1P2RA

T4 lysozyme core repacking mutant i78v/ta
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGVLRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Repacking the Core of T4 lysozyme by automated design
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-04-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1p2rA00
3L64A 188LA 2OTYX 4I7JA 3SB8A 1G1WA 148LE 1L32A 111LA 1P7SA 144LA 174LA 1T8FA 4LDOA 1SSYA 122LA 1L85A 3FADA 246LA 1L96A 4ARJA 210LA 1QT7A 2RB1X 1P2RA 1D3NA 2B7XA 1C6CA 3DN1A 3DMXA 149LA 2ANVA 2RAYX 2Q9DA 1L90A 3HDEA 3HUKA 3JR6A 3RUNA 161LA 151LA 1DYBA 3PBLA 1P6YA 1L0KA 3DMVA 1LWKA 1CU6A 2B70A 1C69A 3C82A 3HTBA 3LZMA 196LA 4EKPA 5I14A 3OE8A 1CUPA 123LA 1L98A 1G0QA 3G3XA 1L06A 3GUOA 2RB0X 1L53A 3C8RA 1G0PA 4EJ4A 1CV3A 1D2WA 1C6FA 4I7MA 114LA 3HU9A 249LA 227LA 1L34A 1L47A 1LLHA 1OWZA 1QT5A 3DN6A 4LZMA 5LZMA 1QTZA 2F47A 3EMLA 1JTMA 3SBAA 3FA0A 4GRVA 1G06A 152LA 3CDQA 1P36A 4EKQA 1C6TA 200LA 232LA 1L38A 2QARC 162LA 1L91A 107LA 254LA 2NTHA 218LA 1P46A 1CX6A 1QT6A 4EPFA 1L0JA 138LA 209LA 2Z6BA 1D3MA 146LA 1JTNA 206LA 213LA 1G0JA 3OE6A 4IAPA 2RBOA 1OVJA 1LYHA 1PQMA 1C6MA 3UONA 1C6IA 1L02A 2O7AA 1L11A 215LA 2LCBA 1G0MA 2B74A 1QSBA 115LA 1QT8A 1L09A 1L69A 169LA 3GUIA 3HH5A 2HUMA 4EKSA 221LA 2OU0X 4W57A 255LA 190LA 1L97A 195LA 3SN6R 1L76A 4I7RA 3HT9A 3C7ZA 1DYDA 1G1VA 1KY1A 2B6XA 2IGCA 1D3JA 3CDRA 1L07A 250LA 3HUQA 201LA 244LA 4W54A 2CUUA 1ZWNA 1P56A 1L18A 3L2XA 1L75A 3DN2A 186LA 3HTFA 1L67A 4I7LA 4OO9A 3QAKA 129LA 3GUNA 142LA 1LYEA 2B73A 104LA 4I7NA 1B6IA 243LA 205LA 112LA 1G0GA 2OE9X 6LZMA 1C6QA 2RBQA 1I6SA 4LDEA 1L00A 4ARQA 1C68A 3DN8A 1L04A 256LA 1L14A 176LA 260LA 1L59A 128LA 225LA 1C6PA 1P2LA 3C80A 3DN0A 189LA 191LA 157LA 1G0KA 1KW7A 1LGXA 3C7WA 3SB6A 4W51A 1KNIA 1OV7A 1L19A 1L21A 4EKRA 2Q9EA 1XJUA 4EPIA 150LA 1QSQA 7LZMA 165LA 3G3WA 1L24A 2OEAX 239LA 1L40A 1L70A 3DKEX 1L58A 1L86A 1L64A 3DN3A 3HT6A 4GBRB 164LA 1L25A 2RBSA 1QS5A 183LA 4I7TA 1L41A 3HDFA 2B6ZA 1LI3A 125LA 2RBNA 1LI2A 1P64A 1L63A 3NYAA 4W58A 197LA 222LA 1L57A 3C7YA 143LA 1L62A 1QTBA 1C64A 2HUKA 3HTGA 1L27A 262LA 1DYFA 1C65A 1C63A 1L77A 118LA 1K28A 1XEPA 1PQIA 1TLAA 113LA 180LA 257LA 1LYJA 3F8VA 1JQUA 1L17A 4ARQB 1DYGA 4K5YA 1KW5A 237LA 1L95A 177LA 3PDSA 2A4TA 238LA 1L23A 172LA 4YXAC 159LA 220LA 3HWLA 3DNAA 1DYEA 1T6HA 1LYIA 228LA 1L22A 1L94A 248LA 223LA 1L16A 1LYFA 4I7OA 1LGWA 3SB5A 4YXCA 1KS3A 1NHBA 1L88A 1CV0A 185LA 259LA 3OE0A 4PJZA 4ARMA 1L13A 1L48A 1QUOA 175LA 1QUHA 1L49A 1L42A 3HUAA 1L45A 1L81A 1L89A 3CDOA 131LA 1QTCA 1C6HA 1CV1A 1L72A 251LA 187LA 3RZEA 160LA 1L54A 2F32A 184LA 4I7SA 4LDLA 1SWYA 3G3VA 3GUMA 3HT7A 110LA 1L71A 3DN4A 181LA 1OWYA 120LA 1L46A 2B6WA 1T8AA 1L56A 1PQJA 170LA 1L92A 1L29A 241LA 1C67A 2OE4X 1EPYA 214LA 1OV5A 240LA 1QS9A 130LA 219LA 1P3NA 1QTDA 139LA 1C6BA 1KY0A 1SSWA 3DMZA 126LA 1L01A 1L83A 1L82A 2B6YA 1WTHA 182LA 4EXMA 211LA 1CTWA 4DAJA 2B75A 1G0LA 1CX7A 140LA 2B72A 247LA 2RBRA 233LA 3D4SA 4I7PA 4E97A 1C6LA 3C81A 234LA 2LZMA 2O4WA 1L10A 2OU8A 4DJHA 2LC9A 3NY9A 1L60A 4ARMB 231LA 3GULA 3NY8A 2OE7X 1L03A 253LA 155LA 1C62A 1CVKA 1SX7A 1L20A 4W59A 1L05A 1LI6A 1QUDA 1CUQA 1L15A 2RB2X 1QT4A 1L31A 1T8GA 1C6KA 1CU3A 137LA 224LA 1L93A 1L36A 1LWGA 2B6TA 3F9LA 167LA 1D2YA 147LA 1L66A 2OTZX 1L37A 4PK0A 1L26A 4AQNA 4DKLA 3SB9A 242LA 2ANXA 1CU5A 1L08A 3HH3A 4S0WA 109LA 1T97A 2RAZX 4ZPUA 4ARLA 1L65A 1XJTA 1C6EA 1QTVA 1ZYTA 1C6NA 1PQKA 217LA 1C6JA 1L51A 1C6DA 3CDVA 1OVHA 1L39A 192LA 212LA 1SX2A 1G07A 2HULA 4W55A 1C6AA 3K2RA 108LA 4YX7C 3C83A 1L55A 2QB0B 1CU2A 3HU8A 230LA 3HTDA 4W52A 102LA 1L74A 2NTGA 258LA 2L78A 3HT8A 171LA 1L43A 1L84A 245LA 168LA 1L33A 1L79A 2OU9A 2RBPA 4I7KA 1PQDA 1LYDA 1P37A 229LA 2O79A 3SBBC 261LA 1QT3A 1ZURA 1LW9A 127LA 145LA 1C61A 1L61A 1P5CA 226LA 1SWZA 3OE9A 119LA 1CV6A 178LA 3VW7A 163LA 1L30A 1L28A 3GUKA 4W53A 1OYUA 1L52A 1L44A 158LA 1C6GA 1L35A 1L68A 3ODUA 1L50A 173LA 1LYGA 1L87A 1L12A 1C60A 1PQOA 1CV5A 199LA 1DYAA 198LA 1QTHA 235LA 1LGUA 1D9WA 3V2WA 252LA 3CDTA 3V2YA 1L99A 3C8QA 4W56A 1L73A 156LA 3SB7A 236LA 3FI5A 3GUPA 1DYCA 1CU0A 166LA 1D3FA 1LPYA 216LA 1C66A 1OVKA 4ARPA 2F2QA 3HH4A 3GUJA 2RH1A 3HH6A 103LA 4I7QA 1L80A 1QUGA 1CV4A 141LA 3C8SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
188LA 1GBXA 3WU9A 1HFYA 3SB8A 5FEKA 111LA 4NWHA 3LZ2A 174LA 4GN5C 1T8FA 1GFEA 4GN3A 4B4JA 3D3DA 1HEMA 1V7SA 1QT7A 3ZVQA 4UWUA 2ANVA 2BQLA 2RAYX 3HDEA 4DWXA 1EQ5A 1XEKA 1LJ4A 4G4CA 1P6YA 4QEQA 4E3UA 1GF7A 2B70A 3LZMA 4DDAA 1CUPA 1GFAA 5B1FA 4WG1A 1E8LA 5E9RA 1G0QA 1YIKA 4J7VA 4OOOA 2RB0X 1CV3A 1D2WA 1C6FA 4I7MA 4NWEA 1IOQA 1LSEA 114LA 1KXYA 1JIYA 1OWZA 1JHLA 3SP3A 1GB0A 1QTZA 3EMLA 3SBAA 3EBAB 1L38A 1IORA 162LA 1L91A 254LA 5LYZA 3WU8A 3CSZA 1QT6A 4EPFA 3ZVQB 1JTNA 146LA 1G0JA 3OE6A 1XGPC 1C6MA 1D6QA 2G4NA 1L11A 215LA 1G0MA 1QSBA 1GHLA 1L09A 3GUIA 4LFPA 4W57A 1LSNA 5FHWA 190LA 3SN6R 1RFPA 4I7RA 2HEAA 2EPEA 3HT9A 1IR9A 4ETEA 1KIQC 4ZEEA 8LYZA 1KY1A 1DI5A 2IGCA 1D3JA 4HTQA 250LA 244LA 2W1XA 1J1OY 1CJ8A 1P56A 1HSXA 1GE1A 1WQNA 3DN2A 1L67A 1C08C 1YKXX 129LA 4G4HA 1B6IA 1LZRA 243LA 2IHLA 205LA 112LA 1VEDA 1G0GA 2OE9X 3TMUA 4ARQA 2ZYCA 1HFXA 2ZYPA 1L14A 4UWVA 128LA 3C80A 2DQFC 3DN0A 3A3QA 2DQHY 1B0DA 1RI8B 1LGXA 3C7WA 3SB6A 1KNIA 1L19A 4HPEA 4EKRA 4ANRA 3W6AA 5J7CA 7LZMA 4XJDA 1VATA 3G3WA 3WUMA 1IP4A 239LA 4PPOA 3D9AC 1NQIA 4NSIA 4WLDA 3DN3A 4DQ7A 1LJJA 1EL1A 1QS5A 1DPWA 4H9CA 1IWZA 3HDFA 1B7LA 2EIZC 4NGKA 1LI2A 5II3A 197LA 3TXDA 1H6MA 3J4GA 1B7OA 1DPXA 1WQMA 2HUKA 3HTGA 1DYFA 1C65A 4O34A 3W6DA 180LA 1LYJA 1WQRA 1HENA 3LYZA 3B0OA 1L17A 4ARQB 1HF4A 237LA 5KXNA 4LGKA 4XN6A 238LA 1VFBC 172LA 220LA 4PRUA 1OUIA 1WQQA 1VDQA 1AZFA 228LA 1NMMA 1L22A 1GBWA 3B0KA 1LYFA 4YXCA 1KS3A 1IY4A 4H1PA 4NG1A 1GB9A 5I4YA 5APDA 2YSSC 2BLYA 4HJYA 3AZ6A 2I26L 1CV1A 1B7MA 4H93A 1KXXA 1IIZA 1DZBX 3TMXA 160LA 2X0AA 4NEBA 1FDLY 3GUMA 154LA 1OWYA 4IJ4A 120LA 1IP3A 5DN5A 1OUBA 1PQJA 1LMQA 2OE4X 3P65A 1OV5A 5KXWA 240LA 1SQ2L 219LA 1B9OA 1QTDA 1KY0A 3DMZA 1YILA 126LA 1RCMA 1GF6A 1L82A 3W6FA 1BGIA 5F9XA 1G0LA 1B7SA 2B72A 247LA 4I7PA 1BWHA 2B5ZA 2OU8A 4OWEA 3NY9A 1L60A 3GULA 1L03A 4W59A 1L15A 2RB2X 1L31A 1T8GA 3W3EA 4RLMA 2MEIA 224LA 1TCYA 1LWGA 5F14A 1LJHA 1D2YA 1AM7A 1LMCA 4BS7A 147LA 4BAFA 4TSBA 4W94A 4OWBA 1IC5Y 2ANXA 2ZILA 1WTMA 2BQDA 1IWWA 4ARLA 1XJTA 1GFVA 1QTVA 1ZYTA 4NSGA 5B05A 1PQKA 217LA 1OVHA 1D6PA 2YBNA 3WW6A 212LA 1I56A 1SX2A 4NFVA 4PRQA 108LA 3C83A 4H9EA 5DLAA 2QB0B 5C6JA 230LA 4CFPA 1LSCA 2L78A 2BQHA 1L43A 1L84A 1B5VA 1L33A 4WM6A 2RBPA 1P37A 229LA 4TTDA 1I1ZA 1LW9A 1L61A 1XFPL 3OE9A 4KL7A 1GWDA 4H8XA 4II8A 119LA 3WULA 2Z19A 1HC0A 1IP1A 5IHGA 4H8YA 2HEFA 3G3AB 1QSWA 1L68A 1L50A 1NKHA 1AT5A 4WL7A 4B1AA 1JUGA 2EKSC 4DQJA 3P4ZA 1ALCA 1QTHA 1D9WA 4YOPA 1W08A 1B5YA 3WW5A 1YAQA 4W56A 1QIOA 1TBYA 1OUEA 4P2EA 4WMGA 1D3FA 216LA 5FDJA 5JENB 4WM3A 4DQ5A 4ARPA 3GUJA 2MECA 1CV4A 1GXXA 3C8SA 2Z12A 5KY1A 2OTYX 2F4AA 2XJWA 148LE 4WLXA 3WPKA 1IWUA 3AGHA 4W96A 1BWJA 4LDOA 4N9RA 4I8SA 1L85A 1L96A 4GCCA 2DKVA 210LA 2RB1X 4ARJA 1LZ9A 4HJVA 1IR8A 1XEJA 2B7XA 4N1CC 3M18B 2IFFY 1L90A 3JR6A 2BPUA 3AB6A 1YKYX 1JTOL 151LA 1IOTA 1YAPA 3DMVA 5ILCA 3C82A 4EKPA 4OWHA 3OE8A 1JJ1A 5LAGA 3G3XA 1GDXA 3GUOA 1NDGC 1L53A 3GXKA 4H8ZA 3KAMA 4LYBA 3TMVA 4EJ4A 1YAOA 3HU9A 2ZIKA 4RLNA 227LA 4B0DA 3DN6A 1LZSA 5IELA 4XJHA 2DQAA 4HJZA 1B2KA 1LJNA 4GRVA 2BQKA 1G06A 5LIOA 1C6TA 200LA 232LA 2QARC 3RZ4A 218LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 188L A;  1GBX A;  3WU9 A;  1HFY A;  3SB8 A;  5FEK A;  111L A;  4NWH A;  3LZ2 A;  174L A;  4GN5 C;  1T8F A;  1GFE A;  4GN3 A;  4B4J A;  3D3D A;  1HEM A;  1V7S A;  1QT7 A;  3ZVQ A;  4UWU A;  2ANV A;  2BQL A;  2RAY X;  3HDE A;  4DWX A;  1EQ5 A;  1XEK A;  1LJ4 A;  4G4C A;  1P6Y A;  4QEQ A;  4E3U A;  1GF7 A;  2B70 A;  3LZM A;  4DDA A;  1CUP A;  1GFA A;  5B1F A;  4WG1 A;  1E8L A;  5E9R A;  1G0Q A;  1YIK A;  4J7V A;  4OOO A;  2RB0 X;  1CV3 A;  1D2W A;  1C6F A;  4I7M A;  4NWE A;  1IOQ A;  1LSE A;  114L A;  1KXY A;  1JIY A;  1OWZ A;  1JHL A;  3SP3 A;  1GB0 A;  1QTZ A;  3EML A;  3SBA A;  3EBA B;  1L38 A;  1IOR A;  162L A;  1L91 A;  254L A;  5LYZ A;  3WU8 A;  3CSZ A;  1QT6 A;  4EPF A;  3ZVQ B;  1JTN A;  146L A;  1G0J A;  3OE6 A;  1XGP C;  1C6M A;  1D6Q A;  2G4N A;  1L11 A;  215L A;  1G0M A;  1QSB A;  1GHL A;  1L09 A;  3GUI A;  4LFP A;  4W57 A;  1LSN A;  5FHW A;  190L A;  3SN6 R;  1RFP A;  4I7R A;  2HEA A;  2EPE A;  3HT9 A;  1IR9 A;  4ETE A;  1KIQ C;  4ZEE A;  8LYZ A;  1KY1 A;  1DI5 A;  2IGC A;  1D3J A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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