4LYZA

Real-space refinement of the structure of hen egg-white lysozyme
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
publication title Real-space refinement of the structure of hen egg-white lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 38
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1975-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4lyzA00
3B0OA 4EOFA 3LZTA 1GE3A 4GCBA 4WM5A 1IP4A 4ET9A 1LHLA 2BQGA 3W6DA 1UICA 2I26L 2HTXA 5DN5A 3WPKA 1A4VA 2D4KA 3A92A 4NY5A 1NDGC 1XSFA 1YAPA 3CT0A 4CGEA 5KXWA 4NSHA 1BGIA 1CKFA 5I4YA 3A8ZA 1XGPC 1C45A 1GF4A 1LHIA 1GBOA 1QDTA 2A7DA 4MCKA 4OWAA 4B49A 1FBIX 4H9BA 4GCCA 1WTNA 3A6BY 3MGWA 4GLAA 4NIJA 3D9AC 3W6FA 3GXKA 2G4NA 3LYZA 3AZ5A 4ZFPA 1TAYA 5KXOA 2HEEA 5FCPA 1FLWA 1IEEA 4TX7A 4LT0A 4L41A 4WL6A 1CNSA 4I0CA 4HJVA 1DZBX 1QUSA 2BQIA 2YBMA 1GEVA 5B05A 2DQHY 5KXPA 5APEA 5KXLA 5LXWA 3A67Y 1V7SA 5LAGA 2BQFA 1FN5A 1XEIA 5LYTA 3TXKA 2Z38A 1BVXA 1GF7A 1UIAA 1NKHA 2CJLA 2ZYPA 5E9RA 4PRUA 1B9OA 4G4CA 4XJDA 3HBHA 3WU9A 4DD2A 1T6VL 1H87A 1YAMA 4LFPA 5M1YA 1VAUA 3LYMA 1MLCE 3WU7A 1D0MA 2DQEY 1EL1A 1C7PA 1JIYA 1G7HC 1OUIA 4XJBA 1F6RA 1BVKC 1UIDA 1LZDA 1LZSA 1V7TA 4H92A 4I8SA 4RDSA 4N0JA 1CKGA 1LMPA 1VDQA 4J1AA 4WG7A 3WH1A 4DYGA 4QDNA 4B4IA 2PC2A 1DQJC 5KKJA 2W1MA 1LZGA 3A34A 2F30A 4WO9A 2BLYA 5F9XA 193LA 1BB6A 3W3EA 1HSXA 4TSCA 1XGUC 1UC0A 1WQMA 1IWXA 1C43A 4H93A 1WVVA 2LHMA 3AW6A 4CHXA 4J0LA 2Z19A 1KIRC 2ZIKA 5KJ9A 2BQCA 4NHPA 3SP3A 3K3TA 4WMGA 1REZA 3W6EA 1IP3A 4GCEA 4XN6A 4DD9A 1ZVHL 1ZMYL 5E4PA 2Z18A 3B0IA 3G3AB 2ZYCA 1IR9A 2G4QA 1YILA 2EPEA 1B7LA 4H9HA 4H9IA 3TXGA 4HTNA 1QSWA 3EBAB 3LYTA 1LJGA 2BAAA 2MEBA 1GE0A 1DKKA 1ZVYB 3QY4A 1GB6A 1B7PA 4TSBA 1IWVA 4LFXA 1AKIA 1LPIA 4NGVA 5IHGA 4LYCA 2H9JA 1TDYA 4W96A 5F81A 2MEAA 4HV1A 5KXSA 1LZ9A 2HUBA 2RSCA 1GFJA 1CKCA 8LYZA 4NGOA 5LVKA 4YM8A 2HEDA 1CJ7A 5C6JA 1HEPA 3GXRA 1IWTA 1BB7A 3FI7A 3AZ4A 1FLYA 4LT3A 4ET8A 5KXRA 1T3PA 1IP5A 1LHMA 1UIHA 3G3BB 4NG8A 4WM4A 4BADA 4N9RA 4U3XB 1XGTC 1GFTA 4KT3A 1INUA 1C08C 1RI8B 3CB7A 4IJ4A 4HPEA 1B5WA 3AJNA 5HQ1A 1J1PY 5B1GA 3T6UA 3TXDA 1HEQA 4LYBA 2Z12A 1LZ4A 2MEEA 1DI4A 4OWCA 2FYCA 133LA 1D9UA 4H90A 1WTMA 4II8A 3ULRA 4LYZA 1YAQA 1NQIA 1I56A 1LZBA 3CQLA 5DN4A 5B07A 4A7DA 5FDJA 5I4XA 1JKAA 2G4PA 4M4OA 4NHSA 5LVGA 4ML7A 1LKRA 6LYZA 2YBJA 1GEZA 1EQEA 2BQLA 2C8OA 4KL7A 3BKVA 4LT1A 2YBNA 3ZEKA 1J1XY 3AGGG 4H9FA 4AGAA 3AGHA 1BB5A 2YDGA 3QE8A 4WG1A 1CJ8A 2C8PA 1GBZA 1LSBA 1ALCA 1IC5Y 3AGIA 2N5ZA 4NG1A 1VEDA 5FSTA 3HBEX 2YBIA 4WM3A 1LSPA 3LYOA 2W1YA 3A91A 7LYZA 1GFAA 2F2NA 2D4JA 1TBYA 1G7LC 3WL2A 3WUAA 1G7MC 3J4GA 2EIZC 1JTPL 4B4EA 1BB4A 1GFVA 1OUAA 1HSWA 5LA8A 1DKJA 1GBSA 4WM1A 4XADA 1LHKA 4H94A 1IWYA 1HEMA 4HJYA 4NWHA 1B2KA 1LMCA 3F6ZA 1LMAA 5ILFA 3IJVA 4PHIA 1LJJA 1VDTA 1D6QA 2WARA 4HSFA 4XYYA 2LYOA 1TEWA 4D9ZA 2LYMA 1LZYA 4GN3A 1GE4A 1UA6Y 1LAAA 1IP2A 4H91A 1JJ3A 1GHLA 1IR8A 5ILCA 1XGRC 4QEQA 5HNCA 1LSFA 2DQIY 1BB3A 1FLUA 1REXA 1JTOL 2BLXA 2YSSC 2ZNXY 2IHLA 4NGYA 1IP7A 3TXIA 3CSQA 4J7VA 4LYOA 3FE0A 5KXYA 3CSRA 4W94A 1C46A 1NHEA 1RJCB 1W08A 3WMKA 4BS7A 4ETAA 2CWIA 1GB8A 3AB6A 4H9AA 2DKVA 5KXNA 1GXV2 4XJFA 1LZTA 1GB9A 3W6BA 1JKDA 208LA 1GPQC 4TWSA 3N9CA 4ETCA 1IR7A 1LJ4A 4WLYA 5KKIA 1HENA 1WQPA 1LZ6A 3RW8A 1IOCA 4H9CA 3W6AA 3WVYA 2HU3A 4H8XA 2A7FA 4NSIA 5A3EA 2W1XA 4UWVA 4NGJA 4CFPA 4NHQA 1CJ9A 4LYTA 1IP6A 1DI3A 1DPWA 1LSMA 5LYZA 1IIZA 1JPOA 1LJIA 1AZFA 1LJFA 2MEGA 4N8ZA 207LA 2ZQ3A 1LSAA 3TMWA 3RZ4A 4NGLA 4WLDA 6LYTA 2XJWA 1LJ3A 4QGZA 3WUNA 1GBYA 2EQLA 1UACY 3A90A 2B5ZA 3P64A 1Z55A 1QTEA 5KY1A 1LSYA 1IC7Y 1NBYC 3LHMA 4XJIA 1UIBA 1REMA 1GF5A 1NWGA 1PS5A 4DC4A 1H6MA 1GFKA 1BWIA 1RCMA 3ATNA 1OUJA 1LZRA 1GWDA 2HEBA 4M6DA 1LJEA 3TXJA 5F9UA 4HTKA 1YAOA 4LT2A 1KXYA 1YANA 1YROA 1E8LA 4DDAA 1LJKA 3A6CY 1B7SA 2XTHA 3TXEA 2DQJY 3WW5A 3TMVA 4X3BA 3J6KA 1AT5A 1KIPC 4GCDA 4ZEEA 5FEKA 4OOTA 4RW1A 3AZ7A 1HMLA 1GB2A 1LJNA 1LYSA 4NEBA 1AM7A 3VWOA 3A96A 1IORA 2Q0MX 4PGJB 3WXTA 1WQNA 4E3UA 194LA 1O23A 1NBZC 1JWRA 1HERA 1GDXA 1KXWA 1HFZA 5F14A 2H9KA 1QQYA 4DD7A 2BQMA 1CKDA 1B5ZA 4DWXA 1UIEA 1LJHA 1GB7A 1OQMA 4CJ2A 4WL7A 2FYDA 2D4IA 3A95A 4UWUA 3ZVQA 3A3QA 3P4ZA 1GFEA 1B0DA 1FKQA 1OUHA 1P2CC 4G4HA 4NGWA 4C3WA 4TUNA 4H8ZA 4NGKA 4YF2A 1QDRA 4N5RA 1G7JC 4PPOA 1IOQA 3B0KA 1GB3A 1B7NA 1BQLY 1B5XA 3A94A 4G9SA 134LA 4C5FA 2BQOA 1D6PA 1LSZA 4GCFA 1GAYA 4DDBA 1JITA 1JEFA 1KXXA 5IDDA 3AYQA 2IFFY 4OOOA 1HHLA 5FHWA 1B7QA 1FLQA 5B06A 2Z39A 3M3UA 3RT5X 1D0LA 1DXJA 4GLVA 1LZNA 4ETDA 4Z46A 4DT3A 2VB1A 2EKSC 3ZVQB 1HMKA 3WULA 3M18B 1BHZA 1B5YA 1IOTA 1XGQC 4FJRA 4O34A 5C6IA 1I1ZA 4LGKA 1XEJA 4MSTA 1GB0A 2MEHA 3TXBA 1PZYA 2DQDY 1C10A 1VATA 1GE2A 1GF8A 2LYZA 2Y8PA 5L3IA 1LHJA 3CSZA 4GN5C 4N1CC 4NHTA 3N9AA 3AW7A 2DQFC 2FBBA 1UCOA 3WUMA 5LIOA 4DD1A 3WYHA 3HFMY 1XEKA 1SLYA 1TCYA 5HMJA 3TMXA 1GF9A 4GN4A 1F6SA 3IWRA 4HP0A 3WPLA 3RU5A 4NSJA 4TTDA 1GB5A 132LA 1ZV5L 5J7CA 2ZQ4A 1A2YC 4NHIA 1LSEA 4IATA 3B72A 5T3FA 4LYMA 2BQAA 5APFA 5LAFA 2X0AA 2YBHA 4PRQA 3A93A 1B5VA 3W6CA 1LTMA 4BAPA 3TMUA 5KXTA 4DD0A 1JHLA 1GF0A 5APCA 3TXFA 4KPMA 4WO6A 1W6ZA 4B0DA 4CFOA 1YL1X 1LSDA 1VFBC 4P2EA 1GBWA 5JENB 1GBXA 2D6BA 2F4AA 2XBSA 4HTQA 1I20A 2BQEA 5DM9A 5I4WA 4EMNA 4FDYA 4H8YA 2BQHA 4XJHA 1UBZA 1HELA 3WU8A 1OUEA 1IP1A 1NMMA 1LZCA 4H9EA 4BAFA 5A3ZA 1BWHA 1CKHA 3AZ6A 5L9JA 4AXTA 1IX0A 1LMQA 3EO5A 4OWHA 1RFPA 2MEDA 3CT1A 2HECA 5L3HA 5LA5A 1LYZA 5DL9A 1HFYA 4WLTA 4HJZA 5LVIA 1LOZA 153LA 4XENA 9LYZA 3LZ2A 1FDLY 1GFGA 2NWDX 4QY9A 1DPXA 4Z3MA 2DQCY 1WQQA 3HBDA 4B1AA 1QIOA 4WLXA 1REYA 1OUFA 1F0WA 1VDPA 135LA 2F4GA 4XJGA 2LZ2A 3P65A 1UUZC 4YOPA 5I5QA 1CJ6A 1LCNA 4YEMA 2I6ZA 1HFXA 1LYYA 1EQ4A 1F10A 4ETEA 5B59A 1HC0A 4RLMA 1GXXA 1JSFA 3EMSA 2CGIA 1QTKA 5I53A 1GF3A 4YENA 1LSGA 1LSCA 1GD6A 1UIGA 2BQKA 1B7MA 1GFHA 4Z41A 2BQJA 4R6CA 4RLNA 1WQRA 2DBTA 3A3RX 4RW2A 1OP9B 4OW1A 1OUBA 4B4JA 4DDCA 1FKVA 1YIKA 1HEWA 3WW6A 3IJUA 3WPJA 1LMNA 1OUCA 3WXUA 1QSAA 2BPUA 1LZ1A 4ZIXA 1NF5A 2Z2FA 4Z98A 5F16A 4YEOA 4UWNA 1HF4A 3P68A 4PJ2C 4J1BA 4WM2A 1G7IC 4DD3A 1YKXX 1GF6A 4ETBA 1IWZA 2BQDA 3P66A 2Z2EA 3D3DA 2YBLA 3E3DA 4NFVA 3ATOA 2DQGY 5AMYA 3B6LA 2ZILA 2BQBA 3CT5A 3LN2A 4IASA 2ZNWY 1XFPL 5HLLA 1QUTA 2MECA 2I25L 1JTTL 1LMOA 1OUDA 2W1LA 1OUGA 4KXIA 2ZWBA 4HV2A 1YKYX 1NDMC 5B1FA 2LZTA 2YVBA 2DQAA 2FBDA 5APDA 2MEIA 5KXMA 154LA 1B7OA 1IVMA 1DI5A 4OWBA 1N4FA 1IWUA 5C6LA 5LVJA 1LMTA 1IC4Y 1KIQC 2CDSA 5HNLA 1AT6A 2MEFA 3EXDA 2D91A 1LZAA 1WVUA 2H5ZA 3KAMA 1VDSA 5HMVA 5LVHA 1GDWA 5D5CA 5IELA 2BQNA 4LZTA 1GFUA 1IY4A 4N1EI 1B7RA 1WQOA 1JKBA 1GAZA 3QNGA 1EQ5A 4MR1A 4NSGA 4WOAA 2HEAA 4G49A 4R0FA 4G4BA 1LKSA 1D0KA 4HPIA 3BKHA 5II3A 1JISA 3T36A 1JKCA 1GFRA 1LYOA 5KXXA 4OWEA 5D5FA 5KXKA 1LZ5A 1JUGA 1RE2A 4NGIA 5I54A 1YKZX 2HEFA 5DLAA 1YL0X 2XBRA 5KXZA 3WVXA 5LINA 1IY3A 2AUBA 3OK0A 5FELA 4H1PA 2HU1A 3TXHA 1LZ8A 1B5UA 3RNXA 4WM6A 1J1OY 5EBHA 1UIFA 1BWJA 1LSNA 1JJ0A 5K7OA 2ZIJA 4NWEA 5LYMA 1GE1A 1HEOA 3N9EA 4NGZA 4ANRA 1JJ1A 1HNLA 1LZEA 3OJPA 1IO5A 1JSEA 2GV0A 1IWWA 2Z37A 1SQ2L 1MELL 1YQVY 1IOSA 1LHHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LZTA 3W6DA 1UICA 3DMZA 2D4KA 3A92A 3CT0A 1XSFA 5KXWA 1CKFA 5I4YA 1L27A 1C45A 4OWAA 1GBOA 1QDTA 4MCKA 1C65A 1FBIX 1L54A 3MGWA 3W6FA 3AZ5A 4ZFPA 3C83A 1IEEA 248LA 237LA 1QUSA 5APEA 5KXLA 3A67Y 1V7SA 5LAGA 1FN5A 3TXKA 2Z38A 1BVXA 1GF7A 2CJLA 5E9RA 1QT7A 1G1WA 214LA 1L10A 3HBHA 1ZYTA 4DD2A 1L86A 1YAMA 180LA 1L95A 1JIYA 1C7PA 4XJBA 1V7TA 1LZDA 1LZSA 4I8SA 4N0JA 4S0WA 107LA 2HUKA 4B4IA 2PC2A 4TSCA 1UC0A 1KY1A 2OE4X 3C80A 1WVVA 1CX7A 3GUKA 3DN1A 2ZIKA 5KJ9A 1IP3A 3SB7A 1L16A 1CU6A 4DKLA 1LJGA 1ZVYB 4LFXA 1AKIA 1L91A 177LA 4W96A 109LA 5KXSA 2RAZX 1LZ9A 3GXRA 3FI7A 1T3PA 4WM4A 1KNIA 1INUA 1RI8B 1QTDA 5HQ1A 1L02A 1L21A 4LYBA 4W55A 2MEEA 1DI4A 2FYCA 133LA 3NYAA 1C62A 201LA 250LA 4II8A 2B6WA 5DN4A 4A7DA 5I4XA 4M4OA 2RBQA 1SX7A 6LYZA 2C8OA 3BKVA 3ZEKA 4H9FA 1BB5A 3QE8A 4WG1A 1CJ8A 1C6MA 1L06A 1L07A 5FSTA 2YBIA 2D4JA 3WL2A 1L66A 1G7MC 1JTPL 4B4EA 5LA8A 1GBSA 4WM1A 166LA 4XADA 4H94A 1IWYA 1B2KA 1LMCA 1VDTA 1D6QA 4XYYA 4D9ZA 3DNAA 1LZYA 1IP2A 4EPIA 257LA 2DQIY 1REXA 2BLXA 1CV4A 3OE6A 3CSRA 4W94A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3B0O A;  4EOF A;  3LZT A;  1GE3 A;  4GCB A;  4WM5 A;  1IP4 A;  4ET9 A;  1LHL A;  2BQG A;  3W6D A;  1UIC A;  2I26 L;  2HTX A;  5DN5 A;  3WPK A;  1A4V A;  2D4K A;  3A92 A;  4NY5 A;  1NDG C;  1XSF A;  1YAP A;  3CT0 A;  4CGE A;  5KXW A;  4NSH A;  1BGI A;  1CKF A;  5I4Y A;  3A8Z A;  1XGP C;  1C45 A;  1GF4 A;  1LHI A;  1GBO A;  1QDT A;  2A7D A;  4MCK A;  4OWA A;  4B49 A;  1FBI X;  4H9B A;  4GCC A;  1WTN A;  3A6B Y;  3MGW A;  4GLA A;  4NIJ A;  3D9A C;  3W6F A;  3GXK A;  2G4N A;  3LYZ A;  3AZ5 A;  4ZFP A;  1TAY A;  5KXO A;  2HEE A;  5FCP A;  1FLW A;  1IEE A;  4TX7 A;  4LT0 A;  4L41 A;  4WL6 A;  1CNS A;  4I0C A;  4HJV A;  1DZB X;  1QUS A;  2BQI A;  2YBM A;  1GEV A;  5B05 A;  2DQH Y;  5KXP A;  5APE A;  5KXL A;  5LXW A;  3A67 Y;  1V7S A;  5LAG A;  2BQF A;  1FN5 A;  1XEI A;  5LYT A;  3TXK A;  2Z38 A;  1BVX A;  1GF7 A;  1UIA A;  1NKH A;  2CJL A;  2ZYP A;  5E9R A;  4PRU A;  1B9O A;  4G4C A;  4XJD A;  3HBH A;  3WU9 A;  4DD2 A;  1T6V L;  1H87 A;  1YAM A;  4LFP A;  5M1Y A;  1VAU A;  3LYM A;  1MLC E;  3WU7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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