1GE1A

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at left-handed helical positions
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFAINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
publication title Role of non-glycine residues in left-handed helical conformation for the conformational stability of human lysozyme
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 53
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ge1A00
3M3UA 2HEEA 5KXXA 3T36A 1HMKA 4Z3MA 1EQ5A 3B0IA 4W96A 1OUJA 1IY3A 3A90A 3CQLA 1B0DA 1LHMA 3A92A 1GBSA 2D6BA 3A94A 4B4IA 2Y8PA 1GF6A 5LAGA 4YEOA 3AW7A 1B7QA 1HNLA 4KL7A 4J7VA 1OUEA 5KXSA 4QEQA 1WTMA 1XGQC 1B7OA 4GCFA 4HSFA 2D4JA 1RCMA 4H9HA 1NWGA 1AM7A 1B5VA 1LKSA 5IHGA 1H6MA 3TMUA 3AGGG 1XFPL 133LA 2XBSA 4ETAA 1YIKA 3WXTA 1B7MA 1LCNA 1BQLY 6LYTA 1IR9A 1B7LA 1IOSA 4UWUA 1WQOA 4DDAA 2W1LA 1IWXA 2ZNWY 4AGAA 1GF0A 2FYDA 1OUFA 2ZWBA 1N4FA 3TXEA 5KXZA 1GAYA 1GBXA 4G9SA 1DPWA 1YAQA 4M4OA 2I6ZA 1D9UA 3FI7A 4OWCA 1QQYA 2DBTA 1FDLY 4H1PA 5IELA 8LYZA 3AYQA 2YVBA 3CSQA 3LYMA 1GF8A 3A93A 1LSCA 1LYOA 2Z12A 4CFOA 2ZYPA 4I8SA 1LSBA 4G4BA 4KT3A 2W1XA 1IP7A 4HTQA 2CGIA 1LZRA 2BQFA 3EO5A 4XYYA 4HJZA 1IWYA 4N0JA 3TXJA 4WL6A 1NHEA 4GN5C 2ZIKA 2FBDA 5APCA 4XJHA 4BAPA 5L9JA 4J1BA 1JJ0A 1LJ4A 4RW2A 4WG7A 1J1OY 5C6IA 1IWVA 4UWNA 4PPOA 2IFFY 2BQDA 2C8PA 1LZCA 2HU1A 3AGIA 2MEHA 5LVIA 4LZTA 1GE4A 4B49A 4ETEA 3LYTA 5APDA 4OWHA 3WULA 4CFPA 5KXMA 1BVXA 1RE2A 4OOOA 4TSBA 2YBHA 5KY1A 3WPKA 1LZDA 1PS5A 1B5UA 1PZYA 4H91A 1OQMA 1QUSA 1TEWA 1QTKA 1H87A 1GDXA 2AUBA 1REYA 2Z18A 1B7SA 1VFBC 5B1FA 5LYTA 4B4EA 1AT6A 1HFYA 153LA 2MEGA 3QNGA 3B6LA 1D6PA 3HBDA 1IWUA 1HEPA 1IR8A 1VDQA 4Z98A 5KXOA 4HTNA 3WUNA 1DI5A 4LT3A 1YAPA 1CJ8A 2BQGA 1JTTL 4OWAA 4FDYA 1GDWA 4TTDA 4HV2A 1T3PA 2BLXA 1JSFA 2G4QA 4II8A 5F81A 5J7CA 4NHSA 3AJNA 4DC4A 4H9BA 1IC5Y 1HEMA 3P68A 1XGPC 1XSFA 1ZVYB 3HBEX 1HSXA 1DPXA 194LA 4B4JA 1G7LC 1AKIA 4WLYA 1GE2A 4B0DA 5KJ9A 1RFPA 1LSZA 1BGIA 1QDRA 1GF4A 2MEIA 9LYZA 1CKFA 2DQEY 3TXKA 1LJIA 5B59A 1LSNA 1DKKA 1AT5A 1UA6Y 1UUZC 1EQ4A 3WU7A 208LA 1GFTA 1VEDA 3P66A 4G4HA 4NHPA 5DN5A 1WQNA 1GAZA 1LMTA 1T6VL 2BPUA 1LZTA 5C6JA 2Z2EA 2D91A 3W6EA 1LJJA 4LYMA 1O23A 1F6SA 1LMQA 1XEIA 5E4PA 4H8ZA 2MEFA 2MECA 4XJFA 3WU8A 3IJVA 5F9XA 1LMOA 1LJ3A 1LHKA 1OP9B 2BQOA 4LYCA 4NSJA 4MCKA 1EL1A 2HTXA 2G4PA 7LYZA 3N9EA 1LYYA 1GF5A 5FSTA 4DDBA 1GB7A 1IVMA 1LMCA 3AB6A 1LZAA 4HV1A 1LSMA 3LYZA 1JIYA 1GE1A 1JUGA 3A67Y 1ALCA 4IJ4A 4OW1A 3WUAA 4A7DA 5FEKA 1INUA 1DQJC 2LYOA 4H8YA 5A3ZA 1LZYA 3P4ZA 1B5WA 3TMXA 2I25L 4ZIXA 1BB6A 2HU3A 1UACY 2D4KA 1LZ8A 1LZ4A 4G4CA 3D3DA 4NSIA 4NGKA 5FELA 3W6FA 1LPIA 4NGLA 4RDSA 1IEEA 5HLLA 5F14A 4XENA 2CDSA 5KKJA 2F4GA 1NMMA 2C8OA 1YAMA 4YEMA 4LT2A 2LHMA 1WQPA 1YKZX 1CKDA 2NWDX 3W6AA 1LZSA 4CGEA 1OUAA 4NFVA 2HUBA 2BQAA 4TX7A 1LZ1A 3TXDA 5LVHA 1CJ7A 3RT5X 1VATA 4UWVA 4WM5A 4B1AA 1UIAA 1YKYX 2YBIA 1I1ZA 3F6ZA 1DKJA 4P2EA 3OK0A 3CSZA 1JKBA 6LYZA 1FLYA 4QY9A 1JEFA 1RJCB 3WXUA 4QDNA 3FE0A 3WMKA 3ULRA 1HEQA 1UICA 4RLNA 3CB7A 4LT1A 1LYSA 4ZEEA 4N8ZA 1LZNA 1NKHA 1CJ6A 1IP1A 1GB6A 1GF9A 3TXFA 4WOAA 1B5ZA 2H9KA 1OUCA 1JITA 1B2KA 1NBYC 1GBOA 1GE0A 2N5ZA 3GXRA 1XEKA 4KXIA 1LSFA 4ETBA 1G7MC 1EQEA 1WVVA 5L3IA 4GCBA 154LA 3RW8A 5E9RA 4HP0A 5KXPA 5KXTA 1HFXA 3EBAB 1HFZA 3TXIA 1GBWA 1JHLA 5B06A 3GXKA 4NIJA 2BQHA 4OWBA 4WLTA 2MEEA 2GV0A 3CT0A 1QIOA 1FLWA 2DQFC 1C43A 4TWSA 1F0WA 1VDTA 3WPLA 4LT0A 4TUNA 1D0KA 1GFGA 1GF7A 1ZMYL 3WVXA 5LXWA 1D0LA 1KXWA 1LZ9A 1GBYA 1LSAA 2YBJA 3W6BA 3M18B 4R0FA 3WL2A 1A2YC 1YKXX 3BKVA 4NGVA 3W6DA 1JISA 4NY5A 1YAOA 3TMVA 1FKQA 1BWJA 1WQMA 4H93A 3AZ6A 3LN2A 4HTKA 1BWHA 4WLDA 2I26L 1LSDA 3P64A 1GFUA 3J6KA 1GB9A 3AZ7A 2IHLA 2EQLA 4H90A 2YBLA 4H92A 1UIEA 1IWTA 1HENA 4OOTA 5LVKA 1QSWA 4CJ2A 2H9JA 1HC0A 2HEAA 1CNSA 1LJGA 4PRQA 1CKGA 1LMAA 2A7FA 2LYMA 5HMVA 4GCCA 1FBIX 1JKCA 1GEVA 1YL1X 4HPEA 1LSGA 1MELL 1DI3A 1JTOL 1P2CC 4NGIA 4NGOA 4NHTA 4RLMA 1GF3A 4C5FA 1NF5A 2DKVA 1REZA 3KAMA 4NHIA 2MEBA 1GFEA 1V7SA 1GE3A 2BQBA 2RSCA 4IASA 5FHWA 5II3A 1HHLA 5AMYA 5LAFA 4ETCA 1I20A 2MEAA 4YM8A 4ANRA 3OJPA 5LIOA 5B07A 2DQJY 1B7NA 2BQEA 4LFXA 2CJLA 2H5ZA 5FDJA 2Q0MX 5IDDA 5ILFA 2BLYA 4H94A 2HEFA 3IJUA 1LAAA 2HEDA 4LYTA 207LA 5LYZA 1LHJA 4MR1A 1TDYA 1LJKA 1LJEA 1UIDA 2DQGY 2FYCA 1LZGA 5D5FA 1UIBA 4WM2A 1C10A 1WQRA 2BQKA 5DN4A 1WTNA 4N1CC 3ZVQB 1FLUA 1B9OA 4PGJB 2LZ2A 5LVJA 3TXGA 1QSAA 1LZ5A 2W1YA 1C46A 1IWZA 5KKIA 2BQJA 2YDGA 4OWEA 4PHIA 4XADA 4GLVA 3WH1A 3B0KA 3B72A 1LSYA 5I4YA 2BQCA 1LYZA 2F2NA 5HNLA 5I53A 1GB2A 1GFVA 1REXA 2Z38A 3A34A 4J0LA 4ETDA 4XJGA 4YENA 5HNCA 2ZQ3A 3N9AA 2EKSC 4IATA 2HECA 2LYZA 1GFJA 5LA5A 1OUIA 2X0AA 1IWWA 4H9EA 1B7RA 5B05A 1IO5A 3AGHA 3CT5A 4Z46A 1LOZA 4HJYA 5I4XA 1IR7A 5HMJA 1LJNA 4H8XA 4YF2A 4GN3A 1D0MA 3E3DA 5A3EA 1LZ6A 1IIZA 1GFRA 1GWDA 1TCYA 1YL0X 3QE8A 4DD0A 5B1GA 5M1YA 3WU9A 2D4IA 1FN5A 3A95A 1FKVA 1GFHA 3G3BB 4H9AA 5DLAA 3WW5A 4ET8A 5T3FA 5I4WA 3TMWA 1GB8A 1GXV2 4XJIA 2YBNA 1CKHA 5APEA 1VAUA 3RU5A 3LHMA 2CWIA 3TXBA 1QTEA 3MGWA 1FLQA 4R6CA 4ML7A 1LTMA 3A91A 1UIHA 3G3AB 1NBZC 1BB7A 5KXNA 5LVGA 4WO6A 1YILA 4I0CA 2PC2A 4NG1A 1KXXA 3SP3A 1KXYA 4WMGA 1G7HC 4U3XB 3ZEKA 4MSTA 1LSEA 1SQ2L 1IP2A 2XJWA 4WM6A 5LYMA 2DQAA 1I56A 4LYOA 4D9ZA 3WVYA 3T6UA 1OUHA 4DD9A 3A6CY 1VDSA 3TXHA 4DYGA 5JENB 3D9AC 2ZILA 4WL7A 2XTHA 2XBRA 1JSEA 4BS7A 3WYHA 1CJ9A 2BQIA 4N1EI 5KXKA 135LA 1A4VA 3RZ4A 2F4AA 1LZEA 1IC4Y 1ZV5L 5ILCA 1JTPL 2BQLA 4YOPA 3A3QA 1GPQC 4NGWA 1BWIA 1HEOA 1NDGC 5K7OA 1IP3A 1XGUC 4RW1A 4ZFPA 1KIRC 1IC7Y 1HERA 4DDCA 2EIZC 2Z19A 1JKDA 1IY4A 1IP6A 1XEJA 5L3HA 1IOCA 1J1PY 1DZBX 3LYOA 4DD1A 1AZFA 4Z41A 4WM4A 3HBHA 4BAFA 1B7PA 1LMPA 4J1AA 5I54A 4WM3A 5D5CA 4O34A 1D6QA 1LHHA 1KIQC 1GB3A 2BAAA 1LJFA 1WQQA 2BQMA 2Z2FA 4LGKA 5KXYA 2EPEA 5KXLA 1JJ1A 1J1XY 1REMA 3W3EA 4DWXA 1GEZA 1GFAA 4XJDA 1HEWA 4WLXA 2BQNA 1GB5A 1ZVHL 4GCEA 5HQ1A 4H9IA 2Z39A 1LKRA 1UCOA 3EMSA 1CKCA 4NWHA 5I5QA 3ATNA 4L41A 2B5ZA 1LJHA 1LZBA 3K3TA 4LYBA 5KXRA 1F6RA 1LMNA 1W6ZA 2DQDY 2YBMA 4HPIA 4N9RA 1QDTA 1IOTA 1DI4A 1HF4A 1JJ3A 1GXXA 4WG1A 3WUMA 4FJRA 1YQVY 2FBBA 3A6BY 1C7PA 1TAYA 4HJVA 4NEBA 4NG8A 4WO9A 3AZ4A 5APFA 3J4GA 1HMLA 1B5YA 1JPOA 1IP4A 1UIFA 4TSCA 2HEBA 1NDMC 5FCPA 1QUTA 3CT1A 5F16A 4DT3A 3BKHA 1GBZA 1YANA 3LZTA 3RNXA 4NHQA 2LZTA 2A7DA 2ZNXY 3A8ZA 3ATOA 3AW6A 4EOFA 2DQIY 4N5RA 1G7IC 1E8LA 4E3UA 5EBHA 3VWOA 1GD6A 4XN6A 1BVKC 1UC0A 1LHIA 1B5XA 1G7JC 4NSHA 1WVUA 2YSSC 1W08A 1YROA 2MEDA 2ZQ4A 1LHLA 4GLAA 4CHXA 4LYZA 1BB4A 4NGJA 5DL9A 1SLYA 3A3RX 3WPJA 4H9CA 2DQHY 2DQCY 1LSPA 2WARA 1IOQA 4LFPA 1XGRC 1BHZA 1UBZA 1VDPA 2ZYCA 4EMNA 4DD7A 4DD3A 4C3WA 1F10A 1JWRA 4PRUA 1OUGA 1TBYA 3IWRA 1IORA 3HFMY 132LA 2W1MA 1KIPC 1Z55A 5LA8A 4H9FA 3LZ2A 2VB1A 5KXWA 1BB5A 3ZVQA 1MLCE 1C08C 4QGZA 1HSWA 1DXJA 1XGTC 1NQIA 1V7TA 4GN4A 4W94A 4G49A 4DD2A 3AZ5A 1JKAA 4ET9A 2Z37A 3N9CA 3P65A 4NSGA 1C45A 3QY4A 4M6DA 1GFKA 5LINA 1OUDA 1BB3A 4PJ2C 4AXTA 4BADA 4XJBA 2ZIJA 5F9UA 4WM1A 3A96A 1HELA 1OUBA 1RI8B 134LA 5C6LA 2F30A 3EXDA 4NGYA 1IX0A 3W6CA 1GB0A 1UIGA 4NGZA 4NWEA 3B0OA 3CSRA 5DM9A 4GCDA 3WW6A 2G4NA 1GHLA 1IP5A 4KPMA 4X3BA 193LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3B0IA 4W96A 197LA 251LA 1LHMA 1GBSA 1QUGA 1DYEA 1L96A 1XGQC 167LA 2D4JA 4H9HA 1NWGA 1LKSA 3AGGG 3HH6A 222LA 6LYTA 1IR9A 4UWUA 4ARJA 1L95A 1OV5A 2W1LA 2ZNWY 4AGAA 1LYDA 1P7SA 3TXEA 1GBXA 2I6ZA 4OWCA 2DBTA 1C6PA 5IELA 3PDSA 3AYQA 2YVBA 3CSQA 1L13A 3A93A 3C7WA 4CFOA 1CU6A 1LSBA 129LA 3EO5A 2B70A 4HJZA 146LA 1NHEA 2A4TA 4GN5C 2ZIKA 4BAPA 4WG7A 5C6IA 3AGIA 3C81A 3LYTA 5APDA 4CFPA 1LI2A 2YBHA 166LA 3WPKA 1LZDA 4DQJA 1TEWA 1QTKA 1H87A 2AUBA 2Z18A 1B7SA 1VFBC 5LYTA 2F2QA 153LA 1PQDA 3HBDA 1HEPA 1VDQA 1DI5A 138LA 1G0GA 3G3VA 1JTTL 1ZURA 4FDYA 1L72A 4HV2A 4II8A 5J7CA 4DC4A 4DQ5A 1IC5Y 3P68A 1L60A 261LA 4LDOA 247LA 3HT7A 2MEIA 1GF4A 1CKFA 1UUZC 1GFTA 1GAZA 1T6VL 2Z2EA 2D91A 1XEIA 4XJFA 1LMOA 1LHKA 3VW7A 1L91A 4MCKA 4NSJA 3G3XA 7LYZA 142LA 4W56A 1C61A 2Z6BA 5FEKA 206LA 1LZYA 1UACY 3C8RA 1LZ4A 4G4CA 1P5CA 4RDSA 1IEEA 5KKJA 1NMMA 1YKZX 2B72A 2HUBA 1L26A 4TX7A 3RT5X 1VATA 1D2YA 1G1WA 1L18A 3GUJA 217LA 1RJCB 3FE0A 1P3NA 3DKEX 4RLNA 3CB7A 1LYSA 1CJ6A 176LA 3GXRA 1OUCA 2N5ZA 1JITA 1GBOA 1B2KA 1NBYC 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3M3U A;  2HEE A;  5KXX A;  3T36 A;  1HMK A;  4Z3M A;  1EQ5 A;  3B0I A;  4W96 A;  1OUJ A;  1IY3 A;  3A90 A;  3CQL A;  1B0D A;  1LHM A;  3A92 A;  1GBS A;  2D6B A;  3A94 A;  4B4I A;  2Y8P A;  1GF6 A;  5LAG A;  4YEO A;  3AW7 A;  1B7Q A;  1HNL A;  4KL7 A;  4J7V A;  1OUE A;  5KXS A;  4QEQ A;  1WTM A;  1XGQ C;  1B7O A;  4GCF A;  4HSF A;  2D4J A;  1RCM A;  4H9H A;  1NWG A;  1AM7 A;  1B5V A;  1LKS A;  5IHG A;  1H6M A;  3TMU A;  3AGG G;  1XFP L;  133L A;  2XBS A;  4ETA A;  1YIK A;  3WXT A;  1B7M A;  1LCN A;  1BQL Y;  6LYT A;  1IR9 A;  1B7L A;  1IOS A;  4UWU A;  1WQO A;  4DDA A;  2W1L A;  1IWX A;  2ZNW Y;  4AGA A;  1GF0 A;  2FYD A;  1OUF A;  2ZWB A;  1N4F A;  3TXE A;  5KXZ A;  1GAY A;  1GBX A;  4G9S A;  1DPW A;  1YAQ A;  4M4O A;  2I6Z A;  1D9U A;  3FI7 A;  4OWC A;  1QQY A;  2DBT A;  1FDL Y;  4H1P A;  5IEL A;  8LYZ A;  3AYQ A;  2YVB A;  3CSQ A;  3LYM A;  1GF8 A;  3A93 A;  1LSC A;  1LYO A;  2Z12 A;  4CFO A;  2ZYP A;  4I8S A;  1LSB A;  4G4B A;  4KT3 A;  2W1X A;  1IP7 A;  4HTQ A;  2CGI A;  1LZR A;  2BQF A; 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 1IP4 A;  1UIF A;  4TSC A;  2HEB A;  1NDM C;  5FCP A;  1QUT A;  3CT1 A;  5F16 A;  4DT3 A;  3BKH A;  1GBZ A;  1YAN A;  3LZT A;  3RNX A;  4NHQ A;  2LZT A;  2A7D A;  2ZNX Y;  3A8Z A;  3ATO A;  3AW6 A;  4EOF A;  2DQI Y;  4N5R A;  1G7I C;  1E8L A;  4E3U A;  5EBH A;  3VWO A;  1GD6 A;  4XN6 A;  1BVK C;  1UC0 A;  1LHI A;  1B5X A;  1G7J C;  4NSH A;  1WVU A;  2YSS C;  1W08 A;  1YRO A;  2MED A;  2ZQ4 A;  1LHL A;  4GLA A;  4CHX A;  4LYZ A;  1BB4 A;  4NGJ A;  5DL9 A;  1SLY A;  3A3R X;  3WPJ A;  4H9C A;  2DQH Y;  2DQC Y;  1LSP A;  2WAR A;  1IOQ A;  4LFP A;  1XGR C;  1BHZ A;  1UBZ A;  1VDP A;  2ZYC A;  4EMN A;  4DD7 A;  4DD3 A;  4C3W A;  1F10 A;  1JWR A;  4PRU A;  1OUG A;  1TBY A;  3IWR A;  1IOR A;  3HFM Y;  132L A;  2W1M A;  1KIP C;  1Z55 A;  5LA8 A;  4H9F A;  3LZ2 A;  2VB1 A;  5KXW A;  1BB5 A;  3ZVQ A;  1MLC E;  1C08 C;  4QGZ A;  1HSW A;  1DXJ A;  1XGT C;  1NQI A;  1V7T A;  4GN4 A;  4W94 A;  4G49 A;  4DD2 A;  3AZ5 A;  1JKA A;  4ET9 A;  2Z37 A;  3N9C A;  3P65 A;  4NSG A;  1C45 A;  3QY4 A;  4M6D A;  1GFK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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