2A7FA

On the routine use of soft x-rays in macromolecular crystallography, part iii- the optimal data collection wavelength
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title On the routine use of soft X-rays in macromolecular crystallography. Part III. The optimal data-collection wavelength.
pubmed doi rcsb
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-07-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2a7fA00
2IFFY 3IJVA 8LYZA 1F0WA 4NSGA 3A90A 3A94A 4H8XA 4N1CC 3WU7A 1JHLA 1HFXA 5KXXA 1FBIX 4XJIA 1GBOA 4BAFA 1B7LA 1XSFA 3EBAB 1LHIA 1GF4A 4QDNA 5IELA 4PRUA 1LSFA 2D91A 3A92A 5FSTA 1CJ9A 1GE0A 2MEIA 4XJDA 4WOAA 2FYCA 3TXHA 1EL1A 3LYMA 1JISA 5KXNA 3ZVQB 4NSJA 3AGHA 4CFOA 4D9ZA 4LT3A 1EQ4A 1NQIA 5T3FA 1BB7A 1VDPA 3TXKA 4HV1A 4RW1A 1B9OA 1RE2A 2W1XA 1C08C 1VATA 154LA 2BAAA 4GN3A 1WQMA 5B05A 1LSZA 3AZ7A 4NHIA 5I5QA 1YKXX 1OUFA 1G7LC 4N0JA 5IHGA 1UIBA 1ALCA 1BB3A 1YILA 1IC7Y 1TCYA 3B0OA 5KXZA 4DDBA 4RW2A 5DN5A 2ZNXY 1LHLA 1NDGC 2MEBA 1GB8A 1YKZX 1IO5A 3G3BB 5K7OA 3BKVA 4OWEA 2Z37A 3TXIA 3TXBA 4WM2A 1XGRC 1GHLA 2BQOA 1IR7A 4G4BA 1LZDA 1TBYA 4FDYA 1GBWA 4NWHA 1KXXA 1B5ZA 1KIPC 1QDTA 1BGIA 1YIKA 4ET8A 4QY9A 3IJUA 2HU1A 4NGYA 4XJBA 4H90A 1HF4A 2BQNA 1B7PA 1AZFA 5FEKA 5LVGA 4GN5C 4PPOA 3TMUA 1IVMA 2AUBA 4HTQA 4MR1A 3LN2A 3WW6A 2MEFA 5LYTA 3J6KA 3TMWA 3W6EA 1JKDA 5F9XA 1IWZA 3OJPA 1DKJA 1HMKA 1GAYA 1FLYA 1QQYA 5DLAA 5B1GA 4YF2A 1IOCA 1LSYA 1GXV2 1UIDA 1BHZA 1IP2A 1GEVA 2DKVA 3A6CY 4H8YA 4N1EI 4X3BA 1GE3A 4U3XB 4LYCA 4B1AA 4MSTA 1YQVY 1H6MA 1QUSA 5HMJA 6LYTA 1E8LA 4G49A 4OOOA 3RU5A 4CJ2A 1GE4A 1GB7A 1LOZA 1D9UA 2ZWBA 1QTEA 2DQCY 1LMPA 3CT0A 4NSIA 4NY5A 2BQAA 1W6ZA 1WVUA 4WO9A 4H9FA 3WUNA 1LYZA 5HNLA 3A3RX 1IP7A 3P4ZA 4AXTA 1J1OY 4J1AA 4HJVA 2YBHA 3AJNA 3EXDA 1IC4Y 2D4KA 4HJYA 1GE1A 1GF7A 3AW6A 1JJ1A 1GFKA 1A4VA 4NHQA 4XYYA 3T6UA 1LSDA 1YL0X 2YBIA 1LZBA 1GXXA 1LZCA 4AGAA 1LJKA 4CFPA 2BQHA 1GDWA 5HQ1A 1JSFA 2HTXA 4TWSA 1GB9A 5FCPA 2F30A 1V7TA 2D6BA 1BVKC 5I4WA 5FELA 1IP4A 2HECA 4ETDA 5J7CA 3LYZA 2G4PA 3CB7A 1LSAA 1BB5A 1AM7A 1JKCA 1LMTA 1IOQA 3WUAA 1GWDA 4LFPA 3W3EA 4LFXA 2HEAA 3CSRA 1RJCB 1HENA 1QTKA 1UIGA 4TTDA 4W94A 4NFVA 1B2KA 2LYOA 3P64A 5ILCA 1DI5A 3B72A 1CNSA 2PC2A 5LVKA 3G3AB 1B5VA 1EQ5A 1WTNA 5JENB 5KXRA 4H8ZA 4DD7A 1CKFA 5IDDA 1WQPA 1GFVA 1ZMYL 3AZ6A 4H93A 4EOFA 1UIEA 4LT1A 2BQEA 2HEDA 193LA 4WM4A 4CHXA 4EMNA 4LYMA 4TSBA 4H91A 1FN5A 5APFA 1KXWA 3TMVA 1BB6A 4OW1A 2BQBA 5KXTA 5M1YA 1KIRC 4YENA 1XGTC 4NEBA 3RNXA 1LJ4A 4N8ZA 1OUBA 1B7NA 2I6ZA 1LJFA 2EPEA 3WPLA 1LKRA 9LYZA 5LA8A 1AKIA 2A7DA 1GFJA 4HTNA 1LYSA 2YSSC 1IIZA 1B5WA 3EO5A 4R6CA 1LCNA 2BQJA 3WU9A 2CDSA 4RLNA 3WW5A 4YOPA 1LJJA 1XGUC 1HSWA 2WARA 1RCMA 1OUJA 4GCBA 3QE8A 1GB3A 1BB4A 1IOTA 4DYGA 4ZIXA 1LMNA 1LPIA 1LJ3A 1HSXA 4DD2A 1LTMA 4LT2A 4XJGA 2FBBA 1T6VL 1LSNA 1Z55A 3M3UA 1JIYA 4LYOA 4HJZA 2DQIY 4GCCA 1HFZA 1GFHA 1LYYA 4XN6A 5F14A 5L3IA 4NGZA 1REYA 3WULA 1ZV5L 5KXYA 1SQ2L 5LINA 3WPJA 1NKHA 1LJHA 2ZQ4A 4LT0A 3A67Y 1JEFA 3WL2A 4HV2A 1AT6A 2F4GA 1XGPC 1LZ5A 3A96A 1HEWA 3WXUA 1HMLA 1V7SA 2DQAA 3W6BA 1I56A 1KIQC 5I54A 1CJ8A 1G7JC 1LZTA 1WVVA 4B49A 5KJ9A 1LZGA 1BVXA 2F4AA 4ETAA 4NGIA 4Z41A 2Z2FA 3WMKA 1HHLA 4ML7A 3CQLA 4KT3A 1HEOA 2G4NA 4H9HA 4UWVA 2H5ZA 4PRQA 1AT5A 1B7SA 1FLWA 1NWGA 1LZEA 3A6BY 4ZFPA 1CKGA 4NSHA 1IWUA 208LA 4LYTA 1WQQA 4H9CA 1OUCA 4R0FA 5LAFA 4J7VA 4Z46A 1NHEA 2YBJA 4TX7A 5LYMA 5LVIA 5LYZA 2W1MA 1EQEA 2G4QA 2B5ZA 2D4IA 2X0AA 1FKVA 4GCFA 4XENA 1LHHA 1GF3A 1IY4A 3CSZA 1VEDA 2XJWA 1PZYA 1UC0A 4NHPA 1JTTL 4IATA 1IWYA 5DN4A 4DT3A 5DM9A 3J4GA 3A93A 2NWDX 5LAGA 1OP9B 1IR9A 1QDRA 2H9JA 3A34A 5D5FA 5I53A 2BQLA 1JITA 4FJRA 2DQHY 3AGIA 4N9RA 1F6RA 3AGGG 2CWIA 3A8ZA 4GLAA 5F16A 4KL7A 4NGOA 4NGWA 2ZNWY 1WQOA 3N9CA 2YVBA 1GF0A 1XEJA 2YBLA 1HELA 4HTKA 4J0LA 1IP5A 1GPQC 1LJGA 4ZEEA 1YL1X 1XEKA 2LYMA 1C45A 4H9EA 1B7MA 4YEMA 1QUTA 1LSEA 3WH1A 1YROA 2XBSA 4J1BA 1IWXA 4RDSA 5KXMA 1LZNA 5LIOA 4NHTA 4GCEA 1GFAA 4Z3MA 1DI3A 1JKAA 3P68A 1JJ3A 2VB1A 5APEA 6LYZA 3QY4A 1YANA 4NG1A 1OUEA 2W1YA 1B5UA 4H92A 4XJFA 1LYOA 1MELL 4ANRA 1LZ9A 5A3ZA 1LZ1A 5L9JA 4OOTA 5DL9A 2DBTA 1UA6Y 1H87A 4W96A 2BQDA 3B0KA 4H1PA 1FDLY 4HPEA 4TUNA 2MEGA 1RI8B 3GXRA 1NDMC 1B7OA 1TAYA 1LJEA 1YAMA 5F81A 4M6DA 2D4JA 3MGWA 1NBZC 2YBNA 3AZ4A 1DKKA 1LMQA 1LSPA 2YBMA 4NHSA 1GF6A 4UWUA 4IJ4A 4DD0A 4ET9A 1A2YC 2FYDA 1VDQA 1ZVHL 5F9UA 1QSAA 3IWRA 1GF9A 3WYHA 7LYZA 1LHKA 1VDTA 4WLXA 1WQRA 2IHLA 4B4EA 1LZAA 1GBYA 3LZ2A 132LA 2EQLA 2GV0A 1IWVA 1GD6A 4B4JA 4BS7A 4DD9A 1YAPA 2ZIKA 1IEEA 5HNCA 1D0LA 3TXGA 2DQEY 5HLLA 1BWIA 3B0IA 4NWEA 5KXWA 1HEQA 2Z19A 3AB6A 1GE2A 2CJLA 4LYZA 1C43A 3WXTA 3WVXA 2BQGA 3FI7A 4NGKA 1WQNA 4PJ2C 4GCDA 1DZBX 1NMMA 5E9RA 1GB2A 4LGKA 4WM1A 2LZ2A 4O34A 4XADA 1G7MC 4TSCA 4OWHA 5LXWA 3B6LA 1GB6A 1I20A 3D3DA 2EIZC 5E4PA 1F6SA 5EBHA 2LZTA 4ETBA 3CT1A 4DDCA 1CKHA 2DQJY 1IP3A 2DQFC 1RFPA 1GEZA 1IWTA 2Z12A 1C46A 3WUMA 3P66A 1LSBA 5C6LA 2C8PA 3GXKA 1LHMA 1QSWA 1IOSA 1DXJA 3W6FA 4RLMA 4Z98A 1HFYA 1B7RA 1QIOA 1XEIA 2F2NA 5B06A 4E3UA 1MLCE 3AW7A 1IORA 4MCKA 3A3QA 5KXSA 3TXJA 1HEMA 4WM6A 4P2EA 3TXEA 1LAAA 2YDGA 4DWXA 135LA 4II8A 1GBXA 1GFTA 1OUAA 1OUHA 1HERA 3HBEX 5LVJA 1CJ6A 3WPKA 4BAPA 1C10A 2ZILA 4OWCA 3ZVQA 4DDAA 3P65A 5I4YA 3WU8A 2DQGY 3AYQA 2Y8PA 5AMYA 194LA 1FLUA 1JTOL 1BQLY 1JKBA 3TXFA 1GBZA 3E3DA 1LMOA 1G7HC 3A91A 1JSEA 3ATOA 5LVHA 4NGVA 134LA 4B4IA 5I4XA 2N5ZA 4H9IA 1IP6A 4I8SA 5FHWA 1REZA 5KKJA 1D0MA 1XGQC 4GN4A 2HEBA 1UBZA 3TXDA 4WO6A 4WG1A 1INUA 4DC4A 2HEFA 1TEWA 2C8OA 2MEEA 2FBDA 1GAZA 1IX0A 1GB5A 1T3PA 1UIFA 1PS5A 1YAOA 2MEHA 1G7IC 2XTHA 4PHIA 3T36A 4NG8A 5ILFA 5KXOA 1GB0A 1LHJA 1UACY 3HFMY 4NIJA 4DD1A 1DI4A 1DPWA 2A7FA 1REXA 2BLXA 3WVYA 5A3EA 5C6JA 3RZ4A 1ZVYB 3W6DA 1LSMA 3F6ZA 4A7DA 3W6CA 1GF8A 1NF5A 2LHMA 1LZYA 2BLYA 3D9AC 4PGJB 5KXPA 1JUGA 4LZTA 4OWBA 2XBRA 3RW8A 1B5XA 2LYZA 4OWAA 5FDJA 4QEQA 1BWJA 1OUDA 3EMSA 4CGEA 1LSCA 3LZTA 5II3A 4M4OA 4WM3A 1GFUA 3W6AA 1LJIA 4H94A 4H9AA 2Z18A 1UIHA 2Q0MX 1W08A 4XJHA 3CT5A 207LA 4L41A 5C6IA 4WLYA 1JPOA 4BADA 2ZYCA 4H9BA 1GFGA 1JJ0A 1VAUA 1CKDA 1D6QA 1LSGA 1LKSA 1LZ8A 1UCOA 1YKYX 2CGIA 1OQMA 4UWNA 1KXYA 1JTPL 1GFEA 1GF5A 1IP1A 4KXIA 3RT5X 153LA 3ATNA 2I26L 4NGJA 4HP0A 1LZ4A 1B5YA 1XFPL 2I25L 4C5FA 3N9AA 1DQJC 1IR8A 1VDSA 4WL6A 3M18B 2RSCA 1I1ZA 2W1LA 3N9EA 1B0DA 1B7QA 2MEDA 4GLVA 2H9KA 4WL7A 4C3WA 2BQMA 5B59A 2BQCA 3QNGA 3BKHA 1LZ6A 2Z38A 1SLYA 4YEOA 5HMVA 1UUZC 2BQKA 4G4CA 5B1FA 1D6PA 3LYTA 1OUGA 133LA 5KXKA 1REMA 4G4HA 2DQDY 2MEAA 1LMAA 4G9SA 4I0CA 3LYOA 1YAQA 2MECA 4WLDA 4HSFA 1VFBC 5KKIA 1O23A 1OUIA 1GBSA 1C7PA 3SP3A 5B07A 3FE0A 1IC5Y 1P2CC 1J1XY 2ZYPA 1IWWA 4WM5A 4NGLA 1IY3A 1D0KA 1DPXA 1JWRA 3HBHA 4N5RA 4LYBA 5L3HA 5LA5A 2ZIJA 3LHMA 1GDXA 1WTMA 4WLTA 1LZSA 3ZEKA 3A95A 2BQFA 2HU3A 2BPUA 2ZQ3A 4HPIA 1HNLA 4QGZA 4WG7A 4ETCA 5KY1A 1N4FA 1UIAA 2Z2EA 5APCA 2HUBA 2Z39A 3KAMA 5APDA 1LZRA 1TDYA 3CSQA 4YM8A 1FLQA 1LJNA 1CKCA 3TMXA 3ULRA 1GFRA 1F10A 4IASA 2HEEA 4DD3A 4WMGA 1J1PY 3HBDA 1CJ7A 3OK0A 5D5CA 1LMCA 5KXLA 1HEPA 2BQIA 4B0DA 3AZ5A 3VWOA 1BWHA 1HC0A 3K3TA 4KPMA 1FKQA 1NBYC 4ETEA 1UICA 2EKSC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IFFY 113LA 4N1CC 3WU7A 1L65A 1L97A 1GBOA 1ZURA 1QTVA 1GF4A 3HTFA 2D91A 1L98A 4XJDA 4CFOA 4D9ZA 3AGHA 209LA 1C64A 1NQIA 2OTZX 4HV1A 1B9OA 1C08C 1L71A 154LA 151LA 4W53A 4NHIA 5I5QA 1UIBA 1L18A 4ARQA 1YKZX 4EKRA 119LA 2Z37A 2A4TA 1P37A 3TXBA 4WM2A 5LIOA 114LA 4NWHA 1TBYA 1QT6A 4ET8A 1YIKA 3G3VA 212LA 4PPOA 3TMUA 3LN2A 3DN8A 2OE7X 2B7XA 4DQ5A 1DKJA 1P3NA 4YF2A 128LA 4H8YA 4N1EI 4U3XB 1H6MA 5HMJA 1E8LA 4OOOA 3L2XA 1GE4A 1LOZA 1D9UA 2ZWBA 1QTEA 1L54A 2DQCY 3CT0A 4J1AA 3AJNA 1L86A 170LA 258LA 3HH5A 1PQIA 1GFKA 1LSDA 1YL0X 241LA 1LZBA 4AGAA 1L74A 4TWSA 1XEPA 1L95A 206LA 3GUMA 3LYZA 2G4PA 1JKCA 1IOQA 4LFPA 1UIGA 1G0KA 4W94A 4NFVA 158LA 1B2KA 218LA 1L80A 5JENB 1ZMYL 4EOFA 1C6AA 2BQEA 4W56A 191LA 1SX7A 188LA 1KXWA 4N8ZA 2EPEA 2BQJA 1XGUC 3HTDA 2RBSA 1GB3A 1XJUA 1JTMA 3SB5A 7LZMA 4DYGA 1L94A 1HSXA 2B6XA 4W52A 4XJGA 1Z55A 3M3UA 2B74A 3SN6R 1HFZA 5F14A 5L3IA 4NGZA 3LZMA 1ZV5L 1LJHA 2ZQ4A 3A67Y 1JEFA 1AT6A 1XGPC 1L46A 2B6YA 3W6BA 1KIQC 1CJ8A 1WVVA 4B49A 1QTHA 4UWVA 2G4NA 1AT5A 3A6BY 1LZEA 4ZFPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2IFF Y;  3IJV A;  8LYZ A;  1F0W A;  4NSG A;  3A90 A;  3A94 A;  4H8X A;  4N1C C;  3WU7 A;  1JHL A;  1HFX A;  5KXX A;  1FBI X;  4XJI A;  1GBO A;  4BAF A;  1B7L A;  1XSF A;  3EBA B;  1LHI A;  1GF4 A;  4QDN A;  5IEL A;  4PRU A;  1LSF A;  2D91 A;  3A92 A;  5FST A;  1CJ9 A;  1GE0 A;  2MEI A;  4XJD A;  4WOA A;  2FYC A;  3TXH A;  1EL1 A;  3LYM A;  1JIS A;  5KXN A;  3ZVQ B;  4NSJ A;  3AGH A;  4CFO A;  4D9Z A;  4LT3 A;  1EQ4 A;  1NQI A;  5T3F A;  1BB7 A;  1VDP A;  3TXK A;  4HV1 A;  4RW1 A;  1B9O A;  1RE2 A;  2W1X A;  1C08 C;  1VAT A;  154L A;  2BAA A;  4GN3 A;  1WQM A;  5B05 A;  1LSZ A;  3AZ7 A;  4NHI A;  5I5Q A;  1YKX X;  1OUF A;  1G7L C;  4N0J A;  5IHG A;  1UIB A;  1ALC A;  1BB3 A;  1YIL A;  1IC7 Y;  1TCY A;  3B0O A;  5KXZ A;  4DDB A;  4RW2 A;  5DN5 A;  2ZNX Y;  1LHL A;  1NDG C;  2MEB A;  1GB8 A;  1YKZ X;  1IO5 A;  3G3B B;  5K7O A;  3BKV A;  4OWE A;  2Z37 A;  3TXI A;  3TXB A;  4WM2 A;  1XGR C;  1GHL A;  2BQO A;  1IR7 A;  4G4B A;  1LZD A;  1TBY A;  4FDY A;  1GBW A;  4NWH A;  1KXX A;  1B5Z A;  1KIP C; 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 1IP1 A;  4KXI A;  3RT5 X;  153L A;  3ATN A;  2I26 L;  4NGJ A;  4HP0 A;  1LZ4 A;  1B5Y A;  1XFP L;  2I25 L;  4C5F A;  3N9A A;  1DQJ C;  1IR8 A;  1VDS A;  4WL6 A;  3M18 B;  2RSC A;  1I1Z A;  2W1L A;  3N9E A;  1B0D A;  1B7Q A;  2MED A;  4GLV A;  2H9K A;  4WL7 A;  4C3W A;  2BQM A;  5B59 A;  2BQC A;  3QNG A;  3BKH A;  1LZ6 A;  2Z38 A;  1SLY A;  4YEO A;  5HMV A;  1UUZ C;  2BQK A;  4G4C A;  5B1F A;  1D6P A;  3LYT A;  1OUG A;  133L A;  5KXK A;  1REM A;  4G4H A;  2DQD Y;  2MEA A;  1LMA A;  4G9S A;  4I0C A;  3LYO A;  1YAQ A;  2MEC A;  4WLD A;  4HSF A;  1VFB C;  5KKI A;  1O23 A;  1OUI A;  1GBS A;  1C7P A;  3SP3 A;  5B07 A;  3FE0 A;  1IC5 Y;  1P2C C;  1J1X Y;  2ZYP A;  1IWW A;  4WM5 A;  4NGL A;  1IY3 A;  1D0K A;  1DPX A;  1JWR A;  3HBH A;  4N5R A;  4LYB A;  5L3H A;  5LA5 A;  2ZIJ A;  3LHM A;  1GDX A;  1WTM A;  4WLT A;  1LZS A;  3ZEK A;  3A95 A;  2BQF A;  2HU3 A;  2BPU A;  2ZQ3 A;  4HPI A;  1HNL A;  4QGZ A;  4WG7 A;  4ETC A;  5KY1 A;  1N4F A;  1UIA A;  2Z2E A;  5APC A;  2HUB A;  2Z39 A;  3KAM A;  5APD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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