1P3NA

Core redesign back-revertant i103v/core10
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPIYDSLDAVRRAALVNLVFQIGETGAAGFTNSLRYLQQKRWDEAAVNFAKSRWYNQTPNRAKRIITVFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Repacking the Core of T4 lysozyme by automated design
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1p3nA00
1DYFA 150LA 3OE8A 3GUNA 198LA 1LWGA 1L47A 4YXAC 3DN3A 1L02A 1TLAA 1CUPA 2B75A 211LA 1CX7A 169LA 129LA 260LA 1P6YA 146LA 1L92A 1L52A 1L82A 1PQJA 245LA 4DAJA 256LA 1L49A 112LA 3CDRA 2RB1X 3HTBA 108LA 1L42A 1L17A 3DN0A 1C63A 1SX7A 1B6IA 1KNIA 171LA 1DYBA 1QT6A 3GUIA 1PQKA 3UONA 1D3FA 1SWZA 4W57A 111LA 1C6EA 1D9WA 1QTHA 1L35A 1L77A 3HT9A 3C7YA 3OE9A 1L22A 1OV7A 1L56A 140LA 4OO9A 3DMXA 1C6NA 1L29A 2RBSA 145LA 261LA 248LA 259LA 1L00A 184LA 1L14A 4I7PA 4PJZA 1CX6A 3C83A 1L18A 1C62A 2QARC 1DYGA 212LA 4LDLA 1L45A 4ARQA 3C82A 2RAZX 138LA 1QUOA 1C69A 1C6HA 148LE 3PBLA 1G0JA 4W58A 1QS9A 1OWYA 1CU2A 1L19A 2F32A 3C81A 232LA 1L88A 3LZMA 2OE4X 1P5CA 3L2XA 2O4WA 1C6CA 1C6IA 1G1WA 3QAKA 1CU0A 3HTFA 1L48A 2B6YA 1C6GA 2L78A 118LA 3HUQA 190LA 176LA 1JQUA 1KW5A 3DN1A 1WTHA 1QTVA 200LA 253LA 1G0QA 2RBQA 1KW7A 3K2RA 187LA 2B6WA 166LA 206LA 1QT8A 1XJUA 172LA 1LYEA 1CUQA 250LA 4I7SA 3FA0A 114LA 3NY8A 219LA 185LA 159LA 262LA 1C67A 119LA 102LA 1L30A 2CUUA 167LA 123LA 1L16A 197LA 225LA 1JTNA 216LA 3GUJA 152LA 3CDQA 5LZMA 4ARQB 1L66A 1L28A 4I7MA 1LI6A 2B7XA 238LA 2RBPA 3HTGA 244LA 1XEPA 1D3JA 2LZMA 1L50A 1L64A 4I7NA 4LDEA 1P56A 201LA 2ANVA 3PDSA 1L05A 3HTDA 1L40A 3HH5A 1QUGA 3SB7A 143LA 3OE0A 3GUOA 174LA 246LA 1L86A 1L13A 3GUMA 1L43A 1DYEA 110LA 1L96A 122LA 1L55A 182LA 1QTZA 210LA 1LLHA 1D3MA 2O7AA 3SBBC 4I7KA 1L73A 1C66A 1QUDA 1QTDA 3SB9A 1L89A 1PQMA 4ARJA 2RB2X 3RZEA 1C6KA 252LA 3SBAA 1T97A 2HUMA 1OWZA 1C68A 218LA 3HT7A 239LA 1DYDA 1DYAA 1PQDA 247LA 1L57A 1L36A 1C6LA 1C6MA 125LA 1P46A 4AQNA 2B72A 192LA 3DN4A 103LA 170LA 2B70A 221LA 1L0JA 243LA 2A4TA 1SWYA 1L60A 1LPYA 3HUAA 2RB0X 205LA 1L59A 1L95A 3DN2A 3HDFA 1EPYA 1L25A 1L26A 4I7OA 1L37A 3FADA 4LZMA 1L99A 3HDEA 1L10A 3FI5A 1C6AA 224LA 4I7LA 4EPIA 1KY0A 181LA 1P2RA 1QSQA 1LGUA 3D4SA 130LA 1P36A 236LA 164LA 1L71A 1QT7A 4EKRA 1C61A 2RBRA 3C80A 3V2YA 1LGWA 191LA 1L20A 127LA 4ARLA 1L58A 1L83A 3SB8A 3HH4A 1CVKA 2QB0B 168LA 131LA 1L75A 1CV6A 3VW7A 1L0KA 1L65A 189LA 1L79A 3DKEX 1G0MA 141LA 1C6QA 1CTWA 1CV4A 1L94A 1D2YA 1L87A 144LA 1OVKA 1CV3A 4PK0A 258LA 177LA 199LA 4YXCA 1L01A 4EXMA 1P3NA 1T6HA 2RBNA 2RH1A 1C6DA 3CDVA 2OU0X 2OTZX 4EKSA 4I7TA 1L61A 2RBOA 1L11A 2B73A 1JTMA 1T8GA 1L24A 251LA 237LA 3HH6A 4E97A 1G0PA 2OTYX 1ZURA 1QSBA 254LA 1LWKA 1XJTA 1K28A 1LYIA 1CU6A 5I14A 3CDOA 157LA 4S0WA 2LCBA 142LA 1C64A 1L07A 1CU5A 3DNAA 3SN6R 3G3XA 180LA 115LA 1L72A 1KS3A 175LA 3F9LA 1G06A 1L81A 3V2WA 1C6TA 1L46A 1L74A 223LA 188LA 1L41A 234LA 3NY9A 1I6SA 2F2QA 1NHBA 3G3VA 3JR6A 1L21A 217LA 104LA 1OYUA 4EKPA 3HT6A 4DJHA 7LZMA 2O79A 1PQOA 1C60A 4YX7C 3EMLA 183LA 1P2LA 128LA 161LA 1CU3A 162LA 1L09A 1QT4A 1QT5A 3GUPA 4GBRB 2RAYX 3SB5A 1C6PA 195LA 1PQIA 1L34A 1LYGA 1LGXA 3CDTA 4I7JA 156LA 3DMVA 4GRVA 1L03A 4DKLA 3C7WA 1L33A 1L98A 2Q9EA 1DYCA 3ODUA 2Q9DA 1P64A 242LA 1L80A 3HUKA 2OU8A 1L38A 2OU9A 1LI3A 4LDOA 2OE7X 1QT3A 3DMZA 233LA 1ZWNA 4W53A 2NTHA 3C7ZA 3L64A 1G1VA 165LA 4I7RA 1L63A 4I7QA 4ARMB 3C8QA 4ARPA 1L70A 3GUKA 1OV5A 109LA 2NTGA 3HWLA 126LA 1G07A 230LA 3HT8A 151LA 3G3WA 4EJ4A 3OE6A 4W51A 1OVJA 1OVHA 3DN8A 1T8AA 1L51A 1L32A 4W56A 1L54A 107LA 231LA 1LI2A 1QS5A 240LA 1L67A 3F8VA 4K5YA 160LA 1L84A 220LA 2LC9A 1D3NA 1L15A 137LA 1LYHA 215LA 1L69A 1G0GA 235LA 6LZMA 1T8FA 1L31A 1L85A 2B6XA 257LA 4ZPUA 1C6FA 249LA 1L27A 3NYAA 1QTBA 1QUHA 2B6ZA 1P7SA 1C6BA 3DN6A 3HU9A 1LYFA 1LW9A 178LA 1L53A 163LA 155LA 120LA 1ZYTA 2B6TA 113LA 1L68A 213LA 1KY1A 1L06A 1L44A 1C6JA 147LA 1L97A 1L93A 3C8RA 1SX2A 2HULA 1D2WA 158LA 3GULA 229LA 4W59A 2OE9X 3C8SA 228LA 226LA 3SB6A 4IAPA 4ARMA 173LA 1L08A 2F47A 1LYDA 1CV0A 2OEAX 1CV1A 1C65A 2Z6BA 4W52A 1L12A 1L90A 3RUNA 4W55A 2B74A 1L62A 1SSWA 4EPFA 1L39A 222LA 1SSYA 2HUKA 1G0KA 149LA 1L04A 139LA 1L23A 1G0LA 2IGCA 1L91A 186LA 209LA 1L76A 1LYJA 255LA 1P37A 4W54A 3HH3A 1CV5A 2ANXA 4EKQA 214LA 241LA 3HU8A 227LA 1QTCA 196LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IR9A 1DYFA 1GE0A 3CSQA 198LA 1LWGA 1L47A 3A6BY 4CHXA 211LA 2MEEA 4YF2A 1BQLY 260LA 245LA 4XJBA 4NSGA 5IHGA 2RB1X 3HTBA 1L17A 3DN0A 3A93A 5LIOA 4NSIA 1I1ZA 1KNIA 1BWJA 3RU5A 1SWZA 2PC2A 1WQNA 1GF7A 1A2YC 2YVBA 3HT9A 3VWOA 2ZNXY 1LZBA 2I25L 5KXYA 1AT5A 1L22A 1OV7A 1L56A 3W6FA 4OO9A 4WG7A 4B49A 261LA 259LA 1LZ1A 3RZ4A 4XJDA 1L00A 1UBZA 1CNSA 1CX6A 1TEWA 3C83A 1KIQC 1C62A 1LJFA 3C82A 138LA 1QUOA 1C69A 1C6HA 3WU8A 5LYTA 3D9AC 1YROA 2DQJY 3PBLA 4W58A 4N8ZA 2CJLA 154LA 1GFJA 1L19A 2F32A 5KKIA 1C6IA 1QUSA 3QAKA 5A3ZA 4WO9A 5FSTA 118LA 3TXIA 2G4QA 4D9ZA 176LA 3N9CA 1QDTA 200LA 253LA 2Z18A 3A95A 3WXTA 1B7OA 3QNGA 5FELA 1KW7A 2LYMA 2B6WA 4QY9A 4ETBA 206LA 1QT8A 1GFVA 1ALCA 1JPOA 1IP7A 1CUQA 4OWAA 114LA 3NY8A 1LMCA 219LA 159LA 5KXSA 2LYZA 4WM4A 1GFEA 197LA 225LA 1VDSA 1GBZA 1LHIA 3SP3A 1LI6A 1OUGA 1QSAA 1LZCA 3HTGA 244LA 1IP6A 1JITA 3HBEX 1DI5A 1KIPC 2EPEA 1L40A 1NDMC 1QUGA 2Z2EA 4C5FA 143LA 4N0JA 1OUBA 1L43A 2DQHY 1GFUA 1LLHA 4N5RA 1PQMA 4H93A 4DQJA 4GCBA 1I20A 5JENB 1OWZA 1C68A 1LOZA 1PQDA 4LT0A 4GCFA 247LA 1L36A 1LSNA 1C6LA 1FLQA 1LZDA 4TX7A 3IJUA 1L60A 2RB0X 205LA 2W1YA 1L59A 3WUAA 4DWXA 3B72A 134LA 1IP5A 5HMVA 1L26A 3D3DA 3HFMY 1L99A 4P2EA 3FI5A 3LZTA 4I7LA 5KXNA 1KY0A 5HQ1A 1P2RA 1YILA 1QSQA 3TXHA 5M1YA 1GFRA 1QT7A 3EO5A 4EKRA 1EQ4A 6LYTA 1C43A 2RBRA 3C80A 3V2YA 4DD2A 133LA 1KXWA 1IVMA 1W6ZA 1B5UA 1CVKA 2QB0B 4IJ4A 3LZ2A 1GBOA 1LZAA 5D5FA 1L79A 3DKEX 1GXXA 1G0MA 1XGPC 2MEAA 1B5ZA 1JWRA 3QY4A 1OUCA 1UC0A 1D0KA 177LA 199LA 4YXCA 1L01A 2DQIY 1P3NA 1C6DA 1IWYA 2XJWA 1LJJA 4EKSA 1B5XA 1LJHA 1F0WA 1RFPA 1IX0A 4Z46A 1NWGA 2B73A 5B1FA 1JTMA 3EXDA 3RNXA 2CDSA 3BKVA 4G4BA 1K28A 2HU3A 4WO6A 157LA 2A7DA 4S0WA 1JHLA 3P4ZA 4J0LA 1B7SA 1L46A 5J7CA 1L74A 1NHBA 4II8A 4WG1A 104LA 5DN4A 4HPIA 2O79A 2D6BA 2DQFC 4YX7C 5KXLA 1LZTA 2A7FA 128LA 162LA 3WW6A 1QT5A 3B6LA 1LJ3A 1LMNA 1VEDA 2RAYX 3P65A 1PQIA 1L34A 1B2KA 156LA 3DMVA 3A3RX 1L03A 4DKLA 1BB4A 1L98A 5F81A 1DYCA 2BLXA 2Q9DA 3HUKA 1L80A 1DI3A 3J4GA 1JISA 1XGUC 194LA 5I54A 1IR8A 4I7QA 4TSCA 4ARPA 4PHIA 109LA 2NTGA 1LZ8A 4DC4A 1LSAA 5LVKA 3G3WA 4HPEA 1GBWA 1OVJA 1GFGA 1L51A 4W56A 1L54A 5KKJA 1QS5A 240LA 3F8VA 4LT1A 1LJIA 2LHMA 4HJVA 4K5YA 1GB7A 160LA 2IFFY 1J1PY 2LC9A 4NSHA 137LA 1TDYA 1LYHA 1Z55A 4MR1A 4E3UA 2ZYCA 1T8FA 1G7LC 1LZSA 153LA 1HMLA 1C6FA 4OWEA 1LYOA 1LJGA 1QTBA 4WLXA 3AJNA 1QUHA 1DZBX 1GF8A 178LA 163LA 5I4WA 1ZYTA 4R6CA 5KY1A 2B6TA 3FE0A 1LJNA 3CQLA 1C6JA 4ETDA 1SX2A 1D2WA 2HEEA 5KJ9A 1WTNA 3F6ZA 4LT2A 3C8SA 226LA 5B1GA 1GB2A 1LZYA 4G49A 1L08A 1JTOL 3A8ZA 2OEAX 1REYA 1L90A 1XSFA 4RW1A 1LZ4A 1SSWA 2IHLA 1VDQA 1IC5Y 5DL9A 139LA 1NDGC 4W54A 3HH3A 2ZWBA 1LSGA 2QARC 2D4JA 196LA 5E4PA 1B5VA 3OE8A 4YXAC 5KXWA 1NQIA 1L02A 1CJ8A 1LYSA 1UIAA 169LA 2MEIA 4ML7A 1P6YA 1L92A 1IWXA 4H1PA 132LA 1L42A 1HEOA 1B6IA 1UIEA 171LA 1QT6A 1D3FA 1GF6A 4W57A 1DKKA 1W08A 9LYZA 1GFKA 3ZVQB 2MEDA 140LA 4HV1A 3DMXA 1KIRC 1L29A 2RBSA 1UIFA 2W1MA 1RJCB 4CFOA 184LA 5HNLA 2MECA 4I7PA 1DQJC 5I53A 4IASA 1IOCA 2HEAA 1YQVY 1GF3A 5APDA 1CU2A 1IEEA 3AZ6A 5HLLA 3W6CA 3LZMA 3L2XA 2O4WA 1NMMA 4AGAA 1G1WA 3LN2A 4YOPA 1CU0A 3A90A 2D91A 3TMUA 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180LA 115LA 3F9LA 1GBXA 1L81A 2YBIA 3AGGG 4L41A 4NWEA 234LA 1I6SA 1REXA 1IY4A 2DQCY 1JSEA 3HT6A 1GB5A 193LA 4WM5A 183LA 1P2LA 4H9EA 1BWHA 4DD0A 5C6LA 3GUPA 2HU1A 4GBRB 4LYCA 2ZQ3A 1JEFA 1C6PA 5F16A 1LGXA 4W96A 3CDTA 5FCPA 1B7MA 3C7WA 4WL6A 1HFXA 1UIGA 1P64A 1ZV5L 5L3HA 4MSTA 1LI3A 1IIZA 3DMZA 4ETAA 1LJEA 1ZWNA 4W53A 2ZNWY 4H8XA 1WTMA 4I7RA 1L63A 1XGRC 3C8QA 4B4JA 3GUKA 5LYZA 1BVXA 1DPWA 126LA 1NBZC 1OUJA 3HT8A 3AGIA 2HEDA 4EJ4A 3DN8A 4NEBA 1T8AA 4DQ5A 1L32A 1GHLA 231LA 1UUZC 1CKFA 5LAFA 1OUAA 1L84A 4FJRA 4TWSA 1OUFA 3GXRA 5I5QA 3WUNA 215LA 1G0GA 235LA 1LSCA 1L85A 2WARA 257LA 1L27A 3WW5A 2HEBA 2BQAA 1D6QA 2DQEY 1LYFA 3AW7A 4A7DA 155LA 5FEKA 1L68A 3MGWA 1L97A 1JSFA 3C8RA 158LA 4W94A 2YBNA 1LYZA 3GULA 2GV0A 2OE9X 1FN5A 3SB6A 4IAPA 4WOAA 2DQDY 1LYDA 4XJGA 3RT5X 4B0DA 1L12A 1CJ6A 4H91A 1QQYA 4EPFA 2HUKA 1UA6Y 149LA 1L04A 2YDGA 186LA 4OWHA 1CV5A 1QTKA 3RW8A 1JUGA 2F30A 3GUNA 3EMSA 1IWVA 1CUPA 4HJYA 5KXKA 1IP4A 3N9AA 1CX7A 1GBSA 146LA 4BAPA 1RI8B 5F9XA 1PQJA 1ZMYL 256LA 1L49A 5LYMA 112LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IR9 A;  1DYF A;  1GE0 A;  3CSQ A;  198L A;  1LWG A;  1L47 A;  3A6B Y;  4CHX A;  211L A;  2MEE A;  4YF2 A;  1BQL Y;  260L A;  245L A;  4XJB A;  4NSG A;  5IHG A;  2RB1 X;  3HTB A;  1L17 A;  3DN0 A;  3A93 A;  5LIO A;  4NSI A;  1I1Z A;  1KNI A;  1BWJ A;  3RU5 A;  1SWZ A;  2PC2 A;  1WQN A;  1GF7 A;  1A2Y C;  2YVB A;  3HT9 A;  3VWO A;  2ZNX Y;  1LZB A;  2I25 L;  5KXY A;  1AT5 A;  1L22 A;  1OV7 A;  1L56 A;  3W6F A;  4OO9 A;  4WG7 A;  4B49 A;  261L A;  259L A;  1LZ1 A;  3RZ4 A;  4XJD A;  1L00 A;  1UBZ A;  1CNS A;  1CX6 A;  1TEW A;  3C83 A;  1KIQ C;  1C62 A;  1LJF A;  3C82 A;  138L A;  1QUO A;  1C69 A;  1C6H A;  3WU8 A;  5LYT A;  3D9A C;  1YRO A;  2DQJ Y;  3PBL A;  4W58 A;  4N8Z A;  2CJL A;  154L A;  1GFJ A;  1L19 A;  2F32 A;  5KKI A;  1C6I A;  1QUS A;  3QAK A;  5A3Z A;  4WO9 A;  5FST A;  118L A;  3TXI A;  2G4Q A;  4D9Z A;  176L A;  3N9C A;  1QDT A;  200L A;  253L A;  2Z18 A;  3A95 A;  3WXT A;  1B7O A;  3QNG A;  5FEL A;  1KW7 A;  2LYM A;  2B6W A;  4QY9 A;  4ETB A;  206L A;  1QT8 A;  1GFV A;  1ALC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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