4S0WA

Wild type t4 lysozyme structure
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Wild type T4 lysozyme structure
rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 55
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4s0wA00
4W56A 3DN4A 1L59A 1L71A 1PQKA 4W54A 1PQIA 1LYEA 4DJHA 3PBLA 2B73A 192LA 4ARMA 2HUMA 1L86A 1L05A 4DKLA 160LA 1JTNA 1L23A 4W57A 251LA 1C62A 1P36A 1EPYA 1L53A 198LA 1PQMA 143LA 183LA 4ZPUA 3HTDA 258LA 115LA 1QS5A 4AQNA 1L72A 1L39A 2OTZX 1LGWA 1D2WA 2B70A 4W51A 4EKQA 141LA 2LC9A 1L16A 261LA 2B6XA 4YX7C 236LA 1CU6A 1QTBA 1L46A 158LA 4OO9A 2RBNA 2RAZX 1CU2A 1L25A 1L31A 1L79A 3GUMA 3HT8A 137LA 3HU9A 3QAKA 1C64A 4PK0A 1LI6A 4I7KA 1G0JA 1L15A 1SX2A 1L83A 145LA 2RAYX 1L75A 1C6NA 1CV4A 1OVJA 3C8SA 1OVHA 1L09A 1QUOA 4E97A 199LA 3NY9A 1T6HA 152LA 1JQUA 156LA 1QTZA 249LA 2IGCA 2Z6BA 1C6LA 1C6PA 3DN0A 3GUPA 1C6QA 3EMLA 2OTYX 1SSWA 1QT7A 1DYFA 2QARC 3F8VA 1LWKA 243LA 4S0WA 2OE9X 181LA 1XJUA 4PJZA 4I7NA 256LA 157LA 3HT9A 4I7SA 167LA 1L37A 3C80A 109LA 2B6WA 3CDRA 1KW7A 2HUKA 3V2WA 4GRVA 235LA 1L42A 4I7OA 3G3WA 1XJTA 3C8QA 2O79A 1DYGA 1L11A 219LA 4IAPA 3HH3A 1C63A 4I7JA 3SBAA 209LA 1CUPA 224LA 110LA 3HWLA 1OWZA 1G1VA 1L74A 1OWYA 1OVKA 3DN8A 114LA 1L00A 1L35A 1L92A 222LA 1L96A 211LA 3C7ZA 3NYAA 4W58A 1C61A 142LA 1DYBA 1LGXA 1L90A 187LA 1L49A 3GUNA 1JTMA 2HULA 1CTWA 255LA 1C68A 1L32A 1G06A 3HTGA 3SB7A 3HUKA 2QB0B 118LA 1L04A 2O4WA 113LA 1CU5A 1T8FA 232LA 123LA 125LA 2CUUA 250LA 1KW5A 2RBSA 1C6CA 223LA 1P2LA 147LA 4EKPA 3SB9A 146LA 107LA 1L95A 3HH6A 239LA 3HUAA 122LA 2F2QA 1KY1A 1SWYA 259LA 1C6MA 111LA 1DYAA 120LA 178LA 2ANXA 1L40A 3HH4A 4LDEA 1L55A 190LA 1L02A 4LDLA 186LA 3GUIA 1SWZA 3DNAA 176LA 3OE8A 4EPFA 1C6DA 2RBQA 1L88A 1LI2A 4W55A 1L21A 2NTGA 182LA 1CU0A 205LA 1P5CA 1CU3A 1L81A 3C83A 3GUKA 4YXCA 4ARQB 1PQJA 1CX6A 3LZMA 1L45A 162LA 3SN6R 3HH5A 260LA 5LZMA 4ARPA 1L65A 1LYHA 1L67A 175LA 1L98A 3G3XA 130LA 231LA 2B75A 1L69A 164LA 3CDVA 4K5YA 180LA 1C65A 3OE9A 252LA 1QSBA 1G0GA 1CV1A 225LA 1QTCA 1L66A 245LA 3F9LA 1L0KA 166LA 3SBBC 3OE6A 3SB5A 1L20A 1SX7A 2OU8A 200LA 3SB6A 1L97A 1QTHA 1L73A 1KS3A 1C6HA 1L13A 1D3JA 1CVKA 2O7AA 1LW9A 1LYFA 1L44A 1DYCA 1L77A 1QT5A 1CUQA 1QT8A 108LA 1C6IA 1L28A 1G0QA 1QUGA 1L84A 2OE7X 3DMXA 1D3FA 1LGUA 2RB0X 4I7TA 1L0JA 1P64A 1D2YA 1CV5A 1L26A 165LA 171LA 1L62A 1L80A 3NY8A 1L85A 1CV3A 1C6GA 1T8GA 1NHBA 3DN1A 3HTBA 1C66A 1PQOA 1L64A 1OV5A 1OV7A 1B6IA 2B6ZA 1L19A 1L12A 2ANVA 4ARLA 3PDSA 1D3NA 230LA 2B74A 1LYDA 159LA 220LA 2OU0X 1QUDA 150LA 3FADA 1L07A 1L14A 246LA 221LA 242LA 128LA 1L87A 1LYGA 3CDOA 2OU9A 3ODUA 1L58A 3HT6A 229LA 1L22A 1L30A 228LA 3HT7A 1L33A 144LA 1L48A 3HTFA 1C60A 1QT3A 1L76A 102LA 4ARQA 1CX7A 1QSQA 4EKRA 212LA 1L24A 168LA 1P6YA 1L03A 1P7SA 2OE4X 3GUOA 2RBPA 174LA 3CDQA 1QUHA 2OEAX 3HDEA 1CV0A 4EXMA 4EKSA 3RUNA 1LLHA 1QS9A 2A4TA 104LA 218LA 1L18A 2B6TA 1L61A 248LA 3L2XA 3VW7A 172LA 3DMVA 1T97A 3JR6A 1QTDA 2NTHA 2B6YA 1G1WA 227LA 4DAJA 3V2YA 1P37A 4I7QA 1WTHA 5I14A 185LA 2RH1A 3C82A 151LA 1D9WA 237LA 6LZMA 4W52A 1L10A 188LA 1L99A 149LA 3UONA 184LA 1QT4A 216LA 2Q9EA 177LA 169LA 3HU8A 127LA 233LA 206LA 1L82A 1K28A 2F32A 1L52A 2LZMA 2Q9DA 2RBRA 3HUQA 3RZEA 112LA 241LA 1L89A 1CV6A 1OYUA 4GBRB 1L36A 4I7RA 1L68A 138LA 173LA 253LA 4W59A 1C67A 1L63A 3DKEX 139LA 103LA 234LA 119LA 148LE 3C8RA 1QT6A 1LYJA 215LA 4ARMB 1C6AA 1L27A 1L54A 1G0KA 197LA 1KY0A 240LA 1SSYA 3C7YA 4EPIA 1L57A 4LDOA 217LA 1C6BA 4ARJA 189LA 1L51A 1L56A 3CDTA 1L29A 1L93A 1LWGA 4W53A 1ZWNA 1L43A 262LA 155LA 3C81A 3HDFA 2RB1X 2B72A 4LZMA 1P56A 210LA 170LA 214LA 1P46A 126LA 2B7XA 3FA0A 4EJ4A 1LI3A 163LA 1I6SA 1G0MA 1G0PA 2RB2X 4I7LA 1L60A 2L78A 1G07A 213LA 1P2RA 161LA 1L34A 244LA 140LA 3G3VA 1L41A 1C6JA 1L08A 1XEPA 2RBOA 1G0LA 3DN3A 1P3NA 1LYIA 1KNIA 1L50A 1LPYA 7LZMA 1C6KA 3DN2A 257LA 201LA 4YXAC 195LA 1L47A 3OE0A 1DYEA 3D4SA 2F47A 1DYDA 1C69A 1L94A 1L91A 1C6EA 1ZYTA 238LA 4I7MA 4I7PA 131LA 1TLAA 196LA 3SB8A 254LA 1L70A 3GUJA 129LA 1D3MA 1QTVA 3C7WA 191LA 1C6FA 3DMZA 3GULA 1C6TA 3L64A 1L01A 1T8AA 226LA 1PQDA 3FI5A 2LCBA 1L06A 3DN6A 1L38A 3K2RA 247LA 1L17A 1ZURA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4W56A 1LZ4A 2CWIA 3DN4A 2EPEA 4DJHA 4ETCA 4KXIA 1L86A 160LA 1L23A 2NWDX 4W57A 4N9RA 1C62A 4P2EA 1EPYA 198LA 3HBDA 1PQMA 1DQJC 143LA 3EXDA 4WOAA 3HTDA 4YENA 3WU9A 115LA 1QS5A 4WLXA 1P2CC 1DI5A 1FLUA 1UIDA 3CT1A 3CSZA 1IOCA 2LC9A 1L16A 2HEBA 1QTBA 1JSEA 2YDGA 2RAZX 2I26L 3HT8A 1IO5A 4WM6A 5D5CA 1C45A 5F16A 2BQIA 4H1PA 4LT0A 1REZA 4I7KA 9LYZA 4XJIA 1L83A 4NIJA 1ZMYL 3AYQA 3W6BA 2RAYX 5J7CA 1C6NA 1GF6A 4H9HA 4OWAA 1LZ6A 2DQEY 3NY9A 3WL2A 1QTZA 249LA 3EMLA 3AB6A 5IELA 3G3BB 4S0WA 4H8XA 2BAAA 1WTMA 256LA 3HT9A 2BQFA 1FKVA 3CDRA 1KW7A 4I7OA 4N8ZA 3G3WA 1LZGA 3C8QA 4J1BA 219LA 1QUSA 1FLQA 1GBWA 1UCOA 209LA 4XJBA 224LA 110LA 1JKAA 1OWZA 1G1VA 4WMGA 4B4EA 1OWYA 1OVKA 3DN8A 1GPQC 1LJEA 2D4KA 4ET9A 1HSWA 3CSQA 3SP3A 1LGXA 4UWNA 3E3DA 3P4ZA 5DL9A 2YBHA 3ULRA 4EOFA 255LA 3HUKA 3WU8A 1LYYA 1LZAA 2O4WA 1H6MA 3CB7A 1UICA 1BHZA 4DD3A 4NHQA 123LA 250LA 1GB7A 1CKDA 3ATNA 1Z55A 223LA 3W6FA 4C3WA 1IR8A 5KXWA 133LA 147LA 3SB9A 1JISA 1L95A 122LA 2F2QA 4G4BA 1C6MA 4PRQA 1L40A 3HH4A 1EQ4A 186LA 1SWZA 1KXXA 1YAMA 1QUTA 205LA 3C83A 4ARQB 1LZBA 5LZMA 1BB6A 1L98A 130LA 1PZYA 164LA 1GF7A 4BAPA 2D91A 1GBXA 1GBOA 3EMSA 1BGIA 245LA 1L0KA 1T6VL 1B7RA 2YBLA 4NWHA 3N9CA 4GLVA 1G7MC 5FEKA 2OU8A 2DQIY 4HJVA 2HU1A 3A95A 1VDQA 3A3RX 4NHIA 1L77A 1LTMA 4LGKA 2D4JA 1L28A 2PC2A 1QUGA 5F81A 4G4HA 1D3FA 3WPLA 5LVJA 1L0JA 2Z12A 1L26A 1L62A 1L80A 5DM9A 1EQEA 3QE8A 4CFPA 1L85A 154LA 1WTNA 1CKGA 1LSAA 3PDSA 1GAYA 230LA 2B74A 1OUAA 1GE2A 2A7FA 2Z18A 1L14A 1GAZA 1TEWA 242LA 128LA 4DC4A 3ODUA 5T3FA 229LA 1L30A 1LZRA 3HTFA 1L48A 6LYTA 102LA 4YOPA 1CX7A 1HHLA 212LA 2W1MA 1P7SA 2OE4X 174LA 4MCKA 1QUHA 2OEAX 3A34A 5DN4A 4EKSA 5FDJA 2A4TA 4TX7A 218LA 1LKRA 4H9FA 3QNGA 248LA 1LMOA 3VW7A 1B5XA 1DZBX 1QTEA 1CJ9A 4AGAA 1T97A 3JR6A 4OWBA 1IWUA 2A7DA 5C6LA 1P37A 1WQMA 1BWHA 5I14A 1ZV5L 1D9WA 3FI7A 6LZMA 1IWXA 2BPUA 5LVKA 184LA 4BAFA 2DQHY 1J1XY 2YBIA 3HU8A 127LA 4ZFPA 1LSDA 233LA 206LA 1L82A 3AZ5A 207LA 3A6CY 1L52A 3HUQA 3F6ZA 1B7LA 1RCMA 4GBRB 3TMVA 3A96A 4GN3A 2DQJY 253LA 234LA 119LA 148LE 2H9JA 215LA 2CJLA 1L27A 4Z46A 1OUBA 1IP5A 5HNCA 4LT1A 5LA8A 4DDAA 1OUFA 4ARJA 2BQAA 3OJPA 189LA 1NWGA 2MEFA 5B06A 1LSZA 4WLDA 7LYZA 2H9KA 1LJFA 1GF8A 1L93A 1LWGA 4MR1A 5HQ1A 1L43A 5L3IA 2XBRA 4TWSA 4GCDA 2B7XA 5LINA 1WQNA 5FSTA 1IVMA 4I7LA 1L60A 3TXKA 1QTKA 4PRUA 3WUMA 2LYZA 4WM2A 3WPJA 1L34A 3G3VA 140LA 1L08A 4DD0A 3LYTA 1P3NA 1IP6A 3DN2A 4YXAC 4IASA 3EO5A 3OE0A 1L94A 5FELA 1TLAA 4WO9A 5KXSA 3L64A 1L01A 3TXHA 4CFOA 1CKCA 3DN6A 1ZURA 4H8ZA 1CKHA 4LFXA 3TXGA 5DN5A 2DQCY 1JKCA 1KIRC 3RT5X 1UA6Y 4Z98A 1QQYA 5LIOA 2LZTA 251LA 1L53A 1IWTA 1UIBA 183LA 1AZFA 1VEDA 1XGRC 1L72A 1L39A 1RI8B 2LYMA 4D9ZA 1D2WA 5B1FA 141LA 1IP7A 2HUBA 1LMPA 1OUIA 1XEIA 4GCBA 1D9UA 1DKJA 2B6XA 3VWOA 3WVXA 1LSFA 3A67Y 158LA 1NF5A 4KL7A 5I5QA 4C5FA 3GUMA 1L79A 2B5ZA 137LA 1GF9A 5I4YA 4KPMA 1C64A 3ZVQB 1HFXA 1SX2A 1CV4A 2MEDA 4LYZA 5F9UA 4NG1A 4E97A 3IJUA 1JQUA 2IGCA 2Z6BA 2ZNWY 4E3UA 1C6LA 1C6PA 4HTKA 1MELL 4B49A 3ZEKA 3CQLA 1DYFA 1SQ2L 2QARC 3F8VA 3P65A 1YKZX 1TDYA 243LA 1VAUA 4Z3MA 4PJZA 2Y8PA 4AXTA 4I7NA 1YL1X 3B72A 5LVHA 1XFPL 2B6WA 235LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4W56 A;  1LZ4 A;  2CWI A;  3DN4 A;  2EPE A;  4DJH A;  4ETC A;  4KXI A;  1L86 A;  160L A;  1L23 A;  2NWD X;  4W57 A;  4N9R A;  1C62 A;  4P2E A;  1EPY A;  198L A;  3HBD A;  1PQM A;  1DQJ C;  143L A;  3EXD A;  4WOA A;  3HTD A;  4YEN A;  3WU9 A;  115L A;  1QS5 A;  4WLX A;  1P2C C;  1DI5 A;  1FLU A;  1UID A;  3CT1 A;  3CSZ A;  1IOC A;  2LC9 A;  1L16 A;  2HEB A;  1QTB A;  1JSE A;  2YDG A;  2RAZ X;  2I26 L;  3HT8 A;  1IO5 A;  4WM6 A;  5D5C A;  1C45 A;  5F16 A;  2BQI A;  4H1P A;  4LT0 A;  1REZ A;  4I7K A;  9LYZ A;  4XJI A;  1L83 A;  4NIJ A;  1ZMY L;  3AYQ A;  3W6B A;  2RAY X;  5J7C A;  1C6N A;  1GF6 A;  4H9H A;  4OWA A;  1LZ6 A;  2DQE Y;  3NY9 A;  3WL2 A;  1QTZ A;  249L A;  3EML A;  3AB6 A;  5IEL A;  3G3B B;  4S0W A;  4H8X A;  2BAA A;  1WTM A;  256L A;  3HT9 A;  2BQF A;  1FKV A;  3CDR A;  1KW7 A;  4I7O A;  4N8Z A;  3G3W A;  1LZG A;  3C8Q A;  4J1B A;  219L A;  1QUS A;  1FLQ A;  1GBW A;  1UCO A;  209L A;  4XJB A;  224L A;  110L A;  1JKA A;  1OWZ A;  1G1V A;  4WMG A;  4B4E A;  1OWY A;  1OVK A;  3DN8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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