2Q9EA

Structure of spin-labeled t4 lysozyme mutant s44r1
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKCELDKAIGRNTAGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Structural determinants of nitroxide motion in spin-labeled proteins: Solvent-exposed sites in helix B of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2q9eA00
1D3MA 127LA 4ARQB 1L13A 3HDEA 4I7PA 1QT8A 2B72A 4W58A 4W55A 3HH5A 1D3NA 160LA 2OTYX 131LA 137LA 1CU6A 1G06A 1L83A 1LYDA 230LA 239LA 2QARC 1KNIA 1L37A 200LA 4ARLA 1LWGA 4LZMA 4E97A 2LC9A 228LA 4YX7C 1L06A 1OVKA 3OE6A 176LA 4EKSA 4LDEA 1L95A 1L43A 2OEAX 1PQKA 1L57A 3K2RA 198LA 1L61A 1OWYA 210LA 1CV3A 3SN6R 1LGWA 248LA 4DKLA 221LA 1SSWA 1L42A 1L50A 254LA 3C83A 3HT8A 4ARMA 3QAKA 1CU5A 4I7OA 4I7TA 1L16A 3OE9A 1C6TA 130LA 1SX2A 3HT7A 1CTWA 150LA 3CDTA 1EPYA 1QTHA 1L25A 1CU0A 1G07A 4ARQA 3CDQA 1PQMA 3DN1A 1C6IA 1C63A 186LA 2OU0X 3DMXA 169LA 1CX6A 166LA 241LA 3SB6A 216LA 4ZPUA 3SB8A 215LA 2LCBA 1KY1A 1L88A 2B75A 152LA 1LYIA 1L51A 1OWZA 2RBQA 147LA 1C6DA 1QT4A 214LA 4OO9A 1K28A 2RBNA 1C68A 1L81A 1QT7A 1L35A 1L39A 4EJ4A 3GUNA 2OE7X 1LYEA 146LA 140LA 196LA 1DYFA 3L64A 205LA 3HUKA 244LA 2B6TA 4K5YA 1L40A 1L76A 250LA 1C61A 3SB5A 1L70A 1L92A 1P2RA 1L72A 4I7QA 141LA 1P6YA 170LA 259LA 1LLHA 257LA 4I7NA 1L55A 2B6WA 1C6LA 1L97A 3OE8A 1QTBA 2O4WA 1C6GA 1L73A 2RB0X 2RBOA 1QTVA 195LA 1LYFA 1DYAA 1L58A 3HWLA 251LA 3OE0A 3GUIA 1L18A 1QUDA 4LDLA 1L75A 1L99A 1L69A 2O7AA 1L32A 3HU9A 1L87A 1CUQA 3FI5A 1LYHA 3DNAA 1L19A 3UONA 5LZMA 1CX7A 1DYGA 4YXCA 4W56A 231LA 1LI3A 1LWKA 3FA0A 2CUUA 197LA 1LGUA 1C6KA 1C6EA 1L49A 227LA 1L80A 3DMVA 1LPYA 4W52A 161LA 1C6PA 1PQJA 1L45A 142LA 1OVHA 3DN0A 1G0KA 4EKPA 1L94A 3G3VA 2OU9A 2HUKA 2RB2X 1KS3A 4GRVA 1C6BA 139LA 1LW9A 3L2XA 1L59A 3HUAA 1B6IA 1L14A 236LA 1OYUA 3C80A 2RAZX 1L93A 1T6HA 1L36A 3GUPA 3V2YA 1P46A 1C66A 4IAPA 3V2WA 4DJHA 1P64A 145LA 112LA 1C6MA 1L20A 4EKRA 1CV6A 5I14A 1L0JA 234LA 1SSYA 1L91A 262LA 238LA 1QTDA 213LA 1L86A 1OV5A 4I7JA 3CDVA 1G0MA 1SWYA 3C81A 1XJTA 3C7YA 175LA 1C67A 3C82A 243LA 1ZWNA 2RBSA 1LYJA 237LA 138LA 2B6YA 1P56A 3FADA 2ANXA 162LA 3DKEX 1L09A 1L30A 143LA 3JR6A 4GBRB 1LGXA 1L98A 180LA 2Q9DA 185LA 4AQNA 188LA 1L56A 3SB9A 1LI6A 174LA 1P36A 1L07A 191LA 167LA 2B73A 261LA 120LA 1QT5A 1L90A 168LA 110LA 3C8SA 4W51A 4W57A 223LA 4W53A 1L02A 1KW5A 3D4SA 3PBLA 1L23A 4EPIA 113LA 2O79A 118LA 1T8FA 3GUJA 1L38A 1L46A 3NYAA 1P2LA 114LA 1QS9A 1T97A 3HUQA 3DN4A 1T8AA 1L63A 1G0QA 151LA 1ZURA 4W54A 164LA 1DYBA 159LA 1LYGA 1L71A 3SBBC 1OVJA 158LA 3DN6A 4I7LA 1D9WA 1QT6A 1JQUA 258LA 2RB1X 3C8RA 1CV1A 2NTHA 1QSBA 187LA 1G1VA 1L08A 3CDRA 3RUNA 126LA 1DYCA 6LZMA 1DYEA 1PQIA 2B70A 3HDFA 1G1WA 2NTGA 1L41A 156LA 1L12A 3NY9A 1L62A 4DAJA 2OU8A 128LA 1C6CA 1C6NA 1DYDA 1KY0A 224LA 2Q9EA 1D3FA 4YXAC 4EXMA 7LZMA 178LA 217LA 229LA 246LA 255LA 173LA 4EPFA 1CV0A 1L77A 184LA 1L29A 4PJZA 1C65A 3HTGA 4ARJA 1L53A 144LA 1L67A 3GUOA 1L05A 209LA 1L10A 3VW7A 171LA 260LA 1L17A 1L96A 233LA 163LA 155LA 1I6SA 1L11A 3F8VA 119LA 1L04A 2IGCA 3C7WA 1CUPA 1C6AA 1C6HA 2OTZX 1D3JA 1L84A 201LA 1TLAA 1L52A 1L47A 149LA 1L68A 1QUGA 1L54A 218LA 2B6XA 2Z6BA 1CU3A 3RZEA 4I7SA 1OV7A 4I7MA 122LA 1L74A 1L79A 1QUOA 1G0JA 3SBAA 1C60A 1L28A 181LA 1L21A 235LA 1L89A 3G3WA 1L65A 2F32A 1QT3A 2RAYX 247LA 2QB0B 2LZMA 2B6ZA 1D2WA 3DN8A 148LE 102LA 111LA 1QS5A 115LA 172LA 2F2QA 2B74A 1L27A 1L34A 2OE9X 1QTZA 129LA 253LA 1PQDA 3EMLA 3HTFA 123LA 1L00A 1L66A 3DN2A 1XEPA 2HULA 1L64A 1L03A 4S0WA 1C64A 2ANVA 1P5CA 189LA 2OE4X 1L44A 2RH1A 3ODUA 2F47A 1QUHA 108LA 1P7SA 3HTBA 211LA 125LA 2HUMA 226LA 1CV5A 2B7XA 1L60A 3DN3A 190LA 2RBRA 1LI2A 3HH3A 4LDOA 1C6FA 1C6JA 4EKQA 1T8GA 1WTHA 1JTMA 107LA 2A4TA 1SWZA 242LA 4PK0A 1L31A 3DMZA 157LA 1L33A 3G3XA 1PQOA 3HH4A 3F9LA 3LZMA 1L0KA 219LA 183LA 256LA 1KW7A 3GUKA 3HH6A 3HTDA 4ARPA 165LA 2L78A 3GUMA 1G0LA 232LA 1P3NA 1D2YA 3C8QA 1C62A 240LA 3PDSA 1C6QA 103LA 177LA 1XJUA 1CU2A 3HU8A 1CV4A 1P37A 1JTNA 3C7ZA 1C69A 249LA 1L26A 1SX7A 225LA 1QSQA 1QTCA 3HT6A 1L85A 3GULA 1NHBA 1CVKA 3HT9A 199LA 3SB7A 1L15A 4I7KA 182LA 1G0GA 3NY8A 4W59A 212LA 1L01A 104LA 1ZYTA 4I7RA 222LA 3CDOA 4ARMB 109LA 1L82A 220LA 252LA 1L48A 245LA 1L24A 206LA 1G0PA 1L22A 2RBPA 192LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ARQB 1GF7A 1L13A 1HEQA 1DKKA 2B72A 4W55A 1LMAA 4G4HA 4OWEA 4LGKA 1L37A 4LZMA 2LC9A 4LDEA 210LA 3WXUA 1LGWA 3TXFA 1ZVYB 221LA 9LYZA 5KXLA 1L42A 2CGIA 2WARA 4G9SA 4DD1A 3HT8A 1IWTA 1LTMA 4R0FA 1JJ0A 1G7MC 1C6TA 130LA 1LJNA 1SX2A 1C43A 1L25A 4DT3A 2X0AA 1VDPA 1JSEA 1N4FA 1LYZA 4NIJA 1PQMA 186LA 2OU0X 4H92A 3DMXA 193LA 169LA 1F6RA 3SB6A 1EQ4A 4WM4A 1Z55A 5I4WA 1YL1X 1NBZC 1OWZA 2DQEY 5LA8A 1GDXA 1VFBC 1LZAA 3WL2A 2RBNA 4H9HA 3GUNA 2OE7X 1DYFA 3AZ4A 1FKQA 3TXHA 205LA 3CT0A 2B6TA 1JTPL 250LA 1XFPL 2Z37A 4WO6A 3WW6A 1L70A 1TCYA 5LVIA 3WPJA 1P6YA 2BQFA 259LA 257LA 1OUCA 4W94A 1OQMA 1L73A 4LYOA 3G3BB 3A8ZA 4GN5C 3WH1A 1QUDA 1IP4A 1HSXA 1CUQA 1LYHA 1IO5A 154LA 5FELA 3UONA 1IWYA 2HEBA 1CX7A 1LI3A 2BQKA 3FA0A 2CDSA 2LHMA 2DQAA 4W52A 1XGPC 1NMMA 4ZIXA 5LA5A 2MEHA 3AJNA 1KIRC 1OVHA 1G0KA 132LA 5T3FA 1L94A 1OUDA 1DXJA 2XBRA 1YL0X 3A6BY 2RB2X 3TXJA 1REMA 3A34A 4J1AA 1C6BA 139LA 1L59A 1B6IA 1L14A 3C80A 2XQOA 1P2CC 1NDMC 2I25L 1T6HA 4TTDA 1A4VA 4HTNA 1L36A 1D0MA 1F10A 4IAPA 4GCEA 3V2WA 145LA 1L20A 2MEIA 2F4GA 4WM2A 1FDLY 1L0JA 2MEDA 1LSBA 1L91A 213LA 2YDGA 1RCMA 3CDVA 2YBMA 1HEMA 1SLYA 1ZV5L 2DBTA 4PRQA 1VDQA 3A96A 237LA 3WU9A 5LYZA 2XTHA 1GB0A 1WQNA 2ANXA 143LA 4GLVA 2Q9DA 3A67Y 1L56A 1LI6A 2N5ZA 1L07A 153LA 4MCKA 1JJ1A 4GCBA 1QT5A 1LZGA 5LYTA 110LA 1CKFA 4W57A 1LZNA 5B05A 1L02A 1KW5A 4DD3A 4EPIA 3B72A 118LA 4WMGA 1L46A 3DN4A 151LA 5LAGA 2EKSC 3A93A 1OVJA 158LA 1CV1A 2NTHA 3N9AA 1PQIA 2NTGA 1L12A 4WLYA 3NY9A 1QUSA 224LA 2Z38A 4EXMA 178LA 217LA 246LA 1L29A 4XJBA 4N9RA 5KY1A 4ARJA 4B0DA 4CHXA 1L53A 2D6BA 4NSHA 1H87A 3VW7A 5I5QA 1I6SA 1UIDA 1L04A 1LZ1A 4DD0A 1LSPA 3WVYA 3AW7A 1GFHA 1IOTA 1L84A 1JITA 1GF6A 1TLAA 201LA 3N9EA 1DZBX 5II3A 5KXWA 1QUGA 1CKHA 4IASA 4M4OA 3J4GA 3TXBA 1IP3A 3FI7A 1IP1A 1QUOA 2W1MA 4NEBA 2EPEA 4DC4A 1C7PA 1G7JC 1G0JA 3SBAA 4WM5A 235LA 1L21A 4RDSA 4B1AA 2Z18A 4H9BA 4U3XB 2ZIJA 2RAYX 2HUBA 2LZMA 1HEWA 1ZVHL 5AMYA 2B6ZA 2ZNWY 1LZ5A 2BQIA 3DN8A 148LE 115LA 1IWXA 1IEEA 3HTFA 1L00A 1L66A 1QTKA 2BPUA 1L64A 1JKBA 189LA 4XYYA 2RH1A 3ODUA 5HMVA 108LA 4ETDA 1T6VL 4XJDA 2PC2A 3A6CY 125LA 2HUMA 1L60A 2MEFA 1LSFA 1TDYA 3ZVQA 1LSZA 1WTHA 3B0KA 2BQLA 107LA 1SWZA 1LYYA 219LA 256LA 3BKVA 1QDRA 5C6LA 1LHJA 2DQJY 165LA 2L78A 1C46A 2FYDA 4M6DA 5APFA 1LJHA 232LA 134LA 1YIKA 1YKZX 1D2YA 2G4QA 3C8QA 4H91A 1IWUA 4BAFA 1B7PA 1W6ZA 103LA 1GAYA 5I54A 1IR9A 5F9XA 1IP5A 4LYTA 2FBBA 1P37A 2MEEA 1IP6A 4TX7A 1GB8A 1GB5A 1CVKA 4OW1A 1I1ZA 3HT9A 199LA 3D3DA 1NQIA 3NY8A 3W3EA 222LA 5A3ZA 109LA 2BQDA 1IP2A 1L24A 1MLCE 1WVVA 1HFXA 2RBPA 5KKJA 1V7TA 1LJIA 1GFVA 2LZTA 5D5FA 4GLAA 135LA 2LYOA 4I7PA 2BQGA 1LJEA 1CU6A 1L83A 4ZEEA 4GCFA 1IC7Y 2QARC 6LYZA 4E97A 1YQVY 4WG1A 228LA 1IY4A 3OE6A 176LA 1IX0A 1IR8A 1L43A 2OEAX 2HEAA 1GEVA 3A90A 5I4XA 2DKVA 1CV3A 4MSTA 5IELA 3AGGG 1LZ8A 2HEEA 1LKSA 1SSWA 4ARMA 3QAKA 1TEWA 1CU5A 3LZ2A 1L16A 3HT7A 1CTWA 1BVXA 1QTHA 1G7IC 3CDQA 1KXXA 2ZYCA 1LMPA 4LYBA 1IOSA 1VEDA 2DQGY 207LA 166LA 1LHHA 1QQYA 1VAUA 215LA 1AM7A 1KY1A 1L88A 152LA 1BWIA 1LYIA 3W6FA 1AT5A 3WMKA 1C6DA 1DKJA 1GXXA 1VATA 4E3UA 1D0LA 1L81A 1QT7A 4YOPA 1L35A 3VWOA 1L39A 2CWIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4ARQ B;  1GF7 A;  1L13 A;  1HEQ A;  1DKK A;  2B72 A;  4W55 A;  1LMA A;  4G4H A;  4OWE A;  4LGK A;  1L37 A;  4LZM A;  2LC9 A;  4LDE A;  210L A;  3WXU A;  1LGW A;  3TXF A;  1ZVY B;  221L A;  9LYZ A;  5KXL A;  1L42 A;  2CGI A;  2WAR A;  4G9S A;  4DD1 A;  3HT8 A;  1IWT A;  1LTM A;  4R0F A;  1JJ0 A;  1G7M C;  1C6T A;  130L A;  1LJN A;  1SX2 A;  1C43 A;  1L25 A;  4DT3 A;  2X0A A;  1VDP A;  1JSE A;  1N4F A;  1LYZ A;  4NIJ A;  1PQM A;  186L A;  2OU0 X;  4H92 A;  3DMX A;  193L A;  169L A;  1F6R A;  3SB6 A;  1EQ4 A;  4WM4 A;  1Z55 A;  5I4W A;  1YL1 X;  1NBZ C;  1OWZ A;  2DQE Y;  5LA8 A;  1GDX A;  1VFB C;  1LZA A;  3WL2 A;  2RBN A;  4H9H A;  3GUN A;  2OE7 X;  1DYF A;  3AZ4 A;  1FKQ A;  3TXH A;  205L A;  3CT0 A;  2B6T A;  1JTP L;  250L A;  1XFP L;  2Z37 A;  4WO6 A;  3WW6 A;  1L70 A;  1TCY A;  5LVI A;  3WPJ A;  1P6Y A;  2BQF A;  259L A;  257L A;  1OUC A;  4W94 A;  1OQM A;  1L73 A;  4LYO A;  3G3B B;  3A8Z A;  4GN5 C;  3WH1 A;  1QUD A;  1IP4 A;  1HSX A;  1CUQ A;  1LYH A;  1IO5 A;  154L A;  5FEL A;  3UON A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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