197LA

Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core-repacking variants of t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEMAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTARTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords LYSOZYME
publication title Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core repacking variants of bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 197lA00
1KY0A 1L25A 1KW5A 3GUOA 1L66A 3RZEA 242LA 4LDEA 235LA 2RBRA 1CV5A 1TLAA 1L16A 1T8GA 1LPYA 3G3VA 185LA 1XJTA 2ANXA 2B6XA 3HT6A 1CU2A 1C6DA 211LA 1D2YA 4S0WA 1L91A 2HUKA 3SN6R 1L00A 2OU8A 1C6PA 1L36A 3DMVA 3FADA 3OE6A 4I7NA 1L56A 2QB0B 3DN8A 3SB7A 1CUPA 2O79A 4EXMA 1L90A 1LYJA 126LA 239LA 245LA 180LA 1L34A 234LA 2Q9DA 3SBAA 181LA 3C81A 246LA 1QSBA 1QS5A 1C6IA 3V2WA 175LA 198LA 3VW7A 253LA 6LZMA 158LA 238LA 252LA 4I7LA 1L97A 2LZMA 2RH1A 1QUOA 1L95A 2OE7X 128LA 139LA 2O7AA 4PJZA 254LA 151LA 1L30A 1C6EA 4YXCA 1D3JA 4AQNA 2NTHA 3FI5A 1L13A 176LA 1L57A 1L94A 1LYIA 213LA 1QT5A 3HH3A 3F8VA 173LA 1T6HA 3HTGA 147LA 177LA 2B7XA 171LA 2OE4X 3GUMA 1OYUA 3D4SA 1C6QA 1C63A 1D3MA 1LI2A 3PBLA 4LZMA 1L86A 1SSYA 1L33A 2B70A 3NY9A 4W54A 1CU3A 255LA 4W55A 1OV7A 2B6YA 1ZWNA 1CU5A 1L31A 3HDFA 3GUJA 1CUQA 257LA 1P3NA 2Q9EA 4I7RA 1L98A 1KS3A 1L42A 212LA 222LA 1L88A 4K5YA 1L92A 1LW9A 3L2XA 197LA 3C82A 261LA 1CV3A 109LA 241LA 191LA 1L49A 1C65A 166LA 1CV6A 4GRVA 1G0PA 167LA 1LYGA 3DN3A 3CDTA 1L19A 1L93A 1LI3A 1C6BA 2LC9A 4IAPA 1L04A 1QUDA 4ARMA 2LCBA 243LA 1L62A 1L99A 1L68A 219LA 110LA 1NHBA 3DN6A 2ANVA 2HUMA 4EJ4A 1ZYTA 3FA0A 189LA 2B73A 1G0QA 1JTMA 3GULA 3V2YA 1L17A 3QAKA 3CDRA 169LA 2B6WA 115LA 2RBNA 2Z6BA 1SWZA 4EPIA 1P46A 1G0KA 248LA 1L44A 1DYFA 172LA 5LZMA 258LA 1L28A 3C7WA 1CV4A 3C7ZA 3HDEA 3GUNA 1QT7A 3HUAA 1G06A 1P2RA 137LA 122LA 170LA 4ARPA 3F9LA 214LA 1C66A 1L54A 2NTGA 3SB8A 4DJHA 2O4WA 4EKSA 1L24A 1P36A 3HT9A 1L50A 1L52A 1P64A 1PQDA 161LA 3DMXA 3HTBA 1EPYA 1P2LA 1L46A 1L05A 4LDOA 141LA 1QTDA 1C69A 1DYEA 1P37A 1C6TA 1DYGA 3HT7A 4I7MA 262LA 3OE0A 4EKQA 138LA 4GBRB 2B75A 1L89A 1L27A 4I7SA 1QT3A 1LI6A 1LYEA 1OVJA 1C62A 113LA 178LA 3PDSA 4DAJA 231LA 1QT6A 1L18A 1OVKA 2RBQA 130LA 2OU0X 1L60A 228LA 157LA 1L23A 1C6KA 205LA 1L45A 209LA 1DYAA 1L87A 163LA 174LA 1L83A 236LA 3G3WA 1C6LA 3SBBC 3G3XA 1C6CA 1L41A 249LA 1QSQA 1QTVA 192LA 107LA 1KNIA 4ARJA 1QT4A 4YX7C 143LA 3EMLA 4YXAC 1QTZA 259LA 114LA 3DN1A 1D9WA 1P5CA 1P56A 144LA 1CU0A 1CVKA 1L21A 120LA 1L51A 224LA 1L07A 1OV5A 165LA 1G07A 187LA 1C60A 1L75A 140LA 4W53A 3SB9A 3C8SA 1L08A 4ARMB 200LA 3HTDA 148LE 3L64A 1L43A 2RB2X 1LYFA 4ARQA 1L09A 1SX2A 1PQOA 1L02A 4OO9A 104LA 232LA 4LDLA 1L37A 1XJUA 1L38A 1L67A 1P6YA 3C83A 1CV1A 1XEPA 1QTBA 3C8RA 1L06A 1WTHA 3CDOA 1L84A 182LA 118LA 1LGWA 1SWYA 4EKPA 1OVHA 103LA 1ZURA 1G0MA 1C67A 1L72A 1C6JA 1DYCA 1L77A 237LA 2RAZX 3DMZA 1CX6A 4E97A 1L55A 1LYDA 210LA 226LA 1LLHA 256LA 2A4TA 2RB1X 1LYHA 1L29A 1L74A 4ZPUA 1L35A 4W57A 247LA 1K28A 1L01A 1L82A 190LA 3OE8A 230LA 4I7KA 1T8FA 2CUUA 119LA 3HUKA 162LA 240LA 2IGCA 244LA 1G0GA 1D2WA 5I14A 4EKRA 2OU9A 1OWZA 131LA 155LA 4W56A 1QUGA 156LA 3HH6A 3OE9A 4I7JA 3RUNA 1LWKA 3LZMA 221LA 1L0KA 225LA 3GUKA 2B6ZA 3SB5A 1PQIA 3HH5A 184LA 1L32A 2OEAX 2RBPA 195LA 1QT8A 4W59A 1KW7A 1L11A 216LA 1L70A 1L63A 3JR6A 1L71A 2RBSA 1L47A 196LA 1G0JA 3HT8A 112LA 2RAYX 233LA 3HUQA 1PQJA 1I6SA 2QARC 1C6GA 1G1VA 3SB6A 1L40A 1L15A 229LA 3GUPA 3K2RA 1G1WA 1LWGA 215LA 1SX7A 129LA 2F32A 4W52A 150LA 1CTWA 168LA 1JTNA 127LA 1L12A 1CX7A 1L14A 1C68A 1C64A 4DKLA 4I7TA 2OTZX 217LA 3GUIA 188LA 227LA 1QS9A 3DN4A 1L69A 1L22A 160LA 3C7YA 2L78A 260LA 199LA 123LA 1OWYA 1D3FA 1L10A 1L48A 146LA 3HU9A 1L76A 164LA 1L39A 1JQUA 1L81A 111LA 3ODUA 108LA 183LA 1LGUA 1PQKA 4ARQB 1L64A 102LA 1C6NA 1L80A 250LA 1LGXA 7LZMA 223LA 2F2QA 201LA 1DYDA 1L61A 1L53A 2B74A 1P7SA 1L26A 1CU6A 149LA 4PK0A 159LA 1B6IA 4ARLA 1D3NA 1SSWA 2B72A 3DN0A 251LA 1L73A 2OTYX 3UONA 3HU8A 218LA 1QTCA 2B6TA 1QTHA 1T97A 2F47A 1KY1A 1PQMA 125LA 1L79A 1C6FA 3HH4A 3DNAA 1L85A 1T8AA 1QUHA 3C80A 4W51A 4I7QA 142LA 1CV0A 4I7PA 1G0LA 186LA 1C6MA 3DKEX 1L65A 152LA 1L58A 3C8QA 4I7OA 1C6HA 3CDVA 3HTFA 1L59A 1DYBA 1L0JA 3CDQA 3NYAA 1C61A 2OE9X 2HULA 1L20A 1L96A 220LA 4EPFA 145LA 4W58A 3HWLA 3NY8A 2RBOA 206LA 1L03A 2RB0X 1C6AA 3DN2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BVXA 4GN4A 153LA 1WQRA 1KW5A 4LYMA 3RZEA 4LDEA 1CV5A 1L16A 3TXEA 3G3VA 1DKJA 2ANXA 3ZEKA 2B6XA 3HT6A 4WM6A 1C6DA 1D2YA 3SN6R 2HUKA 5DM9A 208LA 3FADA 3OE6A 1W08A 2DQAA 1XSFA 3DN8A 1JUGA 1O23A 2MEFA 4EXMA 2N5ZA 4WLYA 126LA 3MGWA 1D9UA 181LA 3C81A 1QSBA 4DDBA 1OUIA 4LZTA 3V2WA 5LVGA 5C6IA 3VW7A 4NFVA 4P2EA 238LA 2BQMA 7LYZA 1BQLY 2RH1A 5KXRA 128LA 1AM7A 4IJ4A 3FI5A 1B7NA 213LA 4WM2A 3HH3A 1DXJA 3F8VA 173LA 1FLWA 1LI2A 2YBIA 1SSYA 2B70A 3NY9A 1CU3A 4W55A 1LMPA 2C8PA 1L31A 1FDLY 2ZQ3A 1LZBA 1L98A 1BB3A 1L42A 1L88A 4K5YA 1IP6A 5A3EA 1REMA 3RNXA 5KKJA 3C82A 3AW7A 2A7FA 3LYMA 1FLQA 1C65A 1JKDA 1CV6A 1G0PA 3HBDA 3DN3A 1LI3A 1L04A 1QUDA 3EMSA 1LJJA 1LZ5A 2YVBA 1JJ1A 3A3QA 1LSZA 1BWIA 2ANVA 2HECA 4EJ4A 1KXWA 1LZYA 4OWBA 3A91A 2MEGA 3LYOA 1ZVHL 1J1OY 1L17A 2Z2FA 2BLYA 3CDRA 1GFEA 2Z6BA 248LA 2BQFA 1L28A 2D4KA 4XJHA 3HDEA 5HLLA 4NGWA 5T3FA 5DLAA 1LYOA 4ARPA 3F9LA 3A93A 1C66A 1L54A 2NTGA 2YDGA 4DD0A 1L24A 4NWEA 1L50A 1L52A 1P64A 161LA 3ATNA 5LYZA 4XYYA 1P2LA 1L46A 1IOSA 5KXWA 141LA 1QTDA 1P37A 3QY4A 4I7MA 262LA 1W6ZA 1LOZA 4EKQA 4MSTA 4U3XB 1DZBX 4YOPA 1L27A 3BKHA 1QDTA 4NEBA 1GD6A 1LJ3A 5M1YA 1GF9A 1OVJA 113LA 4WLXA 4DAJA 2LYMA 4TWSA 5B05A 157LA 1L23A 1LHMA 3F6ZA 5HNLA 1G7LC 1LZ4A 5C6LA 2DQJY 1L87A 163LA 1DKKA 1L83A 4H92A 1C6CA 249LA 3AYQA 3VWOA 1JWRA 5IHGA 1GPQC 1XGUC 193LA 4TUNA 4YX7C 1ALCA 1VEDA 1LMOA 1HEPA 3A67Y 3WU8A 1LJFA 1P56A 2RSCA 5KXYA 1CVKA 1L21A 120LA 1LHLA 1L51A 4WL7A 4NHIA 1A4VA 1L75A 4KXIA 3CT5A 4W53A 3C8SA 1A2YC 1YAMA 4ARMB 200LA 148LE 1SX2A 1PQOA 1CJ8A 104LA 4LDLA 4RDSA 1L37A 3A34A 3J4GA 1LHIA 3ZVQA 1XEJA 1QTBA 1XGTC 2HTXA 1L84A 4RLNA 118LA 3WPLA 1BHZA 3AZ5A 4NHTA 5LYTA 1G0MA 1C67A 1L72A 1G7HC 2HEBA 4LYBA 1C6JA 1RE2A 3WPJA 1LYDA 4E97A 210LA 4Z3MA 1CNSA 4NG1A 3WVYA 3AJNA 1QIOA 1IOTA 1LJHA 1YKYX 4WOAA 4I7KA 2CUUA 3HUKA 5E4PA 1B0DA 1B2KA 1HHLA 3ATOA 1LMCA 4GCBA 5I14A 2W1LA 4EKRA 2G4PA 1D6PA 4LT0A 2BQDA 156LA 3KAMA 1GB6A 3OE9A 3RUNA 5LAFA 1LWKA 1GAZA 5FDJA 221LA 5I4XA 1IWVA 4H9HA 2YBJA 1LJGA 1GB7A 2MECA 4H8ZA 5DL9A 1REXA 195LA 1LYZA 4W59A 216LA 1L11A 2W1MA 2DQEY 4DD7A 2LZTA 5LVHA 1INUA 4RW2A 3HT8A 112LA 1OUEA 1PQJA 4PGJB 1C6GA 3SB6A 1CJ7A 3K2RA 4WLTA 5LYMA 1G1WA 4NG8A 1LSYA 1HELA 1JTNA 4NGKA 3AZ7A 1GBWA 1L14A 1IP3A 1IC5Y 5HMVA 1C64A 4DKLA 5DN5A 1QS9A 2Z12A 1LHJA 1L22A 3C7YA 2L78A 199LA 3WVXA 1D3FA 1J1XY 1L48A 4ML7A 1UIBA 1FLYA 4YF2A 2DBTA 111LA 4N1CC 2HUBA 3GXRA 1GWDA 1LPIA 3WULA 1XGPC 5KXNA 4ZFPA 1DYDA 4WLDA 1LKSA 1L61A 1B7QA 4PK0A 159LA 5II3A 1GF4A 2ZNWY 4NSHA 5I4YA 2B72A 4N5RA 2Z2EA 1GB8A 1L73A 2OTYX 3EBAB 1QTCA 4GCDA 4XENA 1QTHA 1TEWA 5B06A 1F0WA 1JTOL 3A96A 4II8A 4N8ZA 1C6FA 4YEMA 1T8AA 3C80A 4YM8A 1V7TA 1CV0A 2ZILA 4I7PA 2CWIA 1C6MA 4QGZA 5E9RA 1ZVYB 2DKVA 3N9CA 4OOTA 4Z41A 5FELA 1IP5A 3WXTA 3CDVA 1L59A 1DYBA 3NYAA 4NGOA 2OE9X 1L20A 3SP3A 4IASA 4LFPA 4NGLA 2RBOA 1DQJC 1L03A 3TMWA 4HP0A 4X3BA 242LA 1GDWA 132LA 2RBRA 1LPYA 185LA 1NDGC 1GF5A 3CT0A 2Y8PA 1L00A 4NSJA 2OU8A 1L36A 2ZNXY 1LHKA 1YROA 4H9FA 1YKXX 5F9XA 4GCCA 3SB7A 1KXYA 5KXOA 1LYJA 3WH1A 3J6KA 239LA 1B7SA 1JISA 180LA 2W1XA 3WPKA 3SBAA 1XGRC 1QS5A 1C6IA 1MLCE 5LA5A 1YILA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1BVX A;  4GN4 A;  153L A;  1WQR A;  1KW5 A;  4LYM A;  3RZE A;  4LDE A;  1CV5 A;  1L16 A;  3TXE A;  3G3V A;  1DKJ A;  2ANX A;  3ZEK A;  2B6X A;  3HT6 A;  4WM6 A;  1C6D A;  1D2Y A;  3SN6 R;  2HUK A;  5DM9 A;  208L A;  3FAD A;  3OE6 A;  1W08 A;  2DQA A;  1XSF A;  3DN8 A;  1JUG A;  1O23 A;  2MEF A;  4EXM A;  2N5Z A;  4WLY A;  126L A;  3MGW A;  1D9U A;  181L A;  3C81 A;  1QSB A;  4DDB A;  1OUI A;  4LZT A;  3V2W A;  5LVG A;  5C6I A;  3VW7 A;  4NFV A;  4P2E A;  238L A;  2BQM A;  7LYZ A;  1BQL Y;  2RH1 A;  5KXR A;  128L A;  1AM7 A;  4IJ4 A;  3FI5 A;  1B7N A;  213L A;  4WM2 A;  3HH3 A;  1DXJ A;  3F8V A;  173L A;  1FLW A;  1LI2 A;  2YBI A;  1SSY A;  2B70 A;  3NY9 A;  1CU3 A;  4W55 A;  1LMP A;  2C8P A;  1L31 A;  1FDL Y;  2ZQ3 A;  1LZB A;  1L98 A;  1BB3 A;  1L42 A;  1L88 A;  4K5Y A;  1IP6 A;  5A3E A;  1REM A;  3RNX A;  5KKJ A;  3C82 A;  3AW7 A;  2A7F A;  3LYM A;  1FLQ A;  1C65 A;  1JKD A;  1CV6 A;  1G0P A;  3HBD A;  3DN3 A;  1LI3 A;  1L04 A;  1QUD A;  3EMS A;  1LJJ A;  1LZ5 A;  2YVB A;  1JJ1 A;  3A3Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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