2YBHA

Nitrate x-ray induced reduction on hewl crystals (2.31 mgy).
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
publication title Effective Scavenging at Cryotemperatures: Further Increasing the Dose Tolerance of Protein Crystals.
pubmed doi rcsb
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-03-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2ybhA00
4KT3A 2F4AA 2W1LA 1GB8A 5LVKA 3AZ7A 1NDMC 1YIKA 3CT0A 1YL0X 5IHGA 3LYZA 5APCA 1B9OA 4B4IA 1HF4A 3AJNA 6LYTA 1BB7A 5LYMA 1IWVA 1JTTL 2CDSA 2YDGA 3WH1A 4N0JA 4WLYA 4A7DA 4QY9A 1V7TA 1EQ4A 2YBIA 1B7NA 1MELL 4QEQA 1HSXA 3EXDA 1LJHA 4H91A 4KXIA 3WYHA 1JKCA 4DWXA 1LSMA 5KXZA 1LHHA 1RCMA 2DQJY 1F6RA 1E8LA 1REMA 4CHXA 5I4WA 1NBZC 4YEOA 2EQLA 4HP0A 5F16A 1YQVY 4Z41A 2W1MA 4D9ZA 4TTDA 5C6JA 1LSPA 1OUHA 2FYDA 5KY1A 1LHJA 1LSFA 4N8ZA 4NHPA 2DQCY 5DN5A 4GN5C 1GBOA 1NBYC 1FLQA 1GFEA 2D4KA 2PC2A 3A91A 2DQGY 4CGEA 2BQEA 1VAUA 1B7OA 4QDNA 4XJHA 3W6DA 1GF4A 4ANRA 4KPMA 1JHLA 1HEOA 1LPIA 4II8A 4RLNA 3ZEKA 3N9EA 4TWSA 3AZ4A 1GF6A 1HMKA 4XJBA 2BQCA 1D6PA 4C5FA 1SLYA 4OWCA 1IP6A 1GDWA 3A90A 1GEZA 1B5XA 2DQAA 1GAZA 2D91A 3B72A 153LA 1YKZX 5HMVA 5KXOA 1ZMYL 1LMOA 4Z46A 1XSFA 3QE8A 4I0CA 1I20A 3T6UA 1TAYA 2BQNA 4Z98A 2LZTA 2ZNWY 5IDDA 1RI8B 2I25L 4WM2A 3A8ZA 5T3FA 4DD1A 3P68A 1FBIX 4TUNA 4NGJA 2BPUA 1ZVYB 1HFYA 4HSFA 1JTPL 4LGKA 4ML7A 3TXBA 4HJVA 1IWUA 2EPEA 4ET9A 2XBRA 5F81A 4IJ4A 4PGJB 1WQPA 1B5YA 5KXKA 3P66A 1VEDA 4MCKA 4NGYA 2FBDA 4YOPA 1LZ1A 2BQGA 4GCCA 1GFUA 4NGVA 3LYMA 3TXFA 1BWHA 1OUDA 5KXYA 2F2NA 1CJ6A 1GFAA 154LA 134LA 3WPJA 4ETBA 1QDTA 1HELA 4DDBA 5A3EA 4BAFA 1GFGA 1A4VA 1VDSA 5KXRA 2ZQ4A 1YAQA 3AW6A 3P65A 3WUAA 4M4OA 1TDYA 4H92A 1QUTA 4DDCA 1DQJC 4WMGA 5KKIA 4W94A 5HQ1A 194LA 1QDRA 1GBWA 1JTOL 1IP4A 1UIBA 4GN3A 1BGIA 4LYZA 1QTEA 4NSHA 1D9UA 1JJ0A 3ATOA 5LVHA 1KXWA 1ZVHL 5LA5A 2HEEA 4NIJA 5LXWA 1N4FA 3TMWA 1G7IC 3A34A 1KXXA 4G4CA 1GD6A 1CJ8A 3W3EA 4DD9A 1F6SA 1JJ1A 193LA 5II3A 3TXDA 3AGGG 1CKHA 1CKGA 2YSSC 3LHMA 5D5CA 2F4GA 5LYZA 1T6VL 4J7VA 4LZTA 4E3UA 1LKRA 5I54A 4N9RA 1UIEA 1LZ6A 2ZNXY 1VDPA 3WXTA 5KXNA 4DYGA 4GN4A 5FSTA 4OWAA 1REZA 1OUEA 1IWWA 1IEEA 4N5RA 4LYOA 2HEFA 1LJGA 2VB1A 3A92A 3BKVA 1IP2A 1FLWA 3WW6A 2NWDX 1UBZA 1XGQC 3EO5A 5E9RA 5KKJA 1NDGC 3A94A 1XGPC 3TXHA 5F9XA 4WO9A 1B7SA 1JUGA 3G3AB 5LINA 5DLAA 4U3XB 1B2KA 1XGUC 1UIGA 3HBEX 4G49A 5HNCA 1JKAA 3A93A 2C8PA 1IR9A 1TCYA 4XYYA 1YKYX 3RZ4A 2MEFA 2BQKA 1G7HC 2LZ2A 2YBLA 4NHQA 1C45A 1QTKA 2W1YA 3QY4A 4WO6A 1LYYA 1LZEA 3WMKA 5KXTA 4H90A 1WTMA 1GF9A 1LJFA 1JJ3A 2Z38A 1EQEA 1F10A 3OJPA 4LFXA 2H9KA 3N9AA 2YBHA 1LJNA 4LYTA 4XENA 5LAGA 1FKVA 1GF8A 5EBHA 1GB9A 1HSWA 4BADA 1XGRC 5KXWA 1GE4A 1LHKA 5APFA 4N1EI 1CJ7A 4H1PA 4B49A 5KXMA 1LCNA 4XJGA 3IJVA 1GXV2 1B0DA 2HU3A 4LT1A 1IC5Y 1IWYA 3HBDA 4RW1A 4WOAA 5HNLA 3TMVA 3J4GA 1C08C 1JEFA 1YAMA 3K3TA 1LYOA 5I53A 1LZDA 2DQEY 1BHZA 1JSFA 4J1BA 1LMQA 3VWOA 2CGIA 4DD3A 1BWIA 2DBTA 1LMAA 1JITA 3EMSA 5LIOA 132LA 4GCEA 1LJKA 1QIOA 5F14A 5B07A 4UWVA 4B1AA 1GB5A 5I4YA 4H9FA 1XEKA 1GFVA 1AKIA 4NEBA 1LZ9A 1JISA 4H9CA 4J0LA 4OOOA 3WPLA 1YAOA 1J1PY 4WG1A 2EKSC 1UIFA 1GPQC 1HEQA 5J7CA 2ZIKA 1DKKA 1XFPL 4G4HA 1DKJA 4RW2A 1HC0A 1LTMA 4I8SA 4J1AA 5B59A 1FN5A 4H9BA 1GFKA 4RDSA 2HUBA 2BQAA 4IASA 1YANA 2FBBA 1HEWA 3AB6A 2H5ZA 1I1ZA 1GE2A 3OK0A 1NWGA 207LA 4H8YA 3TXEA 5B05A 1WQMA 4WL7A 2F30A 1IC4Y 1LSBA 1IR8A 1RFPA 1BWJA 3A95A 4HJYA 5K7OA 2G4PA 4XJFA 1GE3A 2MEDA 3FE0A 4LFPA 1LZBA 1IWZA 1OUJA 1VATA 2DQIY 4NGOA 1YAPA 2ZWBA 4YEMA 1DZBX 1OUGA 2EIZC 4R0FA 3P64A 4XN6A 5KXLA 4ETAA 1UCOA 4DC4A 3A6BY 1FDLY 5B1FA 4NGLA 3F6ZA 5HMJA 1J1OY 1LZRA 1LZ8A 2LYOA 4NWEA 1LJEA 3T36A 1LJJA 4ET8A 4AXTA 1PS5A 3D3DA 4GCBA 4PHIA 7LYZA 1WVVA 2DQDY 3E3DA 1OUAA 4OWBA 3WW5A 4OWEA 2DKVA 1IP1A 1LZSA 5DN4A 1HEMA 1LSNA 1DPWA 5M1YA 2BLXA 4N1CC 4PJ2C 1IO5A 1KXYA 1EQ5A 2MEHA 4GLVA 4WG7A 4ZIXA 5IELA 5JENB 5LVJA 4H9EA 1LSZA 1WQOA 3WU8A 3AZ5A 1NKHA 1LAAA 1NF5A 3KAMA 5LA8A 1CKCA 3M18B 4C3WA 1Z55A 1W08A 2HEAA 4H93A 2ZILA 2IHLA 4UWUA 3WUNA 5L3IA 2BQBA 3G3BB 4NGWA 5C6LA 1GF0A 1KIQC 1LJ4A 1FLYA 1LZTA 1OQMA 2AUBA 5A3ZA 1IOSA 4NSGA 3GXKA 9LYZA 1SQ2L 4MR1A 3CSZA 2MEBA 4WLDA 3W6AA 1IWTA 3WL2A 1YROA 2A7FA 1GAYA 1MLCE 2MEEA 2ZQ3A 1GDXA 5FHWA 1G7JC 3WVXA 3HBHA 4WM5A 1AT5A 1GF3A 4PRQA 1CNSA 3GXRA 1B7QA 2YBNA 1FLUA 3WXUA 3W6EA 1B7PA 4MSTA 2Z2FA 2ZYPA 4GCFA 1QUSA 1BB6A 5DM9A 5KXPA 3D9AC 4B0DA 5KJ9A 1TBYA 1BB5A 2BQIA 1GEVA 2BQOA 4DD7A 1REXA 1HERA 1YILA 2Z12A 4GLAA 3RNXA 1BVXA 1VDQA 1C7PA 1HHLA 3WUMA 2Z2EA 2XBSA 2I6ZA 2Q0MX 4TSCA 4WM3A 4AGAA 4DDAA 1IORA 5AMYA 1UIAA 1GF5A 2BQMA 2W1XA 1JSEA 4YENA 6LYZA 1VDTA 2A7DA 4CJ2A 1LSCA 1LYZA 1YL1X 4WM4A 4CFPA 1XGTC 1W6ZA 4KL7A 1B7MA 1LZ5A 1DI5A 1B5ZA 4HV2A 1B5WA 4QGZA 3WULA 4HTQA 2YBJA 1JWRA 3AZ6A 3AGHA 1GBYA 4P2EA 4O34A 1LSYA 2YBMA 3MGWA 4NHTA 5FEKA 3TXGA 5B06A 4Z3MA 8LYZA 2LYZA 4LYMA 4CFOA 1IY3A 4ZFPA 1D0KA 5DL9A 4NG1A 4PPOA 1DI3A 3TXKA 4DD0A 4XJDA 2BQFA 4XJIA 4G4BA 3TXIA 1CKDA 2X0AA 4YM8A 2GV0A 2Z18A 2Z37A 3WU9A 3B6LA 1BB4A 1UIDA 2D4IA 3FI7A 4H8XA 4ETCA 4HPEA 2B5ZA 2DQFC 4LYCA 5LVGA 1BB3A 1EL1A 1RE2A 2BQJA 1UACY 4LT2A 4WLXA 3RU5A 1DXJA 1I56A 4NWHA 1JKDA 1IP3A 1REYA 5B1GA 3LZ2A 1HMLA 5E4PA 2HTXA 1GB3A 1IP7A 1KIPC 1O23A 4OWHA 3CT5A 1JIYA 3RT5X 3ULRA 2ZIJA 3BKHA 2CWIA 1GFTA 2G4QA 2BQLA 3CSRA 4XADA 5APDA 5C6IA 4TSBA 5LVIA 1GB6A 4NHIA 4OW1A 2H9JA 3B0KA 1IIZA 1LHIA 2BAAA 3CT1A 2YVBA 4RLMA 4UWNA 1H87A 5L9JA 3ZVQA 1RJCB 4W96A 2BQHA 5APEA 1AM7A 1IOCA 5KXSA 5ILCA 4B4JA 4HTKA 1GFJA 1HENA 1LMNA 1LZAA 3J6KA 2G4NA 3CB7A 3W6FA 4FDYA 2FYCA 1LZGA 1B5VA 1QSWA 1XEIA 3AGIA 1LSDA 4H8ZA 5FCPA 3A6CY 1NHEA 1LMCA 4ZEEA 4BAPA 3ZVQB 1IR7A 1GB7A 2MEAA 1GBZA 1OUFA 4WLTA 1IOQA 1LZNA 4IATA 4B4EA 1AZFA 1NMMA 2HU1A 4HJZA 1XEJA 1GHLA 3WVYA 5HLLA 1VFBC 4FJRA 5I4XA 1LHLA 4PRUA 5L3HA 208LA 1D0MA 1LKSA 2I26L 1KIRC 1FKQA 1J1XY 1LSGA 1DI4A 1CJ9A 1UA6Y 1WTNA 2XTHA 1UICA 2Y8PA 5I5QA 2HEBA 1GFRA 1LSAA 1IP5A 3A3RX 3P4ZA 3QNGA 3RW8A 3TXJA 1IVMA 1IY4A 2IFFY 2XJWA 1F0WA 1GWDA 1YKXX 4R6CA 5LAFA 3WPKA 5KXXA 1IOTA 5ILFA 1TEWA 3A67Y 4LT3A 1GB0A 1B5UA 3B0OA 3M3UA 1CKFA 1DPXA 1OP9B 1WQNA 1LMPA 4H94A 2LHMA 1C46A 1UIHA 1GE1A 3A3QA 4HPIA 3ATNA 4L41A 3EBAB 4NFVA 4NGZA 1LYSA 4WL6A 4M6DA 4HTNA 1G7MC 2MECA 4NSIA 2MEIA 1H6MA 3CSQA 4LT0A 1QQYA 1UC0A 133LA 2HECA 1INUA 2Z19A 2D6BA 1GXXA 3LN2A 1ZV5L 1LSEA 4WM6A 1HNLA 1BQLY 3LYOA 2BQDA 1BVKC 3TMXA 5FDJA 3SP3A 4DD2A 1GB2A 2D4JA 3WU7A 4YF2A 3W6CA 1OUBA 1IC7Y 1GBSA 2MEGA 1T3PA 3LZTA 1JPOA 1HFZA 4NGIA 1OUCA 4EMNA 4BS7A 4GCDA 1QSAA 1A2YC 2ZYCA 4LYBA 4OOTA 4NY5A 3N9CA 1GE0A 3AYQA 4HV1A 4X3BA 3W6BA 1JKBA 1C43A 1WQQA 1G7LC 4H9HA 2C8OA 1WQRA 3B0IA 1B7RA 2Z39A 3IWRA 1HFXA 1GF7A 3HFMY 3IJUA 2N5ZA 1OUIA 4H9IA 1GFHA 3CQLA 5FELA 1HEPA 1ALCA 1LZCA 135LA 1AT6A 1LHMA 2HEDA 1D0LA 1UUZC 2LYMA 1IWXA 3LYTA 4TX7A 4ETEA 2BLYA 1D6QA 4WM1A 2WARA 1B7LA 1LMTA 1P2CC 5LYTA 1LZ4A 3A96A 2CJLA 2RSCA 4ETDA 1LJ3A 1LZYA 4NSJA 3TMUA 1PZYA 1GBXA 1IX0A 5F9UA 1LJIA 4NHSA 1WVUA 2DQHY 5D5FA 4H9AA 1V7SA 4NG8A 4NGKA 3AW7A 1C10A 1NQIA 1LOZA 4DT3A 4G9SA 4EOFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GB8A 3AZ7A 3CT0A 5IHGA 2Z6BA 4WLYA 2NTGA 4QY9A 1G0JA 2YBIA 4QEQA 3WYHA 3GUNA 1REMA 1E8LA 1L93A 205LA 4YEOA 1L88A 1L59A 4ARQA 4Z41A 1L62A 160LA 1L08A 1OUHA 5KY1A 142LA 1CUQA 4CGEA 1C6AA 1L27A 2BQEA 1L26A 4QDNA 1QSQA 3N9EA 186LA 250LA 3SB6A 1DYFA 1LYHA 3A90A 1GEZA 2Q9EA 2D91A 1LWGA 2B73A 257LA 4Z98A 1L32A 2ZNWY 1L03A 2I25L 3P68A 1L46A 1L0KA 2BPUA 167LA 125LA 253LA 2XBRA 2OE4X 3GULA 4W51A 1LI2A 3TXFA 1GFUA 1OUDA 2RB1X 1HELA 1CV4A 2ANVA 3SBAA 5A3EA 5KXRA 2ZQ4A 3P65A 4M4OA 1TDYA 4H92A 5KKIA 151LA 1GBWA 4GN3A 4NSHA 3W3EA 1F6SA 1JJ1A 4EPIA 2F4GA 5I54A 4ARMA 1UIEA 2ZNXY 1VDPA 3HUKA 3WXTA 176LA 4GN4A 1REZA 1OV5A 4N5RA 1L73A 2HEFA 1IP2A 1FLWA 5E9RA 3A94A 4WO9A 1L68A 4U3XB 1UIGA 3DN4A 4PK0A 1D9WA 139LA 3A93A 4XYYA 2YBLA 1C45A 1OV7A 4YX7C 1GF9A 1JJ3A 4LYTA 5LAGA 1FKVA 5EBHA 1GB9A 4BADA 164LA 4H1PA 5KXMA 4XJGA 4LT1A 4RW1A 1T8GA 3J4GA 1YAMA 3K3TA 1LZDA 4J1BA 197LA 3OE0A 3EMSA 4EKRA 132LA 1LJKA 5F14A 4B1AA 5I4YA 1XEKA 1JISA 156LA 3WPLA 3HUAA 2EKSC 1UIFA 1HEQA 4G4HA 1LTMA 1L39A 1GFKA 2HUBA 3AB6A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4KT3 A;  2F4A A;  2W1L A;  1GB8 A;  5LVK A;  3AZ7 A;  1NDM C;  1YIK A;  3CT0 A;  1YL0 X;  5IHG A;  3LYZ A;  5APC A;  1B9O A;  4B4I A;  1HF4 A;  3AJN A;  6LYT A;  1BB7 A;  5LYM A;  1IWV A;  1JTT L;  2CDS A;  2YDG A;  3WH1 A;  4N0J A;  4WLY A;  4A7D A;  4QY9 A;  1V7T A;  1EQ4 A;  2YBI A;  1B7N A;  1MEL L;  4QEQ A;  1HSX A;  3EXD A;  1LJH A;  4H91 A;  4KXI A;  3WYH A;  1JKC A;  4DWX A;  1LSM A;  5KXZ A;  1LHH A;  1RCM A;  2DQJ Y;  1F6R A;  1E8L A;  1REM A;  4CHX A;  5I4W A;  1NBZ C;  4YEO A;  2EQL A;  4HP0 A;  5F16 A;  1YQV Y;  4Z41 A;  2W1M A;  4D9Z A;  4TTD A;  5C6J A;  1LSP A;  1OUH A;  2FYD A;  5KY1 A;  1LHJ A;  1LSF A;  4N8Z A;  4NHP A;  2DQC Y;  5DN5 A;  4GN5 C;  1GBO A;  1NBY C;  1FLQ A;  1GFE A;  2D4K A;  2PC2 A;  3A91 A;  2DQG Y;  4CGE A;  2BQE A;  1VAU A;  1B7O A;  4QDN A;  4XJH A;  3W6D A;  1GF4 A;  4ANR A;  4KPM A;  1JHL A;  1HEO A;  1LPI A;  4II8 A;  4RLN A;  3ZEK A;  3N9E A;  4TWS A;  3AZ4 A;  1GF6 A;  1HMK A;  4XJB A;  2BQC A;  1D6P A;  4C5F A;  1SLY A;  4OWC A;  1IP6 A;  1GDW A; 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 1WQN A;  1LMP A;  4H94 A;  2LHM A;  1C46 A;  1UIH A;  1GE1 A;  3A3Q A;  4HPI A;  3ATN A;  4L41 A;  3EBA B;  4NFV A;  4NGZ A;  1LYS A;  4WL6 A;  4M6D A;  4HTN A;  1G7M C;  2MEC A;  4NSI A;  2MEI A;  1H6M A;  3CSQ A;  4LT0 A;  1QQY A;  1UC0 A;  133L A;  2HEC A;  1INU A;  2Z19 A;  2D6B A;  1GXX A;  3LN2 A;  1ZV5 L;  1LSE A;  4WM6 A;  1HNL A;  1BQL Y;  3LYO A;  2BQD A;  1BVK C;  3TMX A;  5FDJ A;  3SP3 A;  4DD2 A;  1GB2 A;  2D4J A;  3WU7 A;  4YF2 A;  3W6C A;  1OUB A;  1IC7 Y;  1GBS A;  2MEG A;  1T3P A;  3LZT A;  1JPO A;  1HFZ A;  4NGI A;  1OUC A;  4EMN A;  4BS7 A;  4GCD A;  1QSA A;  1A2Y C;  2ZYC A;  4LYB A;  4OOT A;  4NY5 A;  3N9C A;  1GE0 A;  3AYQ A;  4HV1 A;  4X3B A;  3W6B A;  1JKB A;  1C43 A;  1WQQ A;  1G7L C;  4H9H A;  2C8O A;  1WQR A;  3B0I A;  1B7R A;  2Z39 A;  3IWR A;  1HFX A;  1GF7 A;  3HFM Y;  3IJU A;  2N5Z A;  1OUI A;  4H9I A;  1GFH A;  3CQL A;  5FEL A;  1HEP A;  1ALC A;  1LZC A;  135L A;  1AT6 A;  1LHM A;  2HED A;  1D0L A;  1UUZ C;  2LYM A;  1IWX A;  3LYT A;  4TX7 A;  4ETE A;  2BLY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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