1ZURA

Crystal structure of spin labeled t4 lysozyme (v131r1f)
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAACNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Crystal structure of spin labeled T4 Lysozyme (V131R1F)
rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-05-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1zurA00
1LGXA 1QTDA 3DN8A 3HT6A 3GULA 2NTGA 1B6IA 1XJTA 3HUQA 1C6JA 1L97A 1L98A 1D2WA 4W55A 1KW5A 1KNIA 2OU8A 3SBAA 3JR6A 1QT5A 1G07A 1L59A 229LA 171LA 1P2RA 1L02A 3DN0A 1CU0A 2LZMA 185LA 1LYHA 246LA 3HH3A 147LA 1L60A 1QT6A 1L15A 1L40A 1L11A 1QTBA 1QTCA 4W54A 1L28A 250LA 4YXAC 215LA 127LA 4I7JA 1C6KA 3FI5A 3HH4A 1L54A 1QT3A 199LA 3L2XA 206LA 5LZMA 4I7KA 1L49A 150LA 1ZYTA 1OVHA 2LC9A 184LA 3OE8A 1C6BA 183LA 4I7OA 191LA 3C80A 236LA 235LA 3SB8A 1L22A 141LA 1L95A 1L52A 1C60A 220LA 1QSBA 168LA 4ARQB 3HTGA 3C7ZA 1KY0A 3C82A 3G3WA 128LA 4K5YA 1SSWA 1K28A 3HU9A 156LA 2CUUA 4W59A 1L75A 4I7QA 2ANVA 248LA 126LA 4GBRB 177LA 1L45A 1PQIA 3NYAA 3SBBC 201LA 1L01A 4S0WA 1L07A 3HWLA 1CV0A 1SX7A 3DNAA 2RB0X 2B6YA 4EPFA 1I6SA 234LA 2OU9A 182LA 1L08A 232LA 4DKLA 1LYFA 1P56A 1LI3A 1PQOA 1G0LA 209LA 3G3XA 3GUPA 249LA 3C7WA 4W53A 1JQUA 1SSYA 181LA 1G0QA 1L47A 1P46A 131LA 238LA 1CX7A 244LA 2RBRA 1L34A 172LA 4I7TA 1L12A 1L53A 112LA 1SX2A 2OU0X 1L36A 3HT9A 1L17A 1L71A 200LA 175LA 3DN6A 222LA 3HTFA 180LA 1L77A 3CDTA 3C7YA 186LA 1CU5A 1L14A 1DYDA 155LA 1C63A 1QUGA 1LWKA 123LA 1L30A 1T8AA 1QUDA 3HTDA 1L64A 1OVJA 2O4WA 4I7SA 4I7RA 1C6IA 1L31A 4ZPUA 3C8SA 3EMLA 3HT7A 1G1WA 3NY9A 1P64A 1L68A 1CV3A 3GUOA 4ARMA 1L57A 3NY8A 1L89A 2B72A 242LA 4IAPA 7LZMA 1L00A 3G3VA 1LI6A 115LA 1QS5A 1T6HA 114LA 1L94A 1TLAA 2OTYX 173LA 2HUKA 3HUAA 1JTNA 1L90A 1G06A 1C6EA 145LA 1CX6A 1C64A 3CDQA 3GUKA 1L87A 1QS9A 2B73A 3SB6A 1KW7A 1SWYA 214LA 3HUKA 1L82A 4W58A 3DN4A 109LA 216LA 3C81A 255LA 176LA 4ARLA 1L85A 1C65A 240LA 1P36A 3L64A 1C6QA 3ODUA 103LA 1C62A 1PQKA 1G0GA 3V2YA 3LZMA 3DN2A 4I7PA 1XEPA 1L24A 1PQMA 1D9WA 5I14A 3PBLA 1L86A 2OE4X 247LA 111LA 3HH6A 1L06A 1L67A 1L05A 2F32A 108LA 4ARQA 1C6GA 261LA 4EKSA 2Z6BA 230LA 2Q9EA 1L13A 161LA 158LA 1D3MA 2IGCA 3DMVA 167LA 1L74A 224LA 163LA 1L63A 1D3JA 2LCBA 1T8FA 2HULA 157LA 4DJHA 1L42A 4LDOA 1L20A 159LA 1PQDA 262LA 212LA 1LW9A 3GUMA 1C67A 1LYGA 1OV5A 119LA 3HH5A 1C61A 107LA 151LA 1LYDA 1CU2A 1L92A 217LA 4YX7C 3RZEA 143LA 1CUPA 125LA 1P37A 256LA 3VW7A 1G0PA 1L35A 1L83A 1KY1A 4W57A 1L93A 1L21A 1G1VA 3RUNA 3HT8A 1CVKA 1L33A 1EPYA 2RBOA 169LA 2RB1X 3DN3A 1OWZA 1L81A 3HDEA 4EPIA 225LA 1P2LA 2RB2X 1OVKA 3HDFA 1L91A 4ARPA 162LA 195LA 1ZURA 1L46A 1L76A 1C6HA 1P7SA 260LA 1L88A 1CTWA 1T8GA 3OE0A 3C8RA 1DYEA 190LA 1L03A 2QB0B 4EKPA 2B75A 1CV1A 1L27A 1L32A 3DMXA 152LA 239LA 1QSQA 102LA 1OYUA 4EKRA 1L38A 3HTBA 1DYCA 1L23A 4ARJA 1L56A 3DN1A 1L73A 1L18A 118LA 189LA 1G0KA 257LA 2RBPA 3K2RA 2B6TA 4LDEA 231LA 1L65A 2OTZX 259LA 3HU8A 241LA 1L66A 1DYGA 6LZMA 2B74A 1L55A 1C68A 1L62A 1LLHA 129LA 213LA 1C69A 1CV6A 178LA 4AQNA 1L96A 1LI2A 1DYAA 1XJUA 2A4TA 137LA 1L25A 1DYBA 228LA 1G0MA 1DYFA 139LA 1P5CA 1QTZA 4ARMB 1L0KA 3FA0A 4LZMA 1D3FA 1QT4A 110LA 1C6NA 3OE6A 198LA 4I7NA 2OE9X 1C6TA 2B6WA 146LA 1L50A 1WTHA 1ZWNA 219LA 4I7LA 251LA 1CUQA 2B7XA 3F9LA 1OWYA 2B6ZA 2RAZX 4YXCA 197LA 1KS3A 164LA 1L0JA 1QTHA 4E97A 2OEAX 2RH1A 3SB9A 2QARC 1C6DA 245LA 4W52A 187LA 166LA 1LWGA 1P3NA 3PDSA 226LA 2F2QA 4GRVA 2O79A 1C6CA 1L72A 4I7MA 1QUHA 1L09A 196LA 1L79A 1C6AA 3CDOA 2B6XA 3CDRA 1L10A 1CU3A 1L37A 221LA 3SB5A 1CV5A 1L69A 1SWZA 1L80A 3GUIA 1OV7A 1CU6A 1L19A 130LA 3UONA 1L61A 2F47A 1L41A 1C6FA 1L16A 1QT8A 1LGWA 4W51A 1LGUA 1LPYA 1L58A 1LYJA 210LA 1L44A 2ANXA 2Q9DA 165LA 3OE9A 1LYIA 174LA 1L48A 144LA 3V2WA 1CV4A 233LA 4PK0A 3CDVA 4EXMA 160LA 2L78A 258LA 2HUMA 243LA 142LA 4W56A 170LA 1PQJA 3GUJA 1QUOA 113LA 1L99A 211LA 3SB7A 138LA 3SN6R 188LA 1L70A 3F8VA 4PJZA 120LA 1C6LA 3GUNA 4OO9A 1L26A 140LA 218LA 2NTHA 1C66A 2RAYX 1L39A 254LA 1QT7A 2B70A 205LA 4DAJA 3C8QA 1D3NA 2O7AA 1L04A 3D4SA 1T97A 148LE 227LA 1LYEA 1JTMA 104LA 1NHBA 1C6PA 4LDLA 3QAKA 4EKQA 122LA 223LA 252LA 1L84A 237LA 1G0JA 2OE7X 1C6MA 1QTVA 149LA 1L43A 3C83A 1L29A 3DKEX 3DMZA 2RBSA 1L51A 1D2YA 2RBNA 4EJ4A 192LA 2RBQA 1P6YA 3FADA 253LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DDCA 4RLNA 1B7SA 2A7DA 1LSBA 1BB6A 1GFVA 1KNIA 1G07A 5LYMA 1LYOA 2LYMA 4RW2A 1XGTC 1D0MA 3DN0A 2LZMA 1C43A 5FEKA 1OUCA 1L11A 2W1LA 4WLYA 1GE3A 1XSFA 250LA 4I7JA 3L2XA 5I4YA 1QSAA 1TCYA 5LZMA 4I7KA 1LHKA 3LYOA 3AGIA 2HECA 1FLUA 1B7MA 3C80A 236LA 1LOZA 1L52A 1IWUA 1IP1A 2A7FA 220LA 168LA 3HTGA 2BQNA 4ETAA 156LA 3WMKA 4N1CC 2ZYPA 248LA 1LJEA 3A34A 5KXTA 3SBBC 133LA 1L01A 4NGVA 3AJNA 4S0WA 1RE2A 3DNAA 1KXWA 3LYMA 4H9EA 5A3EA 1G7IC 2GV0A 1HMLA 1OUDA 1LI3A 4LT1A 1G0LA 4QGZA 2I26L 3G3XA 4HPIA 4W53A 1LZDA 1SSYA 2C8OA 3A91A 3A96A 1L47A 4NFVA 5B05A 244LA 1V7SA 2RBRA 172LA 1XGPC 1BQLY 1YAQA 1L36A 1L17A 5KXXA 3CQLA 2G4NA 4IATA 2PC2A 4H9AA 1RFPA 1LZYA 3RW8A 4B1AA 2XBSA 180LA 1CJ9A 3C7YA 5KXSA 1DYDA 1LWKA 1L30A 1T8AA 1OVJA 2Z38A 4I7SA 4H9FA 4B49A 1KIQC 1WVUA 2BQBA 1OQMA 4PJ2C 3EMLA 3HT7A 1P64A 1L68A 4HV1A 2D4IA 135LA 2B72A 3LYZA 1JITA 4IAPA 1GE2A 7LZMA 1L00A 1IO5A 3G3VA 4J1AA 4M4OA 3J4GA 2I25L 1L94A 1TLAA 5DM9A 173LA 1LJ3A 4J1BA 2ZNXY 4CFOA 5B1GA 1ZVYB 4DD1A 4WO9A 1C64A 1VDPA 2LHMA 3SB6A 4C5FA 3TMXA 1SLYA 4GN5C 1LZ9A 5KXKA 3A95A 216LA 1LCNA 1L85A 3WULA 1G0GA 2Z12A 3P64A 1F0WA 1XEPA 4NGJA 5KJ9A 1QTEA 1D9WA 2EKSC 1L67A 2DQAA 1GEVA 5C6JA 4H8YA 5LAFA 5D5FA 1G7MC 163LA 1CKCA 1T8FA 3EBAB 4KXIA 3RZ4A 4DJHA 4UWVA 1GBYA 1L42A 2Q0MX 159LA 4DQJA 2D4KA 1JISA 1LYGA 1OV5A 3HH5A 3WXUA 5HLLA 1UIFA 2YBMA 5M1YA 1IP2A 1YAMA 1QDRA 2FBDA 194LA 4ETDA 1JTOL 2D4JA 1NDMC 1G0PA 1L93A 1L21A 3HT8A 3WW5A 1DQJC 1JHLA 2CWIA 169LA 1UIBA 3RNXA 4WLTA 1LSNA 3HDEA 225LA 1UUZC 2C8PA 1XEJA 3HDFA 1OVKA 1GE4A 1GEZA 4ARPA 5KXZA 5FELA 4GCCA 1IWVA 1L88A 2XJWA 1CTWA 1T8GA 1J1OY 4ZEEA 1DYEA 1CV1A 4AXTA 1L27A 4WMGA 1HC0A 102LA 1OYUA 4XADA 3TXKA 1L56A 1L73A 1L18A 118LA 189LA 2RBPA 5B07A 2FYDA 1L65A 1ZV5L 2OTZX 2BQFA 1LZ4A 1YKXX 4H92A 4Z98A 3A3RX 3P68A 6LZMA 1I20A 1C68A 4NG1A 1EQ5A 213LA 1C69A 178LA 2LYZA 1DYBA 1GF8A 4XJGA 1DYFA 1IWZA 1I1ZA 1P5CA 1QTZA 1L0KA 3CT0A 3W6FA 4LZMA 1IWXA 4GN3A 1C6NA 3AW6A 1WTMA 1C6TA 2B6WA 1XEKA 2FBBA 3T6UA 1VDQA 3AZ5A 1XGQC 1CUQA 2B7XA 4XJDA 5KXPA 1I56A 2RAZX 3WL2A 197LA 1KS3A 164LA 4E97A 2QARC 2DQCY 1LZ6A 4W52A 1INUA 4U3XB 4GRVA 1CKDA 2G4PA 1FLYA 2HEAA 1QUHA 4I7MA 3CDOA 1IP6A 4NWHA 3CDRA 5KXMA 2YBIA 1D0LA 221LA 2YBHA 1CV5A 1L69A 1OV7A 2HUBA 1AZFA 130LA 2D6BA 4H9IA 4KT3A 3B0OA 1GXV2 2G4QA 4W51A 1LPYA 4H91A 5I4WA 165LA 1OUIA 1TAYA 1B7QA 2ZQ4A 3WPLA 1GD6A 3V2WA 4TX7A 2HU1A 2ZIJA 113LA 4HJZA 4DYGA 5LVHA 3SB7A 138LA 1L70A 2ZYCA 4GLVA 4PJZA 5ILCA 1QQYA 1LZCA 140LA 2NTHA 4GN4A 1QT7A 3C8QA 4XJHA 1LHJA 3D4SA 3CSRA 1IWWA 227LA 4H9BA 1G7HC 1LJ4A 1C6PA 2Y8PA 3QAKA 1CKFA 1HERA 1L84A 3IWRA 1G0JA 1GFEA 1QTVA 4H90A 4B0DA 2RBSA 2YSSC 1LYSA 2BQLA 1IP3A 1IC4Y 132LA 1D9UA 1LGXA 2Z18A 4ZIXA 1IR9A 1L97A 3WVXA 3MGWA 1QT5A 1L59A 229LA 1GHLA 185LA 2DBTA 246LA 147LA 1QT6A 4LFPA 5LVKA 3FE0A 3BKVA 3P66A 3CSZA 1LJFA 2HEEA 5E4PA 4HP0A 4R0FA 1GF7A 3J6KA 215LA 127LA 1TDYA 4NHPA 1WVVA 5C6IA 3HH4A 4D9ZA 199LA 1N4FA 1YAOA 4LYZA 206LA 1B7NA 2LYOA 1OVHA 1GFJA 3WUNA 1GPQC 1PZYA 4YOPA 191LA 235LA 3SB8A 1LJJA 1GB7A 1GBWA 1KIRC 1GAZA 4ARQB 3C7ZA 1C46A 3C82A 3RT5X 1FDLY 2CUUA 4DD7A 4KPMA 4W59A 1L75A 2ANVA 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2RB1X 5D5CA 1OWZA 4EPIA 162LA 195LA 1ZURA 1F6SA 1L76A 1C6HA 207LA 4DQ5A 3OE0A 190LA 2MEAA 1AM7A 1CKHA 5KXNA 1QSQA 1FLWA 3HTBA 1L23A 4ARJA 5I4XA 4TWSA 4LDEA 1JWRA 231LA 1V7TA 259LA 1L66A 1DYGA 4TSCA 1L55A 1L62A 1LLHA 129LA 3WW6A 1GFUA 1L96A 1LI2A 2A4TA 2DQIY 1LZ8A 4PHIA 5A3ZA 1LMPA 4ARMB 1PS5A 3OE6A 3WU9A 1LZ5A 1HEMA 219LA 1L50A 1ZWNA 3HBHA 2DQDY 2CDSA 2YVBA 2B6ZA 4NHTA 3E3DA 2BAAA 1HENA 1QTHA 1L0JA 3GXKA 2OEAX 4X3BA 4Z46A 4W94A 4WM5A 1L72A 1MELL 2I6ZA 1J1PY 196LA 3ZVQA 5KXWA 1B7OA 3A93A 1VEDA 1WQQA 1SWZA 1L80A 1A2YC 3UONA 3B72A 1JKAA 5DN5A 1L61A 4WM2A 5HNCA 1C6FA 5J7CA 1F6RA 1NDGC 1LGUA 1B9OA 1L58A 3WU8A 1JJ1A 1UA6Y 2XTHA 1GWDA 3TMWA 144LA 4I0CA 1J1XY 1GBXA 1CV4A 1B2KA 4PK0A 3CDVA 4EXMA 160LA 1NQIA 3WVYA 4Z3MA 4HJVA 5LVGA 4DD0A 170LA 1JJ0A 1GF3A 1L99A 3SN6R 3F8VA 1C6LA 5K7OA 4OO9A 1GB9A 2F2NA 1CNSA 3TMVA 218LA 1C66A 2RAYX 1D6PA 254LA 205LA 4CJ2A 4DAJA 1D3NA 1LSDA 1JKDA 1L04A 1T97A 4DT3A 148LE 1JTMA 4NWEA 5DN4A 2FYCA 4H9HA 4G4HA 1HFZA 3WYHA 149LA 1YANA 1L29A 3DKEX 3DMZA 1LZRA 1L51A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4DDC A;  4RLN A;  1B7S A;  2A7D A;  1LSB A;  1BB6 A;  1GFV A;  1KNI A;  1G07 A;  5LYM A;  1LYO A;  2LYM A;  4RW2 A;  1XGT C;  1D0M A;  3DN0 A;  2LZM A;  1C43 A;  5FEK A;  1OUC A;  1L11 A;  2W1L A;  4WLY A;  1GE3 A;  1XSF A;  250L A;  4I7J A;  3L2X A;  5I4Y A;  1QSA A;  1TCY A;  5LZM A;  4I7K A;  1LHK A;  3LYO A;  3AGI A;  2HEC A;  1FLU A;  1B7M A;  3C80 A;  236L A;  1LOZ A;  1L52 A;  1IWU A;  1IP1 A;  2A7F A;  220L A;  168L A;  3HTG A;  2BQN A;  4ETA A;  156L A;  3WMK A;  4N1C C;  2ZYP A;  248L A;  1LJE A;  3A34 A;  5KXT A;  3SBB C;  133L A;  1L01 A;  4NGV A;  3AJN A;  4S0W A;  1RE2 A;  3DNA A;  1KXW A;  3LYM A;  4H9E A;  5A3E A;  1G7I C;  2GV0 A;  1HML A;  1OUD A;  1LI3 A;  4LT1 A;  1G0L A;  4QGZ A;  2I26 L;  3G3X A;  4HPI A;  4W53 A;  1LZD A;  1SSY A;  2C8O A;  3A91 A;  3A96 A;  1L47 A;  4NFV A;  5B05 A;  244L A;  1V7S A;  2RBR A;  172L A;  1XGP C;  1BQL Y;  1YAQ A;  1L36 A;  1L17 A;  5KXX A;  3CQL A;  2G4N A;  4IAT A;  2PC2 A;  4H9A A;  1RFP A;  1LZY A;  3RW8 A;  4B1A A;  2XBS A;  180L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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