1GFTA

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at the surface positions
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWYAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Positive contribution of hydration structure on the surface of human lysozyme to the conformational stability.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 52
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gftA00
1I20A 3W6DA 1C45A 5LVIA 1HENA 3EMSA 4ET9A 1GBSA 1UACY 2BQIA 1CKHA 1GF4A 1MLCE 2C8OA 2ZIJA 1V7TA 1OUEA 3F6ZA 4NHPA 1FDLY 1GF9A 1UCOA 1IEEA 1XEIA 2G4QA 1IX0A 4PRQA 3WPLA 4AGAA 1EQ5A 2W1XA 5I54A 208LA 3WH1A 5A3EA 1GF6A 1JJ3A 4RLNA 1B7LA 1W08A 2G4NA 3AZ5A 1GEZA 4M6DA 3WUMA 5KXRA 2DQJY 1LSZA 4G4HA 4ET8A 1HELA 2MEDA 4O34A 1AT6A 1LSMA 3LYOA 4KL7A 3WXUA 5B59A 1IP6A 2BAAA 1GF0A 1C46A 5LVGA 1IC5Y 1EL1A 2ZNWY 1GXXA 4XJHA 1LZNA 3TMXA 2I26L 4ETBA 1LYSA 1LJHA 1RCMA 3TXGA 2N5ZA 1J1XY 4ANRA 4WO9A 1GBXA 4QEQA 1DZBX 4PHIA 5EBHA 4DDCA 5KXXA 7LYZA 3B6LA 1HERA 4H8XA 1EQEA 1JKAA 1GB8A 1LMPA 5KXLA 1LHJA 1NDMC 1H87A 4B1AA 1IP3A 3CSQA 4NGOA 1IP5A 4TTDA 1GBYA 2Z19A 1C08C 4ETAA 2BQMA 1AT5A 4H9IA 2CDSA 1VEDA 2ZWBA 4WM4A 5B1FA 3LZTA 1HC0A 3WMKA 1IP4A 2LZTA 1NWGA 4NWHA 2F30A 5FCPA 1GFTA 4I0CA 5LVJA 5M1YA 1HNLA 5HNLA 3T36A 1GFUA 4RW1A 1GE0A 3QE8A 1IO5A 5DL9A 1LMNA 2YBLA 1D0LA 4A7DA 4ZFPA 3RW8A 1J1PY 3N9CA 2PC2A 5KXZA 2CJLA 1UICA 2DKVA 4YEMA 4D9ZA 4H92A 1JITA 1GB6A 2EKSC 1DKJA 4X3BA 1YANA 5APDA 4NHSA 1CNSA 4XN6A 1YAMA 1HEMA 3WW6A 2BQKA 3M18B 4H93A 3N9AA 1D0MA 2BQHA 5KXOA 1LKRA 4OOOA 4UWUA 4B4IA 2W1LA 4IASA 1G7HC 1LZ1A 1LMCA 3RU5A 1NF5A 2DQIY 4BAPA 6LYZA 2DQCY 4NG8A 3KAMA 1B7OA 3A94A 4HJVA 4UWVA 5E9RA 4E3UA 1LJ3A 2B5ZA 4LGKA 4NSIA 1KIRC 1B5WA 4I8SA 1LMTA 4ETDA 1XGTC 1IR8A 4QY9A 3FI7A 3TXFA 2F4AA 4DC4A 1ZVYB 1LJKA 3TXHA 3P64A 1LMAA 4PGJB 1WQRA 4OW1A 4G4BA 1JWRA 2YSSC 1GAZA 1IVMA 2CWIA 4NHTA 3ATOA 1D6PA 1JKBA 1I56A 2YBMA 4GCBA 4J1BA 3VWOA 5KKIA 5T3FA 154LA 1XSFA 5D5FA 5LVHA 4FDYA 3A95A 4OWCA 2D4IA 3TXIA 3WVXA 1LZSA 1BWJA 5KXYA 5K7OA 4NEBA 2CGIA 1FN5A 1RE2A 2BQJA 4OWHA 1B5ZA 2BPUA 1UIAA 1CJ7A 1F6SA 1B7NA 1XGPC 4LYTA 5DN5A 1YAPA 4YENA 3G3AB 3T6UA 1HFYA 1BB4A 1GB5A 3HFMY 4KPMA 2MECA 2D91A 4W94A 4L41A 4NGVA 1WVUA 1WQPA 3P66A 1LSNA 2IHLA 5DN4A 1DI5A 4DT3A 1LYYA 2F4GA 4DD1A 1UIBA 1XEKA 1YROA 1GF5A 1DI3A 4LT1A 4LT3A 2MEHA 2XJWA 2Z38A 3J4GA 4R6CA 5LYZA 1REXA 2Z2EA 1TBYA 1GAYA 4LYOA 4H8YA 4WLYA 5KXKA 1HMKA 2W1MA 1GHLA 1GE2A 4RLMA 3CSRA 3WU7A 2LHMA 4U3XB 4CFPA 4NIJA 5LYMA 1GD6A 4WL6A 1HF4A 1LZ6A 1RI8B 5KXTA 1B7RA 1HFZA 1LZRA 5LINA 1OQMA 5I4XA 1GFVA 3WW5A 3CB7A 1ALCA 3IWRA 5LYTA 1C7PA 1XEJA 4DDAA 2LYMA 5KJ9A 1YKZX 4TSCA 1V7SA 1UIGA 1INUA 1CKCA 1BB6A 1NHEA 1LJIA 3AW6A 4G4CA 3AZ7A 4HP0A 4CHXA 4DD2A 1PZYA 1TDYA 1UIEA 5FEKA 1VATA 3TXDA 2FBBA 194LA 2DBTA 2Y8PA 3TMWA 4HTNA 4WM1A 4J7VA 1LTMA 2XTHA 1NQIA 4H9CA 1ZVHL 5F9XA 4M4OA 3CT1A 3E3DA 3MGWA 4GCFA 3EBAB 4MR1A 133LA 1HEWA 2MEBA 1CKFA 1HEOA 1IOSA 1TCYA 1YQVY 2BQBA 4EMNA 1LZGA 4DYGA 3TXKA 4GN5C 1DQJC 1BHZA 2H5ZA 5APEA 1O23A 2YDGA 1LYOA 2RSCA 4HV2A 3WUAA 4N1CC 1UUZC 1QSWA 2ZYCA 3AGGG 1T3PA 1LSBA 3CQLA 2NWDX 1IWYA 4ETCA 1D6QA 4WLDA 1NMMA 1AM7A 1LZTA 4NFVA 1YIKA 3WYHA 2DQAA 3CSZA 4G9SA 5APFA 1JEFA 3A3QA 3TMVA 1GEVA 4QGZA 1YILA 1P2CC 4TSBA 1IC4Y 3AJNA 1B7PA 1IWXA 1LZ8A 2D4JA 3LZ2A 3ATNA 4FJRA 4IATA 4N5RA 4OWAA 1VDSA 4GCDA 1QUSA 1WQNA 4P2EA 1QUTA 4DD0A 4DWXA 1BB3A 2BQNA 5II3A 3AGHA 3RZ4A 1JISA 4BAFA 4DD3A 1CJ8A 1J1OY 5LA5A 1LKSA 4XJIA 1IOTA 1F0WA 1UIFA 1QDTA 9LYZA 4IJ4A 4HPEA 1GF8A 2H9KA 4XJGA 2I6ZA 3WUNA 1GFJA 1GPQC 4H9BA 1LZ5A 1OUIA 2HEBA 4PJ2C 1OUHA 4QDNA 1GE1A 2BQFA 4WG7A 1GBZA 1GBWA 4H9AA 5KXSA 3TXJA 1CJ9A 2I25L 1FKQA 4G49A 1LHMA 1JTOL 4YM8A 4OWBA 5ILFA 5LVKA 1LMOA 1OUBA 5FELA 1B7SA 4ML7A 4YEOA 1IC7Y 1IP7A 4DD7A 3GXRA 4EOFA 1IWZA 2HECA 4LT2A 4HPIA 4HTKA 1LHKA 2FYDA 2YBNA 134LA 1JTPL 4H9FA 5IELA 3AGIA 2YBHA 5LIOA 2FYCA 132LA 2LYZA 1TAYA 1D0KA 3BKVA 3A93A 1IP1A 2Z18A 1QIOA 3K3TA 1LZ9A 1GB2A 1VDTA 4LYCA 4TUNA 4DDBA 3FE0A 5L3HA 1YKXX 4TX7A 3LYMA 1IWUA 1QTEA 2LZ2A 4HTQA 2BQLA 1SQ2L 3QNGA 3WULA 4NHQA 1UC0A 4NGLA 1B0DA 2BQEA 5FHWA 1LZCA 1ZV5L 1UIHA 2XBSA 1GF3A 5DM9A 4AXTA 2XBRA 4HJZA 1KXYA 1F10A 2Z39A 4GLAA 3B72A 4UWNA 5B06A 2DQEY 1NKHA 4RDSA 3AYQA 2HU1A 4W96A 1LHIA 4NGZA 4XENA 3LYZA 5E4PA 4BS7A 1HHLA 1LSDA 4H94A 1LSFA 1LSGA 4H90A 4XADA 1NBZC 5DLAA 3EXDA 3W3EA 2EIZC 1LZEA 1JKCA 4GN4A 4C3WA 1HEPA 2YBIA 4XJBA 4NHIA 1GF7A 1LJEA 1DXJA 1OP9B 3CT5A 4RW2A 1GB0A 2ZIKA 4YOPA 5FDJA 3TXBA 1RJCB 2A7FA 1LZAA 5HMVA 1LZ4A 4NSGA 3WPJA 1IY3A 1IR9A 2Z37A 2HEDA 3TMUA 1AZFA 1KIQC 1GDXA 1GFGA 1LHHA 5I5QA 1QTKA 1IIZA 1T6VL 4TWSA 3ZEKA 5KXMA 1XGUC 1YL0X 5L3IA 5A3ZA 2G4PA 1VFBC 4GLVA 3A8ZA 3IJUA 8LYZA 4YF2A 3B0KA 4Z46A 1HSWA 2YVBA 4KT3A 5F81A 3A3RX 3A34A 4Z3MA 3A67Y 4LFPA 2Z2FA 3BKHA 3B0IA 1IORA 3D9AC 4LT0A 4WMGA 5LAGA 1CKDA 1DPXA 1XGRC 3EO5A 4J0LA 1YAQA 4WM6A 1VDPA 1UA6Y 6LYTA 4MSTA 1IWTA 4LYZA 1ZMYL 1IWVA 2BQOA 3TXEA 3WPKA 2VB1A 4R0FA 1JKDA 1RFPA 4MCKA 4NGIA 3A96A 4NGKA 1FLWA 1BVKC 1KXWA 3RNXA 5C6JA 1B9OA 1XGQC 1CKGA 2IFFY 5KXPA 3ZVQA 3CT0A 3OK0A 5HLLA 5I4WA 5LXWA 3AB6A 1LJFA 3A90A 1WQMA 1LJ4A 1OUJA 3ULRA 3W6FA 1GFHA 2BQDA 1JIYA 2MEIA 4GCEA 1LPIA 2DQHY 5JENB 1GFKA 5AMYA 1JSEA 4B4EA 1GFEA 3M3UA 4CFOA 2HU3A 2D4KA 2AUBA 4CGEA 1BWHA 1GDWA 3IJVA 2HTXA 4NWEA 1WQOA 1GBOA 3W6BA 1G7LC 3WU8A 5L9JA 1IR7A 4NSJA 4LFXA 3A91A 1QDRA 4NGYA 1OUAA 1B7QA 4CJ2A 1LYZA 1LSYA 5I53A 4WLTA 4GCCA 2BLYA 4HV1A 4NY5A 4Z98A 5F14A 1JPOA 3P4ZA 1A4VA 4PRUA 4PPOA 1DKKA 1B5YA 1HSXA 1E8LA 1D9UA 1GFAA 1BB7A 1CJ6A 3HBDA 5D5CA 3QY4A 2W1YA 2X0AA 5APCA 4NG1A 2BLXA 1C10A 1REMA 5B1GA 1LCNA 1OUCA 3A92A 4KXIA 1B2KA 3A6CY 4WO6A 1B5VA 2WARA 1B7MA 1BWIA 1OUGA 4ETEA 3WU9A 1B5UA 1UIDA 3G3BB 1UBZA 1REZA 4GN3A 4NGJA 4WG1A 5LA8A 5KXWA 1A2YC 3A6BY 4B49A 1LZBA 2DQDY 4WOAA 1LJGA 1EQ4A 2YBJA 3B0OA 5FSTA 4WM5A 3P65A 2BQAA 1IOQA 1LSCA 1SLYA 5F9UA 4LZTA 4WL7A 3W6EA 1LZYA 1DPWA 3D3DA 3RT5X 1JSFA 1OUDA 2Q0MX 4DD9A 1YKYX 4XYYA 2ZILA 3W6CA 4ZIXA 1JUGA 1G7JC 1OUFA 2H9JA 1WQQA 2C8PA 2D6BA 4N0JA 2HUBA 5B05A 1HMLA 5J7CA 1FLQA 5C6LA 3LHMA 4B4JA 4Z41A 1IOCA 1WTNA 4WLXA 2EPEA 3W6AA 3ZVQB 1QQYA 3GXKA 1LSEA 4LYBA 2ZQ3A 1NDGC 2HEAA 193LA 1I1ZA 2ZNXY 4OWEA 207LA 5B07A 4H1PA 1LSPA 5ILCA 2EQLA 3LYTA 4NSHA 4WM3A 2MEFA 1AKIA 4XJDA 4C5FA 1VAUA 4II8A 4H9HA 2Z12A 2DQGY 1IP2A 1FLYA 3WL2A 3WVYA 1IY4A 135LA 4H91A 1LZDA 1BQLY 1MELL 1HFXA 2LYOA 2ZQ4A 5C6IA 1B5XA 1LAAA 4XJFA 1GE3A 1BB5A 3SP3A 3P68A 1TEWA 3HBEX 1GXV2 4H8ZA 1GB7A 1XFPL 1FBIX 2HEFA 4NGWA 4H9EA 5IDDA 5KY1A 1LHLA 1PS5A 1LMQA 2FBDA 1LJJA 2BQCA 1Z55A 1KIPC 1VDQA 2MEEA 3LN2A 1GE4A 2A7DA 1GWDA 1NBYC 1YL1X 4ZEEA 1REYA 1QSAA 1W6ZA 1JHLA 4LYMA 153LA 1FLUA 1FKVA 5KKJA 1F6RA 1WTMA 5HNCA 3J6KA 5F16A 1GB3A 4N1EI 5IHGA 2GV0A 4HSFA 3WXTA 1KXXA 3AZ4A 3AW7A 2BQGA 4BADA 1G7MC 1JJ1A 1H6MA 1JJ0A 3OJPA 2MEAA 3N9EA 1GFRA 1BVXA 1WVVA 4WM2A 2ZYPA 3AZ6A 4J1AA 4N8ZA 4B0DA 5I4YA 1YAOA 4HJYA 1DI4A 5HMJA 5HQ1A 1N4FA 1JTTL 1C43A 4N9RA 2F2NA 1LSAA 3HBHA 1BGIA 1GB9A 2DQFC 5KXNA 5LAFA 1HEQA 1IWWA 1LOZA 2MEGA 2HEEA 1LJNA 1G7IC 4OOTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3W6DA 1C45A 227LA 1UACY 1CKHA 3F6ZA 2C8OA 1DYGA 4NHPA 1PQKA 1IX0A 1L45A 3WH1A 1GF6A 4ZPUA 1B7LA 1W08A 3AZ5A 4M6DA 4O34A 1LSMA 3WXUA 3DN4A 2BAAA 1C6MA 1IC5Y 2ZNWY 4XJHA 4ETBA 1RCMA 205LA 2N5ZA 4QEQA 4DDCA 5KXXA 7LYZA 1LMPA 1LHJA 1QUOA 221LA 1H87A 3CSQA 1QT8A 3SN6R 3FADA 3HTFA 2ZWBA 1D2WA 5B1FA 3LZTA 245LA 1NWGA 2F30A 5M1YA 1HNLA 5HNLA 3SBAA 3T36A 1GFUA 4ZFPA 3RW8A 2PC2A 5KXZA 2CJLA 4YEMA 4D9ZA 4X3BA 103LA 3GUOA 5APDA 1CNSA 3WW6A 1HEMA 3HH5A 2BQKA 3M18B 177LA 1L21A 3N9AA 3GUMA 1C64A 5KXOA 4UWUA 3HTGA 1LZ1A 238LA 3RU5A 4W53A 3A94A 2QARC 5E9RA 2ANXA 1LJ3A 1L81A 1KIRC 1B5WA 4ETDA 1XEPA 2F4AA 1ZVYB 1LJKA 3TXHA 3FI5A 1WQRA 4OW1A 1CTWA 1C6IA 3ATOA 1JKBA 2YBMA 3VWOA 5KKIA 102LA 5T3FA 5D5FA 4I7MA 3A95A 2D4IA 260LA 3WVXA 4W55A 1BWJA 5KXYA 1CU0A 1FN5A 4OWHA 5DN5A 1B7NA 3T6UA 1L41A 1BB4A 108LA 4NGVA 2O4WA 4DT3A 1LSNA 206LA 1L75A 4LT3A 3J4GA 4R6CA 2Z2EA 4LYOA 2B72A 2F47A 1LZ6A 5KXTA 3FA0A 1LZRA 1OWZA 2OTYX 1L49A 1P3NA 1L08A 3IWRA 5LYTA 1XEJA 5KJ9A 1INUA 1PQIA 4HP0A 1CV1A 1TDYA 1UIEA 5FEKA 4I7OA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1I20 A;  3W6D A;  1C45 A;  5LVI A;  1HEN A;  3EMS A;  4ET9 A;  1GBS A;  1UAC Y;  2BQI A;  1CKH A;  1GF4 A;  1MLC E;  2C8O A;  2ZIJ A;  1V7T A;  1OUE A;  3F6Z A;  4NHP A;  1FDL Y;  1GF9 A;  1UCO A;  1IEE A;  1XEI A;  2G4Q A;  1IX0 A;  4PRQ A;  3WPL A;  4AGA A;  1EQ5 A;  2W1X A;  5I54 A;  208L A;  3WH1 A;  5A3E A;  1GF6 A;  1JJ3 A;  4RLN A;  1B7L A;  1W08 A;  2G4N A;  3AZ5 A;  1GEZ A;  4M6D A;  3WUM A;  5KXR A;  2DQJ Y;  1LSZ A;  4G4H A;  4ET8 A;  1HEL A;  2MED A;  4O34 A;  1AT6 A;  1LSM A;  3LYO A;  4KL7 A;  3WXU A;  5B59 A;  1IP6 A;  2BAA A;  1GF0 A;  1C46 A;  5LVG A;  1IC5 Y;  1EL1 A;  2ZNW Y;  1GXX A;  4XJH A;  1LZN A;  3TMX A;  2I26 L;  4ETB A;  1LYS A;  1LJH A;  1RCM A;  3TXG A;  2N5Z A;  1J1X Y;  4ANR A;  4WO9 A;  1GBX A;  4QEQ A;  1DZB X;  4PHI A;  5EBH A;  4DDC A;  5KXX A;  7LYZ A;  3B6L A;  1HER A;  4H8X A;  1EQE A;  1JKA A;  1GB8 A;  1LMP A;  5KXL A;  1LHJ A;  1NDM C;  1H87 A;  4B1A A;  1IP3 A;  3CSQ A;  4NGO A;  1IP5 A;  4TTD A;  1GBY A;  2Z19 A;  1C08 C;  4ETA A;  2BQM A;  1AT5 A; 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 3W6A A;  3ZVQ B;  1QQY A;  3GXK A;  1LSE A;  4LYB A;  2ZQ3 A;  1NDG C;  2HEA A;  193L A;  1I1Z A;  2ZNX Y;  4OWE A;  207L A;  5B07 A;  4H1P A;  1LSP A;  5ILC A;  2EQL A;  3LYT A;  4NSH A;  4WM3 A;  2MEF A;  1AKI A;  4XJD A;  4C5F A;  1VAU A;  4II8 A;  4H9H A;  2Z12 A;  2DQG Y;  1IP2 A;  1FLY A;  3WL2 A;  3WVY A;  1IY4 A;  135L A;  4H91 A;  1LZD A;  1BQL Y;  1MEL L;  1HFX A;  2LYO A;  2ZQ4 A;  5C6I A;  1B5X A;  1LAA A;  4XJF A;  1GE3 A;  1BB5 A;  3SP3 A;  3P68 A;  1TEW A;  3HBE X;  1GXV 2;  4H8Z A;  1GB7 A;  1XFP L;  1FBI X;  2HEF A;  4NGW A;  4H9E A;  5IDD A;  5KY1 A;  1LHL A;  1PS5 A;  1LMQ A;  2FBD A;  1LJJ A;  2BQC A;  1Z55 A;  1KIP C;  1VDQ A;  2MEE A;  3LN2 A;  1GE4 A;  2A7D A;  1GWD A;  1NBY C;  1YL1 X;  4ZEE A;  1REY A;  1QSA A;  1W6Z A;  1JHL A;  4LYM A;  153L A;  1FLU A;  1FKV A;  5KKJ A;  1F6R A;  1WTM A;  5HNC A;  3J6K A;  5F16 A;  1GB3 A;  4N1E I;  5IHG A;  2GV0 A;  4HSF A;  3WXT A;  1KXX A;  3AZ4 A;  3AW7 A;  2BQG A;  4BAD A;  1G7M C;  1JJ1 A;  1H6M A;  1JJ0 A;  3OJP A;  2MEA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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