2MEFA

Contribution of hydrophobic effect to the conformational stability of human lysozyme
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQMNSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Contribution of amino acid substitutions at two different interior positions to the conformational stability of human lysozyme
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 53
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-05-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2mefA00
5IELA 5IHGA 1KIPC 2H9KA 134LA 1YQVY 5KXPA 3G3BB 1GHLA 2G4QA 2D91A 1LZNA 5KXNA 5E4PA 1GFVA 1TDYA 4WMGA 1JSEA 1GFJA 1HSXA 1YL1X 2BQIA 4OOTA 3AYQA 2EQLA 2YBNA 3AW7A 1A2YC 6LYTA 1GE2A 1LSPA 2Z2EA 5ILFA 4BAPA 3B0KA 1IWTA 1IP6A 1LZ1A 1HENA 1DI5A 1F6SA 1LPIA 1JTTL 4WLDA 4XYYA 1JUGA 4DC4A 4ZIXA 1LZAA 1LHHA 3AGGG 2DQIY 4G49A 1WTNA 4H9IA 4TWSA 3TMVA 3TXHA 5HNCA 2NWDX 3B0IA 4GN3A 4J1AA 4RLMA 4OWBA 4RDSA 1LSZA 4H9BA 5KXOA 1GFKA 5DN4A 3RZ4A 4NGKA 3WPJA 1CKDA 2VB1A 5KXWA 154LA 1QTKA 1BB3A 4NG8A 4LT3A 3A34A 1DPXA 1JKCA 1LZ9A 5L3HA 5F16A 1LSAA 3ULRA 1OQMA 4HV1A 5LYZA 1W6ZA 2B5ZA 1GFRA 1VFBC 1JKBA 4HSFA 1RJCB 3M18B 4G4HA 5FELA 4XJDA 1I56A 5APFA 1FDLY 2H9JA 2LZTA 1GE4A 1LSBA 2W1MA 3CQLA 4GLAA 1NHEA 4UWUA 7LYZA 3A91A 5LYTA 2HEBA 5II3A 1C45A 5KXMA 3FI7A 3WXUA 3CSRA 2RSCA 1B7MA 1IP7A 1LKRA 1IEEA 2YBIA 2XBRA 4DYGA 4WL6A 2FYDA 4LYOA 1C43A 1BHZA 4PRUA 1GFEA 4WO6A 4EMNA 3LYMA 5C6JA 1QTEA 1FN5A 3AW6A 3A93A 4DDAA 1GAYA 3WYHA 5B1FA 5L3IA 4H9FA 5LAGA 1VDSA 1FKQA 1G7HC 1LMQA 2FBBA 2LHMA 1H87A 4LYMA 3P66A 3WVXA 1LMPA 1B7PA 2ZQ4A 4HTKA 2IFFY 3LYZA 4D9ZA 5KXKA 1ZVYB 1LZBA 4KPMA 1OUDA 1UIEA 3P65A 4BADA 2I26L 3K3TA 3A95A 1G7JC 1GWDA 1BVXA 1DKJA 1IX0A 5J7CA 1GXV2 1WVVA 1G7IC 4CHXA 1QSAA 2A7FA 4GCDA 2LYMA 4B4IA 4NSHA 4NHTA 5D5CA 2MECA 1C7PA 1DQJC 3TXIA 3TXBA 5KXLA 1IWVA 3TXDA 1IWYA 4NHQA 1LJJA 2Z39A 4LYCA 3WU9A 1GF5A 4J0LA 1IO5A 4J7VA 2D4JA 4IATA 1VEDA 3QNGA 5I4XA 3A3RX 3QY4A 2F2NA 2DQAA 2XJWA 1LHJA 2BQKA 1ZV5L 3BKVA 1LSDA 1WQQA 1JTOL 2LYOA 3D3DA 4LYBA 4CJ2A 1XGRC 4DD2A 1LZSA 1J1OY 1XEJA 1HMKA 3A6CY 1LSGA 4DD0A 5B05A 1OUIA 3T6UA 5FCPA 1JJ1A 4LFPA 3IWRA 5FHWA 1BB6A 1LSEA 1LZ6A 4II8A 1RFPA 4WM6A 4UWVA 1REMA 2HEAA 5B59A 1IORA 1NBZC 1CJ8A 2ZIJA 4GN4A 4LT1A 5KXSA 4H8XA 4CFOA 4TSBA 1VAUA 1KXWA 1UUZC 4A7DA 5DN5A 3GXKA 3ZEKA 2HEEA 1HEWA 2BQNA 2DQDY 1NQIA 4H9CA 4Z98A 4H9EA 5K7OA 132LA 4DDCA 4TUNA 1LTMA 1QIOA 135LA 2WARA 4LZTA 2HEFA 4YM8A 1IOSA 1DKKA 1DI4A 2BQLA 2DQCY 4C5FA 4YEMA 1DXJA 5IDDA 1YKYX 4ANRA 5HQ1A 153LA 1T3PA 1OUFA 1JEFA 1OUCA 5FEKA 2DQGY 1HF4A 1REZA 4MSTA 5I4WA 2BPUA 1IOCA 1UBZA 3LZTA 1OUGA 1LHIA 2CDSA 4DD7A 1LZEA 4OWEA 4XN6A 3AJNA 4LFXA 1YAQA 4HPEA 1HSWA 1LMTA 1FKVA 4NGOA 1GPQC 1D9UA 1TEWA 4H9AA 1GB0A 4HJYA 1GFGA 1HEMA 4Z41A 3RU5A 1GF0A 1LJIA 4GLVA 4H91A 2YDGA 1HFXA 1LMOA 4R0FA 2DBTA 5LVKA 5B1GA 1NBYC 3WW5A 3WULA 1CJ6A 3A92A 2YBJA 1N4FA 5B07A 1CNSA 1HFZA 2EPEA 1YROA 4LYZA 4NHSA 3WU7A 4RW1A 1LKSA 4FJRA 1OUBA 1LJEA 2ZNXY 1IC4Y 5F14A 1LZ4A 1YANA 1B9OA 5D5FA 2EKSC 208LA 1WQRA 3LHMA 1LJ3A 5DL9A 2ZQ3A 1NF5A 2DQHY 4HTNA 4W96A 3TXJA 2W1YA 2CWIA 1LZCA 4WM2A 5APDA 4ETEA 1GFTA 4NWEA 2D4KA 3TXGA 5KXXA 1JSFA 1NKHA 3RT5X 1VDQA 2A7DA 1BWIA 1JISA 3HBDA 2MEFA 1IWZA 1IR8A 1GF7A 1YAOA 1LSMA 2Q0MX 2ZIKA 3AZ5A 1GBOA 1IP2A 4N9RA 3AZ7A 3TMXA 1LMCA 1GBYA 2BQJA 4TX7A 4TSCA 3BKHA 4N0JA 1GE3A 4HP0A 2I6ZA 4WM4A 3ZVQB 1TCYA 1KIRC 4DD3A 1CKCA 1TBYA 1B7RA 3A6BY 1VDPA 1BB7A 1LZ8A 1VATA 4ZEEA 1IIZA 2D6BA 4LGKA 1IP4A 5I5QA 5C6IA 1REYA 4Z46A 4N1EI 1IR9A 1ZMYL 1GBXA 3EMSA 4NY5A 5E9RA 1KIQC 3WH1A 3IJUA 1IP3A 1GF4A 3W6EA 4G9SA 1IOQA 4B1AA 1B2KA 1UIDA 4I8SA 1BWJA 3EO5A 2BQAA 4NGZA 2W1LA 1GB2A 1PZYA 4XJHA 1AM7A 1Z55A 2X0AA 1UIFA 2N5ZA 5KXYA 2HTXA 4N5RA 4M6DA 4BAFA 5LVJA 1LHKA 3WVYA 1JITA 1FLUA 3FE0A 4I0CA 3B72A 4NGLA 1HMLA 1LSCA 3AGHA 1YAMA 1GB5A 1EQEA 4C3WA 1EQ4A 4PHIA 1DPWA 3AZ6A 4H94A 5KJ9A 1FLYA 1UCOA 4WG7A 3D9AC 4OWAA 3SP3A 1AT5A 5ILCA 2MEDA 2ZNWY 1PS5A 1HERA 1O23A 4H93A 1LZGA 1YKXX 4DT3A 4OWCA 2DKVA 5DM9A 5F9UA 1GBSA 1GFUA 4RW2A 1C08C 1LJ4A 1IWWA 1EQ5A 1B0DA 1BWHA 4NGVA 1GXXA 1CKHA 1LZ5A 1WQNA 4WM5A 3RW8A 1LZYA 4H9HA 1WQMA 1F0WA 1LSYA 2W1XA 3W6CA 1IP1A 1GEZA 1UACY 4N8ZA 1YIKA 3ATNA 1E8LA 2MEEA 2HECA 3WPLA 4OWHA 1LCNA 4QEQA 1D0LA 4G4CA 2DQJY 3WUNA 4OW1A 4P2EA 1DZBX 1RCMA 2BQMA 1GF8A 2HU3A 4KXIA 1GF6A 5HNLA 5LXWA 3AZ4A 2XTHA 3CT5A 194LA 2I25L 3T36A 1BQLY 2GV0A 3LYOA 4IASA 4ETBA 8LYZA 2YSSC 5APEA 1D0KA 1B5VA 2BQBA 3CSZA 1JJ0A 4KL7A 1P2CC 1TAYA 3WMKA 4AXTA 5M1YA 1WQPA 3A67Y 4O34A 1I20A 5I54A 1B5ZA 4NSJA 4NGIA 1D6QA 1B7LA 1UIGA 2Y8PA 5KKJA 4PGJB 1G7MC 2HUBA 1JHLA 3W3EA 3W6AA 1GDWA 3N9AA 3LZ2A 3WW6A 1GB9A 5LVGA 3AB6A 3GXRA 1LZDA 2C8OA 2BQGA 4PJ2C 4X3BA 1GB3A 2PC2A 3J6KA 4NSGA 5F9XA 2BLYA 1QUTA 1YKZX 1QDRA 1KXYA 1RE2A 1IC5Y 3LN2A 4RLNA 2IHLA 2HEDA 1LYZA 2FBDA 3P64A 1HC0A 1NMMA 1C46A 4B49A 4EOFA 2F30A 1ALCA 4PRQA 5AMYA 3A3QA 1LYOA 4H8ZA 5LVIA 3EXDA 1MLCE 4N1CC 9LYZA 4KT3A 5I4YA 3ATOA 5L9JA 1GE0A 1B5XA 3WUMA 1RI8B 3A94A 4YF2A 4W94A 1GD6A 1SQ2L 4ET9A 3IJVA 3N9EA 1IWXA 4DD1A 1YL0X 2DQFC 2MEGA 4H90A 4U3XB 1GB8A 4DWXA 1GFHA 4PPOA 5KXRA 1GFAA 2CGIA 2Z37A 1KXXA 1LJNA 1JJ3A 4L41A 1F10A 1LHLA 1UICA 2DQEY 4H1PA 5LA8A 5A3ZA 2BQCA 5B06A 1NDGC 4B4JA 1AZFA 4ZFPA 1FBIX 3WXTA 3AGIA 5LINA 1XSFA 3F6ZA 1GBWA 1LYYA 1LSNA 1XGPC 2ZYCA 5A3EA 1IVMA 1LZTA 1OUEA 2YVBA 4H92A 193LA 1CJ7A 4G4BA 2C8PA 1INUA 4XJGA 3OJPA 1LYSA 4WO9A 1H6MA 4ETCA 4NHIA 3QE8A 4HPIA 5C6LA 3P68A 4NFVA 1B5UA 3W6BA 4LT2A 2ZILA 1CKFA 3TMWA 3CT0A 2ZWBA 5HMJA 5I53A 3VWOA 2MEIA 4H8YA 3W6FA 1AKIA 1BB5A 4GCEA 1B7OA 4ETAA 1D6PA 1OUAA 4GCBA 4NG1A 1F6RA 4NWHA 1IY4A 2BQDA 2BLXA 1BVKC 1AT6A 4WLXA 1LJKA 1XGQC 2LZ2A 3A8ZA 1LOZA 4HTQA 1GE1A 2BQHA 4LYTA 5DLAA 1WTMA 4QY9A 1GF9A 1WVUA 3EBAB 5T3FA 4B4EA 4GCFA 1OP9B 2G4NA 4NGJA 1ZVHL 3N9CA 4YEOA 1GB7A 4IJ4A 3KAMA 3B0OA 2YBMA 5KXZA 1LJHA 1GDXA 1D0MA 1B5YA 5FDJA 4ET8A 3G3AB 5HMVA 2CJLA 1I1ZA 1QQYA 1XEIA 4NGYA 3MGWA 1XGUC 1YILA 3OK0A 1J1XY 1QUSA 2Z12A 4WLTA 133LA 2BAAA 2HU1A 4NGWA 2G4PA 1BGIA 1UIAA 1XFPL 1B7QA 4ETDA 1HEPA 1HEOA 4CGEA 1C10A 3HBHA 1LHMA 4HJZA 4J1BA 4WM3A 2EIZC 4XJFA 5FSTA 1B7SA 1JWRA 1IC7Y 1HFYA 1IOTA 1W08A 2MEHA 1LZRA 4DD9A 5LA5A 1NDMC 3WU8A 4FDYA 2BQFA 1IY3A 4TTDA 1LMAA 1OUHA 1A4VA 1JKDA 1GBZA 1GF3A 5LVHA 3A90A 2XBSA 2ZYPA 3HFMY 4OOOA 1HHLA 1LAAA 5LAFA 2YBLA 1QSWA 3CB7A 4LT0A 4NHPA 4HV2A 4XADA 5LIOA 1VDTA 5HLLA 3E3DA 2Z19A 3P4ZA 1SLYA 1GB6A 3TXFA 4E3UA 5KY1A 2MEAA 4NSIA 5APCA 1IR7A 3B6LA 3CSQA 207LA 4WG1A 1CJ9A 1GEVA 4WLYA 4UWNA 1BB4A 1LSFA 2F4GA 1JTPL 4NEBA 2LYZA 4ML7A 4DDBA 1CKGA 1HEQA 3TXEA 1G7LC 1JIYA 1IP5A 2H5ZA 4XENA 1XEKA 1XGTC 4B0DA 5JENB 4HJVA 2YBHA 1EL1A 1B7NA 3ZVQA 1B5WA 3W6DA 4BS7A 4CFPA 1QDTA 4WL7A 3HBEX 1REXA 2BQOA 1FLWA 3RNXA 1MELL 2MEBA 3LYTA 4XJBA 5F81A 5EBHA 4YOPA 4QGZA 2D4IA 1UC0A 2FYCA 4GCCA 4R6CA 1FLQA 4YENA 1V7SA 5LYMA 3J4GA 3WL2A 1LJGA 1UIBA 1JKAA 1NWGA 4MCKA 4MR1A 4WOAA 3TMUA 1YAPA 3WPKA 1DI3A 1UIHA 4WM1A 5KXTA 3A96A 2BQEA 3WUAA 4XJIA 6LYZA 3CT1A 4AGAA 2Z2FA 1UA6Y 2F4AA 1IWUA 3TXKA 1V7TA 4GN5C 1HNLA 1LJFA 1LMNA 1OUJA 2Z18A 1JPOA 3M3UA 4NIJA 4QDNA 1GAZA 4Z3MA 1T6VL 1WQOA 2AUBA 4M4OA 5KKIA 2Z38A 1J1PY 1HELA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
229LA 2B6WA 2H9KA 1GHLA 4DAJA 1GFVA 3DN8A 1YL1X 3AYQA 2YBNA 3HH5A 1LSPA 3SN6R 1IP6A 1JTTL 4XYYA 3AGGG 2DQIY 4TWSA 4J1AA 4RLMA 188LA 3RZ4A 4NGKA 172LA 1CKDA 1BB3A 3ULRA 1LSAA 2B5ZA 4XJDA 1C64A 2H9JA 2LZTA 4GLAA 3CQLA 4UWUA 7LYZA 2HEBA 5II3A 5KXMA 3CSRA 1L08A 1B7MA 1IEEA 2XBRA 4WL6A 2FYDA 4LYOA 2Z6BA 3LYMA 3AW6A 4DKLA 1LMQA 1L69A 1LMPA 1B7PA 1ZVYB 1UIEA 4W55A 3P65A 1LYHA 1BVXA 1IX0A 5J7CA 138LA 1WVVA 4GCDA 2LYMA 4NHTA 5D5CA 1DQJC 1IWYA 4J0LA 206LA 1L07A 5I4XA 2F2NA 3G3VA 3BKVA 1LSDA 1L62A 1DYFA 2LYOA 113LA 4DD2A 1J1OY 3SB7A 3A6CY 1L50A 2B75A 4LFPA 3IWRA 1LZ6A 4II8A 162LA 1G0MA 4WM6A 4UWVA 4I7RA 1NBZC 2ZIJA 5KXSA 5DN5A 1L86A 2DQDY 1L99A 4GRVA 1T97A 1YKYX 3G3XA 153LA 228LA 1T3PA 1OUFA 1JEFA 1OUCA 5FEKA 1HF4A 5I4WA 4EJ4A 1UBZA 1LHIA 209LA 5I14A 1GPQC 1D9UA 1GB0A 1QSQA 3RU5A 1GF0A 155LA 2YDGA 1OWYA 1HFXA 2DBTA 5B1GA 2YBJA 4LYZA 4NHSA 3WU7A 1LI6A 1G0QA 2ZNXY 4ZPUA 3GUJA 1YANA 1B9OA 1L13A 208LA 1NF5A 4HTNA 3PBLA 3F8VA 3TXJA 2W1YA 4NWEA 4W59A 159LA 1VDQA 3DN6A 3QAKA 2MEFA 1IWZA 2ZIKA 2Q9EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5IEL A;  5IHG A;  1KIP C;  2H9K A;  134L A;  1YQV Y;  5KXP A;  3G3B B;  1GHL A;  2G4Q A;  2D91 A;  1LZN A;  5KXN A;  5E4P A;  1GFV A;  1TDY A;  4WMG A;  1JSE A;  1GFJ A;  1HSX A;  1YL1 X;  2BQI A;  4OOT A;  3AYQ A;  2EQL A;  2YBN A;  3AW7 A;  1A2Y C;  6LYT A;  1GE2 A;  1LSP A;  2Z2E A;  5ILF A;  4BAP A;  3B0K A;  1IWT A;  1IP6 A;  1LZ1 A;  1HEN A;  1DI5 A;  1F6S A;  1LPI A;  1JTT L;  4WLD A;  4XYY A;  1JUG A;  4DC4 A;  4ZIX A;  1LZA A;  1LHH A;  3AGG G;  2DQI Y;  4G49 A;  1WTN A;  4H9I A;  4TWS A;  3TMV A;  3TXH A;  5HNC A;  2NWD X;  3B0I A;  4GN3 A;  4J1A A;  4RLM A;  4OWB A;  4RDS A;  1LSZ A;  4H9B A;  5KXO A;  1GFK A;  5DN4 A;  3RZ4 A;  4NGK A;  3WPJ A;  1CKD A;  2VB1 A;  5KXW A;  154L A;  1QTK A;  1BB3 A;  4NG8 A;  4LT3 A;  3A34 A;  1DPX A;  1JKC A;  1LZ9 A;  5L3H A;  5F16 A;  1LSA A;  3ULR A;  1OQM A;  4HV1 A;  5LYZ A;  1W6Z A;  2B5Z A;  1GFR A;  1VFB C;  1JKB A;  4HSF A;  1RJC B;  3M18 B;  4G4H A;  5FEL A;  4XJD A;  1I56 A;  5APF A;  1FDL Y;  2H9J A;  2LZT A;  1GE4 A;  1LSB A;  2W1M A; 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 2ZWB A;  5HMJ A;  5I53 A;  3VWO A;  2MEI A;  4H8Y A;  3W6F A;  1AKI A;  1BB5 A;  4GCE A;  1B7O A;  4ETA A;  1D6P A;  1OUA A;  4GCB A;  4NG1 A;  1F6R A;  4NWH A;  1IY4 A;  2BQD A;  2BLX A;  1BVK C;  1AT6 A;  4WLX A;  1LJK A;  1XGQ C;  2LZ2 A;  3A8Z A;  1LOZ A;  4HTQ A;  1GE1 A;  2BQH A;  4LYT A;  5DLA A;  1WTM A;  4QY9 A;  1GF9 A;  1WVU A;  3EBA B;  5T3F A;  4B4E A;  4GCF A;  1OP9 B;  2G4N A;  4NGJ A;  1ZVH L;  3N9C A;  4YEO A;  1GB7 A;  4IJ4 A;  3KAM A;  3B0O A;  2YBM A;  5KXZ A;  1LJH A;  1GDX A;  1D0M A;  1B5Y A;  5FDJ A;  4ET8 A;  3G3A B;  5HMV A;  2CJL A;  1I1Z A;  1QQY A;  1XEI A;  4NGY A;  3MGW A;  1XGU C;  1YIL A;  3OK0 A;  1J1X Y;  1QUS A;  2Z12 A;  4WLT A;  133L A;  2BAA A;  2HU1 A;  4NGW A;  2G4P A;  1BGI A;  1UIA A;  1XFP L;  1B7Q A;  4ETD A;  1HEP A;  1HEO A;  4CGE A;  1C10 A;  3HBH A;  1LHM A;  4HJZ A;  4J1B A;  4WM3 A;  2EIZ C;  4XJF A;  5FST A;  1B7S A;  1JWR A;  1IC7 Y;  1HFY A;  1IOT A;  1W08 A;  2MEH A;  1LZR A;  4DD9 A;  5LA5 A;  1NDM C;  3WU8 A;  4FDY A;  2BQF A;  1IY3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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