1JTPL

Degenerate interfaces in antigen-antibody complexes
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVYGRCELAAAMKRLGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTHATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSKNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIASGGNGMNAWVAWRNRCKGTDVHAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Antibody, hydrolase
molecule keywords Single-Domain Antibody
publication title Degenerate interfaces in antigen-antibody complexes.
pubmed doi rcsb
source organism Camelus dromedarius
total genus 54
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence M
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2001-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1jtpL00
4BAPA 4WLYA 2H5ZA 4DDCA 1GB5A 2BLYA 3LYOA 5L9JA 1LMAA 4IJ4A 1HHLA 2W1XA 1LTMA 3TXEA 1LMQA 1UIEA 4PRUA 3WXUA 1BB5A 1D0KA 1G7LC 3CT1A 1LOZA 1XGPC 2D6BA 1LYZA 1HFZA 4J0LA 4GCFA 1OUJA 1AM7A 3AZ6A 4KT3A 2BQLA 1YIKA 4ET9A 5LVJA 1EQ5A 4OWHA 2MEIA 4OWAA 4NWEA 2HEEA 5ILCA 4ETAA 1GB8A 4LYOA 4QDNA 1B5VA 2N5ZA 7LYZA 4GN5C 4NHQA 1OUFA 2BQGA 1YKYX 2D4JA 1F6RA 1GF0A 3LYZA 1OUAA 1LZSA 1HEQA 1XGUC 4GN3A 1LZNA 2PC2A 4XADA 4C3WA 3FI7A 1LZCA 3TXBA 3WUAA 1LZAA 3RZ4A 1YL1X 1UACY 1O23A 1JHLA 1WTMA 3LZ2A 3ZVQA 5IELA 5F14A 2DQIY 2DQJY 1JKAA 1GXV2 4WO6A 2X0AA 1HEMA 2H9JA 4H8ZA 5FHWA 4YF2A 1LMTA 1N4FA 4RLNA 1XGQC 1GF9A 1B5WA 1JUGA 4MCKA 4O34A 4L41A 5I4YA 1DZBX 3ATOA 2F2NA 4UWNA 2FYDA 4M6DA 5B06A 1EQ4A 1F0WA 1GB7A 5LAGA 1JSFA 1UC0A 2IFFY 2MEGA 3T36A 4J1BA 1BB7A 4OOOA 2Z2EA 1IP4A 1XEIA 4PHIA 1IOCA 1NBYC 208LA 4GCDA 4CFOA 2YDGA 5HNCA 2LYMA 4NSHA 1HF4A 5HLLA 1B7PA 3AW6A 4G4HA 3RNXA 4EMNA 4HTKA 1LZ8A 2YBNA 4U3XB 4R0FA 1LSDA 1UICA 3IWRA 5LVKA 1JWRA 153LA 1GFTA 5A3EA 4LYBA 3F6ZA 3P4ZA 3WPLA 1GFHA 1J1OY 1QSAA 5LIOA 1FLWA 3T6UA 1LZ5A 4LT0A 3A6CY 5APEA 4NGIA 1CKHA 3A6BY 1D0MA 4G4CA 1IP1A 1JKBA 3LN2A 3W6BA 1UBZA 1XGRC 3TMUA 1FN5A 2ZILA 1LHKA 1G7JC 1B5ZA 1IP6A 3AGGG 4QGZA 1GFAA 1T6VL 2VB1A 3B0KA 4WM3A 1IWYA 1W6ZA 4N5RA 2F4AA 5KY1A 2HEDA 2HUBA 1GBZA 1AKIA 1HEOA 5LVGA 1B7SA 1NMMA 1GB2A 3GXKA 4RW2A 2RSCA 3TXDA 4DT3A 1H87A 4NSJA 1OUEA 4G4BA 3P66A 1IY3A 1LZRA 2DQEY 4WLXA 4Z46A 5J7CA 1I20A 1IP3A 1DI3A 2W1YA 1UIDA 1GXXA 1QTKA 4H1PA 1GBYA 3A91A 5AMYA 1HNLA 1HERA 1NDGC 4LYMA 4MR1A 1BWIA 4ETBA 2HU3A 4WG7A 1LPIA 2EIZC 4IATA 1IORA 3A3RX 4H9IA 4N1CC 1RI8B 4BADA 4KPMA 3VWOA 1GFUA 3P65A 1GFVA 1GEVA 5FEKA 1XEKA 1WQQA 4ETEA 2ZYPA 3EMSA 2MEAA 2ZNWY 4NGYA 2Z37A 5L3HA 2G4PA 2ZNXY 3J4GA 4XENA 3N9CA 3SP3A 2G4NA 1FDLY 3FE0A 3QE8A 3TXHA 2YBLA 1GHLA 4PRQA 2HEFA 2AUBA 3HBHA 4N1EI 1OUDA 1CKCA 1GD6A 1YL0X 1F10A 1BGIA 1HFYA 2LYOA 1LSZA 4GCEA 1REMA 4HJZA 4NG8A 1C08C 1LHHA 3CB7A 4W96A 2MEFA 1CJ9A 1FKVA 2DQHY 4ML7A 1HSXA 1LZDA 1Z55A 1EL1A 3CT5A 4DD1A 1JITA 2BQIA 4ET8A 5KXRA 1I1ZA 2IHLA 3M3UA 4DD0A 194LA 5FSTA 3N9AA 1LJFA 2DBTA 4FJRA 4DWXA 2NWDX 1BWHA 4NFVA 4E3UA 1LMOA 4KL7A 1GDXA 4J7VA 1B7RA 1LYSA 4WM6A 2HEAA 2DQAA 1GF3A 4H9FA 1A2YC 4H9CA 5KXTA 3P64A 1D0LA 4QY9A 1B7NA 1IY4A 1LSNA 4BS7A 3LHMA 5KXOA 1GBSA 1V7TA 4WM4A 2Z39A 2I6ZA 1JJ3A 3K3TA 1W08A 4HV1A 4B4EA 3RT5X 5IHGA 4HV2A 1GE2A 5APCA 5APDA 1LSEA 1JTPL 3J6KA 3TXKA 3ULRA 5JENB 4WMGA 4WL7A 3WL2A 2DQCY 1B7QA 4NHSA 1LJEA 5FCPA 1REYA 4EOFA 4RDSA 4ZEEA 1LKRA 4NSIA 1QUTA 4OWEA 4PGJB 1GFKA 5DN5A 1JJ0A 2BQOA 3CSRA 1UIHA 5KXXA 4GCCA 1AT5A 2CDSA 2MEEA 1LHIA 1NKHA 4X3BA 1HMKA 4WM2A 5E4PA 5DL9A 1LHMA 2BQDA 3AGIA 4HPIA 1LZBA 1IWZA 2BPUA 2ZWBA 4TSBA 1C10A 5KKIA 5F9XA 4HJVA 5FELA 5D5FA 1KXYA 1RFPA 4H9AA 3WVXA 4DD9A 1BWJA 1IX0A 4HTQA 3WPJA 1ZVYB 4GLAA 4NGOA 5KXZA 5KXKA 2YSSC 4II8A 3CSZA 1TCYA 3CSQA 3A34A 1DQJC 1GF8A 2F30A 4DD2A 1IR8A 1C7PA 1GFRA 1REXA 3M18B 1UIGA 3P68A 1C43A 1B7LA 1DPWA 1LYOA 1JJ1A 1VDQA 3AGHA 3HBEX 4H94A 4NG1A 1INUA 5F16A 1WQOA 4P2EA 1OP9B 4CFPA 1P2CC 1QSWA 4OWBA 4YEMA 4NGJA 4TUNA 2BQFA 5LAFA 3B72A 1FBIX 3W6CA 2D91A 1VATA 1IR7A 1GB0A 4LYTA 3RU5A 4Z98A 3WPKA 1IOSA 3HBDA 1EQEA 1GFGA 3A95A 4LYCA 1BVXA 4W94A 3MGWA 1GWDA 3AZ4A 1E8LA 2B5ZA 5C6JA 2W1MA 2C8OA 3AJNA 4AGAA 1TDYA 4LT1A 1D6QA 3W6FA 5LXWA 1LZYA 5L3IA 4NGZA 1KIPC 2A7DA 2HEBA 1GBWA 1DI5A 4IASA 5HMJA 1LSAA 2DKVA 3WU7A 1LJJA 1WQNA 1ZVHL 2D4IA 1DKKA 1VEDA 2Y8PA 1GB6A 3A8ZA 6LYZA 8LYZA 1QQYA 2I25L 2LYZA 1LHJA 1GF6A 3CT0A 5HMVA 4GLVA 1IWTA 1JEFA 2MEDA 1UIFA 1IOQA 1D9UA 4ANRA 5B59A 3TMXA 1WTNA 4H8XA 5D5CA 4ETDA 1B7OA 1XGTC 1YAMA 2DQFC 4B1AA 2C8PA 1OUGA 4B0DA 4BAFA 5T3FA 4QEQA 3B0OA 1GPQC 4R6CA 4GCBA 1XFPL 2YBJA 1NBZC 3A92A 1QDTA 4LZTA 4DD3A 3B6LA 1RE2A 3LYTA 1GAZA 2D4KA 2Z2FA 4HTNA 4H9BA 1IOTA 4H9EA 1D6PA 1IC7Y 1CJ8A 1IC5Y 1JTTL 1QTEA 2MEBA 1LKSA 4WO9A 5B1GA 1YROA 2MEHA 4LFPA 1RCMA 4WG1A 1LJ4A 1A4VA 1TAYA 1ZMYL 1NF5A 1QUSA 1IWUA 1IWXA 1LSGA 3HFMY 3WULA 4RLMA 4ZFPA 1QDRA 1WQMA 1V7SA 3N9EA 1B5XA 3LZTA 4MSTA 3W3EA 3ZVQB 4Z41A 5APFA 3EBAB 4B49A 2YBIA 3A90A 2DQGY 3IJUA 3LYMA 5E9RA 2Z18A 1WVVA 3B0IA 2GV0A 3GXRA 1GFEA 3WH1A 3D3DA 1HFXA 1HELA 1BB3A 4H92A 1JKCA 4N9RA 4NGLA 2CJLA 1YAQA 1ZV5L 4XJDA 1TBYA 5I53A 3TXIA 4CHXA 1BQLY 1MELL 1DI4A 1UCOA 3EXDA 5I4WA 1LHLA 3A93A 1LMNA 4CGEA 2EQLA 4OWCA 1GBOA 5A3ZA 4I8SA 4PPOA 2H9KA 135LA 1DKJA 4C5FA 1CKDA 4RW1A 4XJFA 1IC4Y 4H90A 2FYCA 2F4GA 2LHMA 4LGKA 4WLDA 1B2KA 5KJ9A 4H91A 1LZ9A 1LJIA 2G4QA 1HENA 3ZEKA 3TMVA 4UWUA 3WYHA 3OK0A 1UIAA 2BLXA 5F81A 3AZ5A 1J1PY 4XJBA 1LSMA 5IDDA 3W6EA 2WARA 2ZQ4A 3BKHA 1LZGA 4AXTA 1UA6Y 4PJ2C 4YOPA 1GF7A 5M1YA 1GB9A 5LVIA 1KIQC 4WL6A 4DD7A 1IP2A 1JSEA 5ILFA 5B07A 2BQKA 3WUMA 4D9ZA 4B4IA 5KXWA 4Z3MA 1B0DA 1LMPA 1LMCA 4NHTA 1B5YA 5EBHA 3WUNA 4I0CA 1GFJA 3A96A 4DDAA 1HMLA 1IEEA 1IP7A 3WVYA 1AT6A 3OJPA 4LT3A 5DN4A 2BQAA 4LT2A 2BQNA 1LJKA 4LYZA 4HSFA 1IWVA 1VDSA 1B5UA 1XSFA 5LYZA 3KAMA 4M4OA 4NY5A 2BQBA 4NGVA 3W6AA 1LSFA 4DDBA 1H6MA 207LA 5C6IA 1GF4A 2EKSC 4H8YA 1FLUA 4XYYA 2FBBA 1WQPA 4NHPA 1IWWA 4YM8A 1LAAA 2ZIJA 3A94A 1FKQA 4A7DA 4DYGA 2W1LA 4XJGA 5F9UA 2CGIA 1JTOL 1JPOA 1SLYA 1BHZA 1UUZC 5I54A 1LZ6A 2LZ2A 4NIJA 2FBDA 5K7OA 133LA 1IO5A 4ZIXA 1QIOA 3AZ7A 3AB6A 3D9AC 4B4JA 1TEWA 2BQHA 5KKJA 3IJVA 1C46A 2BQEA 1VAUA 4WLTA 1LJGA 3RW8A 2Q0MX 4XJHA 1YILA 5I4XA 2CWIA 5HQ1A 1HEWA 1IP5A 3ATNA 134LA 1F6SA 2BQJA 4OOTA 2EPEA 9LYZA 1YQVY 1G7HC 4FDYA 2Z38A 1LSBA 1IR9A 2XBRA 4G49A 3WMKA 1YAPA 1PS5A 2HECA 1B7MA 5HNLA 1J1XY 5KXMA 2XJWA 3E3DA 4NGWA 2MECA 1KIRC 2YVBA 1GE4A 3A3QA 1GBXA 2XTHA 2ZQ3A 1GE1A 1B9OA 4DC4A 1KXXA 1OUCA 1DPXA 1LSCA 3G3BB 3BKVA 1BB6A 5KXYA 4HJYA 5FDJA 1HEPA 4H93A 2BAAA 1LZEA 4TSCA 4NHIA 3WU8A 2Z12A 1GAYA 3QY4A 3CQLA 3TMWA 4NEBA 2A7FA 1ALCA 1KXWA 4UWVA 1LJHA 5C6LA 1NQIA 2HTXA 5KXLA 1T3PA 4HP0A 5B05A 1AZFA 2BQCA 4YENA 1LJNA 2DQDY 5B1FA 132LA 3WW6A 1OUIA 4OW1A 5I5QA 3TXGA 1HSWA 1YKXX 4WM5A 5LYTA 1BVKC 1NHEA 1GF5A 1G7MC 1GEZA 4ETCA 1LSPA 1VDPA 3WU9A 1LYYA 4H9HA 1JIYA 5DLAA 5KXPA 5LVHA 2XBSA 1CNSA 1CKFA 1RJCB 1SQ2L 1CJ6A 4N8ZA 4TX7A 1XEJA 3AYQA 1WQRA 1LZTA 2YBHA 1YANA 2LZTA 3AW7A 4J1AA 193LA 3TXFA 2YBMA 3EO5A 2HU1A 4GN4A 5KXNA 4TTDA 3WW5A 1REZA 4KXIA 1OUHA 1YKZX 1FLYA 1C45A 2BQMA 1LSYA 4NSGA 1GDWA 1HC0A 3G3AB 1JISA 3TXJA 154LA 5II3A 4WOAA 1IVMA 1LZ4A 1BB4A 6LYTA 1DXJA 1VFBC 4XN6A 1NWGA 2ZIKA 1I56A 4LFXA 1IIZA 2ZYCA 5DM9A 5LYMA 1CJ7A 1MLCE 4NWHA 1PZYA 5KXSA 1LZ1A 1CKGA 4CJ2A 1GB3A 1GE0A 1VDTA 3WXTA 4WM1A 1NDMC 5LINA 1WVUA 4NGKA 4YEOA 5LA5A 1LJ3A 1FLQA 1OUBA 2I26L 1UIBA 4XJIA 2Z19A 4TWSA 1JKDA 3QNGA 1G7IC 1YAOA 4G9SA 4HPEA 4N0JA 5LA8A 1GE3A 1LCNA 3W6DA 1OQMA 3A67Y
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BLYA 2W1XA 169LA 1L92A 1LMQA 3WXUA 1D0KA 1CUPA 1L79A 103LA 1QTZA 4KT3A 1YIKA 4ET9A 4I7RA 1EQ5A 145LA 4ETAA 4LYOA 168LA 4GN5C 1OUFA 2BQGA 224LA 1OVJA 1YKYX 1T6HA 1C6DA 1XGUC 1L80A 3FI7A 3WUAA 1LZAA 1YL1X 2DQJY 4WO6A 1GXV2 2X0AA 4DAJA 122LA 4H8ZA 5FHWA 4YF2A 1LMTA 1N4FA 4RLNA 4L41A 231LA 2F2NA 5B06A 2MEGA 102LA 1L20A 4OOOA 1XEIA 4CFOA 1L33A 1B7PA 4R0FA 1JWRA 1SSWA 1L42A 1GFHA 1J1OY 247LA 1L21A 1LWGA 4LT0A 1CKHA 108LA 4G4CA 1XJTA 3LN2A 1JKBA 242LA 1LHKA 1B5ZA 1GFAA 2VB1A 4N5RA 232LA 2F4AA 1L06A 1AKIA 5LVGA 2LCBA 155LA 1GB2A 3GXKA 4RW2A 2RSCA 1H87A 1IY3A 221LA 1NHBA 1L13A 3A91A 5AMYA 1HERA 4MR1A 1BWIA 2EIZC 3VWOA 3P65A 1GFVA 1GEVA 1XEKA 2MEAA 2Z37A 1L88A 3N9CA 3QE8A 3FE0A 2RH1A 1QTBA 4I7JA 2HEFA 2LYOA 1BGIA 1LSZA 1REMA 1LHHA 185LA 3OE9A 234LA 4FJRA 1BWHA 4NFVA 4DKLA 4WM6A 2DQAA 4QY9A 2OE9X 4BS7A 3LHMA 250LA 2Z39A 1JJ3A 4EPFA 1W08A 4HV1A 3RT5X 2B6ZA 5IHGA 1LSEA 1JTPL 3ULRA 1OYUA 4WL7A 2DQCY 1B7QA 3UONA 4OWEA 1L19A 1JJ0A 5KXXA 2IGCA 2MEEA 1LHIA 253LA 4X3BA 1HMKA 5E4PA 3NY8A 2BQDA 3AGIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4BAP A;  4WLY A;  2H5Z A;  4DDC A;  1GB5 A;  2BLY A;  3LYO A;  5L9J A;  1LMA A;  4IJ4 A;  1HHL A;  2W1X A;  1LTM A;  3TXE A;  1LMQ A;  1UIE A;  4PRU A;  3WXU A;  1BB5 A;  1D0K A;  1G7L C;  3CT1 A;  1LOZ A;  1XGP C;  2D6B A;  1LYZ A;  1HFZ A;  4J0L A;  4GCF A;  1OUJ A;  1AM7 A;  3AZ6 A;  4KT3 A;  2BQL A;  1YIK A;  4ET9 A;  5LVJ A;  1EQ5 A;  4OWH A;  2MEI A;  4OWA A;  4NWE A;  2HEE A;  5ILC A;  4ETA A;  1GB8 A;  4LYO A;  4QDN A;  1B5V A;  2N5Z A;  7LYZ A;  4GN5 C;  4NHQ A;  1OUF A;  2BQG A;  1YKY X;  2D4J A;  1F6R A;  1GF0 A;  3LYZ A;  1OUA A;  1LZS A;  1HEQ A;  1XGU C;  4GN3 A;  1LZN A;  2PC2 A;  4XAD A;  4C3W A;  3FI7 A;  1LZC A;  3TXB A;  3WUA A;  1LZA A;  3RZ4 A;  1YL1 X;  1UAC Y;  1O23 A;  1JHL A;  1WTM A;  3LZ2 A;  3ZVQ A;  5IEL A;  5F14 A;  2DQI Y;  2DQJ Y;  1JKA A;  1GXV 2;  4WO6 A;  2X0A A;  1HEM A;  2H9J A;  4H8Z A;  5FHW A;  4YF2 A;  1LMT A;  1N4F A;  4RLN A;  1XGQ C;  1GF9 A;  1B5W A;  1JUG A;  4MCK A;  4O34 A;  4L41 A;  5I4Y A;  1DZB X;  3ATO A;  2F2N A;  4UWN A;  2FYD A;  4M6D A; 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 3WU8 A;  2Z12 A;  1GAY A;  3QY4 A;  3CQL A;  3TMW A;  4NEB A;  2A7F A;  1ALC A;  1KXW A;  4UWV A;  1LJH A;  5C6L A;  1NQI A;  2HTX A;  5KXL A;  1T3P A;  4HP0 A;  5B05 A;  1AZF A;  2BQC A;  4YEN A;  1LJN A;  2DQD Y;  5B1F A;  132L A;  3WW6 A;  1OUI A;  4OW1 A;  5I5Q A;  3TXG A;  1HSW A;  1YKX X;  4WM5 A;  5LYT A;  1BVK C;  1NHE A;  1GF5 A;  1G7M C;  1GEZ A;  4ETC A;  1LSP A;  1VDP A;  3WU9 A;  1LYY A;  4H9H A;  1JIY A;  5DLA A;  5KXP A;  5LVH A;  2XBS A;  1CNS A;  1CKF A;  1RJC B;  1SQ2 L;  1CJ6 A;  4N8Z A;  4TX7 A;  1XEJ A;  3AYQ A;  1WQR A;  1LZT A;  2YBH A;  1YAN A;  2LZT A;  3AW7 A;  4J1A A;  193L A;  3TXF A;  2YBM A;  3EO5 A;  2HU1 A;  4GN4 A;  5KXN A;  4TTD A;  3WW5 A;  1REZ A;  4KXI A;  1OUH A;  1YKZ X;  1FLY A;  1C45 A;  2BQM A;  1LSY A;  4NSG A;  1GDW A;  1HC0 A;  3G3A B;  1JIS A;  3TXJ A;  154L A;  5II3 A;  4WOA A;  1IVM A;  1LZ4 A;  1BB4 A;  6LYT A;  1DXJ A;  1VFB C;  4XN6 A;  1NWG A;  2ZIK A;  1I56 A;  4LFX A;  1IIZ A;  2ZYC A;  5DM9 A;  5LYM A;  1CJ7 A;  1MLC E;  4NWH A;  1PZY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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