 1WTHA 1DYCA 1L49A 2HULA 3SB7A 5I14A 1L37A 1CVKA 2RB2X 1D9WA 3HH4A 219LA 3F8VA 1DYGA 199LA 184LA 4DAJA 215LA 2OU0X 217LA 4W58A 1QT5A 1L40A 1QSBA 1OV5A 1L96A 148LE 3DMXA 3DN1A 3C8SA 1C6MA 185LA 3C81A 1KS3A 3SBBC 2B73A 3C8QA 2RB1X 247LA 1KW5A 220LA 3HT8A 1C6GA 1L0KA 1L83A 1QT7A 1T97A 223LA 224LA 1P6YA 2QB0B 1L95A 211LA 1CUQA 138LA 1C6FA 1JTNA 1L92A 1LYDA 244LA 1CV4A 1L17A 1C6DA 248LA 3NY9A 6LZMA 4YX7C 1L22A 1QTBA 1OWYA 1L16A 111LA 1P7SA 1P36A 1C6EA 4GBRB 1L62A 1OVHA 125LA 1L77A 1T8AA 3C80A 4GRVA 222LA 3CDOA 140LA 1G0QA 1G0KA 1SX2A 3GUKA 3CDRA 181LA 1CV1A 1L58A 1L46A 131LA 3CDVA 3SBAA 4ARMB 1CV6A 1L00A 1G0LA 246LA 1L24A 1C68A 251LA 191LA 1L08A 1L38A 171LA 1G0PA 2O7AA 234LA 1G1WA 1LI2A 1L32A 4S0WA 177LA 1L61A 118LA 1LWKA 1C6LA 4EKRA 1D3NA 2F32A 1LLHA 2Q9DA 210LA 2IGCA 1L35A 156LA 1CU2A 1L66A 1P2LA 1LI3A 1L57A 178LA 1L65A 1OVJA 3CDTA 3D4SA 2OU8A 1B6IA 3DNAA 4YXCA 1CU6A 238LA 1P2RA 4LDOA 4K5YA 155LA 1L11A 1L33A 1C6AA 218LA 1LYHA 3NY8A 187LA 1L04A 1L10A 3G3WA 2OEAX 2LCBA 137LA 3JR6A 4EPFA 4EKSA 1L87A 254LA 3HTGA 1QTDA 1L48A 259LA 1KNIA 2Q9EA 1CX7A 1G0JA 1T8GA 1L60A 1D3JA 1D3FA 4YXAC 1L05A 5LZMA 1QT4A 1CV0A 4ARPA 1C6IA 1EPYA 4EPIA 180LA 2F2QA 1L85A 3V2WA 2RH1A 1PQMA 201LA 1L90A 4EKQA 189LA 3QAKA 1ZYTA 175LA 1L31A 2RAYX 1SWYA 200LA 3SB9A 261LA 214LA 3HUQA 4E97A 1QS9A 3DN4A 104LA 3HU8A 176LA 3L2XA 183LA 1LGUA 2RBNA 2O79A 2B75A 129LA 216LA 1LYFA 2F47A 228LA 1L0JA 1L41A 1L94A 2L78A 2OE7X 1CU3A 3V2YA 1LYIA 255LA 1T6HA 232LA 1QTVA 1LYEA 3EMLA 127LA 2Z6BA 162LA 3FADA 122LA 1C60A 1C6HA 2B6YA 169LA 3DMZA 160LA 206LA 2RBOA 1L59A 3HDFA 2OTZX 258LA 260LA 1P37A 4EKPA 4PJZA 1CU0A 1D2YA 7LZMA 142LA 3HH6A 1OYUA 231LA 262LA 4W54A 4DJHA 1C63A 2LZMA 4W57A 1C6PA 4W52A 4I7LA 3DMVA 1C67A 141LA 1L21A 2RBPA 1L39A 3HT9A 1C62A 4ARJA 1L09A 2B6TA 4ARQB 2OE9X 1DYEA 2B7XA 149LA 3C83A 4LDLA 1L25A 1ZWNA 3LZMA 1C6TA 143LA 4W53A 2RBQA 3OE6A 1PQDA 2OE4X 2RB0X 1SX7A 2B70A 1PQOA 253LA 2ANVA 3HUKA 1C61A 2HUKA 3C8RA 1C6BA 1QTZA 236LA 167LA 1L86A 1CUPA 242LA 1C64A 1L07A 209LA 4I7NA 1XJTA 110LA 4ARMA 3HTFA 1L98A 1L80A 108LA 1QUDA 1LPYA 1LYJA 4W56A 102LA 1L84A 205LA 1DYDA 3PBLA 1G0GA 235LA 4PK0A 1SSWA 1L70A 4EJ4A 4W51A 3G3XA 1G1VA 212LA 3DKEX 147LA 1QT8A 3C7ZA 1L71A 2B6XA 3NYAA 186LA 1PQJA 2LC9A 1C6CA 1L74A 1CX6A 1QT6A 3RUNA 3L64A 225LA 1D3MA 3SB8A 1G0MA 146LA 1L42A 1LWGA 213LA 3ODUA 1QS5A 3SB6A 245LA 112LA 1K28A 1G06A 1L64A 2OTYX 3FA0A 163LA 3C82A 227LA 1P3NA 4EXMA 3DN6A 3HU9A 3PDSA 4I7PA 1LGXA 1L75A 2RBRA 1L67A 1L01A 3GUMA 151LA 1G07A 1CV3A 1L15A 174LA 172LA 1QTHA 128LA 3RZEA 257LA 159LA 4I7KA 2OU9A 3UONA 226LA 4I7RA 4W59A 1L50A 3OE8A 3GUNA 4I7OA 2CUUA 1L18A 1L53A 1QSQA 1QT3A 1CU5A 1L73A 1XJUA 1L34A 1I6SA 4ARLA 4IAPA 3GUJA 1L23A 1QUGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RZ4A 1L47A 3HTBA 5FDJA 239LA 3EO5A 1LI6A 1UIBA 4AQNA 135LA 1C65A 3HH5A 145LA 1OQMA 5B06A 5B07A 1HEWA 2F30A 1JTTL 5DL9A 192LA 4IATA 1LW9A 1OUJA 3ZVQB 4RLMA 4WM1A 2RAZX 2ANXA 5HNCA 2BQOA 4DD2A 4OWAA 1KY1A 2DQGY 4OW1A 109LA 4CGEA 1G7JC 4DKLA 161LA 1C6QA 115LA 1B5YA 1T8FA 3MGWA 4NGJA 1LZSA 4GN3A 3DN2A 1GE0A 4HTNA 1L26A 4DQ5A 2RBSA 3HT6A 4ZFPA 5FCPA 1FKQA 1L81A 4NGLA 4H8XA 1P5CA 3T36A 2A4TA 2YBMA 4HJYA 153LA 1L56A 4OO9A 1IWTA 1DI3A 3WUMA 196LA 1SSYA 3G3VA 4C5FA 197LA 4TUNA 1I1ZA 4ARQA 4BAFA 3A6CY 3LYMA 1LSCA 1L13A 1CKFA 5KXSA 188LA 2MEGA 5FELA 3N9AA 1AT6A 2LHMA 221LA 3FI5A 4P2EA 3VW7A 2B6ZA 1L93A 1XFPL 250LA 2Z2FA 4IJ4A 1IY3A 2W1XA 2O4WA 1P56A 1IWVA 5D5FA 5M1YA 2Z38A 1L72A 1JWRA 1H6MA 3C7YA 1WQQA 1WQNA 4H8ZA 5LYMA 1L36A 2DBTA 1LOZA 3SB5A 1L69A 229LA 1XEPA 1NHBA 123LA 114LA 4KL7A 1KIPC 4LDEA 126LA 4I7MA 1LYGA 3GUPA 1IP4A 3FI7A 249LA 3OE0A 1UBZA 1DYCA 2HULA 1TCYA 5I4WA 2RB2X 5KXMA 2A7DA 1WVVA 4ETEA 199LA 217LA 5I4XA 2CDSA 3A96A 1OV5A 4NGIA 3A8ZA 207LA 3C8SA 1OUHA 4AXTA 1C6MA 4H9CA 1LZEA 2B73A 3C8QA 247LA 1KW5A 3CSZA 220LA 3EBAB 3LYOA 1CKHA 1IOQA 1LZNA 138LA 1C6FA 1JTNA 1LJEA 2HEAA 1IWWA 3GXKA 1CV4A 1VATA 1L17A 3NY9A 1KXYA 2BQAA 4FJRA 1QTBA 1L16A 4WM6A 1L77A 5LAFA 1BWHA 1LZ6A 1G0QA 4M4OA 4ZEEA 1G0KA 4WG7A 1C46A 3AZ4A 181LA 1UIFA 2YBHA 2DQIY 2YBJA 1L24A 2BQHA 3WU8A 2DQJY 4GLVA 171LA 1G0PA 4XN6A 2CGIA 2O7AA 1VEDA 1QQYA 1LZ9A 2LYZA 118LA 4EKRA 1LZRA 3ATOA 1P2LA 1CU2A 4YEMA 1LI3A 178LA 2XTHA 238LA 4R0FA 1LZDA 1L04A 2H9KA 3G3WA 1LJJA 2LCBA 4EPFA 2MEIA 1YKXX 1CKCA 2W1MA 1L48A 5KXRA 1KNIA 1CX7A 1T8GA 1PZYA 1QT4A 1B7LA 3M3UA 1L90A 1FDLY 5F9XA 1ZYTA 4E3UA 1RCMA 1SWYA 3SB9A 261LA 4NIJA 4E97A 2W1YA 4NEBA 3DN4A 3HU8A 4MSTA 176LA 1F0WA 3WPLA 1LGUA 2Z18A 129LA 3B6LA 5F16A 3W3EA 4CFOA 5DM9A 4NHTA 5ILCA 3A3RX 3V2YA 4DDCA 4HTKA 1JJ1A 3LZ2A 1T6HA 4W96A 5B1FA 1LYEA 127LA 3WXUA 1OUIA 3J4GA 5APEA 2HECA 1C60A 160LA 1L59A 1LSDA 3W6DA 5E4PA 5I4YA 1GB3A 3WPKA 260LA 4DD3A 1GF0A 2I26L 1DI4A 3HH6A 231LA 1EQ4A 4W54A 5LVGA 1C63A 2LZMA 6LYTA 2BQBA 1GBZA 2HU3A 4II8A 132LA 1C62A 2XBRA 2B6TA 4EOFA 2B7XA 1JKCA 3BKVA 3CSRA 3LZMA 1C6TA 143LA 1GF3A 1XEIA 1LHMA 4GCEA 253LA 1FKVA 1GFTA 3WU9A 1LZ5A 3A67Y 1L86A 2BQNA 242LA 5KXWA 1C64A 4OOOA 2D4JA 2F4AA 3TXBA 4ARMA 1YL0X 3CB7A 4W56A 1WVUA 1MLCE 1RFPA 1GB6A 1LYZA 4NSJA 1G0GA 4PK0A 3G3XA 1GEZA 1LZ8A 3IJUA 3N9CA 212LA 1LSPA 4XJDA 2DQCY 3DKEX 1OUBA 1GE4A 4NWEA 1QT8A 1GBOA 1IR8A 2LC9A 5C6LA 1L74A 2ZIKA 4XYYA 225LA 4GLAA 2Z39A 1B7NA 1LKSA 146LA 1GFEA 1GFAA 1LHLA 112LA 1K28A 163LA 4EXMA 2EIZC 3HU9A 4OWCA 3TXFA 1YROA 1JSFA 1CV3A 1L15A 5FHWA 174LA 159LA 2OU9A 5FEKA 226LA 2BQFA 4WG1A 1NDMC 4CJ2A 4CHXA 3W6AA 4ML7A 1LJ4A 1CKDA 1QSQA 5KXOA 4J0LA 4RLNA 1B7QA 4OWEA 3TXHA 5AMYA 4GCDA 1YIKA 3DN8A 1CNSA 1F10A 1JTMA 3GUOA 1GE2A 1GFKA 4WM3A 1L91A 3A34A 5A3EA 2Z19A 1QTCA 230LA 1FLYA 1HMLA 1LGWA 4W94A 2B5ZA 4Z98A 1GXXA 1L12A 3GULA 1L27A 1XEJA 2BQDA 3HH3A 1LMQA 173LA 3RW8A 3QNGA 1RJCB 1LSYA 4WLYA 2B6WA 4ET9A 4NY5A 1C66A 4MR1A 2HEEA 1BVXA 3D3DA 237LA 1DYFA 3TXJA 1L97A 1L30A 1WQPA 4LYCA 5E9RA 2DQDY 1GEVA 1L14A 4LYOA 4HPIA 3QY4A 5APCA 2FBDA 1WQMA 1XGRC 3GUIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3RZ4 A;  1L47 A;  3HTB A;  5FDJ A;  239L A;  3EO5 A;  1LI6 A;  1UIB A;  4AQN A;  135L A;  1C65 A;  3HH5 A;  145L A;  1OQM A;  5B06 A;  5B07 A;  1HEW A;  2F30 A;  1JTT L;  5DL9 A;  192L A;  4IAT A;  1LW9 A;  1OUJ A;  3ZVQ B;  4RLM A;  4WM1 A;  2RAZ X;  2ANX A;  5HNC A;  2BQO A;  4DD2 A;  4OWA A;  1KY1 A;  2DQG Y;  4OW1 A;  109L A;  4CGE A;  1G7J C;  4DKL A;  161L A;  1C6Q A;  115L A;  1B5Y A;  1T8F A;  3MGW A;  4NGJ A;  1LZS A;  4GN3 A;  3DN2 A;  1GE0 A;  4HTN A;  1L26 A;  4DQ5 A;  2RBS A;  3HT6 A;  4ZFP A;  5FCP A;  1FKQ A;  1L81 A;  4NGL A;  4H8X A;  1P5C A;  3T36 A;  2A4T A;  2YBM A;  4HJY A;  153L A;  1L56 A;  4OO9 A;  1IWT A;  1DI3 A;  3WUM A;  196L A;  1SSY A;  3G3V A;  4C5F A;  197L A;  4TUN A;  1I1Z A;  4ARQ A;  4BAF A;  3A6C Y;  3LYM A;  1LSC A;  1L13 A;  1CKF A;  5KXS A;  188L A;  2MEG A;  5FEL A;  3N9A A;  1AT6 A;  2LHM A;  221L A;  3FI5 A;  4P2E A;  3VW7 A;  2B6Z A;  1L93 A;  1XFP L;  250L A;  2Z2F A;  4IJ4 A;  1IY3 A;  2W1X A;  2O4W A;  1P56 A;  1IWV A;  5D5F A;  5M1Y A;  2Z38 A; 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