1C64A

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l121a in the presence of 8 atm krypton
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMAQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c64A00
191LA 1T8GA 1DYFA 1L23A 255LA 1TLAA 2B70A 1QSQA 224LA 125LA 239LA 2RH1A 1L29A 4I7LA 3ODUA 4I7NA 3OE8A 2CUUA 4YXCA 200LA 1L81A 4K5YA 4EJ4A 1C6MA 1D3FA 1EPYA 2ANVA 173LA 183LA 185LA 1C6DA 1P6YA 1L02A 1OVJA 1G06A 3DMXA 1C6HA 1L47A 2B6TA 1QTVA 7LZMA 4I7MA 1L69A 242LA 188LA 149LA 3GUKA 1C6AA 1KNIA 1QT3A 2RB1X 1QT8A 3QAKA 1KS3A 3GUPA 2RBRA 128LA 1L48A 3EMLA 1LYHA 103LA 1P36A 1OWZA 4I7KA 1C6QA 1LYIA 2OEAX 1CU6A 3V2WA 174LA 1JTNA 1L14A 1L63A 1QUDA 2HUKA 1L42A 3HUAA 1OWYA 1CU2A 192LA 3HU9A 2HULA 4E97A 1C60A 1SX7A 225LA 4LDOA 2OE4X 1L60A 222LA 1L96A 1D9WA 1L11A 1QS5A 3DN0A 1P7SA 1LWGA 3GUMA 1L59A 1G0QA 4LDLA 6LZMA 1L84A 235LA 212LA 139LA 145LA 1L86A 3RUNA 1L46A 3FADA 1KW7A 108LA 252LA 228LA 158LA 167LA 122LA 4I7JA 3SBAA 1C6NA 1D2WA 195LA 120LA 4I7PA 1C6KA 1L06A 160LA 1P5CA 2IGCA 165LA 1CU3A 1C67A 1PQJA 3DN2A 3PBLA 1L21A 4PK0A 199LA 152LA 3CDQA 3D4SA 1L20A 3G3VA 1QTZA 1XJUA 3OE6A 1L54A 2B74A 166LA 4W55A 1ZWNA 5LZMA 168LA 1G0PA 1LI6A 2B7XA 3C82A 1C6TA 1L94A 221LA 1CUPA 126LA 1L34A 3GULA 3HH3A 3FI5A 1L33A 4I7TA 4W53A 1I6SA 1P46A 1QT7A 2LZMA 1L87A 3C80A 2QB0B 1QT6A 1T8FA 2B73A 2Q9EA 2F32A 2Z6BA 3CDTA 2RBOA 1DYEA 1DYGA 1P2LA 4GBRB 3K2RA 1CX6A 4OO9A 198LA 1QUHA 169LA 182LA 1C61A 1LYGA 2O7AA 4W58A 3DMVA 1L12A 3HUKA 138LA 1K28A 129LA 3C8RA 1L03A 3DNAA 2B6YA 3RZEA 1C6PA 3SN6R 1PQOA 1L88A 1QUGA 111LA 1L31A 209LA 4W59A 2HUMA 159LA 1PQKA 155LA 3DN3A 1QTCA 2OU8A 2B6WA 186LA 251LA 1L32A 1L27A 4EKSA 197LA 1QSBA 3JR6A 1SSYA 177LA 1D3MA 3CDOA 1QS9A 1L00A 1L92A 3HTGA 262LA 4ARMA 1C62A 1C68A 1L28A 1DYDA 245LA 181LA 3PDSA 190LA 1L80A 3DN8A 1DYBA 127LA 4EXMA 1L61A 4AQNA 3GUNA 3HWLA 1WTHA 2RAZX 3DN4A 4YXAC 258LA 206LA 141LA 148LE 2LC9A 237LA 3HTBA 1B6IA 1LYDA 1C6BA 1L35A 1G0JA 1L95A 1OV5A 1L89A 1ZURA 137LA 2B75A 4ARPA 144LA 1L98A 2A4TA 1CU0A 1KW5A 151LA 112LA 2OE9X 3HT8A 2OU0X 142LA 1DYCA 1L51A 1L58A 4ARJA 3C7YA 175LA 146LA 1L39A 1L76A 3NY9A 163LA 1XJTA 2L78A 164LA 3GUIA 107LA 1G1WA 1QUOA 3NYAA 113LA 1LYFA 1L79A 1L75A 1P3NA 3DN6A 1DYAA 1L77A 1C6EA 1L0KA 4LDEA 1CV4A 1L74A 233LA 2B6ZA 1KY0A 1L15A 172LA 1L70A 3HT6A 1C6LA 3G3WA 1CV0A 1L52A 3HDEA 2O4WA 184LA 2B72A 4S0WA 3UONA 3HDFA 1L99A 1G1VA 140LA 104LA 1CU5A 2RAYX 2NTHA 240LA 4ARLA 4ZPUA 3DN1A 4IAPA 4W56A 123LA 1L68A 1L08A 102LA 3SB6A 1PQDA 1L56A 1L25A 3OE0A 1LI3A 3HTFA 4ARQA 170LA 3DKEX 3L2XA 4DAJA 1L09A 2ANXA 1QT4A 2NTGA 1L07A 1LGUA 1NHBA 2RBPA 231LA 1C6GA 143LA 1QT5A 2RBNA 1CV6A 1C66A 4ARMB 3DMZA 2OTZX 1L83A 234LA 1L19A 1P2RA 219LA 1C64A 180LA 227LA 3SB7A 220LA 4DKLA 161LA 1L97A 1C63A 1G0MA 1L90A 1LGXA 1OYUA 1L0JA 1P37A 1L24A 1L22A 3CDVA 2Q9DA 1LYEA 3SB8A 1L16A 131LA 1L26A 1C6JA 3SBBC 1L93A 229LA 250LA 150LA 1D2YA 109LA 3HTDA 1C6CA 3G3XA 3C8SA 1CVKA 1D3JA 4GRVA 176LA 1L72A 4I7OA 1JQUA 2OE7X 1PQIA 1OV7A 4EKQA 2B6XA 1L04A 238LA 1L57A 1L64A 3L64A 244LA 1L37A 3VW7A 1P56A 1G0LA 1L67A 1LGWA 3HT7A 3FA0A 4EPIA 1L38A 1T97A 5I14A 4I7RA 3V2YA 1L17A 254LA 1C65A 1L91A 4W54A 1L73A 210LA 215LA 110LA 1C6FA 3LZMA 3C7WA 236LA 4EKRA 3HH5A 214LA 213LA 1LPYA 2LCBA 1QTHA 4W51A 189LA 1L43A 2F47A 1L45A 1SSWA 247LA 4PJZA 4DJHA 1P64A 1SWZA 1SWYA 2QARC 3SB5A 4W57A 1L36A 1L30A 4W52A 1L05A 187LA 119LA 218LA 1D3NA 1L44A 201LA 205LA 1CUQA 3C7ZA 1G07A 196LA 4ARQB 1SX2A 232LA 1L18A 1T8AA 1L10A 3HU8A 1L55A 178LA 1CTWA 3C81A 1L82A 3CDRA 115LA 1C69A 1LWKA 130LA 1OVHA 226LA 1L41A 249LA 2RBSA 261LA 3HUQA 1QTDA 1CV1A 2RBQA 2O79A 230LA 217LA 246LA 1L71A 4I7SA 1LW9A 4EPFA 1L50A 256LA 4YX7C 156LA 1OVKA 1L62A 1PQMA 1G0KA 1LI2A 211LA 2F2QA 223LA 114LA 1L85A 2RB0X 1CV3A 259LA 1JTMA 2RB2X 3C8QA 118LA 171LA 1CV5A 1L53A 3HH4A 4LZMA 1QTBA 3GUJA 243LA 3OE9A 4I7QA 1L66A 248LA 3F8VA 3HH6A 1ZYTA 1C6IA 147LA 162LA 1L13A 1L49A 1CX7A 1L40A 241LA 3GUOA 3NY8A 3SB9A 157LA 2OTYX 260LA 3HT9A 4EKPA 216LA 1KY1A 1LYJA 1T6HA 1L01A 257LA 1XEPA 3C83A 253LA 1LLHA 2OU9A 1L65A 1G0GA 3F9LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
191LA 1QSQA 224LA 239LA 4X3BA 2FYDA 3ODUA 3OE8A 1FLQA 4W96A 1C10A 1D3FA 1OUIA 1PZYA 1VAUA 2I6ZA 1C6DA 4WLTA 4W94A 4WM5A 1B5XA 1C6HA 1QUSA 1CJ6A 5KXKA 2F4GA 4H94A 4I7MA 1JUGA 1B5YA 149LA 1QT3A 2BQIA 3AGIA 2ZQ4A 1KS3A 4NGVA 3RT5X 5F9XA 1GXXA 3G3AB 1OWZA 4PHIA 4NSGA 1XGQC 1FLUA 3V2WA 1IWXA 1JTNA 5DN5A 5HQ1A 1L14A 1L63A 4R0FA 4A7DA 2LYMA 4GCEA 1XGPC 3WVXA 3HUAA 1AM7A 5LVIA 1B5UA 1HFYA 5FEKA 4E97A 3TXIA 222LA 1D9WA 1C43A 1L11A 1GFUA 1QTKA 1YKXX 1L59A 4EOFA 4LDLA 4NHQA 1JEFA 212LA 139LA 1L86A 5KXNA 5HLLA 1L46A 1GB8A 3FADA 108LA 2LZ2A 1UIBA 1TCYA 4LYZA 4H9HA 228LA 3WUNA 1GD6A 1GFEA 1N4FA 1VDSA 4N9RA 1INUA 3A95A 4RDSA 3A96A 195LA 4I7PA 2IHLA 1L06A 4ZFPA 1C46A 2IGCA 1IP4A 1C67A 1D0KA 3DN2A 1L21A 199LA 152LA 2BQGA 1QQYA 1WTMA 1LCNA 3OE6A 1LSDA 1L54A 2B74A 1WQOA 5A3ZA 168LA 1G0PA 2ZYCA 4NGKA 5L3HA 1GB0A 1C6TA 5DN4A 221LA 1OUEA 2Z2FA 1L34A 4ZEEA 3RU5A 4I7TA 3AYQA 2LZMA 1IP1A 2Q9EA 2Z6BA 1FBIX 1DYEA 4AGAA 1DYGA 1RFPA 3K2RA 1IWYA 4OO9A 198LA 4WO9A 8LYZA 1GBOA 182LA 2O7AA 4W58A 3AZ6A 3AW6A 1LSMA 3DNAA 1KXYA 5KXPA 2EKSC 1PQOA 2BQJA 1UC0A 1LJHA 2HUMA 1PQKA 4HV2A 4LGKA 186LA 1QSAA 1QSBA 5HNCA 1LZAA 4HJZA 3WUMA 3J4GA 4ARMA 5KXWA 1C68A 2A7FA 3WPLA 1GBYA 1LZ1A 190LA 2W1LA 1I20A 2HU1A 1LMTA 2D91A 141LA 1VDTA 1LSCA 3HTBA 1OV5A 1ZURA 4WO6A 4GLAA 1KW5A 5F81A 1QIOA 2OE9X 1LJIA 2BQLA 4NHIA 1L51A 3LN2A 1UIAA 1LAAA 4NGWA 1L39A 4NY5A 1YL1X 3TXBA 2L78A 4NHPA 1TDYA 2VB1A 1P3NA 1L77A 5KXTA 4H91A 1LHKA 4LDEA 1CV4A 1L74A 1IOQA 2W1MA 1YAQA 5LVKA 1LZ9A 193LA 1REMA 3HT6A 1HFZA 3HDEA 207LA 5ILFA 4S0WA 3UONA 3J6KA 1VATA 1IR9A 4DD2A 1CU5A 1FKQA 4NGLA 2MEEA 2RAYX 2NTHA 1LZEA 240LA 1DXJA 2NWDX 3DN1A 123LA 1L68A 4H8XA 3SB6A 1TAYA 1PQDA 3OE0A 1LOZA 3L2XA 1UICA 1T3PA 1LSZA 3TMUA 1LMNA 1VFBC 4LT0A 231LA 1C6GA 4II8A 2D4JA 2RBNA 4ETBA 2F30A 4U3XB 3DMZA 1KIQC 234LA 1HERA 1P2RA 1UUZC 3T6UA 1LGXA 4H93A 3CDVA 3AB6A 1L22A 3WVYA 3SB8A 1L16A 131LA 5I4WA 4WM1A 2BQMA 2XBSA 150LA 2EQLA 109LA 2XTHA 1CVKA 1HMLA 1D3JA 4ETCA 3CSZA 1GB7A 1JQUA 4H9IA 2DQFC 4DDBA 2YBJA 1OUHA 1GB2A 4YM8A 1ZVYB 1L64A 5DLAA 3TXJA 4ET9A 3VW7A 1P56A 4OOOA 4LFXA 5HMJA 4BS7A 4I7RA 3V2YA 3W6CA 1IP3A 3OJPA 4W54A 3LZMA 2I26L 4EKRA 4LYCA 4DD9A 3E3DA 214LA 213LA 4ANRA 2HTXA 3W3EA 189LA 1L43A 2F47A 1SSWA 1P64A 1SWYA 2QARC 1BB7A 1L30A 4G4HA 5APFA 3B6LA 1CJ9A 3M18B 1CUQA 1G07A 2BQBA 1LJFA 1L10A 1L55A 1LJKA 4P2EA 5LA8A 3CDRA 1TBYA 115LA 1C69A 1WQRA 1B5VA 1LWKA 4H9EA 1HEOA 1GDXA 3ZVQB 261LA 2DQDY 2BQFA 2RBQA 230LA 217LA 1XGTC 246LA 1G7HC 1WVUA 1NBYC 1BVKC 4I7SA 1LW9A 4EPFA 4YX7C 1BWHA 156LA 4XJFA 5B05A 4NSJA 2I25L 1G0KA 5AMYA 211LA 4WLYA 1IY3A 2F2QA 2ZIJA 1F10A 2RB2X 171LA 1CV5A 1L53A 3WXUA 4OWBA 5LXWA 5LYZA 2D4IA 4L41A 3SB9A 1L40A 2YDGA 4MSTA 1UIGA 3A34A 2OTYX 1XEPA 4H8ZA 194LA 2W1YA 2OU9A 1L65A 1VEDA 3F9LA 4WLXA 4QGZA 1T8GA 2HEEA 1TLAA 125LA 5M1YA 1GF9A 1JPOA 1L29A 4I7LA 4NGYA 2MEAA 2Z12A 5E9RA 1LHIA 2W1XA 3RW8A 183LA 9LYZA 1LYOA 3WU9A 1QTVA 1W6ZA 7LZMA 2DBTA 1LZRA 1C6AA 3QAKA 5D5CA 2RBRA 128LA 103LA 3GXKA 1P36A 1I56A 5LIOA 1LYIA 1HEQA 4TTDA 2CDSA 4R6CA 1QUDA 2HUKA 1BGIA 1C60A 3OK0A 2OE4X 3AZ4A 1UIHA 3DN0A 1P7SA 1LSGA 1JSEA 145LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 191L A;  1QSQ A;  224L A;  239L A;  4X3B A;  2FYD A;  3ODU A;  3OE8 A;  1FLQ A;  4W96 A;  1C10 A;  1D3F A;  1OUI A;  1PZY A;  1VAU A;  2I6Z A;  1C6D A;  4WLT A;  4W94 A;  4WM5 A;  1B5X A;  1C6H A;  1QUS A;  1CJ6 A;  5KXK A;  2F4G A;  4H94 A;  4I7M A;  1JUG A;  1B5Y A;  149L A;  1QT3 A;  2BQI A;  3AGI A;  2ZQ4 A;  1KS3 A;  4NGV A;  3RT5 X;  5F9X A;  1GXX A;  3G3A B;  1OWZ A;  4PHI A;  4NSG A;  1XGQ C;  1FLU A;  3V2W A;  1IWX A;  1JTN A;  5DN5 A;  5HQ1 A;  1L14 A;  1L63 A;  4R0F A;  4A7D A;  2LYM A;  4GCE A;  1XGP C;  3WVX A;  3HUA A;  1AM7 A;  5LVI A;  1B5U A;  1HFY A;  5FEK A;  4E97 A;  3TXI A;  222L A;  1D9W A;  1C43 A;  1L11 A;  1GFU A;  1QTK A;  1YKX X;  1L59 A;  4EOF A;  4LDL A;  4NHQ A;  1JEF A;  212L A;  139L A;  1L86 A;  5KXN A;  5HLL A;  1L46 A;  1GB8 A;  3FAD A;  108L A;  2LZ2 A;  1UIB A;  1TCY A;  4LYZ A;  4H9H A;  228L A;  3WUN A;  1GD6 A;  1GFE A;  1N4F A;  1VDS A;  4N9R A;  1INU A;  3A95 A;  4RDS A;  3A96 A;  195L A;  4I7P A;  2IHL A;  1L06 A;  4ZFP A;  1C46 A;  2IGC A;  1IP4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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