1F0WA

Crystal structure of orthorhombic lysozyme grown at ph 6.5
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Hydration, mobility and accessibility of lysozyme: structures of a pH 6.5 orthorhombic form and its low-humidity variant and a comparative study involving 20 crystallographically independent molecules.
pubmed doi rcsb
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-05-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1f0wA00
1IC7Y 1GB8A 3CT5A 3AB6A 3A95A 1B0DA 1MLCE 5KXMA 3ZVQB 1RJCB 1LJEA 3W3EA 3ZVQA 4TSCA 5KJ9A 2BQNA 1IWXA 2EQLA 1LKSA 3EO5A 2Z37A 5KXXA 3CSRA 3P65A 1LJIA 1GFEA 4H1PA 1CKCA 154LA 1NHEA 2BAAA 2BQGA 2BQJA 4PRQA 4WG7A 5LVHA 3W6FA 3TMWA 3WUAA 3LZTA 1AT5A 1UACY 4ZEEA 3W6BA 1JKAA 4XJGA 3WPJA 1YKXX 1GF4A 194LA 1IP3A 4DC4A 1QQYA 1IP2A 1BVXA 4DD9A 5KY1A 1GFKA 2YDGA 3EBAB 4W96A 1H87A 2FBBA 4RLMA 1UIFA 1BWIA 5HNCA 4EOFA 1LZ1A 1HEWA 5FSTA 2F30A 4H90A 1RI8B 4IJ4A 3HBDA 5HQ1A 1IVMA 1SLYA 1HNLA 1QTKA 1ZV5L 3TXJA 1BVKC 1UIBA 4WMGA 1WQNA 4N0JA 2W1YA 3AZ4A 3QE8A 5DN5A 1JISA 1UIEA 2I26L 4H94A 4C3WA 1CKGA 1HSWA 1KIQC 1JJ3A 5I4XA 1CJ7A 5KXNA 2IFFY 4DWXA 4ZFPA 4WM2A 1B9OA 1LZBA 3A93A 4J7VA 1GF0A 1J1XY 1GEZA 3OJPA 1GB7A 1OP9B 3IWRA 1YKYX 4BAPA 1DKJA 1LYSA 3HFMY 1A4VA 4OOTA 3AGGG 4DD3A 3P4ZA 1LSFA 2HU1A 5I4YA 1LJHA 1GB0A 4P2EA 4NGIA 4WG1A 4A7DA 4QY9A 3MGWA 4H9EA 1C08C 4N8ZA 3W6CA 1JTPL 1YILA 5B06A 5E4PA 4C5FA 2EIZC 1AKIA 2H5ZA 2YBJA 1IWTA 1T6VL 1PS5A 3J6KA 4ET8A 1LHLA 2CGIA 5KXRA 4RW2A 1OUJA 4GN3A 5B05A 2ZNWY 3A6BY 4H9AA 4B4EA 4DD1A 4EMNA 2CWIA 5KXKA 4MCKA 2HU3A 1GF8A 1QUTA 4LT3A 4XJIA 4B49A 1B5VA 1QSWA 4FDYA 2MEAA 3HBEX 4FJRA 4LYTA 4ETDA 3LN2A 5FDJA 1QUSA 4Z98A 2NWDX 1BGIA 2Z2FA 1DPWA 3WVYA 4WO6A 3ZEKA 4AXTA 3P68A 5IELA 3AZ6A 1HF4A 5F16A 5ILFA 2DQDY 2HEAA 1LZYA 1YQVY 2BQDA 4XYYA 2DQJY 2H9KA 1GBYA 3A3RX 2AUBA 1HERA 1WVUA 2DQEY 2HEBA 4NGZA 4TUNA 1P2CC 3GXRA 2G4PA 4NG1A 4NWEA 2DQIY 5EBHA 1XGQC 2BQAA 3CT1A 1IWZA 1BHZA 1C46A 5T3FA 1B7OA 4WLXA 4UWVA 2ZQ3A 1OUAA 5KXTA 3RNXA 1OQMA 4WLYA 5LXWA 4NGLA 1LMTA 5B07A 1LJ3A 1REYA 1GFGA 3AGIA 1D0MA 1OUBA 4I0CA 5IHGA 5M1YA 4YEMA 1GBSA 4XADA 3WU9A 1B5XA 2MEHA 1XSFA 1Z55A 2Z19A 1JKCA 1FKVA 4XJHA 2GV0A 1LZ4A 1GD6A 1KIRC 2EPEA 3ATNA 3TXKA 1JHLA 4LGKA 2Z2EA 4GLVA 3N9CA 4ETEA 1W6ZA 1WTNA 1NDGC 5LAGA 1YKZX 2LHMA 1IY3A 5J7CA 5LYZA 4HV1A 4GCDA 4N1EI 4NGKA 5C6LA 5APDA 3P66A 4TSBA 5KXOA 3WMKA 5KKJA 1OUEA 1UIGA 1YIKA 4TTDA 1LZSA 4WM3A 5KKIA 4L41A 1G7MC 3WYHA 5HMVA 2W1XA 3GXKA 4RLNA 1QDTA 2LYZA 2YVBA 4OWCA 4NEBA 3EXDA 1JUGA 5F9UA 1E8LA 3CB7A 1NWGA 3N9EA 1JSEA 3ULRA 2MEEA 3TXFA 1LOZA 3LYOA 4NGYA 1JKDA 1IO5A 2EKSC 208LA 5DLAA 4NSIA 1LZRA 5FCPA 1RFPA 5I5QA 1IP7A 4G4BA 2A7DA 5B1GA 3TMVA 2ZNXY 3F6ZA 4U3XB 1YAPA 2H9JA 5L3HA 3P64A 4J0LA 1B7RA 1GB5A 1YL1X 2YBMA 3J4GA 1HENA 1BB4A 2DKVA 2MEDA 1GF6A 4NGOA 5C6JA 1GFVA 1HFYA 5KXWA 1UUZC 4NSJA 3A90A 1HMKA 1UBZA 1W08A 1UIAA 2VB1A 1TEWA 3M18B 1D0LA 1REZA 4HTKA 4CGEA 2DQFC 4QEQA 2RSCA 1IX0A 1LMPA 3WU7A 4DD7A 4LZTA 4YOPA 3WW5A 1G7LC 4XENA 3B0IA 1IC5Y 1OUGA 2MEBA 1YROA 1F0WA 2BQEA 3TMUA 1WQMA 1YAQA 5K7OA 1GXXA 1QDRA 3CSQA 2YBNA 4WM5A 4NG8A 4H9FA 1TDYA 4HV2A 4AGAA 1YL0X 4UWNA 1GFHA 3TXEA 2YSSC 4RW1A 1LJJA 4KL7A 4MSTA 3QY4A 3B72A 1GHLA 4NHQA 3D3DA 4DDCA 133LA 3G3AB 4HJVA 4OW1A 5D5CA 3RU5A 1DQJC 4CFOA 4ML7A 1VDSA 3B6LA 2HUBA 1MELL 3E3DA 1FLWA 4XJFA 4GN4A 4KT3A 2FYDA 1NBZC 1XGUC 3AZ5A 4G49A 4NHTA 153LA 3CSZA 1XFPL 1LSZA 2XBRA 1D6PA 3A96A 1IOCA 1A2YC 1BB7A 193LA 2YBHA 1NDMC 3WXTA 1GBOA 1B7LA 1V7TA 4IASA 2W1LA 3WU8A 1IOTA 2HEEA 4LYMA 4DD2A 4QDNA 1I1ZA 1IEEA 1LSDA 1LZ8A 1GFUA 3N9AA 4WM6A 6LYZA 5L9JA 4DYGA 5F9XA 3SP3A 4H93A 4LYCA 5LA5A 4O34A 5KXPA 132LA 4CJ2A 3B0KA 1FLQA 1OUIA 4GN5C 1GF9A 4NWHA 5LINA 5LVGA 3RZ4A 5B59A 2Y8PA 1V7SA 1FLUA 2Z18A 4TWSA 5FELA 2X0AA 4KXIA 2BLYA 7LYZA 4NHPA 2FYCA 3W6EA 1JKBA 5L3IA 1DI3A 5LVKA 1FDLY 1XGTC 1LSNA 2C8OA 1CJ9A 1LMOA 2D4KA 5LA8A 1CJ8A 1WQPA 4II8A 1JEFA 1LHMA 1ZMYL 2XBSA 4H9HA 2HTXA 4NGVA 1BB3A 2BQIA 3TXBA 2DQHY 1GF7A 2C8PA 1LZ5A 1B7QA 4LT2A 4RDSA 4TX7A 2WARA 4B4IA 1HC0A 1LJ4A 1LSEA 4WOAA 6LYTA 1AZFA 1REXA 1JTTL 1F6SA 1HHLA 1GFJA 1G7JC 4GCFA 1IP4A 2BQLA 1LSYA 3AYQA 1BQLY 1GDWA 4PGJB 2N5ZA 3RT5X 1LHIA 1B7NA 1JSFA 1JITA 4HP0A 3TXHA 3QNGA 2Z39A 1DI4A 4NSGA 5KXZA 1DZBX 1IWYA 1IP1A 2PC2A 2Z38A 3B0OA 1GE2A 2BPUA 1NKHA 1B7MA 4YEOA 2D6BA 5APCA 1WQRA 1RCMA 5LAFA 3WUMA 3AW6A 2ZYPA 5FEKA 5AMYA 2XTHA 1BWJA 4LYZA 2DBTA 1GXV2 4GCEA 1LZCA 4WL7A 4B1AA 1GFAA 3ATOA 2LYOA 4NSHA 1BWHA 3TXIA 4WL6A 4HTQA 1B7SA 3TXDA 1LSGA 1FKQA 2HEFA 4OWAA 1C7PA 4Z41A 2MEIA 1LMNA 5KXYA 4BAFA 5KXLA 5II3A 3AZ7A 1IWUA 1LSCA 1LJNA 3G3BB 1G7IC 1OUCA 5JENB 3TMXA 3W6AA 4H8YA 2ZILA 4XN6A 4DT3A 4GCBA 4ETBA 1GDXA 4IATA 3IJUA 5HMJA 2F2NA 1LSPA 1QSAA 1GE0A 1GAYA 1LYOA 1VDTA 4D9ZA 1HEOA 3KAMA 1UC0A 4YM8A 5I54A 1LZDA 4NHIA 4WO9A 3WL2A 1GFTA 3WULA 1B7PA 4E3UA 2FBDA 1WTMA 5APFA 2YBLA 4HTNA 5A3EA 4NY5A 2ZWBA 1LZTA 4H8XA 1B2KA 1KXXA 1CKHA 4R0FA 1LHKA 1LKRA 1JJ0A 2I25L 3T36A 3WPLA 4CHXA 4R6CA 1NQIA 1YAMA 4HJYA 2BQMA 2ZYCA 4LYBA 5ILCA 3A34A 2CDSA 5I53A 1C10A 1IIZA 1TAYA 4BADA 1CJ6A 4NFVA 1GPQC 4G9SA 1OUHA 1UIHA 4H9CA 4HPEA 2D4JA 4N1CC 4WM1A 9LYZA 2DQAA 5B1FA 4ET9A 1EQ4A 4KPMA 1IOQA 1FLYA 4M6DA 5HLLA 1GB2A 4H8ZA 1XGPC 2D4IA 1LYYA 1IWVA 4NGJA 1O23A 1DI5A 3AW7A 1AM7A 1LZEA 3LHMA 1REMA 1LZGA 1IP6A 1VEDA 4B4JA 3LZ2A 2BQBA 1IR8A 1UA6Y 2LYMA 1B5ZA 1LJKA 1WQOA 2IHLA 2Z12A 3A92A 3AGHA 4H9BA 4I8SA 1JIYA 134LA 3OK0A 1HEPA 4HSFA 135LA 1HEMA 4H92A 1UCOA 1GB9A 4HJZA 1LYZA 3A3QA 1YANA 3FE0A 1JWRA 4MR1A 1GAZA 5D5FA 4XJDA 4NGWA 4OOOA 1CNSA 2HEDA 1C43A 1LJGA 1VAUA 4G4CA 1PZYA 1HEQA 4ETCA 4J1BA 1JJ1A 1WVVA 5DN4A 4QGZA 8LYZA 1GB6A 3IJVA 1J1PY 1DKKA 1IR9A 4NIJA 5IDDA 2DQGY 1D9UA 1VFBC 4DDAA 1NMMA 2G4QA 3A67Y 2I6ZA 3LYZA 1C45A 1LZ9A 1T3PA 2Q0MX 1LZAA 4DDBA 5C6IA 3W6DA 1OUFA 4PPOA 5F81A 1ALCA 1LMCA 4UWUA 1EL1A 1FBIX 1SQ2L 1GWDA 1LTMA 1VDPA 1I56A 3TXGA 1IR7A 1LZ6A 1XEIA 5F14A 1HSXA 4BS7A 1HFXA 4Z3MA 1D0KA 1CKFA 1RE2A 5KXSA 4ETAA 3A6CY 4PRUA 4PJ2C 1UIDA 1HELA 2DQCY 2HECA 1B5YA 4N9RA 4H9IA 2W1MA 1VDQA 4OWHA 2BQCA 3EMSA 2ZIJA 1CKDA 2F4AA 1HMLA 1IP5A 3D9AC 3BKHA 5DM9A 2MEGA 4ANRA 3WVXA 4CFPA 3M3UA 4WLDA 2ZQ4A 1LHJA 5DL9A 4PHIA 1BB5A 1OUDA 3BKVA 4LT1A 1GBZA 2BQHA 4ZIXA 1QTEA 1IOSA 1LMAA 1GF5A 4XJBA 1IWWA 1GE1A 1LJFA 1DPXA 1XEJA 1LSMA 5LIOA 3CT0A 4GLAA 4NHSA 1ZVYB 1VATA 1G7HC 5E9RA 5LYMA 1AT6A 1IY4A 1LAAA 4YF2A 1GE4A 5LVJA 1TBYA 1IORA 4HPIA 2B5ZA 2YBIA 1I20A 2LZ2A 2MEFA 4G4HA 1D6QA 3WUNA 4H91A 1EQ5A 1QIOA 1XEKA 4GCCA 3WW6A 4B0DA 4W94A 1GE3A 1JPOA 207LA 1TCYA 1LHHA 1GB3A 4YENA 4N5RA 1H6MA 1LMQA 2MECA 4LFPA 4OWBA 1N4FA 3T6UA 5A3ZA 1LPIA 3HBHA 1GFRA 2G4NA 1KXWA 1GBWA 1LSAA 2BLXA 1F6RA 3LYMA 1B5UA 4LYOA 1XGRC 1LSBA 1WQQA 3CQLA 4LFXA 5HNLA 3WH1A 1GEVA 5I4WA 4WM4A 2D91A 3RW8A 5LYTA 3VWOA 1FN5A 1KXYA 5APEA 4DD0A 4LT0A 2F4GA 1J1OY 1NBYC 4Z46A 1UICA 1IC4Y 3AJNA 2BQKA 1LZNA 2BQFA 1GF3A 1JTOL 1LCNA 1KIPC 1INUA 4WLTA 2ZIKA 3WXUA 1YAOA 2LZTA 1BB6A 1B5WA 4J1AA 4OWEA 5LVIA 2XJWA 1EQEA 1HFZA 1F10A 1ZVHL 3WPKA 3A94A 3FI7A 1NF5A 4X3BA 4M4OA 3K3TA 2A7FA 1GBXA 2CJLA 1DXJA 3A8ZA 2BQOA 3LYTA 5FHWA 3A91A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1G0MA 3AB6A 1B0DA 5KXMA 1QT3A 1RJCB 123LA 3W3EA 4TSCA 1IWXA 1PQOA 2Z37A 1ZWNA 3DMZA 3HU9A 3OE9A 4H1PA 1QTHA 2BQJA 5LVHA 166LA 4WG7A 3W6FA 3LZTA 1P36A 1L54A 1JKAA 2NTHA 3WPJA 3SB5A 1QQYA 1IP2A 4DD9A 1GFKA 2YDGA 3EBAB 1H87A 1CV0A 1L83A 4I7QA 4RLMA 1L27A 4IJ4A 1L55A 1ZV5L 3LZMA 4N0JA 2W1YA 3QE8A 3C8RA 4C3WA 1P5CA 1CKGA 1HSWA 1KIQC 1CJ7A 5KXNA 152LA 4ZFPA 1GEZA 4BAPA 4DD3A 141LA 1LSFA 2HU1A 2OE9X 1P46A 4P2EA 4WG1A 4QY9A 5B06A 2YBJA 1T6VL 4W52A 1LHLA 4RW2A 4GN3A 183LA 2B74A 2ZNWY 4DD1A 2ANXA 4ZPUA 5KXKA 4MCKA 4B49A 243LA 3HBEX 1OV5A 4ETDA 3G3XA 3OE6A 2NWDX 1BGIA 3C8SA 3AZ6A 147LA 2DQDY 2HEAA 1LZYA 3G3WA 4XYYA 2LC9A 2HEBA 2G4PA 5EBHA 2BQAA 1L81A 231LA 1IWZA 1BHZA 5T3FA 182LA 191LA 1OQMA 3L2XA 1OVJA 5LXWA 1D0MA 1T8AA 1GBSA 1SWYA 2Z19A 1JKCA 5I14A 1LZ4A 2Z2EA 4GLVA 217LA 4ETEA 1WTNA 5J7CA 1L17A 4TSBA 5KXOA 1KY0A 1YIKA 1G7MC 1L36A 3WYHA 4RLNA 1QDTA 1C6MA 5F9UA 1NWGA 3N9EA 1JSEA 3HUKA 5DLAA 149LA 1PQKA 1IP7A 5B1GA 5L3HA 1B7RA 1L04A 1HENA 5C6JA 1HFYA 3JR6A 3HDFA 3M18B 4CGEA 4HTKA 2DQFC 4DD7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IC7 Y;  1GB8 A;  3CT5 A;  3AB6 A;  3A95 A;  1B0D A;  1MLC E;  5KXM A;  3ZVQ B;  1RJC B;  1LJE A;  3W3E A;  3ZVQ A;  4TSC A;  5KJ9 A;  2BQN A;  1IWX A;  2EQL A;  1LKS A;  3EO5 A;  2Z37 A;  5KXX A;  3CSR A;  3P65 A;  1LJI A;  1GFE A;  4H1P A;  1CKC A;  154L A;  1NHE A;  2BAA A;  2BQG A;  2BQJ A;  4PRQ A;  4WG7 A;  5LVH A;  3W6F A;  3TMW A;  3WUA A;  3LZT A;  1AT5 A;  1UAC Y;  4ZEE A;  3W6B A;  1JKA A;  4XJG A;  3WPJ A;  1YKX X;  1GF4 A;  194L A;  1IP3 A;  4DC4 A;  1QQY A;  1IP2 A;  1BVX A;  4DD9 A;  5KY1 A;  1GFK A;  2YDG A;  3EBA B;  4W96 A;  1H87 A;  2FBB A;  4RLM A;  1UIF A;  1BWI A;  5HNC A;  4EOF A;  1LZ1 A;  1HEW A;  5FST A;  2F30 A;  4H90 A;  1RI8 B;  4IJ4 A;  3HBD A;  5HQ1 A;  1IVM A;  1SLY A;  1HNL A;  1QTK A;  1ZV5 L;  3TXJ A;  1BVK C;  1UIB A;  4WMG A;  1WQN A;  4N0J A;  2W1Y A;  3AZ4 A;  3QE8 A;  5DN5 A;  1JIS A;  1UIE A;  2I26 L;  4H94 A;  4C3W A;  1CKG A;  1HSW A;  1KIQ C;  1JJ3 A;  5I4X A;  1CJ7 A;  5KXN A;  2IFF Y;  4DWX A;  4ZFP A;  4WM2 A;  1B9O A;  1LZB A;  3A93 A;  4J7V A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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