3OE0A

Crystal structure of the cxcr4 chemokine receptor in complex with a cyclic peptide antagonist cvx15
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
440
structure length
433
Chain Sequence
KEPCFREENANFNKIFLPTIYSIIFLTGIVGNGLVILVMGYQSMTDKYRLHLSVADLLFVITLPFWAVDAVANWYFGNFLCKAVHVIYTVNLYSSVWILAFISLDRYLAIVHATNSQRPRKLLAEKVVYVGVWIPALLLTIPDFIFANVSEADDRYICDRFYPNDLWVVVFQFQHIMVGLILPGIVILSCYCIIISKLSHNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYGHQKRKALKPTVILILAFFACWLPYYIGISIDSFILLEIIKQGCEFENTVHKWISITEALAFFHCCLNPILYA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Signaling protein, hydrolase/antibiotic
molecule keywords C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera
publication title Structures of the CXCR4 chemokine GPCR with small-molecule and cyclic peptide antagonists.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 168
structure length 433
sequence length 440
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
A PF12109 CXCR4_N CXCR4 Chemokine receptor N terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3oe0A02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3oe0A01
1L55A 2KSAA 5B6WA 2Q9DA 1KNIA 3BVDB 3HUQA 183LA 3LZMA 1EHKB 3HAQA 5B6XA 3GUJA 2B74A 1L54A 3DN6A 3VG9A 1L79A 5H2OA 1LYEA 2Z6BA 4GRVA 1L92A 4UG2A 1JFPA 2B6WA 1C3WA 2NTGA 1C6GA 2O79A 1CV3A 1L25A 2ANVA 3QAPA 3QJUB 4EKPA 2RB1X 3OE0A 2I21A 3HAOA 5H2NA 1L00A 1KG9A 4IAPA 3VHZA 2YCXA 224LA 3AYMA 2J4YA 4ARQB 1CV6A 177LA 2Y02A 1L13A 1L48A 3DMZA 7LZMA 2YCWA 2Y04A 5AWZA 1D9WA 3ABWA 1UCQA 115LA 3DDLA 1L75A 1XJTA 1G0MA 1L49A 3DN3A 1JTMA 1CV1A 1C67A 3HTFA 2RBQA 1S8JA 244LA 1QHJA 1L16A 3NY8A 2ZZLA 199LA 1QT8A 1SSYA 1R2NA 3SBAA 1EPYA 1R84A 1L87A 1AP9A 4QRYA 4MD1A 3VGAA 4GP4B 152LA 1L81A 229LA 2HULA 144LA 167LA 1OVHA 1L39A 257LA 1C6MA 1L70A 4GYCA 1C8RA 1G1WA 1L51A 1QTZA 1LI2A 1LI3A 5G54A 1CU5A 3REYA 3S3BB 156LA 3SN6R 3PXOA 4EJ4A 1D3JA 5B6VA 1FBKA 2RAZX 3DMVA 1L73A 1P2LA 3COCA 1L01A 1T8FA 4G72B 185LA 1KW5A 192LA 1G0GA 1D3FA 1L65A 1X0K1 130LA 172LA 142LA 1G0PA 1L33A 3MBVA 1GZMA 1L62A 1P2RA 1L43A 3GULA 209LA 201LA 3X3CA 3HTGA 1P37A 1C6NA 5G53A 1D3MA 1BM1A 4X1HA 233LA 1XJUA 3HH6A 1T8AA 235LA 160LA 1QUGA 1L38A 3UZAA 4WAVA 1C6AA 2OU0X 3NYAA 4W51A 1E12A 1P56A 4ARMB 1JGJA 5B6YA 127LA 2CUUA 165LA 2HUMA 108LA 5G2DA 110LA 1ZWNA 4MQSA 2B6TA 3ZPRA 240LA 1P7SA 3HARA 1MGYA 109LA 5TGZA 6LZMA 2B73A 4I7OA 4GBRA 4EA3A 234LA 3SB9A 4I7TA 197LA 1LYHA 3CAPA 1P6YA 238LA 248LA 1IW9A 103LA 4BUOA 1L90A 3DN1A 1QM8A 2M3GA 1L22A 4L35A 219LA 2OTYX 114LA 1L08A 1LN6A 1L77A 2LZMA 3HH3A 4EKSA 1L85A 147LA 2RBRA 1X0I1 2Y03A 1F50A 1L53A 4FBZA 3GUKA 4G71B 3HWLA 3C7ZA 3V2YA 3G3WA 2YDVA 1M0KA 4BV0A 1PY6A 3C8QA 1L94A 1CV5A 1CU0A 1G06A 1L60A 3HDFA 3HH4A 2B75A 1L07A 5DHGA 1L11A 2I35A 2YDOA 4PXFA 1QS5A 1LGUA 1QSBA 4QIDA 5BR5A 1L50A 2F32A 1DYAA 1G0QA 4G7RB 1C60A 4L6RA 1CUPA 1VGOA 1M0LA 4EIYA 181LA 221LA 1LGXA 1PQKA 1L37A 2B70A 173LA 1H2SA 220LA 1P8UA 4YX7C 5JJNA 3QBIA 4E97A 3SB7A 140LA 4PK0A 170LA 4FAAB 1L71A 5ITEA 176LA 1L84A 1L69A 3GUMA 3L64A 232LA 2A4TA 1UAZA 214LA 3UTWA 1TLAA 4XT3A 4TL3A 1L76A 141LA 3QJSB 2Y00A 2RB0X 3KJ6A 4AQNA 161LA 200LA 4W52A 4BWBA 1LYFA 1L09A 2LNLA 3DN0A 3C9LA 4I7MA 2PEDA 245LA 2AT9A 1L27A 1DYEA 1L57A 2YCZA 3DN2A 3HTBA 1BRDA 1L93A 1NHBA 3OAXA 3VVKA 4AMIA 5B2NA 1L18A 4EPFA 171LA 164LA 5H2IA 4BVNA 4G7QB 2YCYA 1L30A 1P3NA 3WQJA 1L52A 3PDSA 1LW9A 3HUKA 3OE6A 1S52A 5AZDA 1G1VA 1L19A 3HDEA 4OV0A 1Q5JA 2R4SA 2QPEB 1L31A 253LA 2RB2X 3D4SA 5B35A 145LA 4OO9A 1JV7A 1KMEA 241LA 137LA 3QAKA 3C7YA 4IAQA 1S54A 3S8GB 1L17A 4Y9HA 5A8EA 2R4RA 1PQOA 3C9MA 1LI6A 2F2QA 3NSBA 1L36A 5AHYA 3OE8A 1DYCA 1DYFA 1F88A 4N6HA 1C61A 239LA 4I7PA 2Y01A 4QI1A 1CU3A 1L89A 1CUQA 4NC3A 3HAPA 1KGBA 2RBPA 1L34A 4EKRA 1X0SA 186LA 4I7JA 4W56A 3JR6A 1IXFA 2JAFA 4ARMA 1C66A 1ZYTA 174LA 5JJJA 5H2HA 1QTVA 1L56A 5B0WA 4I7SA 4W59A 3AM6A 2B72A 3UTXA 2QB0B 1C6IA 102LA 1OWYA 1OWZA 1L12A 1L45A 1PXRA 1T6HA 2I1XA 3QDCA 4FA7B 178LA 2B6ZA 4HYJA 5LZMA 2RH1A 3FI5A 5A45A 2KSBA 3QJQB 125LA 1KY1A 1C6TA 5ITCA 1L10A 2IGCA 1XIOA 112LA 2JAGA 3S3CB 1L41A 175LA 166LA 2HPYA 211LA 1PQDA 3QJVB 1DZEA 3SB6A 188LA 3HANA 1GUEA 1CU6A 5A44A 2QARC 1L23A 4PXKA 5KKHA 4LZMA 123LA 129LA 3AYNA 4UHRA 180LA 1BRXA 2VT4A 4GP5B 1K28A 1L88A 1L95A 231LA 1QUDA 3PBLA 1L20A 2F93A 1JTNA 2ZIYA 4KLYA 4A4MA 1L86A 3UG9A 2Z73A 1KW7A 4ZPUA 1CV4A 3C8RA 1LYGA 3EH4B 4JKVA 5F8UA 4XTOA 143LA 4I7RA 1L9HA 1KG8A 2ANXA 4GPOA 196LA 1T97A 4XTLA 138LA 2OU9A 3C81A 1SWYA 1B6IA 2L78A 5ETZA 4BEYA 1L32A 1SWZA 195LA 2OTZX 2OEAX 1P46A 1KY0A 1Q5IA 1SSWA 3F9LA 3SBBC 107LA 1GU8A 1L21A 5B34A 1C64A 1L64A 1L99A 1L63A 1S53A 1ZURA 1C6QA 1C6HA 4HYXA 1L46A 3DN8A 1L42A 1PQMA 1C6CA 4PJZA 1SX2A 3UONA 1L82A 1QUOA 2ZFEA 3CODA 237LA 1OYUA 5FJGA 250LA 1CX7A 1L29A 1CWQA 4I7LA 251LA 148LE 1L72A 1DYDA 1L80A 2RBSA 262LA 149LA 1LLHA 1P64A 1QUHA 1C62A 252LA 2OU8A 4EXMA 2NTWA 1OV5A 150LA 4IB4A 1L96A 5H2JA 4ARLA 1CTWA 1PQJA 1WTHA 1L67A 4G7SB 2OE9X 4S0WA 1CX6A 4ARQA 205LA 1L06A 3HU8A 5H2MA 4W53A 1D2WA 1QTCA 1U19A 4LDLA 3CDTA 1LYDA 2QPDB 1C8SA 3C7WA 163LA 1L59A 119LA 1C6FA 3HT8A 4N4YB 3HT6A 162LA 3GUIA 4W54A 2WJLA 2O4WA 3ZPQA 3UZCA 213LA 3UTVA 1QT5A 1QTHA 4WW3A 2B6YA 3PQRA 4DKLA 1QKOA 4X31A 4AMJA 3S8FB 1G0JA 4DJHA 1KS3A 3QBLA 1L74A 1L91A 4IARA 128LA 1C63A 1P8HA 5LWEA 1L05A 3HTDA 3GUOA 3UTYA 1P8IA 4BEZA 3EH3B 5B6ZA 258LA 1C68A 1OV7A 3QBKA 126LA 4I7QA 228LA 1L24A 1C69A 4XT1A 4LDOA 4YXAC 3C80A 3C83A 3NY9A 4ARJA 198LA 5BR2A 242LA 1T8GA 1I6SA 3DKEX 255LA 3G3VA 1QT6A 104LA 3CDVA 1L47A 3C8SA 2RAYX 2EI4A 3HU9A 3PWHA 1AT9A 4W58A 5AX0A 2OE4X 2B6XA 1G0KA 2RBNA 236LA 1D3NA 3K2RA 1BRRA 151LA 5I14A 243LA 4MQTA 3T45A 1L02A 155LA 1CVKA 3HH5A 1L03A 4K5YA 3VW7A 1C6JA 3HT7A 226LA 1L28A 3ZEVA 1XEPA 184LA 247LA 254LA 3CDRA 2KSYA 246LA 3HUAA 2KS9A 1L14A 2L6XA 5JJEA 4EKQA 1QTBA 158LA 210LA 4XXJA 1CV0A 3X3BA 3DNAA 1L98A 3C82A 1F4ZA 5EN0A 5AX1A 157LA 3NS0A 3RUNA 4JQ6A 5C1MA 2NTHA 5G28A 1L66A 1VJMA 3FA0A 2B7XA 227LA 1OVKA 1TN0A 1QKPA 3DQBA 2WJKA 3A7KA 4MD2A 4KNFA 1E0PA 1L68A 191LA 1L58A 1P5CA 3OE9A 4W57A 217LA 1XJIA 3CDOA 131LA 1XMEB 2Q9EA 3DN4A 2LC9A 1L04A 1L35A 1OVJA 1S8LA 3FADA 146LA 1O0AA 1LWKA 2X72A 1S51A 4X32A 1CU2A 212LA 1M0MA 225LA 3S3DB 3RFMA 3VI0A 3EH5B 3EMLA 1QSQA 218LA 118LA 4I7NA 1D2YA 3QJRB 169LA 2F95A 4LDEA 3SB5A 4MBSA 5G36A 139LA 5DYSA 3GUNA 190LA 2O7AA 1LYJA 1HZXA 4FPDA 1L97A 5J7AA 4ARPA 3HT9A 3QBGA 1JV6A 3GUPA 3SB8A 4DAJA 1QT7A 3F8VA 1QT3A 189LA 4J4QA 122LA 3G3XA 120LA 223LA 3ODUA 4G70B 1L83A 2OE7X 3DMXA 1L0MA 1TN5A 1L26A 3CDQA 159LA 222LA 2NTUA 261LA 2G87A 4HWLA 1JQUA 1L40A 113LA 5DHHA 1L0JA 1C65A 1L61A 259LA 168LA 1QTDA 4GBRB 1LGWA 1IW6A 3P0GA 4JR8A 1C6DA 1P36A 1L15A 5H2KA 182LA 2BRDA 5G2AA 1LYIA 187LA 2Z55A 216LA 4W55A 1L0KA 1DYBA 249LA 4I7KA 1G0LA 215LA 3V2WA 4GP8B 3QJTB 1C6BA 3RZEA 111LA 2RBOA 5G2CA 256LA 2F47A 1LWGA 2LCBA 1LPYA 4N4WA 1C6KA 4XTNA 1SX7A 206LA 230LA 4YXCA 2HUKA 5AHZA 1G07A 5H2LA 1PXSA 3L2XA 4EPIA 1QT4A 1C6LA 1FBBA 1H68A 1PQIA 1C6EA 2I20A 3HASA 1DYGA 1C6PA 1L44A 1QS9A 260LA 5H2PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WG1A 2KSAA 3ZVQB 3LZMA 1EHKB 1L92A 1JFPA 4GN3A 1L25A 2RB1X 224LA 1SQ2L 4ARQB 177LA 5ILCA 1L49A 1CV1A 3HTFA 1GBYA 3CT5A 5B06A 244LA 4OWEA 2ZZLA 3CT0A 1QT8A 1SSYA 1GE4A 1R84A 1GXV2 4XJGA 1L81A 229LA 2A7FA 1OVHA 4G49A 4GYCA 1C6MA 2Q0MX 4PHIA 3TMUA 2BQMA 4PRQA 3S3BB 3ATOA 1NDMC 5B1FA 4CJ2A 185LA 1G0GA 1L65A 4PJ2C 5L3HA 130LA 142LA 1L43A 209LA 3WL2A 1P37A 5G53A 1D3MA 2YBMA 1GBZA 1BM1A 233LA 3HH6A 1T8AA 1QSAA 4WAVA 4R0FA 1IP1A 1UIEA 1TEWA 4WM6A 4M6DA 4WG7A 2CUUA 165LA 1LOZA 4OW1A 5G2DA 2B6TA 3ZPRA 1N4FA 1UIAA 4XJFA 4DT3A 4RLMA 4NIJA 4I7OA 4EA3A 1HF4A 1BB3A 1GF3A 1P6YA 238LA 4BUOA 1QM8A 1UCOA 4L35A 4PRUA 2OTYX 3P65A 114LA 1L08A 1F6SA 1LN6A 1QTEA 2LZMA 4NGZA 3OJPA 4EKSA 1L85A 147LA 4DQ5A 1JWRA 5F16A 1LZ8A 1F50A 4G71B 3V2YA 3G3WA 3C8QA 2XBRA 2Z19A 1G06A 1L07A 4XENA 5DHGA 1GF4A 4GCCA 1BVKC 3ZVQA 1BWIA 4L6RA 4MR1A 2YBIA 4ZEEA 1IC4Y 1LZEA 1L37A 1GB2A 5DN4A 173LA 1H2SA 4YX7C 1GAZA 3QBIA 3N9EA 140LA 1GBWA 170LA 5ITEA 1L69A 3UTWA 1TLAA 5B1GA 1FLWA 141LA 2Y00A 2BQIA 1UIFA 1GPQC 161LA 4W52A 1LYFA 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 1L42 A;  1PQM A;  1C6C A;  4PJZ A;  1SX2 A;  3UON A;  1L82 A;  1QUO A;  2ZFE A;  3COD A;  237L A;  1OYU A;  5FJG A;  250L A;  1CX7 A;  1L29 A;  1CWQ A;  4I7L A;  251L A;  148L E;  1L72 A;  1DYD A;  1L80 A;  2RBS A;  262L A;  149L A;  1LLH A;  1P64 A;  1QUH A;  1C62 A;  252L A;  2OU8 A;  4EXM A;  2NTW A;  1OV5 A;  150L A;  4IB4 A;  1L96 A;  5H2J A;  4ARL A;  1CTW A;  1PQJ A;  1WTH A;  1L67 A;  4G7S B;  2OE9 X;  4S0W A;  1CX6 A;  4ARQ A;  205L A;  1L06 A;  3HU8 A;  5H2M A;  4W53 A;  1D2W A;  1QTC A;  1U19 A;  4LDL A;  3CDT A;  1LYD A;  2QPD B;  1C8S A;  3C7W A;  163L A;  1L59 A;  119L A;  1C6F A;  3HT8 A;  4N4Y B;  3HT6 A;  162L A;  3GUI A;  4W54 A;  2WJL A;  2O4W A;  3ZPQ A;  3UZC A;  213L A;  3UTV A;  1QT5 A;  1QTH A;  4WW3 A;  2B6Y A;  3PQR A;  4DKL A;  1QKO A;  4X31 A;  4AMJ A;  3S8F B;  1G0J A;  4DJH A;  1KS3 A;  3QBL A;  1L74 A;  1L91 A;  4IAR A;  128L A;  1C63 A;  1P8H A;  5LWE A;  1L05 A;  3HTD A;  3GUO A;  3UTY A;  1P8I A;  4BEZ A;  3EH3 B;  5B6Z A;  258L A;  1C68 A;  1OV7 A;  3QBK A; 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 131L A;  1XME B;  2Q9E A;  3DN4 A;  2LC9 A;  1L04 A;  1L35 A;  1OVJ A;  1S8L A;  3FAD A;  146L A;  1O0A A;  1LWK A;  2X72 A;  1S51 A;  4X32 A;  1CU2 A;  212L A;  1M0M A;  225L A;  3S3D B;  3RFM A;  3VI0 A;  3EH5 B;  3EML A;  1QSQ A;  218L A;  118L A;  4I7N A;  1D2Y A;  3QJR B;  169L A;  2F95 A;  4LDE A;  3SB5 A;  4MBS A;  5G36 A;  139L A;  5DYS A;  3GUN A;  190L A;  2O7A A;  1LYJ A;  1HZX A;  4FPD A;  1L97 A;  5J7A A;  4ARP A;  3HT9 A;  3QBG A;  1JV6 A;  3GUP A;  3SB8 A;  4DAJ A;  1QT7 A;  3F8V A;  1QT3 A;  189L A;  4J4Q A;  122L A;  3G3X A;  120L A;  223L A;  3ODU A;  4G70 B;  1L83 A;  2OE7 X;  3DMX A;  1L0M A;  1TN5 A;  1L26 A;  3CDQ A;  159L A;  222L A;  2NTU A;  261L A;  2G87 A;  4HWL A;  1JQU A;  1L40 A;  113L A;  5DHH A;  1L0J A;  1C65 A;  1L61 A;  259L A;  168L A;  1QTD A;  4GBR B;  1LGW A;  1IW6 A;  3P0G A;  4JR8 A;  1C6D A;  1P36 A;  1L15 A;  5H2K A;  182L A;  2BRD A;  5G2A A;  1LYI A;  187L A;  2Z55 A;  216L A;  4W55 A;  1L0K A;  1DYB A;  249L A;  4I7K A;  1G0L A;  215L A;  3V2W A;  4GP8 B;  3QJT B;  1C6B A;  3RZE A;  111L A;  2RBO A;  5G2C A;  256L A;  2F47 A;  1LWG A;  2LCB A;  1LPY A;  4N4W A;  1C6K A;  4XTN A;  1SX7 A;  206L A;  230L A;  4YXC A;  2HUK A;  5AHZ A;  1G07 A;  5H2L A;  1PXS A;  3L2X A;  4EPI A;  1QT4 A;  1C6L A;  1FBB A;  1H68 A;  1PQI A;  1C6E A;  2I20 A;  3HAS A;  1DYG A;  1C6P A;  1L44 A;  1QS9 A;  260L A;  5H2P A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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