113LA

Structural basis of alpha-helix propensity at two sites in t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKRELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Structural basis of amino acid alpha helix propensity.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 113lA00
201LA 4GBRB 4I7KA 1D2WA 4I7SA 3SB5A 1CU0A 2Z6BA 1L30A 1QTVA 4S0WA 129LA 1KNIA 1L51A 3HU9A 211LA 1L79A 166LA 3DN0A 102LA 3DN8A 1L69A 1PQIA 228LA 4I7TA 139LA 1QTDA 3UONA 1B6IA 1ZWNA 3PDSA 252LA 169LA 3HH3A 1C68A 1CU6A 3C80A 1L93A 2O79A 7LZMA 118LA 229LA 2B6TA 2OU0X 2OTZX 3DMXA 3HUAA 4EPIA 3L2XA 1L59A 1L26A 4LZMA 164LA 251LA 1L52A 1C6HA 3SB6A 1L66A 1L02A 255LA 3C8QA 176LA 189LA 3GUOA 1LLHA 3LZMA 240LA 1L04A 138LA 146LA 1L90A 2RB1X 3CDTA 1L08A 1L0JA 1L16A 3DN6A 1L61A 3OE6A 1L44A 126LA 3NY8A 1D3NA 257LA 2B70A 3NY9A 1CUQA 1G0QA 2A4TA 143LA 1C6PA 3DN2A 1G1WA 2QB0B 3F9LA 3DNAA 4YXCA 4EJ4A 4PK0A 141LA 1KY1A 171LA 236LA 1D3JA 3C7WA 1G0KA 177LA 1C6TA 3HT6A 1C6FA 182LA 6LZMA 1SSWA 221LA 147LA 3HH5A 4LDEA 1OWZA 1L57A 1L94A 1L10A 1QT7A 1L53A 1L87A 2LCBA 230LA 4OO9A 1OVHA 184LA 1OWYA 1PQJA 3G3XA 4DKLA 3V2YA 1L98A 234LA 1C60A 2RAZX 1PQKA 1KW5A 1CVKA 1L54A 2F2QA 3GULA 4ARMA 156LA 247LA 3GUMA 1CV6A 2HULA 4I7JA 254LA 157LA 159LA 1L01A 1SX2A 256LA 198LA 3C7ZA 1KW7A 3GUIA 248LA 4EKPA 1QUDA 3C8SA 1C62A 160LA 1L60A 3CDVA 180LA 1C6DA 260LA 1L83A 1CV1A 1JQUA 2LC9A 1C6GA 1G0MA 1LW9A 1L05A 1D3MA 1LGWA 3HT9A 3HUKA 4W56A 205LA 197LA 1L31A 1L89A 3OE9A 1JTNA 1C66A 1QS9A 2RBPA 1QT3A 4EKSA 4EXMA 1L17A 244LA 1QUHA 1T8FA 206LA 2ANVA 3SN6R 1L37A 4W52A 1L71A 1LWKA 1WTHA 2RBQA 1L39A 111LA 237LA 224LA 2O4WA 4GRVA 1T8AA 231LA 187LA 1CV3A 1CV4A 1L23A 1L95A 2B72A 1XEPA 2B6XA 3G3VA 3HTDA 1G06A 1L43A 1ZURA 1G1VA 1DYFA 3DMVA 1L07A 1CX6A 253LA 1C64A 1P46A 1L21A 3HTBA 4ARQA 1P5CA 4PJZA 172LA 4ARPA 4W57A 4I7PA 122LA 222LA 1C65A 3C81A 3HDEA 259LA 2LZMA 183LA 1DYAA 1C6AA 1KY0A 174LA 103LA 4AQNA 1L99A 162LA 152LA 1G07A 1P6YA 3HU8A 1D9WA 1L49A 1DYGA 1QTBA 1XJUA 1L58A 3GUPA 1L64A 219LA 1L67A 3SB9A 2NTHA 107LA 2RB2X 1LYFA 1L41A 1L24A 214LA 2OU9A 3RUNA 4I7OA 3SB8A 2HUMA 1C6QA 200LA 5LZMA 2B75A 1K28A 120LA 3HDFA 1P64A 1EPYA 1PQDA 2OEAX 195LA 1C6CA 1PQOA 1L74A 113LA 1CTWA 1L47A 1C63A 165LA 1L85A 2RH1A 170LA 1L62A 1SX7A 2B7XA 2Q9DA 1L22A 3DMZA 1P56A 1LYDA 3GUJA 1QTCA 1QTHA 1P2LA 1C6IA 1QT8A 1L63A 1SWYA 4ARMB 158LA 1L76A 2B6YA 4EKQA 2O7AA 1P7SA 3D4SA 243LA 1P37A 1QT5A 218LA 3HH4A 1G0PA 1L09A 1L38A 1CUPA 3EMLA 1LGUA 1DYCA 1QUOA 3OE0A 220LA 2RB0X 3CDQA 1L82A 1L73A 1L56A 1L72A 1DYBA 1QUGA 4I7LA 2RBRA 1P3NA 125LA 1L00A 128LA 178LA 4I7MA 1C6MA 3NYAA 227LA 1LI3A 1LYJA 1QSQA 241LA 3HT8A 4IAPA 4DAJA 3GUKA 1LYGA 1LYEA 1L11A 213LA 4W55A 1L19A 2F47A 3HH6A 4I7RA 3SBBC 1C6NA 1L35A 225LA 150LA 1L50A 2RBOA 2OE7X 1C61A 1L32A 2OTYX 1L65A 3VW7A 1G0GA 199LA 1CU2A 181LA 4W51A 1C69A 145LA 1QS5A 212LA 161LA 1T6HA 1L70A 3F8VA 1TLAA 1L15A 1SWZA 3GUNA 1XJTA 3JR6A 3DKEX 3C8RA 130LA 3L64A 1T97A 262LA 4DJHA 1C6EA 2CUUA 3ODUA 3QAKA 1L25A 2B74A 149LA 1L29A 192LA 1OYUA 4LDLA 1QT4A 1I6SA 3V2WA 2RAYX 226LA 3PBLA 4ARQB 1L42A 2ANXA 250LA 2OU8A 191LA 1LI6A 188LA 238LA 1QTZA 3DN3A 1L80A 3C83A 2B6WA 258LA 223LA 196LA 2OE9X 1C6LA 233LA 114LA 1L97A 1CV0A 1P36A 1P2RA 1LPYA 1L20A 3HTGA 2Q9EA 242LA 1L0KA 2L78A 1LI2A 2RBNA 1OVKA 1NHBA 1KS3A 1L91A 2HUKA 151LA 1QT6A 1LGXA 3SBAA 261LA 2B73A 155LA 1L13A 137LA 2F32A 1LYHA 1D2YA 1OVJA 210LA 2NTGA 1L92A 3HT7A 4YXAC 109LA 1DYDA 2OE4X 239LA 209LA 131LA 3OE8A 1L18A 4E97A 148LE 1C6JA 1JTMA 3FA0A 173LA 1L88A 112LA 1DYEA 3HTFA 3DN4A 1QSBA 144LA 1T8GA 1C6KA 5I14A 110LA 1L75A 3RZEA 1PQMA 249LA 127LA 4W59A 1G0LA 1SSYA 4ARLA 1L84A 175LA 168LA 2B6ZA 1L03A 3HUQA 1L86A 163LA 1LWGA 2QARC 3FI5A 4EPFA 4W54A 1OV5A 1D3FA 119LA 4I7QA 3FADA 3CDRA 108LA 1L55A 1C67A 217LA 246LA 142LA 185LA 2RBSA 1L33A 123LA 167LA 1OV7A 4K5YA 1LYIA 4LDOA 215LA 235LA 1CV5A 1L14A 1L48A 3SB7A 186LA 3HWLA 1ZYTA 1CU3A 1L27A 1L28A 245LA 232LA 1L12A 2IGCA 1L96A 3G3WA 1L40A 104LA 4I7NA 1CX7A 4ZPUA 216LA 3K2RA 1C6BA 3CDOA 140LA 1CU5A 1L45A 4ARJA 1L46A 3DN1A 4W53A 1L81A 3C82A 190LA 4W58A 1G0JA 4YX7C 4EKRA 1L06A 1L77A 1L36A 1L34A 1L68A 115LA 3C7YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WH1A 3EXDA 2W1YA 1QTVA 1QTKA 1YIKA 166LA 1IEEA 102LA 3P66A 5LYZA 4DD1A 1PQIA 228LA 2MEHA 5D5CA 139LA 4PPOA 4EOFA 3WMKA 1AZFA 1C68A 2DQJY 1IP6A 1JJ0A 1LSEA 1L93A 2DQEY 2O79A 7LZMA 2CDSA 3DMXA 1YKXX 3HUAA 3A96A 1IR8A 4LYOA 1L52A 1GPQC 5I5QA 4NIJA 1BGIA 3C8QA 176LA 3EMSA 3LZMA 3LZTA 5AMYA 5E9RA 2RB1X 5LYTA 1LJ4A 5HQ1A 1L16A 5LXWA 4M6DA 1HHLA 1L61A 5KXXA 1L44A 5APEA 126LA 132LA 1D3NA 1LKSA 2A4TA 2XBSA 2QB0B 4MCKA 4MR1A 3W6CA 141LA 4XJGA 1N4FA 5HMJA 4BS7A 1C6TA 4IATA 1CKHA 5II3A 1BB4A 3HH5A 1L57A 2DQIY 1IO5A 3FE0A 4DDAA 1OWYA 1PQJA 1LZBA 1VATA 234LA 1L54A 2YVBA 2YSSC 4ETEA 1CV6A 2DQGY 1G7LC 157LA 4OWBA 256LA 4DT3A 198LA 1RI8B 2BQAA 1C45A 2BQIA 3GUIA 4EKPA 5T3FA 160LA 3CDVA 1C6DA 1A2YC 1XFPL 260LA 1L83A 5C6LA 2LC9A 3M3UA 4NWEA 4N8ZA 4Z98A 5F9XA 4W56A 2HTXA 3A67Y 4WL7A 5LINA 1L31A 4DDBA 1QUTA 1C66A 3D3DA 4BAFA 5APFA 2BLYA 206LA 1TDYA 1HEQA 4W52A 4OWHA 1GFGA 1RJCB 111LA 237LA 1NWGA 187LA 1L23A 1L95A 1HMKA 1XEPA 3HTDA 4G4BA 4LYMA 6LYTA 4NGOA 5IDDA 2DKVA 2Y8PA 4HV1A 1IVMA 4BADA 4J0LA 4WLXA 2HEFA 2MEBA 3A93A 9LYZA 1P5CA 4ANRA 1UIHA 4TX7A 122LA 1C65A 3HFMY 4DYGA 2PC2A 4H9CA 1DZBX 1IY3A 1GBSA 2I6ZA 2YDGA 1DYGA 1QTBA 3SB9A 2Z38A 1L41A 1L24A 1B5ZA 5HLLA 1BVXA 5LZMA 120LA 1GE0A 1FKVA 1P64A 1GAYA 2OEAX 1CKGA 195LA 1CTWA 2FYDA 4CGEA 1W6ZA 2Q9DA 2B7XA 3CT0A 2BQDA 1DXJA 1LYDA 1JJ3A 1QTHA 1P2LA 4H91A 3CB7A 4B4JA 1GB7A 4GN5C 4WM6A 1P7SA 1P37A 1QT5A 2ZYPA 3HH4A 2IHLA 4YEMA 2BPUA 4H8XA 1KXYA 4NHSA 2RBRA 5B07A 5I4WA 1L00A 4Z41A 1GFHA 2Z12A 3NYAA 3W6BA 227LA 3ULRA 4DAJA 4IAPA 1HMLA 2DQCY 1IWYA 1LYGA 1LYEA 1L19A 2XJWA 2MEAA 4I7RA 3SBBC 1VFBC 4YOPA 1IIZA 1JHLA 3IJUA 2OE7X 1LYZA 3TXDA 1G0GA 2G4NA 199LA 181LA 4FDYA 5JENB 3P65A 1L15A 194LA 1VDPA 3G3AB 3L64A 1QSWA 1LZ4A 3ODUA 1LMTA 4NEBA 149LA 1OYUA 1LSGA 4LDLA 4B0DA 1I6SA 1LZ1A 2RAYX 2EQLA 2OU8A 191LA 3LYTA 1PZYA 4QDNA 2D4JA 4N9RA 3DN3A 1L80A 5L3HA 1GFUA 258LA 223LA 5IHGA 4H9HA 1P2RA 1ALCA 1LPYA 3P64A 2D4IA 1TBYA 1ZVYB 1T6VL 1OVKA 1IR9A 1B7RA 1HENA 1NHBA 1QT6A 1LGXA 3SBAA 261LA 1BB5A 155LA 2CWIA 1L13A 2F32A 2NTGA 1OVJA 1LSPA 2HECA 1L18A 1UICA 4FJRA 1LJHA 3FA0A 1DYEA 1QSBA 1DI3A 1T8GA 3BKVA 1L75A 3RZEA 4C3WA 4LYCA 4HP0A 1PQMA 4W59A 127LA 1LYYA 1G0LA 5LIOA 1HERA 1YAPA 2LHMA 175LA 168LA 3N9AA 5D5FA 1LWGA 1UC0A 1UUZC 1BWIA 2QARC 5APCA 1UACY 4PRQA 1EQEA 5DM9A 4NSHA 4XJIA 3FADA 4PHIA 1C67A 217LA 142LA 185LA 1P2CC 123LA 1FN5A 1BQLY 4DD2A 4ZEEA 3LYMA 4D9ZA 1L48A 3SB7A 1BVKC 1HEOA 186LA 5F9UA 1L27A 1CKFA 4KXIA 2F2NA 1JITA 2MEDA 1KXXA 1L40A 1QDRA 1LZEA 3CDOA 154LA 1L45A 5M1YA 4ARJA 3DN1A 1B7SA 4W58A 4YX7C 1BWJA 2LZTA 4G4CA 4HJYA 201LA 4I7KA 1GF9A 5FELA 5DN4A 4AXTA 1CU0A 2Z6BA 3HBDA 1L30A 4S0WA 5A3EA 1L79A 3A34A 5DLAA 1GF0A 1JSEA 2ZIJA 4DC4A 4AGAA 4IASA 1FBIX 3MGWA 5FEKA 5FHWA 5KY1A 2B6TA 1GB6A 2D4KA 4WOAA 4WM3A 3LN2A 3T36A 1DKJA 1C6HA 1OUCA 1L66A 2FYCA 4RW2A 240LA 3RW8A 138LA 3E3DA 5KXMA 146LA 3AJNA 1L90A 3CDTA 1NDMC 1LZ9A 1LCNA 3DN6A 3OE6A 1NBZC 1IORA 1CUQA 1G0QA 143LA 1G1WA 5LVKA 2C8OA 135LA 4PK0A 5LVHA 2MEFA 2YBNA 3C7WA 1D3JA 177LA 1B7LA 5B05A 1G7IC 134LA 1TEWA 147LA 3A90A 1OWZA 1G7HC 1L53A 2LCBA 4XJHA 4RW1A 1IC5Y 230LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WH1 A;  3EXD A;  2W1Y A;  1QTV A;  1QTK A;  1YIK A;  166L A;  1IEE A;  102L A;  3P66 A;  5LYZ A;  4DD1 A;  1PQI A;  228L A;  2MEH A;  5D5C A;  139L A;  4PPO A;  4EOF A;  3WMK A;  1AZF A;  1C68 A;  2DQJ Y;  1IP6 A;  1JJ0 A;  1LSE A;  1L93 A;  2DQE Y;  2O79 A;  7LZM A;  2CDS A;  3DMX A;  1YKX X;  3HUA A;  3A96 A;  1IR8 A;  4LYO A;  1L52 A;  1GPQ C;  5I5Q A;  4NIJ A;  1BGI A;  3C8Q A;  176L A;  3EMS A;  3LZM A;  3LZT A;  5AMY A;  5E9R A;  2RB1 X;  5LYT A;  1LJ4 A;  5HQ1 A;  1L16 A;  5LXW A;  4M6D A;  1HHL A;  1L61 A;  5KXX A;  1L44 A;  5APE A;  126L A;  132L A;  1D3N A;  1LKS A;  2A4T A;  2XBS A;  2QB0 B;  4MCK A;  4MR1 A;  3W6C A;  141L A;  4XJG A;  1N4F A;  5HMJ A;  4BS7 A;  1C6T A;  4IAT A;  1CKH A;  5II3 A;  1BB4 A;  3HH5 A;  1L57 A;  2DQI Y;  1IO5 A;  3FE0 A;  4DDA A;  1OWY A;  1PQJ A;  1LZB A;  1VAT A;  234L A;  1L54 A;  2YVB A;  2YSS C;  4ETE A;  1CV6 A;  2DQG Y;  1G7L C;  157L A;  4OWB A;  256L A;  4DT3 A;  198L A;  1RI8 B;  2BQA A;  1C45 A;  2BQI A;  3GUI A;  4EKP A;  5T3F A;  160L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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