1AM7A

Lysozyme from bacteriophage lambda
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
MVEINNQRKAFLDMLASEGTDNGRQKTRNHGYDVIVGGELFTDYSDHPRKLVTLNPKLKSTGAGRYQLLSRDAYRKQLGLKDFSPKSQDAVALQQIKERGALPMIDRGDIRQAIDRCSNIASLPGAGYGQFEHKADSLIAKFKEAGGTVR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Glycosidase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Crystal structure of the lysozyme from bacteriophage lambda and its relationship with V and C-type lysozymes.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage lambda
total genus 54
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 4.2.2.n2: Peptidoglycan lytic endotransglycosylase.
pdb deposition date 1997-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1am7A00
4LT3A 4WM1A 3A94A 3A91A 1UIHA 4WLXA 3W6CA 4LYMA 6LYTA 1LZTA 4HV2A 4A7DA 3KAMA 5LYMA 1HEOA 1IIZA 1LJJA 2BQHA 5KXXA 1EQ4A 4RW1A 2BQNA 1LZCA 1YANA 2BQGA 4H8ZA 3WW5A 5K7OA 2YBNA 1H6MA 1G7JC 1JSFA 3B72A 4UWVA 4KPMA 1LMCA 1YKZX 8LYZA 1XGTC 2BQJA 1HNLA 1D0MA 1LJIA 132LA 1KIRC 4N5RA 1F6RA 1LJNA 2Z18A 3B0KA 4N1CC 5KJ9A 3WU7A 2B5ZA 2N5ZA 1OUCA 3A34A 2AUBA 4KT3A 1TEWA 2MECA 1NBZC 4IATA 1UC0A 2F4AA 3LZTA 1XGUC 4NGLA 1LCNA 2BQCA 5JENB 1BWIA 1FLWA 1FN5A 5LVGA 4OWHA 1KXWA 3A8ZA 5HQ1A 2BQDA 5KXSA 1LKSA 1VEDA 1E8LA 2BQEA 3WXTA 1LSCA 1SQ2L 1IP3A 1LMAA 3B0OA 3AZ6A 3AYQA 3ZEKA 1BWJA 1LJ3A 1IC7Y 4DDBA 5C6IA 2G4NA 2DKVA 2D91A 2MEEA 2EQLA 2BQOA 4R0FA 4GCDA 4GCEA 4TSBA 2CJLA 2LYMA 3SP3A 4OWBA 1YILA 1NF5A 1CKGA 3WPKA 5J7CA 1WQQA 1AKIA 1JJ3A 2DQJY 4OOOA 3TMWA 2HEDA 2YBJA 1CKCA 4WLYA 135LA 1WVUA 1VAUA 1LYYA 2EIZC 2W1YA 4NWEA 3TXGA 3IJUA 1JEFA 2XBRA 4LYTA 5KKJA 3TXBA 3A3QA 4MCKA 2H5ZA 2ZQ4A 1YL0X 1LZ8A 4LFPA 1REMA 1ALCA 4H92A 4N0JA 4LT1A 3B6LA 1I20A 1IWWA 1LSMA 2MEBA 1QIOA 1MELL 2DQFC 1D6QA 1JKDA 1N4FA 4ZIXA 4C3WA 2MEIA 2MEHA 4PGJB 4B4JA 3RW8A 3IJVA 4ZEEA 1LZRA 2IFFY 1UA6Y 207LA 1OUDA 1NWGA 1XGQC 4NSJA 1DI5A 3CT0A 5FELA 1YAOA 4II8A 2DQHY 1GBYA 3AB6A 4BAPA 1D9UA 1QTKA 3WPJA 4X3BA 2DQAA 4RDSA 1FKVA 1GFRA 1WQRA 3W6DA 3E3DA 1VFBC 2EPEA 3W6EA 3CT1A 1QTEA 4LT2A 4DD1A 3P64A 4XJGA 5D5CA 1IWTA 4NHIA 5DN4A 2ZILA 3ATOA 5IDDA 4NHQA 9LYZA 5ILFA 1IVMA 4UWNA 1GF9A 4FJRA 2BQLA 4H9IA 1GXXA 4HTQA 1KXXA 153LA 1LZEA 4N1EI 4M6DA 5C6JA 3LZ2A 1GB6A 1F10A 1B5VA 4W94A 4ETBA 5LVJA 1D0LA 1B7LA 1YKYX 2G4QA 4GN5C 1GBZA 1LZ6A 4NHPA 4OWAA 4WG7A 3W3EA 4NGIA 5C6LA 3F6ZA 3AJNA 4LYBA 3AGIA 3W6AA 4WM4A 2CGIA 5KXZA 4NWHA 5E9RA 1LSDA 1BGIA 4WOAA 1RJCB 1JKCA 4ETDA 2FYDA 4H9BA 4HP0A 2X0AA 4ETCA 1B0DA 1C46A 1D0KA 1B5YA 2MEGA 4ETEA 4DD3A 3TXHA 1VDTA 4H9EA 2G4PA 1GFUA 3EMSA 4XENA 5LAFA 1LSZA 4G4HA 1IOTA 3M3UA 1G7IC 5L3HA 1DZBX 4IASA 1LHJA 3RT5X 1F6SA 3AZ5A 5F14A 1LZGA 4D9ZA 2YVBA 5FHWA 4C5FA 4UWUA 5I54A 5LYTA 4XJHA 3RU5A 1BB3A 3P4ZA 1GB2A 1G7MC 2RSCA 5LVIA 3WULA 5APDA 3WUAA 2D4IA 3ULRA 1UACY 2Z37A 1HEWA 2I25L 2BQMA 1UCOA 2MEAA 2ZYCA 5FDJA 4H90A 1KIPC 4KL7A 3QNGA 2F4GA 3BKVA 3CQLA 1IR8A 2LZTA 4XADA 1G7HC 7LYZA 1DPWA 1OQMA 5LVKA 1LYSA 1HENA 1UICA 1XEJA 2ZIJA 2ZNWY 1YQVY 1XEKA 2XBSA 5B07A 1FLUA 1YIKA 1GXV2 5KKIA 1GE0A 1GDXA 1PZYA 1RCMA 1CKDA 1LSAA 4CFPA 4NG8A 2HTXA 1VATA 4NGYA 4CHXA 2FBBA 4ETAA 1NKHA 5APEA 2D4JA 4HPIA 3AGGG 1HSXA 1GBSA 1BVKC 1WVVA 1UBZA 1IWYA 1HF4A 1LSBA 4HSFA 1JKBA 1C43A 4WO9A 1VDSA 4XJBA 1GFHA 4YM8A 2Z2EA 1AT5A 3N9CA 1DI4A 1FLYA 4QDNA 4BAFA 3A90A 1QDTA 1UIAA 4G9SA 3LHMA 2Z2FA 1GB3A 4LYZA 4HJZA 4NHTA 5HLLA 5KXKA 2HECA 134LA 2XTHA 5LXWA 1LYZA 4W96A 1JJ1A 4HTNA 1HEQA 1LJEA 4ML7A 2YSSC 4PRQA 5KXYA 1T6VL 1CKHA 2HEAA 3M18B 5KXLA 1OUIA 1SLYA 3LYZA 4GLVA 3WW6A 1RI8B 1BB6A 1QSWA 3QY4A 4J0LA 3MGWA 4NFVA 4PJ2C 1RE2A 4B4EA 3AZ4A 5L9JA 5FSTA 4CJ2A 5KY1A 1O23A 2C8PA 1NHEA 4RW2A 3P65A 4RLMA 2BLYA 4H1PA 5APCA 1GBWA 3CT5A 4OWCA 1C45A 4GN4A 1GEZA 1A4VA 133LA 2H9JA 3A3RX 5E4PA 5B1FA 3AW7A 1JTOL 1LHLA 3LYTA 3TXIA 3AZ7A 1GF6A 4NGKA 1RFPA 4QEQA 4CGEA 4GCFA 5L3IA 2BLXA 1LMTA 2CDSA 1B5UA 2DQDY 1IOCA 4L41A 5I5QA 1NBYC 1QQYA 5KXMA 4YENA 1B5XA 1DI3A 4NY5A 2XJWA 1HFZA 2BAAA 4TUNA 5LAGA 1GF8A 3T36A 1GFEA 4Z46A 2DQCY 2Q0MX 1OUEA 5EBHA 5LYZA 2C8OA 1LYOA 1LZSA 1UIDA 1LSFA 1W08A 4NGVA 1GAYA 1IR9A 4Z98A 3A6CY 4G4BA 1LJKA 1CJ7A 5KXNA 2W1XA 1B5WA 1UIBA 4GCCA 1IP2A 1IO5A 4OW1A 4DD7A 4H93A 4TWSA 1G7LC 2VB1A 2ZWBA 3CSQA 1LMQA 208LA 4G49A 3W6FA 3WUNA 4DC4A 1NQIA 4NG1A 2LHMA 1OUHA 1B7PA 2WARA 4M4OA 1J1PY 2NWDX 3G3BB 193LA 1I1ZA 1OUAA 5HNLA 3N9AA 2ZYPA 3WU8A 5I4WA 5DN5A 1FLQA 2DQGY 1Z55A 3WU9A 1V7TA 4QY9A 2A7FA 1LAAA 3N9EA 1XSFA 2PC2A 1GB5A 1LMPA 3CSZA 1JSEA 4O34A 1LSGA 3D3DA 6LYZA 2Z12A 1WQPA 1GD6A 1ZV5L 2DBTA 2FBDA 1JHLA 1IX0A 4AXTA 1TAYA 1QUTA 1GFJA 5F16A 4WL6A 1WTNA 1REYA 4NGOA 1J1OY 1MLCE 1LTMA 5A3EA 1PS5A 3WVYA 1GF7A 5II3A 1A2YC 1ZVHL 1CJ9A 4XJIA 1KIQC 4WLDA 1HMKA 1EL1A 2DQEY 3WVXA 1GE4A 3CSRA 3FI7A 5IELA 2HU3A 2A7DA 3EBAB 2I6ZA 4J1AA 4DWXA 4HJYA 4B49A 2W1LA 4YOPA 4J1BA 1IY4A 4NHSA 1GPQC 1LZ5A 4HPEA 5FEKA 1BQLY 1IWXA 4WM5A 2LYOA 1GFVA 1TCYA 1W6ZA 3A95A 1GE2A 1GE3A 5B06A 1IWZA 1IC4Y 4MSTA 1XGPC 4P2EA 4Z41A 4G4CA 1LPIA 3WUMA 5APFA 2DQIY 4BADA 5B1GA 4H8XA 1FDLY 5ILCA 5M1YA 1GFTA 3TXFA 2HUBA 1LKRA 4IJ4A 4NGJA 5KXRA 1V7SA 3ATNA 3HBHA 4I0CA 1JUGA 3K3TA 4H94A 2YBMA 1GF4A 1LJFA 4HTKA 3WXUA 1WTMA 2F2NA 1HERA 1HEPA 1GFAA 4H9HA 5HMJA 1BHZA 2W1MA 4NSIA 1C08C 3HBEX 4QGZA 1YAMA 1B7RA 4ET8A 1JJ0A 1XGRC 2H9KA 3OJPA 3EO5A 4YEMA 5B05A 3HFMY 4LGKA 3W6BA 1GDWA 4ZFPA 3TMXA 3J6KA 1B9OA 4YF2A 2HEFA 1YAPA 1LHHA 4NGWA 4PRUA 4DYGA 1FKQA 1YAQA 1GHLA 1KXYA 2BQAA 4WM3A 5HMVA 1GB0A 5DL9A 1LJ4A 1C10A 1LZDA 1INUA 1GB9A 1LMOA 4XJFA 4DD2A 1OUBA 2I26L 3BKHA 2HU1A 4Z3MA 1IWUA 1LHIA 2ZQ3A 2Z19A 3J4GA 4B4IA 4EMNA 2BQBA 1IOSA 1LZ9A 3P66A 4J7VA 4WM6A 1JPOA 1DKKA 3RNXA 1GBXA 4NIJA 1ZVYB 1IWVA 1JITA 2BQKA 1XFPL 4HV1A 4MR1A 1UIEA 1IC5Y 4NSGA 4WMGA 4YEOA 4B1AA 5I4YA 5IHGA 3A67Y 5I4XA 3D9AC 3LYMA 1JTTL 4BS7A 2EKSC 5D5FA 4WO6A 5LA8A 1EQ5A 1QSAA 1LOZA 1OP9B 2D4KA 1B7SA 3WH1A 1QDRA 5FCPA 1B7QA 1DQJC 3AW6A 3CB7A 1IP4A 1DPXA 3OK0A 4R6CA 1IORA 1JTPL 1BVXA 1J1XY 1GE1A 1DKJA 1VDQA 1WQOA 1YL1X 3FE0A 5AMYA 3TMUA 3VWOA 1D6PA 1HSWA 2Z38A 5I53A 1LSYA 3HBDA 1CJ6A 1WQMA 1OUGA 5DM9A 5KXPA 1I56A 1GF0A 3TXEA 3TXKA 1QUSA 3G3AB 4XJDA 4AGAA 1NDMC 1YROA 4E3UA 2Y8PA 1HMLA 1LSNA 4H8YA 1BB4A 2YBHA 1HFYA 1ZMYL 2D6BA 4U3XB 2HEEA 1GBOA 1IY3A 1GF5A 2BQIA 4I8SA 5KXTA 3TMVA 4LT0A 5B59A 5KXWA 1GFGA 1IEEA 1LZBA 2GV0A 1GB7A 3ZVQA 1XEIA 1NMMA 5T3FA 4NGZA 5LA5A 1GAZA 1JKAA 2ZNXY 4OOTA 1HEMA 4EOFA 1EQEA 4H9AA 1HHLA 5LIOA 3AGHA 194LA 2BPUA 4RLNA 1GEVA 1B5ZA 1LZ4A 1GFKA 1OUFA 5LINA 1LHMA 1VDPA 4H9CA 4WM2A 3TXDA 1CJ8A 1WQNA 4H91A 4XN6A 2FYCA 1LZ1A 1HELA 1NDGC 3GXKA 1JIYA 4DDAA 4GCBA 3RZ4A 2IHLA 4HJVA 1IP5A 3TXJA 4DD0A 1B2KA 3IWRA 4LYOA 1BWHA 2YBIA 4LFXA 1C7PA 1JWRA 1CNSA 5LVHA 5DLAA 4GN3A 4NSHA 4LZTA 4WLTA 4CFOA 1CKFA 1FBIX 1REXA 4DT3A 4ET9A 1HFXA 1LMNA 1LZAA 1REZA 5F9UA 3ZVQB 3LN2A 1IR7A 1OUJA 4WG1A 4GLAA 1YKXX 1UUZC 2ZIKA 1IP7A 1B7MA 1UIFA 3A92A 3GXRA 4ANRA 1LHKA 2LZ2A 2CWIA 3B0IA 1LZNA 1H87A 154LA 2LYZA 4KXIA 4WL7A 1F0WA 4DDCA 1B7OA 3P68A 4H9FA 2F30A 1LJHA 4TSCA 1B7NA 1IP6A 4N8ZA 4XYYA 3A96A 1JISA 2Z39A 2HEBA 4PHIA 5F9XA 3WMKA 2YDGA 2YBLA 4N9RA 4PPOA 1GWDA 3WL2A 1IP1A 1AT6A 2MEDA 1BB5A 1GF3A 1HC0A 1TDYA 1AZFA 1GB8A 3A93A 3EXDA 3LYOA 3WPLA 1LSPA 1AM7A 5F81A 1DXJA 4LYCA 4TX7A 5HNCA 3A6BY 2BQFA 4OWEA 4B0DA 3T6UA 1T3PA 5A3ZA 1LJGA 1TBYA 2MEFA 3QE8A 3WYHA 4FDYA 1LZYA 4TTDA 5KXOA 1BB7A 4NEBA 4DD9A 1IOQA 1P2CC 1LSEA 1UIGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1XJUA 4LYMA 229LA 5KXXA 1IIZA 4DJHA 3WW5A 2B73A 1JSFA 3B72A 1L57A 5I14A 1D0MA 1L65A 1LJIA 3B0KA 3WU7A 2B5ZA 2N5ZA 1OUCA 2AUBA 1PQDA 2MECA 1NBZC 2F4AA 5JENB 1BWIA 1L54A 1L47A 4OWHA 178LA 2BQDA 1VEDA 2BQEA 1L32A 1QT5A 205LA 3WXTA 1G0KA 2OU9A 119LA 2L78A 3AYQA 1C66A 1IC7Y 2G4NA 2D91A 4GCDA 4GCEA 4TSBA 3SP3A 4OWBA 1NF5A 1AKIA 1JJ3A 2DQJY 3TMWA 1WVUA 3SBAA 1LYYA 1LSMA 1QIOA 1MELL 1D6QA 4IAPA 4ZIXA 1CX6A 4C3WA 2MEIA 3DKEX 218LA 1LYFA 1UA6Y 120LA 1OUDA 1NWGA 1XGQC 1L88A 1OYUA 3CT0A 2DQHY 1GBYA 3CT1A 4DD1A 1LWKA 5D5CA 1CV6A 4NHQA 5ILFA 2B6WA 4UWNA 4FJRA 2BQLA 1GXXA 166LA 1C61A 4HTQA 1LZEA 3LZ2A 1B5VA 3DN2A 4W94A 4OWAA 4WG7A 3RZEA 5KXZA 3HTFA 2X0AA 1B5YA 1D0KA 2MEGA 1VDTA 3EMSA 4XENA 5LAFA 1LSZA 3M3UA 1F6SA 5F14A 2Q9EA 4D9ZA 4C5FA 5LYTA 4XJHA 3DN4A 1L28A 3P4ZA 3WUAA 1UCOA 4KL7A 3CQLA 129LA 1IR8A 4AQNA 1OQMA 1LYSA 1HENA 2ZNWY 4I7QA 1FLUA 131LA 1GXV2 1YIKA 1CKDA 4CFPA 3FI5A 2FBBA 1LLHA 1CV5A 183LA 1L52A 253LA 4XJBA 1C43A 1GFHA 1AT5A 1DI4A 1G06A 1LYHA 3LHMA 4HJZA 4W51A 4DKLA 3GUNA 1T6VL 3M18B 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4LT3 A;  4WM1 A;  3A94 A;  3A91 A;  1UIH A;  4WLX A;  3W6C A;  4LYM A;  6LYT A;  1LZT A;  4HV2 A;  4A7D A;  3KAM A;  5LYM A;  1HEO A;  1IIZ A;  1LJJ A;  2BQH A;  5KXX A;  1EQ4 A;  4RW1 A;  2BQN A;  1LZC A;  1YAN A;  2BQG A;  4H8Z A;  3WW5 A;  5K7O A;  2YBN A;  1H6M A;  1G7J C;  1JSF A;  3B72 A;  4UWV A;  4KPM A;  1LMC A;  1YKZ X;  8LYZ A;  1XGT C;  2BQJ A;  1HNL A;  1D0M A;  1LJI A;  132L A;  1KIR C;  4N5R A;  1F6R A;  1LJN A;  2Z18 A;  3B0K A;  4N1C C;  5KJ9 A;  3WU7 A;  2B5Z A;  2N5Z A;  1OUC A;  3A34 A;  2AUB A;  4KT3 A;  1TEW A;  2MEC A;  1NBZ C;  4IAT A;  1UC0 A;  2F4A A;  3LZT A;  1XGU C;  4NGL A;  1LCN A;  2BQC A;  5JEN B;  1BWI A;  1FLW A;  1FN5 A;  5LVG A;  4OWH A;  1KXW A;  3A8Z A;  5HQ1 A;  2BQD A;  5KXS A;  1LKS A;  1VED A;  1E8L A;  2BQE A;  3WXT A;  1LSC A;  1SQ2 L;  1IP3 A;  1LMA A;  3B0O A;  3AZ6 A;  3AYQ A;  3ZEK A;  1BWJ A;  1LJ3 A;  1IC7 Y;  4DDB A;  5C6I A;  2G4N A;  2DKV A;  2D91 A;  2MEE A;  2EQL A;  2BQO A;  4R0F A;  4GCD A;  4GCE A;  4TSB A;  2CJL A;  2LYM A;  3SP3 A; 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 1GEV A;  1B5Z A;  1LZ4 A;  1GFK A;  1OUF A;  5LIN A;  1LHM A;  1VDP A;  4H9C A;  4WM2 A;  3TXD A;  1CJ8 A;  1WQN A;  4H91 A;  4XN6 A;  2FYC A;  1LZ1 A;  1HEL A;  1NDG C;  3GXK A;  1JIY A;  4DDA A;  4GCB A;  3RZ4 A;  2IHL A;  4HJV A;  1IP5 A;  3TXJ A;  4DD0 A;  1B2K A;  3IWR A;  4LYO A;  1BWH A;  2YBI A;  4LFX A;  1C7P A;  1JWR A;  1CNS A;  5LVH A;  5DLA A;  4GN3 A;  4NSH A;  4LZT A;  4WLT A;  4CFO A;  1CKF A;  1FBI X;  1REX A;  4DT3 A;  4ET9 A;  1HFX A;  1LMN A;  1LZA A;  1REZ A;  5F9U A;  3ZVQ B;  3LN2 A;  1IR7 A;  1OUJ A;  4WG1 A;  4GLA A;  1YKX X;  1UUZ C;  2ZIK A;  1IP7 A;  1B7M A;  1UIF A;  3A92 A;  3GXR A;  4ANR A;  1LHK A;  2LZ2 A;  2CWI A;  3B0I A;  1LZN A;  1H87 A;  154L A;  2LYZ A;  4KXI A;  4WL7 A;  1F0W A;  4DDC A;  1B7O A;  3P68 A;  4H9F A;  2F30 A;  1LJH A;  4TSC A;  1B7N A;  1IP6 A;  4N8Z A;  4XYY A;  3A96 A;  1JIS A;  2Z39 A;  2HEB A;  4PHI A;  5F9X A;  3WMK A;  2YDG A;  2YBL A;  4N9R A;  4PPO A;  1GWD A;  3WL2 A;  1IP1 A;  1AT6 A;  2MED A;  1BB5 A;  1GF3 A;  1HC0 A;  1TDY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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