1LSAA

The influence of temperature on lysozyme crystals. structure and dynamics of protein and water
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
publication title The influence of temperature on lysozyme crystals. Structure and dynamics of protein and water.
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-07-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lsaA00
1FN5A 1QDRA 2HUBA 1G7MC 1GAYA 1VDTA 2NWDX 4PRUA 4NGOA 1B2KA 4QGZA 4QY9A 1GB2A 1JKBA 1CNSA 2G4NA 1XGRC 5LVGA 1GF6A 1BB5A 2AUBA 3W6CA 2MEDA 4AGAA 3WMKA 4KXIA 3WH1A 1LHHA 4CHXA 4ETEA 3EMSA 4NEBA 5KXZA 1RE2A 1GFKA 1TAYA 4CJ2A 194LA 4UWVA 4WM5A 3RNXA 1VDQA 4GN3A 1YAOA 2EQLA 4H9HA 2HU3A 3EXDA 3G3BB 4DD9A 3WW6A 1B7PA 4WG1A 3LYTA 4N1CC 1GEVA 2ZWBA 1EQEA 4H1PA 4LT1A 4KT3A 1BVXA 1C10A 2LYMA 1B7MA 1UC0A 5KXWA 2IHLA 1LJFA 1EQ5A 4NG1A 3BKVA 4ANRA 4Z41A 3AGHA 2N5ZA 2HU1A 1BB3A 1UIGA 4J1AA 5B06A 5C6LA 2D4IA 1BVKC 4H9CA 1GFHA 1LMAA 1HSXA 2DQFC 1ZVHL 1B5XA 1KXYA 4HV1A 1QIOA 1GBYA 4YENA 4G4BA 4WL7A 4P2EA 5FEKA 4HJZA 2F2NA 1NDGC 4A7DA 4WLDA 2DQDY 5APEA 1YAQA 4B1AA 153LA 1B5YA 2LYOA 1IP4A 3OJPA 3N9EA 2DQEY 2MEHA 4ETBA 4WM1A 4XADA 3W6AA 1JWRA 5HLLA 2YBMA 1GFUA 1DI5A 2D4JA 1LJNA 1T3PA 7LYZA 4N8ZA 2FBBA 1HMKA 2HEEA 3P64A 1VFBC 4LFXA 2BQGA 1GF4A 4WG7A 1AT6A 1GDXA 2BLYA 4U3XB 5J7CA 3FE0A 5B59A 3TXIA 5LA5A 1CJ6A 1NQIA 3ZVQB 2PC2A 4GCBA 4H9EA 4OOOA 3CT0A 4NGKA 4W94A 4C5FA 5L3IA 1IWZA 1IR8A 1OUJA 4E3UA 4LYBA 2CJLA 3A34A 1Z55A 3D9AC 1GF7A 4OOTA 4GN5C 5E9RA 4ETAA 1TDYA 1JTPL 1IWXA 3IWRA 1GBWA 1MLCE 2YSSC 5L9JA 1UACY 5LA8A 4GLVA 1P2CC 1LMOA 3TXBA 4TWSA 1OUFA 1JSFA 4WM3A 4ET9A 4RW1A 4B0DA 1NF5A 1GE1A 3TXHA 3WUAA 1IP6A 4NGVA 1IR7A 4QEQA 3ATOA 1IP1A 1IOTA 3TMUA 5LYMA 1LZEA 4HTNA 4H91A 5KY1A 3TXDA 1GD6A 1D9UA 1JIYA 3TXEA 3TMWA 1GPQC 1BB6A 3FI7A 4NGZA 4XJDA 1IY4A 1YL1X 1LMTA 1OUCA 4IASA 1JPOA 5F9UA 3A67Y 3A3RX 4ETCA 5FHWA 4DDCA 4ET8A 1V7SA 4HP0A 1LZ9A 5DL9A 1FLQA 5ILCA 5B07A 3AW6A 1HC0A 1CKFA 2CDSA 1C45A 1NKHA 2DQJY 5JENB 3TXFA 1LSPA 4NIJA 4CGEA 1AZFA 4NGIA 3AZ7A 1GAZA 1IEEA 4J7VA 5KXSA 5F14A 2YBNA 5T3FA 2F4GA 2YBHA 4H9BA 154LA 4BAPA 1OUAA 1BGIA 3CSZA 1JKCA 2H9KA 1GXV2 4G9SA 2C8PA 1C08C 1RFPA 1LYZA 1OUGA 1B5WA 2ZQ3A 3EBAB 2VB1A 4KL7A 1BB7A 1GBXA 1ZV5L 3A93A 1OUBA 3WVYA 2BQHA 1UIAA 4DWXA 1FDLY 1TCYA 1WTNA 4R0FA 3AZ4A 5KXYA 1CKGA 3AGIA 4Z98A 1HELA 1IP2A 2MECA 1XEJA 1LZYA 1ZMYL 1GFAA 1KIPC 2BQOA 2BQFA 1W08A 3TMXA 1G7JC 1GHLA 1LMCA 1B7RA 1F6RA 2H9JA 3T6UA 1J1OY 1N4FA 2A7FA 2BQNA 4RLNA 2BQKA 1A4VA 1GB9A 1TBYA 2Z18A 3A90A 1XGUC 3HFMY 3T36A 5I54A 3RW8A 1BWHA 4NSJA 1YKZX 1D0KA 4DD1A 4NHTA 4NHSA 2Z2FA 3LYZA 4WOAA 3KAMA 2Q0MX 1FLWA 1GE0A 4X3BA 1OUDA 3B0KA 4WO6A 5KJ9A 1LHKA 2W1MA 1F0WA 4HSFA 2IFFY 4NFVA 1LSNA 5FELA 1GE4A 1B5UA 3ZVQA 1W6ZA 1JKDA 2HEDA 1OQMA 1JJ3A 1KXWA 1IC7Y 3LYOA 5LAFA 1LSCA 1WQOA 4LFPA 4PRQA 3A94A 5LVIA 1LSGA 1LJ4A 5KXXA 1DQJC 1JITA 4CFOA 1LJJA 4GCDA 1LSYA 1VDSA 1JTTL 1GFRA 1IOQA 1JJ1A 2Y8PA 1F6SA 2YBIA 4LYMA 5E4PA 1IVMA 4NSGA 3IJVA 4DC4A 4I0CA 4MR1A 5KXTA 4MCKA 4LYTA 1H87A 3MGWA 4H8XA 1HF4A 1NHEA 1WVUA 4HPIA 1YAMA 1YROA 3LZTA 4OWHA 3W6BA 4H8YA 1C43A 1HENA 3TXJA 1JSEA 1QSAA 132LA 1WQPA 4OWEA 1GE2A 1LHMA 2G4PA 1YL0X 3A92A 1G7LC 3N9AA 4EOFA 5HNCA 5LINA 3B0OA 1BQLY 1LZ8A 1YIKA 3QE8A 1XSFA 1XEKA 2BQBA 1GBSA 1HEWA 1QTKA 1IP3A 2W1YA 4WM2A 1DPWA 2LHMA 1LZ4A 1LZSA 1KIRC 3LYMA 4GLAA 2MEIA 1DKKA 4NY5A 1OUEA 1I56A 1IY3A 5HMJA 1LJEA 5KKJA 4B4IA 1QTEA 5KXKA 2W1XA 1REZA 1IP7A 1DI3A 5A3ZA 1CJ9A 1V7TA 5C6JA 5LVHA 2CGIA 1LSAA 3AGGG 5LYZA 1GF0A 1LJKA 1PS5A 2I26L 4C3WA 1XEIA 4XJGA 1LMPA 1HEPA 3J4GA 4WLXA 193LA 5LIOA 3CT5A 4OWCA 1GE3A 4KPMA 2HECA 1LJGA 5DM9A 1LKSA 4H94A 3LHMA 4NGYA 5B05A 1GFJA 5KXNA 1VATA 4N0JA 4TX7A 5FDJA 4WLTA 3W6DA 1AKIA 4HV2A 4RLMA 4YEOA 1LZ6A 4DD3A 3ZEKA 1IOSA 3G3AB 1IP5A 1XFPL 2C8OA 1LTMA 1JTOL 3GXKA 1YILA 3VWOA 4O34A 1GFEA 2DKVA 5I5QA 1VEDA 4B49A 4NHIA 3M18B 2CWIA 5I4XA 2Z37A 3IJUA 5LYTA 3F6ZA 1LZ5A 3A8ZA 1IX0A 4NHPA 3AB6A 4II8A 1UCOA 4DDBA 5EBHA 2Z19A 4XJFA 3RZ4A 5KXLA 1TEWA 5LVJA 3CSQA 5F16A 2LZ2A 4N1EI 4W96A 1J1PY 208LA 6LYZA 2MEFA 4ZFPA 1HEOA 4GN4A 1LJIA 3CQLA 1LZ1A 4H9IA 1J1XY 4HJVA 2HEBA 1FKVA 1UUZC 1RI8B 5IHGA 5I53A 4YEMA 4QDNA 2I25L 2XJWA 1AT5A 1G7HC 4H93A 2A7DA 1GB0A 2X0AA 1GFGA 1JHLA 1QUSA 1D6QA 2BAAA 4BAFA 1IWVA 1LJHA 4GCEA 2Z2EA 2DQCY 3E3DA 5HMVA 1DZBX 1LYYA 4WM6A 5APFA 4M4OA 4N9RA 5A3EA 4ZEEA 1HERA 3TXGA 4YM8A 5F9XA 3OK0A 1FKQA 3ATNA 4RDSA 5B1GA 3BKHA 4LYCA 1RJCB 2DQGY 2GV0A 1LPIA 4XYYA 4EMNA 1GB6A 3AZ6A 1F10A 5I4WA 3WVXA 1D0LA 4I8SA 1UIBA 2YBLA 5IDDA 4DDAA 2MEAA 4NHQA 4J0LA 4ML7A 1B7SA 3QNGA 1FLUA 1UIDA 3HBHA 4G4HA 4NWEA 5II3A 1RCMA 1HNLA 2DQIY 4B4JA 4B4EA 1NBZC 4LYZA 1IWUA 4MSTA 4LT3A 4WL6A 3WU9A 1WVVA 3A96A 4OWBA 1C46A 3W3EA 3P65A 4IATA 2YBJA 2EPEA 5LAGA 2DBTA 3B72A 1IC5Y 1G7IC 1CJ8A 3B0IA 1B5ZA 5D5FA 1QDTA 1LHIA 1CKHA 1LHLA 4XJHA 2BQCA 5HQ1A 1GF5A 1LSBA 1YKXX 1INUA 1LSEA 1UIFA 2YDGA 4IJ4A 4BS7A 4D9ZA 3WL2A 1LKRA 2WARA 3AZ5A 4LGKA 3B6LA 1DPXA 2BQDA 5KXMA 3A95A 4Z3MA 1OUHA 1UIEA 1JKAA 3RU5A 1JJ0A 1VDPA 1EL1A 2FBDA 2ZIKA 1KXXA 1LHJA 4J1BA 5KXRA 1HFXA 1E8LA 5I4YA 1ZVYB 1FLYA 2XTHA 4H90A 4PGJB 4PHIA 4HJYA 1NMMA 3TXKA 2Z39A 4H9FA 3SP3A 5D5CA 1WTMA 4DD7A 1KIQC 1VAUA 2D91A 1NWGA 3EO5A 3A3QA 3WU8A 3HBDA 4NG8A 2W1LA 1LCNA 2BQAA 3AYQA 2BPUA 3AW7A 4DYGA 1HFZA 2BQJA 133LA 3LN2A 3QY4A 5DN4A 1LMQA 1WQMA 3TMVA 2B5ZA 1NBYC 1T6VL 1A2YC 4N5RA 5APDA 1LZCA 2I6ZA 1JISA 2EKSC 3N9CA 3W6FA 1B7NA 1GB3A 2DQHY 3P66A 3WPLA 1UIHA 9LYZA 4R6CA 2BQIA 2H5ZA 1IOCA 4XJIA 4HTKA 1DKJA 1IC4Y 4L41A 1WQNA 2BQMA 4DD0A 1LAAA 1IIZA 4UWUA 1LZAA 1WQQA 2G4QA 2DQAA 4FJRA 4UWNA 1JUGA 1I20A 1QSWA 2MEGA 2MEBA 3AJNA 4OWAA 1HSWA 1LZTA 1LZGA 5AMYA 1QUTA 1SLYA 1LJ3A 4H8ZA 5IELA 1IO5A 4HPEA 4XENA 1IWYA 1O23A 1GB7A 1CKDA 1FBIX 3WXUA 4YOPA 1BWJA 4LYOA 1LYOA 4TTDA 2RSCA 3M3UA 2Z38A 5LXWA 1HMLA 1D0MA 1B7QA 1LSZA 1GWDA 8LYZA 2BLXA 5HNLA 1NDMC 1REMA 2HEAA 1LYSA 1LOZA 4G49A 5DLAA 3WPKA 4LT0A 3ULRA 2MEEA 1UBZA 1HEQA 3WPJA 1LSMA 1XGPC 4G4CA 1SQ2L 4NSHA 1C7PA 1LSFA 2FYDA 3A6BY 1XGQC 135LA 1IWTA 1REYA 2ZILA 3P4ZA 1YANA 1B0DA 4YF2A 1CKCA 1I1ZA 1UICA 1XGTC 5KXPA 3WUMA 1IWWA 1IORA 2FYCA 1LSDA 2BQLA 1B9OA 3WYHA 1ALCA 4DT3A 4WMGA 3D3DA 1DI4A 3LZ2A 4FDYA 4NWHA 5B1FA 4OW1A 1LZBA 3WU7A 1LMNA 2BQEA 1GDWA 2HTXA 2Z12A 4GCFA 1GEZA 1PZYA 1GFVA 1OP9B 3A6CY 4NSIA 3WW5A 3CB7A 4RW2A 1YQVY 3J6KA 1BB4A 2D4KA 4PJ2C 1B7LA 1MELL 3WULA 1GFTA 1EQ4A 3P68A 1GF8A 1YAPA 4CFPA 2EIZC 4TSCA 3GXRA 2HEFA 1REXA 4NGLA 5L3HA 4ZIXA 1WQRA 2D6BA 5LVKA 1GF9A 2ZQ4A 1CJ7A 1LZDA 2YVBA 2ZNXY 2ZYCA 3HBEX 2XBRA 5DN5A 5ILFA 1GBZA 3K3TA 4BADA 4TSBA 5F81A 3WUNA 207LA 3CT1A 5KXOA 1B5VA 134LA 1AM7A 1HFYA 3CSRA 4H92A 4DD2A 4WM4A 1BHZA 3W6EA 1GXXA 6LYTA 4LZTA 2ZIJA 1GBOA 1LZRA 1QQYA 4NGWA 2LZTA 2XBSA 1GB8A 4XJBA 4WLYA 4HTQA 5FSTA 5FCPA 4H9AA 4M6DA 1UA6Y 3WXTA 1D6PA 5C6IA 1HHLA 4ETDA 4Z46A 1HEMA 1H6MA 2ZNWY 4XN6A 4AXTA 1GB5A 2F4AA 2ZYPA 1OUIA 1YKYX 4NGJA 4WO9A 5M1YA 5APCA 3A91A 3RT5X 1LZNA 5KKIA 1DXJA 1GF3A 2LYZA 2F30A 4GCCA 1JEFA 4LT2A 1IR9A 5K7OA 1BWIA 4TUNA 4PPOA 1B7OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SWYA 1QDRA 236LA 1VDTA 1L20A 5LVGA 3W6CA 1L0KA 3WMKA 4KXIA 4ETEA 1LHHA 3HU8A 5KXZA 1TAYA 1L15A 4CJ2A 4H9HA 259LA 2HU3A 4ET9A 1B7PA 222LA 1L08A 1BVXA 1C10A 2O7AA 2IHLA 4ANRA 1CVKA 242LA 2N5ZA 2HU1A 1BB3A 1UIGA 4J1AA 1BVKC 1GFHA 1LMAA 1B5XA 4G4BA 3JR6A 2B6XA 2F2NA 1L48A 1L93A 1P64A 4WLDA 226LA 2DQDY 5APEA 3HTBA 3SB9A 2MEHA 4WM1A 3W6AA 239LA 1GFUA 2YBMA 1LJNA 2FBBA 1L84A 3P64A 4WG7A 1GDXA 4U3XB 1SX7A 4H9EA 5L3IA 2ANXA 155LA 4E3UA 2CJLA 1GF7A 1TDYA 1GBWA 1MLCE 5L9JA 1T8GA 107LA 5LA8A 260LA 4GLVA 1LMOA 4TWSA 4DKLA 1JSFA 237LA 4WM3A 1C6FA 1NF5A 1GE1A 1IP6A 199LA 4NGVA 3F9LA 4GBRB 5LYMA 3TXDA 3TMWA 1BB6A 3FI7A 4XJDA 1YL1X 3CDTA 1LMTA 1OUCA 5F9UA 149LA 4LDEA 4ETCA 5FHWA 4DDCA 1LZ9A 5DL9A 4ARMA 5B07A 1HC0A 3C7YA 2CDSA 2DQJY 1LSPA 1AZFA 4YXAC 5F14A 2YBNA 4H9BA 2RBSA 1L61A 3CSZA 1L89A 178LA 4G9SA 1LYZA 4KL7A 3WVYA 128LA 2BQHA 1TCYA 174LA 3AZ4A 1HELA 1B7RA 3UONA 1J1OY 2BQNA 3CDQA 1GB9A 3A90A 1LI6A 5I54A 1BWHA 4NSJA 1C6HA 158LA 3HTGA 3KAMA 2Q0MX 131LA 1GE0A 2W1MA 2IFFY 5FELA 125LA 3ZVQA 1W6ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FN5 A;  1QDR A;  2HUB A;  1G7M C;  1GAY A;  1VDT A;  2NWD X;  4PRU A;  4NGO A;  1B2K A;  4QGZ A;  4QY9 A;  1GB2 A;  1JKB A;  1CNS A;  2G4N A;  1XGR C;  5LVG A;  1GF6 A;  1BB5 A;  2AUB A;  3W6C A;  2MED A;  4AGA A;  3WMK A;  4KXI A;  3WH1 A;  1LHH A;  4CHX A;  4ETE A;  3EMS A;  4NEB A;  5KXZ A;  1RE2 A;  1GFK A;  1TAY A;  4CJ2 A;  194L A;  4UWV A;  4WM5 A;  3RNX A;  1VDQ A;  4GN3 A;  1YAO A;  2EQL A;  4H9H A;  2HU3 A;  3EXD A;  3G3B B;  4DD9 A;  3WW6 A;  1B7P A;  4WG1 A;  3LYT A;  4N1C C;  1GEV A;  2ZWB A;  1EQE A;  4H1P A;  4LT1 A;  4KT3 A;  1BVX A;  1C10 A;  2LYM A;  1B7M A;  1UC0 A;  5KXW A;  2IHL A;  1LJF A;  1EQ5 A;  4NG1 A;  3BKV A;  4ANR A;  4Z41 A;  3AGH A;  2N5Z A;  2HU1 A;  1BB3 A;  1UIG A;  4J1A A;  5B06 A;  5C6L A;  2D4I A;  1BVK C;  4H9C A;  1GFH A;  1LMA A;  1HSX A;  2DQF C;  1ZVH L;  1B5X A;  1KXY A;  4HV1 A;  1QIO A;  1GBY A;  4YEN A;  4G4B A;  4WL7 A;  4P2E A;  5FEK A;  4HJZ A;  2F2N A;  1NDG C;  4A7D A;  4WLD A;  2DQD Y;  5APE A;  1YAQ A;  4B1A A;  153L A;  1B5Y A;  2LYO A; 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 1XGT C;  5KXP A;  3WUM A;  1IWW A;  1IOR A;  2FYC A;  1LSD A;  2BQL A;  1B9O A;  3WYH A;  1ALC A;  4DT3 A;  4WMG A;  3D3D A;  1DI4 A;  3LZ2 A;  4FDY A;  4NWH A;  5B1F A;  4OW1 A;  1LZB A;  3WU7 A;  1LMN A;  2BQE A;  1GDW A;  2HTX A;  2Z12 A;  4GCF A;  1GEZ A;  1PZY A;  1GFV A;  1OP9 B;  3A6C Y;  4NSI A;  3WW5 A;  3CB7 A;  4RW2 A;  1YQV Y;  3J6K A;  1BB4 A;  2D4K A;  4PJ2 C;  1B7L A;  1MEL L;  3WUL A;  1GFT A;  1EQ4 A;  3P68 A;  1GF8 A;  1YAP A;  4CFP A;  2EIZ C;  4TSC A;  3GXR A;  2HEF A;  1REX A;  4NGL A;  5L3H A;  4ZIX A;  1WQR A;  2D6B A;  5LVK A;  1GF9 A;  2ZQ4 A;  1CJ7 A;  1LZD A;  2YVB A;  2ZNX Y;  2ZYC A;  3HBE X;  2XBR A;  5DN5 A;  5ILF A;  1GBZ A;  3K3T A;  4BAD A;  4TSB A;  5F81 A;  3WUN A;  207L A;  3CT1 A;  5KXO A;  1B5V A;  134L A;  1AM7 A;  1HFY A;  3CSR A;  4H92 A;  4DD2 A;  4WM4 A;  1BHZ A;  3W6E A;  1GXX A;  6LYT A;  4LZT A;  2ZIJ A;  1GBO A;  1LZR A;  1QQY A;  4NGW A;  2LZT A;  2XBS A;  1GB8 A;  4XJB A;  4WLY A;  4HTQ A;  5FST A;  5FCP A;  4H9A A;  4M6D A;  1UA6 Y;  3WXT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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