1RCMA

Crystal structure of a ubiquitin-dependent degradation substrate: a three-disulfide form of lysozyme
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
publication title Crystal structure of a ubiquitin-dependent degradation substrate: a three-disulfide form of lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 51
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1rcmA00
1QUSA 2F4GA 1LZRA 1UA6Y 1MLCE 4WG7A 3CT5A 1HC0A 4H93A 1WQMA 3WVYA 4H9AA 1ZV5L 1LHJA 1XGRC 1AT6A 1AKIA 1LPIA 1B7OA 4BS7A 194LA 1IWYA 1GFKA 2EQLA 4NGOA 1LSDA 5DM9A 4YF2A 1LYOA 1LZ1A 1GBXA 1YAQA 1IC7Y 5AMYA 1BB4A 5KJ9A 3E3DA 5HQ1A 3AGGG 3B72A 1DZBX 1NDGC 1HELA 3A96A 3A93A 4NHIA 3EO5A 3TMXA 2H9JA 1OUDA 3B0IA 4GLVA 2W1XA 4G49A 5A3ZA 2DBTA 2X0AA 5KKJA 1BVXA 1IY3A 1KXXA 2BQGA 4U3XB 1IOSA 4H9HA 1ALCA 1B7PA 5D5CA 1H6MA 1GBYA 3T6UA 4GCEA 1HMLA 3WU9A 5E9RA 2DQFC 3AZ4A 1GD6A 4WLYA 1GEVA 3ZVQB 1QSAA 1LSAA 4M4OA 1IP4A 1NWGA 1XSFA 4DD9A 4FDYA 3HBHA 4MR1A 1OUGA 4MCKA 1IO5A 1F10A 1NHEA 4LFXA 1GF5A 1C45A 1GF4A 1XGPC 1XFPL 3P4ZA 4DT3A 2HTXA 4RLMA 5T3FA 3VWOA 1CKDA 3WUNA 2BQBA 1C08C 1W6ZA 1IWXA 1LJKA 4YENA 1LSCA 5LAGA 5C6LA 3TXFA 1GBWA 1YAOA 1JJ0A 3LHMA 2EPEA 4Z46A 5J7CA 3ZVQA 1GB7A 2Z39A 1IX0A 1D6QA 1V7TA 2CWIA 1GFJA 3TXGA 4TWSA 4Z3MA 5KXLA 1LZTA 2HEEA 1BB3A 1BWIA 4OWCA 1D0KA 3LYMA 1BHZA 1KIQC 3WW6A 1CJ7A 1XEKA 4NWEA 3TXHA 1XGQC 5FDJA 1GB0A 5KXNA 2FBDA 1T3PA 1GE4A 1T6VL 4OWHA 1DI3A 1WQNA 4HJVA 1QDTA 2BPUA 2BQEA 2BAAA 4H8ZA 1HHLA 1UUZC 1HSWA 3WPKA 1UBZA 1AZFA 1DQJC 1GFVA 1B7LA 1I1ZA 1WQRA 3WPJA 2N5ZA 3WPLA 4OWEA 1GPQC 4WLXA 1GBSA 2W1YA 2BQIA 3A3RX 1I56A 3K3TA 2ZWBA 4QY9A 3CSQA 4NHQA 5D5FA 1LJHA 3A91A 1VAUA 4OOOA 2FYCA 1LHKA 1GF3A 1GFGA 1LMTA 1HERA 2BLXA 3LYOA 4NHSA 3QNGA 3TMWA 1YROA 1REXA 4MSTA 4TSBA 4DDBA 5I4YA 3A67Y 3TMVA 4CJ2A 132LA 2BQHA 5LYMA 2YVBA 1J1XY 1DXJA 4N8ZA 5HMVA 1N4FA 1HEWA 4NWHA 2D6BA 4N0JA 1SLYA 5F9XA 3WVXA 2W1MA 3P65A 4NGJA 2BQMA 4UWUA 4X3BA 1JHLA 2ZYCA 4WLDA 1F6SA 3RT5X 4J1BA 1GE3A 2LZTA 4NSGA 1B5WA 1C10A 1LSPA 3G3AB 5KXMA 3D3DA 4GN3A 5APFA 5F9UA 4ETAA 3A6CY 1IP2A 1SQ2L 1VDQA 4ZIXA 3A90A 4O34A 4NGKA 2G4QA 1B5ZA 1LJIA 2ZIKA 4WO6A 5B1GA 4BAPA 3WH1A 4P2EA 1LZ6A 3W6EA 4HPIA 3ZEKA 3F6ZA 1IOTA 2BQKA 1IOQA 1D0MA 1UIFA 1LJNA 1O23A 3HFMY 4PJ2C 1CKHA 1FLQA 1OUFA 4NSJA 1C43A 4HV2A 1DI5A 1UCOA 4PHIA 1I20A 1F6RA 4DD1A 1BGIA 3A6BY 2BQNA 1GBZA 1LSMA 1REZA 134LA 3WUMA 3IJUA 1JEFA 1DKKA 1JPOA 5LIOA 1G7LC 1KIPC 1YANA 3ATOA 1V7SA 2PC2A 4KPMA 4PGJB 3A8ZA 2Z18A 4CFPA 1D6PA 1LZ9A 4H8YA 2GV0A 4H91A 1GFAA 1QIOA 2Z12A 4TSCA 1LYYA 1IC5Y 1UIBA 4GN4A 1RCMA 5JENB 3AB6A 1HFZA 4XYYA 1IP7A 1LZGA 1IP6A 1GF7A 3AZ6A 1TDYA 5F81A 1GFUA 1BB6A 3WMKA 4OW1A 4LYOA 1JKBA 4NG8A 4RLNA 2LHMA 3AZ5A 1NKHA 1BVKC 3QY4A 3W6BA 1NBYC 3WXTA 4YM8A 5I4WA 1DPXA 5KXTA 1TBYA 3WYHA 1LSEA 1HNLA 1CJ8A 5LVGA 1VATA 3ATNA 3M3UA 2ZILA 2MEFA 1LHHA 1DI4A 4R0FA 2BQAA 3B0OA 1OUEA 1AT5A 5IDDA 1PZYA 1LMPA 1EQ5A 1UIEA 1UACY 4LYCA 2YBLA 5KXXA 4EOFA 1GBOA 1IIZA 2I25L 153LA 3B6LA 4LZTA 1IY4A 4H92A 4NGYA 2DQAA 4DDCA 5C6JA 1JKDA 2YDGA 5DL9A 1CKFA 1G7IC 2YBHA 4NSIA 1LHLA 4ETEA 1CJ9A 2Z37A 1FKQA 4HV1A 4NY5A 1W08A 3LN2A 1ZVHL 3CT1A 4G4CA 3FI7A 1B5VA 4LT0A 5KXYA 154LA 1JWRA 5APEA 133LA 1OUIA 1LZDA 4IJ4A 2HEBA 1YAPA 4N9RA 3KAMA 1LJ4A 1OUCA 1F0WA 1WQPA 1B5YA 5EBHA 4B0DA 5HMJA 3T36A 3TXIA 1AM7A 1JITA 1LHIA 4QEQA 1FKVA 5HLLA 4IASA 4WM4A 1JTTL 1KXWA 4H9CA 3AJNA 2YBIA 4NFVA 4NHTA 1B9OA 1LZ4A 4HSFA 3WU7A 1JISA 2CGIA 5ILCA 5FHWA 1TEWA 3LYZA 1NBZC 3TMUA 2H5ZA 3AGIA 1RFPA 1GEZA 1YIKA 4J1AA 5ILFA 5KXOA 4I8SA 1QTKA 2BQFA 5I54A 1LZ5A 4GLAA 2C8OA 4WM3A 1HMKA 1BB7A 4ZEEA 2ZNWY 4NEBA 1BWHA 4M6DA 2D4KA 1ZMYL 1KIRC 3A3QA 4OWAA 1JSFA 3GXKA 1YKZX 1GFTA 4DDAA 5LA5A 1LZSA 2H9KA 1LZBA 4ET9A 1H87A 4ANRA 1GB9A 5M1YA 4EMNA 4LT1A 2DQEY 2MEGA 1P2CC 2Z38A 1LJGA 4GN5C 1YKXX 2HUBA 1VEDA 4ML7A 5E4PA 2FBBA 1RE2A 2Z19A 3TXBA 1EQ4A 1JUGA 1LJJA 4NHPA 3EMSA 5F14A 4G9SA 4TTDA 1LZAA 4FJRA 1FLWA 4J0LA 4KL7A 4LYTA 4B4EA 1IR8A 3P68A 2DQDY 4LFPA 2MEEA 3CT0A 1IP3A 2HU3A 1LSBA 4OOTA 5B1FA 5APDA 3TXJA 5IHGA 3AZ7A 1GF8A 3WXUA 2FYDA 5FSTA 1JKCA 3RZ4A 4ZFPA 1INUA 1CKGA 1B7SA 1GF0A 4BADA 2HEDA 2MEIA 1GF6A 4WO9A 1GB6A 2MEHA 1BQLY 5LINA 5KXSA 1GF9A 1WTMA 3IWRA 1B7RA 2NWDX 5L3HA 1LSYA 1XEJA 2YBMA 3AW7A 3D9AC 4ETBA 3G3BB 5L3IA 9LYZA 3CSZA 4W96A 4B49A 5KXWA 1CKCA 3LYTA 5LVJA 2Y8PA 1YQVY 4WM5A 5LXWA 1LYZA 2CDSA 3CSRA 4IATA 4NGZA 1B2KA 1LKSA 1IEEA 4WG1A 1HFXA 1LSGA 1UIHA 4LT3A 4XENA 1QQYA 1E8LA 4WM1A 4NG1A 3AYQA 5KXKA 1IVMA 3A94A 2BQOA 3W6DA 3A92A 1IWTA 1LZCA 1OQMA 1GFHA 2CJLA 1GXV2 4BAFA 2HU1A 5B59A 4WM6A 4NGIA 5LVHA 1JIYA 1B5UA 2ZIJA 1MELL 3TXDA 1GFEA 2D4IA 4CGEA 4I0CA 3J6KA 4RW1A 4WLTA 1VDTA 3AGHA 1YL0X 4HP0A 5LYTA 4NGLA 1LSFA 5I5QA 1HF4A 2HEAA 2F30A 2Z2FA 3HBDA 5LAFA 1PS5A 3GXRA 3P64A 4DWXA 1LAAA 1IOCA 2G4PA 1CNSA 1ZVYB 2F4AA 2RSCA 4H1PA 1HFYA 4XJBA 5I53A 5KKIA 1HEQA 4II8A 4DYGA 4AGAA 1HENA 2G4NA 5I4XA 4Z41A 1JSEA 3RNXA 1OUBA 1QUTA 2D4JA 1HEMA 1B7MA 4KT3A 1GFRA 1QDRA 4WL6A 4PRUA 1YL1X 5DLAA 1BB5A 3BKVA 3WUAA 4Z98A 5KXZA 3W6CA 1LZ8A 3BKHA 1RI8B 4KXIA 3WW5A 4QGZA 4LGKA 1LMOA 3N9AA 1B7QA 4NIJA 4TUNA 5A3EA 4DD0A 2VB1A 1IC4Y 3A34A 4H94A 2Q0MX 4H9BA 1LZYA 5C6IA 8LYZA 4NGWA 2A7DA 2I26L 5F16A 5KXPA 4CFOA 1JJ1A 2HEFA 1GDXA 3AW6A 1B7NA 1GXXA 2ZQ4A 1UC0A 1XGUC 4L41A 4TX7A 1LKRA 1LJEA 208LA 2LYOA 1GHLA 1UICA 1D0LA 1UIDA 4HJZA 1LOZA 3CB7A 4HTKA 4PRQA 5B05A 3MGWA 4A7DA 1A4VA 2A7FA 1TCYA 1IWVA 5IELA 1UIGA 2HECA 1GAYA 1HEOA 4N1EI 5FCPA 5K7OA 3B0KA 2B5ZA 1B5XA 2F2NA 1NF5A 1WTNA 2I6ZA 5LVIA 1LCNA 3CQLA 1OUJA 2BLYA 3IJVA 2DQGY 4NGVA 4G4HA 3WU8A 1GE0A 4XADA 4XJDA 1NDMC 4ETDA 4ETCA 1OUHA 2YSSC 1IP1A 3EBAB 1C7PA 3J4GA 4H9FA 4OWBA 3SP3A 4B4JA 5FEKA 2ZYPA 4H9EA 2EKSC 4GCCA 4LYMA 4D9ZA 7LYZA 2MEDA 2C8PA 5HNLA 1QSWA 3FE0A 4WMGA 4LYBA 3OK0A 1LMCA 2EIZC 4XJGA 1BWJA 6LYZA 1A2YC 1JJ3A 4LYZA 1JTOL 1LSZA 4C5FA 4YEMA 1OUAA 2DQCY 2W1LA 4HPEA 1IORA 1DKJA 4XJIA 5APCA 1D9UA 5L9JA 1LHMA 1NQIA 1IWZA 1GB2A 2YBJA 4ET8A 1IWWA 4W94A 1C46A 2XTHA 3OJPA 1GDWA 1LZNA 1YKYX 1GB8A 4GCBA 1IR9A 1G7JC 1FN5A 3A95A 193LA 4QDNA 3N9EA 1VDSA 1KXYA 5DN5A 1G7HC 1LTMA 3P66A 4J7VA 1XEIA 4RW2A 1IWUA 4HTQA 2IHLA 1VDPA 5KXRA 1EQEA 5LYZA 2D91A 1XGTC 2BQLA 4GCDA 4WL7A 1REYA 1IR7A 1QTEA 1DPWA 3ULRA 3W6AA 4B4IA 5FELA 1GAZA 1GE1A 1LMNA 3LZ2A 4DD2A 2BQJA 2DQIY 1FDLY 1TAYA 4HJYA 4WM2A 1CJ6A 1WQOA 4R6CA 6LYTA 2BQDA 1LZEA 2ZNXY 1IP5A 1HSXA 4DC4A 4YEOA 5LA8A 2DKVA 1J1PY 4C3WA 4G4BA 2BQCA 5DN4A 3WL2A 3WULA 1FLYA 207LA 5B06A 2LYMA 4N5RA 1GWDA 4DD7A 1YILA 3N9CA 1LJ3A 2DQJY 3EXDA 1J1OY 1REMA 1GB5A 2XBRA 2YBNA 3QE8A 1G7MC 1GB3A 2ZQ3A 1NMMA 3TXKA 5B07A 3RW8A 1WVVA 1YAMA 4H8XA 1LYSA 3W6FA 4RDSA 1FBIX 2MEAA 3LZTA 4GCFA 4XJFA 4AXTA 4UWVA 4B1AA 5II3A 1EL1A 5KY1A 4WOAA 1WVUA 4N1CC 3RU5A 4E3UA 1B0DA 2XJWA 2IFFY 4YOPA 1UIAA 1WQQA 4LT2A 1HEPA 1FLUA 3HBEX 2LZ2A 4XJHA 1JTPL 2MEBA 3W3EA 1VFBC 4NSHA 1RJCB 2Z2EA 1JKAA 1LSNA 4PPOA 1OP9B 1LMQA 4H90A 1LMAA 2LYZA 4H9IA 2WARA 4UWNA 4CHXA 4DD3A 2AUBA 2DQHY 5LVKA 135LA 5HNCA 2XBSA 4HTNA 1GE2A 1Z55A 2MECA 3TXEA 1LJFA 3M18B 4XN6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L0JA 198LA 3WVYA 119LA 1TLAA 1B7OA 1L04A 4W52A 4BS7A 1OV7A 255LA 1LSDA 3DN8A 1LYEA 235LA 3E3DA 3AGGG 1NDGC 1OUDA 1L71A 3B0IA 2B6WA 237LA 4G49A 2X0AA 1ALCA 1L55A 4GCEA 118LA 5E9RA 3C7YA 1GD6A 1QSAA 1L28A 4M4OA 4DD9A 4MR1A 1OUGA 4MCKA 1F10A 1XGPC 1XJUA 3P4ZA 2HTXA 1C08C 1W6ZA 4YENA 5LAGA 1GBWA 3LHMA 1IX0A 1GFJA 4TWSA 1LYGA 4OWCA 1BWIA 1C6NA 1KIQC 1XEKA 5FDJA 1GB0A 1GE4A 1WQNA 2BQEA 2BAAA 4H8ZA 1HHLA 1L11A 3WPKA 1DQJC 1B7LA 1I1ZA 246LA 2N5ZA 1GPQC 2BQIA 3A3RX 1I56A 102LA 2ZWBA 3CSQA 1G1WA 1QSBA 1D3NA 1LJHA 3A91A 1VAUA 2FYCA 1GFGA 1HERA 4DDBA 3QNGA 3TMWA 4MSTA 1REXA 2LZMA 3TMVA 1CUPA 4CJ2A 156LA 5LYMA 1J1XY 4N8ZA 3HT9A 1C6MA 5HMVA 4N0JA 2W1MA 4NGJA 3V2YA 3RT5X 1F6SA 1C6IA 4ARQA 5KXMA 1L50A 1L54A 1IP2A 1QT5A 3A90A 2ZIKA 1LJIA 3WH1A 1L53A 1C6LA 145LA 2O7AA 2B7XA 1OWYA 1D0MA 1CKHA 1OUFA 4PHIA 148LE 1ZURA 232LA 251LA 196LA 2BQNA 3IJUA 1C69A 231LA 226LA 2Z12A 1IC5Y 4GN4A 3AB6A 1L68A 141LA 1C6EA 1C66A 3WMKA 4RLNA 2LHMA 1BVKC 3W6BA 4YM8A 1TBYA 3WYHA 1CJ8A 1ZYTA 1P7SA 1L89A 1AT5A 1T8FA 1PZYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1QUS A;  2F4G A;  1LZR A;  1UA6 Y;  1MLC E;  4WG7 A;  3CT5 A;  1HC0 A;  4H93 A;  1WQM A;  3WVY A;  4H9A A;  1ZV5 L;  1LHJ A;  1XGR C;  1AT6 A;  1AKI A;  1LPI A;  1B7O A;  4BS7 A;  194L A;  1IWY A;  1GFK A;  2EQL A;  4NGO A;  1LSD A;  5DM9 A;  4YF2 A;  1LYO A;  1LZ1 A;  1GBX A;  1YAQ A;  1IC7 Y;  5AMY A;  1BB4 A;  5KJ9 A;  3E3D A;  5HQ1 A;  3AGG G;  3B72 A;  1DZB X;  1NDG C;  1HEL A;  3A96 A;  3A93 A;  4NHI A;  3EO5 A;  3TMX A;  2H9J A;  1OUD A;  3B0I A;  4GLV A;  2W1X A;  4G49 A;  5A3Z A;  2DBT A;  2X0A A;  5KKJ A;  1BVX A;  1IY3 A;  1KXX A;  2BQG A;  4U3X B;  1IOS A;  4H9H A;  1ALC A;  1B7P A;  5D5C A;  1H6M A;  1GBY A;  3T6U A;  4GCE A;  1HML A;  3WU9 A;  5E9R A;  2DQF C;  3AZ4 A;  1GD6 A;  4WLY A;  1GEV A;  3ZVQ B;  1QSA A;  1LSA A;  4M4O A;  1IP4 A;  1NWG A;  1XSF A;  4DD9 A;  4FDY A;  3HBH A;  4MR1 A;  1OUG A;  4MCK A;  1IO5 A;  1F10 A;  1NHE A;  4LFX A;  1GF5 A;  1C45 A;  1GF4 A;  1XGP C;  1XFP L;  3P4Z A;  4DT3 A;  2HTX A;  4RLM A;  5T3F A;  3VWO A;  1CKD A;  3WUN A;  2BQB A;  1C08 C; 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 3P66 A;  4J7V A;  1XEI A;  4RW2 A;  1IWU A;  4HTQ A;  2IHL A;  1VDP A;  5KXR A;  1EQE A;  5LYZ A;  2D91 A;  1XGT C;  2BQL A;  4GCD A;  4WL7 A;  1REY A;  1IR7 A;  1QTE A;  1DPW A;  3ULR A;  3W6A A;  4B4I A;  5FEL A;  1GAZ A;  1GE1 A;  1LMN A;  3LZ2 A;  4DD2 A;  2BQJ A;  2DQI Y;  1FDL Y;  1TAY A;  4HJY A;  4WM2 A;  1CJ6 A;  1WQO A;  4R6C A;  6LYT A;  2BQD A;  1LZE A;  2ZNX Y;  1IP5 A;  1HSX A;  4DC4 A;  4YEO A;  5LA8 A;  2DKV A;  1J1P Y;  4C3W A;  4G4B A;  2BQC A;  5DN4 A;  3WL2 A;  3WUL A;  1FLY A;  207L A;  5B06 A;  2LYM A;  4N5R A;  1GWD A;  4DD7 A;  1YIL A;  3N9C A;  1LJ3 A;  2DQJ Y;  3EXD A;  1J1O Y;  1REM A;  1GB5 A;  2XBR A;  2YBN A;  3QE8 A;  1G7M C;  1GB3 A;  2ZQ3 A;  1NMM A;  3TXK A;  5B07 A;  3RW8 A;  1WVV A;  1YAM A;  4H8X A;  1LYS A;  3W6F A;  4RDS A;  1FBI X;  2MEA A;  3LZT A;  4GCF A;  4XJF A;  4AXT A;  4UWV A;  4B1A A;  5II3 A;  1EL1 A;  5KY1 A;  4WOA A;  1WVU A;  4N1C C;  3RU5 A;  4E3U A;  1B0D A;  2XJW A;  2IFF Y;  4YOP A;  1UIA A;  1WQQ A;  4LT2 A;  1HEP A;  1FLU A;  3HBE X; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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