213LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNAQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 213lA00
1PQDA 3LZMA 4S0WA 4GRVA 2L78A 4LDLA 2B6WA 1DYDA 1L61A 173LA 184LA 4EKRA 138LA 127LA 3GUOA 3GUNA 3GUJA 3OE8A 152LA 2Q9EA 1C63A 1L88A 3V2WA 1L08A 1L07A 123LA 1L12A 107LA 3DMZA 1L98A 1L86A 1SSYA 3SB9A 1G06A 1KY0A 2LC9A 1C6PA 250LA 3CDOA 1LWGA 3SB5A 1C6CA 1QT5A 4AQNA 214LA 172LA 1ZURA 149LA 146LA 2B73A 1C6QA 244LA 1L0JA 122LA 1CUPA 1L48A 257LA 4DJHA 1L55A 2ANXA 3DN4A 159LA 1SWYA 3RZEA 4LDOA 1C66A 1L18A 1KNIA 221LA 3OE0A 1LYHA 2RB1X 1LGXA 2B72A 3HTDA 1KW7A 1CV5A 4W56A 1OV7A 4EJ4A 1SWZA 148LE 1QSBA 1L63A 242LA 163LA 3DN6A 3C7ZA 1L84A 4YXAC 162LA 234LA 1L58A 1KY1A 4YX7C 1DYGA 1C6BA 1L29A 175LA 1C61A 1P37A 4W53A 191LA 1QT8A 3HU8A 109LA 165LA 1L95A 1T6HA 1LW9A 3VW7A 155LA 1SX2A 4ARQA 1B6IA 1L73A 1G0QA 1C60A 1L44A 247LA 4LZMA 1CU0A 1JTMA 112LA 1C6FA 1L13A 1L43A 1C6DA 1CU2A 2NTHA 4I7LA 4W57A 237LA 1QS9A 1L94A 1OYUA 3HT6A 178LA 157LA 3OE6A 1G1WA 1CX6A 1D3JA 249LA 3DKEX 1L56A 1L27A 230LA 1PQJA 2HUMA 2NTGA 197LA 3NYAA 3GUIA 3HU9A 3HUQA 2LZMA 190LA 1G0JA 1L42A 3F9LA 220LA 258LA 3D4SA 3C81A 143LA 3NY8A 224LA 1QUOA 1DYEA 1OV5A 4I7NA 1LWKA 4I7SA 3GUPA 3DNAA 2O7AA 1PQKA 4E97A 1L74A 1L26A 171LA 2B6ZA 140LA 3C83A 4ZPUA 1L68A 1C6JA 4OO9A 1L66A 1L99A 1K28A 177LA 1L91A 246LA 1C69A 3HTGA 1L53A 1PQIA 1LYEA 1P64A 4DAJA 3CDQA 1CV1A 1G0MA 2OTZX 1QTHA 3L64A 1EPYA 3C8RA 1L45A 3FADA 3SB8A 2RBQA 254LA 1CU6A 1P3NA 3QAKA 1L70A 1LYDA 4W54A 103LA 1QTBA 3HUAA 7LZMA 3SB6A 115LA 3GUKA 4ARMA 2OU9A 1P46A 150LA 164LA 3GULA 228LA 1LYGA 3SBAA 1L75A 1QUHA 1PQMA 1L37A 2OU8A 2B75A 206LA 147LA 1C6TA 3OE9A 1CU3A 1NHBA 3CDVA 240LA 3HH4A 3HT8A 3SBBC 211LA 233LA 1L40A 2B7XA 1L77A 1L85A 3HDFA 251LA 1QT7A 1XJUA 1L60A 1QTDA 4W51A 1JQUA 130LA 110LA 227LA 2F32A 1WTHA 1OWZA 1L52A 205LA 201LA 1CX7A 1C6NA 245LA 145LA 218LA 1I6SA 1C6HA 4ARPA 141LA 111LA 1LGUA 1L62A 3F8VA 1QTVA 1L79A 229LA 1QT4A 128LA 2RBNA 232LA 168LA 1L82A 3C8SA 156LA 2B70A 2RBPA 3C80A 1T8FA 1T97A 2Q9DA 188LA 1L64A 4I7OA 1C64A 4I7RA 1D2WA 1L92A 200LA 1L34A 1DYBA 3PDSA 3EMLA 1L36A 176LA 1L05A 1L81A 1D3MA 4ARMB 1L54A 1ZWNA 259LA 167LA 1LYFA 3C8QA 5I14A 239LA 4W55A 3DN3A 4GBRB 181LA 1L71A 1L03A 1L49A 174LA 1L21A 3C82A 1L67A 226LA 243LA 2A4TA 1L17A 1D3FA 241LA 4I7PA 3HWLA 1LI2A 1P56A 2QARC 1L11A 114LA 3FA0A 4EPFA 236LA 2IGCA 166LA 151LA 3HT9A 144LA 1QSQA 1L65A 252LA 131LA 1G0LA 1LLHA 2RB2X 1P36A 4W59A 3V2YA 238LA 2O79A 3L2XA 192LA 3DMVA 1D9WA 4ARJA 2RBOA 2RAZX 1L93A 225LA 4K5YA 120LA 160LA 161LA 1L47A 3NY9A 1JTNA 1L10A 4ARQB 1DYAA 1L96A 3DN8A 1L25A 1L06A 1P5CA 1L38A 1C65A 2QB0B 118LA 198LA 1L59A 2B6XA 2ANVA 1LYJA 1OWYA 113LA 1ZYTA 1P2LA 1QTCA 1PQOA 2OU0X 3K2RA 1TLAA 217LA 104LA 1LYIA 3DMXA 1C6AA 3G3WA 1P2RA 2RBSA 256LA 1CVKA 1G07A 1QUDA 255LA 2LCBA 1C6MA 1SSWA 1CV0A 4I7KA 4DKLA 216LA 142LA 2B6TA 1G0PA 1QT3A 3JR6A 4I7JA 1C6GA 2RH1A 1L0KA 126LA 3FI5A 1L15A 4ARLA 1L35A 119LA 3HH6A 1C6EA 2Z6BA 2B6YA 3HH5A 3C7WA 4PK0A 183LA 2F47A 1CUQA 2OEAX 1L57A 2HULA 3C7YA 1QTZA 3DN2A 4YXCA 1L50A 210LA 1L20A 1C6LA 4I7QA 260LA 2OE7X 158LA 1L23A 1KW5A 4W52A 2RAYX 1C62A 1L00A 1SX7A 1D3NA 1L04A 1QT6A 185LA 3UONA 1L69A 212LA 3DN0A 4IAPA 1C67A 196LA 1CV6A 1L33A 262LA 4I7MA 1C6KA 1L32A 4EKSA 1P7SA 1OVKA 213LA 1QUGA 1LPYA 3G3VA 4I7TA 1L14A 1L80A 248LA 2RB0X 189LA 4W58A 1G0GA 139LA 1L01A 1L30A 4EKQA 3G3XA 223LA 1CV3A 1L97A 2OE4X 1CTWA 3RUNA 2OE9X 4EPIA 1L02A 1L90A 1CV4A 2OTYX 1L09A 186LA 199LA 3HTFA 1L24A 3PBLA 2B74A 195LA 3HT7A 1L28A 2RBRA 1DYFA 3DN1A 1G0KA 3SN6R 2CUUA 170LA 1P6YA 1QS5A 3GUMA 1OVJA 253LA 3ODUA 1L83A 1LI3A 1T8AA 1L51A 1XJTA 1LGWA 215LA 231LA 1L31A 1XEPA 1L89A 3HTBA 1L19A 187LA 137LA 102LA 209LA 235LA 2HUKA 5LZMA 1L46A 6LZMA 129LA 169LA 219LA 1L39A 125LA 2O4WA 261LA 108LA 1L41A 180LA 2F2QA 3CDTA 1LI6A 4LDEA 1OVHA 1L22A 1C68A 3HDEA 1L72A 3HUKA 1KS3A 1T8GA 1DYCA 1D2YA 3SB7A 1L16A 222LA 4EKPA 1L87A 1CU5A 1G1VA 3CDRA 3HH3A 4PJZA 1L76A 4EXMA 1C6IA 182LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4S0WA 3A95A 4Z46A 5KXLA 1HMLA 1OUGA 3G3AB 4CJ2A 1L61A 1RE2A 4EKRA 127LA 3GUJA 3V2WA 6LYTA 1BWHA 3DMZA 4RDSA 1SSYA 4OW1A 1QUSA 1B7LA 3SB5A 1OUEA 4H8XA 3WPLA 1IWYA 1ZURA 149LA 146LA 4YF2A 1IVMA 2IFFY 4ZIXA 1LOZA 2ANXA 1B7SA 4MCKA 3RZEA 1JIYA 5B59A 1JKAA 3VWOA 221LA 1GEZA 4HTKA 2H5ZA 1BWIA 4PJ2C 148LE 3SP3A 1QSBA 242LA 3DN6A 1DPWA 4LZTA 162LA 1LYZA 1L29A 1RCMA 3WU9A 4WLXA 5B07A 4KPMA 3B72A 1QT8A 109LA 5I53A 4GN3A 1C60A 4C5FA 1C6DA 2GV0A 4W57A 2DQIY 1OYUA 1AT5A 157LA 1VDPA 4MR1A 5DN4A 1IWVA 1G1WA 1D3JA 249LA 3DKEX 194LA 4X3BA 1GEVA 1G7IC 5C6JA 197LA 3NYAA 3WVYA 4NGIA 1GHLA 3HUQA 2XBSA 1YL1X 1HC0A 1L42A 2Z2FA 1D6QA 1FDLY 4NHPA 3C81A 4LYOA 1IWZA 4I7NA 4NGOA 5F9XA 1NQIA 3DNAA 2O7AA 3WH1A 1LZNA 1GFVA 1NDGC 5I4XA 3RNXA 171LA 1C43A 5IDDA 1C6JA 4M4OA 2LYOA 1L99A 177LA 1C69A 3HTGA 1PQIA 1UIEA 1P64A 1LMCA 4GCBA 3CQLA 4NSIA 1AM7A 1LSBA 4G4BA 3IJVA 3TXGA 4OWHA 254LA 3OK0A 1CU6A 3QAKA 1AT6A 1L70A 1SLYA 5LIOA 103LA 1QTBA 4WM4A 2DBTA 1OUIA 3GULA 1LYGA 1E8LA 1L75A 4H8ZA 1QUHA 1L37A 1LMOA 2B75A 5KXNA 1LMTA 3ATNA 5KXTA 1C45A 2HEAA 3OE9A 4YEOA 1DKJA 3CDVA 4Z98A 4LT1A 3WUNA 4HV1A 3HH4A 1B7MA 1B7NA 1QDTA 4NSGA 4O34A 1BB7A 4B4JA 251LA 1QT7A 3F6ZA 1IP5A 1GFAA 3LZTA 5C6IA 2F32A 2ZQ4A 1WTHA 5KXWA 1INUA 205LA 1CX7A 1NMMA 4HSFA 111LA 2Z37A 229LA 2W1XA 2BQHA 2Q9DA 1HEMA 3IJUA 1OUFA 5ILFA 4NGJA 4TTDA 4NGYA 3CT1A 1C64A 1LJNA 1P2CC 1GB2A 4NGWA 2HU3A 1REXA 1CJ8A 4CGEA 1NWGA 1ZWNA 259LA 4ETEA 1LYFA 1UA6Y 1WTNA 4XJGA 1GF4A 1XEKA 1L71A 1GFRA 1L03A 5DLAA 1L21A 2H9JA 1L67A 2A4TA 3TXJA 1QQYA 1HEOA 4DDCA 3FA0A 4EPFA 4H9BA 166LA 1H87A 151LA 4DD3A 5APEA 1IP1A 1DI4A 3P66A 5KXRA 131LA 1G0LA 2RB2X 1P36A 1CKFA 192LA 1G7LC 1D6PA 4DDAA 1TEWA 4ARJA 1LSDA 5DN5A 1LMNA 120LA 160LA 1L47A 3CT5A 4N5RA 4LFXA 2Q0MX 1JITA 4I8SA 1YKYX 118LA 1D0LA 1W08A 3AYQA 2H9KA 1B5VA 217LA 1LYIA 3DMXA 1C6AA 5LYZA 3HBHA 1REMA 1QUDA 2W1MA 4GLVA 1JJ1A 1C6MA 1CV0A 4I7KA 4DKLA 1CKCA 4BAPA 3LZ2A 1QT3A 3A90A 3AGIA 1L0KA 153LA 1GBXA 4DD0A 134LA 2BQIA 119LA 5FEKA 4U3XB 2B6YA 3HH5A 2PC2A 1UC0A 1YKZX 2OEAX 1L50A 1C6LA 1JPOA 1LMQA 4Z41A 1QSAA 1GFHA 1KW5A 1GB9A 3LN2A 1KXWA 5ILCA 1QT6A 1L04A 2IHLA 4BAFA 1C67A 1L33A 262LA 4J0LA 5FCPA 1C6KA 4EKSA 1P7SA 4XENA 1OVKA 213LA 3WW5A 4ET8A 1YAMA 3G3VA 4TWSA 1B5WA 248LA 1LZAA 189LA 2X0AA 4H9CA 1G0GA 223LA 1L97A 2OE4X 2OE9X 4DD1A 1WQQA 4NGZA 1B5XA 1L09A 4NHSA 3W6CA 4NHIA 4WOAA 1IWXA 1DYFA 3ZVQA 2BAAA 1I56A 2BQFA 5A3EA 1WQOA 4LYMA 2BQKA 215LA 3QNGA 4PHIA 231LA 1G7JC 3HTBA 187LA 1EL1A 1TCYA 4YOPA 102LA 5LZMA 2HUKA 1L46A 129LA 5L9JA 4G49A 4H9FA 125LA 1HNLA 261LA 3RZ4A 5LVHA 1C46A 3CDTA 3EMSA 1T8GA 1DYCA 2BQDA 3CDRA 1UIAA 4PJZA 1L76A 4CFPA 182LA 3LZMA 3WULA 3KAMA 1DYDA 4NGKA 4NG1A 138LA 4N1EI 3GUOA 4UWVA 1BB5A 4OOTA 2Q9EA 1C63A 1HHLA 1KIPC 1L07A 123LA 3SB9A 1G06A 3W6DA 2LC9A 4AXTA 1FKVA 1QT5A 4AQNA 1HFYA 172LA 2Z39A 1HSXA 2B73A 2FBBA 1JJ0A 1CUPA 1L48A 1GFEA 4IASA 5F16A 3T36A 4R6CA 1GFUA 3P4ZA 2F2NA 3OE0A 3W3EA 6LYZA 2B72A 1KW7A 1LSZA 4EJ4A 5I5QA 5HNLA 135LA 3C7ZA 1B9OA 5APDA 1L58A 1KY1A 4YX7C 1DYGA 1C6BA 3TMWA 1XGUC 1C61A 1P37A 4PPOA 191LA 3RU5A 2XTHA 1LW9A 1LSAA 4ARQA 1WQPA 1B6IA 1G0QA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4S0W A;  3A95 A;  4Z46 A;  5KXL A;  1HML A;  1OUG A;  3G3A B;  4CJ2 A;  1L61 A;  1RE2 A;  4EKR A;  127L A;  3GUJ A;  3V2W A;  6LYT A;  1BWH A;  3DMZ A;  4RDS A;  1SSY A;  4OW1 A;  1QUS A;  1B7L A;  3SB5 A;  1OUE A;  4H8X A;  3WPL A;  1IWY A;  1ZUR A;  149L A;  146L A;  4YF2 A;  1IVM A;  2IFF Y;  4ZIX A;  1LOZ A;  2ANX A;  1B7S A;  4MCK A;  3RZE A;  1JIY A;  5B59 A;  1JKA A;  3VWO A;  221L A;  1GEZ A;  4HTK A;  2H5Z A;  1BWI A;  4PJ2 C;  148L E;  3SP3 A;  1QSB A;  242L A;  3DN6 A;  1DPW A;  4LZT A;  162L A;  1LYZ A;  1L29 A;  1RCM A;  3WU9 A;  4WLX A;  5B07 A;  4KPM A;  3B72 A;  1QT8 A;  109L A;  5I53 A;  4GN3 A;  1C60 A;  4C5F A;  1C6D A;  2GV0 A;  4W57 A;  2DQI Y;  1OYU A;  1AT5 A;  157L A;  1VDP A;  4MR1 A;  5DN4 A;  1IWV A;  1G1W A;  1D3J A;  249L A;  3DKE X;  194L A;  4X3B A;  1GEV A;  1G7I C;  5C6J A;  197L A;  3NYA A;  3WVY A;  4NGI A;  1GHL A;  3HUQ A;  2XBS A;  1YL1 X;  1HC0 A;  1L42 A;  2Z2F A;  1D6Q A;  1FDL Y;  4NHP A;  3C81 A;  4LYO A;  1IWZ A;  4I7N A;  4NGO A;  5F9X A;  1NQI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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