1PQKA

Repacking of the core of t4 lysozyme by automated design
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRAVLRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSIRYLQQKRWDEAAVNFAKSRWYNQTPNRAKRIITVFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Repacking the Core of T4 Lysozyme by Automated Design
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1pqkA00
234LA 1L92A 1QT8A 161LA 1T8FA 3RUNA 3C7ZA 3DNAA 1LGWA 224LA 177LA 168LA 1KW7A 163LA 1KNIA 1L82A 1CVKA 1L67A 1P36A 1PQMA 1OWZA 3G3WA 1G1WA 3QAKA 4AQNA 1EPYA 4W54A 220LA 3CDRA 1NHBA 253LA 2RBNA 3V2WA 1L73A 3RZEA 259LA 1C63A 3DN3A 4I7SA 3SBBC 3ODUA 198LA 4S0WA 1XJUA 219LA 1QTBA 1L00A 1L69A 1L36A 3SB9A 1ZYTA 1L21A 1D3MA 1L47A 1L35A 257LA 1CX6A 2L78A 3EMLA 1CUPA 4EKSA 4IAPA 225LA 3SB8A 1QT7A 1L53A 4LDOA 152LA 4EKQA 3GUNA 250LA 1DYFA 1L16A 1L18A 1L98A 3HUQA 1KW5A 1QTZA 1L14A 162LA 1C68A 254LA 3HT6A 113LA 144LA 1CV6A 1L79A 185LA 3D4SA 1L09A 1C66A 1C6QA 3HU8A 138LA 239LA 1G0KA 1D3FA 3DMZA 2B75A 4GRVA 4EXMA 1L90A 1LYHA 2RBSA 4I7RA 176LA 1SWZA 247LA 2OTYX 1L63A 3GUPA 107LA 1OYUA 2B6XA 223LA 172LA 1QS5A 1CV3A 3C83A 1L30A 1OV5A 187LA 1D9WA 1DYCA 1LGXA 3GUIA 197LA 251LA 159LA 4ARQB 158LA 1L23A 3HH4A 181LA 127LA 3L64A 1D2WA 226LA 1L68A 1LW9A 1XEPA 2B72A 1L44A 1LI3A 5LZMA 4PK0A 2B74A 1LYJA 2HUMA 1L72A 1T8AA 189LA 3UONA 4PJZA 1C6DA 3DN1A 4OO9A 3C8RA 1CUQA 115LA 3C81A 1G0LA 4EJ4A 1CV1A 1L77A 149LA 2NTHA 1L58A 200LA 1OVHA 148LE 3HTFA 236LA 166LA 1JQUA 1L89A 227LA 1L55A 1KY0A 3DN0A 3GULA 123LA 1P64A 184LA 175LA 1L22A 4I7KA 1P46A 258LA 1L65A 1G0PA 1L74A 2RBQA 196LA 4I7NA 7LZMA 1L19A 3DN6A 1L33A 4ARLA 1C6HA 2OTZX 1L60A 1L95A 231LA 4YXCA 3HDFA 1LPYA 160LA 1L07A 1L0JA 1C62A 1T97A 4K5YA 1L57A 201LA 1G0MA 169LA 1CV0A 1C69A 4W56A 1WTHA 3CDOA 1L05A 3DMXA 256LA 2Q9EA 1L43A 1LYDA 1CU5A 2RB1X 1B6IA 165LA 4W58A 130LA 1L29A 1L28A 242LA 3JR6A 1CV4A 171LA 3SB7A 1L06A 1L84A 1C6MA 2B6TA 249LA 2LC9A 110LA 1CU2A 3DN8A 2OU0X 1L38A 1L71A 2Z6BA 1C6NA 2B6YA 2F2QA 4LZMA 3SB5A 3C80A 3C7YA 4EKRA 183LA 1L41A 112LA 229LA 3HDEA 1L56A 1ZURA 111LA 252LA 3L2XA 3F9LA 244LA 1L93A 1C6LA 206LA 1CU0A 3HT7A 4I7MA 1KY1A 2RAZX 1CTWA 2B6ZA 1L0KA 129LA 2HULA 155LA 211LA 3HH3A 1L20A 1OVKA 1QTDA 205LA 240LA 199LA 1LYIA 1QUDA 241LA 1C6IA 2B70A 3FADA 1LYGA 1C6AA 1L62A 178LA 1LI2A 1L17A 1L48A 3G3VA 1G06A 1JTNA 1D3JA 1QUOA 2RBPA 4ARMB 102LA 4W53A 1G07A 1L27A 1L87A 1P6YA 1K28A 3DN2A 1JTMA 1L51A 2RB0X 3G3XA 191LA 1L88A 188LA 1D2YA 190LA 2QARC 1L13A 3HU9A 1SX7A 1C6EA 195LA 232LA 1L49A 3HTDA 1L24A 1L40A 1PQIA 3C8SA 4ARPA 1L75A 3PBLA 3HUKA 1D3NA 221LA 1L04A 243LA 1L08A 1L81A 1LGUA 2RH1A 3SBAA 4W51A 1LYEA 3GUMA 118LA 2B73A 2HUKA 1L46A 2OU9A 104LA 139LA 1QT6A 245LA 3NY9A 1L25A 230LA 2B7XA 3C8QA 4I7QA 3DMVA 1PQOA 3LZMA 4EPIA 3SN6R 3HTGA 1L97A 1L52A 4I7LA 1L96A 1PQKA 1G0GA 3HUAA 213LA 216LA 3PDSA 142LA 145LA 1QT4A 1L34A 1P2LA 3SB6A 3HH5A 1QUGA 1LWGA 125LA 1C61A 1L12A 2IGCA 1C6CA 262LA 4DJHA 2CUUA 157LA 147LA 1CX7A 173LA 5I14A 151LA 1P7SA 3HH6A 1QTCA 4E97A 1P37A 3OE6A 2A4TA 1G0JA 1QS9A 4ARQA 222LA 1SX2A 4ZPUA 156LA 1OV7A 1L61A 109LA 2LZMA 3F8VA 3NY8A 3DN4A 1I6SA 1T8GA 1L45A 1C6BA 1XJTA 1L86A 1C6GA 170LA 1PQDA 4LDEA 4W52A 3FI5A 167LA 6LZMA 192LA 261LA 248LA 1P2RA 235LA 137LA 212LA 1DYEA 3HWLA 4W59A 1OWYA 2O7AA 3HT8A 122LA 108LA 114LA 2B6WA 4EPFA 2OE4X 1L54A 120LA 186LA 140LA 3V2YA 1LLHA 3CDVA 1L66A 3HTBA 1L83A 1L59A 2OE7X 233LA 128LA 2F32A 1T6HA 164LA 1L80A 3FA0A 3C82A 2O79A 119LA 1CU6A 1C6FA 3C7WA 143LA 2NTGA 1C64A 1KS3A 214LA 1C6JA 1LYFA 1QT5A 3GUJA 4I7PA 1OVJA 2ANXA 2Q9DA 4DKLA 4W57A 182LA 1TLAA 2RBOA 228LA 3VW7A 2LCBA 218LA 4LDLA 1C65A 215LA 3OE8A 1QSQA 1L70A 246LA 1SSWA 4I7TA 3DKEX 1L03A 2RAYX 1L76A 3CDQA 1QTVA 1DYGA 217LA 1L99A 1P5CA 1L64A 4W55A 146LA 1L01A 1LI6A 1C6PA 1DYAA 255LA 126LA 1QTHA 2OU8A 1P56A 1L42A 210LA 131LA 1C67A 1G0QA 3NYAA 1QT3A 141LA 2OEAX 1L37A 3GUKA 260LA 150LA 1L15A 1L94A 1PQJA 1CV5A 1LWKA 2RB2X 4I7JA 1QSBA 2F47A 1C60A 1L91A 1C6KA 2O4WA 1L02A 237LA 1C6TA 1L39A 1ZWNA 2OE9X 2ANVA 1P3NA 1L10A 3OE9A 4I7OA 1L31A 1QUHA 1SWYA 3HT9A 103LA 1SSYA 1L26A 4GBRB 4EKPA 4YX7C 1DYDA 1CU3A 2RBRA 4YXAC 1L11A 1G1VA 2QB0B 174LA 3CDTA 1L50A 4ARMA 4ARJA 1L85A 180LA 209LA 238LA 3OE0A 3GUOA 3K2RA 1DYBA 1L32A 4DAJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
234LA 2VB1A 5KXXA 1LHIA 3DNAA 1TAYA 168LA 4H91A 154LA 2FBDA 2DQAA 1JITA 1L82A 1JTTL 2Z12A 1YAPA 1UBZA 4I8SA 1EPYA 4W54A 220LA 1HNLA 2LYOA 3QE8A 4PRUA 3DN3A 2Z18A 3HBEX 4LT0A 5FDJA 1L69A 1GAYA 3AW6A 1ZYTA 1L21A 1LZ6A 1IVMA 4GCDA 225LA 3SB8A 1QT7A 1Z55A 1L53A 5ILFA 4LDOA 152LA 1IP6A 1FBIX 1LJFA 2F4AA 4Z41A 1L98A 1KW5A 4N0JA 1HC0A 144LA 5KKJA 185LA 1JJ1A 2MEBA 1LYYA 4H90A 1LJJA 138LA 239LA 3RW8A 1LZNA 3RU5A 1G7IC 1KXXA 1RI8B 1LYHA 1LZDA 2RBSA 247LA 4KXIA 1OYUA 3W6BA 1G7LC 4NEBA 172LA 1GF3A 1QDTA 1OV5A 1G7MC 3GUIA 1XGTC 2BQOA 5HQ1A 1IP5A 4XN6A 1HELA 1D2WA 2DBTA 3ULRA 1DKKA 1LI3A 1LSNA 3DN1A 4OO9A 135LA 3C8RA 1C7PA 1G0LA 1KIQC 4LYOA 1IP3A 149LA 4MSTA 200LA 4N5RA 2DQGY 4E3UA 1UIGA 5M1YA 166LA 1L55A 3GULA 1HF4A 1GFEA 184LA 4TUNA 4AXTA 1L74A 1L19A 4FDYA 1L33A 2HEEA 1JIYA 1IOQA 2BQFA 1JJ3A 1L95A 231LA 3HDFA 1AT6A 160LA 1L07A 1L57A 1IOTA 1G0MA 169LA 1CV0A 1NBYC 4XJFA 1WTHA 1L05A 256LA 4BS7A 2Q9EA 4WM4A 5KJ9A 4DQ7A 1HHLA 1CU5A 4TSCA 4W58A 4H8ZA 4PPOA 1CKFA 2B6TA 5HMVA 2LC9A 110LA 1CU2A 1JPOA 5IDDA 4NG1A 4LZMA 2MECA 3C80A 1LHKA 4EKRA 1L41A 229LA 5LVIA 4NHQA 5E4PA 6LYTA 111LA 2Z2FA 1HMKA 1DI5A 4H9CA 1C6LA 1UIHA 1TCYA 3HBDA 129LA 2HULA 1L20A 1OVKA 1CKCA 4ET8A 199LA 1LOZA 5FCPA 1C6IA 4NSHA 1QSWA 178LA 2DQHY 1L17A 1B5YA 1L48A 1YIKA 3G3VA 1G06A 1D3JA 4LFXA 1L87A 1F0WA 1B0DA 1GE3A 4B49A 4HJYA 2H5ZA 4KPMA 1GHLA 3LHMA 2G4PA 1VEDA 4WOAA 1CNSA 3WU8A 4WL7A 4LYBA 221LA 243LA 1LGUA 1L81A 2F2NA 1LZ1A 1GE1A 3GUMA 118LA 1BVXA 139LA 1JJ0A 3TXHA 1D0LA 1QT6A 1REYA 1L25A 4C5FA 2B7XA 2LZTA 2YDGA 1XEKA 5KXPA 1LJ3A 1GF9A 1L96A 1WQOA 145LA 1LSMA 1P2LA 1W08A 3HH5A 3AGHA 3LYMA 125LA 262LA 3B0OA 4TWSA 3HFMY 5KXOA 3HH6A 4BAFA 1C10A 1D9UA 2Z38A 1KXWA 2A4TA 3ZEKA 156LA 1L61A 4G9SA 3F8VA 1YKYX 3DN4A 2NWDX 5LYMA 1XJTA 4OOTA 1L86A 4NGLA 1IR8A 4LDEA 167LA 1TDYA 4U3XB 2HTXA 3A94A 3A91A 137LA 1LZGA 3LYTA 3A6CY 108LA 3LZ2A 5DLAA 4C3WA 1LPIA 1P2CC 5APCA 1L54A 120LA 3BKVA 5KXSA 3V2YA 3CDVA 3HTBA 1L66A 1AKIA 233LA 4NGJA 3TMXA 1T6HA 2BQJA 4WLTA 3WVYA 207LA 2MEAA 1VDSA 143LA 2HU3A 2MEIA 1LJKA 1J1XY 1BB5A 1LMNA 4W57A 182LA 2RBOA 3EMSA 228LA 3VW7A 218LA 4LDLA 4EMNA 5KY1A 2BQGA 2GV0A 1SSWA 1D0MA 1L76A 3AB6A 217LA 1P5CA 4HP0A 146LA 2D6BA 1MELL 1LI6A 3N9EA 1DYAA 255LA 2ZIKA 5B05A 1P56A 2FBBA 131LA 1C67A 4DWXA 3ATNA 5E9RA 5I54A 1B5WA 150LA 1L15A 1NQIA 2H9KA 1QSBA 1JTOL 1BVKC 4WM1A 2O4WA 1LTMA 2EIZC 2ANVA 1GE2A 1P3NA 3TXFA 1D6QA 4D9ZA 3OE9A 1QUHA 3HT9A 1LZ9A 1DZBX 2LYMA 1L11A 1G1VA 1QQYA 1JHLA 4ARMA 4PGJB 4ARJA 1WQMA 3VWOA 3BKHA 3B72A 1IWWA 1DYBA 4ETCA 3TXGA 4DAJA 1L92A 1LSEA 4NSJA 5F81A 2Q0MX 1T3PA 4WM2A 5APDA 1KNIA 1GB7A 1J1OY 1P36A 1PQMA 1OWZA 3J4GA 1B7NA 4AQNA 3EXDA 1DPWA 1HSXA 1LHMA 4DC4A 2RBNA 1UICA 4NWEA 2G4QA 4B4IA 1DPXA 1C63A 3SBBC 3FE0A 3TXEA 1QTBA 1L00A 5I5QA 4WLYA 3MGWA 2L78A 1CX6A 3EMLA 5LIOA 4EKSA 1GXV2 1B7SA 1JEFA 2D4IA 1W6ZA 2BQHA 3GUNA 3F6ZA 2MEEA 3K3TA 1BQLY 1NF5A 208LA 1LZ4A 2HEAA 3HT6A 113LA 1L79A 1DI3A 1LJGA 3QNGA 3D3DA 3W6EA 1HEMA 4EXMA 4LYCA 4GCCA 1LZ5A 1SWZA 1L63A 2YBNA 5B1FA 4W96A 107LA 1C46A 1QS5A 3C83A 1JISA 1UIAA 1LGXA 4N8ZA 159LA 4ZFPA 2G4NA 1YROA 1LYSA 1LW9A 4UWNA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 234L A;  2VB1 A;  5KXX A;  1LHI A;  3DNA A;  1TAY A;  168L A;  4H91 A;  154L A;  2FBD A;  2DQA A;  1JIT A;  1L82 A;  1JTT L;  2Z12 A;  1YAP A;  1UBZ A;  4I8S A;  1EPY A;  4W54 A;  220L A;  1HNL A;  2LYO A;  3QE8 A;  4PRU A;  3DN3 A;  2Z18 A;  3HBE X;  4LT0 A;  5FDJ A;  1L69 A;  1GAY A;  3AW6 A;  1ZYT A;  1L21 A;  1LZ6 A;  1IVM A;  4GCD A;  225L A;  3SB8 A;  1QT7 A;  1Z55 A;  1L53 A;  5ILF A;  4LDO A;  152L A;  1IP6 A;  1FBI X;  1LJF A;  2F4A A;  4Z41 A;  1L98 A;  1KW5 A;  4N0J A;  1HC0 A;  144L A;  5KKJ A;  185L A;  1JJ1 A;  2MEB A;  1LYY A;  4H90 A;  1LJJ A;  138L A;  239L A;  3RW8 A;  1LZN A;  3RU5 A;  1G7I C;  1KXX A;  1RI8 B;  1LYH A;  1LZD A;  2RBS A;  247L A;  4KXI A;  1OYU A;  3W6B A;  1G7L C;  4NEB A;  172L A;  1GF3 A;  1QDT A;  1OV5 A;  1G7M C;  3GUI A;  1XGT C;  2BQO A;  5HQ1 A;  1IP5 A;  4XN6 A;  1HEL A;  1D2W A;  2DBT A;  3ULR A;  1DKK A;  1LI3 A;  1LSN A;  3DN1 A;  4OO9 A;  135L A;  3C8R A;  1C7P A;  1G0L A;  1KIQ C;  4LYO A;  1IP3 A;  149L A;  4MST A;  200L A;  4N5R A;  2DQG Y; 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