127LA

The energetic cost and the structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from ala to ser and val to thr substitutions in t4 lysozyme
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAATRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 127lA00
1L80A 1NHBA 3C7ZA 1QT3A 1K28A 2B72A 1C6JA 1OV5A 3SB8A 1C62A 4EKSA 1LYEA 1JQUA 142LA 1CX7A 1QTVA 144LA 213LA 1L86A 1C6AA 3HT9A 1C6TA 222LA 3DN8A 175LA 1L55A 1QS5A 4W51A 2B75A 247LA 1C6FA 182LA 139LA 2Z6BA 3HH6A 102LA 3GUOA 200LA 220LA 4I7OA 1L18A 4EJ4A 1C6IA 216LA 1C6NA 3FA0A 1LYDA 3OE6A 4YXCA 4W52A 1PQKA 1OWYA 1C6PA 169LA 185LA 1L51A 1P7SA 173LA 2RB2X 1KY0A 3G3XA 3NY9A 243LA 1L26A 184LA 150LA 1LLHA 1SSYA 3NY8A 1L76A 143LA 1L75A 3DKEX 1QSQA 3RZEA 1LYJA 1T6HA 2QARC 174LA 1OVJA 1I6SA 1L45A 1CV4A 4EKQA 1L10A 1L37A 2RBPA 168LA 2B6YA 4I7TA 1L73A 1CV5A 4DKLA 1KW5A 118LA 237LA 2OE7X 1KS3A 2RBOA 191LA 166LA 2B73A 4EKPA 226LA 1L01A 1L72A 1CUPA 3RUNA 4I7SA 1L08A 125LA 1CV3A 1DYEA 1CU3A 206LA 205LA 1CX6A 167LA 3OE0A 1L20A 1B6IA 3GUKA 1PQMA 1C6HA 103LA 4S0WA 3C8QA 1L90A 4W54A 2OE4X 3GUPA 1D3NA 2HUKA 157LA 2QB0B 2RBQA 1L00A 1L74A 217LA 1P6YA 4W57A 131LA 1L05A 3C8RA 1L82A 3LZMA 1T8FA 1L88A 1QUGA 3HT6A 1QTZA 1XJUA 3OE8A 249LA 1L98A 3HTBA 1LI2A 188LA 4LDOA 1LI3A 4I7MA 3HH3A 1L22A 1QTDA 1CU6A 1L38A 1CV1A 3DNAA 3QAKA 4EXMA 1C68A 4K5YA 1L24A 1QT7A 152LA 1QS9A 1QTHA 3DMXA 4AQNA 1L11A 3L64A 1L13A 172LA 192LA 1QT6A 4ARMB 119LA 1OVHA 2NTHA 3PDSA 1OVKA 2O7AA 1P2RA 2A4TA 2HULA 1L31A 1D9WA 1LYHA 1L30A 1L35A 1G06A 2LZMA 3FADA 1L27A 1CUQA 1L44A 2RB1X 130LA 140LA 1LGXA 149LA 4W53A 1T8GA 176LA 1C6MA 2OU9A 2LC9A 4I7KA 1L56A 1L09A 2ANXA 1C63A 214LA 1L63A 3K2RA 246LA 4I7NA 7LZMA 1L03A 4I7RA 180LA 2OTYX 1C67A 1QTBA 4I7LA 3VW7A 1DYFA 4I7JA 165LA 1XEPA 1L89A 1ZURA 4ARQA 4DAJA 1C66A 252LA 155LA 1D3MA 1D2YA 1C6KA 4YX7C 254LA 258LA 1L91A 260LA 3HU9A 2OU0X 187LA 2NTGA 1DYAA 4ARLA 3CDTA 1KW7A 122LA 1L57A 233LA 178LA 1L25A 2F32A 3CDOA 3GUIA 1L48A 2O4WA 2F2QA 1G0JA 3HH5A 3HT8A 2B6ZA 3C80A 210LA 2B6XA 181LA 3L2XA 177LA 1L41A 1L69A 4LDLA 1G0GA 1KY1A 2OE9X 1L84A 197LA 234LA 4EPIA 1L81A 3HH4A 1C64A 3HTGA 3SB7A 1C65A 1OYUA 3SB9A 3HT7A 1ZYTA 189LA 2B74A 183LA 3DN0A 2B6TA 190LA 1D3JA 3D4SA 1QUOA 1L0KA 3EMLA 1L66A 1L0JA 1C6LA 3FI5A 3NYAA 3HU8A 257LA 2B7XA 209LA 1L67A 3DN2A 1D2WA 4ARPA 1L40A 1LGUA 212LA 1L23A 146LA 4YXAC 1LWKA 4W58A 107LA 1L21A 1L14A 1QUHA 3HUQA 128LA 3V2YA 242LA 1OWZA 4I7PA 1WTHA 195LA 1PQDA 1C6GA 1G0PA 1P3NA 3PBLA 3C81A 245LA 3C7YA 112LA 4ZPUA 2LCBA 1LGWA 127LA 1L02A 3ODUA 201LA 1CV0A 1L17A 1JTMA 2Q9EA 6LZMA 241LA 1P64A 244LA 2OEAX 215LA 3V2WA 1L34A 1CU5A 4I7QA 1XJTA 232LA 1L97A 3GUMA 1G0MA 1G1WA 1QUDA 1C60A 4W55A 1L53A 129LA 1L32A 3CDVA 235LA 2B6WA 1LWGA 3CDQA 164LA 3F8VA 171LA 253LA 1QT8A 2OTZX 1L46A 1L96A 4GBRB 1L83A 1P56A 123LA 1LYIA 1L49A 2RBRA 1LI6A 162LA 137LA 230LA 4DJHA 104LA 3GUJA 225LA 259LA 1L36A 255LA 262LA 1L93A 261LA 2RAZX 110LA 1L52A 115LA 1P37A 3CDRA 1QT4A 219LA 1P2LA 2RBNA 224LA 4EKRA 3DN4A 1L94A 1TLAA 2RH1A 1L79A 1CU2A 1L33A 1L62A 2F47A 145LA 1G0QA 4PJZA 3HDFA 4IAPA 111LA 3SB5A 4EPFA 3C7WA 3SN6R 1JTNA 1DYGA 1C6CA 3SBAA 1G1VA 4W56A 2IGCA 2L78A 1ZWNA 3DMZA 2OU8A 1L15A 109LA 1L42A 1CTWA 138LA 1L85A 3SBBC 1EPYA 3HWLA 1L07A 151LA 1L58A 1L19A 1T97A 1SX2A 3G3VA 4ARMA 1L04A 4ARJA 196LA 1L95A 2RB0X 1KNIA 1L12A 4E97A 221LA 4OO9A 1L87A 2O79A 1QT5A 1DYBA 1SWZA 3DN1A 159LA 1L28A 2Q9DA 1PQOA 223LA 1P5CA 251LA 1C61A 3HDEA 3HTFA 3HUAA 1L64A 3GUNA 1C6EA 1SWYA 1L65A 1T8AA 1SSWA 248LA 3UONA 4W59A 198LA 141LA 1C6DA 256LA 1LW9A 3SB6A 161LA 1L39A 199LA 228LA 238LA 1L59A 1G0LA 5I14A 3DMVA 250LA 1CVKA 156LA 1OV7A 1C6BA 1L68A 4PK0A 236LA 1SX7A 1LYGA 211LA 2HUMA 3DN3A 1PQJA 1CU0A 1L92A 1L77A 4ARQB 170LA 1DYCA 4LZMA 2ANVA 113LA 231LA 240LA 1L29A 186LA 1G07A 2CUUA 3C83A 2B70A 1G0KA 1P36A 229LA 1L47A 1LYFA 1C69A 1L61A 4LDEA 1L50A 163LA 3JR6A 1CV6A 3G3WA 3DN6A 1LPYA 4GRVA 239LA 2RBSA 1L06A 3HTDA 114LA 147LA 1PQIA 3HUKA 1P46A 2RAYX 1L43A 158LA 3GULA 3F9LA 1L99A 3C8SA 108LA 1L60A 1D3FA 120LA 1DYDA 160LA 126LA 218LA 1L71A 3C82A 148LE 227LA 1L54A 5LZMA 1QSBA 1C6QA 1L16A 3OE9A 1L70A 1QTCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NHBA 2B72A 1LSCA 1D6QA 1JSFA 2BQBA 1RCMA 1LJEA 3HT9A 4UWVA 3DN8A 1C7PA 3HBHA 1RE2A 1QS5A 1LSFA 1QQYA 1LKRA 247LA 3D9AC 2DQEY 5LVGA 1D0KA 3BKVA 1GFVA 4I7OA 4EJ4A 1LMQA 4NG8A 1IY4A 4RDSA 2F4GA 1IEEA 1NHEA 3AW6A 1FKQA 4W96A 5LVKA 1N4FA 1C6PA 169LA 4G4HA 1AKIA 4LZTA 1OP9B 2AUBA 1ZVYB 1LLHA 3NY8A 143LA 1B5YA 1L75A 4PPOA 2DQDY 5DLAA 2QARC 3QNGA 2BQOA 4P2EA 4G4CA 1LZCA 2HU3A 4EKQA 1DI4A 1UC0A 5T3FA 4I7TA 1L73A 2D6BA 191LA 166LA 2B73A 5B1FA 1OUBA 1HEWA 4NHTA 3RUNA 4NGZA 125LA 1DYEA 4C3WA 1CU3A 206LA 167LA 4GN4A 4WM1A 1LHIA 2NWDX 4GCFA 1C10A 3C8QA 2OE4X 2HUKA 157LA 2H5ZA 1P6YA 3C8RA 1GF9A 1L82A 1OUJA 4Z3MA 7LYZA 249LA 1CJ6A 3HTBA 4LDOA 1VFBC 2Z18A 2XJWA 1IR7A 3KAMA 1IORA 4ANRA 1L24A 1QT7A 1QTHA 5HMJA 1JKBA 4RW1A 3PDSA 1LOZA 1P2RA 1FLUA 4LYBA 5C6IA 1D9WA 1L35A 2LZMA 1YQVY 1HFXA 1L27A 2RB1X 4PRUA 5LVJA 4W53A 3N9AA 4N1EI 4H90A 5B07A 1YL0X 1L56A 1SQ2L 4II8A 4X3BA 1C63A 1XFPL 1TCYA 4NG1A 4NSGA 180LA 1LYSA 4I7LA 1LHHA 1IVMA 1CKFA 5ILCA 1V7TA 1C66A 252LA 1I20A 5ILFA 4ETBA 4A7DA 1HMLA 4D9ZA 1GFAA 1XGUC 4ARLA 5M1YA 1KW7A 1L57A 1L25A 3RW8A 1LJ3A 5KXKA 1L48A 3EO5A 3C80A 5LVIA 1GE1A 177LA 1NQIA 1L69A 4GLVA 4ML7A 1GHLA 1JTOL 4TX7A 1L81A 1C64A 1C65A 1UIEA 2EQLA 4DD7A 3SB9A 1JTPL 3DN0A 1FLYA 4GCEA 1KIPC 3G3BB 1L0KA 1L0JA 1C6LA 2XBRA 5KXWA 1L67A 1LHKA 1QUSA 4QY9A 2W1LA 1LGUA 1LMTA 212LA 107LA 1L21A 1L14A 1QUHA 1CJ7A 1LJHA 1WTHA 2YBLA 208LA 1C6GA 3PBLA 5I53A 4WO9A 245LA 3C7YA 127LA 1L17A 3WMKA 6LYTA 241LA 2X0AA 1P64A 3K3TA 2OEAX 215LA 1L34A 5J7CA 2VB1A 1JKCA 1G1WA 1HENA 1QUDA 4W55A 3A94A 4NIJA 129LA 1PZYA 1FBIX 3CDVA 235LA 164LA 1NWGA 4ETDA 5FCPA 1IIZA 5EBHA 1FKVA 1AT6A 1ZV5L 1GB2A 255LA 4HPIA 2HEBA 1LSEA 1UUZC 1LSNA 261LA 2RAZX 4WG1A 1L52A 4TTDA 132LA 1P37A 4XADA 2DQGY 4NSJA 1QT4A 1P2LA 4LT2A 1GXXA 1GF6A 1BB7A 224LA 1TLAA 1V7SA 2LZTA 1L33A 1G0QA 111LA 3WL2A 3SB5A 1WVUA 3SN6R 1C6CA 4WM5A 2Z39A 4GLAA 1G1VA 2H9JA 1C46A 1BGIA 1QUTA 3A6BY 109LA 138LA 3QE8A 2GV0A 151LA 1L58A 1LHLA 1QTEA 3G3VA 3J4GA 1L95A 4DD3A 1W6ZA 4OW1A 1CJ8A 4E97A 1GD6A 221LA 1QT5A 1DYBA 223LA 1P5CA 1GB7A 4LYOA 4HJZA 2IFFY 5I5QA 3GUNA 1NDMC 3TXBA 4OOOA 3WPJA 1C6DA 2WARA 256LA 2FYDA 1C08C 1GF3A 3T36A 1L39A 228LA 238LA 3A95A 2BLYA 5E4PA 1G0LA 3DMVA 3WYHA 1LZNA 1C6BA 1W08A 3LZ2A 3WUNA 1SX7A 1LYGA 2HUMA 1PQJA 2BQFA 2MECA 1IWTA 4ARQB 1GFEA 1L29A 1TEWA 3TXFA 3C83A 1CKDA 5KJ9A 2B70A 1LYFA 3AGGG 4TWSA 1L61A 1FLWA 1CV6A 3GXKA 3B0IA 5HMVA 1L06A 4ET8A 114LA 147LA 1IP3A 4H8XA 1P46A 1B7RA 1LHJA 1B9OA 4NWHA 158LA 1GWDA 108LA 1IP5A 4WM4A 1L60A 1HELA 1DYDA 126LA 1H6MA 4HTQA 148LE 4B4JA 1L54A 5LZMA 3CQLA 1QTCA 1LZEA 4DQJA 4PJ2C 3P65A 1QT3A 1CJ9A 1AT5A 1GFTA 4XN6A 1UICA 4EKSA 1JQUA 1QTVA 144LA 3WW5A 1B7SA 1L86A 1C6AA 4H9EA 175LA 1LZAA 2B75A 1VATA 182LA 139LA 3MGWA 2Z6BA 2ZYCA 4ET9A 102LA 220LA 1GF8A 1OUIA 1ZMYL 3W3EA 5I54A 3OE6A 4YXCA 4W52A 1PQKA 185LA 4XJDA 2HTXA 1EQ4A 1KXYA 3NY9A 243LA 5KXLA 1L26A 1SLYA 150LA 3OK0A 1BVKC 1QSQA 1TDYA 2DQCY 4BADA 1GB5A 3M3UA 4OWEA 3A6CY 1L45A 1L10A 1L37A 4H94A 2RBPA 168LA 2G4NA 1KW5A 2Y8PA 237LA 2RBOA 4NHIA 226LA 1L01A 1XEJA 1GBZA 1DI3A 1L20A 3GUKA 2BPUA 4NGOA 4PRQA 1GEZA 1C6HA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1NHB A;  2B72 A;  1LSC A;  1D6Q A;  1JSF A;  2BQB A;  1RCM A;  1LJE A;  3HT9 A;  4UWV A;  3DN8 A;  1C7P A;  3HBH A;  1RE2 A;  1QS5 A;  1LSF A;  1QQY A;  1LKR A;  247L A;  3D9A C;  2DQE Y;  5LVG A;  1D0K A;  3BKV A;  1GFV A;  4I7O A;  4EJ4 A;  1LMQ A;  4NG8 A;  1IY4 A;  4RDS A;  2F4G A;  1IEE A;  1NHE A;  3AW6 A;  1FKQ A;  4W96 A;  5LVK A;  1N4F A;  1C6P A;  169L A;  4G4H A;  1AKI A;  4LZT A;  1OP9 B;  2AUB A;  1ZVY B;  1LLH A;  3NY8 A;  143L A;  1B5Y A;  1L75 A;  4PPO A;  2DQD Y;  5DLA A;  2QAR C;  3QNG A;  2BQO A;  4P2E A;  4G4C A;  1LZC A;  2HU3 A;  4EKQ A;  1DI4 A;  1UC0 A;  5T3F A;  4I7T A;  1L73 A;  2D6B A;  191L A;  166L A;  2B73 A;  5B1F A;  1OUB A;  1HEW A;  4NHT A;  3RUN A;  4NGZ A;  125L A;  1DYE A;  4C3W A;  1CU3 A;  206L A;  167L A;  4GN4 A;  4WM1 A;  1LHI A;  2NWD X;  4GCF A;  1C10 A;  3C8Q A;  2OE4 X;  2HUK A;  157L A;  2H5Z A;  1P6Y A;  3C8R A;  1GF9 A;  1L82 A;  1OUJ A;  4Z3M A;  7LYZ A;  249L A;  1CJ6 A;  3HTB A;  4LDO A;  1VFB C;  2Z18 A;  2XJW A;  1IR7 A;  3KAM A;  1IOR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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