1L49A

Structural and thermodynamic analysis of the packing of two alpha-helices in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCVLINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITSFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Structural and thermodynamic analysis of the packing of two alpha-helices in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l49A00
1SWZA 5I14A 232LA 1L0KA 1K28A 2B73A 4LDOA 1DYGA 1OVJA 3DMVA 198LA 1L65A 141LA 1L28A 1ZYTA 3GULA 159LA 3PDSA 4E97A 3CDRA 1DYEA 1L05A 1KY0A 2NTGA 3GUPA 1C6IA 220LA 164LA 1L80A 230LA 4EKSA 166LA 1C6GA 1L62A 4GBRB 140LA 1EPYA 1L45A 2RBNA 1SX2A 4W56A 1JTMA 169LA 2OE9X 3C83A 1JTNA 1G0QA 2RBSA 107LA 4EXMA 2QB0B 1P37A 1L69A 2OTYX 217LA 1CU3A 1L90A 197LA 1C6AA 3HH4A 259LA 1L19A 1CV1A 200LA 1L02A 1LYEA 1L53A 219LA 4I7KA 1L22A 3SBBC 2O79A 178LA 1L58A 1L61A 1G0GA 3GUNA 1XEPA 4ARJA 206LA 1C6FA 3LZMA 2HUMA 4I7NA 1P3NA 1L39A 1SSYA 3QAKA 1L32A 261LA 4ZPUA 1DYCA 1OV7A 4W55A 3HWLA 1OYUA 4DKLA 1L26A 4YXCA 3SBAA 1L10A 254LA 1C6CA 1L03A 3DN3A 149LA 258LA 2B6WA 4I7OA 1L15A 1PQKA 1L79A 1C68A 4LDLA 3HUAA 142LA 4ARMB 2F47A 131LA 1C63A 4K5YA 1C64A 1L29A 2B6TA 1DYBA 110LA 1CX7A 229LA 2RB1X 3G3XA 151LA 4GRVA 1T6HA 4ARQA 215LA 1KW7A 143LA 1OVKA 3HTFA 162LA 102LA 184LA 3HTDA 223LA 2OE4X 3HT9A 1L0JA 3DN6A 1T8GA 1SWYA 3G3WA 187LA 6LZMA 1L17A 3DN1A 1CU5A 4DAJA 1L46A 1LYIA 1QUDA 1D9WA 214LA 1L76A 1L35A 188LA 1C6NA 1QUHA 104LA 112LA 1L24A 245LA 2B75A 1C66A 3PBLA 1C61A 152LA 1L38A 1LGXA 2QARC 3GUJA 1L27A 1L98A 1G0LA 3C80A 1ZURA 210LA 2O4WA 4W53A 1L77A 7LZMA 1L23A 3GUMA 181LA 1G1WA 3V2WA 148LE 4PK0A 234LA 1G06A 1CUQA 4OO9A 2RB0X 1PQMA 1JQUA 205LA 3NYAA 1L42A 1T8AA 1L75A 2B6YA 240LA 3C7ZA 1OV5A 1QS9A 1LGWA 2OU8A 3SN6R 3C8SA 3DKEX 2HUKA 1QTBA 2OU9A 218LA 3HT7A 171LA 1CVKA 246LA 1C67A 196LA 1PQIA 1WTHA 2F32A 1L25A 1CX6A 3ODUA 1SSWA 1D3JA 3HTBA 4AQNA 4EPFA 3SB5A 3EMLA 4I7MA 1G07A 4EKQA 3NY9A 3GUIA 177LA 3HH6A 255LA 4DJHA 3JR6A 1DYAA 3HUQA 1C6EA 253LA 191LA 1QTZA 1CV6A 1C6DA 2RBOA 3HDEA 1I6SA 248LA 175LA 1KS3A 3SB6A 3L64A 3F9LA 3C8RA 231LA 1P36A 3K2RA 1L93A 2NTHA 1LYDA 1L68A 1QTHA 1L36A 158LA 2B72A 1C6HA 130LA 209LA 1LGUA 4I7QA 168LA 247LA 3D4SA 250LA 199LA 139LA 144LA 1CV3A 118LA 1L70A 3HT6A 1L09A 1D2YA 1L54A 2OTZX 1T8FA 2IGCA 160LA 1L44A 212LA 1XJUA 238LA 1LWKA 3GUKA 1CV0A 2LZMA 1L30A 1L47A 1L81A 4S0WA 1CU0A 3DNAA 2RAZX 156LA 1C60A 1LYJA 1L89A 225LA 1OWYA 211LA 2A4TA 1L74A 1QT3A 3C7WA 3DN8A 2L78A 1L18A 3VW7A 4EKRA 4I7JA 192LA 3FA0A 4W59A 4PJZA 4ARQB 1LI6A 1L95A 128LA 1G0JA 4I7LA 1QSQA 2OEAX 1L07A 1L72A 1KW5A 1QSBA 3HUKA 4LDEA 1L41A 125LA 1B6IA 1QTCA 1L92A 174LA 1KY1A 3DMXA 1LPYA 2Z6BA 251LA 4EJ4A 2ANXA 241LA 1D3FA 1OVHA 3RUNA 1G0PA 4ARPA 1LLHA 163LA 120LA 3L2XA 1LYGA 1OWZA 1L67A 1L73A 2LCBA 146LA 1CV5A 1P56A 239LA 1G0MA 108LA 1L85A 3SB8A 3HH5A 1L40A 1QT7A 115LA 1CV4A 235LA 1L63A 176LA 1L57A 1C6TA 2B70A 3C81A 1QT4A 3OE6A 1L48A 2RH1A 185LA 1NHBA 224LA 3DN0A 1CU2A 1P7SA 157LA 1PQOA 1P6YA 1L59A 3F8VA 4EPIA 3HDFA 1PQDA 1L31A 2B74A 1L08A 1L83A 1L71A 1L97A 3CDTA 1L04A 4YXAC 3CDOA 216LA 173LA 1P64A 3HU8A 183LA 233LA 2RB2X 3UONA 1L60A 1L21A 2HULA 3FADA 1L01A 2RBQA 249LA 1DYFA 1C6KA 1KNIA 1L00A 242LA 3C7YA 1XJTA 1QTVA 1L06A 114LA 2OE7X 2B6XA 4W57A 1QUGA 1C6LA 252LA 109LA 122LA 1L82A 1G0KA 2B7XA 1L51A 2O7AA 4LZMA 172LA 2OU0X 3CDQA 111LA 1L99A 167LA 1D3NA 170LA 4W58A 113LA 256LA 4EKPA 1P46A 150LA 3HH3A 1P2LA 5LZMA 1LYHA 3OE8A 1L86A 2F2QA 126LA 1LI3A 243LA 3HTGA 4W51A 1L12A 1CU6A 3DN2A 1L13A 182LA 1LWGA 1D3MA 221LA 4IAPA 1TLAA 4I7SA 228LA 3G3VA 2CUUA 3GUOA 1C6MA 3OE0A 244LA 3DMZA 2LC9A 127LA 1L20A 1QUOA 236LA 1L88A 1QS5A 1L33A 4I7TA 137LA 2B6ZA 147LA 1L14A 145LA 2RBRA 237LA 2RBPA 257LA 138LA 189LA 1QT8A 155LA 1L96A 1C65A 3C82A 1PQJA 1L91A 1CUPA 1C6BA 1L84A 2RAYX 4ARLA 2Q9DA 3C8QA 4YX7C 1P2RA 1L49A 3NY8A 1T97A 1C6QA 1L94A 226LA 4ARMA 1L34A 4I7RA 1L66A 3V2YA 1G1VA 1C6PA 1L52A 129LA 3RZEA 161LA 1L55A 103LA 1L11A 1C6JA 1D2WA 227LA 1L87A 1P5CA 1ZWNA 1QTDA 1SX7A 1CTWA 1C62A 4W52A 119LA 1LYFA 3SB7A 1L37A 3HU9A 4W54A 1LI2A 3FI5A 3CDVA 1DYDA 186LA 262LA 1QT6A 165LA 3SB9A 1L43A 190LA 1L50A 3OE9A 180LA 1L64A 1LW9A 3HT8A 4I7PA 1C69A 3DN4A 1L16A 260LA 2Q9EA 123LA 2ANVA 1QT5A 195LA 1L56A 201LA 213LA 222LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GB3A 1L0KA 1K28A 4LDOA 2BQAA 1UIGA 4LFPA 1GB6A 3GXRA 4B4EA 1LSDA 4XJHA 4B4JA 5FCPA 1LZ5A 1GBSA 2XBSA 1UIAA 2G4PA 1YAPA 1IP1A 1LJHA 140LA 1D0LA 1EPYA 1L45A 2Z2FA 4YF2A 1SX2A 1TAYA 2BLXA 4QDNA 4RLNA 1JJ3A 3G3BB 4H9AA 4WM5A 1HEOA 1JTMA 169LA 3C83A 1JTNA 1LMNA 2QB0B 2HU1A 1P37A 5LYMA 1BB5A 2G4NA 5KKJA 1CU3A 5D5CA 1NKHA 219LA 2C8PA 1VAUA 1L22A 3WW6A 4NFVA 178LA 1HENA 2H9JA 1G0GA 3B72A 1DXJA 1GXXA 4ARJA 3LZMA 1GE3A 261LA 4ZPUA 2EIZC 1LZ8A 1OUFA 4YXCA 3WU7A 254LA 3CT0A 5KXKA 1JIYA 4NSJA 2B6WA 3ATNA 4LT0A 2MEDA 1I20A 1L15A 2HEAA 4LDLA 1LPIA 3G3AB 2RSCA 1QSAA 1BVXA 4PRUA 1C64A 1J1OY 5HNCA 1T6HA 1LYYA 1OUEA 1KW7A 143LA 4WOAA 1LSAA 102LA 3A3QA 3HT9A 3DN6A 4DAJA 3P4ZA 1QUDA 1L76A 1L35A 1LKSA 4HPIA 3A6BY 1L24A 2PC2A 1C61A 3RNXA 2QARC 1CNSA 1WQNA 1YIKA 1ZURA 4HJVA 2Z12A 1LZSA 1LZTA 3B0KA 2A7FA 3HBEX 7LZMA 1HSXA 3V2WA 148LE 5DN4A 4G4BA 1B7OA 1LJFA 205LA 1AM7A 2B6YA 3B0OA 4NGZA 1LZAA 1QS9A 4CFPA 2OU8A 2BQFA 2BQNA 246LA 1I56A 3LYMA 4ANRA 1PQIA 1WTHA 4H9IA 1B7RA 2DQDY 177LA 4DD2A 3LYTA 1TBYA 5A3EA 191LA 1NMMA 1CV6A 3HDEA 1B5UA 248LA 3SB6A 4D9ZA 5HMJA 2MEIA 3C8RA 1P36A 5FELA 1INUA 2B72A 1TDYA 2C8OA 3D3DA 2ZWBA 1XSFA 247LA 3D4SA 199LA 1GFJA 5KXTA 118LA 1L09A 1D2YA 4DDAA 5DN5A 1NQIA 1VDSA 5AMYA 160LA 5F9UA 238LA 3WXTA 2LZMA 3A96A 1C60A 1LYJA 1GF0A 4DD3A 3RZ4A 5DM9A 1IP6A 4N8ZA 1JISA 4M6DA 1YKZX 1G7MC 1LI6A 1L95A 1NDMC 4I7LA 2OEAX 3HBHA 1B5VA 3LHMA 2XBRA 3W3EA 3CSZA 1OUAA 1BHZA 3DMXA 2Z6BA 4EJ4A 1BWIA 1GDXA 1CJ9A 1D3FA 4TUNA 4R6CA 1HSWA 1C7PA 4X3BA 1LLHA 2F30A 1WQOA 3J4GA 1LMOA 4RLMA 1L73A 146LA 3EO5A 5DL9A 3W6AA 3SB8A 2MEGA 5KKIA 4WM3A 1JJ1A 1GXV2 1CV4A 235LA 5APDA 1HFYA 176LA 1HFXA 1OUCA 3IJUA 1C6TA 1LZEA 3N9CA 4KT3A 2HECA 1B0DA 1JHLA 1QT4A 1L48A 4NGYA 185LA 1NHBA 5I53A 1JKCA 2NWDX 3A91A 5II3A 1LHIA 2MEFA 2W1MA 1BWHA 4NHSA 4DQ7A 1OUIA 2B74A 1L71A 3CDTA 4W96A 1LZ9A 1GBZA 2RB2X 3J6KA 4M4OA 1L01A 1NWGA 2BQCA 1C6KA 1QTVA 4NSIA 2OE7X 2B6XA 1QUGA 1WQMA 4PPOA 5APFA 5B1FA 1UIEA 1QIOA 170LA 3ATOA 1FBIX 1LJ4A 1P46A 1P2LA 3VWOA 5I4YA 1Z55A 1DQJC 1REZA 4NGLA 182LA 3LN2A 1LSZA 1IP7A 3AZ7A 1IOTA 2LZ2A 4J7VA 4C3WA 228LA 2CUUA 3N9AA 1GD6A 244LA 3DMZA 127LA 1BB7A 1QUOA 2F4GA 137LA 1IVMA 237LA 1G7JC 257LA 2W1XA 3TMUA 2MEAA 138LA 1QT8A 155LA 1C65A 4EOFA 1GDWA 1LJIA 1PQJA 3B6LA 1IY4A 4GCDA 3C8QA 4OWEA 1L49A 3T6UA 2DQEY 4NIJA 226LA 1IWVA 1HNLA 3RZEA 1L11A 1D2WA 4QY9A 1L87A 4OW1A 4CFOA 4DT3A 4I0CA 5LYZA 3CSQA 4LGKA 1SX7A 4WO9A 4LT1A 1C62A 5D5FA 1LYFA 5ILFA 1L37A 3OK0A 1LI2A 4EMNA 2EPEA 1J1XY 1XEIA 4PJ2C 186LA 1QT6A 4CJ2A 4A7DA 4G4CA 1C69A 260LA 1LSMA 2ANVA 1L56A 201LA 3EMSA 2B73A 4NGJA 3DMVA 4NG1A 1LJNA 4PHIA 1JTTL 5LVJA 1GFHA 3GULA 1CJ7A 1DYEA 1L05A 3GUPA 3RT5X 4WLTA 2HUBA 4IJ4A 1C43A 230LA 4EKSA 166LA 4PGJB 1IOQA 1OUBA 1B5XA 2FYCA 4XADA 1GF6A 1DI3A 4EXMA 2MEEA 1L69A 1GBOA 1GFUA 3A92A 2OTYX 2DQFC 217LA 4NG8A 5IELA 1YL0X 1RE2A 1C6AA 1L19A 2AUBA 4CHXA 3A95A 3CSRA 1L53A 1FDLY 4I7KA 1XEJA 4FDYA 1L58A 4B1AA 5FDJA 1XEPA 2HUMA 1B7LA 4WG7A 3AGGG 2BQKA 5HQ1A 5LIOA 3WUMA 4W55A 1OYUA 1L26A 1L10A 3DN3A 1LZBA 1IIZA 2DKVA 4I7OA 1CKFA 1PQKA 1L79A 2X0AA 1VDTA 1D6QA 1VEDA 142LA 4ARMB 2F47A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GB3 A;  1L0K A;  1K28 A;  4LDO A;  2BQA A;  1UIG A;  4LFP A;  1GB6 A;  3GXR A;  4B4E A;  1LSD A;  4XJH A;  4B4J A;  5FCP A;  1LZ5 A;  1GBS A;  2XBS A;  1UIA A;  2G4P A;  1YAP A;  1IP1 A;  1LJH A;  140L A;  1D0L A;  1EPY A;  1L45 A;  2Z2F A;  4YF2 A;  1SX2 A;  1TAY A;  2BLX A;  4QDN A;  4RLN A;  1JJ3 A;  3G3B B;  4H9A A;  4WM5 A;  1HEO A;  1JTM A;  169L A;  3C83 A;  1JTN A;  1LMN A;  2QB0 B;  2HU1 A;  1P37 A;  5LYM A;  1BB5 A;  2G4N A;  5KKJ A;  1CU3 A;  5D5C A;  1NKH A;  219L A;  2C8P A;  1VAU A;  1L22 A;  3WW6 A;  4NFV A;  178L A;  1HEN A;  2H9J A;  1G0G A;  3B72 A;  1DXJ A;  1GXX A;  4ARJ A;  3LZM A;  1GE3 A;  261L A;  4ZPU A;  2EIZ C;  1LZ8 A;  1OUF A;  4YXC A;  3WU7 A;  254L A;  3CT0 A;  5KXK A;  1JIY A;  4NSJ A;  2B6W A;  3ATN A;  4LT0 A;  2MED A;  1I20 A;  1L15 A;  2HEA A;  4LDL A;  1LPI A;  3G3A B;  2RSC A;  1QSA A;  1BVX A;  4PRU A;  1C64 A;  1J1O Y;  5HNC A;  1T6H A;  1LYY A;  1OUE A;  1KW7 A;  143L A;  4WOA A;  1LSA A;  102L A;  3A3Q A;  3HT9 A;  3DN6 A;  4DAJ A;  3P4Z A;  1QUD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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