4DQ7A

Structural investigation of bacteriophage phi6 lysin (v207f mutant)
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
173
structure length
168
Chain Sequence
LQALLPKNSRVRFTTAEVDSAVARISQKIGVPASYYQFLIPIENFVVAGGFETTVSGSFRGLGQFNRQTWDGLRRLGRNLPAFEEGSAQLNASLYAIGFLYLENKRAYEASFKGRVFTHEIAYLYHNQGAPAAEQYLTSGRLVYPKQSEAAVAAFAAARNQHVKESWA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Membrane protein Phi6 P5
publication title Selective pressure causes an RNA virus to trade reproductive fitness for increased structural and thermal stability of a viral enzyme.
pubmed doi rcsb
source organism Pseudomonas phage phi6
total genus 56
structure length 168
sequence length 173
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-02-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.50 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4dq7A00
4DQJA 4DQ7A 4DQ5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YKZX 4X3BA 178LA 1G0MA 2ZYCA 1BWJA 4ANRA 3AGIA 2YBLA 3OE0A 4DC4A 211LA 2XTHA 1L03A 2D4JA 127LA 1JJ0A 224LA 3RZ4A 181LA 1HELA 4WM1A 3AZ7A 2ZILA 2B72A 4G4BA 3AZ4A 3A91A 1CV1A 1L73A 142LA 238LA 2ZQ3A 3A95A 3ODUA 1D3MA 244LA 3L64A 1LMTA 3TXEA 4XJFA 4BS7A 4NGZA 2BQLA 154LA 4J1BA 1HHLA 120LA 1QSQA 4BADA 1YAOA 5HNCA 2QARC 3HDFA 2LZ2A 1D0MA 1L76A 1HSWA 4YM8A 1LZ6A 3ZVQB 228LA 1DQJC 1JPOA 5KXPA 4DDCA 3B0IA 110LA 1LI3A 1WTMA 1L16A 3TXJA 1LZNA 4NHQA 1V7SA 4DD2A 1PZYA 1C6EA 3N9AA 2BLXA 4TSCA 1SX2A 4C3WA 4NHTA 1JITA 1GFKA 3LHMA 2ANXA 4HJZA 2HEBA 197LA 3G3VA 2LC9A 1C63A 229LA 3C82A 4AGAA 1GF6A 5I4YA 4N0JA 207LA 1LJGA 1LSZA 4WM2A 1DKKA 9LYZA 1INUA 1L11A 4EKRA 4XN6A 1REYA 1YL1X 1GFUA 1HF4A 1C7PA 4XYYA 1XEIA 1L77A 5B59A 1T8AA 3CDOA 1LYDA 1KY1A 1KY0A 1L04A 1L14A 1L71A 1QUTA 2YVBA 4RDSA 1AT5A 1L32A 1LTMA 4H91A 1F10A 2W1LA 3A90A 4DD7A 3IWRA 1QTHA 3SB7A 1GXXA 1IWTA 1YROA 1OYUA 4MCKA 4CHXA 242LA 2Z12A 3FADA 4H9CA 5D5FA 4GLVA 4RLNA 1DYGA 4ZIXA 222LA 2F30A 1G1VA 4C5FA 1FLQA 4NWHA 3WYHA 1LHJA 2WARA 1LZCA 3HTBA 3BKVA 141LA 183LA 144LA 4D9ZA 1PQJA 2B75A 1C6AA 1B7MA 1GB5A 1UIGA 3D9AC 4I7KA 3T36A 4CGEA 4GN3A 1LMAA 1OUDA 208LA 1L79A 4DYGA 1UUZC 237LA 1CV5A 4DD1A 2RBRA 3AB6A 4AXTA 2D4KA 5LZMA 1DKJA 130LA 219LA 4ET8A 1G06A 4G4HA 3UONA 4N1EI 1L39A 4PPOA 1L28A 2L78A 1CUPA 1C08C 253LA 1QS9A 2RH1A 1G1WA 4H9HA 1IY4A 1QUHA 1QUOA 2DQIY 1L95A 1GF3A 3CB7A 4DD9A 1SX7A 5I14A 1QT6A 1I1ZA 246LA 5KXYA 170LA 4DAJA 1B7RA 3CT5A 3FI7A 1CNSA 3ATNA 1AKIA 3W6AA 3A3QA 3EMSA 3CDVA 5D5CA 4TWSA 4WLDA 5A3ZA 1GE1A 4NG1A 2HU1A 3BKHA 1CUQA 4Z3MA 1IOTA 4MSTA 4EKQA 3SB6A 1C10A 1YKXX 2IHLA 1C69A 3N9EA 236LA 2RB2X 1OP9B 4WLYA 1JKCA 1WTNA 4NSIA 2BQAA 4DJHA 3JR6A 5FELA 3A92A 4EPIA 4QEQA 2HECA 1JSFA 162LA 240LA 227LA 1OUEA 1ALCA 1L92A 2DBTA 5APDA 2BQMA 1ZV5L 3AGGG 4PGJB 1L61A 1SQ2L 4KPMA 1IWZA 1L26A 3HH6A 1BWHA 1QTDA 214LA 2Q9DA 255LA 1CV0A 4GCEA 4H1PA 1J1PY 2W1MA 5B1GA 5T3FA 3TXGA 161LA 1B5ZA 4N9RA 4LYCA 1K28A 1C6HA 3A34A 1UA6Y 1B2KA 5LYTA 1HSXA 3ULRA 221LA 4I7OA 4ARMA 4NG8A 5KXXA 232LA 2Z37A 4J7VA 4S0WA 1FDLY 1WQQA 4GBRB 3HH3A 1EL1A 2DKVA 1VDPA 2MEFA 5KXZA 248LA 1P7SA 1B7PA 2AUBA 4NY5A 3TXHA 1GFTA 4NGVA 103LA 1L02A 5A3EA 4OWAA 1AZFA 218LA 1IR7A 4TX7A 225LA 1LSDA 4WO6A 1D9UA 1IOQA 4XENA 5LVIA 1GF4A 3OK0A 2BQGA 4HPEA 1GBWA 4GCDA 1L59A 5KY1A 2HUBA 5LVGA 2OTYX 1L10A 1CV4A 1L96A 5LA5A 1L98A 1XGUC 4NSGA 143LA 125LA 3PDSA 1F6RA 3DNAA 4KT3A 1OUIA 5HLLA 1KS3A 1T6HA 4HV1A 155LA 2GV0A 2B6XA 1L63A 166LA 4YEOA 1XGPC 2DQDY 1OV7A 3E3DA 3WPJA 210LA 5KXNA 2HUKA 1WQPA 3NY9A 115LA 1XJUA 194LA 3LYZA 1CKHA 3GUMA 3W6EA 4W54A 1QTBA 1NMMA 1C6LA 3F9LA 4B4IA 1REXA 1O23A 165LA 1B5YA 1OUCA 1GE4A 4I7MA 1HEPA 1BB4A 2W1XA 2N5ZA 3RNXA 1JKDA 3W3EA 1NBZC 3LYMA 1D2YA 1IP7A 1FLWA 1UIEA 2MEEA 2B5ZA 1OUJA 3C8QA 2CUUA 3GXRA 1L81A 1JHLA 4BAFA 3AW7A 2OU9A 5KXKA 1L56A 2IGCA 180LA 4H9IA 4LYMA 4QY9A 2HU3A 1LZ8A 3N9CA 1LZGA 5APFA 1L67A 1TEWA 2ZWBA 1L06A 1L45A 3SBAA 140LA 3B0KA 3C83A 151LA 1XJTA 1L68A 1G0GA 2YBNA 1L30A 5L3IA 1NHEA 2C8OA 4ARQA 3TXBA 1BHZA 2HULA 4W53A 191LA 1L97A 2HEFA 1GDWA 1B5XA 1DYBA 1L55A 1L40A 3SB9A 226LA 1GF9A 3RZEA 3TXKA 5APCA 5HQ1A 1RJCB 4H92A 1I56A 4OOOA 1LYZA 3WU7A 1DYFA 1LJKA 1P37A 1D9WA 2IFFY 4EXMA 1LZSA 1L0KA 1KW7A 1LPYA 1NDMC 1P46A 5KKJA 196LA 1GE2A 1NQIA 4EMNA 4ML7A 235LA 3CSRA 4WMGA 1G7MC 1LWGA 4A7DA 3DMZA 1QSBA 1L12A 1C6DA 5C6LA 187LA 4P2EA 177LA 4IATA 138LA 2BQOA 1E8LA 1L72A 1JTTL 2H9KA 1G0KA 114LA 5M1YA 3M18B 2NTHA 2PC2A 3DN4A 1VDSA 4HTKA 1VEDA 1LJ3A 1L85A 4LT0A 1G0QA 2Z2EA 1HFZA 1L48A 1C68A 146LA 1L36A 4I7PA 1C6PA 107LA 1L99A 1L88A 1RI8B 198LA 1GFHA 1IWWA 1I6SA 3WXTA 5KXMA 1FN5A 1LHHA 1XGQC 1LYOA 3DN2A 1WTHA 4H94A 4N1CC 1CKCA 4EKPA 1L38A 1HFXA 216LA 3AZ5A 1EPYA 1B5WA 4HTNA 5FDJA 1LHIA 5HNLA 169LA 1LHKA 3GUKA 1CU6A 2RBQA 3P68A 233LA 1GFAA 3HUQA 3OE6A 1LI2A 2YDGA 4ZEEA 3V2YA 1YANA 3DMXA 3TMWA 4XJGA 2I6ZA 1IP5A 2F47A 3K3TA 167LA 1BB6A 4H9EA 3J4GA 1LYHA 1JSEA 3G3XA 2RSCA 1IWYA 1N4FA 1P6YA 4H8XA 1UIDA 2F4GA 1L75A 4H9FA 1A2YC 4NGJA 223LA 1T3PA 1OQMA 3A94A 4UWVA 176LA 1L57A 1IR9A 1L35A 4OO9A 1B7NA 3HH4A 3C7YA 1C6MA 3P64A 4WM3A 1HEMA 5KXWA 3RU5A 1JTMA 4OWEA 1LAAA 1QSWA 3TMUA 195LA 4HJVA 2HEDA 1GXV2 4XJBA 4LYOA 192LA 1CJ7A 1QUDA 2MEDA 1L47A 4DQ7A 2C8PA 3B72A 3HU9A 1DYDA 1GEVA 4WG7A 1IY3A 4B4JA 2G4PA 3HT8A 1UIFA 2ZIKA 2FBBA 1QIOA 2F2NA 3HU8A 2EIZC 2I25L 212LA 1LJNA 1C6FA 1GD6A 2BQEA 4TUNA 1VATA 3WPLA 4I7JA 7LYZA 4TSBA 188LA 5LA8A 1LZ9A 1L84A 4LFPA 1GBZA 1D3NA 1D3FA 1GFEA 247LA 4NWEA 1KIRC 3HT7A 4QDNA 1LZ5A 5KXRA 4OWCA 4NGWA 4GRVA 2MECA 3WL2A 4H8ZA 5KXLA 1ZVYB 3HTDA 1L0JA 5LVJA 2ZNXY 4GN4A 1JTOL 241LA 3HH5A 171LA 1BWIA 3WUNA 5B05A 200LA 1JIYA 3K2RA 1QT4A 2FYDA 1LJ4A 5LINA 1D0KA 1L91A 3T6UA 2OU0X 1L19A 1CJ9A 4K5YA 4NGIA 201LA 1C64A 174LA 1B7SA 4YX7C 1XGTC 3HUAA 4G49A 2LZTA 5K7OA 1GDXA 1G7JC 2BQKA 1JJ1A 3A6CY 5I4XA 182LA 1NDGC 1JWRA 1LZ4A 1L21A 1SWZA 1G7LC 1FLUA 2OTZX 126LA 4NSHA 147LA 1CKFA 230LA 3A67Y 1QT7A 1BB7A 3CDTA 173LA 1IC4Y 2MEAA 2YBIA 4UWUA 1LZTA 1P2RA 3C80A 3C7ZA 1G0LA 1UCOA 2Q9EA 1HMKA 1GFRA 1ZYTA 1L52A 2D6BA 4UWNA 3C8RA 4W58A 123LA 5C6IA 2O4WA 4ZPUA 1V7TA 3HDEA 134LA 4EKSA 1EQEA 2OEAX 3G3WA 3FI5A 1L87A 1G07A 1C45A 1L29A 2B6ZA 2I26L 4CFPA 5LAFA 1REZA 1GB6A 1GE0A 1YQVY 1C6CA 2BQDA 4YXAC 1ZVHL 156LA 8LYZA 1GF7A 2RBSA 1LLHA 1AM7A 4R0FA 2EQLA 4O34A 1XEPA 2CWIA 3LZ2A 1DI4A 4LGKA 5C6JA 4B49A 5DL9A 4GN5C 2NTGA 1REMA 5IELA 3TXDA 1P56A 149LA 3WUAA 168LA 5FSTA 4ETBA 1H6MA 4PJZA 1G7IC 4LT1A 4OW1A 1IOSA 1LWKA 1CX7A 4W51A 3VWOA 4AQNA 1IC5Y 4LDEA 5DN4A 1IP6A 3GUNA 3P65A 4H9AA 7LZMA 2VB1A 4WLXA 4LDOA 1J1XY 1NF5A 4H90A 4YENA 1L90A 1AT6A 1QUSA 5KKIA 209LA 1L83A 2BPUA 1BB5A 3A3RX 1LOZA 1TDYA 5KXOA 1LSNA 1LYFA 3WW5A 1RFPA 3ZVQA 3OE8A 1LZDA 3MGWA 3KAMA 3HWLA 5ILCA 5DM9A 1LYJA 1HNLA 4W57A 1L13A 1YILA 1IP3A 3CDRA 2XQOA 2LCBA 1OUFA 1FKVA 1MELL 3A6BY 4ARJA 1L51A 1L43A 3P66A 1G0PA 4W96A 1CV6A 1L49A 1L08A 4RLMA 3WMKA 3FE0A 193LA 4TTDA 1JTNA 1LSEA 2ZQ4A 2BQHA 4ETEA 1W08A 2OU8A 152LA 1DZBX 231LA 4L41A 243LA 3M3UA 1KXYA 1UBZA 4I7SA 1FKQA 1LSCA 1T8FA 4PK0A 3WXUA 5DLAA 3DN1A 3NYAA 1LSFA 3QY4A 1DYAA 1OVKA 1G7HC 4HV2A 1BQLY 3FA0A 1B6IA 1WQOA 2B73A 3B6LA 3HT9A 2RBPA 4KXIA 1L09A 2O7AA 1LZYA 2BQNA 5I4WA 1TAYA 1GAYA 5LYZA 175LA 1YKYX 2MEHA 3HUKA 1LMCA 3HTGA 1YAPA 4GCFA 2W1YA 4DQ5A 5FHWA 1D0LA 5F81A 5IHGA 1KNIA 1P36A 1IC7Y 3TXFA 259LA 1C65A 1XFPL 1C6JA 1B7OA 1FBIX 3NY8A 6LYZA 257LA 4LYTA 1L23A 3V2WA 4II8A 5HMVA 2O79A 5E9RA 1CU5A 1CU3A 3DKEX 1CU2A 2MEGA 3TMXA 2DQJY 3SN6R 1HFYA 1RE2A 1LHMA 3F8VA 4NHPA 185LA 1WVVA 1L65A 3HBDA 5LVKA 1C6NA 4ZFPA 1LZBA 2DQCY 3W6BA 1L22A 4OWHA 3HFMY 3OJPA 4B1AA 1LYGA 4GCCA 1LMQA 1C6GA 1LJJA 1LZRA 2B6TA 1LJHA 3A93A 1VDTA 4H93A 3ZEKA 135LA 4RW2A 1NKHA 4I7QA 4Z98A 1PS5A 3C8SA 3L2XA 1UIBA 1CKGA 3IJVA 1GE3A 1LGWA 4PRUA 3TXIA 3ATOA 1G0JA 148LE 2RBOA 4N5RA 5FCPA 3EXDA 4G9SA 1GB9A 5I53A 2G4QA 1IWUA 3GUPA 1B7LA 3AGHA 5LAGA 1GB0A 1LPIA 1KXWA 1IR8A 3WPKA 4QGZA 1EQ4A 157LA 2BAAA 2XBSA 1F0WA 1UIAA 1QSAA 1XEKA 1RCMA 199LA 3QNGA 2A7FA 4NHIA 3AJNA 1L80A 4RW1A 1UIHA 3AYQA 131LA 3SP3A 1DI5A 5APEA 3VW7A 4ETAA 1ZWNA 4DD3A 1L15A 2DQHY 3AW6A 112LA 5J7CA 145LA 2F4AA 1QDTA 5JENB 4I7LA 1OVHA 3C81A 1D2WA 4ARMB 2OE4X 4J0LA 4W59A 3AZ6A 1L33A 234LA 1GFVA 4XJDA 190LA 111LA 262LA 1C60A 3GUIA 4OWBA 2ZYPA 1OUGA 4CFOA 3WULA 4LYZA 2HTXA 4DT3A 2CGIA 4XJHA 1L00A 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