1C6GA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a in the presence of 4 atm krypton
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6gA00
4I7PA 1QUDA 2B6TA 213LA 1WTHA 2LCBA 3CDRA 1L02A 4PK0A 1DYAA 3QAKA 1L69A 3HT9A 165LA 229LA 2B6YA 1QTCA 3C7ZA 4ARQA 1P64A 201LA 3EMLA 253LA 1C6NA 1CV6A 159LA 3GUPA 3DMVA 3HU8A 1C61A 3HTBA 2CUUA 3DN8A 1QSBA 240LA 2B73A 172LA 4YX7C 162LA 138LA 1SX7A 1B6IA 2OU8A 1L51A 2QB0B 198LA 4W55A 4W54A 4ZPUA 3C83A 3C81A 248LA 2RB2X 181LA 1C6JA 3VW7A 1LGUA 1L41A 189LA 1P2LA 235LA 166LA 3HH3A 192LA 1D3MA 1LYEA 183LA 4I7LA 7LZMA 115LA 3PBLA 1C6AA 1L47A 1D2WA 119LA 155LA 4W59A 199LA 1QT6A 1L32A 2ANVA 2Q9EA 1L16A 1L14A 111LA 1L20A 3F9LA 1L35A 156LA 1L79A 168LA 1CV3A 4LDEA 244LA 186LA 238LA 242LA 3SB8A 4I7RA 4EJ4A 1L74A 1SX2A 3G3WA 1G0JA 4E97A 1L93A 1L10A 1QUGA 130LA 2O79A 160LA 1DYBA 3HTGA 1C6FA 2O4WA 243LA 254LA 3D4SA 5I14A 2RBRA 1L25A 2B72A 3UONA 2B6WA 1L92A 1QSQA 1C6HA 1P3NA 1L83A 128LA 2OEAX 4I7SA 190LA 1L81A 2LC9A 255LA 1L28A 191LA 209LA 171LA 1L43A 3C80A 3HT8A 1G07A 1QT5A 1P7SA 1L75A 2OE4X 256LA 175LA 1OVKA 1L91A 3L2XA 1L94A 246LA 3HH5A 1P36A 170LA 3G3XA 3HU9A 4I7KA 1L52A 1LI6A 1L95A 1L21A 2QARC 2Z6BA 2B6XA 167LA 1KNIA 1L33A 1LYHA 126LA 2RBPA 2A4TA 4W53A 2RBQA 1I6SA 113LA 145LA 1L39A 4ARPA 223LA 1L44A 120LA 1XJUA 161LA 163LA 3RUNA 2IGCA 1L18A 2OU9A 174LA 1C64A 1CV0A 150LA 1DYGA 148LE 1T8GA 1L99A 2HUMA 233LA 3CDQA 1C6GA 1L19A 4EXMA 1L96A 1C6QA 4DAJA 226LA 1CU6A 146LA 217LA 3F8VA 4S0WA 1DYFA 4I7JA 4ARMA 144LA 102LA 1L0JA 1CVKA 3LZMA 1L68A 1C68A 4I7TA 1L36A 3GUOA 1LWKA 137LA 4W56A 4W58A 3K2RA 4IAPA 1LI3A 3DN2A 4YXAC 1PQDA 1PQMA 1QTZA 1KY1A 139LA 1G0MA 1G0LA 3SB9A 3GUKA 1L22A 158LA 2RH1A 2B6ZA 1L65A 3V2YA 108LA 2F2QA 1OVJA 3CDOA 1KY0A 1LGXA 3HH4A 1D3JA 1L80A 122LA 3OE9A 1C6CA 249LA 141LA 1LI2A 212LA 1QS9A 3GULA 118LA 3HUKA 6LZMA 1OV5A 109LA 200LA 1L64A 1QUHA 3JR6A 1L49A 1ZWNA 3CDTA 1L73A 1DYCA 1L04A 225LA 1L55A 131LA 3CDVA 129LA 1LYGA 258LA 257LA 4ARJA 4W51A 1L60A 1C6EA 1D3NA 3DMZA 1CTWA 1C6MA 1P46A 4LDOA 3SN6R 1LPYA 1L58A 3DN1A 1T6HA 1L66A 1K28A 3FI5A 4ARQB 1L40A 4OO9A 236LA 1L27A 123LA 2LZMA 107LA 176LA 1L15A 1SWZA 4AQNA 1DYDA 4EPIA 104LA 1L08A 1P56A 1L76A 1T97A 3HH6A 185LA 2O7AA 3PDSA 127LA 188LA 1L88A 2L78A 232LA 195LA 1L85A 227LA 4LZMA 3HT7A 3C7WA 4EKRA 1L0KA 1PQKA 252LA 3HUAA 3NYAA 140LA 1TLAA 4I7OA 205LA 151LA 1C6PA 211LA 231LA 219LA 4W52A 3HTFA 4EPFA 5LZMA 1L56A 149LA 1LYDA 1L42A 3V2WA 228LA 1L77A 1L03A 2ANXA 1L90A 3DN0A 1L86A 1CV4A 4DJHA 1CUPA 2OE9X 220LA 1JTNA 4I7QA 1L45A 1L62A 1QT3A 1L46A 1OYUA 1L26A 4I7NA 1LYIA 1LWGA 3GUIA 1C6LA 2B74A 2B70A 196LA 4DKLA 222LA 1L34A 206LA 1C66A 1CX7A 1D3FA 4ARLA 1CU0A 1C6DA 3SBAA 1PQOA 224LA 216LA 237LA 1OWYA 2B75A 3GUNA 3NY9A 4LDLA 1L24A 1C63A 1C69A 3G3VA 1C62A 1D2YA 2B7XA 125LA 250LA 1L54A 3DN6A 4K5YA 1L71A 1CUQA 1L07A 2OE7X 1L09A 1QUOA 1T8AA 1LLHA 1QS5A 187LA 184LA 1L30A 1L38A 2RAYX 1L87A 1C6IA 210LA 234LA 2OTYX 3C82A 164LA 2RAZX 261LA 1CX6A 3GUMA 1QTHA 2Q9DA 1G0GA 1KW5A 239LA 3FA0A 1ZYTA 3SB6A 1L12A 3DN3A 1XJTA 1L84A 3HTDA 1L05A 1QTDA 1L67A 1CU5A 1L59A 1LYFA 1ZURA 1L00A 2RB1X 4EKPA 197LA 1JTMA 1L70A 1SWYA 1G06A 1QTBA 1QT8A 1OWZA 260LA 3GUJA 1C6KA 1L48A 1L82A 3DN4A 4EKSA 3OE6A 1C65A 2NTHA 1OV7A 4YXCA 3SB7A 1QTVA 1L72A 1EPYA 2OU0X 4PJZA 147LA 1G0PA 1T8FA 3C8SA 1L23A 3NY8A 2F32A 2HUKA 1CV5A 114LA 1C60A 1L37A 2HULA 112LA 180LA 1L01A 1QT4A 1PQJA 1PQIA 4ARMB 2F47A 1XEPA 1D9WA 1KS3A 2NTGA 182LA 178LA 1L29A 3OE8A 4EKQA 215LA 1G0QA 1OVHA 1G0KA 1C6BA 3C8QA 3ODUA 3C7YA 1P5CA 1L13A 3DKEX 1CU3A 2RBSA 152LA 3C8RA 3HUQA 4GRVA 3HDEA 3OE0A 1CV1A 1C67A 1LYJA 230LA 3L64A 1QT7A 1LGWA 262LA 4GBRB 173LA 1L31A 3DNAA 169LA 1L98A 251LA 3HT6A 247LA 1C6TA 1L06A 1L61A 1P2RA 241LA 3DMXA 259LA 1L63A 2RBNA 1JQUA 1L89A 157LA 1P6YA 1P37A 3HDFA 142LA 4W57A 3HWLA 1CU2A 4I7MA 1L11A 1LW9A 1G1WA 2RB0X 221LA 1L57A 2RBOA 177LA 3SBBC 214LA 3SB5A 1SSWA 110LA 1NHBA 1L50A 103LA 245LA 218LA 1KW7A 143LA 1L17A 1DYEA 2OTZX 1L97A 1L53A 3FADA 1SSYA 3RZEA 1G1VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QUDA 207LA 2BLYA 213LA 3CDRA 1DYAA 3QAKA 1L69A 4ETEA 3A92A 3EMLA 5IDDA 5DN4A 1CV6A 3IJVA 5LA5A 3HTBA 1UCOA 2CUUA 1QSBA 240LA 3AZ7A 4YX7C 1HEWA 1B6IA 4B49A 2OU8A 2QB0B 4W55A 4G9SA 3VW7A 1B2KA 1A2YC 3AZ6A 1LMPA 1UACY 2W1XA 3WMKA 1D0MA 235LA 166LA 3CSQA 1FDLY 1IR9A 1D3MA 4OW1A 3A6BY 1C6AA 1GDXA 2IHLA 4NGYA 1QT6A 4RW2A 2HECA 2ANVA 1L16A 5KJ9A 1L35A 1ALCA 156LA 1OUDA 1B7OA 168LA 4LDEA 1YL1X 238LA 1HELA 1QUGA 130LA 4B4IA 4NGKA 3WU7A 5I4YA 3D4SA 1GB5A 1L25A 1IP6A 3ATOA 2B6WA 1P3NA 1L83A 2OEAX 1LSEA 4LYCA 2LC9A 255LA 1JISA 4U3XB 1G07A 3CT1A 4RDSA 1C7PA 2FYCA 4DQ5A 2XJWA 246LA 3HH5A 1P36A 4AXTA 3HU9A 2W1MA 4RLMA 4ANRA 1L21A 1B9OA 5HNLA 167LA 1GFKA 5HMJA 1BB7A 3FE0A 2BQKA 2RBPA 5LAGA 3EMSA 2A4TA 4W53A 4WLTA 113LA 2G4QA 5EBHA 4LT0A 1L18A 1NBYC 1CKHA 1CV0A 1LSGA 4ML7A 4DDAA 1L99A 233LA 1C6GA 4EXMA 1L96A 4DAJA 226LA 4NGOA 1CU6A 3ZEKA 1WQMA 4ARMA 5A3EA 1C68A 4PPOA 4H9AA 3TXIA 1G7LC 2MEBA 4NY5A 3K2RA 2Q0MX 1FLUA 3DN2A 3AGGG 3LYOA 4EOFA 5LINA 1JKCA 1QTZA 139LA 3GUKA 3RZ4A 2RH1A 3W6FA 3V2YA 1GXV2 1HF4A 1KY0A 4N8ZA 3OE9A 1C6CA 1F6SA 1YKZX 249LA 141LA 1LI2A 3WU9A 4NHPA 4TSCA 109LA 200LA 1BB4A 3JR6A 1LZSA 1XGPC 1L04A 4H90A 3CDVA 129LA 4B0DA 257LA 1HC0A 1C6MA 1DPWA 2I26L 1JTOL 1C46A 4ARQB 3FI5A 1OUJA 4ZIXA 1GE0A 1F6RA 1XEJA 2YBJA 9LYZA 176LA 2I25L 4LT3A 1IWWA 2CWIA 3CSRA 104LA 1AZFA 1L08A 3WPKA 127LA 1B7QA 188LA 1L88A 5LYZA 195LA 1B5XA 2XBSA 3C7WA 4EKRA 1L0KA 1DQJC 2DQAA 4TSBA 3TXJA 1V7TA 4I7OA 3TXBA 1C6PA 211LA 231LA 1WQPA 4OOTA 3RU5A 1LYDA 149LA 1L42A 2Z39A 3A3QA 228LA 1L77A 1L90A 4OWAA 1J1OY 1CUPA 2YBHA 5B07A 1GWDA 1UUZC 1L45A 1XSFA 2YBIA 1LYIA 3GUIA 2B70A 2B74A 1L34A 2HEBA 4EMNA 3KAMA 2NWDX 1PQOA 4DQ7A 224LA 237LA 1G7JC 1OWYA 4ZFPA 3FI7A 2DQGY 5APCA 4MCKA 1D2YA 2B7XA 4WL7A 1HHLA 1L54A 3B0IA 1VDTA 4ET9A 2BQAA 1L38A 1C6IA 210LA 2OTYX 5KXRA 5L3IA 4XJDA 5I4XA 3WH1A 4NEBA 1CX6A 1Z55A 2DQJY 3GUMA 3FA0A 2YBMA 3DN3A 4Z3MA 1L84A 3A6CY 2B5ZA 1GXXA 1L67A 1CU5A 3WPLA 2DBTA 3QE8A 1L00A 4EKPA 1LKRA 1SWYA 1G06A 1QT8A 1OWZA 3GUJA 1LZNA 1C6KA 4H9BA 4OWEA 3M18B 3G3BB 1VDPA 4YXCA 1LZ8A 1QTVA 4PGJB 1LZBA 5KXNA 3SP3A 1T8FA 2ZYCA 1L23A 1INUA 3TMXA 1REZA 1MLCE 1UIBA 1PS5A 1L01A 1PQIA 4LYMA 3A95A 182LA 1G0KA 1WVVA 3C8QA 4CFOA 1YANA 4O34A 1P5CA 1CU3A 2CDSA 4GRVA 3HDEA 4H94A 2MEAA 1LYJA 4NSGA 4LYBA 1LSMA 1QT7A 1LYZA 1LZYA 251LA 5T3FA 1LZDA 1JITA 241LA 4TWSA 259LA 132LA 3D9AC 3CSZA 1ZV5L 1SQ2L 5II3A 1LMCA 1JQUA 3ATNA 1GF3A 157LA 1P6YA 3GXRA 4IJ4A 1D0KA 4W57A 1UIHA 1YILA 221LA 1L57A 2RBOA 214LA 4KT3A 1SSWA 2LZTA 218LA 1JPOA 5J7CA 1HFXA 2LCBA 4PK0A 4DYGA 3HT9A 229LA 3C7ZA 1IO5A 3QY4A 1XEIA 1RFPA 159LA 1JSEA 1G7IC 4DD0A 3DMVA 3HU8A 2BQNA 3W6DA 2DQFC 1JEFA 1LJKA 1XGUC 1GE4A 2MEGA 2EPEA 2D4IA 3WU8A 4W54A 3C83A 5FEKA 1LGUA 4XJFA 1LZAA 1NKHA 189LA 1UIEA 2HEFA 183LA 4J0LA 1CKCA 1GEZA 4GN5C 1MELL 115LA 2HU1A 4H9CA 5F9UA 1L47A 1OP9B 3T6UA 5KXSA 1GF4A 2BQGA 3AJNA 1JSFA 1F10A 1L32A 2Q9EA 2YBLA 2HEAA 5FELA 4M6DA 5HLLA 208LA 1LZCA 1JKAA 1L79A 1B5YA 3W6BA 5KXWA 1LSCA 1AKIA 3A8ZA 1LHIA 2ZWBA 1LZ5A 1FKQA 1VATA 1HEOA 3B0KA 160LA 1GB2A 1DYBA 3HTGA 2O4WA 4XJBA 243LA 4HV2A 254LA 133LA 1OUHA 1UIGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QUD A;  207L A;  2BLY A;  213L A;  3CDR A;  1DYA A;  3QAK A;  1L69 A;  4ETE A;  3A92 A;  3EML A;  5IDD A;  5DN4 A;  1CV6 A;  3IJV A;  5LA5 A;  3HTB A;  1UCO A;  2CUU A;  1QSB A;  240L A;  3AZ7 A;  4YX7 C;  1HEW A;  1B6I A;  4B49 A;  2OU8 A;  2QB0 B;  4W55 A;  4G9S A;  3VW7 A;  1B2K A;  1A2Y C;  3AZ6 A;  1LMP A;  1UAC Y;  2W1X A;  3WMK A;  1D0M A;  235L A;  166L A;  3CSQ A;  1FDL Y;  1IR9 A;  1D3M A;  4OW1 A;  3A6B Y;  1C6A A;  1GDX A;  2IHL A;  4NGY A;  1QT6 A;  4RW2 A;  2HEC A;  2ANV A;  1L16 A;  5KJ9 A;  1L35 A;  1ALC A;  156L A;  1OUD A;  1B7O A;  168L A;  4LDE A;  1YL1 X;  238L A;  1HEL A;  1QUG A;  130L A;  4B4I A;  4NGK A;  3WU7 A;  5I4Y A;  3D4S A;  1GB5 A;  1L25 A;  1IP6 A;  3ATO A;  2B6W A;  1P3N A;  1L83 A;  2OEA X;  1LSE A;  4LYC A;  2LC9 A;  255L A;  1JIS A;  4U3X B;  1G07 A;  3CT1 A;  4RDS A;  1C7P A;  2FYC A;  4DQ5 A;  2XJW A;  246L A;  3HH5 A;  1P36 A;  4AXT A;  3HU9 A;  2W1M A;  4RLM A;  4ANR A;  1L21 A;  1B9O A;  5HNL A;  167L A;  1GFK A;  5HMJ A;  1BB7 A;  3FE0 A;  2BQK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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