1FDLY

Crystallographic refinement of the three-dimensional structure of the fab d1.3-lysozyme complex at 2.5-angstroms resolution
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Complex (antibody-antigen)
molecule keywords IGG1-KAPPA D1.3 FAB (LIGHT CHAIN)
publication title Crystallographic refinement of the three-dimensional structure of the FabD1.3-lysozyme complex at 2.5-A resolution.
pubmed rcsb
source organism Mus musculus
total genus 52
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1990-08-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Y PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1fdlY00
3HBDA 1HEOA 4PRQA 4H9AA 3P4ZA 2FBDA 1LZDA 2NWDX 3AGGG 3A3QA 5D5FA 1GB5A 1P2CC 1XGTC 1B5ZA 1C10A 1NDMC 1VDSA 4DD7A 2ZYPA 1B5WA 5E9RA 2Z37A 3WPKA 1OUHA 3AB6A 2F4AA 1H6MA 3D3DA 3P65A 1J1XY 1LSFA 1MLCE 1IY4A 2GV0A 1LZBA 2YBLA 1YAMA 4XN6A 5F81A 1AT6A 1HC0A 4GCFA 1KIRC 1LSZA 4OWHA 5LINA 3N9AA 2Z18A 4N9RA 2D4KA 1GDXA 2BQMA 4N1CC 1UACY 4XJHA 4NSGA 1VATA 1I1ZA 5M1YA 4H9IA 1FLQA 1LSYA 1WQRA 2DQGY 1IR9A 2I6ZA 1JSFA 1BB4A 4LGKA 4LYMA 1IP1A 2Z19A 2ZQ4A 5FEKA 4N1EI 3RW8A 1UIDA 5DM9A 1HEQA 3TXBA 1SQ2L 3N9CA 1HFYA 4DDCA 1IR8A 1F6SA 4O34A 3CQLA 1LJEA 193LA 1CNSA 2XBSA 4KT3A 1OUIA 3AZ5A 2EQLA 1LHKA 4ETDA 1F6RA 1GFJA 2D4JA 1WVUA 4ANRA 1UICA 3WW5A 1G7IC 2YBMA 4HV1A 4MR1A 4TX7A 5F9UA 3TXDA 3B72A 3QY4A 1D6QA 1JPOA 5I53A 1G7LC 4DD1A 1GFGA 3WH1A 4G4CA 4HTKA 4EMNA 3TXIA 4AXTA 2YDGA 1LMTA 2MEBA 2Z12A 3EO5A 1ALCA 1G7HC 1C43A 2ZQ3A 5I4WA 1JWRA 3TXEA 5KXPA 1NQIA 1IC4Y 2Y8PA 5ILFA 1CKDA 4Z41A 1LJKA 1UIHA 2N5ZA 4YM8A 1WTMA 3TMWA 4GCEA 1EL1A 5APFA 5KXTA 3GXRA 1OUBA 1NBYC 1GB9A 1LSMA 132LA 5DN4A 1NHEA 1GB6A 3A6CY 3M18B 1LZ6A 2EKSC 3E3DA 4EOFA 1FN5A 1TDYA 1FLUA 1GWDA 1RJCB 4XJFA 1IVMA 4H9BA 1QUTA 4ET9A 4GLVA 1DXJA 4YF2A 4NGOA 1C46A 1LJJA 1JKBA 1LZ8A 4P2EA 1BQLY 4NEBA 4HJZA 4BADA 1LZ5A 1IIZA 1BB3A 1UIEA 1IEEA 5HLLA 1LSCA 1DPWA 4KL7A 2DQHY 4NHPA 4DC4A 4QEQA 3OK0A 4NHQA 3B0KA 3BKVA 2BQBA 2F30A 4GN4A 4J1BA 1GD6A 1LJGA 3WMKA 3A91A 2BQOA 3HBEX 2LHMA 1GF9A 3AZ4A 2I25L 133LA 2MEFA 1LMOA 1GFUA 1QDTA 4GCBA 1FKVA 3WUAA 4FDYA 4G9SA 5LA8A 2CDSA 5L3IA 1LYYA 3GXKA 1F10A 3A92A 5LIOA 1B7PA 2F2NA 3FE0A 1IWUA 3WVYA 2DQIY 1LCNA 2XTHA 5LAGA 1B7OA 1IWYA 3AZ7A 4OW1A 1B2KA 1REYA 4WM6A 1HEWA 1KXWA 1IOQA 1XEKA 2IFFY 3A96A 1REMA 1IP6A 1GBWA 1LZAA 3LYTA 1LJHA 5A3ZA 4N8ZA 208LA 4LYZA 1VDPA 5AMYA 4Z98A 1TCYA 1B7SA 3P66A 1XEJA 1YANA 2MECA 4LYBA 2C8OA 2DBTA 3IJUA 1YKYX 4LT2A 4OWCA 5APCA 5LAFA 3CSQA 4H9FA 5KXYA 3F6ZA 4YEOA 2D91A 4H8YA 3W6EA 3RZ4A 2ZYCA 1D0MA 2HEDA 1FLYA 2VB1A 154LA 4U3XB 1IOSA 1AT5A 1C7PA 1YKZX 4XYYA 3A34A 4DD9A 4M4OA 2CWIA 1LJIA 4OWBA 3WW6A 4QDNA 2H5ZA 4QGZA 4IJ4A 5B1FA 4B49A 3WU8A 1CJ8A 1B7MA 1DKKA 1OUEA 4TUNA 1GF6A 4WO6A 4H8XA 1JKDA 3A8ZA 2D4IA 4R0FA 5KJ9A 5KY1A 3SP3A 4OOTA 4DDBA 5K7OA 3W6AA 4WLDA 3ZVQA 4RLNA 3EXDA 3ULRA 3WUNA 3TXGA 3CT0A 5I54A 4CHXA 5HNLA 5II3A 5KXLA 1B0DA 3CSRA 5LYMA 3FI7A 1FDLY 4NWHA 1BWHA 1GBOA 1GPQC 1LZYA 2HECA 1V7SA 4YOPA 1GE4A 1C45A 8LYZA 1DPXA 4UWUA 4NGKA 1AZFA 3KAMA 1LHMA 3LHMA 4H93A 4ML7A 1LZEA 3T36A 1IY3A 4DD3A 1HELA 2BQDA 2G4PA 2HTXA 1BB6A 1IC7Y 4G4BA 2XBRA 3TMXA 4AGAA 2Z38A 1LHHA 1GB2A 1CKGA 1D9UA 4ETEA 1IWTA 1LHLA 4TWSA 1CKFA 5IDDA 1B9OA 1BWJA 134LA 3J4GA 2W1YA 4HTNA 5KXKA 1B7NA 5LVHA 4B4EA 4DWXA 1LSNA 4H94A 1IWWA 1WQNA 1JIYA 3W6FA 4NHTA 4B0DA 1KIQC 4HJVA 4PHIA 1B5XA 5KXZA 3RT5X 2Q0MX 1PZYA 1HMLA 1UUZC 3BKHA 3QE8A 5KKJA 5KXMA 5HQ1A 1UIFA 4WO9A 4TTDA 5C6LA 1QSWA 1JJ1A 1HFXA 2IHLA 1OUCA 1WQOA 1YL1X 1LJFA 2HUBA 5KXSA 1IORA 2BQGA 1QUSA 1DQJC 5JENB 3LYMA 1XGQC 3HBHA 1J1PY 4H9HA 1LZ4A 3TXHA 5KXXA 7LYZA 4GCCA 2RSCA 3A94A 4GN5C 4WM2A 4IASA 1IO5A 1IWVA 1GEZA 1REZA 3N9EA 1ZV5L 4ETAA 1LMQA 1IOTA 2EPEA 4HV2A 4NIJA 5F16A 1JTTL 1T6VL 4J0LA 4NY5A 1HERA 1QSAA 1BB7A 3LZTA 5D5CA 1LHIA 1B5UA 1GBSA 5APDA 3AYQA 2MEIA 4GN3A 4PRUA 5DN5A 2BQHA 4TSCA 4WL6A 1GE1A 1XGUC 1ZVHL 1NBZC 2AUBA 1UIBA 1VDQA 1GF8A 1F0WA 4LT1A 1B7QA 4LZTA 135LA 1GFVA 1IX0A 1JKCA 2W1LA 2YBHA 4C3WA 1HF4A 2B5ZA 4TSBA 1PS5A 1XEIA 4G4HA 4LYOA 2HEEA 2A7FA 1LMNA 2W1MA 3A6BY 4X3BA 5LXWA 1IOCA 1YIKA 2HU1A 1LMPA 2YBIA 3LN2A 4I0CA 2MEDA 2PC2A 4II8A 1LKRA 5FDJA 5KXWA 4LYTA 5KXOA 1B7LA 2C8PA 2XJWA 1LSEA 1WQMA 1DI5A 1B5VA 1MELL 1YROA 1GBXA 4NHIA 1DKJA 4NSJA 1QTEA 1TEWA 3ATOA 3W6BA 1AKIA 1QDRA 2A7DA 1LZ9A 1IWXA 1FKQA 4H9EA 4I8SA 1DI4A 1RE2A 2DQCY 1VFBC 2YBJA 1NWGA 4CJ2A 1OUAA 2YSSC 1UIAA 1C08C 4CGEA 3AJNA 3LYZA 4BS7A 1YAQA 2YBNA 5I4YA 4M6DA 1LJNA 2ZNXY 4ZIXA 4C5FA 3B0OA 1UC0A 2FYDA 4WL7A 1OUDA 5B1GA 4ET8A 5APEA 1GFHA 4H91A 5I5QA 3ZEKA 1GB8A 1RCMA 1FLWA 4B1AA 3AGIA 3WU9A 1XSFA 4H90A 4NG8A 1LAAA 1IC5Y 1LZ1A 2BQEA 3J6KA 4GCDA 1CJ7A 3OJPA 5L3HA 3WXUA 4DYGA 3AGHA 4BAPA 5FELA 1IP4A 2BQFA 2HU3A 1HSWA 3CSZA 3LYOA 4NSHA 4RW1A 4Z46A 1NMMA 3WYHA 1LJ4A 1HNLA 1XFPL 5B05A 3M3UA 5E4PA 2LZTA 3RU5A 3AZ6A 5DLAA 4RDSA 4HTQA 1A4VA 2ZIKA 1AM7A 1IR7A 2G4QA 2LYOA 1JEFA 1EQEA 1TAYA 1W08A 3A95A 4PPOA 3WVXA 1LYSA 4H1PA 1KIPC 1LZGA 1HMKA 4WG1A 3K3TA 207LA 1G7JC 1D0KA 2MEEA 4KXIA 4XJGA 1H87A 3TMVA 1BHZA 4GLAA 4YENA 1GB7A 3AW7A 1NF5A 5LVGA 1VEDA 1YILA 4KPMA 3WUMA 4BAFA 1CJ6A 4W96A 3TMUA 4NGYA 3W6DA 4NGIA 3CT1A 6LYZA 1UIGA 1GFEA 4WM5A 4WMGA 2DQFC 2BQLA 1OQMA 3ZVQB 5A3EA 2HEFA 1LMAA 4NHSA 1GB3A 1GF0A 1GBYA 3ATNA 4NGWA 5KKIA 1YAPA 1GE3A 2Z2FA 4HPIA 4NFVA 1IP7A 3VWOA 5I4XA 153LA 2MEAA 1LSGA 3EMSA 2BQAA 4OWAA 2BQIA 1GFAA 5LVKA 2WARA 1QQYA 5B07A 1JJ0A 3D9AC 4XJBA 1T3PA 2ZILA 1RI8B 5KXRA 1GE0A 2DQAA 2HEBA 1BVXA 1DI3A 1LPIA 5FSTA 3P64A 5HMVA 5FCPA 4NWEA 6LYTA 2W1XA 1REXA 2BQCA 4NG1A 1GF3A 3W6CA 1EQ5A 4RLMA 1LSPA 1IP5A 1BGIA 4HSFA 1GEVA 4WLYA 5FHWA 2BQKA 2DQEY 1KXXA 2X0AA 3WPLA 5C6JA 4FJRA 1DZBX 1GXV2 1HENA 4DD0A 4YEMA 1GFKA 5HMJA 4IATA 1HEPA 3P68A 5KXNA 1WVVA 4NGLA 4DT3A 1LSAA 5HNCA 2DQDY 4B4IA 3TXKA 1GE2A 1NDGC 4D9ZA 1QIOA 4WM4A 3EBAB 1GF4A 1GF5A 2BQJA 1CKHA 2ZNWY 1NKHA 4ZEEA 4N0JA 1IP3A 1FBIX 3B0IA 1Z55A 5LVJA 1HEMA 3WULA 5EBHA 4UWVA 2MEHA 3CB7A 3IWRA 1EQ4A 1GFRA 3QNGA 3WXTA 1GAZA 2DKVA 1JHLA 5B06A 4NSIA 1LZNA 4WM3A 4HJYA 1GHLA 1O23A 2DQJY 5LYZA 1D6PA 4NGVA 4DDAA 4ETBA 2F4GA 1HFZA 1CKCA 4LT0A 1GXXA 1SLYA 4G49A 2CJLA 1INUA 4ETCA 2ZIJA 2BAAA 1GAYA 4Z3MA 1LTMA 4XJIA 4L41A 1LKSA 5LYTA 1TBYA 2LYMA 4PGJB 1LJ3A 5ILCA 1JKAA 1VDTA 4HPEA 4NGJA 5IELA 1JTPL 4H9CA 2YVBA 1LOZA 4OWEA 1LZSA 3TXFA 3CT5A 4RW2A 1VAUA 4WLTA 2FBBA 4LYCA 1GFTA 4WOAA 1UCOA 1IP2A 2LZ2A 1OUJA 4HP0A 4XENA 1HHLA 1J1OY 4J1AA 194LA 2FYCA 2HEAA 1GF7A 3IJVA 1OUFA 3A90A 1WQPA 4WM1A 2H9KA 3TXJA 3RNXA 5B59A 2Z39A 1W6ZA 1ZVYB 3A3RX 4ZFPA 1JTOL 2MEGA 1D0LA 2Z2EA 3MGWA 4LFPA 1OP9B 5LA5A 4H92A 4MSTA 1JITA 4H8ZA 3A93A 4WLXA 5T3FA 3WL2A 2G4NA 4CFPA 1RFPA 1LHJA 4N5RA 4UWNA 2D6BA 4MCKA 4NGZA 3W3EA 1LSDA 1YKXX 1LYZA 1LSBA 1LZRA 4A7DA 4CFOA 5F14A 4R6CA 4B4JA 5L9JA 3LZ2A 1LZTA 2BLXA 1BVKC 3B6LA 2H9JA 1BWIA 1JJ3A 4E3UA 1LZCA 2BLYA 1A2YC 3HFMY 1UA6Y 2EIZC 1KXYA 1WQQA 5LVIA 1I56A 1LYOA 5C6IA 1HSXA 1XGRC 4OOOA 5F9XA 1I20A 4J7VA 1GB0A 1OUGA 2CGIA 3WU7A 4XJDA 1E8LA 1N4FA 4QY9A 1LMCA 4W94A 3AW6A 1YL0X 2BQNA 1ZMYL 1YAOA 3WPJA 1GDWA 1B5YA 1QTKA 1G7MC 4PJ2C 4WG7A 9LYZA 1JSEA 5IHGA 1YQVY 4LFXA 1CJ9A 5J7CA 1XGPC 1UBZA 1JISA 1BB5A 2LYZA 3A67Y 1V7TA 4DD2A 1GBZA 3G3AB 2ZWBA 3T6UA 4LT3A 1JUGA 2BPUA 1IWZA 5DL9A 2I26L 3G3BB 1WTNA 4XADA 1B7RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FBDA 1CV0A 3AGGG 1P56A 1QTZA 1B5ZA 5E9RA 1AT6A 1HC0A 5LINA 1LSZA 3HH6A 4OWHA 1L37A 1GDXA 2QB0B 1UACY 3F9LA 3K2RA 1FLQA 1L17A 1JSFA 1L52A 5FEKA 2ZQ4A 1C6DA 2RB0X 229LA 5DM9A 1HEQA 3TXBA 3CDRA 1DYGA 1G0GA 4O34A 1CNSA 3AZ5A 2EQLA 1DYEA 4ANRA 1WVUA 5F9UA 1L02A 1D6QA 1GFGA 1C62A 3WH1A 1L55A 2YDGA 1C43A 4DKLA 1NQIA 2ANXA 1LJKA 1UIHA 2N5ZA 4GCEA 123LA 1PQKA 1L94A 186LA 1LSMA 5DN4A 1C6AA 1LZ6A 1CV6A 1FLUA 4XJFA 1L42A 4NGOA 1D3JA 1L56A 1UIEA 1IEEA 1LSCA 4KL7A 2DQHY 2Q9DA 4NHQA 3B0KA 4GN4A 1LJGA 1GF9A 2OU9A 2B6ZA 133LA 1GFUA 4FDYA 1ZURA 103LA 1F10A 3A92A 4I7TA 1B7PA 1LCNA 1B7OA 3AZ7A 3FADA 131LA 1L98A 3A96A 4I7SA 208LA 1VDPA 3NYAA 4LZMA 155LA 5I14A 3IJUA 4E97A 4YEOA 2VB1A 154LA 1IOSA 1AT5A 4M4OA 1QT3A 1L10A 1L66A 4B49A 3WU8A 1L80A 4W57A 5KY1A 3W6AA 4AQNA 238LA 5I54A 2NTHA 1FDLY 1BWHA 2HECA 3DN1A 8LYZA 4UWUA 1AZFA 1IY3A 139LA 2G4PA 1BB6A 1IC7Y 1L25A 3QAKA 1LHHA 1GB2A 1IWTA 173LA 1CKFA 5IDDA 1B9OA 1BWJA 5KXKA 1D2WA 1QTBA 5LVHA 4DWXA 1WQNA 102LA 3RT5X 1LYEA 5KKJA 4WO9A 5C6LA 1QSWA 1JJ1A 1LJFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3HBD A;  1HEO A;  4PRQ A;  4H9A A;  3P4Z A;  2FBD A;  1LZD A;  2NWD X;  3AGG G;  3A3Q A;  5D5F A;  1GB5 A;  1P2C C;  1XGT C;  1B5Z A;  1C10 A;  1NDM C;  1VDS A;  4DD7 A;  2ZYP A;  1B5W A;  5E9R A;  2Z37 A;  3WPK A;  1OUH A;  3AB6 A;  2F4A A;  1H6M A;  3D3D A;  3P65 A;  1J1X Y;  1LSF A;  1MLC E;  1IY4 A;  2GV0 A;  1LZB A;  2YBL A;  1YAM A;  4XN6 A;  5F81 A;  1AT6 A;  1HC0 A;  4GCF A;  1KIR C;  1LSZ A;  4OWH A;  5LIN A;  3N9A A;  2Z18 A;  4N9R A;  2D4K A;  1GDX A;  2BQM A;  4N1C C;  1UAC Y;  4XJH A;  4NSG A;  1VAT A;  1I1Z A;  5M1Y A;  4H9I A;  1FLQ A;  1LSY A;  1WQR A;  2DQG Y;  1IR9 A;  2I6Z A;  1JSF A;  1BB4 A;  4LGK A;  4LYM A;  1IP1 A;  2Z19 A;  2ZQ4 A;  5FEK A;  4N1E I;  3RW8 A;  1UID A;  5DM9 A;  1HEQ A;  3TXB A;  1SQ2 L;  3N9C A;  1HFY A;  4DDC A;  1IR8 A;  1F6S A;  4O34 A;  3CQL A;  1LJE A;  193L A;  1CNS A;  2XBS A;  4KT3 A;  1OUI A;  3AZ5 A;  2EQL A;  1LHK A;  4ETD A;  1F6R A;  1GFJ A;  2D4J A;  1WVU A;  4ANR A;  1UIC A;  3WW5 A;  1G7I C;  2YBM A;  4HV1 A;  4MR1 A;  4TX7 A;  5F9U A; 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 1VAU A;  4WLT A;  2FBB A;  4LYC A;  1GFT A;  4WOA A;  1UCO A;  1IP2 A;  2LZ2 A;  1OUJ A;  4HP0 A;  4XEN A;  1HHL A;  1J1O Y;  4J1A A;  194L A;  2FYC A;  2HEA A;  1GF7 A;  3IJV A;  1OUF A;  3A90 A;  1WQP A;  4WM1 A;  2H9K A;  3TXJ A;  3RNX A;  5B59 A;  2Z39 A;  1W6Z A;  1ZVY B;  3A3R X;  4ZFP A;  1JTO L;  2MEG A;  1D0L A;  2Z2E A;  3MGW A;  4LFP A;  1OP9 B;  5LA5 A;  4H92 A;  4MST A;  1JIT A;  4H8Z A;  3A93 A;  4WLX A;  5T3F A;  3WL2 A;  2G4N A;  4CFP A;  1RFP A;  1LHJ A;  4N5R A;  4UWN A;  2D6B A;  4MCK A;  4NGZ A;  3W3E A;  1LSD A;  1YKX X;  1LYZ A;  1LSB A;  1LZR A;  4A7D A;  4CFO A;  5F14 A;  4R6C A;  4B4J A;  5L9J A;  3LZ2 A;  1LZT A;  2BLX A;  1BVK C;  3B6L A;  2H9J A;  1BWI A;  1JJ3 A;  4E3U A;  1LZC A;  2BLY A;  1A2Y C;  3HFM Y;  1UA6 Y;  2EIZ C;  1KXY A;  1WQQ A;  5LVI A;  1I56 A;  1LYO A;  5C6I A;  1HSX A;  1XGR C;  4OOO A;  5F9X A;  1I20 A;  4J7V A;  1GB0 A;  1OUG A;  2CGI A;  3WU7 A;  4XJD A;  1E8L A;  1N4F A;  4QY9 A;  1LMC A;  4W94 A;  3AW6 A;  1YL0 X;  2BQN A;  1ZMY L;  1YAO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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