2DQFC

Crystal structure of hyhel-10 fv mutant (y33ay53a) complexed with hen egg lysozyme
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Immune system/hydrolase
molecule keywords lysozyme binding Ig kappa chain V23-J2 region
publication title Structural consequences of mutations in interfacial Tyr residues of a protein antigen-antibody complex. The case of HyHEL-10-HEL
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence F
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-05-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2dqfC00
1LSEA 4N9RA 2VB1A 5LYZA 4NSJA 5KXXA 1IORA 3B0KA 5F81A 4H9EA 5L3IA 1IWVA 1LHIA 1VDPA 2Q0MX 1TEWA 1GB0A 4G4HA 4H92A 1T3PA 1TAYA 1VFBC 1F6SA 3J6KA 4H91A 154LA 1B5XA 2FBDA 4WM2A 1ZMYL 5APDA 4ETDA 2DQAA 1JITA 4L41A 1GB7A 2MEGA 1JTTL 1OUHA 2Z12A 3CT1A 1J1OY 3J4GA 1LZRA 5LA5A 1EL1A 1B7NA 194LA 5DM9A 4NWHA 1YAPA 1UBZA 2DQJY 4I8SA 3EXDA 1DPWA 1HSXA 2MEHA 2YBMA 1LHMA 4DC4A 1HNLA 3P65A 1QUSA 1UICA 4DD9A 1XEJA 1LZAA 2LYOA 3EO5A 3QE8A 4PRUA 4LT1A 4NWEA 2G4QA 1IIZA 132LA 1DPXA 4NHIA 4B4IA 2Z18A 3HBEX 4LT0A 3FE0A 5B06A 5FDJA 1JSFA 4ETEA 1GF5A 3N9AA 9LYZA 3TXEA 1UACY 2ZILA 4OWEA 1GAZA 5HMJA 5I5QA 1GAYA 3AW6A 3RZ4A 4WLYA 3MGWA 4WO9A 1LZ6A 3WU9A 5JENB 1IVMA 1LSYA 2I25L 2RSCA 5LIOA 4GCDA 1GXV2 1B7SA 1CJ9A 1Z55A 5ILFA 1JEFA 2D4IA 5LINA 1IP6A 1W6ZA 4PHIA 2BQHA 3F6ZA 1FBIX 1LJFA 3P66A 4GCFA 1QIOA 2F4AA 2MEEA 1GFGA 3K3TA 1BQLY 5LVKA 1LZEA 4Z41A 1WVUA 1NF5A 4RW2A 4N0JA 1HC0A 208LA 5I4WA 1YL0X 2HEDA 2YSSC 1LZ4A 3P4ZA 2HEAA 5APFA 1OUGA 3E3DA 5KKJA 4MCKA 4EOFA 1JJ1A 4G49A 1HENA 1DI3A 1LJGA 3QNGA 3AZ5A 1IY4A 1JTPL 2MEBA 1LYYA 4H90A 1FLQA 5HLLA 2HEFA 3D3DA 1LJJA 3W6EA 4IATA 3RW8A 1WQRA 1LZNA 3RU5A 1G7IC 1HEMA 3WXUA 4GN4A 4DD7A 5FELA 1KXXA 4LYCA 1RI8B 1HFXA 1LJHA 2W1YA 4GCCA 3TMWA 1LZDA 1LZ5A 3A3RX 1UA6Y 5L9JA 4Z98A 4KXIA 1NKHA 3TXIA 2YBNA 5B1FA 5I4YA 4W96A 2ZQ4A 1LMPA 3W6BA 1UCOA 5KXTA 2BQCA 1C46A 1G7LC 1B7PA 4NEBA 4CHXA 1JISA 1JKAA 1GF3A 1UIAA 1QDTA 1G7MC 5LVHA 4N8ZA 1XGTC 4ZFPA 2BQOA 4B4EA 5HQ1A 1IP5A 1LZ8A 2G4NA 4XN6A 1YROA 1HELA 1LYSA 4CGEA 1GDXA 4P2EA 2D4JA 2DBTA 1IWTA 3ULRA 1FLWA 4IASA 1DKKA 2BLYA 4UWNA 1BB7A 1GB5A 1XGQC 1YAOA 4WM6A 1LZSA 1ZV5L 5LXWA 1YKZX 2YBHA 4RDSA 1CJ7A 1B7RA 4LT3A 1LSNA 4LGKA 3D9AC 2DQEY 7LYZA 1KIPC 2CGIA 3A8ZA 135LA 4DYGA 1C7PA 1T6VL 1BB4A 5KKIA 1KIQC 4LYOA 5HNCA 3TXBA 1EQ5A 2ZNXY 1IP3A 1LHLA 2BQBA 4MSTA 1IWUA 1LJEA 1LSZA 3AZ6A 4NGVA 2YBIA 4N5RA 2DQGY 4E3UA 1D0KA 1HEQA 1UIGA 1GFTA 4HJVA 5M1YA 1IWXA 2C8PA 3WUMA 3ZVQA 2ZYCA 1NHEA 1JKDA 1AZFA 1HF4A 3WPJA 1GFEA 1LZBA 4UWVA 5J7CA 1INUA 1XGUC 1XGRC 1LHJA 1FLYA 3CT5A 3EBAB 3P68A 2DKVA 3A90A 1FN5A 3A95A 4TUNA 4AXTA 4NGKA 4GCEA 3A92A 4H9AA 2BQNA 1LMAA 4FDYA 5FSTA 2YBJA 1QSAA 1N4FA 3TMVA 2HEEA 4KT3A 1JIYA 1IOQA 1IX0A 2BQFA 3SP3A 3CQLA 1JJ3A 4O34A 4NSGA 4GN5C 1LMTA 193LA 2D4KA 1F6RA 1AT6A 1D6PA 1HEPA 4ML7A 4LYTA 1H87A 1YKXX 4IJ4A 1IOTA 3GXRA 4N1CC 1V7TA 5I4XA 1QTKA 1LYOA 2B5ZA 1GPQC 1NBYC 4XJFA 4FJRA 5ILCA 1IOSA 1JWRA 1IEEA 4NHSA 4BS7A 4GCBA 4CFOA 1RE2A 4WM4A 1LZYA 5KJ9A 1UIEA 1LZTA 4WLDA 1QDRA 1HHLA 2BQEA 4OWCA 2DQCY 1EQEA 1GXXA 5KXYA 3AGGG 3WUNA 2CJLA 4TSCA 4KL7A 2MEFA 4ZIXA 1BB6A 1GE4A 4H8ZA 4PPOA 1REZA 4HTQA 1GD6A 5LA8A 134LA 1IP1A 3N9CA 3W6FA 1LZCA 1CKFA 4TSBA 5HMVA 4OWAA 5L3HA 3W3EA 4QEQA 1JPOA 5IDDA 3WMKA 4XADA 4NG1A 4H8XA 5DN5A 2MECA 4HV2A 1WQQA 3WPLA 1LHKA 1GBSA 4B0DA 1GB8A 2EPEA 1VDQA 4DDAA 4NFVA 1RCMA 4YENA 3WYHA 5LVIA 2ZWBA 2BLXA 1GEZA 2BPUA 2BQKA 4NHQA 5E4PA 3AZ7A 4CJ2A 6LYTA 5F14A 5KXKA 4HJZA 2Z2FA 4II8A 4NSIA 1GF4A 1HMKA 3AW7A 1DI5A 5LVGA 4QGZA 4H9CA 4YOPA 1H6MA 1UIHA 1IP4A 1RJCB 1TCYA 2Z2EA 1YQVY 1WTNA 2CWIA 4NY5A 3HBDA 3W6AA 3WUAA 1OUEA 4OOOA 3CB7A 2AUBA 1GFJA 1LMCA 5C6IA 2BQIA 3T36A 1LSCA 1OUDA 1CKCA 4ET8A 1LSDA 5AMYA 1LSAA 4XJHA 4CFPA 1WQNA 1LOZA 5FCPA 4G4CA 3IJUA 1LJIA 1GE0A 3W6DA 4NSHA 3B6LA 1PS5A 1GFAA 1GFVA 5HNLA 2ZQ3A 1J1PY 1GF8A 2IFFY 3A34A 6LYZA 1QSWA 3CSRA 4RLNA 2DQHY 1B5YA 1YIKA 1HFZA 4LFXA 2LZ2A 1UIDA 5KXLA 4TX7A 1REMA 1CKHA 1V7SA 2HU1A 1F0WA 1IP2A 1B0DA 1GE3A 1TBYA 1FKQA 1REXA 3WPKA 4HV1A 4B49A 4HJYA 3AYQA 4ETAA 4H9FA 4HSFA 1WTMA 1IP7A 4UWUA 4DD0A 1GFRA 2N5ZA 2H5ZA 1GF0A 1LSBA 1YAQA 4KPMA 3GXKA 1GHLA 4ET9A 1KIRC 5D5FA 3LHMA 5II3A 5T3FA 2G4PA 1VEDA 2LYZA 4R6CA 4WOAA 1CNSA 1JUGA 1YAMA 4TTDA 3WU8A 4HTNA 1IY3A 4GLAA 4OW1A 1GFHA 4LYBA 4WL7A 4QY9A 1GFKA 4YM8A 1G7HC 2WARA 2Z19A 2BAAA 2F2NA 1LZ1A 1I20A 1LJ4A 1HFYA 1I1ZA 4Z46A 5FEKA 1GE1A 1LSGA 2HEBA 1BVXA 2Z37A 3WU7A 4PRQA 1GBOA 3G3AB 4YEOA 4WG7A 2ZNWY 1JJ0A 2FYCA 3WW5A 4H9HA 3TXHA 4B1AA 1D0LA 1QUTA 4DDBA 2A7FA 4LYZA 1LSPA 1REYA 1FDLY 4C5FA 1UIFA 1B7LA 4N1EI 1OUAA 5IELA 1GBWA 5D5CA 2EKSC 3IJVA 3WVXA 1SQ2L 2LZTA 2YDGA 5KXWA 4DD3A 4M4OA 1MLCE 1XEKA 1HSWA 2F30A 4R0FA 2BQAA 5KXPA 1HERA 1BWHA 1LJ3A 1NWGA 3RT5X 1NMMA 1BGIA 1XGPC 1GF9A 1GBXA 1C08C 1UC0A 4NHTA 4NIJA 5K7OA 5KXMA 4RLMA 1WQOA 4ETCA 1LSMA 1O23A 5KXZA 3LYOA 1KXYA 4NGZA 4LZTA 153LA 4DD2A 1W08A 1OUJA 5IHGA 3AGHA 3FI7A 2F4GA 3LYMA 2BQDA 1LYZA 4YEMA 3W6CA 3ATOA 3B0OA 3HBHA 1GFUA 1OUFA 3QY4A 4J1AA 1G7JC 1NDGC 4TWSA 4WM3A 3HFMY 5B59A 5KXOA 3A6BY 4BAFA 4BAPA 1C10A 1D9UA 2Z38A 2Z39A 1DI4A 3WW6A 4DD1A 4WL6A 4LFPA 1KXWA 3ZEKA 4ZEEA 1HMLA 1B5ZA 2X0AA 1IR9A 3LZTA 5A3EA 4WG1A 1JSEA 5KXNA 1NBZC 4NHPA 4G9SA 1VATA 1YKYX 1EQ4A 5B1GA 4AGAA 3A93A 4WM5A 4XJDA 2NWDX 4DDCA 5LYMA 1C45A 4OOTA 1B7QA 4NGLA 1IR8A 2D91A 2I6ZA 2W1XA 1BB3A 1BWIA 1LKRA 3LYZA 1UUZC 1CJ8A 1GB9A 2FYDA 1TDYA 2YVBA 4G4BA 4U3XB 2HTXA 5F9UA 1GF6A 5I53A 1HEWA 4WO6A 3A94A 3WXTA 4NGOA 4NGIA 2C8OA 3A91A 1LZGA 1GB3A 3LYTA 4HPEA 1BHZA 3A6CY 1DQJC 3LZ2A 1OP9B 3A96A 5DLAA 4C3WA 1WQPA 3TXJA 1LPIA 1OUIA 1B9OA 1P2CC 3RNXA 5APCA 3OJPA 1E8LA 4LT2A 3WH1A 1IC4Y 3CSQA 2YBLA 3BKVA 5APEA 5KXSA 1JKCA 5LAGA 3CT0A 1UIBA 2H9JA 2EQLA 4H94A 1AM7A 1OUBA 3A67Y 1AKIA 1B5VA 5LYTA 2XBRA 3B0IA 4NGJA 1VAUA 3P64A 4NGWA 1IWZA 2BQJA 4HTKA 4WLTA 3TMXA 3WVYA 4Z3MA 207LA 4XJBA 5LVJA 1I56A 1B7MA 1QTEA 5DL9A 3WULA 1IC7Y 1XFPL 2DQIY 4J1BA 1YILA 2MEAA 1VDSA 2HU3A 2MEIA 2HUBA 4XYYA 5C6JA 1BWJA 1LJKA 3ZVQB 1PZYA 1J1XY 1BB5A 1LMNA 4GLVA 5F9XA 4WLXA 3EMSA 2Y8PA 1LMOA 4EMNA 5DN4A 4ANRA 1JKBA 1CKGA 2BQGA 5KY1A 2GV0A 1WVVA 4I0CA 1FLUA 5EBHA 1D0MA 1XEIA 2MEDA 4H9BA 5FHWA 4J7VA 1IO5A 3AB6A 4ETBA 3IWRA 1LSFA 4WMGA 4J0LA 4OWHA 2CDSA 1LAAA 4OWBA 4GN3A 4HP0A 2I26L 2W1MA 2D6BA 1LJNA 1MELL 3CSZA 4RW1A 5B07A 3N9EA 2IHLA 1C43A 4HPIA 4X3BA 4H93A 1SLYA 1GB6A 1DXJA 1GB2A 1RFPA 1IC5Y 1ALCA 2ZIKA 5B05A 1LHHA 2FBBA 3M3UA 1B7OA 2DQDY 2ZIJA 5KXRA 4PJ2C 1F10A 4DWXA 3M18B 3LN2A 3ATNA 8LYZA 1GEVA 3T6UA 5E9RA 1HEOA 5I54A 1B5WA 2XTHA 2BQLA 1OUCA 2DQFC 2ZYPA 4XJIA 4B4JA 4DT3A 3TMUA 1DKJA 1NQIA 1VDTA 2LHMA 4W94A 4H9IA 4NGYA 4QDNA 2H9KA 1JTOL 4A7DA 1BVKC 4WM1A 4BADA 2XJWA 2BQMA 1ZVHL 1IWYA 1NDMC 4H1PA 1GDWA 3AGIA 1LTMA 133LA 1CKDA 4NG8A 2EIZC 5C6LA 1B5UA 1GE2A 3TXFA 1D6QA 1OQMA 4D9ZA 1YANA 5LAFA 3AJNA 1GBYA 2W1LA 1IR7A 3KAMA 1GBZA 4XENA 1LKSA 5F16A 1LZ9A 1B2KA 1IOCA 1DZBX 1GF7A 1LCNA 1CJ6A 1A2YC 2LYMA 2XBSA 3G3BB 1A4VA 1XSFA 4MR1A 4M6DA 1QQYA 4XJGA 2PC2A 1LMQA 1YL1X 2HECA 1FKVA 3A3QA 4LYMA 1JHLA 1GWDA 3WL2A 4PGJB 1WQMA 3AZ4A 3TXDA 3VWOA 5A3ZA 2A7DA 4H8YA 1ZVYB 3BKHA 3TXKA 3B72A 1IWWA 3OK0A 4YF2A 1AT5A 3TXGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
234LA 2VB1A 5KXXA 1LHIA 3DNAA 1TAYA 168LA 4H91A 154LA 2FBDA 2DQAA 1JITA 1L82A 1JTTL 2Z12A 1YAPA 1UBZA 4I8SA 1EPYA 4W54A 220LA 1HNLA 2LYOA 3QE8A 4PRUA 3DN3A 2Z18A 3HBEX 4LT0A 5FDJA 1L69A 1GAYA 3AW6A 1ZYTA 1L21A 1LZ6A 1IVMA 4GCDA 225LA 3SB8A 1QT7A 1Z55A 1L53A 5ILFA 4LDOA 152LA 1IP6A 1FBIX 1LJFA 2F4AA 4Z41A 1L98A 1KW5A 4N0JA 1HC0A 144LA 5KKJA 185LA 1JJ1A 2MEBA 1LYYA 4H90A 1LJJA 138LA 239LA 3RW8A 1LZNA 3RU5A 1G7IC 1KXXA 1RI8B 1LYHA 1LZDA 2RBSA 247LA 4KXIA 1OYUA 3W6BA 1G7LC 4NEBA 172LA 1GF3A 1QDTA 1OV5A 1G7MC 3GUIA 1XGTC 2BQOA 5HQ1A 1IP5A 4XN6A 1HELA 1D2WA 2DBTA 3ULRA 1DKKA 1LI3A 1LSNA 3DN1A 4OO9A 135LA 3C8RA 1C7PA 1G0LA 1KIQC 4LYOA 1IP3A 149LA 4MSTA 200LA 4N5RA 2DQGY 4E3UA 1UIGA 5M1YA 166LA 1L55A 3GULA 1HF4A 1GFEA 184LA 4TUNA 4AXTA 1L74A 1L19A 4FDYA 1L33A 2HEEA 1JIYA 1IOQA 2BQFA 1JJ3A 1L95A 231LA 3HDFA 1AT6A 160LA 1L07A 1L57A 1IOTA 1G0MA 169LA 1CV0A 1NBYC 4XJFA 1WTHA 1L05A 256LA 4BS7A 2Q9EA 4WM4A 5KJ9A 4DQ7A 1HHLA 1CU5A 4TSCA 4W58A 4H8ZA 4PPOA 1CKFA 2B6TA 5HMVA 2LC9A 110LA 1CU2A 1JPOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LSE A;  4N9R A;  2VB1 A;  5LYZ A;  4NSJ A;  5KXX A;  1IOR A;  3B0K A;  5F81 A;  4H9E A;  5L3I A;  1IWV A;  1LHI A;  1VDP A;  2Q0M X;  1TEW A;  1GB0 A;  4G4H A;  4H92 A;  1T3P A;  1TAY A;  1VFB C;  1F6S A;  3J6K A;  4H91 A;  154L A;  1B5X A;  2FBD A;  4WM2 A;  1ZMY L;  5APD A;  4ETD A;  2DQA A;  1JIT A;  4L41 A;  1GB7 A;  2MEG A;  1JTT L;  1OUH A;  2Z12 A;  3CT1 A;  1J1O Y;  3J4G A;  1LZR A;  5LA5 A;  1EL1 A;  1B7N A;  194L A;  5DM9 A;  4NWH A;  1YAP A;  1UBZ A;  2DQJ Y;  4I8S A;  3EXD A;  1DPW A;  1HSX A;  2MEH A;  2YBM A;  1LHM A;  4DC4 A;  1HNL A;  3P65 A;  1QUS A;  1UIC A;  4DD9 A;  1XEJ A;  1LZA A;  2LYO A;  3EO5 A;  3QE8 A;  4PRU A;  4LT1 A;  4NWE A;  2G4Q A;  1IIZ A;  132L A;  1DPX A;  4NHI A;  4B4I A;  2Z18 A;  3HBE X;  4LT0 A;  3FE0 A;  5B06 A;  5FDJ A;  1JSF A;  4ETE A;  1GF5 A;  3N9A A;  9LYZ A;  3TXE A;  1UAC Y;  2ZIL A;  4OWE A;  1GAZ A;  5HMJ A;  5I5Q A;  1GAY A;  3AW6 A;  3RZ4 A;  4WLY A;  3MGW A;  4WO9 A;  1LZ6 A;  3WU9 A;  5JEN B;  1IVM A;  1LSY A;  2I25 L;  2RSC A;  5LIO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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