1L42A

Cumulative site-directed charge-change replacements in bacteriophage t4 lysozyme suggest that long-range electrostatic interactions contribute little to protein stability
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLEIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Cumulative site-directed charge-change replacements in bacteriophage T4 lysozyme suggest that long-range electrostatic interactions contribute little to protein stability.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l42A00
3K2RA 118LA 3HU8A 4K5YA 3HTDA 157LA 4I7SA 260LA 195LA 1L53A 191LA 1L83A 2F47A 127LA 1L98A 1L51A 2HUKA 2OTYX 2RAYX 1JTNA 1DYBA 3FADA 3HTBA 1P2RA 1CV6A 1QTDA 3C81A 3C7ZA 241LA 3V2YA 1C6LA 2B6YA 1DYGA 206LA 1L16A 1L86A 1P7SA 1OV5A 1T8FA 141LA 180LA 1C61A 1D2YA 3DN2A 1PQOA 4I7QA 189LA 1DYEA 1QUHA 1KW7A 231LA 1OYUA 1L0JA 1T8GA 1L27A 1L84A 2O7AA 170LA 129LA 1L39A 2B75A 1C6CA 1L23A 3F8VA 1PQKA 1L35A 1PQMA 243LA 128LA 1G06A 4PJZA 1G0QA 1DYFA 1CU2A 1L22A 3C8SA 226LA 3SN6R 213LA 1L11A 1L33A 108LA 3G3WA 1CU5A 1L72A 247LA 1C6KA 1C6FA 1QSQA 1C6AA 220LA 3GUJA 1CVKA 4EKPA 1L12A 1G07A 123LA 1L02A 7LZMA 4ARPA 3SB5A 3SB6A 1P37A 1C6HA 4PK0A 4W53A 200LA 3PDSA 1L95A 1JTMA 219LA 4E97A 3DMVA 3DN3A 1L57A 232LA 3ODUA 149LA 234LA 1L69A 216LA 3DNAA 1KW5A 2OE9X 217LA 2CUUA 2RAZX 1L17A 168LA 1C6NA 1LI2A 1L70A 1T8AA 1L88A 1L99A 1QTBA 2LCBA 1L73A 224LA 1SWYA 3HH3A 2B74A 2B6ZA 1B6IA 110LA 1LYEA 147LA 1QUOA 1L42A 182LA 2B6WA 1SSWA 1P56A 3CDTA 229LA 1OVKA 211LA 3OE0A 1L48A 1L44A 178LA 155LA 1QTHA 1CV4A 4EKSA 233LA 159LA 1C62A 237LA 201LA 3G3XA 4I7RA 1D9WA 1OWYA 4I7PA 1L68A 6LZMA 3C83A 1L26A 138LA 3CDOA 2RB2X 2Q9DA 1L76A 4I7OA 4S0WA 248LA 3DN4A 4W51A 1P2LA 1QT3A 185LA 156LA 1CU3A 3HUKA 5I14A 1C6BA 1C6JA 1LWKA 1L30A 1L80A 1P46A 235LA 2B6TA 3C7WA 3CDRA 1ZWNA 1KY1A 1ZYTA 112LA 2B70A 3OE9A 1L79A 158LA 3CDVA 173LA 1P36A 1CV0A 1C6EA 1G0JA 2RBOA 1L58A 1T6HA 2A4TA 2NTGA 1C66A 1C64A 1LYIA 2L78A 1XEPA 3HTGA 1L08A 3HT7A 4ARMB 2IGCA 1L90A 1P5CA 142LA 238LA 2QARC 3HDEA 1C68A 177LA 1CV3A 1LYDA 218LA 1G0PA 1G0LA 1LYJA 244LA 1C6PA 1C6MA 3HDFA 240LA 1L29A 1LI3A 113LA 162LA 2B72A 130LA 4OO9A 1L65A 4W56A 151LA 196LA 1C65A 4W54A 3SB7A 3DMZA 4EKQA 126LA 2Q9EA 1XJUA 258LA 209LA 2ANXA 1QT5A 3SB8A 166LA 3PBLA 1CV1A 1QUDA 1L32A 3HH5A 4GRVA 197LA 1L25A 1LI6A 4ARMA 1C6TA 1LGWA 1QS5A 4W52A 1OV7A 199LA 3GUMA 1L66A 1CX6A 3G3VA 119LA 3HUQA 1L63A 2HULA 3FA0A 1OVHA 3LZMA 103LA 2OU9A 1L43A 1P3NA 102LA 139LA 262LA 1L74A 1L05A 1QT7A 1LLHA 257LA 2B7XA 1D3NA 2OE7X 150LA 3C82A 3DN6A 1L50A 1QT6A 2NTHA 1I6SA 1L87A 1L45A 1OWZA 1L36A 1L71A 1XJTA 1L04A 144LA 1L41A 186LA 1L47A 4GBRB 3L2XA 4W57A 2RB0X 1L81A 1PQIA 222LA 115LA 1L46A 190LA 3EMLA 1G0GA 3OE6A 210LA 4DAJA 3F9LA 254LA 1LYHA 228LA 1LYFA 4YX7C 1L55A 164LA 1L91A 3RZEA 3UONA 2LC9A 1L54A 1DYDA 225LA 1K28A 143LA 1CUQA 1QT8A 175LA 3HT6A 3FI5A 1L10A 1L09A 1L40A 3V2WA 1SX2A 181LA 2Z6BA 1L14A 3GUPA 2ANVA 4I7NA 198LA 167LA 2O79A 227LA 2RB1X 1P64A 3DN0A 188LA 3DMXA 1TLAA 3QAKA 1KY0A 1PQJA 165LA 146LA 1C60A 3SB9A 3NY8A 1D3JA 1L03A 3C8RA 1L13A 1EPYA 120LA 1L19A 161LA 2RBRA 261LA 1L31A 3RUNA 148LE 1CX7A 109LA 169LA 1L01A 252LA 3HWLA 140LA 1LWGA 174LA 255LA 1QSBA 2B73A 125LA 236LA 1PQDA 4IAPA 3DN8A 3GUOA 3HU9A 223LA 3DN1A 1C6QA 172LA 4DJHA 259LA 4LDLA 3C7YA 114LA 3HUAA 4YXAC 1L18A 2RH1A 1LGXA 1QS9A 1C69A 1G0KA 3L64A 1L37A 1L93A 4EPFA 3SBAA 187LA 1CV5A 3JR6A 4ARQB 1C63A 3OE8A 3SBBC 1D2WA 1L94A 1L59A 5LZMA 1L61A 3D4SA 3HH6A 2QB0B 1G0MA 2OTZX 1L77A 1D3FA 1L07A 2RBNA 3HTFA 2RBQA 4I7TA 1L38A 4DKLA 1L0KA 3C80A 131LA 2F2QA 4W58A 1LPYA 1DYAA 1L62A 3NYAA 3HT9A 3HH4A 1L28A 111LA 184LA 1D3MA 1L75A 3GUIA 3NY9A 1NHBA 4EKRA 3GULA 1KS3A 152LA 1LW9A 3GUKA 4I7MA 3GUNA 4ARQA 4EPIA 163LA 2B6XA 176LA 160LA 1L15A 1LGUA 1SSYA 4I7LA 1C6GA 104LA 221LA 4LZMA 4I7KA 1WTHA 3DKEX 2OU0X 1QTZA 1L92A 251LA 4ARLA 3C8QA 4EJ4A 1C6DA 145LA 1SX7A 1L34A 1L21A 1LYGA 171LA 1T97A 239LA 2OEAX 1L06A 1QTVA 1JQUA 4LDOA 3HT8A 137LA 1QUGA 2LZMA 4W59A 1L49A 2RBPA 122LA 1L85A 1L60A 1CUPA 1KNIA 1G1VA 1L96A 1ZURA 3VW7A 256LA 4AQNA 2RBSA 4W55A 1CU0A 1L67A 1QT4A 3CDQA 107LA 1CU6A 1SWZA 183LA 253LA 4I7JA 4EXMA 249LA 1L56A 2HUMA 245LA 215LA 1L64A 205LA 1L20A 1L00A 2F32A 1G1WA 1L24A 1L97A 1OVJA 212LA 1QTCA 1L52A 1CTWA 4ARJA 242LA 192LA 230LA 246LA 1P6YA 1L89A 2O4WA 250LA 4YXCA 4LDEA 1L82A 214LA 4ZPUA 1C67A 2OE4X 2OU8A 1DYCA 1C6IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KPMA 191LA 2HEFA 1VFBC 4H9CA 2CWIA 2OTYX 4QEQA 5IELA 5LYMA 3ZEKA 1DYBA 3FADA 4YENA 1LAAA 3HTBA 3T6UA 1IORA 241LA 2B6YA 4OWAA 1DYGA 1L16A 1L86A 3EMSA 141LA 180LA 1LZAA 1GF5A 189LA 1L27A 1LZ6A 2BPUA 2B75A 243LA 1LKRA 2C8PA 1OUDA 1XEKA 1CJ9A 4CGEA 3B72A 2FBDA 1GFAA 1DI5A 3C8SA 4LYZA 4BADA 1HF4A 1A4VA 4WLTA 4U3XB 1C6KA 1HEWA 220LA 2MECA 4ET8A 1L02A 4WO9A 7LZMA 5KXLA 4O34A 1B0DA 4DD2A 2Q0MX 1P37A 1C6HA 2EPEA 4PK0A 4XADA 219LA 1XGUC 4H94A 1EQ5A 1HFXA 3DN3A 4D9ZA 2LYMA 1L57A 232LA 154LA 3WL2A 5HMVA 3ODUA 3LZ2A 234LA 1IOQA 2HEBA 1ZV5L 4XJFA 2OE9X 217LA 2CUUA 3CSRA 4XENA 1C6NA 3AW7A 4Z98A 1L88A 1IWTA 1L99A 2LCBA 1NF5A 3HH3A 1BB6A 1IR8A 4N5RA 1L42A 208LA 1L48A 4ZIXA 4ANRA 3TXFA 178LA 155LA 1QTHA 3IJUA 1CV4A 1OUBA 1C62A 2Z2FA 5F9XA 4NGLA 1GB7A 1D9WA 4I7PA 2XTHA 1REMA 3F6ZA 2XBRA 4S0WA 3DN4A 1P2LA 1QT3A 1DI4A 2DQAA 5C6IA 2YSSC 1CU3A 1V7TA 2H5ZA 1REZA 4MR1A 1C6JA 4I0CA 1YAOA 3CSQA 1OP9B 5DL9A 4NSGA 2X0AA 3WUAA 4NWEA 3AW6A 3OE9A 4DDBA 1L79A 4YEOA 2DQCY 4LT0A 2FYCA 173LA 6LYTA 1LJHA 2NWDX 1CV0A 1C6EA 1T6HA 4XJGA 1G7MC 1GBOA 2AUBA 4H9HA 1LJIA 3HTGA 4EOFA 4H8XA 4J1AA 1LYOA 4H92A 5I4WA 4H9EA 3CSZA 1CV3A 218LA 1G0PA 4B1AA 4FJRA 1LYJA 1C6PA 3HDFA 2BQKA 4H9FA 4M4OA 2HTXA 162LA 3MGWA 1KIQC 3HBDA 4W56A 4EKQA 1UIGA 1RE2A 5KXZA 1HSXA 1IWYA 1QT5A 1IC5Y 4TTDA 1BB3A 1L32A 4GRVA 5DN4A 5T3FA 1QDRA 1LI6A 197LA 1C6TA 4BAFA 4W52A 1GFVA 2DQDY 3HUQA 1KXYA 8LYZA 5FCPA 1OVHA 3LZMA 1UC0A 4WL6A 1L43A 1P3NA 1GF6A 1FLQA 1L05A 1LLHA 257LA 1YANA 2OE7X 2F2NA 4B4EA 1QT6A 5E4PA 5I5QA 1I6SA 1B7RA 2YBIA 1LZCA 3N9CA 1XJTA 144LA 1LSCA 1IEEA 1L81A 1PQIA 1PZYA 1D6PA 3EMLA 1RI8B 3OE6A 210LA 3F9LA 5L3IA 228LA 1LYFA 164LA 1L91A 1GWDA 4ETAA 1W6ZA 5LVKA 1CUQA 3HFMY 1H6MA 1CJ6A 4ET9A 1GFUA 193LA 1WTNA 1REXA 181LA 3AJNA 1L14A 1GFRA 2HUBA 1XGTC 3N9AA 2O79A 4RW2A 1LZNA 1QDTA 3TXDA 5FHWA 3DN0A 3DMXA 1ZMYL 1TLAA 3QAKA 1KY0A 1CNSA 146LA 3SB9A 1D3JA 1JKDA 1L13A 261LA 4ML7A 1L31A 1YKZX 1CX7A 3D9AC 1OUAA 1LJKA 109LA 169LA 1HENA 1HEQA 2N5ZA 5F16A 2B73A 125LA 4N8ZA 236LA 3DN8A 4DJHA 5K7OA 1UIHA 114LA 4N1EI 4PGJB 3L64A 1UIAA 1IOSA 4EPFA 3SBAA 3JR6A 4ARQB 3SBBC 1LMOA 3D4SA 1QUSA 2QB0B 1JISA 4TX7A 2RBQA 4I7TA 2VB1A 3C80A 1G7LC 1JJ0A 1DQJC 1L28A 3ULRA 184LA 1WQRA 5JENB 5KXXA 1HERA 4ARQA 1UIEA 4EPIA 1WQNA 2B6XA 160LA 2F30A 1IO5A 1NBZC 1G7HC 3DKEX 1QTZA 2G4QA 4ARLA 1LSNA 3TXKA 4NGOA 1LSZA 145LA 1B2KA 3ATOA 4DC4A 1T97A 239LA 5B07A 4QY9A 4LDOA 1G7JC 4HTNA 1XFPL 2RBPA 1GF8A 5APCA 2W1LA 1L60A 3KAMA 4HTQA 1L96A 3VW7A 2G4NA 5LINA 1QT4A 1BWHA 1XGQC 1CU6A 1SWZA 4I7JA 1BB5A 2F32A 1HMKA 4IJ4A 5F14A 1WQOA 1B7QA 1QTCA 2BQEA 3WULA 2BQCA 2Z18A 5HQ1A 1L52A 5HLLA 250LA 5LVGA 3M18B 4PHIA 4ZPUA 2MEBA 1GB2A 1C6IA 3CB7A 3K2RA 1LMTA 5FEKA 3B0IA 260LA 6LYZA 1L53A 2DBTA 2F47A 127LA 1L98A 2HUKA 4R0FA 3OJPA 3C81A 4H9BA 2D4KA 1RFPA 1YQVY 1AT5A 1JSEA 1T8FA 3WVYA 1D2YA 1GBYA 1LSYA 1PQOA 1UIBA 1IY4A 1L0JA 5F9UA 4ZEEA 1JTTL 129LA 2MEHA 5A3EA 3BKHA 2H9KA 1L22A 1IR9A 2H9JA 1IIZA 1IWVA 1QSQA 1C6AA 1VATA 5C6LA 1CVKA 2F4AA 1T6VL 4YM8A 1GB3A 5D5CA 3W6BA 3SB5A 1XGPC 200LA 3PDSA 1XGRC 1L95A 4GCDA 1JTMA 4DD7A 3DMVA 4NSJA 4OOTA 5KKJA 3P65A 4H8YA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4KPM A;  191L A;  2HEF A;  1VFB C;  4H9C A;  2CWI A;  2OTY X;  4QEQ A;  5IEL A;  5LYM A;  3ZEK A;  1DYB A;  3FAD A;  4YEN A;  1LAA A;  3HTB A;  3T6U A;  1IOR A;  241L A;  2B6Y A;  4OWA A;  1DYG A;  1L16 A;  1L86 A;  3EMS A;  141L A;  180L A;  1LZA A;  1GF5 A;  189L A;  1L27 A;  1LZ6 A;  2BPU A;  2B75 A;  243L A;  1LKR A;  2C8P A;  1OUD A;  1XEK A;  1CJ9 A;  4CGE A;  3B72 A;  2FBD A;  1GFA A;  1DI5 A;  3C8S A;  4LYZ A;  4BAD A;  1HF4 A;  1A4V A;  4WLT A;  4U3X B;  1C6K A;  1HEW A;  220L A;  2MEC A;  4ET8 A;  1L02 A;  4WO9 A;  7LZM A;  5KXL A;  4O34 A;  1B0D A;  4DD2 A;  2Q0M X;  1P37 A;  1C6H A;  2EPE A;  4PK0 A;  4XAD A;  219L A;  1XGU C;  4H94 A;  1EQ5 A;  1HFX A;  3DN3 A;  4D9Z A;  2LYM A;  1L57 A;  232L A;  154L A;  3WL2 A;  5HMV A;  3ODU A;  3LZ2 A;  234L A;  1IOQ A;  2HEB A;  1ZV5 L;  4XJF A;  2OE9 X;  217L A;  2CUU A;  3CSR A;  4XEN A;  1C6N A;  3AW7 A;  4Z98 A;  1L88 A;  1IWT A;  1L99 A;  2LCB A;  1NF5 A;  3HH3 A;  1BB6 A;  1IR8 A;  4N5R A;  1L42 A;  208L A;  1L48 A;  4ZIX A;  4ANR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4KPM A;  191L A;  2HEF A;  1VFB C;  4H9C A;  2CWI A;  2OTY X;  4QEQ A;  5IEL A;  5LYM A;  3ZEK A;  1DYB A;  3FAD A;  4YEN A;  1LAA A;  3HTB A;  3T6U A;  1IOR A;  241L A;  2B6Y A;  4OWA A;  1DYG A;  1L16 A;  1L86 A;  3EMS A;  141L A;  180L A;  1LZA A;  1GF5 A;  189L A;  1L27 A;  1LZ6 A;  2BPU A;  2B75 A;  243L A;  1LKR A;  2C8P A;  1OUD A;  1XEK A;  1CJ9 A;  4CGE A;  3B72 A;  2FBD A;  1GFA A;  1DI5 A;  3C8S A;  4LYZ A;  4BAD A;  1HF4 A;  1A4V A;  4WLT A;  4U3X B;  1C6K A;  1HEW A;  220L A;  2MEC A;  4ET8 A;  1L02 A;  4WO9 A;  7LZM A;  5KXL A;  4O34 A;  1B0D A;  4DD2 A;  2Q0M X;  1P37 A;  1C6H A;  2EPE A;  4PK0 A;  4XAD A;  219L A;  1XGU C;  4H94 A;  1EQ5 A;  1HFX A;  3DN3 A;  4D9Z A;  2LYM A;  1L57 A;  232L A;  154L A;  3WL2 A;  5HMV A;  3ODU A;  3LZ2 A;  234L A;  1IOQ A;  2HEB A;  1ZV5 L;  4XJF A;  2OE9 X;  217L A;  2CUU A;  3CSR A;  4XEN A;  1C6N A;  3AW7 A;  4Z98 A;  1L88 A;  1IWT A;  1L99 A;  2LCB A;  1NF5 A;  3HH3 A;  1BB6 A;  1IR8 A;  4N5R A;  1L42 A;  208L A;  1L48 A;  4ZIX A;  4ANR A; 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