242LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAAGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 242lA00
1L08A 243LA 1L87A 255LA 2RBSA 4LZMA 1C6FA 1L77A 161LA 3GUJA 3CDQA 186LA 2L78A 3ODUA 256LA 1CVKA 2RBNA 2ANXA 260LA 1DYBA 3V2YA 3EMLA 2B75A 3HH4A 1L68A 3DN2A 1C6BA 1CV3A 1L81A 2OE9X 2OTZX 190LA 230LA 239LA 1QT5A 232LA 3FI5A 118LA 125LA 1QT3A 3CDOA 2Z6BA 1P37A 3LZMA 1C6CA 2B73A 3DN8A 3JR6A 1G0PA 1L64A 3HU9A 4I7MA 115LA 3V2WA 257LA 4ZPUA 3GULA 1L89A 4PK0A 4W59A 1L39A 1LYEA 182LA 247LA 3HU8A 1L03A 1KS3A 1C62A 1CV1A 2B6ZA 1QSQA 1CV6A 4I7SA 1T8GA 4ARQA 1D3NA 187LA 1P7SA 1L95A 2HUMA 3DMVA 3C83A 1OVKA 1L22A 4OO9A 1L30A 1SSYA 3K2RA 2B72A 1C6IA 1C6NA 1I6SA 1L31A 3OE0A 1CU5A 1L14A 1L72A 3GUNA 254LA 1L63A 224LA 3DN3A 233LA 3C8QA 1DYAA 1C6KA 1L47A 127LA 191LA 2LZMA 3FADA 3D4SA 3QAKA 1L74A 4W54A 3HUQA 1QTZA 1LYHA 1G1VA 4I7TA 146LA 1L85A 2QB0B 192LA 3RUNA 2OE7X 1QT7A 4W55A 1L10A 1L09A 1L19A 2RAZX 3VW7A 1T8FA 1WTHA 156LA 1G1WA 1P56A 169LA 3SB6A 4I7RA 2LC9A 3GUMA 1C66A 1OVJA 1XJTA 4W53A 4I7NA 1QT8A 2F32A 108LA 171LA 1B6IA 3GUKA 1DYEA 114LA 1L43A 113LA 258LA 129LA 152LA 4DKLA 4I7OA 3CDRA 205LA 1LGXA 1L70A 109LA 159LA 1SWZA 3DMXA 1K28A 188LA 1L58A 1QSBA 1OV7A 1CUQA 4W56A 1LYGA 1L24A 4K5YA 3HTGA 3NY9A 1ZURA 173LA 163LA 180LA 2IGCA 1L11A 3HH3A 1C6TA 3NYAA 3PDSA 1G0KA 1CU3A 145LA 209LA 103LA 221LA 1CUPA 1L93A 3DMZA 3HT9A 3DN0A 7LZMA 3SBBC 2RB1X 2F2QA 2A4TA 1L46A 174LA 1PQKA 3SB8A 3C7ZA 2RBQA 250LA 2Q9DA 5I14A 142LA 1C6DA 1L71A 1C61A 235LA 1P64A 1L01A 2B6YA 1QTVA 1G0MA 1C63A 1L94A 262LA 199LA 1L12A 1P2RA 4YX7C 4W57A 1D2WA 1G0GA 1L18A 3C7YA 1L42A 4EKQA 1L84A 200LA 110LA 3F8VA 238LA 3C8RA 1L34A 3DN4A 4LDLA 212LA 143LA 1LYIA 206LA 128LA 1L26A 1L60A 3SN6R 1L23A 1ZYTA 1L53A 2O4WA 1L73A 2OU8A 170LA 1L32A 216LA 3OE9A 1G07A 1L13A 1L44A 1T97A 4EJ4A 141LA 2O79A 1C64A 1DYCA 1QUHA 237LA 4AQNA 4EPFA 1L52A 1KY0A 1C6GA 4I7KA 4ARLA 1QT6A 167LA 1G0JA 120LA 149LA 1L36A 3FA0A 148LE 172LA 1C68A 4EKPA 1QTBA 122LA 4EKRA 112LA 3GUOA 4W51A 155LA 178LA 1DYDA 137LA 3HH6A 1LGUA 3C7WA 3DKEX 1TLAA 3GUIA 1L21A 1PQMA 1C69A 196LA 1P36A 183LA 210LA 150LA 1L49A 201LA 4EKSA 1L51A 2F47A 1KY1A 226LA 1C6LA 144LA 227LA 2OE4X 218LA 1L41A 3G3WA 126LA 1OWZA 1L86A 1QT4A 3HWLA 4ARPA 1OVHA 3C8SA 1CTWA 123LA 1L0KA 147LA 2QARC 4ARMB 4W52A 3HUAA 1C6AA 249LA 222LA 234LA 1L65A 2ANVA 4I7JA 3UONA 3HUKA 164LA 1L82A 3C82A 2RB2X 1C6HA 240LA 1P2LA 2RH1A 1T6HA 252LA 1LI2A 1P5CA 3OE6A 1L04A 157LA 1QUGA 4YXAC 4ARJA 1PQIA 1LWKA 3HT6A 1C65A 1L40A 244LA 2CUUA 4I7PA 1L35A 4I7QA 231LA 1L33A 1C6EA 1LI6A 1L17A 1L38A 1C67A 1PQJA 1L37A 2B7XA 104LA 1SSWA 1C6MA 4PJZA 1G0LA 1L91A 3SB5A 3DN1A 1T8AA 2RB0X 253LA 1L61A 111LA 3CDVA 168LA 175LA 181LA 1L27A 3HTFA 4E97A 3HTBA 1L28A 1L54A 3PBLA 1D3FA 1L06A 1L20A 102LA 2O7AA 2OU9A 1L25A 3F9LA 213LA 1D2YA 3DNAA 2Q9EA 1L59A 162LA 1QTDA 3HDFA 219LA 139LA 214LA 4ARMA 259LA 1P6YA 1KW5A 1PQDA 261LA 1CU6A 1LGWA 1ZWNA 195LA 1L57A 1L75A 1C6JA 1L55A 1LLHA 246LA 4GRVA 1G0QA 1DYFA 3NY8A 245LA 4S0WA 4YXCA 197LA 1LYFA 1L98A 4DJHA 131LA 165LA 5LZMA 1CU2A 1JQUA 1CX6A 4GBRB 1L16A 1L69A 1L02A 1JTNA 1L07A 1L80A 1SX7A 2HULA 1L90A 1L15A 1PQOA 3G3VA 1C6QA 3OE8A 1L56A 1L99A 1NHBA 1XJUA 1L62A 1LYJA 1QUDA 3C81A 3G3XA 1OV5A 3L2XA 3GUPA 1C6PA 2LCBA 3SB9A 1L66A 1L96A 1KNIA 3DN6A 215LA 189LA 1P46A 3RZEA 2B6TA 1OYUA 3SBAA 2B70A 1OWYA 177LA 1QTHA 225LA 2OU0X 138LA 4EXMA 4IAPA 2HUKA 217LA 3CDTA 248LA 185LA 160LA 1CU0A 1QS5A 3HH5A 4W58A 3C80A 2NTHA 1JTMA 119LA 1QUOA 1LI3A 1LYDA 1L76A 2RBRA 1L97A 2RBPA 1LW9A 1L67A 228LA 1CX7A 4EPIA 2OEAX 1L45A 140LA 1G06A 6LZMA 1DYGA 176LA 1QS9A 4DAJA 236LA 2B6WA 1CV4A 241LA 3HDEA 3L64A 1L48A 4LDEA 1L50A 107LA 1L29A 2B74A 151LA 1L00A 3HT7A 3HT8A 1L92A 2OTYX 3HTDA 158LA 198LA 1QTCA 1LWGA 184LA 1CV5A 2RAYX 1D3MA 211LA 1EPYA 2NTGA 2B6XA 1L0JA 2RBOA 130LA 4LDOA 1D3JA 251LA 1KW7A 4I7LA 1C60A 1L79A 223LA 166LA 1P3NA 4ARQB 1SX2A 220LA 3SB7A 229LA 1XEPA 1SWYA 1CV0A 1L88A 1L83A 1LPYA 1L05A 242LA 1D9WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
243LA 1L87A 3A96A 255LA 4LZMA 3RW8A 4G4HA 1LZ8A 256LA 1CVKA 3A3QA 1B7NA 2ANXA 2YBLA 1LMNA 5D5FA 260LA 1LZNA 2F2NA 1FLWA 3GXKA 4Z3MA 5LA5A 1QT5A 125LA 1B7RA 3CDOA 2Z6BA 1GF5A 3DN8A 1TAYA 4ET9A 3GULA 5HMJA 2BLYA 3B6LA 182LA 1L03A 1KIRC 1C62A 4IJ4A 5IDDA 1QSQA 1DZBX 4ARQA 3P65A 1LPIA 3DMVA 2Z2EA 1OVKA 2EIZC 1SSYA 1C6IA 1ZVHL 1CKFA 3AZ7A 4DDBA 4RW1A 3OE0A 1W6ZA 1L14A 3AGHA 4Z46A 1F0WA 3AYQA 1JJ0A 4E3UA 4W54A 1QTZA 146LA 3RUNA 4GCEA 3AZ6A 4M4OA 5KXYA 4U3XB 2CDSA 3A92A 2FBDA 1L19A 1OUHA 1OUJA 1NF5A 156LA 1WTHA 4MR1A 1P56A 3QNGA 4NGOA 1LJEA 5FEKA 3N9AA 3GUMA 4TSBA 4W53A 1OVJA 1XJTA 3T6UA 1YAMA 2F32A 3ULRA 3RT5X 3GUKA 3TXHA 5D5CA 5HNCA 5M1YA 3LZ2A 1WQNA 1B7QA 1LGXA 1GFVA 1L70A 109LA 1LKRA 2HEAA 1SWZA 4N1EI 1JSFA 1XSFA 4M6DA 1L58A 1IO5A 1QSBA 1OV7A 1BHZA 1JKBA 4K5YA 1QTEA 1LTMA 4YEMA 1D9UA 3EO5A 180LA 1LSPA 4LT1A 1C6TA 3NYAA 3PDSA 3AGIA 221LA 3DMZA 1L93A 1REZA 3DN0A 2YBMA 4NSHA 1OUBA 3SBBC 3OJPA 1PQKA 1DI3A 3SB8A 3WPJA 1LZGA 142LA 1L71A 1C61A 5APEA 1IR9A 1LZ5A 1QTVA 1G0MA 1INUA 4PRUA 199LA 1L12A 4NHQA 4WO6A 4L41A 2XBRA 4OWBA 1G0GA 1C45A 2YBNA 2B5ZA 2Z37A 1QDRA 1GAZA 238LA 143LA 4LT3A 1KIQC 1L53A 2O4WA 3A93A 4PPOA 1LZEA 4GN4A 2H5ZA 2YVBA 3OE9A 5LIOA 1G07A 1GF7A 4I0CA 1D0MA 1KY0A 4I7KA 5JENB 4TWSA 1QT6A 5L3HA 1G0JA 120LA 3FA0A 148LE 1WQMA 1CJ8A 5IHGA 1IEEA 1BB3A 3GUOA 1JIYA 1TDYA 2Z19A 3GUIA 1WVVA 1N4FA 1B2KA 4G9SA 183LA 1P36A 1PS5A 3A3RX 2MEBA 210LA 1LSMA 1IWYA 1JEFA 133LA 4H92A 1J1PY 226LA 1C6LA 144LA 1IP5A 1QTKA 3WUMA 3HUAA 1UIBA 3P66A 234LA 4WM1A 2ANVA 3LYOA 164LA 3E3DA 2RB2X 4GCDA 2RH1A 1HERA 5ILFA 1P5CA 4XADA 1LSAA 2HECA 1PZYA 4RLMA 3W6DA 1QUGA 4YXAC 1B7LA 4NG8A 4ANRA 244LA 1L35A 1QSWA 4I7QA 231LA 5F9UA 4DWXA 1L17A 1D6PA 1C6MA 1YIKA 153LA 2XJWA 1T8AA 253LA 1L61A 168LA 175LA 181LA 1L27A 3KAMA 4B49A 1L54A 2O7AA 213LA 4HV1A 4YEOA 1OUFA 3HDFA 4O34A 139LA 3A6CY 1P6YA 4ZIXA 4LFXA 1ZWNA 5HQ1A 1IR8A 1C6JA 1G0QA 3NY8A 4OWAA 1B7MA 4DC4A 5E4PA 1L98A 4DJHA 1BB5A 131LA 5APCA 3TXDA 5LZMA 1VATA 2HULA 4NHPA 1PQOA 3G3VA 5LXWA 2A7FA 5KXLA 1LSGA 3L2XA 5C6IA 1IP6A 3SB9A 4ET8A 1KNIA 215LA 1LMOA 2BQGA 1D6QA 1OYUA 1LJNA 3AGGG 3W6FA 2FYCA 138LA 4EXMA 1IOQA 1FLYA 4HJVA 4LYZA 1GBWA 1QS5A 2NTHA 3AZ5A 1A2YC 1G7IC 3TMUA 1GE3A 1LI3A 4ETDA 4HV2A 1LW9A 1JISA 1L67A 4EPIA 1GB3A 3TMWA 2WARA 2F4AA 1DKKA 4NWHA 1LSEA 3LYMA 4XJHA 3D3DA 1CV4A 2NWDX 1L48A 7LYZA 2OTYX 2W1YA 1LWGA 1D3MA 1EPYA 1IC5Y 1XEJA 1FLUA 4LDOA 1LYZA 3GXRA 8LYZA 6LYZA 4DD7A 1RCMA 1SX2A 3M3UA 1XEPA 1L83A 5LVKA 1L05A 4P2EA 1NWGA 1D9WA 4J1AA 1RFPA 4IASA 2I26L 2RBSA 1CKCA 1C6FA 3CDQA 4NIJA 1LZ1A 5DLAA 1DYBA 2ZIJA 3DN2A 3J4GA 1BB4A 1TBYA 5FDJA 2CJLA 4NY5A 4WM6A 3FI5A 1JTOL 4GN3A 1GD6A 1P37A 2MECA 1C6CA 3EXDA 1FN5A 1GFGA 1L64A 3RZ4A 1YILA 3V2WA 5K7OA 4WM3A 1L39A 1GFEA 1F6RA 3WVYA 1KS3A 5F16A 1D3NA 4WG1A 1LMTA 3C83A 4OO9A 3K2RA 1C6NA 4FJRA 4NGZA 1IOSA 3GUNA 1L63A 1BGIA 4N0JA 224LA 1KXWA 2BQOA 1L47A 1YKYX 3QAKA 1L74A 1IWZA 1LYHA 2HU1A 4RLNA 4UWVA 2OE7X 1GXXA 2DQFC 1QT7A 1HEMA 2YBHA 2W1XA 4N5RA 169LA 3SB6A 2LC9A 5KXSA 2EQLA 4GCCA 1CKHA 1LZ6A 1B6IA 4OOTA 194LA 1L43A 3AW6A 1JJ3A 4B4JA 4AGAA 4B4EA 5I54A 4DKLA 5KXPA 3CDRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 243L A;  1L87 A;  3A96 A;  255L A;  4LZM A;  3RW8 A;  4G4H A;  1LZ8 A;  256L A;  1CVK A;  3A3Q A;  1B7N A;  2ANX A;  2YBL A;  1LMN A;  5D5F A;  260L A;  1LZN A;  2F2N A;  1FLW A;  3GXK A;  4Z3M A;  5LA5 A;  1QT5 A;  125L A;  1B7R A;  3CDO A;  2Z6B A;  1GF5 A;  3DN8 A;  1TAY A;  4ET9 A;  3GUL A;  5HMJ A;  2BLY A;  3B6L A;  182L A;  1L03 A;  1KIR C;  1C62 A;  4IJ4 A;  5IDD A;  1QSQ A;  1DZB X;  4ARQ A;  3P65 A;  1LPI A;  3DMV A;  2Z2E A;  1OVK A;  2EIZ C;  1SSY A;  1C6I A;  1ZVH L;  1CKF A;  3AZ7 A;  4DDB A;  4RW1 A;  3OE0 A;  1W6Z A;  1L14 A;  3AGH A;  4Z46 A;  1F0W A;  3AYQ A;  1JJ0 A;  4E3U A;  4W54 A;  1QTZ A;  146L A;  3RUN A;  4GCE A;  3AZ6 A;  4M4O A;  5KXY A;  4U3X B;  2CDS A;  3A92 A;  2FBD A;  1L19 A;  1OUH A;  1OUJ A;  1NF5 A;  156L A;  1WTH A;  4MR1 A;  1P56 A;  3QNG A;  4NGO A;  1LJE A;  5FEK A;  3N9A A;  3GUM A;  4TSB A;  4W53 A;  1OVJ A;  1XJT A;  3T6U A;  1YAM A;  2F32 A;  3ULR A;  3RT5 X;  3GUK A;  3TXH A;  5D5C A;  5HNC A;  5M1Y A;  3LZ2 A;  1WQN A;  1B7Q A;  1LGX A;  1GFV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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