4R0FA

Structure of lysozyme dimer at 318k
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Characterization of heat induced spherulites of lysozyme reveals new insight on amyloid initiation.
pubmed doi rcsb
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4r0fA00
2MEDA 4KPMA 4H8ZA 1GFAA 3CSRA 1JKAA 1LZ5A 2C8PA 4H94A 4GLVA 4PGJB 1QTEA 4LYMA 1HEMA 1SLYA 4BAFA 5B1FA 4NWEA 2XTHA 1LZBA 4OWHA 4NHTA 6LYTA 4RW2A 5FDJA 2F2NA 3CT0A 3AGIA 1W6ZA 3CT1A 5DL9A 3AZ5A 5E4PA 3BKHA 1NHEA 4H9BA 5HLLA 5KXTA 1LMQA 2FYCA 1ALCA 1ZVYB 2YBLA 3CB7A 5I54A 4XJIA 2G4PA 2D4JA 1GBXA 1FKQA 1I1ZA 1LHIA 1NF5A 1YKYX 1GE1A 2PC2A 2ZYPA 4TSCA 133LA 1AT5A 1GAYA 3WXTA 4GCEA 1WQQA 2BQIA 1B7MA 1D6QA 1KIQC 3EBAB 3W6AA 4YEMA 2BLYA 1XGPC 5I4WA 1WQNA 4GN5C 5LVKA 1QUSA 1DKKA 2BQMA 4H92A 5LIOA 5KXSA 2BQLA 5DN5A 1LAAA 2LYMA 2BQKA 1CJ9A 4NG8A 4NWHA 4NGVA 2ZIJA 1OUEA 5B05A 6LYZA 3WVXA 2H9KA 5F81A 1GE4A 1QIOA 2ZILA 1LMPA 1LYZA 1HMKA 4B49A 1B7PA 1SQ2L 1JTOL 1LJ4A 4M6DA 2LZTA 4QGZA 2XBSA 4RLNA 1NWGA 5B59A 1TAYA 1JJ3A 1D0KA 1NQIA 208LA 1HSXA 2DQCY 4HTNA 4HJZA 1FLQA 1XGRC 134LA 3LHMA 4LT0A 5KXPA 1XEIA 3TMVA 1BB6A 4WL7A 1JEFA 4B4IA 2BQAA 1GXV2 3M18B 3MGWA 4LYZA 3AZ4A 2BLXA 4WM1A 5C6LA 3D3DA 4U3XB 1PZYA 1C43A 1JIYA 1RFPA 2C8OA 1MELL 4IASA 5KXKA 3WPKA 3F6ZA 4L41A 5KXZA 3TXJA 1OUJA 1YL1X 1BB3A 1GB2A 1JKDA 3A6CY 1N4FA 4WO6A 2DQJY 3QY4A 5DN4A 5LYTA 1F6RA 4OW1A 1YQVY 1VDPA 5FSTA 2I25L 3RNXA 2CWIA 4ETCA 9LYZA 5KKIA 1YKXX 4DD1A 2BAAA 1UC0A 1JJ1A 2BQGA 1BHZA 1GF3A 3TXFA 1FN5A 1E8LA 1IOQA 1CKFA 1LSAA 1LSGA 1T3PA 4AXTA 1LJFA 2F4AA 2BQHA 5KKJA 3A94A 2Z37A 1LZEA 2Q0MX 2DQEY 4MCKA 4H8XA 4LYTA 4ANRA 1GF8A 4N8ZA 4PRUA 1BGIA 2MEIA 4NGOA 4IATA 1IWZA 4XYYA 1LSPA 2HEFA 1BB5A 3A91A 4CHXA 1REYA 1DPXA 1YAQA 4H1PA 4NSIA 5LYMA 1GBWA 1GE0A 4D9ZA 2ZNXY 4DDBA 4ETAA 4WMGA 1C08C 1LSEA 2DQHY 3W6BA 1OUGA 1QUTA 2YBMA 2MEFA 1GFUA 2ZYCA 5KXNA 4WM3A 1LYYA 1JKCA 1MLCE 1WQMA 4QY9A 2DQGY 1OP9B 3TXDA 4CFOA 1D0MA 3EXDA 4LYBA 4J1BA 2Z19A 4CJ2A 1A2YC 2MEHA 4H91A 4J1AA 1CKDA 1KIRC 1LJEA 5D5CA 1IP1A 1LZ9A 3B0KA 4ET9A 4N0JA 4R6CA 4OWEA 4PHIA 1HENA 1LTMA 1HNLA 2IFFY 1UUZC 1HEQA 1REMA 4GN4A 1LMNA 3W6FA 4TSBA 1DPWA 1UACY 4H9CA 1DI4A 1G7JC 4NEBA 4DYGA 3OJPA 1LZNA 2HEDA 3TXIA 1EL1A 8LYZA 3AGHA 3B0OA 4Z3MA 4ZFPA 1KXWA 3A3RX 1XGTC 3WMKA 4NSHA 1GF6A 1TBYA 1ZVHL 2HEEA 3AZ7A 4KT3A 1LYOA 4LYCA 1LJGA 4YOPA 3GXKA 3WVYA 1IP5A 4Z41A 1WVUA 1IOCA 1GB3A 1TDYA 4NHIA 1QSWA 1UIDA 3LN2A 4DDAA 1FLUA 1LZ8A 2ZIKA 3A3QA 4NGWA 3W6DA 4OWCA 2XJWA 1B5XA 2EPEA 154LA 5LVJA 3WU8A 4NGZA 1C7PA 1HMLA 3IJVA 2F30A 193LA 3M3UA 1B2KA 1DZBX 1GFJA 1LMAA 3K3TA 4H9FA 4B1AA 4C5FA 5L3IA 1HFXA 5M1YA 5HQ1A 2XBRA 1GFTA 2CDSA 1UICA 1V7SA 2W1LA 3P64A 4H9EA 4LT2A 4OOOA 5L3HA 1YANA 3OK0A 4ZEEA 1IX0A 1PS5A 5ILCA 1TCYA 2EQLA 2BPUA 1GF4A 1OQMA 1HF4A 4OWBA 4ET8A 3B72A 2EIZC 3AW6A 4B4JA 2VB1A 2HTXA 2Y8PA 3QNGA 1RCMA 3P68A 1KIPC 3N9CA 1NKHA 4YF2A 1GWDA 1BB4A 3TXGA 1HHLA 1LHHA 2G4NA 4PRQA 2W1XA 1B9OA 3P65A 3A95A 4RDSA 2YBJA 4QDNA 5APCA 5HMJA 4ETBA 2H9JA 4G4CA 1YL0X 4NGLA 1HSWA 1JKBA 3ZVQA 1UIHA 3TMWA 1CJ6A 3LZ2A 1J1XY 1GPQC 2EKSC 1GAZA 1LSCA 2CGIA 3QE8A 4GN3A 2BQJA 5D5FA 1GDWA 1JHLA 1YILA 1VATA 2D4KA 2HUBA 3AW7A 1IWYA 2HEBA 2LYOA 1IC5Y 3AYQA 1RJCB 1KXXA 2MEGA 4TTDA 1LZ4A 5A3ZA 1REZA 1BWHA 4WLDA 1IY4A 4XJBA 1LZRA 1XFPL 2ZNWY 1GF5A 1B7QA 2BQDA 1D6PA 3A93A 3D9AC 4G9SA 4WM5A 5I4YA 4KL7A 1AM7A 3BKVA 1F10A 3W6CA 2A7DA 4PJ2C 2YBIA 1IR9A 1NDMC 1VEDA 5A3EA 4DD0A 4GCDA 2DKVA 3GXRA 4FDYA 1OUAA 4DT3A 1LKRA 2BQBA 3A34A 5LVHA 2HU3A 4BS7A 1GBSA 4EOFA 1IWXA 3KAMA 3WU9A 1CJ7A 1REXA 1IEEA 4HJYA 4WLTA 1HC0A 4LT1A 1GB5A 2ZQ4A 1JWRA 1UIGA 1CNSA 1J1PY 3FI7A 5HMVA 4ETEA 3W3EA 1AT6A 1XEKA 1LJJA 4RW1A 1FBIX 3G3AB 1DI5A 3P66A 3ZVQB 1GB0A 4NHPA 1JJ0A 1FLWA 1G7IC 3WH1A 2CJLA 1IWTA 4WOAA 4N1CC 1GBYA 3A67Y 3J4GA 5B07A 4NGKA 4R0FA 4NG1A 4I8SA 5KXXA 4H90A 4HTKA 4MR1A 1LSFA 1OUFA 3T6UA 1TEWA 2YSSC 4HSFA 2NWDX 5KXYA 3WULA 4WM2A 2AUBA 2N5ZA 4HV1A 5II3A 2H5ZA 1FKVA 3A90A 1LSYA 3HBDA 1VDQA 2Z38A 5LXWA 1CJ8A 1YKZX 4WM4A 1GFEA 1BVXA 1UIEA 4WG1A 1CKCA 4XN6A 4AGAA 1VDSA 1IOTA 3TXHA 4XJGA 4HTQA 1JPOA 4EMNA 4H8YA 5LA8A 1EQEA 1IC7Y 1LZ1A 3ATOA 2X0AA 4XADA 3RU5A 1GF0A 1NMMA 2BQEA 4O34A 1LHLA 2D91A 1OUDA 4WG7A 1DXJA 1FLYA 4H9HA 3LYZA 5KXRA 1WTMA 1Z55A 3B0IA 4P2EA 3SP3A 3ULRA 2YBHA 5B06A 4QEQA 1WVVA 132LA 3WXUA 1LZSA 1XSFA 4GCBA 1YAMA 1LSMA 3ATNA 4X3BA 1C46A 4A7DA 2LZ2A 4LYOA 1T6VL 1GEVA 1H87A 5I5QA 1LHJA 5KXLA 1B7OA 2A7FA 3A8ZA 1GBOA 4G49A 4XJDA 4HJVA 3TMUA 4J7VA 5LVIA 2W1YA 4KXIA 1OUIA 3RW8A 3AZ6A 4TWSA 2MEEA 1GB7A 1GFKA 1LSZA 5APEA 1LZ6A 1RI8B 207LA 1LOZA 1IOSA 1GB9A 1UCOA 3ZEKA 1RE2A 4C3WA 5F14A 1YIKA 1GEZA 3AJNA 4Z46A 3RT5X 3WW5A 1UBZA 1IP3A 5HNCA 1IWWA 1LYSA 2D4IA 1GD6A 2IHLA 4B4EA 1LJNA 1LZDA 5FEKA 5T3FA 1QTKA 1BQLY 4UWNA 3CSQA 4H93A 1LMCA 5LYZA 5J7CA 4NFVA 1LMOA 3HFMY 1IO5A 5IHGA 1D9UA 5APDA 1HELA 4NHQA 1OUBA 1B5WA 4TUNA 4YENA 3VWOA 1IY3A 5IELA 2DQIY 1LKSA 1AKIA 2DQDY 4HPIA 1EQ5A 1GE3A 1UIBA 4DDCA 4XENA 3WL2A 5FHWA 1IP7A 2YDGA 5C6JA 3LYMA 1GB8A 1IP4A 3CSZA 1C10A 1GB6A 2Z2FA 3TXEA 1LCNA 1XGQC 1GE2A 2BQFA 4II8A 3WUAA 3WYHA 4H9IA 4RLMA 2GV0A 1YROA 4BADA 5HNLA 3WW6A 5JENB 4PPOA 5LAGA 1EQ4A 1I20A 4H9AA 4I0CA 4G4BA 3TMXA 1W08A 1IC4Y 3CQLA 3J6KA 4NSJA 4LGKA 1IP2A 4WLYA 2DQFC 4Z98A 4GCFA 5KXMA 2HEAA 1IR8A 1LHKA 2B5ZA 4N9RA 1BB7A 2BQNA 135LA 5FCPA 1I56A 4UWUA 1BWJA 1HEPA 2DQAA 2F4GA 1AZFA 1FDLY 2YBNA 1GDXA 2FBDA 1ZMYL 1YAOA 3A92A 3E3DA 3WUNA 4WM6A 3TXKA 5F9UA 1G7HC 1IWUA 1GFVA 3P4ZA 194LA 4GLAA 1D0LA 3HBHA 4LFPA 5KXWA 4DD3A 1JITA 1C45A 3WUMA 1B0DA 4HV2A 4NGYA 5I53A 2BQCA 2Z39A 1B7RA 1LSBA 5I4XA 1LHMA 4LFXA 2WARA 5APFA 2MECA 3A6BY 1QDTA 1LZTA 1CKGA 3HBEX 1G7MC 2MEBA 4G4HA 3EMSA 1IR7A 1GFHA 5DLAA 3WU7A 1QQYA 3IWRA 4XJHA 1BVKC 4WO9A 1JTPL 1WTNA 1LMTA 3N9EA 4LZTA 1NBYC 3EO5A 5B1GA 4OOTA 1B7LA 4HP0A 4HPEA 5F16A 5K7OA 4DD2A 1B5YA 1LJHA 2Z12A 1XEJA 2YVBA 1LZYA 2W1MA 4J0LA 1A4VA 1HFZA 1J1OY 1HFYA 3IJUA 3FE0A 1B7NA 1JSFA 2LYZA 1LJKA 3LYOA 1IWVA 1OUHA 1HEOA 4WL6A 1NBZC 1VFBC 1WQOA 1DI3A 4FJRA 2ZWBA 2FBBA 4DC4A 5FELA 1JISA 1QSAA 2Z18A 153LA 1LZAA 1B5VA 4ZIXA 4NY5A 4LT3A 1JTTL 1IVMA 1BWIA 4NIJA 4IJ4A 5L9JA 1LZGA 1GBZA 2HECA 3LYTA 2LHMA 1B7SA 4TX7A 1JUGA 4DD7A 3LZTA 3G3BB 5LAFA 2BQOA 3CT5A 3N9AA 2D6BA 1GFRA 1GHLA 5KJ9A 1UIAA 1LJIA 1LZCA 2I26L 4YM8A 4GCCA 1IP6A 5DM9A 4DWXA 2RSCA 4ML7A 4E3UA 5E9RA 1VAUA 5EBHA 1WQRA 1LSNA 4N5RA 1LJ3A 1GF7A 1YAPA 4NSGA 3W6EA 7LYZA 5KXOA 3WPJA 1OUCA 1F6SA 1V7TA 1XGUC 2I6ZA 3AB6A 4NGIA 1HEWA 1IIZA 1G7LC 5LVGA 4MSTA 4DD9A 3WPLA 3T36A 4XJFA 2G4QA 2FYDA 5IDDA 1WQPA 1P2CC 1VDTA 5F9XA 1IORA 4OWAA 4UWVA 2Z2EA 1KXYA 4CFPA 5KY1A 4YEOA 5ILFA 2ZQ3A 1F0WA 4CGEA 1CKHA 1DQJC 5C6IA 1JSEA 4W94A 1GF9A 2HU1A 5AMYA 1HERA 4BAPA 1O23A 1UIFA 5LINA 1GXXA 2DBTA 1H6MA 3B6LA 1QDRA 1LPIA 3AGGG 3TXBA 1ZV5L 5LA5A 1B5UA 4WLXA 1NDGC 4B0DA 1B5ZA 1DKJA 4NGJA 4W96A 4ETDA 1LSDA 3A96A 4N1EI 4NHSA 1INUA 1UA6Y 2MEAA 4M4OA 1GFGA 3RZ4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2MEDA 3CSRA 1LZ5A 4H94A 4PGJB 1L56A 1SLYA 3C80A 4BAFA 1P36A 5FDJA 1LWGA 1W6ZA 192LA 1C6LA 140LA 1G06A 1NHEA 1QTCA 1ALCA 1L63A 1ZVYB 2YBLA 251LA 2D4JA 1YKYX 1OV5A 1GAYA 3WXTA 244LA 4W58A 2RBOA 4I7LA 1L11A 1WQNA 2OU8A 1DKKA 4H92A 5KXSA 2LYMA 205LA 4NWHA 2H9KA 1HMKA 1B7PA 1ZURA 1JTOL 4QGZA 1JJ3A 234LA 1XGRC 134LA 1XEIA 4WL7A 4B4IA 1GXV2 3MGWA 1C6EA 3D3DA 4U3XB 1LYFA 1SX7A 1L67A 1LI6A 3TXJA 1OUJA 239LA 5LYTA 4OW1A 141LA 1L54A 5FSTA 3HDFA 5KKIA 4DD1A 1JJ1A 1CX6A 3C83A 1E8LA 3HU8A 1CKFA 1LJFA 5KKJA 3A94A 166LA 2DQEY 4NGOA 1IWZA 3A91A 4CHXA 3C7WA 2O7AA 4NSIA 233LA 217LA 4D9ZA 4DDBA 4WMGA 4I7JA 2DQHY 3CDVA 2MEFA 3C7YA 1JKCA 4QY9A 2DQGY 1DYDA 1D0MA 2B75A 223LA 4J1AA 1CKDA 1KIRC 2OE9X 5D5CA 3HH3A 4N0JA 4OWEA 4PHIA 1LTMA 1HNLA 2IFFY 3CDRA 169LA 1REMA 3W6FA 1UACY 4H9CA 4NEBA 4PJZA 3OJPA 1L09A 2Z6BA 1CU6A 3AGHA 3B0OA 4Z3MA 1C6GA 1XGTC 4NSHA 1ZVHL 2HEEA 1LYOA 3WVYA 1TDYA 1GB3A 1PQOA 104LA 4OWCA 1CUQA 2XJWA 1KY1A 1LW9A 3IJVA 3M3UA 1B2KA 1LMAA 1HFXA 5HQ1A 3DMXA 1L21A 1C6TA 5L3HA 4H9EA 4OOOA 1G07A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2MED A;  4KPM A;  4H8Z A;  1GFA A;  3CSR A;  1JKA A;  1LZ5 A;  2C8P A;  4H94 A;  4GLV A;  4PGJ B;  1QTE A;  4LYM A;  1HEM A;  1SLY A;  4BAF A;  5B1F A;  4NWE A;  2XTH A;  1LZB A;  4OWH A;  4NHT A;  6LYT A;  4RW2 A;  5FDJ A;  2F2N A;  3CT0 A;  3AGI A;  1W6Z A;  3CT1 A;  5DL9 A;  3AZ5 A;  5E4P A;  3BKH A;  1NHE A;  4H9B A;  5HLL A;  5KXT A;  1LMQ A;  2FYC A;  1ALC A;  1ZVY B;  2YBL A;  3CB7 A;  5I54 A;  4XJI A;  2G4P A;  2D4J A;  1GBX A;  1FKQ A;  1I1Z A;  1LHI A;  1NF5 A;  1YKY X;  1GE1 A;  2PC2 A;  2ZYP A;  4TSC A;  133L A;  1AT5 A;  1GAY A;  3WXT A;  4GCE A;  1WQQ A;  2BQI A;  1B7M A;  1D6Q A;  1KIQ C;  3EBA B;  3W6A A;  4YEM A;  2BLY A;  1XGP C;  5I4W A;  1WQN A;  4GN5 C;  5LVK A;  1QUS A;  1DKK A;  2BQM A;  4H92 A;  5LIO A;  5KXS A;  2BQL A;  5DN5 A;  1LAA A;  2LYM A;  2BQK A;  1CJ9 A;  4NG8 A;  4NWH A;  4NGV A;  2ZIJ A;  1OUE A;  5B05 A;  6LYZ A;  3WVX A;  2H9K A;  5F81 A;  1GE4 A;  1QIO A;  2ZIL A;  1LMP A;  1LYZ A;  1HMK A;  4B49 A;  1B7P A;  1SQ2 L;  1JTO L;  1LJ4 A;  4M6D A;  2LZT A; 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 1HEO A;  4WL6 A;  1NBZ C;  1VFB C;  1WQO A;  1DI3 A;  4FJR A;  2ZWB A;  2FBB A;  4DC4 A;  5FEL A;  1JIS A;  1QSA A;  2Z18 A;  153L A;  1LZA A;  1B5V A;  4ZIX A;  4NY5 A;  4LT3 A;  1JTT L;  1IVM A;  1BWI A;  4NIJ A;  4IJ4 A;  5L9J A;  1LZG A;  1GBZ A;  2HEC A;  3LYT A;  2LHM A;  1B7S A;  4TX7 A;  1JUG A;  4DD7 A;  3LZT A;  3G3B B;  5LAF A;  2BQO A;  3CT5 A;  3N9A A;  2D6B A;  1GFR A;  1GHL A;  5KJ9 A;  1UIA A;  1LJI A;  1LZC A;  2I26 L;  4YM8 A;  4GCC A;  1IP6 A;  5DM9 A;  4DWX A;  2RSC A;  4ML7 A;  4E3U A;  5E9R A;  1VAU A;  5EBH A;  1WQR A;  1LSN A;  4N5R A;  1LJ3 A;  1GF7 A;  1YAP A;  4NSG A;  3W6E A;  7LYZ A;  5KXO A;  3WPJ A;  1OUC A;  1F6S A;  1V7T A;  1XGU C;  2I6Z A;  3AB6 A;  4NGI A;  1HEW A;  1IIZ A;  1G7L C;  5LVG A;  4MST A;  4DD9 A;  3WPL A;  3T36 A;  4XJF A;  2G4Q A;  2FYD A;  5IDD A;  1WQP A;  1P2C C;  1VDT A;  5F9X A;  1IOR A;  4OWA A;  4UWV A;  2Z2E A;  1KXY A;  4CFP A;  5KY1 A;  4YEO A;  5ILF A;  2ZQ3 A;  1F0W A;  4CGE A;  1CKH A;  1DQJ C;  5C6I A;  1JSE A;  4W94 A;  1GF9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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