1QUDA

L99g mutant of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAGINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Structural analysis of a non-contiguous second-site revertant in T4 lysozyme shows that increasing the rigidity of a protein can enhance its stability.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qudA00
163LA 1L11A 2RBOA 175LA 1P56A 114LA 139LA 2LC9A 1L64A 3DMVA 1C6HA 4ARQB 1D2YA 213LA 3DKEX 1L86A 1TLAA 4EKSA 1L83A 1LYIA 1L95A 1OV7A 1QTVA 1ZYTA 2LZMA 1PQJA 5I14A 4PJZA 205LA 2RBQA 1L17A 1LYHA 217LA 192LA 1C6KA 1C6JA 1PQIA 2OU9A 4ARMA 1OYUA 1L20A 1D3FA 1L89A 1LYEA 187LA 1LGXA 1L56A 1QT5A 4AQNA 3DMZA 1C6PA 2B6WA 118LA 4I7JA 168LA 108LA 3SB5A 252LA 1CUQA 4EXMA 1L54A 1L18A 235LA 4I7SA 1P46A 174LA 1LI3A 214LA 1L43A 1L03A 2B73A 3SB8A 1L35A 1CU5A 2RAYX 172LA 3SBBC 159LA 4DAJA 138LA 4YXAC 103LA 1C68A 3OE9A 111LA 1L61A 3C83A 156LA 3DN4A 243LA 2F2QA 1L53A 3CDRA 4LDEA 258LA 2Z6BA 120LA 4ARPA 1XJUA 4DJHA 1G0JA 147LA 1L02A 1KY1A 1G0QA 1L96A 3RZEA 1L06A 2RAZX 1LWGA 2B74A 162LA 1L76A 1D3NA 146LA 3HTBA 167LA 1L25A 3C8RA 1PQMA 3HT9A 1L48A 149LA 4LDOA 161LA 2A4TA 1L75A 1L24A 231LA 210LA 1L93A 144LA 183LA 3GUMA 1L97A 219LA 177LA 4ARLA 1D2WA 200LA 151LA 1L80A 257LA 3NY8A 2RBRA 1L99A 255LA 1DYFA 4ARQA 182LA 201LA 196LA 2RH1A 1T97A 2RB1X 186LA 1LGWA 1G07A 3G3XA 3L64A 3K2RA 246LA 2B6ZA 2RBNA 1C63A 1G1VA 125LA 185LA 247LA 4GRVA 253LA 4W53A 1L13A 1QTZA 195LA 3DN6A 1C6BA 4S0WA 1D9WA 4E97A 1L50A 2O7AA 2RB0X 1L0KA 3V2YA 1C6FA 3QAKA 2OE4X 1OVHA 165LA 4ARJA 2B6YA 1L68A 1L77A 1L59A 2Q9DA 4YX7C 1D3MA 221LA 1C6GA 4OO9A 1DYAA 113LA 1WTHA 2QB0B 3HU9A 1L27A 3RUNA 1L36A 1QUHA 2O4WA 1QTHA 4I7NA 1DYDA 2Q9EA 3HH3A 4I7TA 1DYBA 1L91A 1CU0A 1C6LA 1L23A 2IGCA 1G1WA 2B70A 2NTGA 1C62A 1QS9A 251LA 2HUMA 1L30A 3LZMA 4I7QA 3OE0A 1QS5A 1KS3A 241LA 1CU2A 3DMXA 4I7PA 1L10A 1C6TA 3UONA 4I7MA 225LA 130LA 2F32A 128LA 4EJ4A 1CTWA 1C6DA 4I7OA 240LA 1LGUA 1JTMA 1L66A 1L08A 2OE9X 3C7WA 1L82A 1L81A 160LA 1LWKA 3HUKA 1L63A 2HULA 1LYFA 3FA0A 145LA 1C6IA 1C6MA 1PQDA 1CU3A 2OU8A 3G3VA 1QSQA 1LYDA 220LA 3F9LA 5LZMA 242LA 3L2XA 1L00A 107LA 1L44A 1P2LA 1L67A 4PK0A 102LA 3GUPA 140LA 3DN8A 2OE7X 3NY9A 1L26A 3OE6A 3DNAA 3PDSA 104LA 112LA 1OV5A 3C8QA 190LA 1P64A 4I7LA 4W57A 1K28A 4EPIA 1CU6A 1QT3A 1C64A 206LA 3DN0A 1P6YA 3SB6A 1G0GA 1L14A 1EPYA 3DN2A 249LA 169LA 178LA 1L62A 4K5YA 1P2RA 224LA 2LCBA 3HDFA 158LA 3HH6A 4IAPA 1XJTA 3HT8A 191LA 1LI2A 2HUKA 2RBPA 3OE8A 1L73A 1L0JA 262LA 2ANXA 2RBSA 1L34A 1I6SA 2L78A 1B6IA 184LA 1C65A 3DN1A 1L90A 1OWYA 4EKRA 1LW9A 1G0PA 3D4SA 3HT6A 216LA 1LPYA 4W52A 1JQUA 164LA 176LA 2O79A 2RB2X 1L88A 4EKQA 1QUGA 1DYCA 131LA 3FI5A 215LA 3HT7A 126LA 1C69A 1C61A 1ZWNA 1L46A 127LA 222LA 4EKPA 1P36A 1L47A 4W58A 1CV3A 1L04A 1SX2A 3JR6A 3SB9A 1T6HA 1OVKA 1L55A 1QT4A 3C7ZA 6LZMA 1G06A 1L74A 260LA 3HTDA 7LZMA 3EMLA 1L84A 115LA 2NTHA 239LA 218LA 2F47A 254LA 1CUPA 2OTYX 1CV6A 1L16A 226LA 198LA 1G0MA 1L37A 1L39A 1SSWA 228LA 150LA 1L72A 3GUIA 1L15A 3GUKA 1CV0A 1L98A 3HUQA 1L85A 4YXCA 3FADA 3CDOA 3HTGA 2OTZX 1QT6A 157LA 1L32A 1SSYA 122LA 189LA 4ZPUA 1DYEA 170LA 1L33A 2OEAX 3HWLA 227LA 181LA 166LA 1QUDA 1L38A 259LA 141LA 2ANVA 238LA 1L29A 3SB7A 232LA 2B75A 3HH4A 1PQKA 1C6EA 1L58A 4I7RA 3F8VA 248LA 4W56A 1C60A 123LA 1OVJA 3VW7A 173LA 3PBLA 4EPFA 3HTFA 3GUJA 1L40A 143LA 1CV5A 1L21A 1G0LA 1L12A 3NYAA 180LA 236LA 199LA 1SWYA 155LA 1L79A 2B72A 3C8SA 1SWZA 229LA 1XEPA 223LA 1L94A 211LA 1L07A 244LA 4LZMA 1SX7A 4ARMB 2B6TA 3CDVA 1L28A 1P5CA 1L05A 1CV4A 1L87A 1QT7A 3C80A 1L57A 4DKLA 1L52A 1L70A 1QSBA 4W59A 212LA 1L22A 1KW7A 3GUOA 3C7YA 233LA 110LA 171LA 3DN3A 1QUOA 1T8GA 1QTDA 237LA 197LA 3GUNA 2B6XA 1L19A 1C67A 230LA 1QT8A 3SN6R 3HU8A 1P7SA 1KY0A 3CDQA 1L51A 250LA 3SBAA 256LA 1G0KA 1L69A 1C66A 1L41A 1C6QA 1L60A 2QARC 148LE 3C81A 1OWZA 1CVKA 1ZURA 2CUUA 4GBRB 1L65A 1QTCA 137LA 1L42A 1PQOA 261LA 4W54A 2OU0X 188LA 4W55A 1KW5A 3C82A 1L71A 3HUAA 129LA 1LYJA 1QTBA 3CDTA 1CX7A 234LA 109LA 119LA 1LLHA 1LI6A 1JTNA 1NHBA 245LA 1P37A 1T8AA 1CX6A 2B7XA 1L31A 1CV1A 1L92A 1C6NA 1L09A 142LA 1C6CA 1L49A 1D3JA 3GULA 4W51A 1L01A 3ODUA 3HH5A 4LDLA 1L45A 1LYGA 1KNIA 152LA 1T8FA 3HDEA 1C6AA 4I7KA 1P3NA 209LA 3G3WA 1DYGA 3V2WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
163LA 1L11A 4N1CC 1L64A 3FE0A 5APFA 1D2YA 3AYQA 1L86A 4NFVA 4LYZA 1G7IC 2CJLA 2DQHY 2F4AA 205LA 2RBQA 1UIFA 1L17A 1GFUA 1C6JA 2OU9A 4YEMA 1OYUA 1Z55A 4WM4A 1L20A 4RW1A 1KXWA 4OWBA 2HECA 1L56A 1LJEA 2B6WA 1HC0A 3WU7A 5KXXA 3SB5A 1G7HC 3AGIA 4W96A 1LPIA 1WTNA 1L54A 2BQJA 1GEZA 5KXTA 1CJ9A 4GN3A 3AZ4A 5LYZA 5HMJA 1L35A 1JKDA 1GB9A 2CDSA 4YM8A 159LA 4YXAC 5A3EA 4B1AA 1LSYA 1PZYA 3B6LA 4B49A 4DD7A 1OQMA 3CDRA 1RI8B 1LMNA 4LDEA 1P2CC 258LA 5LIOA 2RSCA 120LA 1GAZA 133LA 2RAZX 4RLMA 2B74A 162LA 2F30A 4A7DA 1AZFA 1NKHA 4CHXA 1ZVHL 4FDYA 1HEQA 1KIRC 1XEKA 1LOZA 1XGRC 183LA 5I4WA 1LJ4A 3GUMA 1L97A 4XN6A 4H9BA 4ARLA 200LA 1L80A 2HTXA 3NY8A 1DI5A 1L99A 1J1XY 1QDTA 4IASA 1IC5Y 4KPMA 1T97A 2RB1X 4TUNA 5HLLA 1G07A 3K2RA 193LA 1GB6A 1UIHA 1RE2A 2W1LA 125LA 247LA 5LVGA 4GRVA 4W53A 1IWVA 5KXOA 135LA 4U3XB 2RB0X 3A96A 1BB6A 1LZRA 2OE4X 1OVHA 4LYOA 3ZVQB 1L77A 1B7RA 1IORA 1D3MA 1C6GA 1GBWA 4ET8A 3RUNA 1L36A 1QUHA 2O4WA 3WPJA 2Q9EA 1DYBA 1CU0A 1C6LA 2IGCA 1B7LA 4XJFA 1L30A 1LSDA 2FBDA 1QS5A 1HELA 3UONA 1OP9B 2F32A 1DXJA 4GCCA 1NF5A 240LA 1JTMA 1LHLA 160LA 1G7JC 2DQAA 3WU9A 3HUKA 1L63A 2FBBA 1BWIA 1C6MA 2D6BA 1PQDA 4H93A 1UACY 2OU8A 2EKSC 4H8XA 1LZEA 1MLCE 220LA 3F9LA 3EXDA 5B1GA 3LYZA 4J1BA 4RDSA 1B5ZA 5LVKA 4NHIA 1UBZA 4DQ7A 2BQKA 1VAUA 3OE6A 3WU8A 4HSFA 4B0DA 4H9IA 4I7LA 5DL9A 4CFPA 206LA 4NWHA 2X0AA 4NHQA 1L62A 1J1OY 4IAPA 4WM5A 2HUKA 1WQMA 1I6SA 3ZVQA 1WQQA 1B5YA 1HEPA 4EKRA 1LW9A 4MR1A 3WXUA 3ATNA 3HT6A 216LA 1LPYA 4W52A 1YANA 164LA 2GV0A 3TMXA 1LSAA 1JIYA 1YL0X 1BWJA 4LZTA 3FI5A 1IWXA 5L3HA 127LA 4QGZA 1P36A 4D9ZA 4CFOA 1SX2A 5C6JA 3B0KA 1L55A 2D4JA 1LZ5A 1RJCB 1TAYA 4H91A 1LAAA 1L84A 115LA 1B5XA 2F47A 2OTYX 1GFVA 1CV6A 2YBLA 226LA 3GXKA 1HNLA 150LA 3QE8A 3GUIA 1L15A 1IOTA 3GUKA 2DQJY 1CV0A 1GAYA 1L85A 4YXCA 3FADA 4NGKA 1KXYA 1QT6A 1EQEA 1L32A 2LZ2A 1DYEA 1IWTA 181LA 3B0OA 1QUDA 141LA 2ANVA 5JENB 1IP1A 4KT3A 2Z19A 4WM1A 1UIGA 3AZ5A 4I7RA 1LZ4A 4W56A 1DI4A 3A94A 123LA 1NDMC 4XADA 1HFXA 2YVBA 3PBLA 1G0LA 3TMUA 1FN5A 236LA 2BQHA 1I56A 4ETAA 2Z39A 2Z38A 4I8SA 3OJPA 1L94A 1IOQA 1OUBA 1NQIA 1SX7A 5B05A 4ARMB 1LSZA 4H92A 1LCNA 1P5CA 4PPOA 212LA 4QDNA 1KW7A 3W6EA 2W1YA 3TXFA 3IWRA 1V7SA 171LA 1QUOA 4WG7A 237LA 2B6XA 4XENA 2IHLA 1IR8A 3SN6R 3HU8A 2ZWBA 1KY0A 4TSCA 5LA5A 1IWUA 1GE4A 1RFPA 1OUIA 3HBEX 3A6CY 188LA 3C82A 4EOFA 3TXKA 5F9XA 1IX0A 119LA 1LI6A 5II3A 3CT5A 4DQJA 1CV1A 1JKCA 1LSEA 1L09A 1A4VA 4PHIA 1LZTA 1D3JA 3GULA 1HHLA 3ODUA 1GFEA 1LYGA 1GFTA 1KNIA 152LA 1T8FA 4NHPA 4I7KA 5ILFA 3FI7A 5L3IA 4NWEA 4Z3MA 1TDYA 3DMVA 5KXWA 4ARQB 3WPKA 1QTKA 1LYIA 1L95A 1OV7A 1PQJA 5DN5A 217LA 1LMAA 1WQOA 4ARMA 2MEEA 1LYEA 4W94A 1HEWA 4DD2A 4AQNA 4DDCA 3DMZA 1C6PA 1OUAA 118LA 1VATA 5D5CA 1BVXA 4H8YA 3RW8A 4EXMA 5HQ1A 1GE0A 1L43A 1UUZC 1NHEA 1AT6A 1CU5A 172LA 1LSPA 4AXTA 1IY4A 4DAJA 1C68A 4H9CA 1LHKA 2G4NA 1ALCA 1LZNA 1VDSA 1JWRA 1FKQA 1IWYA 1GB7A 3K3TA 2Z2FA 2DQIY 3RZEA 3HBDA 4OWCA 1L76A 1D3NA 4HTNA 4NGIA 5HMVA 1HMLA 1BHZA 3LYOA 1GF3A 1L24A 1L93A 1WVUA 3WVXA 1QTEA 2LHMA 2ZNWY 1D2WA 151LA 257LA 5LXWA 5IDDA 1OUGA 4CJ2A 1DYFA 4ARQA 201LA 196LA 2BQAA 1UA6Y 4DD0A 1C7PA 2B6ZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 163L A;  1L11 A;  4N1C C;  1L64 A;  3FE0 A;  5APF A;  1D2Y A;  3AYQ A;  1L86 A;  4NFV A;  4LYZ A;  1G7I C;  2CJL A;  2DQH Y;  2F4A A;  205L A;  2RBQ A;  1UIF A;  1L17 A;  1GFU A;  1C6J A;  2OU9 A;  4YEM A;  1OYU A;  1Z55 A;  4WM4 A;  1L20 A;  4RW1 A;  1KXW A;  4OWB A;  2HEC A;  1L56 A;  1LJE A;  2B6W A;  1HC0 A;  3WU7 A;  5KXX A;  3SB5 A;  1G7H C;  3AGI A;  4W96 A;  1LPI A;  1WTN A;  1L54 A;  2BQJ A;  1GEZ A;  5KXT A;  1CJ9 A;  4GN3 A;  3AZ4 A;  5LYZ A;  5HMJ A;  1L35 A;  1JKD A;  1GB9 A;  2CDS A;  4YM8 A;  159L A;  4YXA C;  5A3E A;  4B1A A;  1LSY A;  1PZY A;  3B6L A;  4B49 A;  4DD7 A;  1OQM A;  3CDR A;  1RI8 B;  1LMN A;  4LDE A;  1P2C C;  258L A;  5LIO A;  2RSC A;  120L A;  1GAZ A;  133L A;  2RAZ X;  4RLM A;  2B74 A;  162L A;  2F30 A;  4A7D A;  1AZF A;  1NKH A;  4CHX A;  1ZVH L;  4FDY A;  1HEQ A;  1KIR C;  1XEK A;  1LOZ A;  1XGR C;  183L A;  5I4W A;  1LJ4 A;  3GUM A;  1L97 A;  4XN6 A;  4H9B A;  4ARL A;  200L A;  1L80 A;  2HTX A;  3NY8 A;  1DI5 A;  1L99 A;  1J1X Y;  1QDT A;  4IAS A;  1IC5 Y; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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