1L28A

Replacements of pro86 in phage t4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKGVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Replacements of Pro86 in phage T4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l28A00
2B6XA 1G0MA 2OU9A 3HUQA 1C6KA 145LA 251LA 256LA 1QT3A 123LA 4ARMB 1G0KA 1C63A 1PQOA 1C6HA 1QT4A 1ZWNA 1P6YA 1L31A 210LA 3DMZA 3HU9A 1QUOA 3OE9A 1CU6A 1L23A 1QTHA 239LA 1L56A 166LA 4EPIA 1G0GA 249LA 1L43A 3SB6A 1JTMA 1P36A 1L54A 4I7LA 3SB7A 2NTHA 1G1WA 1QTDA 3SB5A 1LI2A 1CUQA 1B6IA 1L44A 4W54A 1L83A 1CV0A 1QUHA 1DYDA 1LWGA 219LA 4I7QA 4DKLA 1L27A 3SBAA 1XJUA 1L55A 211LA 170LA 1LI3A 1L51A 3LZMA 3K2RA 1QUGA 1L35A 220LA 3NY8A 164LA 1L72A 1LYGA 3C8RA 1P5CA 1G1VA 3CDQA 1L73A 1KW7A 1L08A 3DMXA 152LA 3CDRA 1OV7A 1C6BA 3FI5A 1EPYA 2RB0X 4S0WA 2OEAX 141LA 3UONA 3GUJA 1L76A 2OE9X 1P46A 131LA 4EKQA 3HH6A 4YXCA 223LA 1LGUA 4W52A 4ARQB 2Z6BA 3GULA 1LYFA 183LA 1LYJA 2B74A 4I7MA 2ANXA 4ZPUA 1C6EA 113LA 233LA 1L70A 1L39A 243LA 1C6PA 1C6JA 1L15A 1OV5A 260LA 2B72A 3G3XA 3OE6A 224LA 1L93A 1PQIA 1QTBA 3C8SA 1L19A 147LA 1CV1A 1C66A 1JTNA 4I7RA 3G3WA 2OTZX 1DYFA 2LC9A 221LA 2RB2X 1L95A 3D4SA 1L77A 1CX6A 2RBNA 1LGWA 1L81A 231LA 2Q9EA 4ARLA 1D2WA 3V2YA 182LA 191LA 1L06A 1OVJA 1L59A 1CU0A 3L2XA 1L53A 4EKPA 226LA 1C6AA 165LA 1L13A 3HTDA 1TLAA 1ZYTA 1T8AA 139LA 1KW5A 1SWYA 222LA 1OVHA 1DYCA 244LA 5I14A 175LA 1L45A 2Q9DA 2B6ZA 1L37A 217LA 242LA 1CTWA 215LA 1L07A 199LA 1L17A 3HT9A 1L89A 2A4TA 1DYGA 1KY0A 110LA 2B75A 1L36A 1C6GA 120LA 1C6MA 118LA 142LA 240LA 126LA 3PDSA 1CX7A 169LA 3OE0A 1D3JA 1L47A 2RAYX 1L29A 1L88A 3HUKA 1C6LA 4YXAC 1L87A 149LA 180LA 227LA 1PQKA 4W56A 209LA 257LA 3DN6A 1C6NA 192LA 1SSWA 3DN2A 4W59A 4DAJA 1L04A 162LA 1L86A 3CDVA 4EXMA 1OVKA 1CV5A 262LA 3JR6A 3RZEA 3HDFA 4W58A 4W53A 1L99A 1CV4A 1L58A 3DN4A 1L96A 148LE 1L79A 172LA 2F32A 1XEPA 159LA 1L11A 1L12A 1L18A 1L75A 4YX7C 1QTVA 3DN3A 104LA 1C6TA 174LA 4I7OA 1L62A 3HH4A 3C7WA 1L34A 1I6SA 2OU8A 181LA 3G3VA 1LPYA 1D9WA 1C6DA 1CVKA 3EMLA 1C6IA 143LA 237LA 2OE7X 1L82A 1LYEA 213LA 3NY9A 1L41A 1DYBA 187LA 3GUKA 2RBPA 161LA 1LWKA 1LGXA 225LA 3ODUA 248LA 1L94A 1G0LA 4EKRA 3FA0A 146LA 4I7NA 1L42A 2RAZX 2B7XA 1D3MA 4E97A 2O4WA 158LA 1L71A 3HTFA 171LA 1D2YA 1P2LA 247LA 1L22A 3CDOA 190LA 2IGCA 130LA 107LA 1CV6A 1L67A 4W51A 1PQJA 1L46A 1L24A 1DYEA 1NHBA 3DKEX 3SBBC 1P64A 1QT5A 111LA 1L85A 1C65A 144LA 1L02A 3C82A 238LA 1L97A 196LA 1L80A 4AQNA 2B73A 1L21A 3HT7A 245LA 3GUNA 1L26A 1QT6A 2HUMA 4DJHA 1ZURA 216LA 3C7YA 1JQUA 3NYAA 119LA 2LCBA 151LA 1LLHA 3HUAA 1LI6A 3F9LA 1D3NA 1L98A 1L40A 255LA 258LA 177LA 2B70A 201LA 1L09A 157LA 3CDTA 1L68A 1QTCA 1L28A 2QB0B 1SX2A 1DYAA 4W55A 1L32A 2B6YA 3C83A 1LW9A 1QT7A 184LA 1L01A 1L16A 250LA 2OE4X 4GBRB 1C67A 3V2WA 3DMVA 137LA 1L66A 230LA 1PQMA 3FADA 127LA 261LA 1L33A 2L78A 1WTHA 129LA 1L61A 7LZMA 1PQDA 2HUKA 197LA 2F2QA 1L64A 3HH5A 2O7AA 4LDOA 1D3FA 2RBSA 186LA 1C60A 1C64A 3PBLA 1L74A 1L57A 4ARMA 218LA 1P56A 1T6HA 3VW7A 3HT8A 3OE8A 3GUPA 2OU0X 1T8GA 3GUIA 3HU8A 2LZMA 3SB9A 1L10A 2F47A 2ANVA 1SWZA 1L92A 4I7SA 1CV3A 3GUOA 1CU3A 200LA 2NTGA 4GRVA 4K5YA 3DN1A 1LYHA 3SB8A 155LA 3RUNA 1L91A 1P2RA 1K28A 4I7TA 1QTZA 229LA 3HH3A 1CU5A 2CUUA 3DN8A 4I7PA 156LA 3F8VA 1KS3A 1KY1A 4PJZA 2OTYX 1L52A 115LA 1G0QA 1CU2A 1G06A 214LA 1L49A 103LA 138LA 206LA 1OWYA 1G07A 1G0JA 3HT6A 1OWZA 1C6CA 167LA 1LYDA 1L63A 246LA 1C62A 108LA 1L50A 1L00A 241LA 3L64A 2RBOA 1C6QA 102LA 168LA 1P37A 4ARPA 2O79A 160LA 1L30A 140LA 1L38A 1LYIA 1P7SA 3DNAA 1T8FA 1L14A 128LA 1C61A 2HULA 2RBRA 185LA 1L0KA 3HTBA 205LA 4I7KA 198LA 150LA 176LA 4ARQA 1L60A 1SX7A 236LA 2B6TA 1QT8A 3HTGA 4EPFA 1P3NA 235LA 1QSQA 114LA 2QARC 188LA 1CUPA 254LA 1L84A 1QSBA 3C81A 1OYUA 3C7ZA 4W57A 1L05A 4ARJA 2RB1X 1L20A 1XJTA 4LDLA 4IAPA 228LA 252LA 5LZMA 6LZMA 1L48A 3GUMA 1QUDA 232LA 3HDEA 4LZMA 253LA 3C8QA 189LA 1T97A 4I7JA 178LA 4OO9A 1L0JA 4EKSA 1C69A 112LA 195LA 1L65A 234LA 1C68A 1C6FA 212LA 1L03A 259LA 4LDEA 122LA 125LA 3DN0A 1L90A 4PK0A 2RH1A 1QS9A 173LA 1L69A 3SN6R 1G0PA 3QAKA 109LA 3HWLA 1L25A 1KNIA 4EJ4A 2B6WA 2RBQA 1QS5A 3C80A 1SSYA 163LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1G0MA 3AB6A 1B0DA 5KXMA 1QT3A 1RJCB 123LA 3W3EA 4TSCA 1IWXA 1PQOA 2Z37A 1ZWNA 3DMZA 3HU9A 3OE9A 4H1PA 1QTHA 2BQJA 5LVHA 166LA 4WG7A 3W6FA 3LZTA 1P36A 1L54A 1JKAA 2NTHA 3WPJA 3SB5A 1QQYA 1IP2A 4DD9A 1GFKA 2YDGA 3EBAB 1H87A 1CV0A 1L83A 4I7QA 4RLMA 1L27A 4IJ4A 1L55A 1ZV5L 3LZMA 4N0JA 2W1YA 3QE8A 3C8RA 4C3WA 1P5CA 1CKGA 1HSWA 1KIQC 1CJ7A 5KXNA 152LA 4ZFPA 1GEZA 4BAPA 4DD3A 141LA 1LSFA 2HU1A 2OE9X 1P46A 4P2EA 4WG1A 4QY9A 5B06A 2YBJA 1T6VL 4W52A 1LHLA 4RW2A 4GN3A 183LA 2B74A 2ZNWY 4DD1A 2ANXA 4ZPUA 5KXKA 4MCKA 4B49A 243LA 3HBEX 1OV5A 4ETDA 3G3XA 3OE6A 2NWDX 1BGIA 3C8SA 3AZ6A 147LA 2DQDY 2HEAA 1LZYA 3G3WA 4XYYA 2LC9A 2HEBA 2G4PA 5EBHA 2BQAA 1L81A 231LA 1IWZA 1BHZA 5T3FA 182LA 191LA 1OQMA 3L2XA 1OVJA 5LXWA 1D0MA 1T8AA 1GBSA 1SWYA 2Z19A 1JKCA 5I14A 1LZ4A 2Z2EA 4GLVA 217LA 4ETEA 1WTNA 5J7CA 1L17A 4TSBA 5KXOA 1KY0A 1YIKA 1G7MC 1L36A 3WYHA 4RLNA 1QDTA 1C6MA 5F9UA 1NWGA 3N9EA 1JSEA 3HUKA 5DLAA 149LA 1PQKA 1IP7A 5B1GA 5L3HA 1B7RA 1L04A 1HENA 5C6JA 1HFYA 3JR6A 3HDFA 3M18B 4CGEA 4HTKA 2DQFC 4DD7A 4LZTA 3WW5A 1G7LC 1L11A 1L18A 3TMUA 1YAQA 4AGAA 104LA 1GFHA 174LA 4RW1A 4I7OA 1L62A 4NHQA 3C7WA 4DDCA 3RU5A 1I6SA 181LA 2HUBA 1MELL 3E3DA 2FYDA 3AZ5A 1XGUC 153LA 2XBRA 187LA 161LA 1LWKA 1LGXA 2HEEA 4LYMA 1G0LA 1I1ZA 146LA 5L9JA 5F9XA 1P2LA 5LVGA 3RZ4A 5B59A 1V7SA 2X0AA 1L22A 2BLYA 7LYZA 2XQOA 2IGCA 107LA 5LA8A 1CJ8A 1JEFA 1LHMA 1L46A 2XBSA 4NGVA 3DKEX 2C8PA 1HC0A 2WARA 1LJ4A 1L02A 6LYTA 1IP4A 2BQLA 3RT5X 1JSFA 3HT7A 3GUNA 2HUMA 2Z38A 1GE2A 3C7YA 2ZYPA 2LCBA 5FEKA 2XTHA 1BWJA 151LA 1GXV2 4B1AA 3ATOA 2LYOA 3TXDA 1FKQA 255LA 177LA 1C7PA 2B70A 1LMNA 4BAFA 1L09A 3AZ7A 3CDTA 1SX2A 2B6YA 3W6AA 4DT3A 1LW9A 1L16A 1C67A 3V2WA 1LSPA 3DMVA 1GAYA 230LA 1LYOA 1PQMA 1VDTA 3KAMA 5I54A 1LZDA 4WO9A 3WL2A 1GFTA 1L33A 2L78A 1WTHA 1B7PA 2FBDA 4HTNA 3HH5A 2O7AA 1LZTA 4H8XA 1KXXA 4CHXA 2RBSA 4R6CA 1NQIA 4ARMA 3OE8A 3GUPA 4BADA 1CJ6A 4HPEA 3SB9A 1UIHA 2D4JA 4N1CC 2ANVA 1L92A 4I7SA 1IOQA 4M6DA 3DN1A 4H8ZA 3SB8A 1K28A 1IP6A 1LZGA 2BQBA 2LYMA 3AGHA 1CU5A 156LA 3F8VA 4HSFA 1HEMA 4HJZA 3FE0A 1G07A 4G4CA 3HT6A 1JJ1A 5DN4A 1LYDA 1C62A 108LA 1L50A 2DQGY 1C45A 1T3PA 1P37A 5C6IA 4ARPA 1OUFA 1FBIX 1L38A 3TXGA 3DNAA 1IR7A 1HFXA 1CKFA 1L0KA 1HELA 4OWHA 3BKHA 4ANRA 1P3NA 235LA 2ZQ4A 4PHIA 188LA 1CUPA 4ZIXA 1GE1A 254LA 5LIOA 3CT0A 1AT6A 1IY4A 1LAAA 3C7ZA 1L05A 1IORA 4ARJA 3WW6A 4IAPA 1TCYA 1GB3A 1H6MA 2MECA 4LFPA 3HDEA 4LZMA 1N4FA 1LPIA 189LA 4I7JA 178LA 1KXWA 1L0JA 4LYOA 5HNLA 195LA 2D91A 3VWOA 1KXYA 1C6FA 4DD0A 2F4GA 1UICA 3AJNA 2BQKA 4LDEA 2BQFA 2RH1A 1BB6A 173LA 4EJ4A 1NF5A 2A7FA 3C80A 3A8ZA 2BQOA 1SSYA 1GB8A 3A95A 1MLCE 1G0KA 5KJ9A 1C63A 2BQNA 1QT4A 5KXXA 210LA 1CKCA 154LA 2BAAA 239LA 1L56A 1G0GA 1UACY 4DC4A 1BVXA 1B6IA 1CUQA 5KY1A 4W96A 1LWGA 1LZ1A 5HQ1A 170LA 3TXJA 1BVKC 4WMGA 220LA 1JISA 1JJ3A 5I4XA 3DMXA 1L08A 3CDRA 2IFFY 1B9OA 4J7VA 1C6BA 1GB7A 1DKJA 1LYSA 4S0WA 1A4VA 3GUJA 1L76A 1GB0A 4A7DA 4C5FA 1PS5A 4ARQB 5KXRA 4I7MA 4H9AA 2HU3A 1GF8A 1B5VA 113LA 1QSWA 1L39A 4LYTA 4FJRA 1C6JA 2B72A 5FDJA 1DPWA 3P68A 1JTNA 4I7RA 1YQVY 2BQDA 2OTZX 3A3RX 2AUBA 4TUNA 2RB2X 4NG1A 1L77A 4NWEA 4ARLA 4WLXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1G0M A;  3AB6 A;  1B0D A;  5KXM A;  1QT3 A;  1RJC B;  123L A;  3W3E A;  4TSC A;  1IWX A;  1PQO A;  2Z37 A;  1ZWN A;  3DMZ A;  3HU9 A;  3OE9 A;  4H1P A;  1QTH A;  2BQJ A;  5LVH A;  166L A;  4WG7 A;  3W6F A;  3LZT A;  1P36 A;  1L54 A;  1JKA A;  2NTH A;  3WPJ A;  3SB5 A;  1QQY A;  1IP2 A;  4DD9 A;  1GFK A;  2YDG A;  3EBA B;  1H87 A;  1CV0 A;  1L83 A;  4I7Q A;  4RLM A;  1L27 A;  4IJ4 A;  1L55 A;  1ZV5 L;  3LZM A;  4N0J A;  2W1Y A;  3QE8 A;  3C8R A;  4C3W A;  1P5C A;  1CKG A;  1HSW A;  1KIQ C;  1CJ7 A;  5KXN A;  152L A;  4ZFP A;  1GEZ A;  4BAP A;  4DD3 A;  141L A;  1LSF A;  2HU1 A;  2OE9 X;  1P46 A;  4P2E A;  4WG1 A;  4QY9 A;  5B06 A;  2YBJ A;  1T6V L;  4W52 A;  1LHL A;  4RW2 A;  4GN3 A;  183L A;  2B74 A;  2ZNW Y;  4DD1 A;  2ANX A;  4ZPU A;  5KXK A;  4MCK A;  4B49 A;  243L A;  3HBE X;  1OV5 A;  4ETD A;  3G3X A;  3OE6 A;  2NWD X;  1BGI A;  3C8S A;  3AZ6 A;  147L A;  2DQD Y;  2HEA A;  1LZY A;  3G3W A;  4XYY A;  2LC9 A;  2HEB A;  2G4P A;  5EBH A;  2BQA A;  1L81 A;  231L A;  1IWZ A;  1BHZ A;  5T3F A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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