1GFJA

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at the surface positions
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGADNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Positive contribution of hydration structure on the surface of human lysozyme to the conformational stability.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gfjA00
2H5ZA 2XBRA 1IEEA 4PPOA 1JITA 1IP6A 1QSWA 1GBWA 1LSGA 1IC4Y 3B6LA 3P68A 1VEDA 4Z98A 5HMVA 1FKQA 1UBZA 4U3XB 2F4GA 4CGEA 4BAPA 4GN5C 1HERA 1QSAA 5FCPA 4OWEA 1LMAA 1NDMC 5APFA 4DD0A 1YAPA 4NGZA 4J7VA 5F9UA 1NBZC 2XTHA 2CDSA 1LOZA 1VDSA 1HHLA 1CKDA 4H91A 3W6FA 2FYDA 2HEAA 2HECA 4BADA 2YVBA 1DKJA 2W1XA 1LMOA 3P4ZA 5KXKA 3TXJA 1BGIA 3WW6A 4GN4A 4NWEA 5LAFA 2RSCA 1LZ4A 153LA 5LINA 3RU5A 1GAZA 2BQDA 3AW7A 3J6KA 1RI8B 1C08C 1JKBA 1LZBA 2BQNA 2G4QA 1GBSA 4WMGA 1B5UA 4ETCA 1GF6A 1GXXA 1LZ8A 4M4OA 4XN6A 5DN4A 5FSTA 3AZ5A 4QDNA 4WM4A 1WTMA 4TTDA 3WULA 1LJNA 1INUA 1YROA 1BB7A 1J1XY 1WQRA 1T6VL 4II8A 1Z55A 1LZNA 1OUFA 5KXZA 1JKDA 2A7DA 4NGYA 1B0DA 3TXBA 3BKVA 2MECA 1ZMYL 1JIYA 3N9AA 1AZFA 5HLLA 4GLVA 4H9HA 3W6BA 4NHPA 1TAYA 3LYOA 1IOCA 1GF9A 2BQBA 4GCBA 1GFAA 3A6CY 1IR8A 1F6RA 1LMQA 1XGPC 154LA 1LJ4A 4GCEA 4B49A 2HUBA 4C3WA 2BPUA 4FDYA 4HV2A 1GD6A 1SQ2L 1LZDA 4HTQA 3AGHA 1HMKA 2GV0A 4PHIA 4G49A 1LZGA 1N4FA 5AMYA 5L3HA 4YEMA 2HU1A 4UWUA 1LJ3A 4G9SA 3WUAA 3ZEKA 3WU7A 1TCYA 5I4WA 4B1AA 5DM9A 5I5QA 2HEEA 1GDWA 3WXTA 1PS5A 1JSFA 1YANA 4XJIA 1B2KA 1EQEA 1QDRA 4EOFA 4MSTA 3ZVQA 1B5XA 4HJVA 1QUSA 2XBSA 3EXDA 1D6QA 1UA6Y 1OUGA 4KPMA 2HEDA 1ZVYB 1CNSA 1C10A 1GBOA 1GB5A 1GF4A 7LYZA 1LJFA 2HEBA 2F4AA 1J1PY 4DD3A 4TX7A 1LSMA 2I25L 1IY4A 1LZ9A 2BQOA 3CSRA 4HJYA 3P65A 2W1YA 3HBHA 4TUNA 4WM6A 3T6UA 1REZA 4WLTA 4TWSA 4DD7A 5A3ZA 1A2YC 1YKZX 1HSWA 2ZQ3A 1VDQA 1OUHA 4NIJA 5HMJA 2Z12A 1OUEA 1GB0A 3QY4A 1AT5A 1UIEA 1IWYA 2BQAA 1LZ1A 5K7OA 2NWDX 1IWTA 1BVXA 1CKHA 1WVVA 2BQMA 3ATNA 5ILCA 2W1LA 3A92A 4WLXA 1I56A 2EKSC 1E8LA 4XJBA 1GHLA 2ZNXY 3G3AB 5KXMA 2G4NA 2N5ZA 1IP3A 1QDTA 1W6ZA 208LA 4RLMA 1LJEA 1GB3A 4OWCA 3A95A 5LYTA 4B4JA 1LSDA 1NHEA 4ET8A 1JHLA 1FN5A 3GXKA 4ML7A 4WG1A 5KXPA 3AB6A 2D91A 1XEKA 4XJFA 1DXJA 2Q0MX 5DLAA 1IVMA 1JJ3A 2H9KA 1GAYA 4ETDA 1AM7A 3M18B 1JTTL 4WLDA 2MEGA 2Z37A 5F14A 4TSBA 1KXXA 5APDA 3WUNA 4GN3A 5B05A 5E4PA 1GB8A 1DZBX 2LZ2A 1GF7A 2YBLA 1YKYX 1SLYA 2LYZA 4H94A 5IDDA 2YBJA 4ZEEA 1ALCA 2D4KA 1BB4A 4XJDA 5F9XA 5KXXA 3OJPA 4N1EI 5LVHA 4XADA 4DT3A 5LXWA 1VFBC 1WTNA 1XEIA 4NEBA 1YAMA 1LZRA 4WO6A 3A94A 2BQKA 1XGTC 1HEQA 193LA 1LJIA 4A7DA 2MEDA 3W6EA 1B7RA 3TXHA 4TSCA 1IWWA 2Z18A 4AGAA 2VB1A 1H87A 1P2CC 2W1MA 1LHKA 3CB7A 4OOOA 2FBBA 1IOTA 5LVIA 5JENB 1GB2A 1F10A 4YENA 1DI3A 2YBIA 3LYZA 2MEHA 5LYZA 1UIHA 4LYZA 4NGIA 4B0DA 5J7CA 1HEOA 3CQLA 2C8OA 2MEEA 4XENA 3T36A 3BKHA 1LZ5A 3FE0A 3K3TA 1YQVY 5II3A 4H9AA 4B4EA 5FHWA 1UIAA 3LHMA 1GF8A 3A90A 4WM5A 4H9BA 1LHLA 4Z46A 1DPWA 5KY1A 1UUZC 2DKVA 2ZNWY 1A4VA 4G4BA 3G3BB 1LPIA 1NQIA 3WW5A 4DWXA 4NHTA 2I6ZA 4OWHA 4NSHA 1D0LA 4GCDA 4OWAA 4UWNA 4IJ4A 2Z2EA 1KXYA 2DQDY 1BB3A 3EMSA 1LKRA 4R0FA 3VWOA 1EQ5A 1GE4A 1GFHA 5C6IA 1VATA 3LN2A 4N1CC 1XGRC 1CJ9A 2LHMA 3CT5A 4BAFA 4H8ZA 5I4YA 4MR1A 5DL9A 1OUCA 4KXIA 1DPXA 1B5WA 3WPLA 1LYZA 4P2EA 5B1FA 1YKXX 1UICA 1XFPL 4CFOA 5EBHA 5KXLA 5LAGA 1YIKA 4X3BA 4LYCA 2LZTA 5FELA 1BWIA 1V7SA 4H9FA 1HMLA 1IIZA 5KKIA 1CJ6A 2H9JA 2HTXA 1YL0X 1GE1A 4WO9A 2FYCA 2ZYPA 1KIPC 1B5YA 3WH1A 3AZ6A 4CHXA 1JKAA 5HNCA 1NMMA 1GWDA 1IWUA 1RCMA 135LA 3WL2A 4YF2A 4QGZA 3B0KA 4NGJA 4ETEA 1GFGA 1HEMA 1IC5Y 1NF5A 1UACY 1W08A 2BQJA 3A34A 3A93A 3ATOA 4OOTA 2BQEA 1IP2A 4NSJA 4RDSA 3ZVQB 1FBIX 4WL6A 4EMNA 3RNXA 2D4JA 5APEA 5I54A 1FDLY 5KJ9A 1LSFA 2ZIKA 1XGQC 1KXWA 5LVKA 4J1BA 1LSYA 1LKSA 2LYOA 1YILA 2YDGA 2XJWA 3B72A 1C7PA 4H90A 2EQLA 3IWRA 2MEBA 1AT6A 2WARA 3CT1A 2D4IA 1JJ1A 2DQHY 1QUTA 2BLXA 4E3UA 1DQJC 1G7HC 1J1OY 1GFUA 2Z39A 4H9CA 5M1YA 1JWRA 1QTEA 4M6DA 5I53A 5B06A 1LSBA 3E3DA 2D6BA 3AGGG 1IP7A 1CJ8A 1WQPA 2ZQ4A 3AW6A 9LYZA 5F81A 1LMTA 1LSEA 1B7LA 1CKCA 1LYSA 1WVUA 1LYYA 1YAOA 3RW8A 4HPIA 4HTKA 4J1AA 3TMVA 3WU9A 4D9ZA 4ZFPA 5IHGA 5LYMA 3W6DA 3RZ4A 1LHHA 1GF0A 1I1ZA 1C46A 1AKIA 1UIBA 4H92A 4N0JA 2A7FA 3MGWA 1YAQA 2Y8PA 4NFVA 2BQCA 4LZTA 4W94A 3CT0A 1IP5A 4ET9A 3LZ2A 5HQ1A 4FJRA 1LJGA 1FLQA 1RFPA 5KXNA 3TXFA 3IJVA 1CKFA 2ZIJA 3N9EA 3RT5X 5B59A 4B4IA 1JKCA 2ZWBA 4DYGA 1VDPA 4XJHA 4N9RA 1XSFA 4GCCA 1HF4A 1LZSA 4G4HA 5T3FA 3W6CA 2BQFA 1RJCB 1HSXA 1UIFA 3HFMY 1HC0A 4YEOA 1WQMA 5LA8A 4H1PA 3WU8A 1IWVA 4I0CA 1HNLA 2MEAA 1B5ZA 1D6PA 1EQ4A 1WQNA 4L41A 1LSPA 1BWHA 1LJJA 4NGWA 3TXDA 4DDBA 1UIDA 4Z41A 1LZEA 1T3PA 5KXYA 2HU3A 1GB9A 1IC7Y 1GFKA 1MELL 1XGUC 1G7MC 2CJLA 1HEPA 3F6ZA 4W96A 3A91A 1OUIA 1OQMA 2BAAA 1JEFA 1JPOA 2Z19A 3LYMA 4YOPA 4ETAA 3GXRA 2DBTA 1GF5A 4CJ2A 1NDGC 1LZCA 5HNLA 5ILFA 134LA 1H6MA 2BQIA 1ZVHL 3AZ7A 3QE8A 4N8ZA 5FEKA 5C6JA 1JTOL 5L9JA 3AYQA 3TXGA 3A6BY 1GXV2 4HJZA 1LTMA 4KL7A 4PGJB 2DQGY 3EO5A 4C5FA 1BWJA 1GDXA 1B7OA 1WQOA 4QEQA 4NY5A 1OUDA 1GFTA 1WQQA 2DQIY 4RW1A 5DN5A 1IP4A 2IFFY 1UIGA 4NWHA 1BHZA 1LJHA 6LYZA 5LVJA 4O34A 1XEJA 1JJ0A 1GF3A 3A3QA 4DD2A 1TEWA 3TMUA 1IOSA 4NGLA 4AXTA 1IP1A 1RE2A 4BS7A 1YL1X 1NKHA 4NGOA 3CSZA 1QQYA 4DDCA 1LHMA 2ZYCA 1IOQA 3LZTA 1G7IC 3WYHA 5APCA 4ZIXA 1LHJA 4RW2A 1GB6A 1OUAA 1DKKA 2BQHA 4KT3A 4QY9A 8LYZA 4NGKA 4R6CA 3D3DA 1GBZA 4LT1A 4NHSA 1ZV5L 1G7JC 3AJNA 1V7TA 4NG1A 4N5RA 1JISA 4GLAA 1C43A 5E9RA 2B5ZA 1NWGA 4GCFA 4PRUA 194LA 3WVXA 1LZ6A 1OP9B 2G4PA 1CJ7A 1B7MA 4NSIA 2HEFA 1HENA 5L3IA 1LMPA 2F2NA 4LT2A 5A3EA 3B0IA 4HP0A 1REMA 3W3EA 1GEZA 3FI7A 3CSQA 3WPKA 1LSAA 1B7NA 1DI4A 1G7LC 2Z2FA 4I8SA 4XYYA 3SP3A 2ZILA 2EIZC 3AZ4A 5KXRA 4DDAA 3HBEX 1LZAA 2FBDA 1IORA 5KXWA 1JSEA 4DD1A 2Z38A 4LGKA 2BQGA 4LT3A 1FKVA 1QIOA 3W6AA 1HEWA 3A96A 1LSCA 1GFRA 4PRQA 1VAUA 1IR7A 4H93A 1LHIA 3EBAB 4OWBA 4WM2A 4NHIA 4WM1A 2YSSC 1LSNA 1HFZA 2YBNA 4UWVA 4HV1A 1GE2A 2LYMA 1UCOA 2YBMA 1LCNA 1BB5A 1HFYA 1JTPL 1LMCA 2DQEY 3LYTA 4IASA 5D5CA 4LFPA 3M3UA 1KIQC 1IX0A 1BB6A 1B9OA 2DQFC 1IWXA 4PJ2C 1MLCE 2DQAA 1LMNA 5KXSA 5KXOA 4DC4A 1JUGA 4LYMA 5F16A 4OW1A 4ETBA 1LAAA 4J0LA 3P64A 4HSFA 4IATA 4LT0A 3TXEA 2BLYA 1KIRC 1VDTA 3OK0A 1B5VA 2DQJY 4LYTA 3WVYA 3A3RX 5LVGA 1B7SA 1REYA 1HFXA 2YBHA 1GFJA 3TXIA 3J4GA 5LA5A 4XJGA 2AUBA 1GE3A 1LYOA 3QNGA 2C8PA 2PC2A 1EL1A 1B7PA 1TDYA 3TMWA 1IR9A 3D9AC 4LFXA 4H9EA 5KKJA 3WMKA 1LZYA 4DD9A 4NGVA 4WLYA 1CKGA 4H9IA 1UC0A 1QTKA 4NHQA 1IO5A 4H8XA 207LA 4G4CA 5LIOA 1LJKA 3P66A 5C6LA 4LYBA 3A8ZA 4ANRA 5I4XA 1DI5A 5B07A 2MEIA 4WOAA 4RLNA 5B1GA 1GFVA 1FLWA 1GB7A 3A67Y 3TXKA 3WXUA 5D5FA 1OUBA 2F30A 3B0OA 1REXA 4YM8A 2CGIA 1GBYA 3AGIA 4HPEA 4HTNA 6LYTA 2IHLA 3N9CA 4MCKA 3KAMA 5KXTA 1LZTA 1BVKC 1GEVA 1GE0A 2CWIA 4NSGA 3TMXA 1OUJA 1O23A 2I26L 1F0WA 3HBDA 4WG7A 1FLUA 133LA 1NBYC 1D9UA 2EPEA 1B7QA 1IWZA 4H8YA 4WL7A 4NG8A 2MEFA 4Z3MA 3WPJA 4LYOA 5FDJA 3ULRA 1GFEA 1C45A 3WUMA 4CFPA 1IY3A 2DQCY 3IJUA 1D0KA 1D0MA 1HELA 1I20A 1FLYA 5IELA 132LA 1GBXA 1BQLY 1TBYA 2BQLA 1GPQC 1PZYA 1F6SA 4WM3A 2X0AA 1LSZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IEEA 3RZEA 1JITA 1GBWA 1LSGA 2QB0B 4GN5C 3C8RA 5FCPA 1LMAA 1CKDA 4BADA 3P4ZA 1BGIA 4NWEA 2CUUA 2RBSA 4PJZA 1L29A 146LA 1JKBA 4WMGA 1GBSA 4ETCA 1B5UA 5FSTA 1WTMA 138LA 156LA 1L16A 1WQRA 142LA 1LZNA 1XJTA 216LA 4NGYA 3TXBA 1KW5A 1L08A 2MECA 4I7SA 1ZMYL 1SX7A 1AZFA 252LA 4NHPA 232LA 4GCBA 2LC9A 3DMXA 1F6RA 1XGPC 154LA 1LJ4A 4B49A 4S0WA 1LYIA 2BPUA 3LZMA 4C3WA 1GD6A 4PHIA 1C6BA 1N4FA 1LJ3A 1QS9A 4DQ5A 2OEAX 5I5QA 3WXTA 1L53A 1YANA 4XJIA 1EQEA 4MSTA 3ZVQA 4HJVA 3GULA 1D6QA 4KPMA 1CV6A 1L89A 1ZVYB 2RAYX 1C10A 1GF4A 3HT8A 4DJHA 1J1PY 2I25L 1L01A 3HBHA 2Q9EA 3T6UA 1P6YA 1REZA 1A2YC 1YKZX 1HSWA 1LGXA 1OUEA 3QY4A 2BQMA 4W59A 1CV4A 4XJBA 4EPIA 2ZNXY 5KXMA 2N5ZA 1IP3A 5LYTA 3A95A 3HH3A 4B4JA 1FN5A 5KXPA 1L59A 165LA 2D91A 1XEKA 2Q0MX 2OE4X 3VW7A 4W56A 4WLDA 188LA 1KXXA 3WUNA 5B05A 1T8GA 235LA 3GUIA 2YBJA 4ZEEA 1BB4A 1WTNA 1LZRA 1L66A 1L39A 1HEQA 193LA 1LJIA 1P37A 258LA 181LA 1L0JA 107LA 1OV5A 1QUGA 1QT5A 3GUOA 5LYZA 1L74A 1G0PA 3T36A 1L43A 1LZ5A 2LZMA 5II3A 4H9AA 1L19A 4H9BA 1DPWA 1UUZC 209LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2H5Z A;  2XBR A;  1IEE A;  4PPO A;  1JIT A;  1IP6 A;  1QSW A;  1GBW A;  1LSG A;  1IC4 Y;  3B6L A;  3P68 A;  1VED A;  4Z98 A;  5HMV A;  1FKQ A;  1UBZ A;  4U3X B;  2F4G A;  4CGE A;  4BAP A;  4GN5 C;  1HER A;  1QSA A;  5FCP A;  4OWE A;  1LMA A;  1NDM C;  5APF A;  4DD0 A;  1YAP A;  4NGZ A;  4J7V A;  5F9U A;  1NBZ C;  2XTH A;  2CDS A;  1LOZ A;  1VDS A;  1HHL A;  1CKD A;  4H91 A;  3W6F A;  2FYD A;  2HEA A;  2HEC A;  4BAD A;  2YVB A;  1DKJ A;  2W1X A;  1LMO A;  3P4Z A;  5KXK A;  3TXJ A;  1BGI A;  3WW6 A;  4GN4 A;  4NWE A;  5LAF A;  2RSC A;  1LZ4 A;  153L A;  5LIN A;  3RU5 A;  1GAZ A;  2BQD A;  3AW7 A;  3J6K A;  1RI8 B;  1C08 C;  1JKB A;  1LZB A;  2BQN A;  2G4Q A;  1GBS A;  4WMG A;  1B5U A;  4ETC A;  1GF6 A;  1GXX A;  1LZ8 A;  4M4O A;  4XN6 A;  5DN4 A;  5FST A;  3AZ5 A;  4QDN A;  4WM4 A;  1WTM A;  4TTD A;  3WUL A;  1LJN A;  1INU A;  1YRO A;  1BB7 A;  1J1X Y;  1WQR A;  1T6V L;  4II8 A;  1Z55 A;  1LZN A;  1OUF A;  5KXZ A;  1JKD A;  2A7D A;  4NGY A;  1B0D A;  3TXB A;  3BKV A;  2MEC A;  1ZMY L;  1JIY A; 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 5F16 A;  4OW1 A;  4ETB A;  1LAA A;  4J0L A;  3P64 A;  4HSF A;  4IAT A;  4LT0 A;  3TXE A;  2BLY A;  1KIR C;  1VDT A;  3OK0 A;  1B5V A;  2DQJ Y;  4LYT A;  3WVY A;  3A3R X;  5LVG A;  1B7S A;  1REY A;  1HFX A;  2YBH A;  1GFJ A;  3TXI A;  3J4G A;  5LA5 A;  4XJG A;  2AUB A;  1GE3 A;  1LYO A;  3QNG A;  2C8P A;  2PC2 A;  1EL1 A;  1B7P A;  1TDY A;  3TMW A;  1IR9 A;  3D9A C;  4LFX A;  4H9E A;  5KKJ A;  3WMK A;  1LZY A;  4DD9 A;  4NGV A;  4WLY A;  1CKG A;  4H9I A;  1UC0 A;  1QTK A;  4NHQ A;  1IO5 A;  4H8X A;  207L A;  4G4C A;  5LIO A;  1LJK A;  3P66 A;  5C6L A;  4LYB A;  3A8Z A;  4ANR A;  5I4X A;  1DI5 A;  5B07 A;  2MEI A;  4WOA A;  4RLN A;  5B1G A;  1GFV A;  1FLW A;  1GB7 A;  3A67 Y;  3TXK A;  3WXU A;  5D5F A;  1OUB A;  2F30 A;  3B0O A;  1REX A;  4YM8 A;  2CGI A;  1GBY A;  3AGI A;  4HPE A;  4HTN A;  6LYT A;  2IHL A;  3N9C A;  4MCK A;  3KAM A;  5KXT A;  1LZT A;  1BVK C;  1GEV A;  1GE0 A;  2CWI A;  4NSG A;  3TMX A;  1OUJ A;  1O23 A;  2I26 L;  1F0W A;  3HBD A;  4WG7 A;  1FLU A;  133L A;  1NBY C;  1D9U A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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