3DN0A

Pentafluorobenzene binding in the hydrophobic cavity of t4 lysozyme l99a mutant
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Halogenated benzenes bound within a non-polar cavity in T4 lysozyme provide examples of I...S and I...Se halogen-bonding.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteriophage t4
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3dn0A00
3HDFA 1KW5A 110LA 233LA 1C6GA 2B6WA 192LA 113LA 150LA 1KY0A 1QUHA 4EKPA 163LA 231LA 216LA 114LA 3GUOA 2NTGA 1L65A 1L89A 188LA 3DN1A 3HWLA 3SB7A 3OE8A 1CU6A 185LA 1CV4A 1PQDA 1QUGA 2F32A 3V2YA 115LA 2OU0X 1D2YA 1L38A 182LA 1LW9A 248LA 1G0LA 1ZWNA 3L2XA 1L73A 1LWKA 230LA 4I7OA 2OTZX 1C6LA 1CU3A 159LA 1L33A 172LA 1DYCA 1L13A 1DYEA 4K5YA 3DMVA 3RUNA 261LA 1QT6A 102LA 1C69A 1PQKA 130LA 1OVJA 146LA 167LA 171LA 2QB0B 2Q9DA 253LA 3C7ZA 4EKQA 180LA 1L34A 3HT8A 3DN4A 120LA 103LA 1L72A 1G0JA 3PDSA 1CV0A 200LA 2O79A 3HT6A 155LA 4IAPA 4LDLA 4AQNA 3GUMA 183LA 1KW7A 1L39A 4S0WA 3SN6R 4EXMA 147LA 3CDTA 1L44A 2RBNA 2OTYX 1LYHA 4ARQB 1G0GA 3RZEA 4W53A 143LA 1QTCA 3DNAA 1C6EA 1L90A 225LA 2OU8A 4EKRA 1L81A 1L85A 1PQOA 4ARJA 1L0JA 1P2RA 1L21A 3DN0A 1L25A 2B6YA 1L04A 3PBLA 3SB5A 4PK0A 1C64A 1C62A 2O7AA 191LA 1CV1A 1G0PA 1L46A 1P64A 3DN3A 1L10A 4DAJA 1P37A 3L64A 1L76A 1C6DA 1L09A 237LA 2CUUA 4LDOA 4I7QA 2B6TA 4ARMA 169LA 1L58A 1L57A 1L77A 7LZMA 1L22A 1KY1A 174LA 3HTGA 2B7XA 201LA 1T8FA 1OWZA 131LA 108LA 1L36A 1L03A 1L68A 1CV6A 1L70A 3GULA 1L61A 1C6JA 3CDVA 3NYAA 3OE6A 260LA 3HTDA 3JR6A 2RAYX 109LA 3C81A 1G07A 1CVKA 1L08A 3SB9A 1L66A 257LA 1D3FA 162LA 1DYAA 4I7MA 1QUDA 173LA 1G1WA 1C66A 209LA 254LA 1CV3A 104LA 1L84A 2RB2X 242LA 246LA 149LA 5I14A 1OWYA 3OE0A 240LA 3HU9A 1B6IA 3NY8A 4PJZA 3SBBC 1QT7A 1G1VA 1L52A 1LYIA 2L78A 215LA 3SBAA 4I7KA 241LA 1L23A 4ARMB 112LA 244LA 1ZYTA 1LPYA 178LA 1C61A 3CDQA 3FA0A 1L55A 243LA 1L19A 3FADA 1QTBA 1K28A 226LA 3HUKA 157LA 1QUOA 221LA 1L15A 1L53A 3C82A 190LA 1L18A 4ARLA 3HH3A 1XJUA 4W56A 1OV7A 2RB1X 4E97A 2ANVA 3C83A 3QAKA 2RH1A 1L43A 4I7JA 1ZURA 1L83A 1JQUA 217LA 1L26A 1CTWA 161LA 3DKEX 3D4SA 156LA 2Z6BA 1XEPA 211LA 1LYDA 4I7NA 1CX7A 2Q9EA 1LYGA 1SX2A 1D2WA 4W52A 145LA 1NHBA 3DN6A 3GUJA 1L07A 3HTBA 122LA 223LA 2OE4X 232LA 3GUNA 3DN8A 107LA 138LA 1L95A 2F47A 1L28A 3GUKA 4DKLA 181LA 1C6HA 1L64A 1DYFA 4YXCA 1WTHA 1L24A 1LYJA 220LA 129LA 4W55A 1L96A 205LA 213LA 1LLHA 2RBPA 1L87A 1P56A 1OVHA 1L45A 186LA 5LZMA 4LDEA 1L51A 1L30A 2HULA 1LYEA 3HUQA 2RB0X 3VW7A 1L50A 1L20A 1QSBA 1PQIA 1XJTA 3K2RA 1LWGA 2HUMA 256LA 1L97A 4W51A 125LA 1C63A 235LA 1L17A 2OE7X 1D9WA 2OU9A 251LA 4W54A 4EPIA 1D3JA 4W57A 206LA 1G0QA 1P3NA 2F2QA 1SWYA 175LA 218LA 2OE9X 2RBOA 1LI6A 1L56A 224LA 2B6ZA 2RBQA 3C7YA 249LA 4I7SA 184LA 1L48A 1L86A 3DMZA 1L41A 1L40A 1L27A 3F9LA 1T97A 148LE 1OYUA 3GUIA 1L71A 4GRVA 140LA 1L91A 2RBRA 151LA 1QTVA 1L74A 1L42A 1L05A 1CU2A 3OE9A 1SWZA 1C6MA 1C68A 1L88A 222LA 1P6YA 1L29A 1T6HA 1T8GA 1QS5A 4GBRB 126LA 137LA 1QS9A 212LA 118LA 158LA 164LA 1L75A 2LCBA 1QT5A 1QTDA 3DN2A 198LA 1QSQA 4W59A 258LA 165LA 1C6FA 252LA 1LGWA 1L0KA 6LZMA 229LA 1G0KA 1KS3A 1OV5A 1QT4A 1LYFA 1TLAA 1PQJA 2IGCA 1PQMA 2B73A 1C6CA 177LA 1L99A 1DYDA 1C6QA 168LA 1C67A 1L63A 1C6BA 4ARQA 2HUKA 4OO9A 1L92A 1P46A 3GUPA 1P36A 1CU0A 1QTHA 4EKSA 1L35A 1L54A 1L14A 2RBSA 2B75A 4I7TA 1P2LA 250LA 1QT8A 236LA 1QT3A 1L00A 2LC9A 3EMLA 3C8QA 1L11A 259LA 4YX7C 1C6NA 1SSWA 1G0MA 2ANXA 2B74A 4YXAC 219LA 1C65A 160LA 1L94A 4EPFA 3DMXA 1D3NA 1G06A 2O4WA 3F8VA 127LA 3FI5A 1L67A 4EJ4A 1L82A 1L98A 1L49A 1CUQA 195LA 1CX6A 1LI3A 1D3MA 4ZPUA 144LA 3HT7A 3SB6A 1DYBA 197LA 128LA 3C80A 2A4TA 3HH4A 1C6TA 1CUPA 3HT9A 1C6IA 1L47A 152LA 3UONA 1C6KA 1SX7A 196LA 238LA 170LA 4I7PA 3C7WA 1OVKA 228LA 1LGXA 255LA 262LA 245LA 1L59A 1L31A 1L62A 1L60A 4ARPA 247LA 2B6XA 4DJHA 141LA 1JTNA 3C8RA 3HH5A 1L79A 3V2WA 3HH6A 1C60A 227LA 210LA 1L93A 3CDRA 1C6PA 1JTMA 239LA 1L12A 2QARC 3NY9A 187LA 3ODUA 3HUAA 1L69A 1SSYA 189LA 3G3WA 4LZMA 176LA 111LA 3HTFA 199LA 1L32A 4I7RA 1L16A 1L80A 2LZMA 2OEAX 1L02A 3HU8A 234LA 3C8SA 4I7LA 2RAZX 3HDEA 1P7SA 2B70A 1DYGA 1I6SA 1L06A 214LA 119LA 1CV5A 1LGUA 2NTHA 139LA 3LZMA 1L01A 4W58A 123LA 3G3XA 142LA 166LA 1T8AA 1L37A 1C6AA 1QTZA 1EPYA 1KNIA 1P5CA 3CDOA 3SB8A 3G3VA 1CU5A 2B72A 1LI2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TXEA 1JHLA 2ZWBA 1MELL 2Z38A 1QUHA 3A95A 216LA 1WVVA 3CT0A 1VDTA 1L65A 1L89A 1QTKA 1DPWA 5DL9A 3SB7A 1GFAA 1CV4A 2F32A 1NBYC 115LA 1D2YA 4GCFA 1FDLY 1IOSA 2BQDA 5LAFA 1IWYA 230LA 3CQLA 2F2NA 172LA 1DYEA 3A92A 4K5YA 1QT6A 4XJDA 1C69A 130LA 146LA 1GFRA 4EKQA 180LA 1TBYA 3DN4A 1L72A 1LJ3A 4LDLA 4IAPA 5E9RA 4AQNA 134LA 4S0WA 3CDTA 1L44A 4DD3A 2Z19A 1LTMA 4G4BA 5LIOA 3DNAA 1L90A 2OU8A 5C6IA 1W08A 1JKBA 1L81A 2MEAA 1L0JA 5ILCA 3A94A 1FKVA 5LA5A 2B6YA 2HEDA 4PK0A 6LYZA 1XGRC 1CV1A 1AM7A 2D4JA 4LT0A 1KIPC 1L09A 4P2EA 1UUZC 4WM3A 1GE3A 2W1XA 1EQ5A 4LDOA 1B7PA 1I56A 1V7TA 7LZMA 174LA 2B7XA 1B5ZA 1L68A 1UIBA 4LYCA 4H9CA 1TCYA 4WM6A 1G07A 4NG8A 1L66A 2I25L 162LA 1J1PY 4W96A 1YANA 1JKAA 1GE4A 254LA 2BLXA 1LZBA 3W3EA 1LZCA 4J7VA 1C10A 5I14A 1QIOA 1NMMA 3AZ6A 3OE0A 1RCMA 4G4CA 3HU9A 4H91A 1UIFA 1B6IA 3NY8A 1GFVA 1QT7A 2DBTA 5HQ1A 1L52A 3TXBA 4WLYA 4C3WA 4BADA 4A7DA 2MEGA 1QSAA 3A34A 215LA 4ARMB 1FKQA 2B5ZA 1IP7A 3CDQA 1L55A 2GV0A 4LT1A 3FADA 1YKYX 4LT2A 4NHIA 157LA 4ET9A 1L15A 1LSZA 5LYMA 1BGIA 1XFPL 4ARLA 1JJ1A 4W56A 2DQFC 3T6UA 4H9HA 4H9AA 5HNLA 3D3DA 1XEPA 5FELA 1LYDA 1B0DA 1IC5Y 1RJCB 1SX2A 1NHBA 1LSBA 5LVGA 4HTQA 3J4GA 122LA 1DPXA 232LA 3GUNA 4RLNA 4YEOA 3P66A 1L95A 1C6HA 1F6RA 1JIYA 1L64A 1BB5A 1WTHA 2MEIA 193LA 1GF3A 2I26L 3KAMA 1ALCA 213LA 5KXMA 4OOOA 1HSWA 1L30A 1LZ9A 1QSWA 1L20A 4NWHA 3A6CY 125LA 235LA 2OE7X 2LZ2A 4XJIA 1NHEA 1IP2A 3ZEKA 4YEMA 1IY3A 1P3NA 2F2QA 1SWYA 175LA 1LSAA 2OE9X 1L56A 3GXKA 2C8PA 1A2YC 2DKVA 2RBQA 4CJ2A 4IJ4A 2YBIA 1LSYA 4DYGA 1L27A 3F9LA 5LVKA 2XTHA 4N0JA 140LA 1QUTA 194LA 1HEOA 1L91A 1QTVA 4N1CC 4PRQA 4RLMA 1L05A 3A6BY 2EKSC 1E8LA 1EQEA 1DI4A 1NDGC 1C68A 2YBJA 1L29A 1QS5A 137LA 5D5FA 212LA 164LA 4ZIXA 1L75A 1QTDA 4W59A 5LXWA 1GPQC 1LGWA 1L0KA 2HECA 6LZMA 5HLLA 4ETAA 1QT4A 2Z39A 1TLAA 2HEBA 1PQJA 2MEDA 1GBOA 3E3DA 177LA 5APEA 1L99A 1DYDA 4B4EA 1IIZA 1C6QA 4ARQA 5HMJA 5C6JA 2HUKA 1GFGA 4WM4A 2D4IA 1C43A 5FCPA 1GF5A 1QTHA 2F4AA 1LYSA 1L35A 1P2LA 4KT3A 1LHIA 3WPKA 259LA 4YX7C 1GDWA 1G0MA 2ZYPA 1CJ6A 1IEEA 160LA 1LYZA 4EPFA 1B5VA 4ZFPA 1D3NA 1G06A 3FI5A 1L67A 1L82A 1L98A 1L49A 1CUQA 2ZILA 4DD0A 1GEZA 1CX6A 1GHLA 5D5CA 3IWRA 1OUJA 4XJFA 197LA 1DYBA 128LA 1HEPA 1IR8A 4WM2A 1L47A 1REZA 3WL2A 1OUGA 1SX7A 1LSFA 4I7PA 3C7WA 1GBXA 1L31A 3LYTA 1UIGA 4ARPA 2B6XA 4DJHA 5B05A 3C8RA 5LAGA 1L79A 1N4FA 4YM8A 5J7CA 3V2WA 5F16A 1HNLA 210LA 1C6PA 1GF0A 1T6VL 1JTMA 1IR7A 1BHZA 4RDSA 5KXYA 4LZMA 2FBBA 4BAFA 1C08C 4NSIA 3N9CA 1SLYA 1I6SA 1L06A 2BQAA 4W58A 166LA 4WMGA 1EPYA 1P5CA 5B07A 2G4NA 1LSCA 3WUAA 5K7OA 110LA 4J1AA 1FN5A 113LA 4NEBA 4B49A 1LZEA 3GUOA 1HERA 3AGHA 2HEFA 4L41A 1D0MA 188LA 1YL0X 3WVYA 1AT5A 5KXPA 3OE8A 2BQEA 1PQDA 5FSTA 3WU7A 1LW9A 2BQKA 3L2XA 1P2CC 3D9AC 3TXKA 1IWUA 1C6LA 1CU3A 5I5QA 159LA 1GBYA 3BKHA 2ZIJA 3RUNA 4NGVA 2LHMA 1PQKA 2H9JA 1OVJA 253LA 1DI3A 1WQRA 2MECA 1B7MA 1L34A 4XYYA 6LYTA 2HEEA 3PDSA 2O79A 1LSEA 155LA 1AT6A 3SN6R 4EXMA 1LYHA 1PZYA 1UCOA 4ARQB 4WL6A 3RZEA 1C6EA 1GFKA 4EKRA 1L85A 1PQOA 1BVKC 1XGPC 1HSXA 4ARJA 2D6BA 4IATA 4N9RA 2HUBA 3P65A 1P2RA 4NHTA 1EL1A 3SB5A 3P4ZA 4UWUA 4CFPA 1C64A 1OP9B 4B4JA 1GB0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2QAR C;  3NY9 A;  187L A;  3ODU A;  3HUA A;  1L69 A;  1SSY A;  189L A;  3G3W A;  4LZM A;  176L A;  111L A;  3HTF A;  199L A;  1L32 A;  4I7R A;  1L16 A;  1L80 A;  2LZM A;  2OEA X;  1L02 A;  3HU8 A;  234L A;  3C8S A;  4I7L A;  2RAZ X;  3HDE A;  1P7S A;  2B70 A;  1DYG A;  1I6S A;  1L06 A;  214L A;  119L A;  1CV5 A;  1LGU A;  2NTH A;  139L A;  3LZM A;  1L01 A;  4W58 A;  123L A;  3G3X A;  142L A;  166L A;  1T8A A;  1L37 A;  1C6A A;  1QTZ A;  1EPY A;  1KNI A;  1P5C A;  3CDO A;  3SB8 A;  3G3V A;  1CU5 A;  2B72 A;  1LI2 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3TXE A;  1JHL A;  2ZWB A;  1MEL L;  2Z38 A;  1QUH A;  3A95 A;  216L A;  1WVV A;  3CT0 A;  1VDT A;  1L65 A;  1L89 A;  1QTK A;  1DPW A;  5DL9 A;  3SB7 A;  1GFA A;  1CV4 A;  2F32 A;  1NBY C;  115L A;  1D2Y A;  4GCF A;  1FDL Y;  1IOS A;  2BQD A;  5LAF A;  1IWY A;  230L A;  3CQL A;  2F2N A;  172L A;  1DYE A;  3A92 A;  4K5Y A;  1QT6 A;  4XJD A;  1C69 A;  130L A;  146L A;  1GFR A;  4EKQ A;  180L A;  1TBY A;  3DN4 A;  1L72 A;  1LJ3 A;  4LDL A;  4IAP A;  5E9R A;  4AQN A;  134L A;  4S0W A;  3CDT A;  1L44 A;  4DD3 A;  2Z19 A;  1LTM A;  4G4B A;  5LIO A;  3DNA A;  1L90 A;  2OU8 A;  5C6I A;  1W08 A;  1JKB A;  1L81 A;  2MEA A;  1L0J A;  5ILC A;  3A94 A;  1FKV A;  5LA5 A;  2B6Y A;  2HED A;  4PK0 A;  6LYZ A;  1XGR C;  1CV1 A;  1AM7 A;  2D4J A;  4LT0 A;  1KIP C;  1L09 A;  4P2E A;  1UUZ C;  4WM3 A;  1GE3 A;  2W1X A;  1EQ5 A;  4LDO A;  1B7P A;  1I56 A;  1V7T A;  7LZM A;  174L A;  2B7X A;  1B5Z A;  1L68 A;  1UIB A;  4LYC A;  4H9C A;  1TCY A;  4WM6 A;  1G07 A;  4NG8 A;  1L66 A;  2I25 L;  162L A;  1J1P Y;  4W96 A;  1YAN A;  1JKA A;  1GE4 A;  254L A;  2BLX A;  1LZB A;  3W3E A;  1LZC A;  4J7V A;  1C10 A;  5I14 A;  1QIO A;  1NMM A;  3AZ6 A;  3OE0 A;  1RCM A;  4G4C A;  3HU9 A;  4H91 A;  1UIF A;  1B6I A;  3NY8 A;  1GFV A;  1QT7 A;  2DBT A;  5HQ1 A;  1L52 A;  3TXB A;  4WLY A;  4C3W A;  4BAD A;  4A7D A;  2MEG A;  1QSA A;  3A34 A;  215L A;  4ARM B;  1FKQ A;  2B5Z A;  1IP7 A;  3CDQ A;  1L55 A;  2GV0 A;  4LT1 A;  3FAD A;  1YKY X;  4LT2 A;  4NHI A;  157L A;  4ET9 A;  1L15 A;  1LSZ A;  5LYM A;  1BGI A;  1XFP L;  4ARL A;  1JJ1 A;  4W56 A;  2DQF C;  3T6U A;  4H9H A;  4H9A A;  5HNL A;  3D3D A;  1XEP A;  5FEL A;  1LYD A;  1B0D A;  1IC5 Y;  1RJC B;  1SX2 A;  1NHB A;  1LSB A;  5LVG A;  4HTQ A;  3J4G A;  122L A;  1DPX A;  232L A;  3GUN A;  4RLN A;  4YEO A;  3P66 A;  1L95 A;  1C6H A;  1F6R A;  1JIY A;  1L64 A;  1BB5 A;  1WTH A;  2MEI A;  193L A;  1GF3 A;  2I26 L;  3KAM A;  1ALC A;  213L A;  5KXM A;  4OOO A;  1HSW A;  1L30 A;  1LZ9 A;  1QSW A;  1L20 A;  4NWH A;  3A6C Y;  125L A;  235L A;  2OE7 X;  2LZ2 A;  4XJI A;  1NHE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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